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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-03-10 |
Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells
2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512246122
PMID:40920932
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Electro-LEV的创新平台,它结合电磁和磁悬浮原理,实现了在3-D微流体环境中对单细胞位置进行动态精确控制 | 该平台通过周期性调制和跟踪细胞在z轴的位置,能够区分单细胞与细胞簇的悬浮行为,并显著提高了悬浮分选的纯度和效率 | NA | 开发一种用于动态3-D控制细胞位置的新平台,以研究细胞异质性、区分细胞大小和类型,并提高细胞分选效率 | 单细胞和细胞簇 | 数字病理学 | NA | 电磁悬浮和磁悬浮 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2026-03-10 |
Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells
2025-Sep-04, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018
PMID:40848713
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和GNAS基因分型策略,分析了人类纤维性结构不良骨中的非造血细胞,揭示了GNAS变异在多种细胞谱系中的存在以及共同的纤维化转录组特征 | 首次在纤维性结构不良骨中,除了骨骼基质谱系外,还在内皮细胞和血管周围细胞中检测到GNAS c.602G>A和c.601C>T变异,并识别出跨细胞谱系的共同纤维化转录组特征 | 样本来源有限,仅分析了非造血细胞,可能未全面覆盖所有相关细胞类型 | 探究体细胞嵌合体在纤维性结构不良疾病中的细胞和分子机制 | 人类纤维性结构不良骨和非纤维性结构不良骨中的非造血细胞 | 数字病理学 | 纤维性结构不良 | 单细胞RNA测序, GNAS基因分型, BaseScope | NA | RNA测序数据 | 来自FD和非FD人类骨组织的非造血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2026-03-10 |
TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes
2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf012
PMID:40036846
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研究论文 | 本研究构建了TcEVdb数据库,通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中探索T细胞来源的小细胞外囊泡的表达和聚类 | 首次创建了专门针对T细胞来源小细胞外囊泡的综合性数据库,整合了多项目、多组织来源的单细胞转录组数据,揭示了TcEV的异质性 | 数据库依赖于现有单细胞RNA测序数据的质量和覆盖范围,可能无法完全捕捉所有TcEV亚群 | 探索T细胞来源细胞外囊泡的转录组特征和异质性,以促进基于EV的疾病诊断和治疗研究 | T细胞来源的小细胞外囊泡 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | SEVtras方法 | 单细胞转录组数据 | 277,265个EV液滴,来自21个项目中的221个样本,涵盖51种T细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2026-03-10 |
ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer
2025-01-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf046
PMID:40996711
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研究论文 | 介绍了一个名为ScLineageAtlas的综合单细胞基因组学数据库,用于表征多种癌症类型中的细胞克隆 | 整合了24个处理过的单细胞RNA测序数据集,涵盖13种不同癌症类型,并利用先进计算方法识别细胞克隆,提供克隆关系和进化动力学的详细视图 | 数据库目前仅包含24个数据集,可能覆盖的癌症类型和样本量有限,且依赖于现有计算方法,可能受算法准确性限制 | 通过表征细胞克隆来研究癌症的起始、发展和治疗机制,促进对肿瘤异质性和进化轨迹的理解 | 多种癌症类型中的细胞克隆,包括单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 24个处理过的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 245 | 2026-03-09 |
Novel Acinar Metaplastic States Uncovered in Exocrine Pancreas Disease
2025-Dec-25, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101717
PMID:41453639
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间转录组技术,全面定义了外分泌胰腺疾病中腺泡细胞的化生反应,揭示了新的化生状态及其与胰腺癌前病变的关联 | 发现了跨疾病背景的保守腺泡反应程序,识别了先前未知的“门户”ADM群体和早期PanIN病变中的癌症亚型特征,并建立了未解决的ADM与免疫重塑之间的联系 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证样本有限;空间转录组技术(CosMx)可能受分辨率限制 | 全面定义临床相关外分泌胰腺疾病(增加癌症风险)中的化生反应 | 小鼠胰腺疾病模型(急性、复发性、慢性胰腺炎及致癌Kras模型)和人类胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 超过300,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | 使用了FixNCut方法以在酶丰富的组织中保持RNA完整性,并采用CosMx进行人类组织的空间转录组验证 |
| 246 | 2026-03-09 |
Epithelial pyroptosis-induced TREM1+ macrophages activate Th17 cells to accelerate oral mucosal inflammation
2025-Nov-29, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02853-7
PMID:41318555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组等技术,揭示了口腔黏膜慢性炎症中上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞通过激活Th17细胞加速炎症发展的机制 | 首次揭示了上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞在口腔黏膜慢性炎症中的关键作用,并建立了ORGUAMIA在线数据库整合多组学数据 | NA | 探究口腔慢性炎症的发病机制,特别是口腔扁平苔藓的恶性进展过程 | 口腔黏膜组织、免疫细胞(巨噬细胞、Th17细胞) | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 批量RNA测序, 多重免疫组化 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 临床随访数据 | 大型临床随访队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2026-03-09 |
Causality between Cholecystectomy, Blood Lipids, and Major Adverse Cardiac and Cerebrovascular Events: A Multimodal Approach Highlighting Lipid Regulation
2025-Nov, Bulletin of experimental biology and medicine
IF:0.9Q4
DOI:10.1007/s10517-026-06583-3
PMID:41706273
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研究论文 | 本研究采用孟德尔随机化等多种方法,评估了胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件风险的因果影响 | 首次采用多模态方法(包括孟德尔随机化、富集分析、多变量MR和表达数量性状位点MR)系统研究胆囊切除术与心血管风险的因果关系,并利用单细胞测序技术解析关键基因的细胞分布 | 研究结果基于公共数据库的遗传数据,可能存在人群特异性和未测量的混杂因素 | 评估胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件(MACCE)风险的因果影响 | 胆囊切除术患者、血脂水平、主要不良心脑血管事件(包括心绞痛、冠心病、心力衰竭、心肌梗死和中风) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化(MR)、富集分析、多变量MR、表达数量性状位点MR、单细胞测序 | 孟德尔随机化模型 | 遗传数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 248 | 2026-03-08 |
YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity
2025-Dec-05, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326480
PMID:41165345
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研究论文 | 本研究揭示了Hippo/YAP通路在心脏成纤维细胞中通过诱导糖酵解驱动纤维炎症并破坏成纤维细胞谱系保真度的机制 | 发现右心房成纤维细胞比其他心腔更具糖酵解活性且YAP活性更高,YAP通过激活糖酵解促进纤维化,并揭示YAP通过CSF1促进巨噬细胞扩增,巨噬细胞分泌IGF1进一步增强成纤维细胞增殖和纤维化的双向信号机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类单核RNA测序数据,临床转化和人类体内验证仍需进一步研究 | 探究Hippo/YAP通路在心脏成纤维细胞代谢微环境调控及纤维炎症中的作用机制 | 心脏成纤维细胞、巨噬细胞、小鼠心房组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、单核ATAC测序、空间转录组学、代谢研究、同位素标记葡萄糖摄取测定 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据、代谢数据 | 人类单核RNA测序数据及小鼠模型 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 249 | 2026-03-08 |
In vivo differentiation of embryonic cells devoid of key reprogramming factors
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116498
PMID:41171758
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析斑马鱼胚胎中NPS突变细胞在野生型胚胎中的命运,探讨了NPS在发育重编程和分化中的作用 | 揭示了NPS在协调核与细胞质重编程、防止谱系特异性分化程序过早激活中的关键作用,并发现部分细胞可绕过短暂全能性达到类似野生型的中间发育状态 | 研究基于斑马鱼模型,结果可能不直接适用于其他物种;单细胞RNA-seq技术可能无法完全捕捉所有转录动态 | 探究NPS(Nanog、Pou5f3、Sox19b)在胚胎细胞发育重编程和分化中的功能 | 斑马鱼胚胎中的NPS突变细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 未明确指定样本数量,涉及斑马鱼胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 250 | 2026-03-08 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据,分析了肾细胞癌中干扰素信号在肿瘤免疫微环境中的作用,并探讨了其如何影响免疫检查点阻断疗法的疗效 | 通过混合效应模型推断细胞类型中干扰素诱导基因的可诱导性,并发现髓系细胞中的IFNγ信号而非肿瘤细胞信号可预测对一线免疫联合疗法的原发性耐药 | 研究主要基于体外实验和临床队列的推断模型,缺乏体内机制的深入验证 | 探究干扰素信号在肾细胞癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 肾细胞癌的肿瘤免疫微环境,特别是髓系细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2026-03-08 |
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-Nov, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70612
PMID:41178047
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研究论文 | 本研究利用现有RNA-seq数据集,回顾性分析了体积性肌肉损失(VML)损伤后线粒体基因和代谢通路的时序性失调 | 通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了VML损伤后长达42天的转录组变化,特别是线粒体相关基因和代谢通路的动态调控 | 研究为回顾性分析,依赖于现有公开数据集,可能受原始实验设计和技术差异的限制 | 探究VML损伤后线粒体和代谢转录组的变化 | 大鼠(Rattus norvegicus)和小鼠(Mus musculus)的肌肉组织 | 数字病理学 | 肌肉损伤 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 252 | 2026-03-08 |
Advances in Epigenomic Sequencing and Their Applications in Cancer Diagnostics
2025-Oct-27, Precision chemistry
DOI:10.1021/prechem.5c00014
PMID:41170156
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综述 | 本文综述了表观基因组测序技术的进展及其在癌症诊断中的应用 | 强调了表观基因组测序技术与多组学技术的整合,以及其在癌症诊断中的临床应用潜力 | 讨论了表观基因组测序技术在临床常规诊断中面临的挑战和限制 | 推动表观基因组测序技术在精准医学中的进展 | 癌症的表观基因组特征,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质可及性 | NA | 癌症 | 表观基因组测序,包括bulk测序、单细胞测序和空间工具 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学技术 | NA | NA |
| 253 | 2026-03-07 |
[FPCAM: a weighted dictionary-based single-cell annotation model for pulmonary fibrosis]
2025-Jul-23, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250198
PMID:41755618
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研究论文 | 本文开发了一种名为FPCAM的基于加权字典的单细胞注释模型,专门用于肺纤维化研究,旨在提高细胞类型注释的效率和准确性 | FPCAM整合了多源标记基因数据库与动态更新策略,并采用创新的加权注释算法,实现了高效、灵活且精确的细胞类型识别,克服了现有工具对参考数据集的依赖、标记基因多态性及人工干预引入的主观偏差等限制 | 模型性能评估主要基于与现有工具的比较,可能未涵盖所有复杂细胞亚群或跨平台数据集的全面测试,且依赖于手动整理的肺纤维化相关细胞-基因关联字典,可能引入特定疾病背景的偏差 | 开发一个全自动的单细胞注释工具,以提升肺纤维化等疾病中细胞类型注释的效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 基于Seurat框架的加权字典模型 | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2026-03-06 |
Chronic alcohol consumption drives inflammaging and transposon derepression in hematopoietic stem and progenitor cells
2025-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.25.696246
PMID:41497601
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研究论文 | 本研究探讨了慢性酒精摄入如何通过单细胞转录组和表观基因组分析,揭示其在人类和小鼠造血干细胞祖细胞中引发炎症衰老和转座子去抑制的机制 | 首次在单细胞水平上结合RNA-seq和ATAC-seq,揭示了慢性酒精暴露导致造血干细胞祖细胞中炎症反应增强、转座子去抑制及年龄依赖性表观遗传失调 | 研究主要基于动物模型和异种移植实验,人类样本的直接验证有限,且长期酒精戒断后的恢复机制需进一步探究 | 探究慢性酒精摄入对造血干细胞祖细胞炎症衰老和表观遗传调控的影响 | 人类和小鼠的造血干细胞祖细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 人类和小鼠造血干细胞祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 255 | 2026-03-06 |
Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury
2025-Dec-23, Stroke and vascular neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1136/svn-2024-003324
PMID:40044488
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Atf3和线粒体蛋白酶Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的调控作用及其对线粒体功能和神经元存活的影响 | 首次在单细胞水平揭示Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能的新机制,为脑缺血损伤提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于转录组和蛋白质组学分析,缺乏体内功能验证实验 | 阐明Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的分子调控机制 | 脑缺血再灌注损伤模型中的神经元 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2026-03-06 |
MDA5-MAVS and interferon-lambda signaling in the intestinal epithelium limit murine astrovirus infection
2025-Dec-21, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.12.002
PMID:41435889
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠星状病毒(muAstV)在肠道上皮细胞中的感染特性,并阐明了MDA5-MAVS通路和干扰素-λ信号在限制病毒感染中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序详细描绘muAstV在多种肠道上皮细胞中的感染趋向性,并明确了MDA5-MAVS通路调控干扰素-λ诱导以控制病毒感染的机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果可能无法完全适用于人类星状病毒感染;且对MDA5-MAVS通路与干扰素-λ信号在肠道上皮细胞中的协同作用机制尚未完全阐明 | 探究小鼠星状病毒的感染机制及宿主先天免疫反应,特别是MDA5-MAVS通路和干扰素-λ信号在病毒控制中的作用 | 小鼠星状病毒(muAstV)及其在肠道上皮细胞(包括杯状细胞和多种肠上皮细胞)中的感染过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 257 | 2026-03-06 |
Multimodal mass spectrometry imaging for plaque- and region-specific neurolipidomics in Alzheimer's disease mouse models
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65956-w
PMID:41365882
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研究论文 | 本研究开发了一种多模态质谱成像框架,用于在阿尔茨海默病小鼠模型中绘制斑块和区域特异性的神经脂质组图谱 | 整合了MALDI-2质谱成像、离子淌度质谱和荧光显微镜的多模态成像框架,提高了检测灵敏度和空间化学分辨率,并建立了多模态图像配准与斑块相关脂质发现的计算流程 | 研究仅使用雌性小鼠模型,未涉及人类样本,且机制验证主要基于与现有空间转录组数据的关联分析 | 探究阿尔茨海默病中淀粉样斑块形成相关的脂质组学变化及其生化机制 | 雌性5xFAD和APP转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 质谱成像与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 基质辅助激光解吸/电离后电离质谱成像、离子淌度质谱、荧光显微镜成像 | 多模态图像配准与数据分析流程 | 质谱成像数据、离子淌度数据、荧光图像数据 | 未明确说明样本数量,使用两种转基因小鼠模型 | NA | 质谱成像、空间转录组学 | NA | MALDI-2质谱成像系统与离子淌度质谱联用平台 |
| 258 | 2026-03-06 |
α -Klotho Promotes Cell Death and Suppresses Inflammation through TNF-Cellular Inhibitor of Apoptosis Protein 1 Signaling in Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease
2025-Dec-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000940
PMID:41563399
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研究论文 | 本研究探讨了α-Klotho蛋白在常染色体显性多囊肾病中的作用机制,发现其通过TNF-细胞凋亡抑制蛋白1信号通路促进细胞死亡并抑制炎症 | 首次揭示了α-Klotho在ADPKD中通过干扰TNF信号通路促进细胞凋亡和抑制炎症的新机制,并利用单细胞RNA测序技术解析了细胞间通讯网络 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;机制研究集中在TNF-CIAP1通路,可能存在其他未被探索的调控途径 | 探究α-Klotho在常染色体显性多囊肾病中的功能和作用机制 | Pkd1突变小鼠肾脏细胞、转基因α-Klotho小鼠模型 | 单细胞组学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Pkd1突变小鼠和Pkd1-HOMO-KLTg转基因小鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2026-03-06 |
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00601-2
PMID:41162753
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研究论文 | 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型的关系 | 首次在体内系统比较了p21和p16阳性细胞的转录组差异,发现它们具有独立的轨迹动态且缺乏共表达,并识别出组织特异性的衰老相关分泌表型变异 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本来源为公共数据集,可能存在批次效应;未进行功能实验验证核心SASP因子的具体作用机制 | 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的异质性作用及其与衰老相关分泌表型的关系 | 人类和小鼠多种衰老组织中的p21和p16阳性细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA velocity分析、拟时序分析 | 单细胞转录组数据 | 多个公共单细胞RNA测序数据集(未明确具体样本数) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2026-03-06 |
DTCFinder: a bench-to-bits toolkit for label-free, whole-spectrum analysis of disseminated and circulating tumor cells in liquid biopsies
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690914
PMID:41409151
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DTCFinder的无标记、全谱分析方法,用于液体活检中播散性和循环肿瘤细胞的检测与分子特征分析 | 整合高通量单细胞RNA测序与机器学习,实现无偏检测、深度分子表征和精确组织来源追踪,即使在外周血中肿瘤细胞极稀少且测序深度低的情况下也能工作 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种用于液体活检中播散性和循环肿瘤细胞检测与分析的稳健且多功能工具包,以提升癌症转移的理解 | 播散性肿瘤细胞和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |