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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2201 | 2025-12-03 |
Single cell RNA-seq analysis associates Osm signaling in macrophages with osteogenic differentiation during heterotopic ossification
2025-Nov-28, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06435-2
PMID:41316383
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析,揭示了巨噬细胞中Osm信号在异位骨化过程中与间充质祖细胞成骨分化的关联 | 发现巨噬细胞来源的Osm与异常软骨祖细胞分化相关,并识别Spi1作为早期巨噬细胞激活和Osm表达的新调控因子 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证,且单细胞测序技术可能受样本处理偏差影响 | 探究创伤诱导异位骨化中局部炎症微环境与间充质祖细胞成骨分化的关系 | 创伤诱导异位骨化小鼠模型中的间充质祖细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2202 | 2025-12-03 |
Exploring the impact of endocrine-disrupting chemicals on erectile dysfunction through network toxicology and machine learning
2025-Nov-28, BMC pharmacology & toxicology
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40360-025-01033-8
PMID:41316467
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研究论文 | 本研究利用网络毒理学和机器学习方法,探索了内分泌干扰物对勃起功能障碍的影响机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞测序和机器学习算法,系统性地识别了EDCs诱导ED的核心靶点CTNNB1和HIF1A,并通过分子对接验证了其结合亲和力 | 研究主要基于计算和体外模拟,缺乏临床或动物实验验证,且EDCs的具体暴露剂量和体内效应未充分探讨 | 阐明内分泌干扰物导致勃起功能障碍的分子机制和核心靶点 | 内分泌干扰物与勃起功能障碍相关的潜在靶点和信号通路 | 机器学习 | 勃起功能障碍 | 单细胞测序、网络毒理学、机器学习算法、分子对接 | 未指定具体模型,使用了三种机器学习算法 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2203 | 2025-12-03 |
A Metastasis-Competent CAF Subpopulation Defined by MFAP5⁷THY1⁷ Co-expression Drives Prostate Cancer Metastasis via EMT Activation
2025-Nov-26, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别并功能验证了一个由MFAP5⁺THY1⁺共表达定义的、具有转移能力的癌症相关成纤维细胞亚群,该亚群通过激活AKT/EMT通路驱动前列腺癌转移 | 首次通过单细胞RNA测序整合分析,在前列腺癌中鉴定出一个由MFAP5和THY1共表达定义的、具有转移能力的CAF亚群,并揭示了其通过分泌MFAP5激活AKT/EMT通路促进转移的机制 | 需要多中心队列进一步验证其临床独立性 | 识别并功能表征前列腺癌中具有转移能力的CAF亚群,并评估其作为预测转移进展的生物标志物潜力 | 前列腺癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 14个前列腺癌标本中的1,214个CAFs, 78个前列腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2204 | 2025-12-03 |
scATAnno: Automated Cell Type Annotation for Single-cell ATAC Sequencing Data
2025-Nov-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf108
PMID:41284927
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scATAnno的Python软件包,用于自动注释单细胞ATAC测序数据的细胞类型 | 开发了首个专门用于大规模scATAC-seq参考图谱构建和自动细胞类型注释的工作流程,无需依赖scRNA-seq数据,并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高注释准确性 | 未明确说明软件在处理高度异质性或罕见细胞类型时的性能限制,以及计算资源需求 | 开发自动化工具以解决单细胞ATAC测序数据中细胞类型注释的挑战 | 单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌、基底细胞癌 | 单细胞ATAC测序 | KNN、加权距离算法 | 表观基因组数据 | 多个数据集(包括PBMC、TNBC、BCC等) | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2205 | 2025-12-03 |
Regional and cell specific bioactivity of injectable extracellular matrix biomaterials in myocardial infarction
2025-Nov-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65351-5
PMID:41285846
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术,探究了可注射细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性 | 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术,系统解析细胞外基质生物材料在心脏治疗中的细胞特异性作用机制 | 研究仅使用雌性大鼠模型,未涉及雄性或其他物种,可能限制结果的普适性 | 探究细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的生物活性机制 | 雌性大鼠心肌梗死模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 2206 | 2025-12-03 |
Lineage tracing technology for decoding cell evolution in pathophysiology: a bibliometric analysis
2025-Nov-20, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003916
PMID:41327787
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综述 | 本文通过文献计量学方法,全面回顾了谱系追踪技术的现状、热点和发展趋势 | 首次将定量图谱与技术演进分析相结合的文献计量学综述,通过数据驱动决策、算法处理、标准化分析工具和多维度指标交叉验证,克服了传统叙述性综述的局限性 | 分析基于Web of Science数据库的3252篇文献,可能未涵盖所有相关研究;文献计量学方法本身存在依赖检索策略和数据库覆盖范围的限制 | 解码细胞在病理生理学中的进化,并系统梳理谱系追踪技术的研究前沿与应用框架 | 谱系追踪技术相关的研究文献 | 生命科学/发育生物学 | NA | 文献计量学分析,谱系追踪技术 | NA | 文本(科学文献) | 3252篇相关文章(1979年1月1日至2024年9月22日) | NA | NA | NA | NA |
| 2207 | 2025-12-03 |
Belimumab modulates type I interferon signalling in the treatment of systemic lupus erythematosus
2025-Nov-19, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/03t59o
PMID:41328601
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了系统性红斑狼疮患者在接受贝利尤单抗治疗前后的免疫图谱变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了贝利尤单抗通过调节I型干扰素信号通路发挥治疗作用的新机制 | 样本量较小(仅6例患者),且为观察性研究 | 探究贝利尤单抗对系统性红斑狼疮患者免疫图谱的影响 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例活动性系统性红斑狼疮患者(治疗组3例,对照组3例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2208 | 2025-12-03 |
Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry
2025-Nov-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68616
PMID:41325369
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研究论文 | 本文提出了一种双模态分子图谱技术,整合了多重mRNA检测与蛋白质成像质谱流式技术 | 通过金属探针将蛋白质成像质谱流式技术与mRNA原位杂交结合,实现蛋白质和mRNA在单一切片中的同时高维空间分析 | NA | 开发一种整合蛋白质和mRNA检测的双模态空间分析技术,以理解细胞在微环境中的通讯机制 | 组织切片中的蛋白质和mRNA分子 | 数字病理学 | NA | mRNA原位杂交,蛋白质成像质谱流式技术 | NA | 图像,空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2209 | 2025-12-03 |
Microfluidics-based High-throughput Circulating Tumor Cell Sorting and Single-cell Sequencing Technology
2025-Nov-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68708
PMID:41325384
|
研究论文 | 本文提出了一种集成了微流控技术的高通量循环肿瘤细胞分选与单细胞测序方法 | 开发了一种集成了CTCs富集、纯化和单细胞测序的微流控一体化工作流程,克服了传统方法回收率低、工作流程繁琐和污染风险高的限制 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种高效、高通量的循环肿瘤细胞分选与单细胞测序技术,以更好地分析CTCs的异质性 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2210 | 2025-12-03 |
Myocardial reprogramming by HMGN1 underlies heart defects in trisomy 21
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09593-9
PMID:41125893
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研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞和小鼠模型,揭示了染色体21上的HMGN1基因在唐氏综合征相关先天性心脏缺陷中的关键作用 | 首次将HMGN1鉴定为唐氏综合征中心脏缺陷的剂量敏感调节因子,并利用CROP-seq技术筛选染色体21基因,阐明了其在房室管心肌细胞重编程中的机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,人类临床验证有限,且未全面探索其他染色体21基因的潜在协同效应 | 解析唐氏综合征中先天性心脏缺陷的遗传基础,特别是房室管缺陷的分子机制 | 人类多能干细胞、小鼠模型以及房室管心肌细胞 | 发育生物学与遗传学 | 先天性心脏缺陷与唐氏综合征 | 单细胞转录组学、CRISPR激活单细胞RNA液滴测序(CROP-seq)、基因编辑 | 人类多能干细胞模型、小鼠遗传模型 | 单细胞RNA测序数据、基因表达谱 | 未明确指定具体样本数量,但涉及人类干细胞和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2211 | 2025-12-03 |
Role of long-chain acyl-CoA synthetases in MASH-driven hepatocellular carcinoma and ferroptosis
2025-Nov-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00096.2025
PMID:40875358
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研究论文 | 本研究通过整合多种组学技术,揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌中脂质代谢重编程的特征,并阐明了长链酰基辅酶A合成酶家族(特别是ACSL4)在调控铁死亡敏感性及肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次在MASH-HCC中系统描绘了脂质代谢全景图,并发现ACSL4在肿瘤组织中特异性富集且与铁死亡敏感性相关,同时揭示了ACSL4在免疫细胞中的表达及其对肿瘤免疫微环境的潜在调控作用 | 研究主要基于观察性数据和体外实验,体内功能验证和具体分子机制有待进一步深入;小鼠模型与人类疾病存在物种差异 | 探究MASH-HCC中脂质代谢重编程的特征及其与铁死亡敏感性的关系,寻找潜在治疗靶点 | 人类MASH-HCC组织样本、人类HCC细胞系、饮食诱导的小鼠MASH-HCC模型 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 人类MASH和MASH-HCC肝脏样本(具体数量未明确),人类HCC细胞系,小鼠MASH-HCC模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2212 | 2025-12-03 |
Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice
2025-Oct, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743
PMID:40987706
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研究论文 | 本研究探讨了DNTαβ细胞移植在脊髓损伤小鼠中通过调节免疫微环境发挥神经保护作用的机制 | 首次利用单细胞测序揭示DNT细胞的异质性,并验证DNTαβ细胞移植通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应,促进脊髓损伤后的早期修复和神经保护 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证,且具体分子机制需进一步深入探索 | 探究DNTαβ细胞移植对脊髓损伤后免疫微环境的调节作用及其神经保护效果 | 脊髓损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 流式细胞术、单细胞测序、转录组测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞测序数据、转录组数据、流式细胞术数据、免疫组织化学图像 | 未明确指定样本数量,但使用小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2213 | 2025-12-03 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后诱导的差异性炎症反应 | 首次在单细胞分辨率下比较不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人巨噬细胞后的转录组差异,揭示了菌株特异性和细胞异质性对免疫应答的影响 | 研究仅使用人肺泡巨噬细胞,未涉及其他免疫细胞类型;体外感染模型可能无法完全模拟体内感染环境 | 阐明Coxiella burnetii不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制,为Q热治疗提供新见解 | 人肺泡巨噬细胞感染不同毒力Coxiella burnetii菌株(NMI、G、NMII、Dugway) | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序,单细胞RNA测序,细胞因子检测 | NA | 转录组数据,单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2214 | 2025-12-03 |
Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661525
PMID:40667036
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了注射性细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性 | 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术,系统探究细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性,揭示了未发现的治疗靶点 | 未明确提及样本量或实验设计的局限性,可能缺乏长期疗效评估或临床转化验证 | 探究细胞外基质生物材料在心肌梗死治疗中的治疗活性和机制 | 心肌梗死模型中的心脏组织,包括巨噬细胞、成纤维细胞、淋巴管、血管、平滑肌细胞和心肌细胞等 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |
| 2215 | 2025-12-03 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
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研究论文 | 本文提出了一种名为TFcomb的计算方法,利用单细胞多组学数据识别细胞重编程所需的转录因子及其组合 | 将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为逆问题,采用Tikhonov正则化保证解的泛化能力,并设计图注意力网络增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络 | NA | 开发计算工具以识别驱动细胞状态转换的重编程转录因子组合 | 细胞重编程过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2216 | 2025-12-03 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
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研究论文 | 本文介绍了一种名为stMLnet的方法,用于从空间转录组学数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | stMLnet创新性地整合了空间信息和多层信号调控机制,以识别多层细胞间通讯中的信号反馈环路,相比现有方法在配体-受体推断和细胞内靶基因预测方面表现更优 | NA | 开发一种工具以更好地解析空间转录组学数据中的多层细胞间通讯和信号反馈机制 | 空间转录组学数据,包括来自seqFISH+、Slide-seq v2、MERFISH和Stereo-seq等多种技术的样本 | 空间转录组学 | COVID-19感染 | 空间转录组学 | 扩散模型和质量作用模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | NA |
| 2217 | 2025-12-03 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STCC的新型共识聚类框架,用于整合空间转录组学数据中的空间域检测工具,以提高聚类准确性和稳定性 | 开发了STCC共识聚类框架,首次整合了多种先进工具和共识策略(如Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法),以优化空间转录组学数据的空间域检测 | 未明确说明框架在处理高度异质性或复杂组织样本时的具体局限性,且可能依赖于输入参数的设置 | 通过共识策略整合不同工具,提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性 | 空间转录组学数据,包括模拟数据和来自不同实验平台的真实数据,涉及正常组织和肿瘤样本 | 空间转录组学 | NA | 共识聚类 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2218 | 2025-12-03 |
Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1
PMID:39801515
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续性感染中的宿主保护作用 | 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性机制被招募至肉芽肿,并在控制持续性细菌感染中发挥关键作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类感染中得到验证 | 探究嗜酸性粒细胞在宿主对抗持续性细菌感染中的作用机制 | 鼠伤寒沙门氏菌(Tm)感染的小鼠模型 | 感染免疫学 | 细菌感染 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2219 | 2025-12-02 |
Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02190-1
PMID:41006685
|
研究论文 | 本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学,构建了基于乳酸代谢的预后模型,并探索了黑色素瘤的治疗策略 | 首次整合多组学数据(包括病理影像特征、单细胞RNA测序、空间转录组学等)系统表征黑色素瘤乳酸代谢特征,并开发了结合病理特征和基因的预后模型,同时通过实验验证了关键基因RAB32的功能 | 研究主要基于TCGA等公共数据集,外部验证可能有限;模型在临床广泛应用前需进一步前瞻性验证 | 系统表征黑色素瘤乳酸代谢的分子特征,构建预后模型并探索治疗策略 | 皮肤黑色素瘤(SKCM)患者样本及细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集变异分析, 机器学习 | ResNet50, 10种机器学习算法组合 | 图像, 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | TCGA队列训练和验证集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2220 | 2025-12-02 |
Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02175-0
PMID:41006686
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、高维加权基因共表达网络分析和机器学习,揭示了肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞的扩张及其代谢重编程,并鉴定出SPRY1为关键生物标志物 | 首次通过多组学分析结合机器学习,在肺动脉高压中系统揭示了毛细血管内皮细胞的异质性扩张与糖酵解-三羧酸循环代谢通路失调的关联,并鉴定出SPRY1这一新型关键生物标志物 | 研究主要基于GEO数据库的测序数据,虽然在大鼠模型中进行了验证,但临床样本量有限,且机制研究深度有待进一步实验验证 | 阐明肺动脉高压血管重塑的细胞分子机制,鉴定关键致病因子 | 肺动脉高压患者的肺组织样本、正常对照肺组织、野百合碱诱导的肺动脉高压大鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,高维加权基因共表达网络分析,机器学习 | 机器学习(未指定具体模型) | 转录组测序数据 | 未明确样本数量,包含PAH患者和正常对照的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |