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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-12-14 |
Interferon-stimulated gene GALNT2 restricts respiratory virus infections
2025-Dec-12, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-02200-7
PMID:41387548
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序,揭示了干扰素刺激基因GALNT2作为抗病毒因子,通过O-糖基化机制限制多种冠状病毒和甲型流感病毒的复制,影响病毒清除和疾病严重程度 | 首次将GALNT2鉴定为抗病毒干扰素刺激基因,并阐明其通过O-糖基化调控病毒糖蛋白加工和病毒-细胞融合的机制,同时发现病毒刺突蛋白的丝氨酸残基是GALNT2敏感性的关键遗传决定因素 | 研究主要基于体外和体内实验,人类遗传数据分析可能受样本量限制,且GALNT2在其他呼吸道病毒中的作用尚未全面探索 | 探究干扰素刺激基因在抗呼吸道病毒感染中的功能和机制 | 野生型和IFNAR缺陷小鼠的肺组织、COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞,以及多种冠状病毒和甲型流感病毒 | 自然语言处理 | NA | 转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 野生型和IFNAR小鼠的肺组织样本、COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 262 | 2025-12-14 |
S1PR3 Inhibition in alveolar epithelial cells alleviates pulmonary fibrosis by enhancing alveolar barrier function
2025-Dec-12, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03435-y
PMID:41387860
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研究论文 | 本研究探讨了S1PR3在肺泡上皮细胞中的表达及其在肺纤维化中对肺泡-毛细血管屏障功能的影响 | 首次在肺纤维化模型中系统研究了肺泡上皮细胞特异性S1PR3的功能,并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体中进行临床验证 | 探究S1PR3在肺纤维化发病机制中的作用,并评估其作为治疗靶点的可行性 | 肺泡上皮细胞、肺纤维化小鼠模型、特发性肺纤维化患者样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、siRNA敲低、选择性拮抗剂抑制 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织病理学图像 | 公共单细胞RNA测序数据集中的特发性肺纤维化患者样本及博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 263 | 2025-12-14 |
Multiomics insights into rumen microbiome and function in grazing lambs: implications for nutrient absorption and grassland sustainability
2025-Dec-12, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02200-z
PMID:41387926
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了放牧羔羊瘤胃微生物组与功能在营养吸收和草地可持续性中的作用 | 首次结合宏基因组、宏转录组、单细胞RNA测序和血清代谢组学,系统解析了瘤胃微生物与上皮细胞亚型在草料消化和短链脂肪酸代谢中的相互作用 | 研究仅针对羔羊,结果可能不适用于其他反刍动物;实验设计为双因素(放牧强度和精料补充),但未考虑长期效应 | 探究瘤胃微生物组如何调控草料摄入和宿主代谢,以优化反刍动物管理策略并促进草地可持续性 | 72只放牧羔羊的瘤胃微生物组、瘤胃壁上皮细胞和血清代谢物 | 微生物组学 | NA | 宏基因组分析、宏转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、血清代谢组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据、代谢组数据 | 72只羔羊 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 264 | 2025-12-14 |
Lifestyle shapes preclinical social and microglial deficits in an Alzheimer's disease mouse model
2025-Dec-12, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03368-4
PMID:41388145
|
研究论文 | 本研究利用App敲入小鼠模型,探索生活方式干预如何影响阿尔茨海默病临床前阶段的社会行为、小胶质细胞功能及免疫反应 | 首次在阿尔茨海默病小鼠模型中,通过连续追踪至7月龄,结合单细胞RNA测序技术,揭示了临床前阶段社会行为缺陷与小胶质细胞免疫监视功能受损的早期关联,并发现环境富集可调节干扰素反应性小胶质细胞 | 研究基于还原论的小鼠模型,可能无法完全模拟人类阿尔茨海默病的复杂性;样本量未明确说明;结果主要聚焦于临床前阶段,未延伸至疾病晚期表现 | 探究生活方式因素(通过环境富集模拟)对阿尔茨海默病临床前阶段行为、神经可塑性和免疫系统的影响 | App敲入小鼠(阿尔茨海默病模型小鼠) | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、血浆分析、行为追踪 | NA | 基因表达数据、行为数据、血浆生物标志物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 265 | 2025-12-14 |
Single-Cell and Multiomic Analysis Reveals Neutrophil Heterogeneity and Prognostic Value in Cervical Lesions
2025-Dec-12, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70294
PMID:41388279
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了宫颈病变中中性粒细胞的异质性及其在疾病进展和预后中的关键作用 | 首次在宫颈癌中鉴定出五个中性粒细胞亚群(N0-N4),并发现N4亚群在疾病进展中显著增加,通过空间转录组学和组织微阵列分析证实了N4在肿瘤区域的富集及其与增殖、转移和免疫逃逸相关基因的关联 | 研究样本量相对较小(20例宫颈活检样本),且主要基于单中心数据,需要更大规模的多中心验证 | 探究中性粒细胞在宫颈癌肿瘤微环境中的异质性及其在疾病进展和预后中的作用 | 宫颈活检样本,涵盖不同疾病阶段的宫颈病变 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,组织微阵列分析,多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据,组织微阵列数据 | 20例宫颈活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 266 | 2025-12-14 |
CD9-positive tumor-associated macrophages promote renal cell carcinoma progression by activating the orphan nuclear receptor Nor1/Nr4a3
2025-Dec-12, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04060-x
PMID:41388297
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CD9阳性肿瘤相关巨噬细胞通过激活孤儿核受体Nor1/Nr4a3促进肾细胞癌进展 | 首次在肾细胞癌肿瘤组织中鉴定出CD9巨噬细胞亚群,并揭示其通过激活Nor1/Nr4a3通路促进肿瘤发展的新机制 | 研究样本量较小(仅3例患者),且机制研究主要依赖体外和体内实验,临床验证不足 | 探究肾细胞癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用机制 | 肾细胞癌患者肿瘤组织、外周血免疫细胞及体外培养的巨噬细胞 | 单细胞组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例肾细胞癌患者的肿瘤组织及匹配的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 267 | 2025-12-14 |
Nuclear PD-L1 drives IFN-γ-promoted lung metastasis of triple-negative breast cancer via POLR2A-mediated transcriptional activation of LY6E
2025-Dec-12, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-025-02193-5
PMID:41388312
|
研究论文 | 本文揭示了核PD-L1通过POLR2A介导的LY6E转录激活,驱动IFN-γ促进的三阴性乳腺癌肺转移的新机制 | 发现了IFN-γ-核PD-L1/POLR2A-LY6E信号轴在TNBC肺转移中的关键作用,揭示了PD-L1在免疫检查点功能之外的转录调控新角色 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限,且机制细节如HDAC2介导的去乙酰化具体过程需进一步探索 | 探究PD-L1在免疫检查点功能之外对三阴性乳腺癌肺转移的影响及机制 | 三阴性乳腺癌细胞系(小鼠和人类)、免疫健全和免疫缺陷小鼠模型、TNBC患者样本 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序、染色质免疫沉淀测序、CRISPR/Cas9基因编辑、共免疫沉淀、生物信息学分析 | NA | 测序数据、蛋白质相互作用数据、体内实验数据 | 未明确指定具体样本数量,涉及TNBC肺转移的scRNA-seq数据、细胞系及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 268 | 2025-12-14 |
Orthologous genes of the red flour beetle Tribolium castaneum and the vinegar fly Drosophila melanogaster
2025-Dec-12, BMC genomic data
IF:1.9Q3
DOI:10.1186/s12863-025-01397-0
PMID:41388371
|
研究论文 | 本文通过OrthoFinder平台和eggNOG数据库分析,生成了赤拟谷盗和黑腹果蝇之间超过9,000个直系同源基因的列表,为比较基因组学研究提供资源 | 首次系统性地编译了赤拟谷盗和黑腹果蝇之间的直系同源基因列表,结合自动推断和手动系统发育树分析验证结果 | 分析基于参考蛋白质组数据,可能未涵盖所有基因变体或物种特异性基因 | 为赤拟谷盗和黑腹果蝇的比较基因组学和基因功能研究提供直系同源基因资源 | 赤拟谷盗和黑腹果蝇的基因组和蛋白质组数据 | 比较基因组学 | NA | 系统发育直系同源推断,手动系统发育树分析 | NA | 蛋白质组数据 | 两个物种的参考蛋白质组 | NA | NA | OrthoFinder平台,eggNOG 6.0数据库 | 使用OrthoFinder平台进行直系同源推断,结合eggNOG 6.0数据库进行结果评估 |
| 269 | 2025-12-14 |
Multimodal analysis reveals potential association of CDH13 with endothelial cells and its overexpression in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-12, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03667-0
PMID:41388436
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研究论文 | 本研究通过多组学策略系统探讨了CDH13在肝细胞癌中的表达、调控机制及潜在功能 | 首次整合空间转录组学、单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9基因编辑等多模态方法,系统揭示了CDH13通过FOXA1-CDH13轴促进血管生成、免疫逃逸和代谢重编程的新机制 | 研究主要基于回顾性队列和体外细胞实验,缺乏前瞻性临床验证和体内动物模型实验 | 探索CDH13在肝细胞癌发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌组织样本、肝癌细胞系、内皮细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 转录组学、蛋白质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、免疫组化、CRISPR/Cas9基因编辑、ChIP-seq、WGCNA、GSVA、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据、单细胞测序数据、临床病理数据 | 5145个HCC样本(mRNA分析),165个公共样本和476个临床配对样本(蛋白质分析),包括361个来自广西医科大学和115个来自玉林红十字医院的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 270 | 2025-12-14 |
Tumor-stromal crosstalk and macrophage enrichment are associated with chemotherapy response in bladder cancer
2025-Dec-12, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.70179
PMID:41388608
|
研究论文 | 本研究通过功能性离体膀胱癌组织切片模型结合空间转录组学,揭示了肿瘤-基质相互作用和巨噬细胞富集与膀胱癌化疗反应的关系 | 首次使用功能性离体膀胱癌组织切片模型结合空间转录组学分析,发现SPP1基因作为潜在预测生物标志物,并揭示了巨噬细胞招募在化疗耐药中的新机制 | 样本量相对较小(n=64),且为离体模型,可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 探究肿瘤-基质相互作用和巨噬细胞招募在膀胱癌化疗耐药中的作用机制 | 肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)患者组织样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 64个空间转录组样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 271 | 2025-12-14 |
Systemic immune activity occurs during human immune system maturation
2025-Dec-11, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.10.003
PMID:41161316
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序,分析了321个样本中2,868,420个免疫细胞,揭示了人类免疫系统在妊娠中期成熟过程中的系统性免疫活动 | 发现了胸腺外CD4 T细胞亚群介导TOX2前体细胞向成熟初始CD4 T细胞的转变,挑战了胎儿免疫静默的现有范式,揭示了跨器官共享的记忆/活化T细胞和驻留记忆克隆,并识别了两种抑制胎儿T细胞活化的耐受机制 | NA | 探究人类免疫系统在妊娠中期的成熟过程和耐受机制 | 人类胎儿和成人组织中的免疫细胞,包括23个器官的样本 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, T细胞受体测序数据 | 321个样本,涵盖23个器官,包括成人组织作为对照 | NA | 单细胞RNA-seq, T细胞受体测序 | NA | NA |
| 272 | 2025-12-14 |
Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genetic regulation in lung cancer
2025-Dec-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101100
PMID:41386230
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研究论文 | 本研究通过单细胞eQTL图谱揭示了肺癌中细胞类型特异性的遗传调控机制 | 构建了迄今最大规模的人类肺组织单细胞eQTL图谱,发现超过60%的sc-eQTLs具有细胞类型特异性,且47%的已知NSCLC易感位点表现出细胞类型特异性的多效性遗传调控 | 研究未明确说明样本的临床分期或亚型分布,可能影响结果的普适性 | 阐明肺癌遗传易感性的细胞类型特异性调控机制 | 222名捐赠者的肺组织单细胞RNA测序数据 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | eQTL分析 | 单细胞转录组数据 | 222名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2025-12-14 |
RoCK and ROI: single-cell transcriptomics with multiplexed enrichment of selected transcripts and region-specific sequencing
2025-Dec-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66248-z
PMID:41372142
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RoCK和ROI的单细胞转录组测序工作流程,通过靶向捕获和选择性引物技术增强关键转录本和特定区域的检测 | 开发了RoCKseq和ROIseq两种技术,能够在单细胞转录组测序中富集关键转录本并定向测序特定区域,同时不损害整体转录组信息 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 提高单细胞转录组测序中特定转录本和转录区域的检测率,以更好地理解细胞生物学 | 单细胞转录组 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),靶向捕获,选择性引物 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2025-12-14 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Dec-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101035
PMID:41061702
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于深度神经网络的方法DeepScence,用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞 | 开发了DeepScence方法,结合了自建的衰老相关基因集CoreScence,在单细胞和空间转录组数据中显著优于现有方法 | NA | 研究衰老细胞的空间和分子特征 | 衰老细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 275 | 2025-12-14 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-10, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
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研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶标调控级联的协议 | 通过整合细胞外信号和空间依赖性,克服了传统方法忽视空间约束的局限,实现了信号通路的系统映射 | NA | 开发一种从空间转录组学数据推断基因调控网络的方法 | 复杂组织如发育胚胎和肿瘤中的信号通路 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架(SpaGRN) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 276 | 2025-12-14 |
Ketogenic diet impairs NK cell cytotoxic function in colorectal cancer liver metastasis by inducing ferroptosis via suppression of the p62-Keap1-Nrf2 pathway
2025-Dec-10, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103969
PMID:41385828
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研究论文 | 本研究揭示了生酮饮食通过诱导铁死亡损害NK细胞功能,从而促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次阐明生酮饮食通过p62-Keap1-Nrf2通路诱导NK细胞铁死亡,进而促进癌症转移的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人体临床验证尚不充分 | 探究生酮饮食对结直肠癌肝转移及抗肿瘤免疫的影响 | 结直肠癌肝转移小鼠模型、NK细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、非靶向代谢组学、免疫荧光染色 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据、代谢组数据、流式细胞数据 | 小鼠模型及患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 277 | 2025-12-14 |
Engineering tumor spatial heterogeneity in vitro
2025-Dec-10, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115757
PMID:41386498
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综述 | 本文综述了肿瘤微环境中空间异质性的重要性,并探讨了利用工程化技术(如3D生物打印、类器官组装体、芯片器官系统和ECM模拟支架)在体外重建肿瘤空间组织以模拟体内病理生理学的研究进展 | 整合了当前对肿瘤空间异质性的理解与工程化策略,为未来肿瘤生物学和治疗创新提供指导,强调了通过先进工程技术与空间组学结合来模拟和探索肿瘤微区域生物学 | NA | 探讨如何利用工程化技术重建肿瘤空间异质性,以模拟体内肿瘤微环境并研究其生物学和治疗意义 | 肿瘤微环境中的空间异质性,包括细胞组成、表型状态、ECM组织以及生化和生物物理梯度 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学、多重成像 | NA | 空间组学数据、成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 278 | 2025-12-14 |
SHC adaptor protein 1 drives CAF-mediated immune exclusion and notch-dependent angiogenesis in lung adenocarcinoma
2025-Dec-10, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149542
PMID:41386608
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研究论文 | 本研究探讨了SHC1在肺腺癌肿瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用,并开发了一个基于液相分离风险的生物标志物签名 | 首次将SHC1的液相分离特性与肺腺癌的血管生成、免疫排斥及癌症相关成纤维细胞浸润联系起来,并利用机器学习算法组合开发了预测签名 | 研究主要基于计算分析和体外实验,体内验证仅限于斑马鱼模型,缺乏更高级的哺乳动物模型验证 | 探索SHC1在肺腺癌肿瘤微环境和血管生成中的功能及机制 | 肺腺癌患者样本、癌细胞系及斑马鱼模型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞转录组学、多重免疫组化、RNA测序、Western blot | 机器学习算法组合 | 转录组数据、图像数据 | 未明确指定患者样本数量,但使用了单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2025-12-14 |
Deep profiling of human T cells defines compartmentalized clones and phenotypic trajectories across blood and tonsils
2025-Dec-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.025
PMID:41308653
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序深入分析了人类T细胞在血液和扁桃体中的克隆分布和表型轨迹 | 首次大规模比较血液和扁桃体T细胞的单细胞数据,揭示了组织特异性克隆扩增模式和年龄相关的克隆共享变化 | 研究仅聚焦于扁桃体组织,未涵盖其他组织类型,样本量相对有限(10名捐赠者) | 探究T细胞在血液和组织中的分布差异及其对T细胞受体(TCR)库多样性的影响 | 人类T细胞,来自10名捐赠者的血液和扁桃体样本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 570万个T细胞,来自10名捐赠者的血液和扁桃体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2025-12-14 |
Multimodal mass spectrometry imaging for plaque- and region-specific neurolipidomics in Alzheimer's disease mouse models
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65956-w
PMID:41365882
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研究论文 | 本文开发了一种多模态质谱成像框架,用于研究阿尔茨海默病小鼠模型中斑块和区域特异性的神经脂质组学 | 整合了MALDI-2质谱成像、离子淌度谱和荧光显微镜,提高了检测能力和空间化学分辨率,并开发了多模态图像配准计算流程 | 研究仅使用雌性小鼠模型,且机制探索依赖于现有空间转录组数据的整合 | 探究阿尔茨海默病中Aβ斑块形成相关的脂质改变及其生化机制 | 雌性5xFAD和APP转基因小鼠的大脑组织 | 质谱成像 | 阿尔茨海默病 | MALDI-2质谱成像、离子淌度谱、荧光显微镜 | NA | 质谱成像数据、荧光图像 | 雌性5xFAD和APP小鼠(具体数量未明确) | NA | 质谱成像 | NA | NA |