单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2821	2025-01-31	Tumour heterogeneity and personalized treatment screening based on single-cell transcriptomics 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.12.020 PMID:39877290	研究论文	本文基于单细胞转录组学数据，研究了肿瘤异质性及其对个性化治疗的影响	通过整合多种生物信息学分析，构建了多种癌症的肿瘤细胞异质性蓝图，并识别了肿瘤细胞亚群特异性生物标志物和潜在治疗药物	研究仅基于五种癌症的单细胞转录组数据集，样本类型和数量有限	探索肿瘤细胞异质性在单细胞水平上的生物学差异，并为个性化治疗提供新的见解	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌和肝癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	五种癌症的单细胞转录组数据集
2822	2025-01-30	A bifunctional antibody targeting PD-1 and TGF-β signaling has antitumor activity in combination with radiotherapy and attenuates radiation-induced lung injury 2025-Jan-29, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0903 PMID:39878763	研究论文	本文研究了双功能抗体JS-201与放疗联合使用的抗肿瘤效果及其对辐射诱导的肺损伤的影响	JS-201是一种靶向PD-1和TGF-β信号的双功能抗体，首次展示了其与放疗联合使用在增强抗肿瘤效果的同时减轻辐射诱导的肺损伤	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索JS-201与放疗联合使用的抗肿瘤效果及其对辐射诱导的肺损伤的影响	肿瘤模型和辐射诱导的肺损伤模型	癌症治疗	肺癌	转录组测序和单细胞测序	NA	基因表达数据	多种肿瘤模型和辐射诱导的肺损伤模型
2823	2025-01-30	MAIT Cell-Mediated Immune Mechanisms of Dialysis-Induced Peritoneal Fibrosis and Therapeutic Targeting 2025-Jan-28, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000627 PMID:39874111	研究论文	本研究探讨了MAIT细胞在长期腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的免疫机制及治疗靶点	首次揭示了MAIT细胞通过MR1受体与间皮细胞相互作用，激活mTORC1信号通路，促进腹膜纤维化的机制，并提出了通过阻断MR1-MAIT相互作用来治疗纤维化的新策略	研究主要基于体外模型和Mr1基因敲除小鼠，尚未在人体临床试验中验证其治疗效果	探讨MAIT细胞在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	长期接受腹膜透析的患者及Mr1基因敲除小鼠	免疫学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	长期腹膜透析患者及Mr1基因敲除小鼠
2824	2024-12-09	NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury 2025-Feb-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740 PMID:39642726	研究论文	研究探讨了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用	首次揭示了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用，并提出了潜在的治疗策略	NA	探讨辐射诱导的肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡和炎症小体激活的机制	肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞和上皮细胞	NA	辐射诱导的肺损伤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、共免疫沉淀和Duolink技术	NA	细胞和组织微环境数据	NA
2825	2025-01-03	SPP1-mediated M2 macrophage polarization shapes the tumor microenvironment and enhances prognosis and immunotherapy guidance in nasopharyngeal carcinoma 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113944 PMID:39742726	研究论文	本研究探讨了SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用，并建立了一个基于机器学习的SPP1驱动的M2巨噬细胞特征来预测患者预后	首次揭示了SPP1在鼻咽癌中通过激活CD44/JAK2/STAT3信号通路促进M2巨噬细胞极化的机制，并建立了一个新的SPP1相关M2巨噬细胞特征用于预后预测和个性化治疗	研究主要基于体外实验和转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用及其对预后的影响	鼻咽癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	来自福建肿瘤医院的鼻咽癌队列、Gene Expression Omnibus队列和单细胞RNA测序数据集
2826	2025-01-04	Unveiling the role of ACTL6A in uveal melanoma metastasis and immune microenvironment 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113841 PMID:39746274	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了ACTL6A在葡萄膜黑色素瘤（UM）转移和免疫微环境中的作用	首次发现ACTL6A在UM中的低表达与不良预后相关，并揭示了其与癌症干细胞和免疫浸润的关联	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	预测和评估ACTL6A在UM预后和发展中的可能机制和临床价值	葡萄膜黑色素瘤（UM）	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, QUANTISEQ, MCP-counter	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的数据，以及8个GSE数据库的分析
2827	2025-01-06	Shared chemoresistance genes in ESCC and cervical Cancer: Insights from pharmacogenomics and Mendelian randomization 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113933 PMID:39755112	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和药物基因组学方法，探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）和宫颈癌中共同的化疗耐药基因	利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，首次揭示了CD8 + T效应记忆细胞在ESCC和宫颈癌化疗耐药中的关键作用，并鉴定了与耐药相关的关键基因	研究主要依赖于基因组数据，缺乏对耐药机制的深入功能验证	探讨ESCC和宫颈癌中共同的化疗耐药基因，以促进个性化治疗策略的开发	食管鳞状细胞癌（ESCC）和宫颈癌患者	药物基因组学	食管鳞状细胞癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 孟德尔随机化（MR）, MTT实验, 免疫组化	孟德尔随机化模型	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	多个队列的基因组数据及耐药样本
2828	2025-01-28	The analysis of transcriptomic signature of TNBC-searching for the potential RNA-based predictive biomarkers to determine the chemotherapy sensitivity 2025-Feb, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00876-x PMID:38722458	研究论文	本研究旨在通过RNA测序分析三阴性乳腺癌（TNBC）患者的转录组特征，寻找与化疗敏感性相关的RNA生物标志物	首次通过RNA测序技术结合单细胞RNA测序数据，筛选出24个与TNBC患者新辅助化疗反应和生存率显著相关的基因	样本量较小（46例FFPE样本），且需要进一步验证这些基因作为预测标志物的临床实用性	识别与TNBC患者新辅助化疗疗效显著相关的基因，以预测化疗敏感性和生存率	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	46例FFPE肿瘤样本（26例pCR，20例pPR），63个乳腺癌细胞系，TCGA数据集
2829	2024-09-28	Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration 2025-Feb, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2024.2407361 PMID:39329213	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，分析了年龄相关性黄斑变性（AMD）样本中的细胞间通信和代谢途径的异常	首次通过单细胞RNA测序数据整合分析，揭示了AMD样本中细胞间通信和代谢途径的异常，并发现了不同类型AMD中的特定信号通路和代谢状态	研究仅限于分析已有的单细胞RNA测序数据，未进行新的实验验证	通过分析高吞吐量测序数据，寻找年龄相关性黄斑变性（AMD）的特定特征	视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织中的AMD样本，以及黄斑和周边位置的样本	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	六个项目的单细胞RNA测序数据
2830	2025-01-29	Improving Spatial Transcriptomics with Membrane-Based Boundary Definition and Enhanced Single-Cell Resolution 2025-Jan-28, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401056 PMID:39871658	研究论文	本文介绍了一种新的空间转录组学方法，通过使用基因编码的荧光蛋白标记细胞膜，精确索引切片上的测序点和细胞内的转录本	提出了一种基于细胞膜标记的新方法，相比基于细胞核的方法，显著提高了基因捕获数量，并实现了更一致的单细胞RNA测序数据表达谱	未提及具体的技术限制或挑战	改进空间转录组学技术，提高细胞边界定义的准确性和单细胞分辨率	小鼠和蝾螈的肝脏、大脑和肠道	空间转录组学	NA	基因编码的荧光蛋白标记	NA	空间转录组数据	小鼠和蝾螈的肝脏、大脑和肠道样本
2831	2025-01-29	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Jan-28, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2832	2025-01-29	CCN5 suppresses injury-induced vascular restenosis by inhibiting smooth muscle cell proliferation and facilitating endothelial repair via thymosin β4 and Cd9 pathway 2025-Jan-28, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae911 PMID:39873228	研究论文	本研究探讨了CCN5在抑制血管损伤后狭窄中的作用，通过抑制平滑肌细胞增殖和促进内皮修复来预防支架内再狭窄	揭示了CCN5通过胸腺素β4和Cd9通路在血管损伤修复中的双重保护机制，并开发了CCN5重组蛋白涂层支架用于预防支架内再狭窄	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	研究CCN5在预防支架内再狭窄中的作用及其机制	猪冠状动脉和小鼠股动脉的血管平滑肌细胞和内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 质谱分析, 共免疫沉淀	NA	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	支架植入的猪冠状动脉和损伤诱导的小鼠股动脉
2833	2024-12-24	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	研究了视网膜波对视网膜神经节细胞类型转录组变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜波对不同类型视网膜神经节细胞基因表达的微弱影响	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	探讨视网膜波对视网膜神经节细胞基因表达的影响	视网膜神经节细胞的转录组变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞
2834	2025-01-26	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	研究论文	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，便于研究不同癌症类型中癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应，并设计了用户友好的界面	数据集样本量有限，且需要高级编程技能进行探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	223名患者的90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	223名患者，90,270个癌细胞，265,671个其他细胞类型
2835	2025-01-29	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	研究论文	本文探讨了造血衰老的三个表型特征的原因，特别是炎症如何促进这些衰老表型	提出了一个实验模型（IkappaBminus）来解析NFkappaB在造血衰老表型中的作用，并发现HSC自主的NFkappaB活动损害其功能，而骨髓环境中的炎症驱动髓系偏倚	研究主要基于实验模型，可能无法完全反映人类造血衰老的复杂性	解析造血衰老的三个表型特征的独立调控机制	造血干细胞（HSC）及其在衰老过程中的功能变化	生物医学	衰老相关疾病	scRNA-seq	IkappaBminus模型	基因表达数据	小鼠和人类的HSC数据集
2836	2025-01-28	COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632570 PMID:39868220	研究论文	本文介绍了COSIME，一种用于多组学数据集成和可解释性模型解释的新方法	COSIME通过可学习的最优传输（LOT）的反向传播和蒙特卡洛采样，实现了多视图数据的集成和特征关系的解释	NA	解决多组学数据集成和特征关系解释的瓶颈问题	单细胞转录组学、单细胞空间转录组学、表观基因组学和代谢组学数据	机器学习	阿尔茨海默病	可学习的最优传输（LOT）、蒙特卡洛采样	深度神经网络	多组学数据	模拟数据和真实世界数据集
2837	2025-01-28	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展的机制	使用免疫活性小鼠模型和单细胞RNA测序技术，开发了一种仅在癌组织中生物激活的GLNi前药JHU083，揭示了其对肿瘤微环境中不同巨噬细胞亚型的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索谷氨酰胺代谢抑制剂在癌症治疗中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	免疫活性小鼠模型中的妇科癌症	癌症研究	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	免疫活性小鼠模型中的肿瘤样本
2838	2025-01-16	TRIAGE: an R package for regulatory gene analysis 2025-01-12, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf004 PMID:39800877	研究论文	本文介绍了TRIAGE R包，一个专门设计用于分析批量及单细胞RNA-seq数据中调控元件的工具包	TRIAGE R包利用H3K27me3数据富集细胞类型特异性调控区域，构建高效且适应性强的转录组数据分析与可视化流程	NA	揭示细胞身份和功能的调控基础	调控基因	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	三个独立的转录组数据集
2839	2025-01-21	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.11.23298309 PMID:38014192	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，生成了溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型解析的转录组和表观遗传图谱	发现了回肠袋中以前未表征的吸收性和分泌性上皮细胞群体，这些细胞表达结肠特异性基因，但表达水平较低，并同时表达炎症和分泌基因	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋和回肠段，以及健康个体的末端回肠和升结肠	数字病理学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	患者6人（男4，女2），健康对照6人（男3，女3）
2840	2025-01-25	Critical role of Slc22a8 in maintaining blood-brain barrier integrity after experimental cerebral ischemia-reperfusion 2025-Jan, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241264401 PMID:39068534	研究论文	本研究通过多组学分析识别了在脑缺血再灌注期间调节血脑屏障破坏的关键因素，并验证了Slc22a8在维持血脑屏障完整性中的关键作用	首次通过多组学分析结合单细胞RNA测序数据，揭示了Slc22a8在脑缺血再灌注后血脑屏障破坏中的关键作用，并验证了其通过Wnt/β-catenin信号通路调节血脑屏障完整性的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究脑缺血再灌注期间血脑屏障破坏的分子机制	小鼠脑缺血再灌注模型中的内皮细胞和周细胞	分子生物学	脑缺血	多组学分析、单细胞RNA测序、转录组测序	小鼠中脑动脉闭塞/再灌注模型（MCAO/R）	RNA测序数据、蛋白质表达数据	三个小鼠MCAO/R模型的转录组测序数据集、E13.5小鼠的血脑屏障（皮层）和非血脑屏障（肺）内皮细胞的转录组数据