单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2221	2025-03-27	Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis 2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681 PMID:39675427	research paper	通过空间分辨单细胞转录组分析，研究蕈样肉芽肿（MF）与银屑病及慢性海绵性皮炎的差异生物标志物GNLY和FYB1	首次利用空间分辨单细胞转录组技术鉴定出GNLY和FYB1作为区分MF与银屑病及慢性海绵性皮炎的特异性生物标志物	样本量相对有限（150例患者），且免疫组化验证的敏感性和特异性仍有提升空间	探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物	蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵性皮炎患者的表皮内T细胞	digital pathology	skin disease	spatially resolved single-cell transcriptome analysis, immunohistochemistry	NA	transcriptomic data, immunohistochemical data	150例患者（56例MF，48例银屑病，46例慢性湿疹）
2222	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠
2223	2025-03-27	CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068 PMID:39826451	research paper	本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞（EMSCs）成骨分化的机制	揭示了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控EMSCs成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究CD271对EMSCs成骨分化的影响及其分子机制	外间充质干细胞（EMSCs）和小鼠下颌骨发育	干细胞生物学	颌骨发育异常	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	CD271缺陷小鼠
2224	2025-03-27	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Feb-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网络工具，用于探索单细胞RNA测序数据中的线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了适应单细胞测序数据分析的功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，并提供交互式界面用于分析细胞间的变异性	NA	研究线粒体在不同细胞类型和单细胞分辨率下的功能和动态	线粒体在单细胞RNA测序数据中的动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2225	2025-03-27	AQP1 Affects Necroptosis by Targeting RIPK1 in Endothelial Cells of Atherosclerosis 2025, Vascular health and risk management IF:2.6Q2 DOI:10.2147/VHRM.S487327 PMID:40129682	研究论文	本研究探讨了AQP1通过靶向RIPK1影响动脉粥样硬化内皮细胞中的坏死性凋亡	揭示了AQP1通过抑制RIPK3和MLKL的表达来抑制动脉粥样硬化中的坏死性凋亡的新机制	研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏体内实验验证	探究AQP1是否通过结合RIPK1并降低RIPK3和MLKL的表达来影响动脉粥样硬化中的坏死性凋亡	动脉粥样硬化患者和正常人的股动脉和主动脉样本	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、空间转录组学、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、Western Blot(WB)	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	动脉粥样硬化组织和正常组织的样本
2226	2025-03-27	Hypoxia-associated genes as predictors of outcomes in gastric cancer: a genomic approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553477 PMID:40129974	研究论文	研究缺氧相关基因在胃腺癌中的作用并构建预后模型	通过单细胞RNA测序分析鉴定出四个缺氧亚群和四个非缺氧亚群，构建了一个由五个H1特异性转录因子组成的预后模型，该模型在预测总生存期方面表现出色	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨缺氧相关基因在胃腺癌中的影响并构建预后模型	胃腺癌(STAD)患者和细胞系	基因组学	胃癌	scRNA-seq, qRT-PCR, WGCNA, GO-BP/KEGG富集分析	LassoCox算法	RNA表达数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃腺癌样本，以及GSE183904中的原发胃癌样本
2227	2025-03-27	Interleukin-27-polarized HIV-resistant M2 macrophages are a novel subtype of macrophages that express distinct antiviral gene profiles in individual cells: implication for the antiviral effect via different mechanisms in the individual cell-dependent manner 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1550699 PMID:40129989	research paper	该研究探讨了IL-27极化的HIV抗性M2巨噬细胞（27-Mac）作为一种新型巨噬细胞亚型的生物学功能和基因表达特征，及其通过不同抗病毒基因产物在个体细胞中抵抗HIV感染的机制	发现27-Mac是一种新型巨噬细胞亚型，具有独特的抗病毒基因表达谱和不同于其他M2d亚型的抗HIV机制	研究仅基于体外实验，未在体内模型中验证27-Mac的抗病毒效果	探究IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）的生物学特性和抗HIV机制	健康供体来源的单核细胞分化而来的巨噬细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、p24抗原捕获试验、活性氧（ROS）测定、吞噬试验、IsoPlexis细胞因子检测系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	健康供体来源的单核细胞
2228	2025-03-26	Spatial Transcriptomics and Proteomics Profiling After Ischemic Stroke Reperfusion: Insights Into Vascular Alterations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.048085 PMID:40052263	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析，探讨了缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	首次结合空间转录组学和蛋白质组学技术，系统研究了缺血性中风再灌注后脑血管的分子变化模式	研究仅在小鼠模型中进行，样本量较小(n=5)，且仅观察了24小时内的早期变化	探究缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠的脑实质内皮细胞和周细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学，蛋白质组学，免疫组织化学半定量分析	小鼠大脑中动脉闭塞模型	基因表达数据，蛋白质表达数据	5只13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠
2229	2025-03-26	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3 I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤（CCMs）的发病机制及治疗	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，模拟人类CCMs的单等位基因突变，并揭示了PI3K信号通路在CCMs形成中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究脑海绵状血管瘤的发病机制及探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型及Map3k3I441M; Ptenfl/fl小鼠模型	病理学	脑海绵状血管瘤	磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠模型	影像数据、基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因型小鼠
2230	2024-11-07	Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration 2025-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026 PMID:39500689	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2231	2025-03-26	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Mar-25, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究探讨了转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤形成中的作用	揭示了SOX2通过调控LMX1A和LMX1B的表达维持祖细胞特性，在脉络丛肿瘤形成中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索脉络丛肿瘤的分子机制和潜在治疗靶点	脉络丛肿瘤（包括CPP和CPC）	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类肿瘤样本
2232	2025-03-26	Mesenchymal stem cells and fibroblasts contribute to microvascular proliferation in glioblastoma and are correlated with immunosuppression and poor outcome 2025-Mar-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在胶质母细胞瘤微血管增殖中的作用，并发现了PDGFRB作为驱动基因的角色	样本量较小（16例患者样本），且仅针对胶质母细胞瘤	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管/血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
2233	2025-03-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Mar-24, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育和功能的影响，结合形态学、功能学和单细胞测序分析	首次结合单细胞RNA测序技术揭示PFOS暴露对肺细胞组成和分子反应的详细影响，并识别出Fam111a和Stk35基因在PFOS诱导的肺损伤和修复过程中的作用	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制	子代大鼠的肺组织	环境毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day)的孕鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
2234	2025-03-26	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-Mar-24, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过遗传捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	揭示了脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息，并发现了控制急性疼痛的共享前馈抑制机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的适用性	探索脊髓神经回路对伤害性信息的编码机制	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	遗传捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、行为数据	成年小鼠
2235	2025-03-26	Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools 2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00223-3 PMID:40121354	综述	本文综述了当前对内皮细胞异质性的理解，包括器官内和器官间的异质性，并探讨了新技术如单细胞RNA测序和血管类器官在研究中的应用	整合单细胞RNA测序与高通量测序技术，探索内皮细胞异质性在表观遗传水平和空间分辨背景下的表现，以及利用血管类器官研究人类内皮细胞异质性	未提及具体实验数据或样本量的限制	深入理解内皮细胞异质性及其对人类血管疾病的影响	血管内皮细胞	生物医学	血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量测序, 血管类器官	NA	转录组数据	NA
2236	2025-03-26	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肝细胞癌中糖脂代谢极化的异质性	首次识别出两种异质性代谢亚型（糖-HCC和脂-HCC），并开发了基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物用于亚型确定	未提及具体样本量限制或技术局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、放射组学、CEUS	NA	RNA测序数据、影像数据、血清生物标志物	内部队列和公共HCC队列（具体数量未提及）
2237	2025-03-26	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡患者皮肤细胞异质性和内皮细胞转录组特征，揭示其与溃疡愈合和进展相关的关键细胞群和基因	发现内皮细胞在糖尿病足溃疡中的转录组差异，特别是与炎症反应和血管生成相关的信号通路，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	NA	揭示糖尿病足溃疡的发病机制，为开发新的治疗策略提供科学依据	糖尿病足溃疡患者的皮肤细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2238	2025-03-26	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析	Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程	NA	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	Festem	基因表达数据	NA
2239	2025-03-26	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案	将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	未提及具体的实验样本数量或验证结果	开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	Open-ST, Illumina流动池重新利用	NA	分子图谱, 组织学数据	NA
2240	2025-03-26	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法稳健性和准确性的协议	使用集成技术提升现有算法的稳健性和准确性，通过相似性矩阵识别空间域并获得新的嵌入	未提及具体实验验证结果或与其他方法的比较	提升空间转录组学算法的稳健性和准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA