单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2561	2025-03-25	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程	开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制	研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证	解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接	果蝇腿部运动神经元和前运动神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学	ConnectionMiner(新型计算工具)	基因表达数据，神经连接数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据
2562	2025-03-25	MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf110 PMID:40116657	research paper	介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	MOSim能够模拟多种组学数据（如RNA-seq、ATAC-seq等），并支持不同的实验设计，包括基因共表达模式、生物学重复和条件间差异表达	未明确提及具体限制	开发一个工具，用于生成真实且多样化的多组学数据集，以支持方法测试和基准测试	批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	machine learning	NA	RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq	NA	multi-omics data	NA
2563	2025-03-25	AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf118 PMID:40116659	研究论文	提出了一种基于图变换器的新型模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕捉有向网络结构信息和功能信息	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器（graph transformer）	单细胞RNA测序数据	88个数据集
2564	2025-03-25	Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70434 PMID:40119618	research paper	利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型	建立了一个稳健的15基因标志物，能有效将患者分为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联	研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制	预测食管鳞状细胞癌的预后并探索糖脂代谢与肿瘤免疫的关系	食管鳞状细胞癌患者	machine learning	oesophageal squamous cell carcinoma	machine learning, single-cell RNA sequencing	NA	gene expression data	TCGA和GEO数据集中的样本
2565	2025-03-25	CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.15.638331 PMID:40027773	研究论文	介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据	CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案	未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量	开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法	空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析	数字病理学	乳腺癌	抗体捕获技术，空间转录组学	数学优化模型	空间转录组数据	模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本
2566	2025-03-25	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	research paper	本文描述了用于构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术在基因组整合的工程DNA盒中产生突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发和验证高通量分子记录技术，用于细胞历史信息的记录和存储	细胞谱系追踪系统	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	未提及具体样本数量
2567	2025-03-24	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Mar-22, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	综述	本文探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用，特别是在神经退行性疾病研究中的应用	空间转录组学通过提供空间分辨的基因表达数据，革新了我们对中枢神经系统的理解，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率的限制	探索空间转录组学在中枢神经系统研究中的影响，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统，特别是神经退行性疾病如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化和肌萎缩侧索硬化症	数字病理学	神经退行性疾病	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
2568	2025-03-24	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Mar-21, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	研究论文	本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪	DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码	需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间	研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态	小鼠模型	生物信息学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）	DARLIN小鼠模型	测序数据	NA
2569	2025-03-24	Cancer‑associated fibroblasts: a pivotal regulator of tumor microenvironment in the context of radiotherapy 2025-Mar-20, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02138-7 PMID:40114180	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在放射治疗（RT）背景下对肿瘤微环境（TME）的调节作用	详细探讨了CAFs在放射治疗后的表型和功能变化，以及它们与肿瘤细胞和免疫细胞的相互作用	放射治疗对CAFs的影响以及受辐射CAFs对肿瘤进展和TME的影响尚未完全明确	探讨CAFs在放射治疗背景下对肿瘤微环境的调节作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤学	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
2570	2025-03-23	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者在急性抗体介导排斥反应治疗前后的四次肾活检样本进行空间转录组学分析	首次在急性抗体介导排斥反应中，通过空间转录组学技术定位了肾小球中的分子特征，揭示了天然免疫细胞和HLA II类抗原在肾小球中的表达变化	研究仅基于一名患者的四次活检样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探讨急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子特征变化及其对足细胞的影响	肾移植患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	数字空间分析（Digital Spatial Profiling）	NA	空间转录组数据	一名患者的四次肾活检样本
2571	2025-03-23	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-Apr, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4水平降低介导的RAB7A泛素化如何破坏正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎中的关键作用，并验证了USP4上调可减轻牙周炎	研究主要基于小鼠模型和临床牙龈样本，尚未在更广泛的人群中进行验证	探讨自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子生物学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、组织样本数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠
2572	2025-03-23	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	综述	本文综述了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	NGS技术揭示了疼痛相关基因的突变谱、关键剪接事件和单细胞转录组学，开发了基于NGS的疼痛分类器，并发现了与骨关节炎和类风湿性关节炎疼痛相关的新基因	NGS在疼痛研究中面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探讨NGS技术在疼痛遗传学研究中的应用及其对个性化疼痛管理的潜力	人类疼痛相关基因和遗传变异	基因组学	疼痛相关疾病	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
2573	2025-03-23	Insights into the single-cell transcriptome characteristics of porcine endometrium with embryo loss 2025-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402212RR PMID:40105155	研究论文	本研究通过构建猪子宫内膜在胚胎丢失和成功妊娠期间的单细胞转录组图谱，揭示了胚胎丢失子宫内膜组织的分子特征	首次构建了猪胚胎丢失和成功妊娠期间子宫内膜的单细胞转录组图谱，并识别了22种细胞亚群，揭示了胚胎丢失和成功妊娠子宫内膜在细胞类型组成、功能差异及基因表达水平上的显著差异	研究仅关注了猪的子宫内膜，未涉及其他物种或更广泛的生殖障碍机制	研究胚胎丢失和成功妊娠期间猪子宫内膜的分子特征，以揭示生殖障碍的子宫内膜微环境	猪的子宫内膜组织	单细胞转录组学	生殖障碍	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	胚胎丢失和成功妊娠的猪子宫内膜组织样本
2574	2025-03-23	Diversity and heterogeneity in human pancreaticobiliary maljunction revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-21, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-025-05997-w PMID:40116982	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胰胆管连接不良（PBM）中的细胞多样性和微环境差异	首次在单细胞水平上揭示了PBM的细胞组成和功能状态，特别是成纤维细胞在PBM中的核心作用	样本量较小，仅包括6名患者	阐明PBM的病因和发病机制	胰胆管连接不良（PBM）患者和非PBM患者的胆管组织	数字病理学	胰胆管连接不良	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6名患者（3名PBM患者和3名非PBM患者）
2575	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2025-Mar-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100796 PMID:40111904	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和杂交链反应荧光原位杂交分析，研究了海参再生肠道的细胞组成，揭示了再生原基的细胞多能性	首次使用scRNA-seq和HCR-FISH技术对海参再生肠道的细胞群体进行详细分析，识别出13个不同的细胞群，并发现再生原基的体腔上皮具有多能性	研究局限于海参的再生过程，未涉及其他物种或更广泛的再生机制	研究海参再生肠道的细胞组成及其分子特征	海参再生肠道的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），杂交链反应荧光原位杂交（HCR-FISH）	NA	RNA测序数据	NA
2576	2025-03-23	Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04014-2 PMID:40105941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新辅助化疗免疫治疗（NACI）对口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的影响，旨在优化治疗策略	首次通过单细胞RNA测序揭示了OSCC肿瘤微环境中与新辅助化疗免疫治疗反应相关的特征，并识别了与患者生存率相关的肿瘤细胞亚群	样本量较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性	分析NACI对OSCC肿瘤微环境的影响，以优化治疗策略	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四名OSCC患者的活检、原发肿瘤、匹配的转移淋巴结和正常淋巴结样本
2577	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
2578	2025-03-23	CHI3L1: a key driver in gastritis-to-cancer transformation 2025-Mar-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06352-2 PMID:40108688	研究论文	本研究通过机器学习方法识别了胃炎向胃癌转变过程中的关键驱动基因，特别是CHI3L1，并验证了其在胃癌前病变中的上调及其通过CD44-β-catenin通路促进恶性转化的机制	首次将CHI3L1确定为胃炎向胃癌转变的核心驱动基因，并揭示了其通过CD44-β-catenin通路促进恶性转化的具体机制	研究主要基于数据集和模型分析，虽然进行了体外和类器官验证，但临床样本的验证仍需进一步扩展	阐明胃癌发生的致病机制并识别早期诊断生物标志物，以降低胃癌的发病率	胃炎向胃癌转变过程中的关键基因及其作用机制	机器学习	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化	机器学习模型	基因表达数据、组织微阵列数据	数据集中的胃癌和胃炎样本，以及体外和类器官模型
2579	2025-03-23	Screening and analysis of programmed cell death related genes and targeted drugs in sepsis 2025-Mar-19, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00403-w PMID:40108736	研究论文	本研究利用生物信息学技术识别与程序性细胞死亡相关的诊断基因，并探索脓毒症治疗的潜在药物	通过WGCNA、LASSO、RF等方法识别关键基因，构建TF-miRNA-枢纽基因网络，并预测潜在治疗药物	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	识别与脓毒症相关的程序性细胞死亡基因，并探索潜在治疗药物	脓毒症患者的基因表达谱	生物信息学	脓毒症	WGCNA, LASSO, RF, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, DGIdb, 孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
2580	2025-03-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer 2025-Mar-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13901-x PMID:40102789	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈癌中CD8+ T细胞的异质性，并构建了一个基于CD8+ T细胞转录组特征的预后风险模型	首次在宫颈癌微环境中系统性地描述了CD8+ T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络和细胞间通讯，并构建了一个包含八个核心基因的预后风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验的全面验证	研究宫颈癌微环境中CD8+ T细胞的异质性及其功能，并构建预后风险模型	宫颈癌微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌肿瘤样本