单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2841	2025-01-28	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2025-Feb-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制	揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别	NA	RNA测序数据、高光谱图像	体外和体内矽肺模型
2842	2025-01-28	Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04385-0 PMID:39052183	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在癫痫中的作用，并开发了一个基于这些基因的诊断模型	首次系统地研究了铁死亡相关基因在癫痫中的角色，并发现这些基因与免疫反应和神经炎症有显著关联	研究样本量相对较小，且主要依赖于已有数据集，缺乏更大规模的独立验证	探讨铁死亡相关基因在癫痫中的机制及其作为诊断标志物的潜力	癫痫患者和小鼠的脑组织	生物信息学	癫痫	qRT‒PCR, CIBERSORT, MCP-counter, WGCNA, scRNA-seq	诊断模型	基因表达数据	91名癫痫患者和小鼠脑组织样本
2843	2025-01-28	Modulation of the Immunological Milieu in Acute Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage: The Potential Role of Monocytes Through CXCL10 Secretion 2025-Feb, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01259-4 PMID:38780865	研究论文	本研究探讨了动脉瘤性蛛网膜下腔出血（aSAH）后免疫系统的反应，特别是单核细胞通过CXCL10分泌在其中的潜在作用	首次通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了aSAH患者脑脊液中的CD8+CD161+细胞，并发现单核细胞在aSAH中高表达CXCL10	样本量较小，且仅比较了aSAH和非动脉瘤性SAH（naSAH）的差异，未涉及其他类型的脑出血	研究aSAH后免疫系统的反应，特别是单核细胞在其中的作用	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本	免疫学	脑出血	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RT-qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本
2844	2025-01-28	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响	创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径	滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知	识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量	人类滑液和滑膜	免疫学	关节炎	scRNA-seq	体外模型	基因表达数据	NA
2845	2025-01-28	Circulatory age-associated B cells: Their distinct transcriptomic characteristics and clinical significance in drug-naïve patients with rheumatoid arthritis 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110425 PMID:39746429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者外周血中年龄相关B细胞（ABCs）的独特转录组特征及其临床意义	首次在RA患者中通过单细胞RNA测序技术全面解析了ABCs的基因表达特征，并发现SYK是定义ABCs髓样表型的关键调节因子	研究样本仅限于未接受药物治疗的RA患者，可能限制了结果的普遍性	探讨ABCs在RA中的基因表达特征及其临床意义	类风湿性关节炎患者的外周血B细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及RA患者的外周血样本
2846	2025-01-28	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号在肾小球巨噬细胞中的作用，特别是通过促进IL-1β的产生和C3的裂解与沉积来加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未涉及人类样本	探讨TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应对肾小球肾炎进展的影响	NZBWF1小鼠	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NZBWF1小鼠
2847	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
2848	2025-01-28	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-Jan-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	研究论文	本研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效分离和分子分析循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了一种新型的LIFT-AMFS系统，通过双步微滤器（DSMF）实现高存活率的CTCs分离和单细胞水平的高效捕获	未提及具体局限性	提高循环肿瘤细胞（CTCs）的分离效率和存活率，以支持下游分子分析和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤技术、RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量
2849	2025-01-28	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	本文通过一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19疫苗接种对78名无症状感染者的T细胞和抗体反应的长期影响	研究发现，尽管抗体滴度随每次加强针逐渐增加并稳定，T细胞反应迅速达到平台期并保持稳定，且约30%的参与者显示出对非Spike抗原的CD4+ T细胞反应	研究仅限于无症状感染者，未涵盖有症状感染者的免疫反应	探讨多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名无症状感染者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名无症状感染者
2850	2025-01-28	Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization 2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16785 PMID:39477889	研究论文	本研究通过蛋白质组学和孟德尔随机化方法，识别了与肝细胞癌（HCC）风险相关的10种蛋白质，并探讨了它们在HCC治疗中的潜力	结合蛋白质组学数据和孟德尔随机化方法，识别出与HCC风险相关的10种蛋白质，并深入分析了这些蛋白质在HCC肿瘤微环境中的表达及其相互作用	研究依赖于已有的GWAS和队列数据，可能受到数据来源和样本量的限制	探索肝细胞癌的新型治疗靶点	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	蛋白质组学、孟德尔随机化、KEGG通路分析、单细胞测序、PPI分析、DGIdb、ChEMBL和DrugBank数据库分析	NA	蛋白质组数据、GWAS数据、队列数据	多个已发表的GWAS数据、DeCODE队列、FinnGen队列和UK Biobank数据
2851	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
2852	2025-01-27	Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease 2025-Feb, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021 PMID:39343250	研究论文	本研究通过多模态分析外周血，识别出增殖的循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子	通过整合多模态参数和机器学习，识别出治疗前非应答者中增殖的CD4+记忆T细胞的显著增加，这一预测性T细胞特征具有激活的T-helper 1/T-helper 17细胞表型，并表现出较高的整合素α4β1水平	研究样本量有限，且仅针对接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的患者	寻找炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的可靠预测因子	接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞B和T细胞受体测序（BCR/TCR-seq）、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术	机器学习	外周血样本	2个队列的炎症性肠病患者
2853	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
2854	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
2855	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
2856	2025-01-27	Anxiety-like behavior and altered hippocampal activity in a transgenic mouse model of Fabry disease 2025-Feb, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106797 PMID:39788162	研究论文	本研究通过转基因法布里病小鼠模型，探讨了法布里病与焦虑样行为及海马体功能改变之间的关系	首次结合行为学、转录组学、功能和形态学评估，揭示了法布里病小鼠海马体中神经元和非神经元细胞群的转录和功能改变	研究仅使用雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或其他动物模型	探讨法布里病与神经精神症状（如焦虑）之间的潜在机制	转基因法布里病小鼠模型	神经科学	法布里病	单细胞测序、行为学测试、电生理记录	转基因小鼠模型	行为数据、转录组数据、电生理数据	雄性法布里病小鼠
2857	2025-01-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-Jan-25, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	本文介绍了HemaScope，一个专门用于分析造血细胞单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的生物信息学工具包	HemaScope工具包结合了scRNA-seq和ST技术的优势，提供了模块化设计，能够处理造血细胞的特异性特征，如谱系归属评估、细胞周期预测和标记基因收集	未明确提及具体限制	开发一个用户友好的工具包，用于分析造血细胞的单细胞和空间转录组学数据	造血细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	案例研究中使用了人类骨髓细胞图谱、小鼠急性髓性白血病细胞、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤的微环境
2858	2025-01-27	Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer 2025-Jan-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042 PMID:39566495	研究论文	本文研究了在人类非小细胞肺癌中，表达CCL19的纤维网状细胞（FRCs）如何生成相互连接的T细胞环境（TEs），并探讨了这些环境对肿瘤浸润T细胞的影响	揭示了FRCs在肿瘤微环境中生成T细胞环境的分子网络及其对T细胞激活途径的调控作用，并通过单细胞转录组学和细胞命运图谱分析确认了FRCs的来源	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探讨肿瘤微环境中FRCs对T细胞免疫反应的影响	非小细胞肺癌中的纤维网状细胞和T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组学、细胞命运图谱分析	NA	基因表达数据、细胞图谱数据	NA
2859	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
2860	2025-01-25	Consensus representation of multiple cell-cell graphs from gene signaling pathways for cell type annotation 2025-Jan-23, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02128-8 PMID:39849579	研究论文	本文提出了一种名为scMCGraph的计算框架，通过整合基因表达和通路活动来准确注释单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	scMCGraph通过构建多个通路特异性视图并将其整合为共识图，显著提高了细胞类型注释的准确性和鲁棒性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	scMCGraph	基因表达数据	未明确提及具体样本数量