单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7416 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-09-15 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
研究论文 | 介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的交互式质量控制报告 | 开发了专门针对alevin-fry和simpleaf输出结果的标准化QC报告框架，提供交互式HTML报告和丰富注释的H5AD格式输出 | NA | 为单细胞测序数据提供质量控制和标准化报告 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 242 | 2025-09-15 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
|
研究论文 | 提出HistoTME-v2，一种基于弱监督深度学习的框架，用于从H&E染色病理切片预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活动及空间分布 | 扩展为泛癌种分析工具，覆盖25种实体瘤，无需单细胞或区块级标注即可从常规H&E图像预测转录组特征并解析空间分布 | 性能依赖大规模数据集（内部验证7586张WSI，外部验证5657张WSI），且外部验证集相关性（0.53）略低于内部验证（0.61） | 开发低成本、高通量的肿瘤微环境分析工具，推动空间生物学在常规病理工作流程中的应用 | 肿瘤微环境（TME）中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理 | 肺癌（非小细胞肺癌）及多种实体瘤（共25种） | 弱监督深度学习，空间转录组学（Visium），多重成像（CODEX, IHC） | 深度学习框架（具体架构未明确说明） | H&E染色全切片图像（WSI） | 内部验证：7586张WSI（6901名患者，24种癌症）；外部验证：5657张WSI（1775名患者，9种癌症）；空间验证：259张WSI（154名患者，7种癌症） |
| 243 | 2025-09-15 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
|
研究论文 | 本研究整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中恶性转化的早期分子与细胞事件 | 发现一类祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，并构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位 | 研究基于小鼠模型，人类临床适用性尚需验证 | 解析良性向恶性转化过程中的分子与细胞机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 244 | 2025-09-15 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.629263
PMID:40661514
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群 | 发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型 | 研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫拮抗如何影响神经嗜性感染的细胞类型特异性转录调控 | 人类脑细胞共培养体系中的不同细胞类型 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 人类脑细胞共培养样本 |
| 245 | 2025-09-15 |
WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.06.657928
PMID:40661576
|
研究论文 | 本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖的表观遗传程序促进人源多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制 | 首次发现WNT信号通过HDAC2（而非E-box转录因子）调控视黄酸响应性中胚层发育，并建立了从hPSCs到KDR+ALDH1A2+中胚层的发育轨迹 | E-box转录因子操作未显示明显效果，其具体作用机制仍需进一步探索 | 探究WNT信号在人多能干细胞向淋巴细胞分化过程中对中胚层形成的调控机制 | 人多能干细胞（hPSCs）及其中胚层祖细胞 | 干细胞生物学 | NA | scRNA-seq, ATAC-seq, 基因调控网络建模, 基因敲除/过表达, 化学筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA |
| 246 | 2025-09-15 |
Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma
2025-May-13, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161
PMID:39928957
|
研究论文 | 本研究探讨了使用anakinra预防CAR-T细胞疗法相关毒性的效果，并通过单细胞RNA测序分析了突破性毒性的分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序分析anakinra预防下突破性毒性的免疫信号机制，并发现IFN-γ通路的关键作用 | 每日一次anakinra预防对大多数患者不足以避免需要住院治疗的毒性 | 评估anakinra预防CAR-T疗法毒性的效果并探索相关分子机制 | 接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床试验患者群体（具体数量未明确说明） |
| 247 | 2025-09-15 |
Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.652066
PMID:40654880
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞特征 | 首次系统表征高氧诱导的衰老肺巨噬细胞异质性，揭示其代谢重编程（向糖酵解和磷酸戊糖途径转换）及功能特征 | 基于小鼠模型数据，未直接验证人类样本中的相关性；样本时间点有限（仅pnd7） | 探究高氧暴露下新生小鼠肺衰老巨噬细胞的分子特征和功能属性 | 新生小鼠肺组织细胞（特别是巨噬细胞） | 生物医学研究 | 支气管肺发育不良 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 基因表达数据 | 小鼠单细胞RNA测序数据集（GSE207866），包含高氧组（SD7, O2D7）和空气对照组（AirD7） |
| 248 | 2025-09-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
|
研究论文 | 通过时空分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制 | 整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，首次在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下解析热量限制的抗衰老分子机制 | 研究仅基于小鼠模型，人类大脑的响应机制可能存在差异 | 阐明热量限制延缓大脑衰老的精确分子和细胞机制 | 小鼠大脑组织 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、空间转录组数据 | 36个小鼠大脑的超过50万个细胞，以及12个老年小鼠脑切片 |
| 249 | 2025-09-15 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
|
研究论文 | 本研究探讨老年人对流感疫苗的免疫反应减弱现象，重点关注CD4+ T细胞和髓系细胞反应 | 通过单细胞转录组学揭示老年人髓系细胞干扰素转录特征减弱，首次明确髓系细胞编程改变导致抗病毒T细胞反应降低 | 研究主要基于体外和离体实验，可能需要更多体内验证 | 评估老年人对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞免疫反应差异 | 老年人和年轻成年人的免疫细胞 | 免疫学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组学，体外和离体检测 | NA | 人类样本数据，转录组数据 | 涉及老年人和年轻成年人的多个人类样本 |
| 250 | 2025-09-15 |
Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation
2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2025.2539645
PMID:40799172
|
研究论文 | 通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控基因表达、突变特征及其与肿瘤免疫的关系 | 首次在泛癌层面系统分析基底膜调控基因的异质性，并揭示其与免疫检查点表达和免疫功能障碍的关联 | 研究主要依赖TCGA数据库的批量转录组数据，需进一步实验验证功能性机制 | 探究基底膜在癌症进展和转移中的作用，及其与肿瘤免疫微环境的相互作用 | 33种癌症类型的基因表达数据和肿瘤样本 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞转录组测序、免疫组化、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、拷贝数变异分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、拷贝数变异数据 | 来自TCGA数据库的33种癌症类型的大规模样本集合 |
| 251 | 2025-09-15 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
|
研究论文 | 开发一种整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据的方法TUSV-int，用于解卷积和推断包含多种变异类型的克隆谱系树 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的解卷积和系统发育推断 | 未提及具体样本量限制或计算复杂度问题，但暗示scDNA-seq数据稀缺可能影响方法广泛应用 | 提高癌症克隆谱系重建的分辨率和准确性，特别是针对结构变异和局灶性拷贝数变异 | 癌症基因组数据，特别是乳腺癌数据 | 计算生物学 | 乳腺癌 | bulk DNA-seq, scRNA-seq, 整数线性规划(ILP) | 整数线性规划(ILP)模型 | 基因组测序数据，RNA测序数据 | 使用已发表的乳腺癌数据集进行验证，具体样本量未明确说明 |
| 252 | 2025-09-15 |
Analysis and validation of characteristic genes in RNA sequencing datasets from heart failure patients based on multiple algorithms
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1559429
PMID:40933310
|
研究论文 | 本研究通过整合多种算法分析心力衰竭患者的RNA测序数据，识别并验证关键基因及其在脂肪酸代谢中的作用 | 结合RRA和WGCNA算法识别心力衰竭特异性基因，并通过单细胞数据分析揭示SMCO4和CSDC2在心肌细胞中的特异性表达及代谢调控功能 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅在肥大心肌细胞模型中进行，未涉及更多体内模型或临床样本验证 | 识别心力衰竭心肌组织中的核心致病机制及相关特征基因 | 心力衰竭患者的心肌组织转录组数据及肥大心肌细胞模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, RT-qPCR, PCA, UMAP, SingleR, CellMarker | NA | 转录组测序数据，单细胞RNA-seq数据 | 基于五项研究的转录组数据，具体样本量未明确说明 |
| 253 | 2025-09-15 |
Integrative Analysis Reveals a Key Role for CDKN1A in Impaired Wound Healing in Diabetic Patients
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S534876
PMID:40933395
|
研究论文 | 通过整合分析揭示CDKN1A在糖尿病足溃疡愈合障碍中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，鉴定CDKN1A作为糖尿病伤口愈合障碍的核心调控因子，并发现FOS是其上游转录因子 | NA | 探究CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的作用及其分子机制 | 糖尿病足溃疡（DFUs）组织 | 生物医学研究 | 糖尿病并发症 | scRNA-seq, 孟德尔随机化（MR）, 转录因子分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 254 | 2025-09-15 |
Artemisinin derivatives modulate KEAP1-NRF2-xCT pathway to alleviate Sjögren's disease: insights from scRNA-seq and systems biology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1626230
PMID:40934008
|
研究论文 | 本研究探讨青蒿素衍生物通过调节KEAP1-NRF2-xCT通路缓解干燥综合征的作用机制 | 首次结合scRNA-seq和系统生物学揭示青蒿素通过抑制铁死亡途径治疗干燥综合征的新机制 | 研究基于小鼠模型和有限临床样本，需进一步人类临床试验验证 | 探究青蒿素衍生物对干燥综合征的治疗作用及分子机制 | NOD/Ltj小鼠模型和干燥综合征患者样本 | 系统生物学 | 干燥综合征 | scRNA-seq, RNA-seq, 分子对接, 免疫荧光, Western blotting | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、组织学图像 | NOD/Ltj小鼠分组实验，包含患者scRNA-seq数据 |
| 255 | 2025-09-15 |
Decoding the hypoxic tumor microenvironment in colorectal cancer for prognostic modeling and therapeutic target discovery
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1651749
PMID:40933995
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，解码结直肠癌缺氧肿瘤微环境，开发预后模型并发现治疗靶点 | 识别了八个不同的缺氧细胞簇，构建了基于八基因的缺氧相关预后特征，并实验验证了GIPC2作为潜在生物标志物的功能 | 研究样本量有限（单细胞数据来自15个样本），需要在更多独立队列中进一步验证 | 解析结直肠癌缺氧肿瘤微环境的细胞异质性及其对预后的影响 | 结直肠癌患者样本和细胞系 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，WGCNA，CellChat，SCENIC，GRNBoost2 | Cox回归，Lasso回归 | RNA测序数据 | 单细胞数据：15个CRC样本；预后模型：TCGA 606例，验证集GSE39582 579例 |
| 256 | 2025-09-15 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify unique tumor stem cells and construct novel prognostic markers for assessing ESCA prognosis and drug sensitivity
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1649877
PMID:40936684
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和bulk RNA测序数据，识别食管癌中的肿瘤干细胞特征并构建预后标志物模型 | 首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq构建肿瘤干细胞标志物特征(TSCMS)模型，并发现TSPO作为潜在治疗靶点 | NA | 识别食管癌肿瘤干细胞特征并构建预后评估模型 | 食管癌(ESCA)患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 食管癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化 | Lasso-Cox回归模型 | RNA测序数据 | NA |
| 257 | 2025-09-15 |
Integrative analyses of single-cell and bulk RNA sequencing to construct the tumor-associated macrophage-related prognostic signature in lung adenocarcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19920
PMID:40936758
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞相关的预后特征 | 首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据识别TAM相关基因并构建预后特征，建立了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证临床适用性 | 开发肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞相关的预后标志物并探索其调控机制 | 肺腺癌患者及其肿瘤组织 | 生物信息学 | 肺腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR | 预后风险评分模型 | RNA测序数据，临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 |
| 258 | 2025-09-15 |
Tubular epithelial cell-derived extracellular vesicles carrying serum amyloid A1 exacerbate sepsis-associated acute kidney injury by promoting NETs formation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654295
PMID:40936924
|
研究论文 | 本研究揭示了肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过携带血清淀粉样蛋白A1促进中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而加剧脓毒症相关急性肾损伤的新机制 | 首次发现肾小管上皮细胞来源的囊泡通过SAA1-TLR4/p38 MAPK信号通路驱动NETs形成，并证实其参与脓毒症中的肾-肺串扰 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床验证样本量有限，人类数据相关性需进一步证实 | 探究肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症相关急性肾损伤中的作用机制 | C57BL/6J野生型小鼠、肾小管上皮细胞、中性粒细胞、脓毒症患者血浆样本 | 分子病理学 | 脓毒症相关急性肾损伤 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒敲减、TLR4/p38 MAPK信号通路分析 | NA | 测序数据、蛋白质数据、病理图像 | 小鼠模型及脓毒症患者血浆样本（具体数量未明确说明） |
| 259 | 2025-09-15 |
Targeted and personalized immunotherapy in lung adenocarcinoma: single-cell RNA sequencing of MAFF+ tumor cells and the therapeutic potential of FOS
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1649147
PMID:40936936
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境，揭示FOS在MAFF+肿瘤细胞中的调控作用及免疫治疗潜力 | 首次发现MAFF+肿瘤细胞亚型通过MIF信号介导免疫抑制，并证实FOS作为关键调控因子可重塑肿瘤微环境 | 研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证和临床前瞻性研究 | 探究肺腺癌肿瘤异质性及FOS转录因子在治疗抵抗中的作用机制 | 肺腺癌患者样本（GSE164789数据集）及A549、NCI-H1975细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | scRNA-seq, CCK-8, Edu, Transwell, wound healing assay | MTRS预后模型 | 单细胞转录组数据 | 公共数据集GSE164789的肺腺癌样本（具体数量未明确说明） |
| 260 | 2025-09-15 |
Multi-omics profiling reveals PLEKHA6 as a modulator of β-catenin signaling and therapeutic vulnerability in lung adenocarcinoma
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/NVVF8441
PMID:40814363
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示PLEKHA6作为β-catenin信号通路调节剂在肺腺癌中的致癌作用及治疗潜力 | 首次发现PLEKHA6在肺腺癌中特异性过表达，并系统阐明其通过调控Wnt/β-catenin信号通路、免疫微环境重塑等多机制促进肿瘤进展 | NA | 探究PLEKHA家族基因在肺腺癌中的作用机制及治疗靶点价值 | 肺腺癌组织样本及A549细胞系 | 肿瘤生物学 | 肺腺癌 | 多组学分析（bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, DNA甲基化测序, 药物基因组学）, 分子对接 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA |