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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2801 | 2025-11-19 |
Tumor microenvironment delineates differential responders to trastuzumab emtansine in HER2-positive metastatic breast cancer patients previously treated with pyrotinib: an exploratory biomarker analysis of a phase II study (NJMU-BC02)
2025-Sep-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02409-2
PMID:41016944
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研究论文 | 探索T-DM1在既往接受吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效及肿瘤微环境生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示癌细胞低细胞周期活性、活化巨噬细胞和CD8+ T细胞与T-DM1良好疗效相关 | 样本量较小(36例),为探索性生物标志物分析 | 评估T-DM1在既往接受吡咯替尼和/或曲妥珠单抗+帕妥珠单抗治疗失败的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效和安全性 | HER2阳性转移性乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36例HER2阳性转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2802 | 2025-11-19 |
How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术构建了水螅虫成年群体的细胞图谱,探索其细胞生物学和细胞类型表达谱 | 构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱,首次全面探索其感觉细胞类型(包括刺细胞和神经元)及其基因表达的进化 | NA | 深入了解水螅虫的细胞生物学、细胞分化遗传调控以及感觉系统的进化 | 水螅虫(Hydractinia symbiolongicarpus 和 H. echinata)的成年群体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因敲除,shRNA敲低,合成RNA过表达 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2803 | 2025-11-19 |
Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193
PMID:40875292
|
研究论文 | 本研究通过实验模型解析NF-κB在造血衰老中的不同作用机制 | 首次揭示NF-κB在造血干细胞自主功能和骨髓微环境中分别调控造血衰老不同表型的独立机制 | 研究基于特定基因缺陷模型,可能无法完全反映自然衰老过程 | 阐明炎症信号通路NF-κB在造血衰老过程中的具体作用机制 | 造血干细胞和骨髓微环境 | 单细胞生物学 | 造血系统衰老 | 单细胞RNA测序 | IκB缺陷小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2804 | 2025-11-19 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 开发了一种导电性心脏芯片模型,用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电性水凝胶支架与微流控芯片系统结合,构建具有改善电生理特性的3D心脏芯片模型 | 模型仍需进一步验证其在长期培养和疾病建模中的稳定性 | 开发更仿生的体外心脏组织模型以研究心脏发育和药物反应 | 人类诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 心脏芯片模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2805 | 2025-11-19 |
The current landscape and emerging challenges of benchmarking single-cell methods
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf380
PMID:41045508
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综述 | 本文系统评估了单细胞测序计算方法基准测试的研究现状与新兴挑战 | 提供了最全面的单细胞基准测试研究量化总结,涵盖282篇论文的系统分析 | 基于文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 评估单细胞计算方法基准测试领域现状并识别关键挑战 | 单细胞测序计算方法基准测试研究 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 282篇研究论文(130篇纯基准测试论文+152篇方法开发论文) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2806 | 2025-11-19 |
A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases
2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.05.22.25328104
PMID:40475139
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研究论文 | 本研究构建了一个B细胞激活的多组学资源,揭示了免疫介导疾病的遗传机制 | 首次系统表征了26名健康女性供体B细胞在六种不同激活条件下的多组学响应,揭示了刺激特异性开放染色质区域与免疫疾病遗传风险的关联 | 样本仅来自健康女性供体,未包括男性或患者样本,且样本量相对有限 | 阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的遗传机制 | 来自26名健康女性供体的B细胞 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 26名健康女性供体 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 表观基因组学 | NA | CITE-seq(单细胞RNA-seq与表面蛋白标记联合检测) |
| 2807 | 2025-11-19 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为PDI-TCR的新方法,用于识别抗原特异性T细胞受体,并应用于结核病患者分析CD4 T细胞的动态变化和表型特征 | 开发了PDI-TCR检测方法,能够通过比较非重叠肽池反应来区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | NA | 开发识别抗原特异性TCR的方法并研究结核病中T细胞的动态变化 | 结核病患者和结核分枝杆菌致敏健康个体的CD4 T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 肽驱动TCR识别、单细胞RNA测序、TCR测序 | NA | 序列数据、基因表达数据 | 结核病患者和IGRA+健康个体 | NA | 单细胞RNA测序、bulk TCR测序 | NA | NA |
| 2808 | 2025-11-19 |
Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632900
PMID:39868295
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研究论文 | 本研究通过实验模型解析NFkappaB活性在造血衰老表型中的作用机制 | 建立了NFkappaB活性升高实验模型,首次揭示造血衰老三大表型由不同调控机制驱动 | 实验模型可能无法完全模拟自然衰老过程 | 解析造血衰老表型的分子机制 | 造血干细胞(HSC)和骨髓微环境 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,表观基因组学,转录组学 | IkappaBminus实验模型 | 单细胞RNA测序数据,表观基因组数据,转录组数据 | 老年小鼠和人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2809 | 2025-11-19 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616802
PMID:39868275
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析,并发现SERPINH1基因在成纤维细胞功能中的关键作用 | 研究仅使用雄性Ldlr -/-小鼠模型,样本量较小(每组两个样本,每个样本由三只小鼠混合) | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠主动脉外膜细胞和人类外膜成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 雄性Ldlr -/-小鼠,每组两个样本(每个样本由三只小鼠混合) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2810 | 2025-11-19 |
<italic>PDIA5</italic> and <italic>ARFIP1</italic> as Immunogenetic Biomarkers and Therapeutic Targets in Pancreatic Neuroendocrine Neoplasms: A Multi-Omics Study Integrating MR, Gene Expression Microarray, and Single-Cell Transcriptomics
2025, Neuroendocrinology
IF:3.2Q2
DOI:10.1159/000548070
PMID:41129479
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研究论文 | 通过多组学方法鉴定PDIA5和ARFIP1作为胰腺神经内分泌肿瘤的免疫遗传生物标志物和治疗靶点 | 整合孟德尔随机化、基因表达微阵列和单细胞转录组学数据,首次系统鉴定PDIA5和ARFIP1在胰腺神经内分泌肿瘤中的生物标志物价值 | 需要进一步验证和临床探索 | 识别胰腺神经内分泌肿瘤的可操作分子靶点和生物标志物 | 胰腺神经内分泌肿瘤(PanNENs) | 生物信息学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 孟德尔随机化,基因表达微阵列,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),CIBERSORT | 蛋白质组数据,基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集(GSE73338、GSE43795、GSE256136、TCGA、GTEx) | NA | 单细胞RNA-seq,基因表达微阵列 | NA | NA |
| 2811 | 2025-11-18 |
EP300 as a potential mediator of stress-induced sleep disruption through blood-brain barrier dysfunction and neuroinflammation
2025-Dec, Sleep medicine
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.sleep.2025.106802
PMID:40939466
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了EP300基因在应激诱导睡眠障碍中通过血脑屏障功能障碍和神经炎症的潜在作用机制 | 首次发现EP300在睡眠障碍中的潜在作用,并揭示其通过影响小胶质细胞、血脑屏障功能和IL-1β表达的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 识别影响睡眠障碍的关键基因,为理解、预防和治疗睡眠障碍提供新视角 | 基因表达数据、慢性不可预见应激小鼠模型的前额叶皮层组织 | 生物信息学 | 睡眠障碍 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、孟德尔随机化、qPCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、RNA测序数据 | 慢性不可预见应激小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2812 | 2025-11-18 |
Multi-tissue spatial transcriptomics identified simultaneous responses to oxidative stress and apoptosis in parallel with tissue-specific reprogramming in modeled chronic kidney disease-mineral and bone disorder
2025-Dec, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf161
PMID:41216610
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研究论文 | 本研究通过多组织空间转录组学方法,揭示了慢性肾脏病-矿物质和骨紊乱模型中氧化应激和凋亡的同步响应以及组织特异性重编程 | 首次采用多组织空间转录组学方法同时分析皮质骨、肌肉和骨髓中的基因组重编程,识别了组织特异性和共同性转录变化 | 研究仅使用雄性小鼠模型,样本量有限,且仅采用一种疾病诱导方法 | 识别和区分慢性肾脏病-矿物质和骨紊乱中组织特异性和共同性基因组重编程 | 腺嘌呤饮食诱导的慢性肾脏病-矿物质和骨紊乱雄性小鼠的股骨-肌肉组织 | 空间转录组学 | 慢性肾脏病-矿物质和骨紊乱 | 空间转录组学,qPCR | 均匀流形逼近与投影 | 空间转录组数据,基因表达数据 | 腺嘌呤饮食诱导CKD-MBD小鼠和酪蛋白对照饮食小鼠的股骨-肌肉组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 2813 | 2025-11-18 |
Claudin-1 is a mediator and therapeutic target in primary sclerosing cholangitis
2025-Dec, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.005
PMID:40846184
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研究论文 | 本研究揭示Claudin-1在原发性硬化性胆管炎发病机制中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 首次系统证实CLDN1在PSC中的病理作用,并开发特异性单克隆抗体作为新型治疗策略 | 主要依赖临床前模型验证,需要进一步临床试验确认疗效 | 探究CLDN1在PSC发病机制中的作用并评估其作为治疗靶点的可行性 | PSC患者队列、小鼠模型和患者来源的细胞模型 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,组织图像数据 | 五个PSC患者队列的肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2814 | 2025-11-18 |
Biological and Therapeutic Potentials of MXenes in Tumor Microenvironment-Driven Oncology
2025-Nov-17, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00982
PMID:41200882
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综述 | 探讨MXenes二维纳米材料在肿瘤微环境驱动肿瘤学中的生物学和治疗潜力 | 首次系统阐述MXenes在直接肿瘤消融和肿瘤免疫微环境调控中的双重作用机制 | NA | 探索MXenes在精准肿瘤学中的治疗应用潜力 | MXenes二维纳米材料及其在肿瘤治疗中的应用 | 纳米医学 | 肿瘤 | 单细胞测序, 高维免疫分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2815 | 2025-11-18 |
Mechanistic Insights Into Recurrent Implantation Failure: The Lactate-H3K18la-SLC7A11 Axis Explored via Endometrial Organoid and Blastoid-Endometrial Cell Implantation Models
2025-Nov-16, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70147
PMID:41242872
|
研究论文 | 本研究通过子宫内膜类器官和胚泡-子宫内膜细胞植入模型,揭示了乳酸-H3K18la-SLC7A11轴在调控子宫内膜容受性中的新机制 | 首次发现乳酸通过H3K18la表观遗传修饰调控SLC7A11表达,进而促进上皮-间质转化和胚胎植入的新机制 | NA | 探索复发性植入失败的分子机制 | 人类子宫内膜类器官和胚泡-子宫内膜细胞植入模型 | 生殖医学 | 复发性植入失败 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2816 | 2025-11-18 |
Deciphering the nexus of aging and pan-cancer: Single-cell sequencing reveals microenvironmental remodeling and cellular drivers
2025-Nov-15, Bioscience trends
IF:5.7Q1
DOI:10.5582/bst.2025.01307
PMID:41139485
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综述 | 通过单细胞测序技术解析衰老与泛癌发展的关联机制及肿瘤微环境重塑 | 整合单细胞测序数据揭示衰老细胞通过分泌SASP因子重塑肿瘤微环境的具体机制 | 单细胞测序数据存在批次效应,衰老细胞丰度低(<5%)影响分析灵敏度 | 探讨衰老作为泛癌发展风险因素的生物学机制 | 衰老细胞亚群(如CDKN2A/LMNB1细胞)及肿瘤微环境组成细胞 | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多组学整合分析 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | 基于TCGA和GEO等公共数据库的泛癌分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2817 | 2025-11-18 |
PIEZO1 gain-of-function mutation drives cardiomyopathy by disrupting myocardial lipid homeostasis besides iron overload
2025-Nov-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady9242
PMID:41237237
|
研究论文 | 本研究揭示了PIEZO1功能获得性突变通过破坏心肌脂质代谢导致心肌病的机制 | 首次发现PIEZO1功能获得性突变除铁超载外,还通过钙信号-CaMKII-FOXO3轴破坏脂质代谢导致心肌病 | 研究样本量有限,仅基于一名患者和动物模型数据 | 探究PIEZO1突变与心肌病发展的关系及其分子机制 | 31岁男性先证者、PIEZO1 D674Y突变小鼠模型、心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1名患者和转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2818 | 2025-11-18 |
Integrating machine learning and experimental validation identifies a post-translational modification gene signature for prognosis and treatment response in breast cancer
2025-Nov-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23772-8
PMID:41238648
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习与实验验证,开发了乳腺癌预后和治疗响应的翻译后修饰基因特征 | 首次系统整合多种翻译后修饰(PTM)信息,从117个机器学习模型中筛选最优组合构建PTM相关基因特征(PTMRS),并在单细胞和空间转录组水平验证基因表达模式 | 研究样本量未明确说明,验证主要依赖公共数据集和有限实验验证 | 阐明多种翻译后修饰与乳腺癌预后的关联,开发预后预测模型 | 乳腺癌患者和肿瘤组织 | 机器学习 | 乳腺癌 | GSVA、PCR、单细胞RNA-seq、空间转录组 | 机器学习集成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 2819 | 2025-11-18 |
Exploring mitochondrial ribosomal protein S12 as a novel target for non-small cell lung cancer
2025-Nov-14, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01128-9
PMID:41238733
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研究论文 | 本研究探讨线粒体核糖体蛋白S12(MRPS12)在非小细胞肺癌发病机制中的表达和功能意义 | 首次将MRPS12确定为非小细胞肺癌的新型治疗靶点,并系统验证其通过调控线粒体功能促进肿瘤恶性进展的机制 | 未涉及MRPS12靶向治疗的临床转化研究,缺乏在更广泛肺癌亚型中的验证 | 探索MRPS12作为非小细胞肺癌新型治疗靶点的潜力 | 非小细胞肺癌细胞系、患者组织样本和裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, shRNA基因沉默, CRISPR-Cas9基因敲除, 线粒体功能分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 功能实验数据 | 癌症基因组图谱数据集, 多种NSCLC细胞类型, 裸鼠移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2820 | 2025-11-18 |
STPath: a generative foundation model for integrating spatial transcriptomics and whole-slide images
2025-Nov-14, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02020-3
PMID:41238784
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研究论文 | 提出STPath生成式基础模型,通过整合空间转录组学和全切片图像来预测基因表达 | 首次开发能够直接预测38,984个基因在17个器官中表达的基础模型,无需下游微调 | NA | 开发可扩展的空间转录组学病理应用 | 空间转录组数据和全切片图像 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学,全切片图像分析 | 几何感知Transformer | 图像,基因表达数据 | 23个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |