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当前共找到 10779 篇文献，本页显示第 2241 - 2260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2241 | 2025-12-02 |
Multimodal single cell analyses reveal gene networks of planarian stem cell differentiation
2025-Nov-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65712-0
PMID:41310370
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和染色质可及性数据，揭示了涡虫干细胞分化的基因调控网络 | 整合单细胞转录组学和染色质可及性数据，以计算方式推断基因调控网络，无需传统扰动实验，提高了可扩展性 | 未明确提及具体限制，但基于方法推断，可能依赖于计算预测的准确性，需要实验验证 | 研究涡虫干细胞分化的基因调控网络，以揭示细胞类型身份的控制机制 | 涡虫干细胞及其分化细胞类型，包括肌肉、神经元、分泌细胞、肠道吞噬细胞、杯状细胞和实质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学，染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2242 | 2025-12-02 |
Senescent SPP1+ macrophages remodel the tumor microenvironment and promote the progression of early-stage lung adenocarcinoma featured with mixed ground glass nodule
2025-Nov-27, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02497-2
PMID:41310768
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研究论文 | 本研究揭示了衰老的SPP1+巨噬细胞在混合磨玻璃结节型早期肺腺癌的肿瘤微环境重塑和恶性进展中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序结合多色免疫组化和流式细胞术，系统阐明了SPP1+巨噬细胞（特别是单核来源巨噬细胞）在混合磨玻璃结节恶性转化中的核心作用，并提出了靶向SPP1巨噬细胞的治疗新策略 | 研究主要基于观察性数据和体外/体内实验，尚未在临床治疗中验证SPP1抑制策略的有效性 | 探究混合磨玻璃结节向早期肺腺癌恶性转化的分子机制，特别是巨噬细胞在肿瘤微环境重塑中的作用 | 早期肺腺癌患者的混合磨玻璃结节组织、正常肺组织、肿瘤细胞系和异种移植瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多色免疫组化, 流式细胞术, 体外实验, 体内实验 | 异种移植瘤模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像数据, 流式细胞数据, 临床预后数据 | 未明确样本数量，但包含正常肺组织、磨玻璃区域和实性区域的多组样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2243 | 2025-12-02 |
Exploring the mechanisms of protective effect of high-energy X-ray FLASH radiotherapy on intestine through multi omics analysis
2025-Nov-27, Radiation oncology (London, England)
DOI:10.1186/s13014-025-02763-z
PMID:41310797
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨高能X射线FLASH放疗对肠道的保护机制 | 首次结合宏基因组学、非靶向代谢组学和单细胞测序技术，系统揭示FLASH放疗通过重塑菌群-代谢物轴、减轻炎症反应和增强干细胞保护等多方面机制实现对肠道的保护作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证；观察时间点限于照射后72小时，缺乏长期效应数据 | 探究高能X射线FLASH放疗对肠道的保护作用机制 | CT26和MC38同源结肠癌小鼠模型及健康C57BL/6雌鼠的肠道组织和内容物 | 数字病理学 | 结肠癌 | 宏基因组分析, 非靶向代谢组学, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | CT26和MC38小鼠肿瘤模型及健康C57BL/6雌鼠的肠道样本 | NA | 宏基因组测序, 代谢组学分析, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2244 | 2025-12-02 |
Sequencing-free whole-genome spatial transcriptomics at single-molecule resolution
2025-Nov-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.006
PMID:41038164
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研究论文 | 本文开发了一种名为RAEFISH的基于图像的空间转录组学方法，实现了全基因组覆盖和单分子分辨率，用于完整组织中的转录本空间分析 | RAEFISH技术结合了反向锁式扩增子编码荧光原位杂交，提供了全基因组覆盖和单分子分辨率，克服了现有空间转录组学工具在转录组覆盖或空间分辨率上的限制 | NA | 开发一种高覆盖、高分辨率的空间转录组学技术，以无偏、无假设的方式在单细胞和组织切片中进行转录组分析 | 人类和小鼠组织中的转录本，包括天然和工程RNA，如引导RNA（gRNA） | 空间转录组学 | NA | 反向锁式扩增子编码荧光原位杂交（RAEFISH），基于图像的CRISPR筛选 | NA | 图像数据 | 涉及23,000个人类基因或22,000个小鼠基因的转录本分析 | NA | 空间转录组学，单分子分辨率成像 | NA | RAEFISH技术配置，用于完整组织中的全基因组空间转录组分析 |
| 2245 | 2025-12-02 |
Putative muscle stem cells promote Xenopus tail regeneration by modifying macrophage function via c1qtnf3
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504410122
PMID:41264239
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析蝌蚪尾部再生过程中的侧群细胞，鉴定出假定的肌肉干细胞，并发现其通过表达c1qtnf3调控巨噬细胞功能以促进尾部再生 | 首次在蝌蚪尾部再生模型中揭示假定的肌肉干细胞通过c1qtnf3表达调控巨噬细胞功能的新机制 | 研究基于F0代CRISPR/Cas9嵌合体进行基因敲低，可能存在脱靶效应；未完全解析c1qtnf3调控巨噬细胞的具体分子通路 | 探究蝌蚪尾部再生过程中组织干细胞的行为动态及其调控机制 | 非洲爪蟾蝌蚪尾部再生模型中的侧群细胞及假定的肌肉干细胞 | 发育生物学 | 组织再生 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因敲低, 轨迹推断分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2246 | 2025-12-02 |
Engineering a spatiotemporal macrophage circuit via STING phase separation to override immune suppression in pancreatic cancer
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504718122
PMID:41264244
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研究论文 | 本研究开发了一种基于STING相分离的时空巨噬细胞重编程平台，用于克服胰腺癌的免疫抑制微环境 | 首次利用STING相分离原理构建时空可控的巨噬细胞回路，实现巨噬细胞表型的顺序、可控重编程，同时防止过度炎症反应 | 研究目前处于临床前模型阶段，尚未进行人体临床试验 | 开发新型免疫治疗策略以克服胰腺癌的免疫抑制微环境 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2247 | 2025-12-02 |
Single-cell transcriptomics reveals dynamic reprogramming of testicular immunity in Brucella-infected goat testis
2025-Nov-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了布鲁氏菌感染山羊睾丸中免疫系统的动态重编程过程 | 首次在单细胞水平上解析了布鲁氏菌感染下睾丸免疫微环境的转录变化，并识别了新的免疫治疗靶点如硫氧还蛋白相互作用蛋白 | 研究仅基于山羊模型，结果可能不完全适用于人类或其他物种，且机制验证需进一步实验 | 探究布鲁氏菌感染导致睾丸免疫病理的分子机制 | 山羊睾丸组织 | 数字病理学 | 布鲁氏菌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 生理和感染条件下的山羊睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2248 | 2025-12-02 |
Multiomics and Single-Cell Insights Reveal a Lysophosphatidic Acid-Mediated Resistant Mechanism to Third-generation EGFR-TKI in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Nov-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0993
PMID:40853904
|
研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞分析揭示了非小细胞肺癌中第三代EGFR-TKI耐药的新机制，涉及溶血磷脂酸介导的信号通路和代谢重编程 | 首次整合血浆代谢组学、多组学分析和单细胞RNA测序，系统揭示了LPA介导的第三代EGFR-TKI耐药机制，并提出了靶向LPA信号通路的新治疗策略 | 研究主要基于细胞系和患者样本的回顾性分析，缺乏前瞻性临床试验验证靶向LPA通路的治疗效果 | 探究第三代EGFR-TKI在非小细胞肺癌中的耐药代谢机制 | 非小细胞肺癌患者血浆样本、耐药细胞系、单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 血浆代谢组学分析、单细胞RNA测序、多组学分析、功能实验 | 代谢物预测模型 | 代谢组数据、单细胞RNA测序数据、多组学数据 | 216份纵向血浆样本（来自186名患者）、215名患者的单细胞RNA测序数据、耐药细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2249 | 2025-12-02 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Nov-13, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液的实验方案，用于关节炎模型研究 | 该方案结合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备，并支持血管内标记，适用于多种下游分析 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法，以模拟关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜细胞 | 数字病理学 | 关节炎 | RNA-seq, 流式细胞术, FACS | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2250 | 2025-12-02 |
GPU-accelerated, self-optimizing processing for 3D multiplexed iterative RNA-FISH experiments
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681751
PMID:41279966
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研究论文 | 本文介绍了一种GPU加速的计算框架merfish3d-analysis，用于加速基于成像的空间转录组学数据处理，并量化了轴向采样变化导致的信息损失 | 开发了GPU加速的自优化处理框架，并设计了针对死后人类样本的多步自发荧光淬灭协议 | 未明确说明框架在更广泛样本类型或更大数据集上的可扩展性 | 加速基于成像的空间转录组学实验的计算处理并提高数据质量 | 模拟成像实验、公开MERFISH数据集和死后人类嗅球样本 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 图像 | 未指定具体数量，包括模拟数据、公开数据集和人类嗅球样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2251 | 2025-12-02 |
scITDG: a tool for identifying time-dependent genes in single-cell transcriptome sequencing data
2025-Nov, Marine life science & technology
IF:5.8Q1
DOI:10.1007/s42995-025-00311-y
PMID:41322266
|
研究论文 | 本研究介绍了一种用于分析单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因表达的工具scITDG | scITDG能够以单细胞分辨率识别多个时间点的动态基因表达模式，填补了当前分析资源的空白 | NA | 开发用于识别单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因的分析工具 | 小鼠衰老和蝾螈肢体再生过程中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | 自然三次样条回归与自助重采样整合模型 | 单细胞转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2252 | 2025-12-02 |
Interregional human assembloids recapitulate fetal brain morphologies and enhance neuronal complexity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684445
PMID:41278870
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研究论文 | 本研究利用3D共聚焦成像和手动重建技术，分析了人类前脑、丘脑器官样体及组装体，揭示了其神经元形态与胎儿大脑的相似性及组装体增强的形态复杂性 | 首次系统描述人类神经器官样体和组装体中神经元形态的多样性，并发现组装体比单个器官样体具有更高的形态复杂性，包括更广泛的树突分支、更长投射和多样化的胞体形状 | 研究仅基于735个神经元的样本量，可能无法完全代表整体多样性；手动重建方法可能引入主观偏差 | 验证人类神经模型并建模形态功能性疾病 | 人类前脑（背侧和腹侧）和丘脑（背侧和腹侧）器官样体，以及前脑、丘脑和皮质丘脑组装体 | 数字病理学 | NA | 3D共聚焦成像和手动重建 | NA | 图像 | 735个神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 2253 | 2025-12-02 |
Multi-site Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single Cell RNA Sequencing
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684427
PMID:41279168
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研究论文 | 本研究评估了三种单细胞RNA测序上游细胞保存方法（10x Genomics FLEX、Parse Bioscience Evercode WT v2和Honeycomb Bio HIVE）在多平台、多站点下的性能和可重复性 | 通过跨平台、多站点研究，系统比较了固定和冷冻保存方法在单细胞RNA测序中的表现，并展示了这些方法在细胞类型注释和相对丰度方面的一致性 | 研究仅基于单一健康个体的白细胞样本，可能无法完全代表其他细胞类型或疾病状态下的保存效果 | 评估单细胞RNA测序上游细胞保存方法的性能和可重复性，以优化样本收集和处理流程 | 从单一健康个体分离的总白细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、21色流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 单一健康个体的白细胞样本 | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics FLEX, Parse Bioscience Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE | 10x Genomics FLEX（固定或冷冻保存方法）、Parse Bioscience Evercode WT v2（固定或冷冻保存方法）、Honeycomb Bio HIVE（固定或冷冻保存方法） |
| 2254 | 2025-12-02 |
Semi-parametric Empirical Bayes Method for Multiplet Detection in snATAC-seq with Probabilistic Multi-omic Integration
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.23.684138
PMID:41279855
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研究论文 | 本文提出了一种名为SEBULA的半参数经验贝叶斯方法，用于在单细胞核ATAC-seq数据中检测多重捕获事件，并通过概率多组学整合提高检测准确性 | SEBULA是首个针对snATAC-seq数据设计的半参数经验贝叶斯模型，能够提供校准良好的后验概率，实现原则性的错误发现率控制，并支持与scRNA-seq等多模态数据的概率整合 | 方法主要针对snATAC-seq数据的稀疏性和过度分散特性设计，在其他单细胞技术中的适用性可能需要进一步验证 | 开发一种能够准确检测单细胞核ATAC-seq数据中多重捕获事件的计算方法 | 单细胞核ATAC-seq数据中的多重捕获事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学整合 | 半参数经验贝叶斯模型 | 染色质可及性测量数据, 基因表达数据 | 七个注释的三模态DOGMA-seq数据集 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2255 | 2025-12-02 |
Supervised machine learning identifies impaired mitochondrial quality control in β cells with development of type 2 diabetes
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683335
PMID:41278904
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研究论文 | 本研究开发了一个可解释的监督机器学习框架，用于识别2型糖尿病β细胞中线粒体质量控制的受损机制 | 结合了稀疏规则分类、通路约束建模和线粒体适应性分层，在单细胞水平上预测T2D并揭示疾病机制 | 研究样本量相对较小（52名人类供体），且主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有相关生物学层面 | 识别2型糖尿病中β细胞衰竭的分子通路，特别是线粒体质量控制的作用 | 人类β细胞，来自52名供体的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | SnakeClassifier, BlackSwanClassifier, Kolmogorov-Arnold Neural Networks (KANN) | 单细胞RNA测序数据 | 52名人类供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2256 | 2025-12-02 |
Rapid canalization of chromosome conformation-transcription fingerprints during embryogenesis revealed by fully-automated cell identity decoding with CeSCALE
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.684035
PMID:41279329
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研究论文 | 本研究开发了一种名为CeSCALE的新型算法，结合单细胞基因组学，揭示了胚胎发育过程中局部染色体构象-转录'指纹'与细胞谱系的关系及其遗传模式 | 开发了基于最优传输理论的CeSCALE算法，首次实现了对广泛发育窗口中谱系解析的单个细胞表型的全自动量化，并揭示了局部构象-转录'指纹'沿细胞谱系的稳定遗传现象 | 研究主要基于胚胎发育模型，结论在其他生物系统或疾病状态中的普适性有待验证 | 探究胚胎发育过程中染色体高级构象与转录活性之间的关系及其沿细胞谱系的遗传机制 | 胚胎发育过程中的细胞谱系 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞基因组学，单分子染色体追踪，单细胞转录组学 | CeSCALE（基于Sinkhorn的细胞对齐算法） | 单细胞基因组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞基因组学，单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2257 | 2025-12-02 |
Epithelial-Mesenchymal Transition is Associated with Altered Immune Composition and Cytotoxic Function in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683714
PMID:41280107
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了三阴性乳腺癌中上皮-间质转化（EMT）谱系与肿瘤免疫微环境组成及功能变化之间的关联 | 首次系统揭示了EMT中间状态（非完全上皮或完全间质状态）与免疫细胞组成及功能的梯度变化关系，阐明了EMT谱系上肿瘤细胞MHC分子表达下调、细胞毒性T细胞和NK细胞功能抑制以及B细胞亚群转变的渐进模式 | 研究基于小鼠4T1肿瘤细胞系衍生的克隆模型，其结论在人类乳腺癌中的普适性需要进一步验证；单细胞RNA测序数据主要反映转录组水平变化，蛋白质水平和功能验证有待补充 | 探究三阴性乳腺癌中上皮-间质转化（EMT）不同状态对肿瘤免疫微环境组成和功能的影响 | 从4T1小鼠三阴性乳腺癌细胞系建立的五个具有不同EMT表型的单细胞克隆群体及其形成的肿瘤 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 五个单细胞克隆群体及其衍生的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2258 | 2025-12-02 |
Psychological stress and social support are associated with opposing single-cell pro-inflammatory gene regulatory mechanisms in adults
2025-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.14.682318
PMID:41278935
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性分析，探讨了心理压力和社会支持对非洲裔美国成年人外周血单个核细胞中基因调控的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了心理压力和社会支持对免疫基因调控的相反作用机制，特别是通过干扰素信号通路和转录因子活性变化 | 研究样本仅包括非洲裔美国成年人，年龄范围较窄（50-89岁），可能限制了结果的普遍性 | 探究心理压力和社会支持如何影响免疫系统的基因调控机制，以理解其与慢性炎症的关联 | 165名自报非洲裔美国成年人（年龄50-89岁）的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 慢性炎症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞基因表达数据，单细胞染色质可及性数据 | 165名非洲裔美国成年人 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2259 | 2025-12-02 |
Innovations in spinal cord cell type heterogeneity across vertebrate evolution
2025-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.680955
PMID:41279330
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研究论文 | 本研究通过比较鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓细胞类型，揭示了脊椎动物进化过程中脊髓细胞类型异质性的保守与分化模式 | 首次跨物种比较脊椎动物脊髓细胞类型图谱，发现发育阶段细胞类型高度保守，而成年阶段兴奋性神经元亚群出现物种特异性分化，并定位到哺乳动物特有的背侧脊髓感觉整合中枢 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能验证；物种覆盖范围有限（仅四种代表性物种）；空间转录组分辨率仍有提升空间 | 探究脊椎动物脊髓细胞类型在进化过程中的保守性与多样性，解析运动控制回路的进化起源 | 鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 跨四个物种（鱼类、蛙类、小鼠、人类）的脊髓样本，涵盖约4.5亿年进化历程 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2260 | 2025-12-02 |
Comprehensive benchmarking of somatic mutation detection by the SMaHT Network
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.678885
PMID:41279200
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研究论文 | SMaHT网络通过四项大规模基准实验，评估了检测体细胞突变的测序技术、实验方法和计算策略 | 整合短读长和长读长测序、使用供体特异性组装和人类泛基因组，并比较了六种双链测序技术，展示了单细胞测序在解析细胞类型特异性突变模式方面的优势 | 未明确提及具体的技术限制或样本多样性不足等问题 | 评估和优化体细胞突变检测的技术与方法，以实现准确、全基因组的体细胞突变发现和分析 | 体细胞突变检测的测序技术、实验方法和计算策略 | 基因组学 | NA | 短读长测序、长读长测序、双链测序、单细胞测序 | NA | 基因组测序数据 | 九个分析样本 | NA | 单细胞测序、双链测序、短读长测序、长读长测序 | NA | NA |