单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2601	2025-03-22	Microvascular aberrations found in human polycystic kidneys are an early feature in a Pkd1 mutant mouse model 2025-Mar-21, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052024 PMID:40114603	研究论文	本文研究了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）中肾脏微血管异常的特征及其在Pkd1突变小鼠模型中的早期表现	通过单细胞转录组学、三维成像及多模态磁共振成像技术，首次在ADPKD肾脏中识别出分子特征独特的微血管亚群，并在Pkd1突变小鼠模型中验证了这些异常特征的早期存在	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本仅来自晚期ADPKD患者，可能限制了早期病理特征的全面理解	探讨ADPKD中肾脏微血管异常的起始和性质，为治疗策略提供依据	人类ADPKD肾脏及Pkd1突变小鼠肾脏	数字病理学	多囊肾病	单细胞转录组学、三维成像、多模态磁共振成像	Pkd1突变小鼠模型	图像、转录组数据	人类ADPKD肾脏样本及Pkd1突变小鼠肾脏样本
2602	2025-03-22	Screening Therapeutic Core Genes in Sepsis Using Network Pharmacology and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11075-6 PMID:40113718	研究论文	本研究采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，筛选脓毒症中的核心治疗基因，并探讨金银花的潜在治疗机制	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，首次系统性地筛选并验证了脓毒症中的核心治疗基因及其与金银花成分的潜在相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，特别是金银花成分与核心基因的具体作用机制尚未明确	阐明金银花在脓毒症中的潜在治疗机制，并筛选核心治疗基因	脓毒症患者和健康对照者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA测序数据	22名脓毒症患者和10名健康对照者
2603	2025-03-22	The Role of Coagulation-Related Genes in Glioblastoma: A Comprehensive Analysis of the Tumor Microenvironment, Prognosis, and Treatment 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11086-3 PMID:40113719	研究论文	本研究全面分析了凝血相关基因在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，包括肿瘤微环境、预后和治疗反应	首次从肿瘤微环境、凝血功能差异、治疗和预后等多个角度全面探讨了凝血相关基因在GBM中的作用，并构建了基于五个CRGs的风险特征模型	研究主要依赖于公开数据集和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨凝血相关基因在GBM中的作用及其对预后和治疗的影响	胶质母细胞瘤（GBM）患者及其肿瘤微环境	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、CCK8实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	LASSO回归、随机生存森林分析	SNP、拷贝数变异数据、单细胞RNA测序数据	461例GBM患者（TCGA队列）和CGGA693队列
2604	2025-03-22	SPARROW reveals microenvironment-zone-specific cell states in healthy and diseased tissues 2025-Mar-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101235 PMID:40112778	研究论文	SPARROW是一种计算框架，用于在健康和疾病组织中揭示微环境区域特定的细胞状态	SPARROW通过联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类，解决了当前分析工具在细胞类型推断和细胞邻域识别方面的局限性	NA	提供跨尺度、样本和条件的组织特征的全面表征	人类和小鼠组织	数字病理学	NA	空间分辨转录组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
2605	2025-03-22	Downregulated STAT3 and STAT5B are prognostic biomarkers for colorectal cancer and are associated with immune infiltration 2025-Mar-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02085-2 PMID:40100436	研究论文	本研究探讨了STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能，发现STAT3和STAT5B在结直肠癌中显著下调，并与较好的预后相关	首次系统地评估了STAT家族在结直肠癌中的表达水平和预后价值，并探索了其与免疫功能和免疫浸润水平的关系	研究主要依赖于公共数据库和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	研究STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能	结直肠癌样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学技术	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库644样本、GTEx数据库308样本、中国临床样本30样本
2606	2025-03-22	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	本文通过AI驱动的单细胞RNA测序分析，揭示了在视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	利用AI辅助的单细胞分析工具SCassist，首次识别了九种不同的Müller细胞亚群和五种T细胞亚群，并揭示了激活的Müller细胞在炎症视网膜中的主要功能	研究主要基于Aire-/-小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜炎症的情况	探索在视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能和动态变化	Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AI辅助分析工具SCassist	单细胞RNA测序数据	Aire-/-小鼠的视网膜样本
2607	2025-03-22	[Comprehensive analysis of the structural phenotypes and functional characteristics of B cells in oral lichen planus and oral lichenoid lesions through single-cell and spatial transcriptomics] 2025-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20241220-00500 PMID:40015701	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，全面分析了口腔扁平苔藓（OLP）和口腔苔藓样病变（OLL）中B细胞的结构表型和功能特征	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，深入探讨了OLP/OLL中B细胞的表型和功能，揭示了B细胞在口腔黏膜微环境中的免疫调节机制	样本量较小，仅包括2例侵蚀性OLP、3例非侵蚀性OLP和1例健康对照，且功能机制尚需进一步研究	揭示B细胞在OLP/OLL中的表型和功能特征，探讨其在口腔黏膜微环境中的免疫调节机制	口腔扁平苔藓（OLP）和口腔苔藓样病变（OLL）患者及健康对照	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据	2例侵蚀性OLP、3例非侵蚀性OLP、1例健康对照，以及3例OLP/OLL患者和3例健康对照的病理标本
2608	2025-03-22	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	研究论文	本文揭示了红细胞祖细胞（EPCs）在脾脏和肿瘤之间的相互作用中如何抑制肿瘤免疫并促进肿瘤进展	首次识别了EPCs在脾脏和肿瘤之间建立连接的新机制，并揭示了其在肿瘤进展中的免疫调节作用	研究主要集中于头颈部鳞状细胞癌，未涵盖其他癌症类型	优化免疫疗法的有效性，揭示肿瘤发展过程中系统性免疫的动态变化	红细胞祖细胞（EPCs）及其在脾脏和肿瘤之间的相互作用	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及头颈部鳞状细胞癌患者
2609	2025-03-22	[Nafamostat Mesylate Alleviates Renal Ischemia-Reperfusion Injury in a Rat Model Through HMGB1 Modulation: An Omics Analysis -Based Study of the Protective Effect and the Mechanisms Involved] 2025-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250160506 PMID:40109453	研究论文	本研究探讨了甲磺酸萘莫司他（NM）在肾缺血再灌注损伤（RIRI）模型中的器官保护作用及其潜在机制	通过单细胞RNA测序技术分析了NM对RIRI模型中HMGB1介导的巨噬细胞功能异常的调节作用	研究仅使用了雄性SD大鼠，未考虑性别差异对结果的影响	探讨NM在RIRI模型中的保护作用及其机制	21只健康雄性Sprague-Dawley（SD）大鼠	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blotting	NA	血清样本、肾组织样本	21只SD大鼠，分为3组，每组7只
2610	2025-03-22	Identification of a Subpopulation of Astrocyte Progenitor Cells in the Neonatal Subventricular Zone: Evidence that Migration is Regulated by Glutamate Signaling 2025-Jan-09, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04326-2 PMID:39789409	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探索了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制，特别是谷氨酸信号在其中的调控作用	首次发现并描述了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群，并提供了谷氨酸信号调控这些细胞迁移的新证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制	基因工程小鼠模型中的星形胶质细胞前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、器官型切片培养	NA	基因表达数据、荧光成像数据	1-3天大的小鼠皮质星形胶质细胞培养物
2611	2025-03-22	LKB1 inactivation promotes epigenetic remodeling-induced lineage plasticity and antiandrogen resistance in prostate cancer 2025-Jan, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01025-z PMID:39743630	研究论文	本文探讨了LKB1失活在前列腺癌中促进表观遗传重塑诱导的谱系可塑性和抗雄激素耐药性的分子机制	揭示了LKB1失活导致AR独立的谱系可塑性和全局DNA低甲基化，并提出了通过靶向DNA低甲基化的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序，尚未在人类临床试验中验证	研究AR独立谱系可塑性的分子机制，并探索潜在的治疗策略	人类和小鼠前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、DNA甲基化数据	人类和小鼠前列腺癌样本
2612	2025-03-22	Identification and Evaluation of Lipocalin-2 in Sepsis-Associated Encephalopathy via Machine Learning Approaches 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504390 PMID:40109658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，识别并评估了在脓毒症相关脑病中起关键作用的Lipocalin-2（LCN2）基因	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出LCN2作为中性粒细胞诱导的脓毒症相关脑病的关键基因，并通过体内实验验证了其作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	识别与脓毒症相关脑病（SAE）相关的关键基因，并探索潜在的治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	机器学习	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、行为测试	多种二分类机器学习算法	基因表达数据、行为数据	脓毒症患者和小鼠模型
2613	2025-03-22	Integrated single-cell analysis reveals the regulatory network of disulfidptosis-related lncRNAs in bladder cancer: constructing a prognostic model and predicting treatment response 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1527036 PMID:40110199	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA测序数据，构建了一个与膀胱癌（BLCA）患者预后相关的二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）模型	首次将二硫化物死亡相关基因（DRGs）与长链非编码RNA（lncRNAs）结合，构建了一个新的预后模型，并探讨了其在膀胱癌中的潜在应用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）作为膀胱癌（BLCA）患者预后标志物的潜力	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞测序，RNA测序，RT-qPCR	LASSO回归，Cox回归	单细胞测序数据，RNA测序数据，临床信息	来自GEO和TCGA数据库的样本
2614	2025-03-22	Aspartate beta-hydroxylase is a prognostic factor in gallbladder cancer with the function of promoting tumorigenesis and chemoresistance 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1452345 PMID:40110547	研究论文	本研究探讨了天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）在胆囊癌中的预后价值及其在促进肿瘤发生和化疗耐药中的作用	首次通过RNAseq数据集分析、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序和网络药理学等多种方法，全面评估了ASPH在胆囊癌中的功能和潜在治疗靶点	研究主要基于临床样本和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索胆囊癌的预后标志物及其在肿瘤发生和化疗耐药中的作用	胆囊癌患者及其组织样本	癌症生物学	胆囊癌	RNAseq、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序、网络药理学	NA	RNAseq数据、临床样本数据、单细胞测序数据	215名胆囊癌患者
2615	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing-guided engineering of mitochondrial therapies for intervertebral disc degeneration by regulating mtDNA/SPARC-STING signaling 2025-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.02.036 PMID:40104024	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据指导，开发了一种针对椎间盘退变的仿生疗法，并在动物模型中进行了验证	提出了线粒体移植作为一种新的治疗策略，并设计了具有抗氧化和抗炎活性的生物活性大分子，增强了治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证其安全性和有效性	开发针对椎间盘退变的新型治疗方法	人类髓核组织和动物模型	数字病理	椎间盘退变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类髓核组织和动物模型
2616	2025-03-21	Double-target magnetic stimulation attenuates oligodendrocyte apoptosis and oxidative stress impairment after spinal cord injury via GAP43 2025-Apr, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025 PMID:39701305	研究论文	本研究评估了双靶点（大脑和脊髓）磁刺激（DTMS）治疗对脊髓损伤（SCI）大鼠的功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨了DTMS对胶质细胞调节的作用	揭示了DTMS通过调节GAP43在少突胶质细胞中的抗凋亡和抗氧化应激作用，促进少突胶质细胞的分支和成熟以及轴突再生，从而改善SCI后的神经回路功能	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	评估DTMS对脊髓损伤后功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨其作用机制	脊髓损伤模型大鼠	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、Western blotting、免疫荧光染色、TUNEL染色、Annexin V-FITC凋亡试剂盒、脂质ROS试剂盒	NA	行为评估数据、组织染色数据、单细胞RNA测序数据	脊髓损伤模型大鼠
2617	2025-03-21	Trends in Research of Odontogenic Keratocyst and Ameloblastoma 2025-Apr, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282256 PMID:39876078	综述	本文综述了牙源性角化囊肿（OKC）和成釉细胞瘤（AM）研究的最新进展和趋势	利用单细胞和空间组学技术深入理解OKC和AM的肿瘤微环境和细胞异质性，以及3D培养技术在AM亚型分析中的应用	尽管AM已有可靠的临床前模型，但OKC的可靠体外和体内模型仍然稀缺	探讨OKC和AM的生物学行为机制及其潜在治疗靶点	牙源性角化囊肿（OKC）和成釉细胞瘤（AM）	数字病理学	口腔颌面部疾病	单细胞组学、空间转录组学、3D培养技术、人工智能（机器学习和深度学习）	NA	NA	NA
2618	2025-03-21	SPRY1 regulates macrophage M1 polarization in skin aging and melanoma prognosis 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102331 PMID:40023001	研究论文	本研究探讨了SPRY1在皮肤老化中的作用，特别是其对巨噬细胞M1极化的影响，并探索其作为缓解皮肤老化和黑色素瘤治疗靶点的潜力	首次揭示了SPRY1在皮肤老化中的关键作用，特别是通过促进巨噬细胞M1极化加速皮肤老化，并发现其在黑色素瘤中的表达与患者生存率相关	研究主要基于体外实验，缺乏体内验证，未来需要进一步探索其调控网络	研究SPRY1在皮肤老化中的功能及其作为治疗靶点的潜力	RAW264.7小鼠单核/巨噬细胞白血病细胞和NIH/3T3小鼠皮肤成纤维细胞	生物信息学	黑色素瘤	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、基因转染、CCK-8实验、qRT-PCR、ROS和SOD活性测量	NA	基因表达数据、细胞实验数据	GTEx和GEO数据库中的数据集，以及RAW264.7和NIH/3T3细胞系
2619	2025-03-21	Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112031 PMID:40104055	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了肥胖诱导的雌性小鼠胰岛β细胞扩增过程中的分子机制	揭示了Xbp1和Myc在缓解未折叠蛋白反应（UPR）和刺激β细胞增殖中的协调转录机制	研究仅限于雌性小鼠，未涉及雄性小鼠或其他物种	探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制，以寻找新的治疗靶点	雌性小鼠的胰岛β细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	雌性KO小鼠的胰岛β细胞
2620	2025-03-21	De novo TANC2 variants caused developmental and epileptic encephalopathy and epilepsy 2025-Mar-20, Epilepsia IF:6.6Q1 DOI:10.1111/epi.18358 PMID:40110879	研究论文	本研究探讨了TANC2基因与癫痫的关联及其表型变异的机制	首次将TANC2基因与癫痫和发育性癫痫性脑病（DEE）关联起来，并通过果蝇模型和单细胞RNA测序验证了其功能	样本量较小，仅包括六例不相关的病例	探索TANC2基因与癫痫的关联及其表型变异的机制	癫痫患者和果蝇模型	遗传学	癫痫	外显子测序、单细胞RNA测序	果蝇模型	基因序列数据、RNA表达数据	六例不相关的癫痫患者