单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10779 篇文献，本页显示第 2421 - 2440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2421 | 2025-11-28 |
Exploring microRNAs, One Cell at a Time
2025-Oct-22, Non-coding RNA
IF:3.6Q2
DOI:10.3390/ncrna11060073
PMID:41283328
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞水平下microRNA的分析工具与计算方法 | 开发了分析细胞特异性miRNA丰度的实验工具和计算方法 | NA | 揭示miRNA生物学的复杂性，增进对生命科学和疾病的理解 | microRNAs（miRNAs） | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2422 | 2025-11-28 |
Comprehensive profiling of transcription factors for reprogramming human astrocytes to neuronal cells through endogenous CRISPR-based gene activation
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.11.681828
PMID:41278743
|
研究论文 | 本研究建立了基于CRISPR激活的方法，通过高通量筛选鉴定转录因子，将人类星形胶质细胞重编程为神经元细胞 | 首次使用CRISPRa技术对人类所有转录因子编码基因进行系统性筛选，发现单个转录因子即可诱导星形胶质细胞向多种神经元亚型分化 | NA | 鉴定能够将人类星形胶质细胞重编程为神经元细胞的高效转录因子 | 人类原代星形胶质细胞 | 基因编辑与细胞重编程 | 神经退行性疾病 | CRISPR激活(CRISPRa), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2423 | 2025-11-28 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组范围关联研究的统计方法scTWAS，能够在单细胞水平进行细胞类型特异性分析 | 开发了基于潜变量模型和矩估计的统计框架，专门解决单细胞数据中的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | NA | 开发能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计方法 | 血液和脑组织中的不同细胞类型，包括免疫细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型,矩估计 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2424 | 2025-11-28 |
Comparative Single-Cell Transcriptome Analysis of c-Met Receptor Expressing and Non-Expressing Projection Neurons in the Developing Frontal and Visual Cortices
2025-Sep-25, Developmental neuroscience
IF:2.3Q3
DOI:10.1159/000548617
PMID:40996948
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较发育中前额叶和视觉皮层c-Met受体表达与非表达投射神经元的转录组差异 | 首次在发育阶段系统比较同一投射神经元亚类中Met+和Met-群体的转录组差异，揭示MET信号通路在皮层回路异步成熟中的作用 | 研究仅关注小鼠发育早期阶段，未涵盖其他发育时期或物种 | 探究发育中皮层投射神经元亚类内转录组异质性的分子机制 | 小鼠视觉和前额叶皮层的投射神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 小鼠皮层神经元（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2425 | 2025-11-28 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
|
研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法，通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据集的算法，采用改进的随机森林推断非线性调控关系，并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞特异性调控网络推断方法 | 单细胞基因表达与染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 2426 | 2025-11-28 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
|
研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以改进批量RNA-seq反卷积的方法 | 首次系统比较多种整合策略，发现过滤跨模态差异表达基因和使用条件变分自编码器可显著提升反卷积精度 | 研究仅基于四种组织类型，对于更广泛组织类型的适用性需要进一步验证 | 提高批量RNA测序反卷积的准确性 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | 变分自编码器, 主成分分析 | 基因表达数据 | 四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2427 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer
2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025061
PMID:40264416
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性 | 首次在单细胞水平系统描绘胃前病变和早期胃癌的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定ERO1LB为关键调控因子 | 样本量相对有限，仅包含慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变 | 探究胃前病变和恶性病变中谷氨酰胺代谢的细胞异质性特征 | 慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变组织 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 22511个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2428 | 2025-11-28 |
The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation
2025-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00633-1
PMID:40217124
|
研究论文 | 本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫环境并促进心肌炎症 | 首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞间的IL-12b/TNF/IFNγ信号正反馈环路驱动心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探究CD40激动剂引发心肌炎症的潜在机制 | 遗传工程小鼠模型的心脏免疫细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 细胞清除研究 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2429 | 2025-11-28 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1
PMID:39801521
|
研究论文 | 提出多尺度细胞-细胞交互空间转录组学分析方法，整合多尺度拓扑表示与空间深度学习技术 | 首次在空间转录组学分析中考虑多尺度细胞-细胞相互作用，结合多尺度拓扑表示与先进空间深度学习技术 | NA | 改进空间转录组数据分析方法，更好地识别空间域和细胞间相互作用 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 空间基因表达数据 | 37个基准空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2430 | 2025-11-28 |
SLC16A3 is a Prognostic Marker and Affects Immune Regulation in Bladder Cancer
2025, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 本研究系统分析了SLC16A3在膀胱癌中的表达及其与预后的关系，探讨了其通过调节代谢和m6A甲基化影响免疫浸润的机制 | 首次系统分析SLC16A3在膀胱癌中的预后价值和免疫调节功能，建立了可靠的预后模型 | 研究主要基于公共数据库和回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探讨SLC16A3在膀胱癌中的预后价值和免疫调节机制 | 膀胱癌患者和膀胱癌细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞测序，逆转录定量PCR，免疫组织化学，生物信息学分析 | 预后模型 | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | 412例膀胱癌患者和3,115个膀胱癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2431 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomics profiling reveals cellular origins and molecular drivers underlying melanoma brain metastasis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336502
PMID:41284647
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了黑色素瘤脑转移的细胞起源和分子驱动机制 | 首次识别出与脑转移相关的肿瘤细胞亚群MBMATCs，并开发了能够预测脑转移风险的MBM-Index生物标志物 | 样本量相对有限（26个黑色素瘤样本），需要在更大队列中进一步验证 | 探索黑色素瘤脑转移的细胞起源和分子机制 | 黑色素瘤患者肿瘤样本 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 26个黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 2432 | 2025-11-28 |
Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal Mitochondrial Metabolism-Related Biomarkers in IgA Nephropathy with Experimental Validation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S565202
PMID:41287774
|
研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞RNA测序分析，鉴定IgA肾病中线粒体代谢相关生物标志物CYP27B1和PCK1 | 首次整合批量转录组和单细胞RNA测序分析揭示IgA肾病中线粒体代谢相关生物标志物，并确定近端肾小管细胞为关键细胞类型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证机制 | 确定线粒体代谢相关生物标志物在IgA肾病中的作用 | IgA肾病患者的转录组数据 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, 逆转录定量PCR | 机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2433 | 2025-11-28 |
Elevated ITGAV Expression in Seropositive Rheumatoid Arthritis: Diagnostic Potential and Immunopathological Insights
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S540469
PMID:41287769
|
研究论文 | 本研究探讨整合素αV（ITGAV）在血清阳性类风湿关节炎中的表达及其作为诊断生物标志物的潜力 | 首次系统评估ITGAV在类风湿关节炎中的诊断价值，并通过单细胞转录组分析揭示其在炎症免疫细胞亚群中的特异性表达 | 需要未来纵向和功能研究验证其在个性化疾病管理中的作用 | 研究ITGAV作为类风湿关节炎潜在诊断生物标志物的价值 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者和健康对照者的外周血样本 | 生物医学研究 | 类风湿关节炎 | ELISA, 单细胞RNA测序, 转录组分析, ROC曲线分析 | NA | 血液样本, 转录组数据, 临床参数 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2434 | 2025-11-27 |
HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251377097
PMID:40982255
|
研究论文 | 提出一种基于双曲流形学习的深度几何学习框架HyperDiffuseNet，用于空间转录组数据的降维表示 | 首次将双曲潜在空间与变分自编码器结合用于空间转录组数据，通过图卷积网络学习多尺度空间依赖关系并整合扩散矩阵到双曲嵌入中 | 仅在多个ST数据集上进行了实证评估，未涉及更广泛的生物学验证或临床应用 | 解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构分析挑战 | 空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 变分自编码器, 图卷积网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2435 | 2025-11-27 |
stPipe: a flexible and streamlined R/Bioconductor pipeline for preprocessing sequencing-based spatial transcriptomics data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf167
PMID:41278534
|
研究论文 | 介绍了一个用于预处理测序空间转录组数据的灵活简化R/Bioconductor流程stPipe | 开发了首个全面模块化的预处理流程，支持所有主流测序空间转录组平台，提供统一的数据处理标准 | 仅支持测序空间转录组数据，不包含基于成像的空间转录组技术 | 解决不同空间转录组平台数据预处理标准化和简化的问题 | 测序空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组测序数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seq, Stereo-seq | 支持所有主流测序空间转录组平台 |
| 2436 | 2025-11-27 |
An engineered human hepatitis A virus capable of rapid proliferation in vitro and causing hepatitis in mice
2025-Dec, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101582
PMID:41281447
|
研究论文 | 通过理性诱变开发了一种能在体外快速增殖并能在小鼠体内引发甲型肝炎的工程化人类甲型肝炎病毒 | 开发了具有遗传可操作性的重组HAV-2m病毒，在体外复制效率高，并建立了能诱导急性甲型肝炎的小鼠模型，揭示了病毒2C蛋白中的新型毒力决定因子 | 研究使用Ifnar1基因敲除小鼠模型，可能不能完全模拟人类免疫系统对HAV的反应 | 开发遗传可操作的甲型肝炎病毒模型以促进发病机制研究和抗病毒策略评估 | 工程化人类甲型肝炎病毒(HAV-2m)和Ifnar1-/-小鼠 | 病毒学 | 甲型肝炎 | 单细胞RNA测序, 理性诱变, 反向遗传学 | 动物模型 | 基因序列数据, 病理学数据, 血清生化数据 | Ifnar1-/-小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2437 | 2025-11-27 |
Relevance of Clonal Hematopoiesis in Immune Cells for Degenerative Aortic Valve Stenosis
2025-Nov-26, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.044406
PMID:41294132
|
综述 | 本文综述了意义未明克隆性造血在退行性主动脉瓣狭窄中的临床相关性及其对心功能的影响 | 首次系统阐述CHIP与AVS的关联机制，包括炎症通路分析和实验模型验证 | 主要基于现有研究综述，缺乏原始数据验证 | 探讨CHIP在退行性主动脉瓣狭窄发病机制中的作用 | 退行性主动脉瓣狭窄患者和实验动物模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 荧光激活细胞分选, 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 实验数据 | 约三分之一严重AVS患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2438 | 2025-11-27 |
C-C Chemokine Receptor 4 Deficiency Protects Against Abdominal Aortic Aneurysm Formation
2025-Nov-26, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.043202
PMID:41294146
|
研究论文 | 本研究通过基因缺陷小鼠模型揭示CCR4缺失对腹主动脉瘤形成的保护作用及免疫调节机制 | 首次发现CCR4缺失通过调节Th1/T细胞平衡和IFN-γ产生抑制腹主动脉瘤发展 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究CCR4在腹主动脉瘤发病机制中的具体作用 | 高胆固醇血症CCR4缺陷小鼠（Ccr4-/-Apoe-/-） | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，组织学分析，生化检测 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据，组织形态数据 | 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2439 | 2025-11-27 |
Elevated tumor-associated androgen receptor activity correlates with poor immune infiltration and immunotherapy response across cancer types
2025-Nov-26, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0409
PMID:41295980
|
研究论文 | 本研究通过泛癌分析揭示了雄激素受体活性与肿瘤免疫浸润及免疫治疗反应的负相关性 | 首次在泛癌水平系统揭示雄激素受体活性与免疫浸润的负相关性，并证明其作为免疫治疗预测生物标志物的潜力 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性临床试验验证 | 探究雄激素受体活性在不同癌种和性别中对肿瘤免疫浸润及免疫治疗反应的影响 | 33种TCGA癌症类型、前列腺癌单细胞数据集、免疫治疗队列患者 | 生物信息学 | 多癌种 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、通路分析、Cox回归、数字空间分析、免疫组织化学 | 网络推断方法、生存分析模型 | 转录组数据、单细胞数据、蛋白质组数据、临床数据 | 33种TCGA癌症类型的批量RNA-seq数据、前列腺癌单细胞meta-atlas、免疫治疗队列 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2440 | 2025-11-27 |
Molecular pathology of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas: current understanding and perspectives on malignant progression
2025-Nov-26, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02328-7
PMID:41296011
|
综述 | 本文总结胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学研究进展，特别关注其恶性进展机制 | 整合新一代测序技术、单细胞测序和空间转录组学等最新技术揭示IPMN的分子特征 | 目前尚未建立有效的非手术治疗策略，分子发病机制仍不完全清楚 | 阐明胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学特征和恶性进展机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤及其向胰腺导管腺癌的进展过程 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 新一代测序、单细胞测序、空间转录组学、质谱分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞测序、空间转录组学、新一代测序 | NA | NA |