单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10550 篇文献，本页显示第 2721 - 2740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2721 | 2025-11-05 |
Transcriptomic response analysis of rubber tree saplings to water-deficit stress at single-cell resolution
2025-Oct-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09046-z
PMID:41174182
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了橡胶树幼苗在水分胁迫下的细胞和分子响应机制 | 首次构建了橡胶树树皮在水分胁迫下的高分辨率单细胞转录组图谱，系统揭示了不同细胞类型对干旱胁迫的响应特征 | 研究仅分析了4天和7天两个时间点的胁迫响应，未涵盖更长期的适应过程 | 探究橡胶树对水分胁迫的分子适应机制，为提升其抗旱性提供理论基础 | 橡胶树幼苗的树皮组织 | 植物生物学 | 非疾病研究（植物胁迫响应） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17,994个单个细胞，来自对照、4天和7天干旱胁迫的树皮组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴式单细胞RNA测序技术 |
| 2722 | 2025-11-05 |
Pan-Cancer Landscape of Magnesium Homeostasis: Bulk Omics Research and Single-Cell Sequencing Validation
2025-Oct-31, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00294-1
PMID:41174507
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研究论文 | 本研究全面分析了33种癌症类型中镁稳态的作用，探索其在肿瘤发生、免疫调节和治疗潜力中的意义 | 首次在泛癌水平系统研究镁稳态，结合批量组学分析和单细胞测序验证，提出镁稳态评分作为预后生物标志物 | 需要进一步的临床验证来推进个性化癌症治疗 | 全面分析镁稳态在多种癌症类型中的作用机制 | 33种癌症类型的肿瘤样本和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 批量组学分析, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据 | 33种癌症类型的多组学数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量组学分析 | NA | NA |
| 2723 | 2025-11-05 |
From pixels to cell types: a comprehensive review of computational methods for spatial transcriptomics deconvolution
2025-Oct-31, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00055-2
PMID:41174717
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综述 | 本文全面回顾了空间转录组学反卷积的二十种计算方法，分析其方法论基础和技术特点 | 首次系统对比分析二十种空间转录组反卷积算法的方法论基础、计算原理和处理范式 | NA | 为研究人员提供空间转录组反卷积计算方法的全面理解和实践指导 | 空间转录组反卷积计算方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2724 | 2025-11-05 |
An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2025-Oct-31, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03996-4
PMID:41174727
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研究论文 | 通过整合转录组、甲基化组和单细胞RNA测序数据，识别出UBE2H作为结直肠癌奥沙利铂耐药性的生物标志物 | 首次通过多组学整合分析揭示UBE2H与奥沙利铂耐药性的关联，并发现其与免疫耗竭和增殖性未分化细胞的联系 | 研究主要基于细胞系和公共数据库数据，需要进一步临床验证 | 识别结直肠癌奥沙利铂耐药性的预测生物标志物 | 结直肠癌细胞系和公共数据库中的结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | TCGA数据集和五个GEO数据集中的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 2725 | 2025-11-05 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2025-Oct-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12126-3
PMID:41168710
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研究论文 | 提出一种基于条件变分自编码器的新方法sysVI，用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 采用VampPrior和循环一致性约束，解决了现有方法在整合跨系统数据集时过度去除生物信号的问题 | NA | 开发能够有效整合跨系统单细胞RNA测序数据集的计算方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2726 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells target a specific acinar cell type in Sjögren's disease
2025-Oct-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.08.014
PMID:41162286
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞选择性丢失和GZMK⁺CD8⁺ T细胞的作用机制 | 首次发现PRR4⁺CST3⁺WFDC2⁻浆黏液腺泡细胞在干燥综合征中的选择性丢失，并揭示了GZMK⁺CD8⁺ T细胞通过亚细胞溶解效应机制损害线粒体完整性和激活先天免疫信号的新途径 | 研究样本仅限于人类小唾液腺，需要进一步验证在其他外分泌腺中的普遍性 | 探索干燥综合征中不同细胞类型的复杂相互作用及其在疾病病理中的作用 | 人类小唾液腺组织、患者来源的原代上皮细胞和自体T细胞 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组学、空间转录组学、空间免疫表型分析、体外细胞实验 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、空间定位数据 | 人类小唾液腺样本（包括非干燥综合征和干燥综合征患者） | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 2727 | 2025-11-05 |
egal-1 and microtubules promote regeneration polarity in planarians
2025-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204668
PMID:41099308
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了涡虫头部与尾部再生极性决定的新机制 | 首次发现Egal-1和微管系统共同调控涡虫纵向肌肉纤维中notum基因的不对称表达，从而决定再生极性 | 对纵向肌肉纤维内具体分子机制的理解仍不完整 | 探究涡虫头部与尾部再生极性决定的分子机制 | 涡虫（planarians）及其纵向肌肉细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，RNA干扰，药物处理 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2728 | 2025-11-05 |
PMEPA1-Mediated Treg Cell Impairment Promotes Endometrial Stromal Invasion via Excessive PI3K/AKT Signaling in Endometriosis
2025-Oct, Current medical science
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s11596-025-00125-0
PMID:41100035
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研究论文 | 本研究揭示了PMEPA1通过过度激活PI3K/AKT信号通路损害调节性T细胞功能，从而促进子宫内膜异位症中子宫内膜基质细胞的侵袭能力 | 首次阐明PMEPA1在调节性T细胞中的具体作用机制及其通过PI3K/AKT信号通路影响子宫内膜异位症病理过程的分子机制 | 样本量较小（仅3例患者进行单细胞测序），需要更大规模研究验证 | 探究PMEPA1调控调节性T细胞功能及其在子宫内膜异位症发病机制中的作用 | 子宫内膜异位症患者的卵巢异位病灶和正常在位子宫内膜组织、外周血单核细胞来源的原代人调节性T细胞 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 3例子宫内膜异位症患者的配对异位卵巢病灶和在位子宫内膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2729 | 2025-11-05 |
Publisher Correction: Investigation of the relationship between COVID-19 disease and semen parameters in idiopathic male infertility patients
2025-Oct, European review for medical and pharmacological sciences
DOI:10.26355/eurrev_202510_37463
PMID:41182310
|
更正 | 本文是对已发表文章中参考文献列表错误的更正说明 | NA | 由于排版最终化过程中的内部错误，导致最终PDF中无意插入了另一篇文章的错误参考文献 | 更正已发表文章中的参考文献错误 | NA | NA | COVID-19 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2730 | 2025-11-05 |
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf066
PMID:40795159
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研究论文 | 开发了一个用于消化系统细胞注释的数据库PreDigs，包含124个单细胞RNA测序数据集和142种细胞类型的标记物 | 构建了首个针对消化系统的细胞标记物数据库，统一了细胞亚型识别和命名标准，并提供了三种不同应用场景的细胞类型标记物 | 数据库主要基于单细胞RNA测序数据，可能不包含其他组学数据；细胞注释的准确性依赖于原始数据的质量 | 建立标准化的消化系统细胞注释数据库，促进胃肠道肿瘤细胞异质性研究 | 消化系统细胞，特别是胃肠道肿瘤相关细胞 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 超过340万个细胞，来自124个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2731 | 2025-11-05 |
Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
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研究论文 | 通过695个脑样本的跨表达元分析，揭示空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出跨表达分析新方法，避免基因列表筛选或细胞类型注释，直接从空间相邻细胞中发现协调表达的基因对 | NA | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 成年小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 约2500万个细胞，695个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 8种不同技术平台 |
| 2732 | 2025-11-05 |
Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis
2025-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744
PMID:39781890
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研究论文 | 本研究验证小分子抑制剂WAY262611通过抑制DKK-1激活Wnt信号通路，从而抑制骨肉瘤转移 | 首次证明小分子DKK-1抑制剂在体内外均能抑制骨肉瘤转移并诱导成骨分化 | NA | 评估DKK-1抑制剂对骨肉瘤转移的抑制作用 | 骨肉瘤细胞系和患者来源的骨肉瘤异种移植模型 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2733 | 2025-11-05 |
Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease
2025-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1
PMID:40092438
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研究论文 | 本研究通过整合3D肝球体模型和人群队列数据，评估PFHpA暴露与代谢功能障碍相关脂肪性肝病的关系 | 开发了从球体到人群的整合框架，结合单细胞转录组学和多组学数据揭示PFHpA诱导MASLD的分子机制 | 研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于其他人群 | 阐明短链PFAS同系物PFHpA在MASLD发病机制中的作用 | 肥胖青少年队列和3D人肝球体模型 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 多组学分析, 3D球体培养 | LUCID模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 临床数据 | Teen-LABS队列中接受减肥手术的肥胖青少年 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2734 | 2025-11-05 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.636505
PMID:40027655
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研究论文 | 提出了一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据聚类性能评估的计算流程，结合机器学习分类和预测方法，支持多样本训练和跨重复样本的聚类一致性评估 | NA | 解决空间转录组学数据聚类结果验证困难的问题，提供标准化评估框架 | 空间转录组学数据的聚类算法性能 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，机器学习分类 | 机器学习分类算法 | 空间转录组学数据，空间蛋白质组学数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2735 | 2025-11-05 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
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研究论文 | 开发了一种整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据的方法TUSV-int，用于反卷积和系统发育推断 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的反卷积和系统发育树重建 | 依赖于数据质量，scDNA-seq成本和技术挑战限制了大规模应用 | 解决肿瘤系统发育重建中不同测序技术的局限性，提高克隆结构解析能力 | 肿瘤细胞克隆和变异类型 | 生物信息学 | 乳腺癌 | DNA测序, RNA测序, 整数线性规划 | 整数线性规划(ILP) | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | 已发表的乳腺癌数据集 | NA | bulk DNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2736 | 2025-11-05 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.02.530774
PMID:39803528
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研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合方法，从基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的生物物理模型相结合，通过可解释的稀疏线性回归模型将离子通道基因表达与生物物理模型参数直接关联 | 面临数学模型与实验数据不匹配的挑战，模型验证依赖于多模态Patch-seq数据的质量和完整性 | 建立基因表达与皮层神经元类型生理特性之间的联系机制 | 多种皮层细胞类型的神经元 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学, Patch-seq, 模拟推理 | Hodgkin-Huxley模型, 稀疏线性回归模型 | 多模态电生理和基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2737 | 2025-11-04 |
Short-chain fatty acids regulate T cell heterogeneity to alleviate recurrent spontaneous abortion
2025-Dec, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70155
PMID:40759431
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研究论文 | 本研究探讨肠道微生物源性短链脂肪酸通过调节T细胞异质性改善复发性流产的机制 | 首次揭示短链脂肪酸通过GPR43受体调控CD4+ T细胞分化在复发性流产中的作用机制，并开发了结肠靶向短链脂肪酸纳米递送系统 | 动物模型与人类病理生理存在差异，临床转化需要进一步验证 | 探究肠道微生物代谢产物短链脂肪酸在复发性流产免疫耐受中的作用 | 复发性流产患者和小鼠模型 | 免疫学 | 复发性流产 | 单细胞测序, 16S rDNA测序, 粪便微生物移植, 分子生物学方法 | NA | 单细胞数据, 微生物组数据 | 复发性流产患者和小鼠模型 | NA | 单细胞测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
| 2738 | 2025-11-04 |
Cytotoxic CD8+ T Cells Downregulate GPX4 to Promote Ferroptosis in Melanoma That Drives Antitumor Immunity
2025-Nov-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1952
PMID:40828991
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CD8+ T细胞通过下调GPX4促进黑色素瘤铁死亡，从而驱动抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示CD8+ T细胞通过直接接触下调GPX4表达诱导肿瘤细胞铁死亡的新机制 | 主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步研究 | 探究铁死亡在抗肿瘤免疫中的作用机制 | 小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成功和不成功免疫反应的小鼠黑色素瘤样本及人类黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2739 | 2025-11-04 |
Identification of a CD138-Negative Therapy-Resistant Subpopulation in Multiple Myeloma with Vulnerability to Splicing Factor Inhibition
2025-Nov-03, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-24-0340
PMID:40890913
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别多发性骨髓瘤中CD138阴性的耐药亚群及其对剪接因子抑制的敏感性 | 发现CD138阴性多发性骨髓瘤细胞中存在耐药亚群，并首次揭示该亚群对剪接通路抑制具有特异性脆弱性 | 研究样本量有限，耐药机制需进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤治疗抵抗的分子机制 | 从患者骨髓中纯化的原代多发性骨髓瘤细胞 | 单细胞测序 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, VDJ靶向测序, CRISPR/Cas9筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2740 | 2025-11-04 |
Depletion of Sorcs3 Activates Totipotency in Mouse Embryonic Stem Cells by Modulating Key Signaling Pathways
2025-Nov-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509151
PMID:41178446
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研究论文 | 通过敲除Sorcs3基因激活小鼠胚胎干细胞全能性并揭示相关信号通路机制 | 首次发现Sorcs3缺失可诱导胚胎干细胞获得全能性状态，并阐明Tfap2c基因和特定信号通路在其中的关键作用 | 研究仅限于小鼠胚胎干细胞模型，尚未在人类细胞中验证 | 建立可持续的全能性干细胞并研究其调控机制 | 小鼠胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 基因敲除、单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |