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当前共找到 10570 篇文献,本页显示第 221 - 240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
221 2026-09-19
Elucidating the Mechanism of Radiation Therapy on Mesenchymal Cell Fate in Preventing Heterotopic Ossification
2025-12-01, Annals of surgery IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过动物模型在单细胞水平上揭示了放射治疗预防异位骨化的机制 首次在单细胞水平探索放射治疗预防创伤性异位骨化的机制,发现放射不仅减少HO祖细胞数量,还抑制异常骨软骨分化 研究仅限于C57BL6J雄性小鼠模型,辐射剂量方案需要进一步标准化研究 重建放射治疗预防异位骨化的动物模型,在单细胞水平上机制性地研究辐射引起的变化 C57BL6J雄性小鼠的烧伤/肌腱切断模型 单细胞转录组学 异位骨化 单细胞RNA测序、免疫荧光显微镜、微型计算机断层扫描 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
222 2026-09-19
CRATER tumor niches facilitate CD8+ T cell engagement and correspond with immunotherapy success
2025-Nov-26, Cell IF:45.5Q1
研究论文 该研究通过斑马鱼黑色素瘤的长期活体成像和高分辨率空间转录组学以及人类黑色素瘤的多重成像,鉴定出位于基质-黑色素细胞边界的CRATER区域,该区域富含抗原呈递分子和CD8+ T细胞,是免疫治疗中T细胞激活和肿瘤杀伤的主要场所 首次鉴定出CRATER(抗原呈递和T细胞参与及滞留的癌症区域)这一位于基质-黑色素细胞边界的特殊结构,揭示了其在免疫治疗中作为CD8+ T细胞激活和肿瘤杀伤主要场所的功能,并发现CRATER密度升高与免疫检查点阻断治疗的临床应答相关 摘要中未明确提及研究局限性 鉴定免疫治疗过程中促进免疫应答的肿瘤区域结构,并探索其与免疫治疗成功的关联 斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤 空间转录组学 黑色素瘤 长期活体成像、高分辨率空间转录组学、多重成像 NA 图像 斑马鱼内源性黑色素瘤模型及人类黑色素瘤活检样本(具体数量未提及) NA 空间转录组学 NA NA
223 2026-09-19
LETM2 regulates mitochondrial function and autophagy in diabetic foot ulcers: implications for oxidative stress and therapeutic targeting
2025-Nov-22, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 该研究通过分析糖尿病足溃疡的RNA测序数据,鉴定出LETM2基因在调节线粒体功能和自噬中的关键作用,并探讨其作为治疗靶点的潜力 首次发现LETM2在糖尿病足溃疡中与线粒体功能障碍相关,并通过单细胞RNA测序验证其在内皮细胞中的表达增加,揭示了LETM2在氧化应激下维持线粒体功能的新机制 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床治疗试验 探索糖尿病足溃疡中与线粒体功能障碍和氧化应激相关的关键基因,并验证其作为治疗靶点的可能性 糖尿病足溃疡患者样本、对照样本、人脐静脉内皮细胞 数字病理学 糖尿病足溃疡 RNA测序, 单细胞RNA测序 LASSO, SVM-RFE RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 使用GSE134431和GSE80178数据集,以及GSE245703单细胞RNA测序数据,并验证了本机构的DFU样本和对照 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA NA
224 2026-09-19
Selective AMPKβ1 activation induces fetal hemoglobin in human erythroid cells and sickle cell mice via the noncanonical NRF2 pathway
2025-11-21, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究发现选择性AMPKβ1激活剂通过非经典NRF2通路诱导红细胞中胎儿血红蛋白表达,并在镰状细胞病小鼠模型中验证了其治疗效果 首次揭示AMPKβ1亚型在红系谱系中占主导地位,并证明选择性AMPKβ1激活可通过非经典NRF2通路(ULK1和SQSTM1磷酸化)诱导胎儿血红蛋白,独立于直接的KEAP1抑制 研究主要基于体外细胞实验和Townes镰状细胞病小鼠模型,尚未进行人体临床试验,长期安全性和有效性有待进一步验证 探索选择性AMPKβ1激活诱导胎儿血红蛋白治疗镰状细胞病的可行性及其分子机制 人红系细胞(来自镰状细胞病供者)和Townes镰状细胞病小鼠 机器学习 镰状细胞病 单细胞RNA测序 NA 文本 骨髓细胞(单细胞RNA测序)及镰状细胞病供者红系细胞和Townes镰状细胞病小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
225 2026-09-19
Gene-metabolite interactions in aortic dissection: Insights from metabolic and single-cell analyses
2025-Nov-21, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化,揭示主动脉夹层中平滑肌细胞变化及基因-代谢物相互作用网络 首次整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化多组学方法,构建APOE和PLTP调控胆固醇酯和甘油三酯影响平滑肌细胞功能及主动脉夹层进展的基因-代谢物网络 代谢组学样本量较小(仅9例:6例主动脉夹层,3例对照),可能影响代谢物分析的统计效力 探索主动脉夹层的发病机制,重点研究平滑肌细胞变化及基因-代谢物相互作用 主动脉夹层患者与对照的主动脉组织单细胞及代谢组学样本 机器学习 主动脉夹层 单细胞RNA测序, 代谢组学, 孟德尔随机化 机器学习 图像, 文本 单细胞RNA测序数据集GSE213740和GSE155468,代谢组学9例样本(6例主动脉夹层,3例对照) NA 单细胞RNA测序, 代谢组学 NA NA
226 2026-09-19
Pan-cancer NK cell-related immunotherapy signatures for predicting PD-1 treatment response
2025-Nov-21, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 该研究结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,利用机器学习算法构建了泛癌自然杀伤细胞免疫治疗预测模型(NKCIPM),用于预测PD-1治疗反应 构建了泛癌NK细胞免疫治疗预测模型(NKCIPM),整合了6种癌症类型164个样本的单细胞RNA测序数据与批量RNA测序数据,鉴定出7个关键枢纽基因,并发现APOE是最具影响力的枢纽基因 摘要中未明确提及研究局限性 建立泛癌NK细胞免疫治疗预测模型,预测免疫检查点抑制剂治疗反应,为临床决策提供依据 6种癌症类型的肿瘤样本,涉及NK细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 机器学习 泛癌 单细胞RNA测序, 批量RNA-seq 机器学习算法 基因表达数据 164个样本,涵盖6种癌症类型 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
227 2026-09-19
S100A12 as a key biomarker in a neutrophil-associated gene prediction model for sepsis diagnosis
2025-Nov-21, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序数据和113种机器学习框架构建了脓毒症诊断模型,并鉴定出S100A12为关键驱动生物标志物 结合113种机器学习框架与SHAP分析构建脓毒症诊断模型,并首次鉴定S100A12作为脓毒症关键驱动生物标志物 未提及 开发脓毒症诊断模型并鉴定关键驱动生物标志物 脓毒症患者与健康对照者的外周血样本 机器学习 脓毒症 单细胞RNA测序 随机森林(RF) 基因表达数据 未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
228 2026-09-19
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出CONCERT,一种基于生态位感知的生成模型,利用高斯过程变分自编码器预测空间转录组学中的扰动响应,并在肺部Perturb-map数据集和两种疾病案例中进行验证 提出生态位感知的生成模型CONCERT,将扰动上下文嵌入并通过高斯过程变分自编码器学习空间核函数;形式化定义三种预测任务(patch、border、niche);能够重建未测量时间点的空间基因表达并实现跨非配对小鼠的纵向比较 摘要中未明确提及研究的局限性 预测空间转录组学中遗传或化学编辑对基因表达的影响,并建模扰动效应在组织微环境中的传播 Perturb-map肺部数据集、DSS诱导结肠炎模型、缺血性卒中模型 空间转录组学 肺癌, 结肠炎, 缺血性卒中 空间扰动转录组学 高斯过程变分自编码器, 生成模型 空间转录组数据, 图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
229 2026-09-19
Constructing a novel MPT-driven necrosis-associated gene set for predicting prognosis and immune status in skin cutaneous melanoma
2025-Nov-18, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3
研究论文 该研究基于39个MPT驱动坏死相关基因,利用TCGA和GEO等数据集构建了一个五基因预后模型,用于预测皮肤黑色素瘤患者的预后和免疫状态 首次构建了MPT驱动坏死相关基因集(MPTDNRGS)用于皮肤黑色素瘤预后预测,并结合单细胞RNA测序揭示了BIRC3在T细胞功能耗竭中的潜在调控作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证和实验功能验证 构建并验证MPT驱动坏死相关基因预后模型,评估其在皮肤黑色素瘤预后和免疫状态预测中的价值 皮肤黑色素瘤患者样本及公共数据库中的基因表达数据 机器学习 皮肤黑色素瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq Cox回归, LASSO回归 基因表达数据, 文本 TCGA-SKCM和GTEx数据集,以及GEO队列GSE19234和GSE65904 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
230 2026-09-19
Colorectal cancer relies on an immunosuppressive cellular topography and genomic adaptations for establishing brain metastases
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用空间转录组学分析51例结直肠癌脑转移样本,揭示其免疫抑制性细胞空间结构及基因组适应机制 首次通过空间转录组学系统解析结直肠癌脑转移的细胞空间组织特征,发现成纤维细胞-巨噬细胞微环境促进血管生成和免疫抑制,揭示肿瘤细胞在内皮富集区和巨噬细胞富集区的区域性适应差异,并鉴定SPP1等关键配体-受体互作在转移生态位中的作用 样本量有限(51例),仅部分样本具有配对原发肿瘤及放疗前后纵向配对转移切除标本,SPP1功能验证仅限于体外共培养模型,缺乏体内实验验证 探究结直肠癌肿瘤细胞适应脑部微环境并建立支持性肿瘤微环境的分子和细胞机制 51例结直肠癌脑转移样本,其中部分具有配对的原发结肠肿瘤及放疗前后纵向配对的转移切除标本 数字病理学 结直肠癌 空间转录组学 NA 图像, 文本 51例结直肠癌脑转移样本,部分具有配对原发结肠肿瘤及放疗前后纵向配对转移切除标本 NA 空间转录组学 NA NA
231 2026-09-19
Genetic Convergence Analysis of CRISPR Perturbations Deciphers Gene Functional Similarity
2025-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了XConTest,一种用于评估CRISPR扰动之间遗传汇聚的两步交叉验证方法,并应用于自闭症基因和免疫反应基因的研究 提出了XConTest,一种两步交叉验证程序,用于评估遗传汇聚问题,其检验统计量在两种扰动对细胞表达谱具有正交影响时近似服从标准正态分布 未明确提及 量化CRISPR扰动之间的相似性,确定具有共同功能的基因集 CRISPR扰动,具体包括一组自闭症基因和与免疫反应相关的大规模基因研究 机器学习 自闭症、免疫相关疾病 Perturb-seq(结合pooled CRISPR筛选和单细胞RNA测序) NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
232 2026-09-19
Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2025-Nov-14, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 该研究通过血浆蛋白质组学和单细胞转录组学比较了HIV-1治疗中断前后外周血单个核细胞的免疫反应,发现病毒反弹前CD16++单核细胞及其抗病毒基因表达显著增加 首次在可检测到HIV-1病毒反弹之前发现独特的转录特征,即CD16++单核细胞增加并伴有抗病毒基因表达上调,揭示了病毒反弹的早期免疫信号 样本量有限,未明确具体样本数量,且研究仅关注外周血,可能未完全反映组织中的病毒储存库动态 表征HIV-1治疗中断后病毒反弹过程中的免疫反应,识别病毒反弹的早期信号,为延长病毒反弹时间和治愈HIV-1提供策略 HIV-1感染者治疗中断前后的外周血单个核细胞和血浆 单细胞转录组学 HIV-1感染 单细胞转录组学,血浆蛋白质组学 NA 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,血浆蛋白质组学 NA NA
233 2026-09-19
S3R: Modeling spatially varying associations with Spatially Smooth Sparse Regression
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一种空间平滑稀疏回归(S3R)的统计框架,用于建模空间转录组学数据中随空间变化的关联关系,能够估计位置特异性系数并处理高维预测变量 将结构化稀疏性与最小生成树引导的平滑度惩罚相结合,生成在邻域内连贯但允许清晰边界的系数场;能够将spot水平的基因表达混合物转换为细胞类型归因的表达场,并构建跨细胞类型、跨基因的共变张量 摘要中未明确提及 开发一个通用的统计框架,用于估计连接响应特征与高维空间预测变量的位置特异性系数,以建模空间转录组学数据中随空间变化的关联关系 空间转录组学数据,包括人类背外侧前额叶皮层、急性皮肤感染、胰腺导管腺癌和乳腺癌数据集 空间转录组学 胰腺导管腺癌, 乳腺癌, 皮肤感染 空间转录组学 空间平滑稀疏回归(S3R) 空间基因表达数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium NA
234 2026-09-19
Antibody feedback establishes an affinity brake in the germinal center
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过向具有不同亲和力B细胞受体的敲入小鼠模型递送编码三种保守HIV-1包膜表位的mRNA-LNP膜结合免疫原,探究了表位特异性竞争如何塑造生发中心反应,并揭示了抗体反馈对高亲和力B细胞的抑制机制 首次利用mRNA-LNP编码膜结合免疫原在定义亲和力的敲入小鼠模型中研究表位特异性竞争对生发中心反应的塑造,发现了BCR亲和力与生发中心驻留时间之间的显著负相关关系,并揭示了局部抗体反馈环路作为高亲和力B细胞亲和力增强的刹车机制 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;仅针对HIV-1 Env表位,结论是否适用于其他抗原尚不明确;mRNA-LNP递送系统的长期效应未评估 探究B细胞如何识别和响应mRNA-LNP编码的膜结合免疫原,以及表位特异性竞争如何影响生发中心反应 具有定义亲和力B细胞受体的敲入小鼠模型 免疫学 HIV感染 mRNA-LNP疫苗递送,空间转录组学 NA 图像,文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
235 2026-09-19
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文报道了一种基于化学修饰的非病毒、非纳米颗粒的刺激响应无痕工程平台(STEP),通过STEP-核糖核蛋白(RNPs)实现小鼠全脑神经元高效基因组编辑,并在天使综合征(AS)小鼠模型中实现功能性遗传挽救和行为改善 提出了一种非病毒、非纳米颗粒的化学修饰递送平台STEP,利用胆固醇修饰实现全脑神经元高效基因组编辑;单次给药即可实现功能性遗传挽救,未观察到显著脱靶或毒性;在人类神经元和AS患者iPSC来源的脑类器官中同样高效 摘要中未明确提及局限性,如长期安全性、递送效率的定量比较、不同脑区的编辑均匀性等需进一步研究 开发一种能够实现全脑基因组编辑的非病毒递送平台,用于治疗天使综合征等神经遗传性疾病 天使综合征小鼠模型、人类神经元、AS患者来源iPSC分化的皮质脑类器官 机器学习, 数字病理学 天使综合征 基因组编辑, 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 NA NA
236 2026-09-19
Clustering of Omic Data Using Semi-Supervised Transfer Learning for Gaussian Mixture Models via Natural-Gradient Variational Inference: Method and Applications to Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种名为Praxis-BGM的自然梯度变分推断框架,用于高斯混合模型,通过半监督迁移学习利用大规模参考数据的先验信息,实现高维组学数据的聚类分析 提出了基于自然梯度变分推断的高斯混合模型框架Praxis-BGM,能够整合大规模参考数据中已知聚类标签的先验信息(聚类特异性均值、协方差和结构连接性)实现半监督迁移学习,并利用变分在线牛顿算法推导自然梯度更新,同时使用贝叶斯因子进行特征选择 当先验信息与目标数据部分不匹配时,方法性能可能受到影响;仅在两个真实世界应用中进行了验证 解决高维组学数据在小样本条件下基于模型的聚类方法(如高斯混合模型)面临的模型不稳定和泛化能力差的问题 高维组学数据,包括批量转录组数据和单细胞转录组数据 机器学习 乳腺癌 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq 高斯混合模型,变分推断 文本 癌症基因组图谱乳腺浸润性癌数据集和乳腺癌国际联盟分子分类数据集(批量转录组数据),以及人类胰腺研究中不同单细胞RNA-seq技术产生的单细胞转录组数据集 NA 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
237 2026-09-19
Denoising image-based spatial transcriptomics data with DenoIST
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为DenoIST的计算工具,通过泊松混合模型识别并去除图像型空间转录组数据中的污染转录本 首次针对图像型空间转录组数据中因细胞分割不完美导致的转录本污染问题,提出基于泊松混合模型的计算去噪工具DenoIST,能够显式建模局部邻域污染 摘要中未明确提及该方法的局限性 开发计算工具以去除图像型空间转录组数据中因细胞分割不完美而引入的污染转录本,提高数据质量和生物学可解释性 图像型空间转录组数据集中的转录本计数数据 空间转录组学 NA 图像型空间转录组学 泊松混合模型 图像、基因表达计数数据 多个不同细胞密度的真实图像型空间转录组数据集 NA 图像型空间转录组学 NA NA
238 2026-09-19
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing analysis to reveal characterization of mechanical stimulus-related genes and prognostic signatures in breast cancer
2025-Nov-13, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 该研究整合 bulk 和单细胞 RNA 测序分析,识别乳腺癌中机械刺激相关基因的分子分型并构建预后评分模型 首次基于机械刺激相关基因构建乳腺癌预后特征模型,结合单细胞分辨率揭示机械刺激对肿瘤免疫微环境的影响,并通过体内外实验验证 TEX19 的功能 研究主要基于公共数据库(TCGA)数据,缺乏前瞻性临床队列验证;预后模型的临床应用价值仍需进一步验证 识别机械刺激相关基因的分子簇并建立评分模型,用于预测乳腺癌患者预后并理解机械刺激在乳腺肿瘤微环境中的作用 乳腺癌患者及其肿瘤样本 数字病理学 乳腺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 LASSO-Cox, SCISSOR算法 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
239 2026-09-19
GPU-accelerated, self-optimizing processing for 3D multiplexed iterative RNA-FISH experiments
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个GPU加速的计算框架merfish3d-analysis,用于加速基于成像的空间转录组学的计算处理,并分析了模拟和真实MERFISH实验数据 开发了GPU加速的自优化计算框架merfish3d-analysis,设计了针对原位成像空间转录组策略的多步自发荧光淬灭协议 摘要中未明确提及研究限制 加速基于成像的空间转录组学的计算处理,并改进样本制备协议 模拟的成像空间转录组实验数据、公开的MERFISH数据集、以及死后人类嗅球样本的新MERFISH实验数据 空间转录组学 NA MERFISH,多重错误鲁棒荧光原位杂交 NA 图像 公开的MERFISH数据集、新的死后人类嗅球样本MERFISH实验数据以及模拟数据 NA 空间转录组学 NA NA
240 2026-09-19
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,对健康未致敏、健康致敏以及结核病治疗前后人群外周血中的CD4-CD8- γδ T细胞进行了高分辨率表征 揭示了结核病患者中一类此前未被充分认识的NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集,并发现这些转录组差异在结核病诊断后一年(即抗结核治疗完成后六个月)仍然持续存在 摘要中未明确说明研究局限性 表征健康与结核病人群之间γδ T细胞区室的定量和定性差异 健康未致敏人群、健康致敏人群以及结核病治疗前后患者的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 机器学习 结核病 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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