单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2781	2025-01-16	Decoding the role of SLC25A5 in osteosarcoma drug resistance and CD8+ T cell exhaustion: The therapeutic potential of phyllanthin 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156291 PMID:39752785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析肿瘤免疫微环境，探讨了SLC25A5在骨肉瘤药物耐药性和CD8+ T细胞耗竭中的作用，并提出了Phyllanthin作为潜在治疗药物的可能性	首次揭示了SLC25A5在骨肉瘤中的致病作用，并通过单细胞时空进化研究，提出了Phyllanthin作为治疗骨肉瘤的新策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证	探讨骨肉瘤的发病机制，特别是药物耐药性和免疫逃逸的分子机制	骨肉瘤细胞和CD8+ T细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
2782	2025-01-16	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404491 PMID:39540244	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，揭示了乳头状甲状腺癌的空间异质性、恶性和转移机制	结合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，首次在空间和单细胞水平上解析了乳头状甲状腺癌的肿瘤内空间异质性和进化机制	NA	研究乳头状甲状腺癌的空间异质性、恶性和转移机制	乳头状甲状腺癌细胞	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间分辨转录组学（SRT）	NA	转录组数据，形态学数据	NA
2783	2025-01-16	Loss of FTH1 Induces Ferritinophagy-Mediated Ferroptosis in Anaemia of Myelodysplastic Syndromes 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70350 PMID:39804099	研究论文	本研究探讨了FTH1在骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的作用，发现FTH1的减少与铁蛋白自噬和铁死亡相关，可能成为MDS贫血的新治疗靶点	首次揭示了FTH1在MDS患者中的减少与铁蛋白自噬和铁死亡的关系，并提出了FTH1介导的铁蛋白自噬作为MDS治疗新靶点的可能性	研究主要基于细胞实验，尚未在动物模型或临床患者中验证FTH1作为治疗靶点的有效性	探讨FTH1在MDS患者贫血发展中的作用及其潜在治疗价值	MDS患者的GlycoA有核红细胞、K562和SKM1细胞	NA	骨髓增生异常综合征	单细胞测序、shRNA基因敲低	NA	mRNA表达数据、细胞实验数据	MDS患者的GlycoA有核红细胞样本、K562和SKM1细胞系
2784	2025-01-14	Major cell types in the coronary thrombosis of acute myocardial infarction patients revealed by scRNA-seq 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70181 PMID:39804415	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2785	2025-01-16	Advances in modeling cellular state dynamics: integrating omics data and predictive techniques 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2024.2449518 PMID:39807350	综述	本文综述了当前用于建模细胞状态动态的方法，包括从动态或静态生物分子网络模型到深度学习模型的技术	强调了这些方法如何与转录组学和单细胞RNA测序等多种组学数据结合，以捕捉和预测细胞行为和转变	讨论了这些方法在可扩展性和分辨率要求方面的局限性，这些要求根据研究生物系统的复杂性和大小而变化	旨在指导未来研究开发更强大和可解释的模型，以理解和操纵各种生物背景下的细胞状态动态，最终推进治疗策略和精准医学	细胞状态动态	机器学习	NA	转录组学, 单细胞RNA测序	深度学习模型	组学数据	NA
2786	2025-01-16	Machine learning identification of NK cell immune characteristics in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01581-z PMID:39433650	研究论文	本研究通过单细胞测序和批量RNA测序，利用机器学习方法识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征，并构建预后预测系统	首次结合单细胞测序和批量RNA测序，利用机器学习方法识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征，并发现CD7作为重要的生物标志物	样本量较小，仅包括8个正常肝组织和8个肝细胞癌肿瘤组织	识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征，并构建预后预测系统	肝细胞癌（HCC）	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，RT-qPCR，MTS，流式细胞仪	机器学习模型	RNA测序数据	8个正常肝组织和8个肝细胞癌肿瘤组织
2787	2025-01-16	Single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of APOE- cells yielding pathological lymph node metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70172 PMID:39810624	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌中APOE-细胞亚群与淋巴结转移的关联	发现APOE-细胞亚群与甲状腺乳头状癌的晚期阶段和淋巴结转移相关，并建立了基于机器学习的scRNA-seq数据预测模型	研究样本量有限，且主要基于甲状腺乳头状癌，未涵盖其他类型的甲状腺癌	探讨甲状腺乳头状癌的转移机制及APOE在其中的作用	甲状腺乳头状癌组织样本	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及甲状腺癌组织样本
2788	2025-01-15	CD137 Protein Expression Pattern Determines the Functional Role of Galectin-9 in Colorectal Cancer 2025-Feb, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23838 PMID:39503215	研究论文	本研究通过分析结直肠癌单细胞测序数据，开发了一种新的临床预后工具，并探索了LGALS9基因作为潜在治疗靶点的可能性	利用Scissor算法创建了基于13个关键基因的结直肠癌预后评分系统（SDRS），并揭示了LGALS9及其蛋白Galectin-9在CD137表达改变的结直肠癌小鼠模型中的功能作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	开发结直肠癌的临床预后工具并探索潜在治疗靶点	结直肠癌患者和小鼠模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	Scissor算法	单细胞测序数据	结直肠癌患者和小鼠模型
2789	2025-01-15	Promising Nanoparticles-Based Oral Therapy for Effective Inhibition of Hepatocellular Carcinoma with Portal Vein Tumor Thrombus 2025-Jan-14, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c05798 PMID:39808085	研究论文	本文开发了一种基于纳米颗粒的口服疗法，用于有效抑制伴有门静脉癌栓的肝细胞癌	利用单细胞RNA测序技术分析门静脉癌栓的肿瘤微环境，开发了CaCO@PDA纳米颗粒口服制剂，结合了盐酸多柔比星和低分子量肝素，旨在突破癌栓屏障并提高口服给药效率	NA	开发一种口服药物递送系统，以方便、简单、生物安全且提高患者依从性的方式治疗伴有门静脉癌栓的肝细胞癌	肝细胞癌患者，特别是伴有门静脉癌栓的患者	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2790	2025-01-15	A comprehensive analysis to reveal the underlying molecular mechanisms of natural killer cell in thyroid carcinoma based on single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01779-x PMID:39808350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据揭示了自然杀伤细胞在甲状腺癌中的潜在分子机制	首次通过单细胞RNA测序数据全面分析自然杀伤细胞在甲状腺癌中的作用，并识别出关键基因和药物	KEGG功能富集分析仅获得两条信号通路，可能限制了分子机制的全面理解	探索自然杀伤细胞在甲状腺癌中的分子机制，以帮助疾病的管理和治疗	甲状腺癌组织中的自然杀伤细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	从公共数据库下载的数据，具体样本数量未提及
2791	2025-01-15	Single-cell sequencing in diabetic retinopathy: progress and prospects 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06066-x PMID:39806376	综述	本文综述了单细胞测序在糖尿病视网膜病变研究中的进展和前景	单细胞RNA测序克服了传统批量RNA测序的局限性，提供了单个细胞水平的转录组数据，能够区分新的细胞亚型、发育轨迹和细胞间通讯	NA	探讨单细胞测序在糖尿病视网膜病变研究中的应用和进展	视网膜细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2792	2025-01-15	Characterizing tertiary lymphoid structures associated single-cell atlas in breast cancer patients 2025-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03635-y PMID:39806382	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究了乳腺癌患者中与三级淋巴结构（TLS）相关的区域，并识别了18种细胞类型及其相互作用	首次在单细胞水平上详细描述了乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和细胞间通讯，揭示了巨噬细胞在TLS中的谱系转变和特定T细胞与B细胞的强相互作用	研究主要依赖于高分辨率技术，可能受限于样本量和技术的覆盖范围	探索乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和功能，以增强对免疫治疗反应的理解	乳腺癌患者的TLS相关区域	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	四个独立的乳腺癌数据集，包括一个来自10×Xenium平台的细胞级分辨率数据集和三个来自10×Visium平台的斑点级数据集
2793	2025-01-15	Amantadine modulates novel macrophage phenotypes to enhance neural repair following spinal cord injury 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05916-y PMID:39806436	研究论文	本研究探讨了金刚烷胺在脊髓损伤后通过调节巨噬细胞表型来增强神经修复的机制	首次揭示了金刚烷胺通过调节HIF-1α和NF-κB通路，促进巨噬细胞从炎症表型向修复表型转变，从而增强脊髓损伤后的神经修复	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索金刚烷胺在脊髓损伤后调节巨噬细胞表型以促进神经修复的分子机制	脊髓损伤后的小鼠模型	生物医学	脊髓损伤	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维基因共表达网络分析（hdWGCNA）、slingshot轨迹分析、免疫荧光染色、流式细胞术、Western blotting	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	小鼠模型，具体数量未明确
2794	2025-01-15	The microenvironment cell index is a novel indicator for the prognosis and therapeutic regimen selection of cancers 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05950-w PMID:39806464	研究论文	本研究基于微环境细胞（MCs）浸润建立了一个预后预测模型，并探索了三阴性乳腺癌（TNBC）的新治疗策略	提出了微环境细胞指数（MCI）作为TNBC患者预后和治疗方案选择的新指标，并通过多种技术验证了其有效性	研究主要基于TNBC患者，未涉及其他类型癌症的验证	建立基于MCs浸润的预后预测模型，并探索TNBC的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, SRT, mIF	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据、空间转录组数据、多重免疫荧光染色数据	TNBC患者的bulk RNA-seq数据、scRNA-seq数据、SRT数据、mIF数据及荷瘤小鼠实验
