单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2801	2025-01-31	CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data 2025-Jan-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739 PMID:39788105	研究论文	本文介绍了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于在单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序	CSI-GEP方法在真实和模拟的单细胞RNA测序数据集中能够恢复真实的基因表达程序，显著优于包括基于GPT的神经网络在内的前沿方法	NA	开发一种可扩展且一致的无监督学习方法，用于单细胞RNA测序数据的基因表达程序恢复	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督学习	单细胞RNA测序数据	220万个小鼠脑细胞和人类肿瘤及细胞系的整合单细胞RNA测序图谱
2802	2025-01-31	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的丢失事件问题	CCI方法通过基因采样子集进行聚类，并利用相似细胞的信息来插补基因表达水平，提高了下游分析的性能	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下缺乏鲁棒性	解决scRNA-seq数据中的丢失事件问题，提高数据插补的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	scRNA-seq	共识聚类	基因表达数据	NA
2803	2025-01-31	Development of the TP53 mutation associated hypopharyngeal squamous cell carcinoma prognostic model through bulk multi-omics sequencing and single-cell sequencing 2025 Jan-Feb, Brazilian journal of otorhinolaryngology IF:1.7Q2 DOI:10.1016/j.bjorl.2024.101499 PMID:39341197	研究论文	本研究旨在基于TP53突变构建一个预后模型，用于计算HPSCC患者的预后风险评分	通过批量多组学测序和单细胞测序技术，结合TP53突变信息，构建了一个新的HPSCC预后模型，并验证了其在预测癌症特征和免疫浸润评分方面的能力	研究的样本来源依赖于公开数据库，可能存在数据偏差；单细胞测序数据的样本量可能有限	构建基于TP53突变的HPSCC预后模型，预测患者的预后风险	HPSCC患者	数字病理学	头颈癌	批量多组学测序、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多组数据集（GSE65858, GSE41613, GSE3292, GSE31056, GSE39366, GSE227156）
2804	2025-01-31	Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023446 PMID:39401848	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示人类胎儿大脑生发基质中神经发生和血管生成的新机制方面的最新进展	利用单细胞转录组学揭示了免疫-血管相互作用在生发基质血管形态发生中的关键作用，以及激活的中性粒细胞和单核细胞释放的促炎因子如何破坏这一过程，导致出血	NA	探讨生发基质出血的发病机制	人类胎儿大脑生发基质	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2805	2025-01-31	Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function 2025-Jan, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400470 PMID:39499224	研究论文	本文研究了增强的BMP信号如何改变人类β细胞的身份和功能，特别是在炎症环境下	首次揭示了炎症激活的BMP信号对胰腺β细胞的有害影响，并提出了BMP信号作为保护β细胞身份和功能的潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内模型中验证这些发现	探讨炎症环境下BMP信号在β细胞功能丧失和身份改变中的作用	人类胰岛β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组分析, qPCR	NA	基因表达数据	原代人类胰岛
2806	2025-01-31	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本文通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，该机制由一个顺式调控元件决定	揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，并确定了一个关键的顺式调控元件	研究主要集中于Capsella果实，可能不适用于其他植物或器官的形态发生	研究Capsella果实形状决定的分子机制	Capsella果实	植物生物学	NA	全器官活细胞成像, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	图像, RNA序列数据	NA
2807	2025-01-31	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	研究论文	本研究通过多祖先精细定位分析，精炼了192个乳腺癌风险区域的遗传风险和生物学机制	发现了131个新的乳腺癌风险信号，并将50个信号的因果变异缩小到单一变异，整合功能基因组学数据鉴定了195个可能的易感基因	尽管发现了大量关联信号和候选易感基因，但具体的生物学机制和功能验证仍需进一步研究	通过多祖先数据精细定位乳腺癌风险位点，揭示乳腺癌的遗传和生物学机制	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照，涵盖非洲、亚洲和欧洲血统	基因组学	乳腺癌	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序、体外实验	NA	基因组数据	172,737名乳腺癌病例和242,009名对照
2808	2025-01-31	Trajectory inference from single-cell genomics data with a process time model 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012752 PMID:39836699	研究论文	本文提出了一种名为Chronocell的方法，通过生物物理过程模型从单细胞转录组数据中推断细胞轨迹和动态信息	提出了基于生物物理过程的'过程时间'推断方法，取代了传统的'伪时间'概念，使参数推断具有实际物理意义	过程时间推断可能具有挑战性，强调了数据集质量和模型评估的重要性	从单细胞转录组数据中推断细胞轨迹和动态信息	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	Chronocell模型	基因表达数据	多种数据集，从类聚类到连续分布
2809	2025-01-31	Ex Vivo Regional Gene Therapy Compared to Recombinant BMP-2 for the Treatment of Critical-Size Bone Defects: An In Vivo Single-Cell RNA-Sequencing Study 2025-Jan-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010029 PMID:39851303	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了区域基因治疗与重组BMP-2在治疗临界大小骨缺损中的效果	首次使用单细胞RNA测序技术分析了区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的细胞和转录机制差异	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	比较区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的效果及其机制	六只大鼠的临界大小股骨缺损	数字病理	骨缺损	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	六只大鼠，每组2393个过滤细胞
2810	2025-01-31	Integrated Analysis of Bulk RNA Sequencing, eQTL, GWAS, and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Key Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70359 PMID:39853609	研究论文	本文通过整合分析Bulk RNA测序、eQTL、GWAS和单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中的关键基因及其分子机制	通过整合多种高通量测序数据和生物信息学分析方法，识别出HCC中的关键基因SERPING1和STEAP3，并阐明了它们在肿瘤微环境中的作用	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	发现肝细胞癌的新分子靶点，以改善其检测和治疗	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝细胞癌	Bulk RNA测序、eQTL分析、GWAS、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫组化、定量PCR	NA	RNA测序数据、临床数据	三个公开的HCC数据集（来自TCGA和GEO）
2811	2025-01-31	A20 as a Potential Therapeutic Target for COVID-19 2025-Jan, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70127 PMID:39853876	综述	本文探讨了A20在调节COVID-19病理过程中的潜在作用，并分析了其作为治疗靶点的可能性	提出了A20作为COVID-19治疗靶点的新视角，并利用单细胞RNA-seq数据深入分析了A20在调节与SARS-CoV-2感染相关的复杂细胞因子通路中的作用	本文为叙述性文献综述，缺乏实验验证，且单细胞RNA-seq数据分析可能存在样本偏差	研究A20在COVID-19病理过程中的调节机制及其作为治疗靶点的潜力	COVID-19患者和健康个体的单细胞RNA-seq数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	来自健康个体和不同严重程度COVID-19患者的单细胞RNA-seq数据集
2812	2025-01-28	Exploring a pico-well based scRNA-seq method (HIVE) for simplified processing of equine bronchoalveolar lavage cells 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317343 PMID:39854349	研究论文	本研究评估了基于pico-well的HIVE™ scRNA-seq方法在处理马哮喘（EA）患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞中的应用	HIVE方法提供了实用优势，包括适用于现场和临床环境，以及适合处理敏感细胞的温和工作流程	HIVE方法在细胞类型表示上存在偏差，特别是粒细胞和肥大细胞的准确性需要进一步优化	评估HIVE™ scRNA-seq方法在处理马哮喘患者的BAL细胞中的应用	马哮喘患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	单细胞RNA测序	马哮喘	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	马哮喘患者的BAL细胞样本
2813	2025-01-31	Preliminary screening of new biomarkers for sepsis using bioinformatics and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317608 PMID:39854580	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证筛选出脓毒症的新生物标志物	利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）和荟萃分析结合单细胞测序技术，筛选并验证了S100A11、QPCT和IFITM2作为脓毒症的新潜在生物标志物	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且实验验证仅限于qPCR，未进行更深入的机制研究	筛选脓毒症的新生物标志物	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、荟萃分析、单细胞测序、qPCR	NA	RNA数据	从中国国家基因库（CNGBdb）下载的脓毒症数据
2814	2025-01-31	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了早期乳腺癌中B细胞和浆细胞的肿瘤浸润与患者生存率之间的关系，发现高IGG特征表达与乳腺癌幸存者死亡风险显著降低相关	首次揭示了肿瘤中免疫基因表达与乳腺癌幸存者长期生存之间的显著联系，并确定了IGG特征及其关键基因子集作为持续抗肿瘤免疫和患者整体健康的强大标志物	研究主要基于回顾性数据，未来需要前瞻性研究来验证这些发现	探讨B细胞肿瘤浸润对乳腺癌患者总体生存率的影响	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638名乳腺癌患者
2815	2025-01-31	The Prognostic Significance of TRs in Hepatocellular Carcinoma: Insights from TCGA and GEO Databases 2025, Biomarker insights IF:3.4Q2 DOI:10.1177/11772719251315321 PMID:39866810	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验研究，探讨了甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	首次结合TCGA和GEO数据库，通过Kaplan-Meier分析、Cox回归和逻辑回归分析，发现THRB低表达与HCC患者总体生存率降低显著相关，并通过功能实验验证了THRB在抑制HCC细胞增殖和迁移中的作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且实验部分未详细说明样本来源和数量	探讨甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	Kaplan-Meier分析、Cox回归分析、逻辑回归分析、伤口愈合实验、CCK-8实验、Transwell迁移实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
2816	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Cellular Heterogeneity from Deep Fascia in Necrotizing Fasciitis Patients 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496650 PMID:39867946	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性	首次报道了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性，并发现了与抗感染相关的关键细胞亚群和蛋白质	样本量较小（NF组3例，对照组4例），可能需要更大规模的研究来验证结果	研究坏死性筋膜炎患者深筋膜中细胞的变化及其在抗感染中的作用	坏死性筋膜炎患者和健康志愿者的深筋膜样本	数字病理学	坏死性筋膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重染色、多光谱成像和免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	NF组3例，对照组4例
2817	2025-01-28	Single-cell transcriptomics identifies the common perturbations of monocyte/macrophage lineage cells in inflammaging of bone marrow 2025-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.09.013 PMID:39868348	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，识别了骨髓炎症衰老中单核/巨噬细胞系的共同扰动	首次在多种衰老和炎症小鼠模型中，通过scRNA-Seq技术揭示了单核/巨噬细胞系通过App-Cd74轴激活的共同病理途径	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探讨骨髓炎症衰老中是否存在共同的病理途径	骨髓中的单核/巨噬细胞系	生物信息学	老年病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	多种小鼠模型（TERCko/ko、5×FAD、Dmp1 Cre -DTA ki/wt、高脂饮食喂养小鼠、腰椎5神经压迫小鼠）
2818	2025-01-31	Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage 2025-Jan, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70041 PMID:39868438	研究论文	本研究探讨了骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）通过细胞外囊泡（EVs）增强小胶质细胞吞噬能力，促进脑出血后血肿清除的机制	揭示了BMDMs通过EVs传递ARG1增强小胶质细胞吞噬能力的新机制，为脑出血治疗提供了新的治疗靶点	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证	研究脑出血后小胶质细胞吞噬能力的调控机制	骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和小胶质细胞	生物医学	脑出血	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、RNA测序数据	NA
2819	2025-01-31	Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70377 PMID:39868675	研究论文	本文结合机器学习和单细胞RNA测序技术探索了胶质瘤肿瘤微环境，并通过全基因组关联研究和孟德尔随机化方法发现了影响癌症和心血管疾病结果的TME元素相关遗传变异	利用机器学习技术分析高维数据，获得新的分子亚型和生物标志物，揭示了TME中的潜在血管生成和免疫原性特征，为精准肿瘤学治疗提供信息	NA	探索胶质瘤肿瘤微环境，识别影响癌症和心血管疾病结果的遗传变异，并发现新的分子亚型和生物标志物	胶质瘤肿瘤微环境（TME）	机器学习	胶质瘤, 心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 全基因组关联研究（GWAS）, 孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	NA
2820	2025-01-31	Identifying Key Biomarkers Related to Immune Response in the Progression of Diabetic Kidney Disease: Mendelian Randomization Combined With Comprehensive Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482047 PMID:39871959	研究论文	本研究通过孟德尔随机化结合转录组学和单细胞测序分析，识别了与糖尿病肾病（DKD）进展相关的关键免疫反应生物标志物	结合孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序分析，识别了与DKD进展相关的关键基因，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需进一步在人类样本中验证	识别DKD发病和进展中的关键基因，并探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病肾病（DKD）患者和小鼠模型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化、转录组学分析、单细胞测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据、单细胞数据	DKD小鼠模型