单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10779 篇文献，本页显示第 2641 - 2660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2641 | 2025-11-23 |
Inference of cell-type composition and single-cell spatial maps from spatial transcriptomics data with SWOT
2025-Nov-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09001-y
PMID:41261170
|
研究论文 | 提出一种名为SWOT的空间加权最优传输方法，可从基于spot的空间转录组数据推断细胞类型组成和单细胞空间图谱 | 首次通过细胞到spot的映射方法同时推断细胞类型比例和单细胞空间位置，能够重建单细胞空间图谱 | 方法依赖于spot分辨率的空间转录组数据，在单细胞定位精度方面可能存在限制 | 开发从空间转录组数据重建单细胞分辨率空间图谱的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间位置 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，最优传输算法 | 空间加权最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于spot的空间转录组数据 |
| 2642 | 2025-11-23 |
Spatial multi-omics guides ASCT2-targeted delivery of glycolysis inhibitor for cervical cancer suppression and chemoresistance reversal
2025-Nov-16, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.035
PMID:41253274
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析识别宫颈癌糖酵解重编程特征，并开发靶向ASCT2的纳米平台递送糖酵解抑制剂用于肿瘤抑制和化疗增敏 | 首次通过空间多组学技术验证宫颈癌糖酵解脆弱性，并基于ASCT2过表达设计谷氨酰胺功能化脂质体实现肿瘤选择性药物递送 | 未明确说明样本规模和研究人群特征，临床前研究需进一步验证 | 建立宫颈癌糖酵解重编程的空间验证并开发靶向纳米递送系统 | 宫颈癌临床标本、小鼠模型和多种宫颈癌细胞系 | 空间多组学 | 宫颈癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 纳米递送系统 | 空间多组学数据, 基因组数据, 实验数据 | 包含TCGA队列、配对患者标本、匹配小鼠样本和多种细胞系 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2643 | 2025-11-23 |
Single-cell RNA sequencing in osteosarcoma: applications in diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Nov-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03121-5
PMID:41231422
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综述 | 本文通过文献综述探讨单细胞RNA测序技术在骨肉瘤诊断、预后和治疗中的应用 | 系统评估单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤肿瘤微环境异质性、识别治疗靶点和发现新型治疗策略方面的创新贡献 | 存在单细胞方案的技术偏倚和非英语文献排除的问题，可能影响结果的普适性 | 评估单细胞RNA测序对骨肉瘤发生发展的贡献 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于107项研究的分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2644 | 2025-11-23 |
RGS proteins: Potential regulators of mouse melanopsin's signaling phototransduction cascade across ipRGC subtypes
2025-Nov-07, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.11.006
PMID:41204666
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研究论文 | 本研究探讨了RGS蛋白如何调节小鼠黑视蛋白在不同ipRGC亚型中的信号转导级联 | 首次发现ipRGC亚型选择性富集特定RGS蛋白，揭示了单个GPCR在不同细胞类型中启动不同信号转导级联的潜在机制 | 研究主要基于异源表达系统和体外实验，需要在更接近生理条件下进一步验证 | 探索单个GPCR在不同ipRGC亚型中启动不同信号转导级联的分子机制 | 小鼠视网膜中的内在光敏视网膜神经节细胞(ipRGCs)亚型 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞转录组学, RNAscope, 异源表达系统, DREADD技术 | NA | 转录组数据, 图像数据, 电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2645 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析，鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限，需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 2646 | 2025-11-23 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
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研究论文 | 开发基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架用于胰腺导管腺癌预测，并通过单细胞转录组学进行验证 | 首次结合尿液生物标志物与人口统计学数据构建PDAC预测模型，并利用单细胞RNA测序验证生物标志物的表达显著性 | 需要在不同数据集上进一步验证框架性能，尚未整合其他组学数据 | 开发早期准确诊断胰腺导管腺癌的预测工具 | 胰腺导管腺癌患者尿液生物标志物和人口统计学数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，机器学习，深度学习 | 深度学习，机器学习 | 生物标志物数据，人口统计学数据，基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2647 | 2025-11-23 |
ScRDAVis: An R shiny application for single-cell transcriptome data analysis and visualization
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013721
PMID:41231930
|
研究论文 | 开发了一个基于R Shiny的单细胞转录组数据分析和可视化网络应用程序 | 首个提供hdWGCNA用于共表达网络和转录因子调控网络分析的GUI平台 | NA | 为无编程经验的生物学家提供单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2648 | 2025-11-23 |
