单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 10796 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
241	2026-01-29	Unveiling the immunometabolic landscape of colorectal cancer through PANoptosis-related gene expression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615022 PMID:41601652	研究论文	本研究通过分析PANoptosis相关基因表达，揭示了结直肠癌的免疫代谢景观，并构建了基于CPAN-index的风险分层模型	首次将PANoptosis相关基因与结直肠癌免疫代谢微环境关联，构建了CPAN-index风险分层工具，并验证了CDKN2A在肿瘤进展中的关键作用	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性临床验证和实验机制探索	探究PANoptosis相关基因在结直肠癌中的作用及其对免疫代谢微环境的影响	结直肠癌组织和细胞系	生物信息学	结直肠癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 基因敲低	LASSO回归模型	RNA-seq数据	未明确具体样本数量，但使用了公共数据集和外部验证集	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
242	2026-01-29	Decoding inflammatory regulation in ovarian cancer at single-cell resolution 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1719669 PMID:41601649	综述	本文综述了单细胞技术如何揭示卵巢癌微环境中炎症驱动的重塑、免疫细胞信号通路及动态的炎症-免疫相互作用	聚焦卵巢癌的“双重微环境”，整合单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学技术，从单细胞分辨率解析炎症调控机制	综述性文章，未开展原始实验研究；将单细胞见解转化为精准诊疗策略仍面临挑战	阐明炎症在卵巢癌发生发展中的调控作用，并探讨其临床转化前景	卵巢癌微环境（OCME），包括肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 多组学数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学	NA	NA
243	2026-01-29	TRIM29 drives ulcerative colitis by disrupting lipid metabolism via lysosomal dysfunction: a multi-omics and experimental study 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1728932 PMID:41601651	研究论文	本研究通过多组学和实验方法，揭示了TRIM29通过破坏溶酶体功能并重编程脂质代谢来驱动溃疡性结肠炎进展的机制	首次将TRIM29鉴定为溃疡性结肠炎进展的关键调控因子，并阐明了其通过溶酶体功能障碍影响脂质代谢的新轴心机制	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人类患者中进行直接验证，且机制细节有待进一步深入探索	探究溃疡性结肠炎的发病机制，特别是脂质代谢与疾病之间的因果关系	溃疡性结肠炎患者数据、DSS诱导的结肠炎小鼠模型、结肠上皮细胞	生物信息学	溃疡性结肠炎	加权基因共表达网络分析、孟德尔随机化、集成机器学习、单细胞RNA测序、转录组分析	LASSO、SVM、XGBoost	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
244	2026-01-29	Integrated multi-omic profiling reveals macrophage-driven prognostic signatures in clear cell renal cell carcinoma through machine learning optimization 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612262 PMID:41601657	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据与机器学习模型，揭示了透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并构建了一个基于巨噬细胞的预后特征模型	首次在KIRC中系统鉴定出五个转录不同的巨噬细胞亚群，特别是三个脂质相关巨噬细胞亚群，并利用随机生存森林模型构建了具有强预后性能的巨噬细胞中心特征	研究样本量相对有限（十个KIRC肿瘤的单细胞数据），且主要依赖公共数据库（如TCGA和CPTAC）进行验证，可能受数据异质性影响	旨在阐明KIRC中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，识别预后相关的巨噬细胞特征，并解析驱动KIRC进展的免疫代谢程序	透明细胞肾细胞癌（KIRC）患者及其肿瘤微环境中的巨噬细胞	机器学习	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA），机器学习模型	随机生存森林（RSF）模型，共使用了二十种机器学习模型	单细胞RNA测序数据，基因表达数据，临床数据	十个KIRC肿瘤的单细胞RNA测序数据，并在TCGA和CPTAC独立队列中进行验证	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
245	2026-01-29	Multi-omics integration identifies NK cell dysregulation and a five-gene diagnostic signature in major depressive disorder 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1700629 PMID:41601671	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了自然杀伤细胞功能障碍在重度抑郁症中的核心作用，并鉴定出五个关键基因作为诊断标志物	首次整合bulk RNA-seq与单细胞RNA-seq数据，结合机器学习方法，系统性地识别了MDD中NK细胞的功能失调及其相关的五个关键基因诊断特征	样本量较小（仅3名MDD患者和3名健康对照），且仅基于外周血单核细胞进行分析，可能无法完全反映大脑内的病理变化	揭示重度抑郁症的细胞类型特异性转录组失调和免疫功能障碍机制，并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	重度抑郁症患者和健康对照者的外周血单核细胞	生物信息学	重度抑郁症	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 机器学习, 伪时间轨迹分析, GSVA, scMetabolism, SCENIC	机器学习	基因表达数据	3名MDD患者和3名健康对照的PBMCs单细胞数据，以及GSE39653数据集的bulk RNA-seq数据	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
246	2026-01-29	A multi-omics analysis of pancreatitis: bridging familial genetics and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1707821 PMID:41601670	研究论文	本研究通过多组学分析，整合家族性慢性胰腺炎和急性胰腺炎队列，揭示了胰腺炎的共享分子和细胞病理学机制	整合罕见家族性慢性胰腺炎的全外显子组测序与大型急性胰腺炎队列的单细胞RNA测序及批量转录组学数据，首次构建了连接遗传变异与免疫细胞特征的统一发病机制模型	研究样本量相对有限，特别是家族性慢性胰腺炎病例较少，且主要依赖公共数据集进行验证	探究胰腺炎的遗传基础和免疫细胞机制，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	家族性慢性胰腺炎患者及其家庭成员，以及公共急性胰腺炎队列患者	多组学分析	胰腺炎	全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 批量转录组学	人工智能驱动模型	基因组数据, 转录组数据	2名儿科慢性胰腺炎患者及其家庭成员，以及119名急性胰腺炎患者	NA	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	NA
247	2026-01-29	From multi-omics to functional validation: the PTMRS stratifies TME and positions PDGFRB in CRC biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1728291 PMID:41601676	研究论文	本研究构建了一个基于翻译后修饰相关基因的风险特征模型（PTMRS），用于结直肠癌的预后分层，并通过实验验证了PDGFRβ在肿瘤微环境中的关键作用	首次整合多种翻译后修饰信号构建结直肠癌风险模型，并通过单细胞RNA测序和细胞通讯分析揭示了PTMRS与肿瘤微环境的关联，实验验证了PDGFRβ在成纤维细胞中的促癌功能	需要在体内模型和前瞻性临床队列中进一步验证	开发结直肠癌的精准预后分层工具并探索其生物学机制	结直肠癌患者样本、人类结肠成纤维细胞和结直肠癌细胞	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞通讯分析（CellChat）、体外功能实验	Cox偏最小二乘框架	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据集中的结直肠癌样本，多个独立队列和免疫治疗数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
248	2026-01-29	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization identifies mitochondrial targets in immune cells for Major Depressive Disorder 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1700604 PMID:41601681	研究论文	本研究通过单细胞转录组孟德尔随机化方法，识别了免疫细胞中与重度抑郁症风险相关的线粒体靶基因	整合多组学数据与机器学习，结合细胞类型特异性孟德尔随机化分析，首次在免疫细胞中鉴定出线粒体相关能量代谢基因对重度抑郁症风险的因果影响	研究主要基于遗传关联数据，需进一步实验验证基因功能机制；样本来源和模型验证可能限制结果的普适性	识别与重度抑郁症风险相关的免疫细胞中线粒体基因，为生物标志物和治疗靶点开发提供依据	免疫细胞中的线粒体相关能量代谢基因（MEMRGs）及重度抑郁症患者	生物信息学	重度抑郁症	单细胞转录组测序，孟德尔随机化，机器学习，ssGSEA，CIBERSORT	机器学习模型（未指定具体类型），孟德尔随机化模型	多组学数据（包括转录组数据），遗传数据	未明确指定人类样本数量，但包括独立队列验证和CUMS大鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
249	2026-01-29	Single-cell transcriptional profiling revealed the protective effects of Buddleoside in sepsis-associated acute liver injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1713180 PMID:41601688	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了天然化合物Buddleoside对脓毒症相关急性肝损伤的保护作用及其免疫调节机制	首次在单细胞分辨率下系统阐明Buddleoside通过调节内皮细胞、中性粒细胞和巨噬细胞亚群来缓解脓毒症相关急性肝损伤的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证；机制研究主要依赖转录组数据，缺乏蛋白质功能验证	评估Buddleoside对脓毒症相关急性肝损伤的保护作用并探索其免疫调节机制	小鼠脓毒症相关急性肝损伤模型中的肝脏细胞	单细胞组学	脓毒症相关急性肝损伤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
250	2026-01-29	Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis reveals shared pathogenesis and prognostic biomarkers in breast and thyroid cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1710915 PMID:41601694	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组分析，揭示了乳腺癌和甲状腺癌的共享发病机制及预后生物标志物	首次结合单细胞和批量转录组数据，系统探索乳腺癌与甲状腺癌的共病分子机制，并利用机器学习构建预后模型，验证了SMR3B作为共享预后基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	阐明乳腺癌和甲状腺癌的共享发病机制，并识别共同的预后生物标志物和治疗靶点	乳腺癌和甲状腺癌的转录组数据，包括单细胞和批量RNA测序数据	生物信息学	乳腺癌, 甲状腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 差异表达基因分析, 功能富集分析, 拷贝数变异分析, 非负矩阵分解, 加权基因共表达网络分析, 机器学习算法	非负矩阵分解, 加权基因共表达网络分析, 机器学习模型	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
251	2026-01-29	P2RY13+ dendritic cells correlate with enhanced antigen presentation and lymphocyte activation in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1708670 PMID:41601785	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了P2RY13在肺腺癌肿瘤微环境中的特异性表达于树突状细胞，并阐明了其通过增强抗原呈递和T细胞激活来促进抗肿瘤免疫的作用机制	首次在单细胞分辨率下确定了P2RY13在肺腺癌肿瘤微环境中的特异性细胞表达谱（树突状细胞），并系统性地将其表达与免疫浸润、细胞间通讯及预后关联起来	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证来证实P2RY13在树突状细胞中的功能机制	探究P2RY13在肺腺癌肿瘤微环境中的细胞特异性表达、功能及其与免疫调节和预后的关系	肺腺癌患者肿瘤组织及正常组织的转录组和临床数据	生物信息学	肺腺癌	单细胞RNA测序，转录组分析，生物信息学算法	Seurat, CIBERSORT, MCP-counter, quanTIseq, TIMER, ESTIMATE, CellChat, AUCell, UCell, AddModuleScore, GSVA, JASMINE, singscore, ssGSEA, viper	转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据	来自TCGA、GEO（GSE68465和GSE31210）和单细胞数据集（GSE131907）的样本，具体数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
252	2026-01-29	Cellular senescence in age-related cardiovascular disease: past and future 2025, Frontiers in aging IF:3.3Q2 DOI:10.3389/fragi.2025.1721744 PMID:41602167	综述	本文综述了细胞衰老在年龄相关心血管疾病中的作用，并提出了一个以衰老相关分泌表型为核心、解释少数衰老细胞如何系统性影响心血管微环境的统一框架	超越对通路的简单罗列，提出了一个以少数衰老细胞如何重编程心血管微环境为核心、整合关键调控网络的统一框架，并前瞻性地讨论了靶向衰老的治疗策略	机制复杂性高，动物模型和体外系统存在局限性	阐明细胞衰老在年龄相关心血管疾病发生发展中的作用机制，并探讨靶向衰老作为延缓心血管衰老和治疗相关疾病的新策略	衰老细胞及其分泌表型对主要心血管细胞类型（心肌细胞、内皮细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞）的影响	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
253	2026-01-29	JAK-centric explainable few-shot gene-expression diagnosis framework for alopecia via MultiPLIER priors and relation-style set-to-set comparison 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1753206 PMID:41602548	研究论文	本文开发了一个基于JAK-STAT信号通路的可解释少样本基因表达诊断框架，用于区分斑秃和雄激素性脱发	提出了一种结合生物学先验知识（MultiPLIER潜在变量）和关系式集合比较的少样本深度学习分类器，增强了小样本条件下的诊断鲁棒性和机制可解释性	研究样本量有限，且框架在更广泛疾病类型中的应用仍需验证	开发可解释的AI框架，用于小样本转录组诊断，以区分斑秃和雄激素性脱发	斑秃和雄激素性脱发患者的头皮样本	机器学习	脱发疾病	RNA-seq	少样本深度学习分类器（Relation-style set-to-set comparator）	基因表达数据	未明确指定具体样本数量，但涉及独立AA/AGA/健康头皮样本	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
254	2026-01-29	Spatiotemporal dynamics of spermatogenesis: insights from high-resolution spatial transcriptomics and pseudotime trajectories in mouse testes 2025, Frontiers in reproductive health IF:2.3Q3 DOI:10.3389/frph.2025.1747902 PMID:41602862	研究论文	本研究利用高分辨率空间转录组学技术揭示了小鼠睾丸中精子发生的时空动态过程	采用Salus-STS高分辨率空间转录组学（约1微米分辨率）结合Salus Cellbins算法，首次在单细胞水平上解析了睾丸的空间转录组特征，克服了传统空间转录组学分辨率不足的问题	研究仅基于小鼠模型，未直接验证人类样本；高分辨率技术可能受限于样本处理和成本	探究精子发生的分子基础和时空动态，以增进对男性生殖生物学的理解	小鼠睾丸组织	空间转录组学	男性不育	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	NA	NA	空间转录组学，单细胞RNA-seq	Salus-STS	Salus-STS高分辨率空间转录组学（约1微米分辨率）
255	2026-01-28	An Integrated Single-Cell Atlas of the Mouse Ileum Links Nutrient Metabolism with Epithelial and Immune Crosstalk 2025-Dec, The Journal of nutrition IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.tjnut.2025.09.034 PMID:41033583	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠回肠的首个整合单细胞图谱，揭示了上皮细胞和免疫细胞的异质性、营养代谢程序以及上皮-免疫相互作用	首次提供了小鼠回肠的整合单细胞图谱，系统描绘了上皮细胞分化、营养代谢程序以及上皮-免疫细胞间的相互作用，特别是在肠上皮细胞亚群中发现了与维生素A、类胡萝卜素和维生素B12吸收相关的特异性功能	研究仅基于8周龄雄性C57BL/6J小鼠，样本来源单一，未涵盖不同年龄、性别或疾病状态，且未进行功能验证实验	绘制回肠细胞异质性图谱，定义上皮细胞分化、营养代谢程序以及上皮-免疫相互作用，以揭示其在健康和疾病中的作用	8周龄雄性C57BL/6J小鼠的回肠细胞	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat	单细胞基因表达数据	32,076个回肠细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
256	2026-01-28	TREM2 Impedes Recovery After Spinal Cord Injury by Regulating Microglial Lysosomal Membrane Permeabilization-Mediated Autophagy 2025-Oct, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70047 PMID:40320759	研究论文	本研究探讨了TREM2在脊髓损伤后通过调节小胶质细胞溶酶体膜通透性介导的自噬来影响恢复的机制	首次揭示了TREM2通过调节小胶质细胞溶酶体膜通透性介导的自噬在脊髓损伤恢复中的具体作用机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究TREM2在脊髓损伤中的潜在机制及其对小胶质细胞功能的影响	野生型和Trem2敲除小鼠的小胶质细胞，以及脊髓损伤模型	神经科学	脊髓损伤	单细胞测序，免疫荧光，3D步态分析，运动诱发电位实验，H&E染色，Masson染色	NA	测序数据，图像数据，行为数据	野生型和Trem2敲除小鼠在脊髓损伤前后的样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
257	2026-01-28	Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning 2025-Sep-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96713 PMID:40982369	研究论文	本研究利用深度迁移学习工具DEGAS，通过单细胞RNA-seq数据识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群	应用深度迁移学习工具DEGAS将疾病关联映射到单细胞RNA-seq数据，首次识别出与2型糖尿病和肥胖相关的独特β细胞亚群，并验证了CDKN1C和DLK1基因的表达差异	研究仅基于现有单细胞RNA-seq数据，未来需要扩展到更多人类胰岛组学数据集以揭示复杂的多细胞相互作用	优先识别与疾病相关的β细胞亚群，以更好地理解2型糖尿病发病机制并确定靶向治疗的相关基因	人类胰腺胰岛β细胞	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA-seq	深度迁移学习	单细胞RNA-seq数据	来自健康和非糖尿病捐赠者的人类胰腺切片	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
258	2026-01-28	Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets 2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651101 PMID:40475445	研究论文	本研究优化了单细胞长读长测序协议，以提升胰腺胰岛中异构体的检测能力	通过优化5'文库制备协议和靶向耗竭胰岛素转录本，提高了单细胞长读长测序的读长和转录本检测效率	单细胞长读长测序存在技术挑战，如读长不足和错误率较高	优化单细胞长读长测序协议，以增强胰腺胰岛中异构体的检测	胰腺胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞长读长RNA测序	NA	RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
259	2026-01-28	Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation 2025-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637731 PMID:39990448	研究论文	本研究通过数学建模和单细胞RNA-seq数据分析，探讨了microRNA通过负自反馈调控mRNA降解来降低基因表达噪声的机制	首次同时分析mRNA降解动力学和表达噪声，并证明通过mRNA降解的自反馈调控可以降低噪声	NA	研究microRNA介导的基因表达噪声减少机制	microRNA诱导的沉默复合体（miRISC）及其靶向的mRNAs	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学建模	单细胞RNA-seq数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
260	2026-01-28	Integrated immune profiling of chordomas reveals spatially organized niches and functional heterogeneity 2025-Sep-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf213 PMID:41586579	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、T细胞受体分析和多重免疫荧光技术，揭示了脊索瘤的免疫细胞异质性、空间组织及功能状态	首次在脊索瘤中整合空间、转录组和TCR数据，揭示系统性抗肿瘤反应、肿瘤特异性TCR基序及纤维隔膜作为免疫相互作用枢纽	样本量相对较小（35个脊索瘤样本），作为超罕见癌症类型，结果可能需要更大队列验证	深入理解脊索瘤的免疫景观，为开发个性化免疫疗法提供基础	脊索瘤样本及其配对外周血单个核细胞	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序，T细胞受体分析，多重免疫荧光	加权基因共表达网络分析	单细胞转录组数据，空间分布数据，TCR序列数据	35个脊索瘤样本和6个配对肿瘤-PBMC样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA