单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10779 篇文献，本页显示第 2561 - 2580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2561 | 2025-11-25 |
RUNX1T1-HDAC Reprogramming of the HOX Code Signaling Drives a Targetable Pan-Cancer Lineage Plasticity
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.07.681000
PMID:41280130
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现RUNX1T1-HDAC复合物通过重编程HOX编码信号驱动泛癌谱系可塑性，并揭示其可作为治疗靶点 | 首次发现RUNX1T1作为泛癌谱系可塑性的新型生物标志物，并鉴定RUNX1T1-HDAC复合物作为可药物靶点 | 研究主要关注前列腺癌、肺癌和AML三种癌症类型，在其他癌症中的普适性需进一步验证 | 探索癌症谱系可塑性的分子机制并寻找可靶向治疗的生物标志物 | 114种癌症类型的80,000多个RNA-seq样本，重点关注前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病 | 机器学习 | 前列腺癌,肺癌,急性髓系白血病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,多组学分析 | AI建模 | 基因表达数据 | 超过80,000个RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2562 | 2025-11-25 |
Optimal transport modeling uncovers spatial domain dynamics in spatiotemporal transcriptomics studies
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680672
PMID:41278900
|
研究论文 | 提出了一种名为SpaDOT的计算方法，用于识别空间转录组学研究中的空间域并推断其跨时间点的动态变化 | 结合变分自编码器框架与最优传输理论，首次在空间转录组学中同时建模全局空间连续性和局部结构异质性，并能追踪空间域随时间的动态转变 | NA | 开发计算方法来识别和追踪空间转录组学数据中的空间域动态变化 | 时空转录组学数据 | 空间转录组学 | 心脏瓣膜发育 | 时空转录组学 | 变分自编码器(VAE), 高斯过程, 最优传输(OT) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2563 | 2025-11-25 |
Tertiary lymphoid structures support the development of allergen-specific progenitor CD4+ T cells
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680350
PMID:41256356
|
研究论文 | 本研究揭示了肺脏三级淋巴结构在过敏原特异性CD4+ T细胞发育中的关键作用 | 首次发现TCF1+祖细胞亚群定位于三级淋巴结构，并证实其通过PD1通路响应免疫治疗 | 研究主要聚焦于尘螨过敏模型，尚未验证其他过敏原或疾病场景 | 探究组织驻留记忆CD4+ T细胞在过敏性疾病中的发育机制 | 过敏原特异性CD4+ T细胞亚群 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 转录组分析、流式细胞术、共聚焦显微镜、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、空间定位数据 | 尘螨暴露后的小鼠肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2564 | 2025-11-25 |
Comparative transcriptomics reveals shifts in cortical architecture at the metatherian/eutherian transition
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680397
PMID:41256371
|
研究论文 | 通过比较转录组学分析揭示后兽类与真兽类哺乳动物在皮质柱细胞类型特异性组织方面的差异 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术系统比较后兽类与真兽类哺乳动物初级视觉皮层的基因表达、细胞类型和分层结构差异 | 研究仅针对初级视觉皮层，且样本数量有限，可能无法完全代表所有哺乳动物类群 | 探究后兽类与真兽类分化过程中皮质柱细胞类型特异性组织是否发生变化 | 后兽类和真兽类哺乳动物的初级视觉皮层 | 比较转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 两种哺乳动物物种（后兽类和真兽类各一）的初级视觉皮层样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2565 | 2025-11-25 |
Single-cell nanodroplet processing proteomics pipeline for analysis of human-derived microglia
2025-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680067
PMID:41256374
|
研究论文 | 开发了一种用于人源小胶质细胞单细胞蛋白质组学分析的纳米液滴处理流程 | 首次建立了基于FACS分离、冷冻保存和纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程，能够从单个小胶质细胞中平均鉴定1039种蛋白质 | 初步研究数据仅部分重现了先前已知的小胶质细胞亚型，需要进一步验证 | 探索脑小胶质细胞在细胞水平的异质性 | 人脑皮层来源的小胶质细胞 | 蛋白质组学 | 阿尔茨海默病和其他神经系统疾病 | 单细胞质谱蛋白质组学，FACS，纳米液滴处理 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | 纳米液滴处理平台 |
| 2566 | 2025-11-25 |
Persistent interferon signaling and clonal expansion mark early events in DNA methylation damage-induced liver cancer
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679856
PMID:41256671
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了NDMA诱导肝细胞癌的早期分子事件，包括持续性干扰素信号和克隆扩增 | 首次系统描绘了DNA甲基化损伤诱导肝癌的早期分子级联事件，发现持续性干扰素信号是主导激活通路 | 研究基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 阐明NDMA诱导肝癌进展的分子机制 | 野生型和MGMT缺陷型小鼠 | 多组学分析 | 肝癌 | 磷酸化蛋白质组学,转录组学,空间转录组学 | NA | 分子表型数据,转录组数据,磷酸化蛋白质组数据 | 小鼠模型队列 | NA | 空间转录组学,转录组分析,磷酸化蛋白质组分析 | NA | NA |
| 2567 | 2025-11-25 |
A conserved logic for the development of cortical layering in tetrapods
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679862
PMID:41256365
|
研究论文 | 本研究通过识别蝾螈大脑皮层中的分层神经元，揭示了四足动物皮层发育的保守机制 | 首次在蝾螈大脑皮层中发现分层神经元结构，并揭示哺乳动物皮层发育的进化起源 | 研究主要基于蝾螈模型，需要在更多物种中验证保守性 | 探索大脑皮层分层结构的进化起源和发育机制 | 蝾螈大脑皮层神经元 | 神经科学 | NA | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,发育时序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2568 | 2025-11-25 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680117
PMID:41256660
|
研究论文 | 提出一种基于深度学习的基因面板设计框架scGPD，利用单细胞RNA-seq数据为靶向空间转录组学选择紧凑且非冗余的基因集 | 采用基因-基因相关性感知的门控机制，从数据中提取信息特征，促进所选基因的多样性并消除冗余 | NA | 为靶向空间转录组学技术设计信息丰富的基因面板 | 单细胞RNA-seq数据和空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2569 | 2025-11-25 |
A Phase I Trial of Evorpacept, Lenalidomide, and Rituximab for Patients with B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma
2025-Oct-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1826
PMID:40729376
|
研究论文 | 评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的安全性及抗肿瘤活性 | 首次将CD47阻断剂Evorpacept与来那度胺和利妥昔单抗联合用于治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤，并证明其可逆转SIRPα+巨噬细胞介导的耐药机制 | 单臂I期研究，样本量较小（20例患者），缺乏对照组 | 评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗在B细胞非霍奇金淋巴瘤患者中的安全性和初步疗效 | 接受过至少两种系统治疗的B细胞非霍奇金淋巴瘤成年患者 | 肿瘤免疫治疗 | B细胞非霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 20例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2570 | 2025-11-25 |
Multiscale Hyperbolic Embedding for Cell Hierarchies in Large-Scale Bioinformatics Data
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.29.679407
PMID:41256490
|
研究论文 | 提出一种名为MuH-MDS的多尺度双曲嵌入算法，用于处理大规模生物信息学数据中的细胞层次结构 | 使用物理学中的'绝热'近似方法优化局部位置同时保持聚类中心固定，计算速度比现有方法提高10倍，能够处理超过80,000个样本的大规模数据集 | 论文未明确说明算法的具体局限性 | 开发可扩展且有效的分析方法，用于大规模数据集的细胞层次结构可视化与解释 | 大规模生物信息学数据集，包括包含80,000多个样本的胚胎发生单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双曲多维标度(MuH-MDS) | 单细胞RNA测序数据 | 超过80,000个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2571 | 2025-11-25 |
BTK Inhibitor Synergizes With CD19-Targeted Chimeric Antigen Receptor-T Cells in Patients With Relapsed or Refractory B-Cell Lymphoma: An Open-Label Pragmatic Clinical Trial
2025-Oct, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71321
PMID:41123227
|
研究论文 | 本研究评估BTK抑制剂联合CD19靶向CAR-T细胞治疗复发或难治性B细胞淋巴瘤的安全性和疗效 | 首次在临床试验中证实BTK抑制剂能够增强CAR-T细胞疗法的抗肿瘤效果，并发现BTKi治疗组T细胞更倾向于早期分化且衰竭程度更低 | 非随机化试验设计，样本量较小（n=37），组间分配基于患者自主选择 | 评估BTK抑制剂联合CD19-CAR-T细胞治疗B细胞淋巴瘤的安全性和临床疗效 | 37例复发或难治性B细胞淋巴瘤患者 | 临床医学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，单细胞转录组数据 | 37例患者（CAR-T单药组24例，联合治疗组13例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2572 | 2025-11-25 |
Computational Drug Repurposing for Alzheimer's Disease via Sheaf Theoretic Population-Scale Analysis of snRNA-seq Data
2025-Sep-29, ArXiv
PMID:41256885
|
研究论文 | 通过层论拓扑方法和机器学习模型，利用群体规模单核RNA测序数据进行阿尔茨海默病药物重定位研究 | 首次将持久层拉普拉斯算子应用于蛋白质-蛋白质相互作用分析，并结合群体规模snRNA-seq数据开发顺序靶点-药物选择模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证预测结果 | 开发计算药物重定位方法治疗阿尔茨海默病 | 阿尔茨海默病患者脑组织中的小胶质细胞和脑血管组织细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序(snRNA-seq), 差异基因表达分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | 机器学习模型, 持久层拉普拉斯模型 | 基因表达数据 | 来自多患者多区域研究的数十万个细胞核 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 2573 | 2025-11-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the role of immunoinflammatory cells in the progression of renal tubulointerstitial fibrosis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0337092
PMID:41269996
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫炎症细胞在肾小管间质纤维化进展中的作用机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统描绘了UUO模型中免疫炎症细胞的动态变化及其与成纤维细胞的相互作用网络 | 研究仅基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 阐明免疫炎症细胞在肾小管间质纤维化进展中的具体作用机制 | 单侧输尿管梗阻模型小鼠的肾脏组织 | 单细胞测序分析 | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同时间点（3天、7天、14天）的UUO模型小鼠和假手术组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2574 | 2025-11-25 |
Multi-omics analysis indicates an association between TAPBP and prostate cancer
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336438
PMID:41270069
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定与前列腺癌相关的关键基因TAPBP | 首次整合蛋白质组、转录组、单细胞测序和多种统计方法系统筛选前列腺癌相关基因 | 研究结果需要进一步实验验证，样本来源和数量未明确说明 | 识别导致前列腺癌发生的关键基因并寻找潜在药物靶点 | 前列腺癌相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 前列腺癌 | PWAS, TWAS, 单细胞测序, 孟德尔随机化, 贝叶斯共定位分析 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2575 | 2025-11-24 |
Screening and Validation of Genes Associated With Lysosomal-Dependent Cell Death in Colorectal Cancer
2025-Dec, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70024
PMID:40964747
|
研究论文 | 本研究通过分析结直肠癌与溶酶体依赖性细胞死亡的相关性，鉴定出ATP6V0A4、CLU和IL13RA2作为潜在生物标志物 | 首次构建基于溶酶体依赖性细胞死亡相关基因的结直肠癌风险模型，并系统评估其与肿瘤免疫微环境和化疗药物敏感性的关联 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索结直肠癌中溶酶体依赖性细胞死亡相关基因的预后价值和治疗靶点潜力 | 结直肠癌患者和正常组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序，Cox回归分析，LASSO分析，富集分析 | 风险模型，列线图 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA-CRC和GSE17538数据集，包含临床样本 | NA | 单细胞测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2576 | 2025-11-24 |
Zebrafish: A Versatile and Powerful Model for Biomedical Research
2025-Dec, BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology
IF:3.2Q1
DOI:10.1002/bies.70080
PMID:41108536
|
综述 | 本文系统阐述了斑马鱼作为生物医学研究模型的优势、应用领域及最新技术进展 | 整合了CRISPR/Cas9、单细胞转录组学、计算建模和机器学习等前沿技术，拓展了斑马鱼在精准医疗中的应用场景 | 存在物种特异性脂质代谢差异和抗体可用性有限等问题 | 探讨斑马鱼模型在精准医疗和疾病建模中的应用价值 | 斑马鱼（Danio rerio）生物模型 | 生物医学研究 | 心血管疾病、神经系统疾病、代谢疾病、肿瘤疾病、传染性疾病、神经精神疾病 | CRISPR/Cas9、prime editing、morpholino、单细胞转录组学、计算建模、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2577 | 2025-11-24 |
An injectable hyaluronic acid-silanol hydrogel containing arginine and puerarin for immune modulation and enhanced diabetic wound healing
2025-Dec, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.040
PMID:41268352
|
研究论文 | 本研究开发了一种含有精氨酸和葛根素的可注射透明质酸-硅醇水凝胶，用于糖尿病伤口愈合的免疫调节和促进治疗 | 首次将透明质酸、硅醇与精氨酸和葛根素结合制成可注射水凝胶，并通过单细胞RNA测序技术深入分析其对巨噬细胞极化的调节机制 | 研究主要基于糖尿病小鼠模型，尚未在临床环境中验证其安全性和有效性 | 开发新型糖尿病伤口愈合治疗方法 | 糖尿病伤口愈合过程及巨噬细胞极化调控 | 生物医学工程 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序，体外实验，组织学分析 | NA | 基因表达数据，组织图像数据 | 糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2578 | 2025-11-24 |
Multidimensional single-cell analysis reveals immune dysfunction and inflammatory response in Lymphatic malformations
2025-Nov-22, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwaf103
PMID:41273773
|
研究论文 | 本研究通过多维单细胞分析揭示了淋巴管畸形中的免疫功能障碍和炎症反应机制 | 首次整合单细胞RNA、T细胞受体和B细胞受体测序技术，系统描绘淋巴管畸形患者的免疫图谱，发现促炎性单核细胞扩增和S100A8作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限，主要关注外周血和胸腔积液，未深入探究其他组织部位的免疫变化 | 阐明淋巴管畸形患者的免疫表型和分子机制 | 淋巴管畸形患者的外周血和胸腔积液样本 | 单细胞组学 | 淋巴管畸形 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq), 单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq) | NA | 单细胞转录组数据, 免疫受体序列数据 | 淋巴管畸形患者的外周血和胸腔积液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | NA |
| 2579 | 2025-11-24 |
ASAH1-mediated sphingolipid metabolic reprogramming in venetoclax resistance of AML: beyond the monocytic phenotypes
2025-Nov-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15272-9
PMID:41275169
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了ASAH1介导的鞘脂代谢重编程在急性髓系白血病 Venetoclax耐药机制中的关键作用 | 首次发现单核细胞AML中鞘脂代谢异常与Venetoclax耐药相关，并证明ASAH1基因敲除可增强药物敏感性而不影响单核细胞表型标记 | 研究主要基于体外细胞系和动物模型，需要进一步临床验证 | 探索急性髓系白血病对Venetoclax耐药的分子机制 | 急性髓系白血病患者骨髓样本、患者来源异种移植模型和诱导耐药细胞系 | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,脂质组学测序,基因敲除 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据,脂质组学数据 | AML患者骨髓样本、PDX模型和耐药细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,脂质组学测序 | NA | NA |
| 2580 | 2025-11-24 |
AI-driven discovery of dual antiaging and anti-AD therapeutics via PROTAC target deconvolution of a super-enhancer-regulated axis
2025-Nov-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adz9283
PMID:41259504
|
研究论文 | 通过人工智能驱动的PROTAC靶点解析方法发现褪黑素作为兼具抗衰老和抗阿尔茨海默病双重作用的候选治疗药物 | 结合人工智能筛选、PROTAC靶点解析和超级增强子机制研究，建立了从AI发现到临床应用的创新药物研发范式 | 研究样本量相对有限，需要更大规模的临床验证 | 开发同时针对生物衰老和阿尔茨海默病的双重作用治疗药物 | 褪黑素及其作用机制 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,PROTAC化学蛋白质组学 | AI驱动筛选模型 | 血清蛋白质组数据,转录组数据,表观遗传数据 | 161名人类个体 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |