单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2261	2025-07-20	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2025-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了CellChat v2，一个用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络的更新计算工具	CellChat v2增加了额外的比较功能，扩展了配体-受体对数据库，并提供了丰富的功能注释和交互式CellChat Explorer	需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但对专业生物信息学培训没有要求	系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下改变的细胞间通讯、信号和细胞群体	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	基于质量作用定律的简化模型	单细胞转录组数据	NA
2262	2025-07-20	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	review	本文总结了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的发病机制	当前方法仍面临一些挑战，如技术限制和样本复杂性	研究神经发育障碍的遗传机制并探索潜在治疗策略	人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	功能基因组学	神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍）	CRISPR, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
2263	2025-07-20	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪和转录组分析	开发了scGESTALTv2技术，将CRISPR-Cas9谱系追踪与单细胞RNA测序相结合，实现了大规模单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中验证	开发新的细胞谱系追踪技术并研究脊椎动物大脑中的细胞类型和谱系关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	CRISPR-Cas9编辑, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGESTALTv2	单细胞转录组数据	数千个大脑细胞和数十种细胞类型
2264	2025-07-20	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定炎症和迁移特性的亚群（Group 1 monocytes）	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证Group 1 monocytes的功能	探究CD14+CD16+单核细胞亚群在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞分析	HIV相关神经认知障碍（HIV-NCI）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
2265	2025-07-20	Single-cell technologies and spatial transcriptomics: decoding immune low - response states in endometrial cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1636483 PMID:40672944	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在解码子宫内膜癌免疫低反应状态中的应用	结合单细胞测序和空间转录组学技术，进行整合多组学分析，以开发免疫疗法并改善预后和诊断	存在道德和法律问题	解决子宫内膜癌中缺乏可靠预测生物标志物的问题，改善免疫疗法效果	子宫内膜癌，特别是无特定分子谱（NSMP）亚型伴随p53突变的宫颈癌	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞测序，空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据，空间组织数据	NA
2266	2025-07-20	Multi-omics analysis reveals glutathione metabolism-related immune suppression and constructs a prognostic model in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608407 PMID:40672941	研究论文	通过多组学分析揭示了谷胱甘肽代谢相关的免疫抑制，并构建了肺腺癌的预后模型	揭示了谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系，构建了基于关键基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大样本和临床实践中验证	探究谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系及其临床意义	肺腺癌患者及其免疫微环境	肿瘤免疫学	肺腺癌	GWAS, scRNA-seq, WGCNA, LASSO-Cox回归, qRT-PCR	预后风险模型	基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA数据库和两个独立的GEO数据集中的肺腺癌样本
2267	2025-07-20	Integrated single-cell chromatin and transcriptomic analyses of peripheral immune cells in patients with alopecia areata 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565241 PMID:40672948	研究论文	通过整合单细胞染色质和转录组分析，研究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调	首次整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面分析斑秃患者外周免疫细胞的转录和表观遗传变化	研究样本量相对较小，且仅关注外周血单个核细胞，未涉及病变皮肤组织	探索斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调机制	斑秃患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	斑秃	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	32,453个高质量细胞，涵盖36种免疫细胞亚型
2268	2025-07-20	Prediction and immune landscape study of potentially key autophagy-related biomarkers in preeclampsia with gestational diabetes mellitus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571795 PMID:40672961	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了妊娠期糖尿病合并子痫前期中自噬相关基因的表达变化	整合多组学方法，识别了新的生物标志物和治疗靶点，并利用单细胞RNA测序验证了结果	需要进一步实验验证和更大样本量的研究	探讨妊娠期糖尿病合并子痫前期的分子机制，寻找潜在生物标志物	妊娠期糖尿病合并子痫前期的患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和子痫前期	基因表达谱分析、WGCNA、GO和KEGG富集分析、机器学习建模、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习模型	基因表达数据	胎盘样本（具体数量未提及）
2269	2025-07-20	Precancerous pathways to gastric cancer: a review of experimental animal models recapitulating the correa cascade 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1620756 PMID:40673273	综述	本文全面分析了胃癌前病变的动物模型，评估了各类模型的优缺点及其在模拟人类胃癌发生Correa级联中的能力	重点介绍了遗传工程特别是胃特异性诱导Cre重组酶系统的最新进展，这些模型能忠实再现人类胃癌亚型的谱系及转移性疾病特征	现有模型主要产生表达解痉多肽的化生而非真正的肠化生，限制了其转化相关性	研究胃癌前病变的发病机制以制定有效的预防和治疗策略	胃癌前病变的动物模型	病理学	胃癌	单细胞RNA测序、类器官模型	遗传工程小鼠模型（GEMMs）	实验数据	NA
2270	2025-07-19	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-Sep, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	研究论文	本研究通过分析RNA-seq和scRNA-seq数据，探讨了不可逆性牙髓炎中PANoptosis的激活情况	首次在人类牙髓炎组织中研究了PANoptosis的激活机制，并揭示了凋亡和焦亡途径的独立存在	未检测到caspase-8和PYCARD的相互作用，且样本来源有限	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	人类健康及炎症牙髓组织	分子生物学	牙髓炎	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的数据集
2271	2025-07-19	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过调控巨噬细胞极化和铁死亡来改善慢性鼻窦炎的分子机制	首次提出使用负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒靶向HIF-1α/TFRC-ROS轴，抑制M1巨噬细胞活化和铁死亡，为慢性鼻窦炎提供新型精准治疗策略	需进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究纳米颗粒介导的基因疗法对慢性鼻窦炎免疫调控的作用机制	慢性鼻窦炎小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告实验, 流式细胞术	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	小鼠模型（具体数量未明确）和Raw264.7细胞系
2272	2025-07-19	Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1(SP1)/抑制蛋白1(PHB1)轴在脓毒症相关急性肺损伤(ALI)中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	阐明脓毒症诱导ALI的分子机制并探索潜在治疗靶点	巨噬细胞极化与功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量测序(HTS)、机器学习(ML)算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	ML算法	基因表达数据、蛋白质数据	CLP诱导的小鼠模型
2273	2025-07-19	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Sep, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并合成了一系列新型NLRP3抑制剂，通过抑制肺泡上皮细胞的焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	开发了针对NLRP3 NACHT结构域的新型喹喔啉酮衍生物抑制剂(QK-3D和QK-3E)，并证实其通过抑制NLRP3/GSDMD通路减轻辐射诱导的肺损伤	研究主要聚焦于早期辐射诱导肺损伤，对长期效果和临床转化潜力需进一步验证	开发靶向NLRP3的新型抑制剂以减轻辐射诱导的肺损伤	肺泡上皮细胞(A549和MLE-12细胞系)和C57BL/6小鼠模型	分子药理学	肺损伤	高通量筛选、分子对接、单细胞测序分析、Western blot、免疫荧光	动物模型(C57BL/6小鼠)	分子生物学数据、组织病理学数据	细胞实验(具体数量未明确)和动物模型(具体数量未明确)
2274	2025-07-19	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	本文报告了首例由ThPOK基因变异引起的人类疾病，该变异导致CD4+ T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的致病变异导致人类免疫缺陷疾病，并揭示了ThPOK在T细胞受体激活和纤维化通路调控中的新作用	仅报告了一例患者，样本量较小	研究ThPOK基因变异对人类免疫系统的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序，慢病毒转导	NA	基因序列数据，转录组数据	1名患者及其细胞模型
2275	2025-07-19	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Aug, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	揭示了肝母细胞瘤细胞存在连续的分化谱，并发现Wnt信号通过上调midkine表达改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤样本、非肿瘤和胎儿肝脏样本、健康免疫细胞	肿瘤微环境研究	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	单细胞/核RNA测序样本15例，空间转录组样本22例，免疫荧光染色样本7例，RNA-seq验证队列110例
2276	2025-07-19	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Aug, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	review	综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对细胞贡献的新见解	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病中特定细胞群、失调通路及组织微环境的新见解	NA	探讨空间转录组学如何帮助更好地理解银屑病及其相关细胞类型	银屑病中的细胞群和组织微环境	digital pathology	psoriasis	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	gene expression data	NA
2277	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠急性肾损伤（AKI）模型中的保护作用及其潜在治疗靶点	首次揭示了MTAP抑制在AKI中的保护作用，并通过转录组学和单细胞RNA测序数据验证了其在损伤反应中的调节作用	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未进行临床试验验证	探索MTAP在急性肾损伤中的潜在治疗作用	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏活检样本
2278	2025-07-19	Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025 PMID:40602764	研究论文	利用人类多能干细胞衍生的肾脏类器官研究发育性多囊肾病的致病机制，并发现PTH1R作为潜在治疗靶点	首次揭示PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的信号级联机制	研究主要基于体外类器官模型，尚未在完整生物体内验证	探索发育性多囊肾病的致病机制并寻找新的治疗靶点	人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、野生型类器官、人类ARPKD组织	干细胞与疾病建模	多囊肾病	单细胞RNA测序、靶向机制研究	肾脏类器官模型	基因表达数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种样本类型（类器官、人类组织）
2279	2025-07-19	Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses 2025-Jul-18, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.5c00313 PMID:40577169	研究论文	研究肠道共生细菌中色胺代谢和功能化对人类色胺信号反应的影响	发现了两种以前未表征的代谢物，并揭示了它们在激活人类GPCRs和抑制炎症酶方面的功能	研究仅基于体外和小鼠模型，未涉及人体临床试验	探索肠道微生物分泌的小分子对人类生理的影响	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织	微生物学	NA	生物活性辅助分离、单细胞RNA测序	NA	化学分析数据、RNA测序数据	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织
2280	2025-07-19	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Jul-17, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过多组学分析研究循环蛋白与自然流产风险之间的因果关系及其潜在影响	利用孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别与自然流产风险相关的遗传变异及其分子机制	排除了性别间表达差异的蛋白，可能遗漏部分相关蛋白	探究自然流产的遗传基础和潜在治疗靶点	循环蛋白和自然流产风险	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、KEGG通路富集、单细胞转录组学	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	NA