单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-04-16	Single-cell Rapid Capture Hybridization sequencing reliably detects isoform usage and coding mutations in targeted genes 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279322.124 PMID:39794120	研究论文	本文开发了一种名为scRaCH-seq的单细胞快速捕获杂交测序方法，用于高效捕获目标转录本并进行长读长测序，从而深入分析目标基因的突变状态和转录本使用情况	开发了scRaCH-seq方法，该方法在单细胞水平上高效捕获目标转录本并进行长读长测序，解决了传统方法因测序通量低导致的覆盖不足问题	未明确提及方法的局限性，但可能包括探针设计的复杂性或对特定基因的依赖性	开发一种高效的单细胞测序方法，用于分析目标基因的突变状态和转录本使用情况	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的单细胞样本	单细胞基因组学	慢性淋巴细胞白血病	scRaCH-seq, Oxford Nanopore Technologies长读长测序	NA	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及CLL患者的单细胞样本
222	2025-04-16	Long-read single-cell RNA sequencing enables the study of cancer subclone-specific genotypes and phenotypes in chronic lymphocytic leukemia 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279049.124 PMID:39965935	研究论文	利用长读长单细胞RNA测序技术研究慢性淋巴细胞白血病中癌症亚克隆的基因型和表型	使用MAS-seq长读长scRNA-seq技术显著提高转录本覆盖率，并扩展了可用于将细胞与癌症亚克隆关联的信息突变集	研究仅涉及六名患者，样本量较小	研究慢性淋巴细胞白血病中癌症亚克隆的基因型和表型，特别是那些携带BTK突变和共发CLL驱动突变的细胞	慢性淋巴细胞白血病患者的癌症亚克隆	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	长读长单细胞RNA测序（MAS-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scBayes	RNA测序数据	六名慢性淋巴细胞白血病患者
223	2025-04-16	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	research paper	该研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，对小鼠视网膜进行了全面的转录组分析	首次系统地比较了单细胞长读长和传统短读长RNA测序技术，发现了大量未表征的转录本异构体	研究仅限于小鼠视网膜，可能不适用于其他组织或物种	建立一种高效的方法来表征组织样本中的转录本异构体	小鼠视网膜细胞	genomics	NA	Illumina short-read sequencing, Oxford Nanopore Technologies long-read sequencing	NA	RNA sequencing data	约30,000个小鼠视网膜细胞
224	2025-04-16	Accurate fusion transcript identification from long- and short-read isoform sequencing at bulk or single-cell resolution 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279200.124 PMID:40086881	研究论文	开发了一种名为CTAT-LR-Fusion的计算工具，用于从长读和短读RNA测序数据中准确检测融合转录本	CTAT-LR-Fusion工具在融合转录本检测的准确性上超过现有方法，适用于批量或单细胞转录组数据	未明确提及具体局限性	提高融合转录本检测的准确性，以支持癌症临床诊断、预后和治疗开发	批量转录组的九种肿瘤细胞系和来自黑色素瘤样本及三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的肿瘤单细胞	生物信息学	癌症	长读和短读RNA测序	CTAT-LR-Fusion	RNA测序数据	九种肿瘤细胞系的批量转录组和来自四种肿瘤样本的单细胞
225	2025-04-16	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279281.124 PMID:40107722	研究论文	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，利用高质量的长读单细胞RNA测序数据检测体细胞单核苷酸变异(SNVs)、线粒体变异(mtSNVs)、拷贝数变异(CNAs)和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	LongSom工作流程能够在不需要正常样本的情况下进行从头变异检测，通过重新注释基于标记基因的细胞类型并应用严格的过滤和统计测试来区分体细胞SNVs与噪声和种系多态性	NA	研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性	人类卵巢癌样本	数字病理学	卵巢癌	长读单细胞RNA测序(LR scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
226	2025-04-16	De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279392.124 PMID:40118521	研究论文	该研究结合基因组测序和单细胞转录组测序，探讨了人类基因组中免疫球蛋白位点对抗体库的贡献	首次将基因组测序与单细胞转录组测序相结合，解析了免疫球蛋白位点的单倍型对抗体库的影响	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映其他免疫挑战下的抗体库情况	理解免疫球蛋白位点的单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	基因组学与免疫学	麻疹	全基因组测序、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	来自同一捐赠者的B细胞，具体数量未明确说明
227	2025-04-16	BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies 2025-Apr-14, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01077-x PMID:40229538	研究论文	通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤(SCI)后修复中的作用及MSC治疗的潜在机制	揭示了BDNF调控的GABA信号在星形胶质细胞中对神经元再生的关键作用，并发现hUC-MSCs和iPS衍生的MSCs通过激活这些通路促进神经修复	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索SCI后星形胶质细胞的变化及其在神经修复中的作用机制	星形胶质细胞、hUC-MSCs、iPS衍生的MSCs	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq、GSEA	NA	转录组数据	来自GEO数据库的测序数据
228	2025-04-16	Multi-parametric profiling of circulating immune cells identifies an expansion of CD25hi switched memory B cells in Osteoarthritis 2025-Apr-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	research paper	该研究通过多参数分析循环免疫细胞，发现骨关节炎（OA）患者中CD25hi转换记忆B细胞的扩增	首次在OA患者中鉴定出CD25hi转换记忆B细胞亚群的扩增，并揭示其与IL2/Stat3和TNF信号通路的功能障碍相关	样本量较小（21名健康供体、17名OA患者和10名DMT患者），且DMT患者作为OA高风险人群的结果需要进一步验证	识别骨关节炎（OA）的潜在细胞生物标志物	外周血单个核细胞（PBMC）中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	质谱流式细胞技术（cyTOF）、单细胞RNA测序	NA	单细胞免疫表型数据、单细胞转录组数据	21名健康供体、17名OA患者和10名DMT患者
229	2024-12-21	Correction to: The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae184 PMID:39701072	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
230	2025-04-16	Single-cell and spatial transcriptomics reveals the key role of MCAM+ tip-like endothelial cells in osteosarcoma metastasis 2025-Apr-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00896-8 PMID:40221534	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学揭示了MCAM阳性的尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的关键作用	首次构建了骨肉瘤内皮细胞的单细胞图谱，并发现MCAM在尖端样内皮细胞中高表达，可能促进骨肉瘤转移	研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证MCAM的具体作用机制	探究尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的作用及其潜在治疗靶点	骨肉瘤患者的内皮细胞	digital pathology	osteosarcoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, qRT-PCR, tube formation, immunofluorescence	NA	transcriptomic data, spatial transcriptomic data	骨肉瘤原发肿瘤和转移灶样本，以及正常淋巴结样本
231	2025-04-16	ITGB2 and ICAM3 predict increased survival of sepsis with decreased intercellular communication in cytotoxic CD8+ T cells 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93685-z PMID:40221459	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据识别与脓毒症免疫相关的关键基因，并验证其在脓毒症小鼠模型中的表达水平	发现ITGB2、SELL和ICAM3基因的低表达与脓毒症患者CD8+ T细胞的细胞间通讯减少及生存率降低相关，这些基因可能作为改善脓毒症预后的潜在治疗靶点	研究结果基于小鼠模型验证，尚未在人体临床试验中得到证实	识别与脓毒症免疫相关的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	脓毒症患者的CD8+ T细胞	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA), KEGG分析	NA	基因表达数据	GSE167363和GSE54514数据集，以及CLP诱导的脓毒症小鼠模型
232	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing characterization of Holstein cattle blood and milk immune cells during a chronic Staphylococcus aureus mastitis infection 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96657-5 PMID:40221598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了荷斯坦奶牛在慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间血液和乳汁免疫细胞的特性	首次使用scRNA-seq技术对慢性乳腺炎感染期间的免疫细胞群进行详细表征，并揭示了乳腺局部免疫反应中粒细胞的特异性基因特征	研究仅涉及三头荷斯坦奶牛，样本量较小	探究慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间免疫反应的细胞和分子特征	荷斯坦奶牛的血液和乳汁免疫细胞	生物信息学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	RNA序列数据	3头荷斯坦奶牛
233	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis 2025-Apr-12, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945 PMID:40228638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了AP-1在自身免疫性葡萄膜炎（EAU）发病机制中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了EAU小鼠脾脏和颈部引流淋巴结的细胞组成和转录调控变化，并发现AP-1在EAU发病机制中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证AP-1抑制剂的治疗效果	探索自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的发病机制并寻找潜在的治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠的脾脏和颈部引流淋巴结（CDLNs）	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠EAU模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和EAU小鼠的脾脏和CDLNs
234	2025-04-16	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的基因表达时空调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要聚焦于小鼠模型，结果在人类大脑发育中的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后的小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开的小鼠数据集
235	2025-04-16	Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization Using RNAscope to Study Hematopoietic and Vascular Interactions in the Zebrafish Embryo and Larva 2025-Apr-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5269 PMID:40224667	研究论文	本文介绍了一种优化的RNAscope技术协议，用于在斑马鱼胚胎和幼虫阶段通过单分子荧光原位杂交研究造血和血管相互作用	优化的RNAscope技术协议提高了mRNA检测的灵敏度和空间分辨率，特别是在深层组织中的检测能力	研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物	理解造血干细胞前体如何从血管中产生并定植于发育和成体中的特定生态位	斑马鱼胚胎和幼虫阶段的造血干细胞前体及其生态位	发育生物学	NA	RNAscope技术，荧光共聚焦显微镜	NA	mRNA原位杂交图像	斑马鱼胚胎和幼虫
236	2025-04-16	TET3 is expressed in prostate cancer tumor-associated macrophages and is associated with anti-androgen resistance 2025-Apr, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03708-w PMID:39240303	研究论文	本研究探讨了TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	首次发现TET3在前列腺癌相关巨噬细胞（TAMs）中的表达与ADT疗效相关，并可能成为协调ADT的潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、CIBERSORT算法、伪时间分析	NA	基因表达数据	1965例前列腺癌病例和493例正常前列腺组织，以及497例前列腺癌的肿瘤浸润免疫细胞分析，21,292个单细胞RNA测序数据
237	2025-04-16	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-Apr, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	通过珠磨均质化在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核的方法，相较于酶解方法有显著改进	未提及方法在不同实验条件下的普适性或重复性问题	开发一种高效的方法用于斑马鱼胚胎单核RNA测序	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA序列数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎
238	2025-04-16	ApoE ε4-dependent Alteration of CXCR3 + CD127+ CD4+ T cells associates with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2025-Apr, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251320123 PMID:40112322	research paper	该研究通过单细胞质谱流式技术分析了阿尔茨海默病（AD）患者外周血中适应性免疫细胞的组成，并探讨了其与神经炎症的关系	揭示了外周血中促炎性CXCR3+CD127+ Th1细胞与神经丝轻链蛋白水平的负相关性，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探究AD患者外周血适应性免疫细胞组成特征及其与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和脑脊液（CSF）样本	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
239	2025-04-16	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	research paper	该研究探讨了CD40激动剂抗体如何通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞来重塑心脏免疫环境，从而促进心肌炎症	揭示了CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞和CD8 T细胞之间的正反馈环路促进心肌炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD40激动剂对心肌炎症的影响及其潜在机制	小鼠模型中的心脏免疫细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
240	2025-04-16	Large Peritoneal Macrophages Play No Role in the Pathogenesis of Postoperative Ileus Induced by Intestinal Manipulation 2025-Apr, Neurogastroenterology and motility IF:3.5Q2 DOI:10.1111/nmo.14997 PMID:39777769	research paper	该研究探讨了大腹膜巨噬细胞（LPMs）在术后肠梗阻（POI）发病机制中的作用	通过单细胞RNA测序和LPMs耗竭实验，首次证明LPMs不参与POI的发病过程	研究仅关注了POI的早期阶段，未涉及长期影响	阐明POI的发病机制，特别是LPMs在其中的作用	大腹膜巨噬细胞（LPMs）和术后肠梗阻（POI）	免疫学	术后肠梗阻	scRNA-seq, 流式细胞术, qPCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 细胞图像	实验动物模型