CD24 is a promising immunotherapeutic target for enhancing efficacy of third-generation EGFR-TKIs on EGFR-mutated lung cancer
2025-Nov, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70068
PMID:41084191
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研究论文 | 本研究探讨CD24作为免疫治疗靶点增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的潜力 | 首次揭示CD24在EGFR-TKI治疗后的表达上调机制及其通过YY1 S247磷酸化调控的分子通路 | NA | 探索增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的免疫治疗策略 | EGFR突变肺癌细胞、临床残留肿瘤样本、异种移植模型和自发肺癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,单核RNA测序,免疫组化,CRISPR/Cas9,染色质免疫沉淀测序,质谱分析,磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 29例肺癌标本的scRNA-seq数据+TKI治疗后临床残留肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 2649 | 2025-11-23 |
Latent plasticity of the human pancreas across development, health, and disease
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679230
PMID:41256699
|
研究论文 | 构建了人类胰腺的单细胞多组学图谱，涵盖发育、健康和疾病状态 | 首次在成人中发现具有胎儿样特征的转录可塑性中心腺泡样细胞(pCACs)，并揭示了HNF1A定义的β细胞表观遗传状态 | 样本数量有限(57名供体)，疾病状态仅关注2型糖尿病 | 解析人类胰腺的细胞多样性和可塑性 | 人类胰腺细胞 | 单细胞多组学 | 2型糖尿病 | 单细胞/单核RNA测序, 单核ATAC测序, VASA-seq, 空间转录组学, 多重蛋白质组学 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 57名供体的超过400万个细胞和细胞核 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台, CODEX多重蛋白质组分析技术 |
| 2650 | 2025-11-23 |
Integrative analysis of spatiotemporal transcriptomics delineates dynamic cell states in squamous tumorigenesis
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679409
PMID:41256392
|
研究论文 | 通过整合分析时空转录组数据揭示鳞状肿瘤发生过程中的动态细胞状态 | 首次在鳞状上皮癌变连续过程中整合单细胞和空间转录组数据，揭示发育不良特异性伤口愈合和免疫重塑程序的上调 | 研究样本数量有限，机制验证需要进一步实验 | 探索鳞状细胞癌治疗耐药性的内在机制 | 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织，涵盖从最早癌前阶段到浸润性癌的整个过程 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2651 | 2025-11-23 |
Photolabile oligonucleotides combined with topologically imposed light gradients enable spatially resolved single-cell transcriptomics and epigenomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679703
PMID:41256573
|
研究论文 | 开发了一种名为scSTAMP-seq的空间分辨单细胞转录组和表观基因组分析技术 | 利用胆固-醇标记的光不稳定寡核苷酸和空间光梯度实现活细胞的高分辨率空间定位 | NA | 开发能够同时保留空间信息的单细胞转录组和表观基因组分析方法 | 组织中的单个细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 | NA | 转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | 平板法和液滴法单细胞测序 |
| 2652 | 2025-11-23 |
A single-cell transcriptomic atlas of inner ear morphogenesis in zebrafish
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679639
PMID:41256471
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了斑马鱼内耳形态发生的转录组图谱 | 首次提供了发育中内耳最全面的转录组分析，发现了半规管发生区的最早标记物、内淋巴囊中组织收缩相关基因、神经丘与耳部感觉斑块的平行基因集，以及在耳道和囊中细胞周期暂停的保守作用 | 研究仅使用斑马鱼胚胎模型，结果在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 揭示内耳发育过程中不同细胞状态的建立机制 | 野生型和突变型斑马鱼胚胎的内耳组织 | 单细胞转录组学 | 内耳发育异常 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2653 | 2025-11-23 |
Low Dose GLP-1 Therapy Attenuates Pathological Cardiac and Hepatic Remodelling in HFpEF Independent of Weight Loss
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678829
PMID:41256540
|
研究论文 | 本研究探讨低剂量GLP-1受体激动剂在保留射血分数心衰模型中的心脏和肝脏保护作用 | 首次证明低剂量GLP-1受体激动剂在不依赖体重减轻的情况下改善HFpEF的心脏和肝脏病理重构 | 研究使用啮齿类动物模型，结果需在人类临床试验中验证 | 探究低剂量GLP-1受体激动剂在HFpEF中的非体重减轻依赖性治疗机制 | 自发性HFpEF的ZSF1肥胖大鼠 | 心血管疾病研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学，二维超声心动图，有创血流动力学检测 | 动物模型 | 多组学数据，生理参数，组织学数据 | 6只接受低剂量索马鲁肽治疗的ZSF1肥胖大鼠 | NA | 单细胞RNA测序，蛋白质组学 | NA | NA |
| 2654 | 2025-11-23 |
The Integrated Stress Response Pathway Improves Aged Murine Muscle Stem Cell Activation and in vivo Regeneration
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678822
PMID:41256688
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研究论文 | 本研究揭示整合应激反应通路在调控衰老肌肉干细胞激活和再生功能中的关键作用 | 首次发现整合应激反应通路是调控肌肉干细胞状态转变的关键分子调节器，并证明其药理激活可改善衰老肌肉干细胞功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类肌肉干细胞中的适用性仍需验证 | 探究衰老过程中肌肉干细胞激活和再生功能的分子调控机制 | 成年和衰老小鼠的肌肉干细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关肌肉疾病 | 单细胞RNA测序, Cell Painting, 异质运动性分析 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 表型数据 | 成年和衰老小鼠肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2655 | 2025-11-23 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术揭示了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 整合单细胞RNA测序与单细胞分辨率空间转录组数据，通过深度学习细胞分割模型实现精确的转录本定位和细胞间距离分析 | 存在测序深度限制，需要通过数据整合来克服 | 研究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响 | 难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习图像分析 | 细胞分割模型, 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2656 | 2025-11-23 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
|
研究论文 | 本研究使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较了三种成像型单细胞分辨率空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台的性能，并引入像素级手动评估方法进行病理学意义比较 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本，样本类型相对有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学，RNA测序，多重免疫荧光，HE染色 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤组织芯片样本 | Nanostring, Vizgen, 10x Genomics | 单细胞空间转录组学，空间多组学 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | CosMx空间分子成像平台，MERFISH多重误差鲁棒荧光原位杂交，Xenium单细胞/多模态空间分析平台 |
| 2657 | 2025-11-23 |
Deciphering oligomeric proanthocyanidins' dual osteoprotective mechanisms at single-cell resolution: NR4A1-mediated PTGS2 suppression and β-catenin-Runx2 activation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679987
PMID:41262236
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示寡聚原花青素治疗骨质疏松的双重机制 | 首次在单细胞分辨率下发现C2 NR4A1+ MSCs亚型，并阐明OPC通过NR4A1介导的PTGS2抑制和β-catenin-Runx2激活的双重机制治疗骨质疏松 | NA | 阐明寡聚原花青素治疗骨质疏松的多靶点作用机制 | 骨质疏松小鼠模型中的间充质干细胞亚型 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,网络药理学,细胞实验,动物模型 | Seurat,Monocle,Slingshot,CellChat | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2658 | 2025-11-23 |
Athero-oncology perspective: identifying hub genes for atherosclerosis diagnosis using machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616096
PMID:41262249
|
研究论文 | 本研究通过整合癌症基因集和机器学习方法识别与动脉粥样硬化相关的关键枢纽基因，并构建诊断模型 | 首次从动脉粥样硬化-肿瘤学角度整合癌症基因集识别动脉粥样硬化关键基因，并构建基于IRF7、FHOD1和TNF的诊断列线图 | 分子机制仍需进一步深入研究 | 识别动脉粥样硬化诊断相关的关键枢纽基因并探索其免疫分子机制 | 平滑肌细胞、人类和小鼠模型的动脉粥样硬化样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序 | SVM-RFE、LASSO回归、随机森林 | 基因表达数据 | GEO数据库数据集、人类颈动脉斑块和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2659 | 2025-11-23 |
Cellf-deception: human microglia clone 3 (HMC3) cells exhibit more astrocyte-like than microglia-like gene expression
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1681811
PMID:41262332
|
研究论文 | 本研究通过基因表达分析发现HMC3细胞系更类似星形胶质细胞而非小胶质细胞 | 首次使用基因对比例方法揭示HMC3细胞系的真实细胞类型特征 | 研究基于基因表达数据，未进行功能验证实验 | 评估HMC3细胞系作为人类小胶质细胞模型的可靠性 | 人类小胶质细胞克隆3（HMC3）细胞系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | 预测模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2660 | 2025-11-23 |
Neutrophil-Fibroblast Crosstalk Drives Immunofibrosis in Sequelae of Pelvic Inflammatory Disease Through Neutrophil Extracellular Traps
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/3113542
PMID:41262541
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研究论文 | 本研究探讨中性粒细胞与子宫成纤维细胞通过中性粒细胞胞外诱捕网在盆腔炎性疾病后遗症免疫纤维化中的相互作用机制 | 首次揭示自噬促进NETs生成并通过NETs-成纤维细胞相互作用驱动盆腔组织纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验，临床样本验证不足 | 阐明盆腔炎性疾病后遗症组织纤维化的发病机制 | SPID大鼠模型、HL-60来源的中性粒细胞样细胞、子宫成纤维细胞 | 单细胞测序 | 盆腔炎性疾病 | 单细胞RNA测序、细胞共培养、动物模型构建 | 大鼠疾病模型、dHL-60细胞模型 | 单细胞测序数据、体外实验数据 | 公共数据库GSE223639单细胞数据、实验动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |