单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 6462 篇文献，本页显示第 2401 - 2420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2401 | 2025-05-10 |
Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing
2025-Jun, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103564
PMID:40339430
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2402 | 2025-06-10 |
Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma
2025-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70125
PMID:40462294
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研究论文 | 通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境差异 | 首次使用NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）技术对早期皮肤SCC的侵袭和前恶性部分的基因表达模式进行空间转录组学比较 | 样本量较小（17例患者），且为回顾性研究 | 探究皮肤SCC从前期病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化 | 早期皮肤SCC组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学（NanoString GeoMx DSP） | NA | 基因表达数据 | 17例早期皮肤SCC患者的组织样本 |
| 2403 | 2025-06-10 |
DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling
2025-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70361
PMID:40468620
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研究论文 | 研究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞表型转换的作用 | 揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬，进而促进成纤维细胞表型转换和外膜重塑的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中的作用机制 | 血管外膜成纤维细胞(AFs) | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 野生型小鼠(具体数量未明确说明) |
| 2404 | 2025-06-10 |
Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation
2025-May-27, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05079-5
PMID:40425564
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研究论文 | 本研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞(iPSCs)生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以研究Stargardt病的发病机制 | 使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集 | 研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型 | 研究Stargardt病(ABCA4基因突变相关)的发病机制和视网膜发育过程 | 从患者iPSCs生成的视网膜类器官 | 遗传病研究 | Stargardt病(遗传性视网膜变性) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSCs)技术 | 视网膜类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本 |
| 2405 | 2025-06-10 |
Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653860
PMID:40463072
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研究论文 | 本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新 | 发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态 | 研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证 | 探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制 | 小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs） | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验 | NA | 转录组数据、表观基因组数据 | 多种小鼠干细胞系 |
| 2406 | 2025-06-10 |
Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842
PMID:40187353
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research paper | 通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联 | 发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异 | 研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态 | 探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联 | 767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型 | digital pathology | cancer | single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing | NA | RNA-seq data | 767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型 |
| 2407 | 2025-06-10 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
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research paper | 提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动 | 开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白 | 依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态 | 开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯 | 人和小鼠的细胞 | computational biology | endometriosis, endometrial carcinoma | single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics | scCellFie | transcriptomic data | 约3000万个细胞图谱 |
| 2408 | 2025-06-10 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
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research paper | 通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体 | 结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径 | 研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物 | 区分化疗后细胞的静止和衰老状态，并研究其转录组特征 | 化疗处理后的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 时间推移成像 | 伪时间轨迹分析 | 转录组数据, 图像数据 | NA |
| 2409 | 2025-06-10 |
Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells
2025-05-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473
PMID:40185089
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research paper | 研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并揭示了重编程过程中的基因调控网络 | 开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了影响重编程效率的关键转录因子和信号通路 | 重编程过程的随机性限制了其效率，且研究仅针对特定转录因子和信号通路 | 提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率 | 成纤维细胞和造血祖细胞 | 基因调控与细胞重编程 | NA | 转录组和表观基因组分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2410 | 2025-06-10 |
An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice
2025-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707
PMID:40245497
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research paper | 该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制 | 发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程 | 研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证 | 探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路 | 基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体 | 呼吸病学 | 慢性阻塞性肺疾病（COPD） | 基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序 | 基因修饰小鼠模型 | 组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据 | 未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究 |
| 2411 | 2025-06-10 |
The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70347
PMID:40462502
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研究论文 | 研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用 | 首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用 | NA | 探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制 | 小鼠神经元及脑组织 | 神经科学 | 脑缺血 | 共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验 | 氧糖剥夺模型(OGD/R) | 实验数据 | 小鼠神经元及脑组织 |
| 2412 | 2025-06-10 |
Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.18.649575
PMID:40488132
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研究论文 | 通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关 | 首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质 | 研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制 | 研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用 | 114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本 | 生物信息学 | 泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病） | RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 超过80,000个RNA测序样本 |
| 2413 | 2025-06-10 |
Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751
PMID:39909111
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研究论文 | 本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展 | 通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展 | 研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制 | 建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展 | 非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝病 | 转录组分析 | LASSO回归 | 转录组数据 | 六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集 |
| 2414 | 2025-06-10 |
The end of the genetic paradigm of cancer
2025-Mar, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003052
PMID:40100793
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评论 | 本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用 | 挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性 | 未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨 | 探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致 | 癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 基因组测序、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 2415 | 2025-06-09 |
Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes
2025-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723
PMID:40404118
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研究论文 | 通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性 | 建立了三种小鼠MASH模型，并通过转录组分析比较其与人类MASH的相似性，提出了模型选择的新策略 | 研究仅基于转录组数据，未考虑其他层面的生物学差异 | 评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH方面的适用性 | 小鼠MASH模型和人类MASH转录组数据 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH) | RNA测序（bulk和single-cell RNA sequencing） | NA | 转录组数据 | 三种小鼠MASH模型（HFD、MCD和CDA-HFD）及人类MASH数据集 |
| 2416 | 2025-06-09 |
mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data
2025-Aug-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004
PMID:40133780
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研究论文 | 介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网页工具，用于在单细胞RNA测序数据中探索线粒体动态 | mitoXplorer 3.0新增了针对单细胞测序数据的分析功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，以及基于线粒体基因的细胞亚群分析 | 未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度 | 探索线粒体在不同细胞类型及同一细胞类型内的动态变化 | 线粒体在单细胞水平上的功能和动态 | 生物信息学 | 脊髓小脑共济失调1型(SCA1) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但包括SCA1研究中的单细胞转录组数据 |
| 2417 | 2025-06-09 |
TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data
2025-Aug-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205
PMID:40368275
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研究论文 | 介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列 | 开发了TCREMP流程，通过原型对TCR氨基酸序列进行数字化，为比较分析提供参考点，并有助于解码抗原特异性预测 | NA | 改进TCR测序数据的处理，并利用其追踪抗原特异性 | T细胞受体（TCR）序列 | 生物信息学 | NA | 高通量测序，单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 2418 | 2025-06-09 |
Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization
2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811
PMID:40324532
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研究论文 | 本研究开发了一种新型的离子化阳离子脂质纳米颗粒（icLNPs），用于递送Itgb1-siRNA，以靶向治疗角膜新生血管（CoNV） | 通过结合抗Flt1肽引导和雷公藤甲素修饰，提高了icLNPs的靶向性和抗炎性能，有效抑制血管内皮细胞增殖和迁移 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验 | 开发一种新型的非侵入性治疗方法，用于治疗角膜新生血管 | 角膜新生血管（CoNV）及其相关血管内皮细胞和周细胞 | 生物医学工程 | 眼科疾病 | 单细胞测序、siRNA递送技术 | NA | NA | 小鼠模型 |
| 2419 | 2025-06-09 |
Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece
2025-Jul, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2025.102757
PMID:40320153
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综述 | 本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用 | 总结了巨噬细胞亚群动态变化及以巨噬细胞为中心的细胞间通讯，提出了新的靶向治疗策略和免疫代谢调控潜力 | NA | 探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复中的核心作用及其治疗潜力 | 心肌梗死后巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | 单细胞测序 | NA | 基因表达谱 | NA |
| 2420 | 2025-06-09 |
Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma
2025-Jul, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156009
PMID:40378583
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜母细胞瘤（RB）肿瘤微环境（TME）的异质性及其与侵袭表型的关系 | 首次系统描绘了RB中TME的细胞亚群特征及细胞间通讯网络，并发现特定TME亚群（如MG1巨噬细胞和AC1星形胶质样细胞）与RB眼外侵袭的相关性 | 研究样本量有限，且机制研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证 | 探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其在肿瘤侵袭中的作用机制 | 视网膜母细胞瘤组织样本及其肿瘤微环境细胞 | 数字病理 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat细胞通讯分析、Monocle拟时序分析、CIBERSORT免疫细胞浸润分析 | NA | 单细胞转录组数据、微阵列数据 | 未明确说明样本数量（包含侵袭性和非侵袭性RB样本） |