单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7416 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-09-15 |
LLM-based cell type annotation harmonization across single-cell studies using GCTHarmony
2025-Aug-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7151095/v1
PMID:40831495
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研究论文 | 提出一种基于大语言模型的方法GCTHarmony，用于协调单细胞研究中的细胞类型注释不一致问题 | 利用OpenAI文本嵌入模型将任意细胞类型注释映射到标准化细胞本体术语，并协调不同研究间的注释层级差异 | NA | 解决单细胞RNA-seq研究整合中细胞类型注释不一致的挑战 | 单细胞研究中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | LLM (大语言模型) | 文本 | NA |
| 202 | 2025-09-15 |
CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy
2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.08.669387
PMID:40832178
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的AI模型CART-GPT，用于预测CAR-T细胞疗法的治疗效果和神经毒性风险 | 首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用创新的细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联 | NA | 开发AI模型预测CAR-T疗法的个体化治疗效果和神经毒性风险 | CAR-T细胞疗法患者和CAR-T细胞单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 112万个CAR-T单细胞RNA测序图谱 |
| 203 | 2025-09-15 |
Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application
2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.08.25333301
PMID:40832435
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研究论文 | 提出一种结合空间转录组学和规范性功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的大脑网络 | 开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并整合同一疾病相关基因的累积遗传影响 | NA | 研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具 | 大脑功能连接组和基因表达网络 | 神经科学 | 脑部疾病 | 空间转录组学，规范性功能连接性分析 | NA | 基因表达数据，功能连接数据 | NA |
| 204 | 2025-09-15 |
Tissue-Resident Macrophage and Dendritic Cell Cooperation Drives Type I IFN Immunity to Enteroviruses in the Liver
2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669977
PMID:40832243
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序揭示了肝脏中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞通过驱动I型干扰素免疫应答抵抗肠道病毒感染的合作机制 | 首次明确库普弗细胞和特定树突状细胞亚群是肝脏中早期I型干扰素应答的主要驱动者，并证明肝细胞依赖免疫细胞产生的保护性干扰素信号 | 研究基于转基因小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证 | 解析I型和III型干扰素在肠道病毒肝脏感染中的保护作用及细胞特异性免疫机制 | 小鼠模型（表达hFcRn及Ifnar1/Ifnlr1缺陷型）、肝细胞、库普弗细胞、树突状细胞 | 免疫学 | 肠道病毒感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除小鼠模型 | NA | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 205 | 2025-09-15 |
Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669006
PMID:40832362
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研究论文 | 本研究探讨了促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞（MoAM）在系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）中的生物标志物潜力和治疗靶点价值 | 首次在SSc-ILD患者中发现MoAM与肺纤维化严重程度相关，并利用空间转录组学揭示间质巨噬细胞向肺泡空间的扩展现象 | 样本量较小（仅9例患者和13例健康对照），需更大规模研究验证 | 验证MoAM作为SSc-ILD严重程度生物标志物及潜在治疗靶点的可行性 | 系统性硬化症相关间质性肺病患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液及肺移植标本 | digital pathology | 间质性肺病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 生物分子数据、空间转录组数据 | 9例SSc-ILD患者和13例健康对照 |
| 206 | 2025-09-15 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
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研究论文 | 研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的转录反应和炎症差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并比较不同毒力菌株的免疫激活特征 | 仅关注体外巨噬细胞感染模型，未涉及体内免疫反应或临床样本验证 | 解析宿主-病原体相互作用机制，为Q热靶向治疗提供依据 | 人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway) | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 细胞因子检测 | 体外细胞感染模型 | 转录组数据 | 人肺泡巨噬细胞感染三种不同毒力菌株 |
| 207 | 2025-09-15 |
STARComm Scalably Detects Emergent Modules of Spatial Cell-Cell Communication in Inflammation and Cancer
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669133
PMID:40832247
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研究论文 | 提出STARComm计算方法，用于从空间转录组数据中检测细胞间通信模块 | 开发可扩展且可解释的计算方法STARComm，能够识别多细胞通信交互模块(MCIMs)，并在2D和3D空间中检测共定位的受体-配体活动 | NA | 空间映射细胞间通信相互作用，促进空间生物学向临床转化 | 人类组织中的细胞间通信，特别是在炎症和癌症背景下 | 空间生物学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过1400万个细胞，涵盖8种癌症类型 |
| 208 | 2025-09-15 |
Longitudinal transcriptomic analysis of SIV-infected rhesus macaques reveals peripheral immune dynamics throughout untreated SIV infection and long-term antiretroviral therapy
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.08.669172
PMID:40832257
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序纵向分析SIV感染恒河猴的外周免疫细胞动态，揭示未治疗感染期及长期抗逆转录病毒治疗期间的免疫变化 | 首次应用纵向scRNA-seq全面描绘SIV感染模型从急性感染到五年ART期间的免疫动态，并发现髓系细胞群中持续的免疫失调特征 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的直接推广需谨慎 | 解析长期HIV感染和抗逆转录病毒治疗下的免疫动态变化 | SIV感染的恒河猴外周血单核细胞 | 免疫学 | HIV感染 | scRNA-seq, IPDA（完整前病毒DNA检测） | NA | 转录组数据 | SIV感染恒河猴的纵向外周血样本 |
| 209 | 2025-09-15 |
BioLLM: A standardized framework for integrating and benchmarking single-cell foundation models
2025-Aug-08, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101326
PMID:40843339
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研究论文 | 提出了一个名为BioLLM的统一框架，用于整合和评估单细胞基础模型在单细胞RNA测序分析中的应用 | 通过标准化API和统一接口解决了单细胞基础模型架构和编码标准异质性的问题，支持无缝模型切换和一致性基准测试 | 框架本身未直接涉及模型性能限制，但评估发现某些模型（如scBERT）因规模小和数据有限而表现较差 | 开发和评估一个标准化框架，以促进单细胞基础模型在生物医学研究中的集成和应用 | 单细胞基础模型（scFMs），包括scGPT、Geneformer、scFoundation和scBERT等 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序分析 | 大语言模型（LLM），包括scGPT、Geneformer等 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及多个单细胞基础模型的综合评估 |
| 210 | 2025-09-15 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 回顾基于图像的细胞表型分析的计算方法进展、当前流程、局限性及未来发展方向 | 深度学习重塑了特征提取、可扩展性和多模态数据整合，单细胞分析和批次效应校正等方法提升了分析精度 | 领域仍面临重大挑战，需要创新性解决方案 | 为研究人员提供该快速进展领域的路线图，导航其进展和新挑战 | 细胞表型分析 | 数字病理学 | NA | 显微镜成像，深度学习 | 深度学习模型 | 图像 | NA |
| 211 | 2025-09-15 |
Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC
2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.05.668666
PMID:40799551
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研究论文 | 本研究探讨结直肠癌中KRAS抑制剂耐药性的并发遗传和非遗传机制 | 结合靶向外显子组测序和单细胞空间转录组学分析，揭示耐药肿瘤中转录适应性状态与遗传事件共存，并发现TBK1作为增强KRAS抑制疗效的潜在靶点 | NA | 探索KRAS抑制剂在结直肠癌治疗中的急性反应及耐药机制 | 结直肠癌患者匹配的治疗前、治疗中和进展期活检样本，以及人和小鼠类器官模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 靶向外显子组测序，单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 来自接受KRAS和EGFR联合抑制治疗患者的匹配活检样本 |
| 212 | 2025-09-15 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7216722/v1
PMID:40799753
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠模型中tectum transversum（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在机制 | 首次通过遗传消融实验证明TTR对维持冠状缝开放的必要性，并发现其可能作为BMP信号通路的屏障 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 阐明TTR在冠状缝发育中的作用机制及其与颅缝早闭的关系 | 小鼠模型的冠状缝发育过程及TTR结构 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 遗传消融、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据、组织形态数据 | NA |
| 213 | 2025-09-15 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Aug-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7232080/v1
PMID:40799738
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研究论文 | 本研究通过分析晚发性阿尔茨海默病（LOAD）的表观基因组数据，识别出两种具有不同小胶质细胞特征的亚型 | 首次在LOAD中基于全基因组DNA甲基化数据识别出两种表观基因组亚型，并揭示了它们独特的小胶质细胞炎症状态和功能机制 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映疾病早期或活体状态下的表观遗传变化 | 识别LOAD的表观遗传亚型并阐明其分子机制和临床意义 | 晚发性阿尔茨海默病患者（死后脑组织） | 表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析，RNA-seq（bulk和单细胞） | 无监督聚类 | 表观基因组数据，转录组数据 | 831例死后脑组织样本（来自三个独立队列） |
| 214 | 2025-09-15 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激状态 | 应用TempO-LINC平台系统分析单细胞水平多种应激反应通路的异质性激活模式 | 仅针对七种化学物质在24小时时间点的响应进行分析，未涵盖更长时间动态或更多化合物 | 开发基于单细胞转录组学的毒理学应激状态解码方法 | 约40,000个暴露于七种化学物质的HepaRG细胞 | 单细胞组学 | 毒理学反应 | 单细胞转录组测序（SCTr），TempO-LINC平台 | 广义Jaccard度量聚类 | 单细胞基因表达数据 | 约40,000个细胞，七种化合物各三个浓度 |
| 215 | 2025-09-15 |
Excitatory Synaptic Transmission Is Differentially Modulated by Opioid Receptors along the Claustrocingulate Pathway
2025-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025
PMID:40670155
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研究论文 | 本研究探讨阿片受体对小鼠前扣带皮层（ACC）中由屏状核（CLA）产生的兴奋性突触传递的调节作用 | 揭示了Kappa阿片受体（KOR）在CLA→ACC通路中独特的单突触传递调节作用，而Mu和Delta受体仅影响慢速、长潜伏期的反复兴奋反应 | 研究基于小鼠脑切片实验，可能无法完全反映体内完整神经环路的复杂性 | 探究阿片受体激活对CLA→ACC神经环路中谷氨酸能信号传递的调节机制 | 小鼠（两性）前扣带皮层L5锥体细胞和屏状核之间的神经连接 | 神经科学 | 疼痛感知与意识相关疾病 | 空间转录组学、脑片电生理学、光遗传学、药理学方法 | NA | 电生理信号数据 | 两性小鼠的脑组织样本 |
| 216 | 2025-09-15 |
Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936
PMID:40686216
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研究论文 | 通过单细胞转录组学比较硬皮病相关性与特发性肺动脉高压的肺组织基因表达差异，探索精准靶向治疗机会 | 首次在单细胞水平揭示SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，并基于转录组数据筛选潜在靶向药物 | 样本量较小（每组仅4例），需进一步验证靶点及治疗效能 | 探究SSc-PAH与IPAH的分子机制差异并为精准治疗提供依据 | 人类肺组织样本（SSc-PAH、IPAH及失败供体各4例） | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex），基因集富集分析，转录因子活性分析，配体-受体信号分析 | Seurat（用于单细胞数据分析） | 单细胞转录组数据 | 12例肺组织（4例SSc-PAH、4例IPAH、4例失败供体） |
| 217 | 2025-09-15 |
IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice
2025-Aug, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70191
PMID:40827457
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研究论文 | 本研究揭示IL-17通过PI3K依赖机制激活感觉神经元并增强结肠传入神经对有害刺激的敏感性 | 首次通过多组学整合分析发现IL-17A在溃疡性结肠炎中的表达上调，并证实IL-17直接激活DRG神经元并通过PI3K通路增强痛觉传导 | 研究主要基于雄性小鼠模型，性别差异影响尚未完全阐明；临床样本来源限于溃疡性结肠炎患者 | 探究炎症性肠病中疼痛介质的分子机制及潜在治疗靶点 | 雄性小鼠背根神经节神经元及人类炎症性肠病结肠活检样本 | 神经免疫学 | 炎症性肠病 | RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、钙成像技术、磁激活细胞分选 | NA | 基因表达数据、细胞成像数据 | 人类溃疡性结肠炎活检样本及小鼠背根神经节神经元 |
| 218 | 2025-09-15 |
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235
PMID:40838019
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研究论文 | 通过整合多个单细胞RNA测序数据构建人眼角膜细胞状态元图谱，并开发机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释与关键转录因子分析 | 整合四篇已发表研究的scRNA-seq数据创建统一的人眼角膜细胞状态元图谱，开发cPredictor工具实现高精度细胞状态注释，并首次整合染色质可及性数据识别驱动细胞状态的关键转录因子 | 依赖已有研究数据的质量和一致性，新型标记基因和转录因子的功能验证仍需进一步实验 | 解决人眼角膜细胞状态注释不一致问题，建立可靠的细胞状态参考体系 | 人眼角膜细胞、多能干细胞来源的角膜类器官 | 单细胞组学分析 | 眼科疾病 | scRNA-seq, 染色质可及性分析, 机器学习, 免疫组化验证 | cPredictor（定制化机器学习流程） | 单细胞转录组数据、表观遗传数据 | 整合四篇已发表研究的scRNA-seq数据集 |
| 219 | 2025-09-15 |
Spatial Domain-Based Approach to Analyze the Mechanism of Sparganii Rhizoma-Curcumae Rhizoma Pair in the Treatment of Colorectal Cancer
2025-Aug, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.70794
PMID:40842663
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学，分析中药药对三棱-莪术在结直肠癌治疗中的空间域特异性机制 | 开发了一种整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学的综合分析方法，用于解构肿瘤微环境中的空间域特异性分子互作机制 | NA | 探究三棱-莪术药对在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的治疗机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的细胞和分子互作 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 220 | 2025-09-15 |
Single-cell sequencing reveals the role of IL-33 + endothelial subsets in promoting early gastric cancer progression
2025-Aug, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70050
PMID:40860436
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示IL-33+内皮细胞亚群在早期胃癌进展中的促进作用 | 构建了包含184,426个高质量细胞的胃癌单细胞图谱，首次发现静脉-1内皮亚群高表达IL-33并通过CD34/PECAM1通路促进血管生成 | 研究主要基于临床样本分析，缺乏体内功能验证实验 | 解析早期胃癌的单细胞特征并寻找预测标志物和治疗靶点 | 早期胃癌患者临床活检和手术样本 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 184,426个高质量胃癌细胞 |