2795	2025-01-15	Lipid nanoparticles deliver DNA-encoded biologics and induce potent protective immunity 2025-Jan-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02211-8 PMID:39806486	研究论文	本研究比较了不同脂质纳米颗粒（LNP）配方在递送DNA编码生物制剂方面的效果，评估了其表达效率和在不同模型中产生的保护性免疫	研究发现，使用Moderna的Spikevax mRNA疫苗中的LNP配方（LNP-M）递送DNA疫苗，相比电穿孔法，能诱导更强的抗原特异性抗体和T细胞免疫反应，并通过单细胞RNA测序揭示了其增强免疫反应的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索LNP在递送DNA编码生物制剂中的潜力，特别是其在疫苗和癌症免疫治疗中的应用	DNA编码的疫苗和癌症免疫治疗药物	生物医学工程	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠模型
2796	2025-01-15	Deterministic patterns in single-cell transcriptomic data 2025-Jan-11, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00490-5 PMID:39799124	研究论文	本文报告了单细胞转录组数据统计图中确定性模式的存在，并发展了一种理论来解释这些模式	提出了确定性模式的存在，并证明这些模式既非测量过程引入的伪影，也非基础生物学机制所致，而是由有限样本量效应自然产生的	未提及具体局限性	研究单细胞转录组数据中的确定性模式及其成因	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交和五种不同类型的单细胞测序平台	NA	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
2797	2025-01-15	Comprehensive analysis pinpoints CCNA2 as a prognostic and immunological biomarker in non-small cell lung cancer 2025-Jan-11, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03490-7 PMID:39799294	研究论文	本文通过综合分析确定CCNA2作为非小细胞肺癌（NSCLC）的预后和免疫生物标志物	首次系统性地分析了CCNA2在NSCLC中的表达及其与临床病理特征和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于公开的基因表达数据集，缺乏大规模临床样本的验证	探索CCNA2在NSCLC中的功能及其作为生物标志物的潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）	生物信息学	肺癌	qRT-PCR, 免疫组织化学（IHC）, 单细胞测序	NA	基因表达数据	三个GEO数据集（GSE18842, GSE101929, GSE116959）
2798	2025-01-15	Ferroptosis-related genes participate in the microglia-induced neuroinflammation of spinal cord injury via NF-κB signaling: evidence from integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis 2025-Jan-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06095-0 PMID:39799354	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组分析，探讨了铁死亡相关基因通过NF-κB信号通路参与脊髓损伤（SCI）中微胶质细胞诱导的神经炎症的分子和细胞机制	发现了一种新的微胶质细胞亚群，该亚群表现出M1极化和铁死亡表型，并揭示了其在SCI中触发神经炎症和诱导神经元退化的潜在机制	研究主要依赖于公开的基因表达数据集，缺乏独立的实验验证	探讨铁死亡和免疫反应在脊髓损伤中的分子和细胞机制	脊髓损伤中的微胶质细胞和神经元	数字病理学	脊髓损伤	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组分析, ChIP-seq	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE45006, GSE69334, GSE151371, GSE214349, GSE184369, GSE162610, GSE226286）
2799	2025-01-15	[WWP1 plays a positive role in ameloblast differentiation and enamel formation in mice] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240916-00349 PMID:39743363	研究论文	本文研究了含有WW域的E3泛素蛋白连接酶1（WWP1）在小鼠牙釉质发育中的作用	首次揭示了WWP1在成釉细胞分化和牙釉质形成中的积极作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探讨WWP1在牙釉质发育中的功能	小鼠的切牙组织和下颌第一磨牙牙胚	生物医学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、显微CT、扫描电子显微镜、能量色散谱（EDS）、免疫荧光、Western blot	Wwp1基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、图像数据、蛋白质表达数据	P1、P7、P14、P28、2个月和3个月的小鼠，每组3-6只
2800	2025-01-15	[Advances in tooth development studies based on single-cell RNA sequencing] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240927-00363 PMID:39743369	综述	本文总结了基于单细胞RNA测序技术在牙齿发育研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入解析牙齿发育过程中的细胞异质性和器官发育轨迹	NA	探讨牙齿发育的复杂过程及其潜在治疗靶点	牙齿发育过程中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA