单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10507 篇文献，本页显示第 2621 - 2640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2621 | 2025-11-06 |
Deciphering genetic associations with blood pressure in peripheral blood mononuclear cells through single-cell transcriptomic profiling
2025-Nov, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-025-02344-3
PMID:40877473
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示外周血单个核细胞中与血压相关的遗传关联 | 首次在14种不同免疫细胞类型中系统识别血压相关基因，并发现ERAP2基因在CD8+T细胞和自然杀伤细胞中的显著异常表达 | 样本量相对有限（18名个体），需要在更大规模人群中验证 | 识别免疫细胞中与血压相关的功能基因 | 外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，全基因组关联研究，基于汇总数据的孟德尔随机化 | SMR方法 | 单细胞转录组数据 | 18名个体（10名主要研究+8名验证），总计140,613个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2622 | 2025-11-06 |
Targeting neuronal cuproptosis and neuroinflammation with biomimetic nanoparticle for the therapy of radiotherapy-induced brain injury
2025-Oct-30, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种仿生纳米颗粒递送系统，用于治疗放疗引起的脑损伤 | 首次发现神经元铜死亡在放疗性脑损伤中的关键作用，并构建了能够同时抑制铜死亡和神经炎症的双重载药仿生递送系统 | 研究仍处于动物实验阶段，治疗机制仅初步揭示，需要进一步临床验证 | 开发治疗放疗性脑损伤的有效药物递送平台和治疗策略 | 放疗性脑损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脑损伤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据，行为学数据，组织学数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2623 | 2025-11-06 |
Translational framework linking perfluoroheptanoic acid (PFHpA) exposure to metabolic dysfunction associated steatotic liver disease in adolescents
2025-Oct-29, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-01168-z
PMID:41162609
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研究论文 | 开发了一个连接PFHpA暴露与青少年代谢功能障碍相关脂肪肝病的转化研究框架 | 首次将人类队列数据与体外单细胞转录组学整合，揭示短链未受监管的PFAS同系物PFHpA与MASLD的关联 | 样本量相对较小(n=136)，且研究对象仅限于接受减肥手术的肥胖青少年 | 阐明PFAS对代谢功能障碍相关脂肪肝病发展的影响 | 青少年肥胖患者(平均年龄16.8岁)和体外培养的人肝球状体 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、肝活检 | LUCID模型 | 血浆样本、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 136名青少年肥胖患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2624 | 2025-11-06 |
Invariant HVC size in female canaries singing under testosterone: Unlocking function through neural differentiation, not growth
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426847122
PMID:41115194
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研究论文 | 通过体内成像和空间转录组学研究发现，睾酮诱导雌性金丝雀唱歌时HVC核团大小保持不变，而是通过神经元表型和基因网络变化实现功能分化 | 挑战了传统认为HVC核团在功能状态转换时会发生显著大小变化的观点，揭示了功能分化可在稳定解剖框架内通过转录组重组实现 | 研究仅针对雌性金丝雀，未验证其他物种或性别；样本数量有限 | 探究睾酮诱导唱歌行为时HVC核团的神经机制变化 | 成年雌性金丝雀的HVC song control nucleus | 神经科学 | NA | 双光子体内成像，空间转录组学 | NA | 图像数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2625 | 2025-11-06 |
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418351122
PMID:41118206
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研究论文 | 本研究开发了一种名为DAISEE的新算法，用于分析复杂实验设计下收集的单细胞数据中的扰动响应 | 提出了DAISEE算法，能更有效地从混杂变异中分离扰动响应，并发现过度激活的信号传导能在发育胚胎中诱导新的基因表达状态 | NA | 研究发育信号传导扰动对胚胎细胞转录状态的影响 | 5小时龄斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2626 | 2025-11-06 |
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500161122
PMID:41118222
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号是肉瘤进展的关键驱动因素 | 首次发现感觉神经元通过CGRP信号通路调控骨肉瘤进展，并验证FDA批准的药物干预神经支配可抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能 | 骨肉瘤小鼠模型和人类骨肉瘤样本 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序, 多组学分析 | TrkA基因敲入小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据, 多组学数据 | 转基因小鼠模型和人类骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 2627 | 2025-11-06 |
Spatial gene expression analysis reveals pathological niches in Japanese encephalitis virus neuroinvasion
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2515006122
PMID:41129224
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析日本脑炎病毒在小鼠大脑中的早期感染过程 | 首次在单细胞分辨率下绘制JEV感染过程中病毒RNA和宿主基因表达的空间分布图谱 | 研究仅关注感染早期阶段（1-4天），未涵盖疾病全程发展 | 阐明日本脑炎病毒神经侵袭的细胞动力学和病理生态位 | JEV感染的小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 脑炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 小鼠大脑切片（1dpi和4dpi时间点） | NA | 空间转录组学 | NA | 高多重空间转录组平台 |
| 2628 | 2025-11-06 |
Single-cell metabolome and RNA-seq multiplexing on single plant cells
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512828122
PMID:41134629
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研究论文 | 本研究开发了一种在单个植物细胞上同时进行单细胞代谢组和RNA测序的多重分析技术 | 首次实现在同一植物细胞上同时进行单细胞RNA测序和单细胞质谱代谢组学分析，实现基因表达与代谢物水平的直接比较 | 概念验证研究，样本量有限，仅使用药用植物叶片细胞 | 阐明植物天然产物生物合成途径的基因与代谢物关系 | 药用植物叶片原生质体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞质谱代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物浓度数据 | 96孔板分选的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞代谢组学 | SMART-seq | 微流控机器人分选系统，适用于scMS和SMART-seq单细胞协议 |
| 2629 | 2025-11-06 |
Bcl6 expression is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19
2025-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189134
PMID:40924502
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研究论文 | 本研究通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19患者肺引流淋巴结，揭示Bcl6表达与免疫景观和空间转录组的关联 | 首次在COVID-19背景下基于Bcl6表达水平对反应性滤泡进行分类，并发现不同Bcl6表达水平与特定免疫细胞亚群和分子通路的关联 | 样本来源于尸检组织，可能无法完全反映活体免疫动态；样本量有限 | 探索病毒感染急性期人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应的调控机制 | COVID-19患者尸检获取的肺引流淋巴结和膈下淋巴结 | 空间转录组学 | COVID-19 | 多重成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | COVID-19尸检淋巴结样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2630 | 2025-11-06 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Oct-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101323
PMID:41142913
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研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的机制模型相结合，通过可解释的线性稀疏回归模型将基因表达与生物物理模型参数联系起来 | 模型与数据之间存在不匹配问题，需要通过模拟推理来克服 | 建立基因表达与神经元生理特性之间的联系，理解离子通道基因在决定神经放电特性中的机制作用 | 多种皮层细胞类型的神经元 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学，多模式Patch-seq数据 | Hodgkin-Huxley模型，线性稀疏回归模型 | 基因表达数据，电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2631 | 2025-11-06 |
Stage-specific regulation by autophagy-related transcription factors drives hematopoietic stem cell formation
2025-Oct, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2025.2551671
PMID:40878056
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和metaTF分析揭示了自噬相关转录因子在小鼠造血干细胞发育不同阶段的调控机制 | 首次结合单细胞RNA测序与metaTF分析，系统解析了造血干细胞发育过程中自噬相关转录因子的阶段特异性调控网络 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索自噬相关转录因子在造血干细胞发育过程中的调控机制 | 小鼠造血干细胞发育过程中的六个连续阶段，包括主动脉-性腺-中肾区域、胎肝和成年骨髓 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, metaTF分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎期E10.5、E12.5、E14.5及成年期多个发育阶段的造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2632 | 2025-11-06 |
RELA Haploinsufficiency Manifesting as an Atypical Phenotype of Crohn's Disease
2025-Oct-01, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf159
PMID:40876844
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研究论文 | 本研究通过基因测序和免疫分析揭示RELA单倍体不足导致克罗恩病样非典型表型的机制 | 首次将RELA单倍体不足与克罗恩病样胃肠道表现相关联，并通过多组学分析揭示其免疫机制 | 仅研究单一病例，需要更大样本量验证 | 表征由RELA单倍体不足驱动的非典型克罗恩病样表型的临床、基因组和免疫学特征 | 一名17岁男性患者，患有全肠型克罗恩病、肛周瘘管、慢性皮肤黏膜念珠菌病和慢性淋巴细胞减少症 | 医学遗传学 | 克罗恩病 | 全外显子组测序,Sanger测序,蛋白质建模,Western blotting,免疫荧光,核提取物NF-κB激活测定,质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据 | 1例患者及对照样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 2633 | 2025-11-06 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
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研究论文 | 提出一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类预测方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏真实标签导致的聚类验证难题 | 空间转录组学数据聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习分类和预测方法 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率、正常和病变组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2634 | 2025-11-06 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
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研究论文 | 本研究揭示成纤维样滑膜细胞通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞相互作用促进类风湿关节炎进展的机制 | 首次发现FLS与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动滑膜炎症 | 研究主要基于小鼠胶原诱导关节炎模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 解析类风湿关节炎滑膜中细胞相互作用机制并探索治疗新靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织和小鼠关节炎模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 图像,基因表达数据 | 类风湿关节炎与骨关节炎滑膜组织比较，胶原诱导关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2635 | 2025-11-06 |
Macrophage sensitivity to bexmarilimab-induced reprogramming is shaped by the tumor microenvironment
2025-May-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011292
PMID:40379271
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研究论文 | 本研究通过乳腺癌患者来源的外植体培养模型，探索了肿瘤微环境对bexmarilimab诱导的巨噬细胞重编程敏感性的影响 | 首次使用患者来源的外植体培养模型系统评估bexmarilimab的治疗反应，并揭示了肿瘤微环境炎症状态是治疗敏感性的主要决定因素 | 研究基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的肿瘤微环境相互作用 | 探索肿瘤微环境对巨噬细胞重编程治疗bexmarilimab敏感性的影响机制 | 乳腺癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重细胞因子分析,条件培养基处理 | 患者来源的外植体培养模型 | RNA测序数据,细胞因子谱数据,空间转录组数据 | 乳腺癌患者肿瘤和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2636 | 2025-11-06 |
Deconvolution and phylogeny inference of diverse variant types integrating bulk DNA-seq with single-cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf234
PMID:41169710
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研究论文 | 提出TUSV-int框架，整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行去卷积和系统发育推断 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时处理SNV、CNA和SV多种变异类型 | scDNA-seq数据成本高且技术挑战大，限制了在大规模队列中的常规应用 | 重建克隆谱系树以研究癌症进化 | 癌症基因组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 整数线性规划(ILP) | 系统发育推断模型 | DNA测序数据,RNA测序数据 | NA | NA | bulk DNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2637 | 2025-11-06 |
Integrating single-cell transcriptomics and whole-genome CRISPR CAS9 screen identifies a cell cluster associated with tumor dependency in triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1705923
PMID:41179682
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研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和全基因组CRISPR筛选，识别出三阴性乳腺癌中与肿瘤依赖性相关的细胞亚群 | 首次结合单细胞转录组学与全基因组CRISPR筛选技术，系统识别三阴性乳腺癌肿瘤依赖性相关细胞亚群及其临床意义 | 研究主要基于公共数据库分析，实验验证仅限于体外细胞功能验证 | 识别三阴性乳腺癌的肿瘤依赖性基因和细胞亚群，探索新的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者样本和细胞系 | 单细胞组学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 全基因组CRISPR CAS9筛选, 基因组测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 多个公共数据库(TCGA-BRCA, METABRIC, DEPMAP)的样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |
| 2638 | 2025-11-06 |
Amelioration of intervertebral disc degeneration using engineered extracellular vesicle-delivered ZDHHC5 via inhibiting PANoptosis
2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering
IF:6.7Q1
DOI:10.1177/20417314251351011
PMID:41179831
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研究论文 | 本研究通过工程化细胞外囊泡递送ZDHHC5抑制PANoptosis来改善椎间盘退变 | 首次发现PANoptosis是椎间盘退变的关键机制，并揭示PTH预处理的细胞外囊泡通过ZDHHC5/YBX1/ZBP1轴调控PANoptosis的新机制 | 细胞外囊泡产量有限且作用机制尚未完全明确 | 开发基于细胞外囊泡的椎间盘退变无细胞治疗策略 | 人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡 | 细胞治疗 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2639 | 2025-11-06 |
Enhanced ICOS Signaling Between Dendritic Cells and T Cells Characterizes the Immune Landscape of Human Cholangiocarcinoma
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/9981470
PMID:41180156
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研究论文 | 通过整合分析两个独立的单细胞RNA测序数据集，全面绘制了人类胆管癌的细胞景观和细胞间通讯网络 | 首次发现树突状细胞与T细胞间增强的ICOS信号传导是胆管癌的显著特征，并验证了ICOS-ICOSL轴在CD8+T细胞活化中的功能重要性 | NA | 探索胆管癌肿瘤微环境中的细胞相互作用和免疫调控机制 | 人类胆管癌组织样本 | 单细胞分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 两个独立数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2640 | 2025-11-06 |
Identification of keratinocyte-associated genes for immune characterization and drug response prediction in oral squamous cell carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19953
PMID:41180476
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析识别口腔鳞状细胞癌中角质形成细胞相关基因，并构建诊断模型 | 首次系统分析角质形成细胞在OSCC中的作用机制，发现KRT16、CSTA和CSTB等新型生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限 | 识别角质形成细胞相关基因用于口腔鳞状细胞癌的免疫特征分析和药物反应预测 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 诊断模型, 列线图 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OSCC单细胞和批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |