单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2141	2025-03-21	Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类胰腺癌的单细胞图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并揭示了这些细胞类型在PDAC肿瘤微环境中的关系	研究主要依赖于公开的原始数据，可能受到数据质量和一致性的限制	开发基因组资源，以统计学严谨的方式识别新的潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），多重免疫染色	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	229例患者样本，744例bulk RNA-seq样本，22例空间转录组样本，总计70万个细胞
2142	2025-03-21	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	SeqBMC算法通过矩阵分块和矩阵分解技术，有效补全单细胞RNA测序数据中的缺失值，并保留可能存在的生物零值	算法依赖于机器学习方法，可能需要更多的生物学先验知识来进一步提高效果	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达矩阵	NA
2143	2025-03-21	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	本文通过整合分析结肠癌中的semaphorins家族基因，探讨了其在预后和免疫治疗中的潜在价值	开发了一种新的机器学习框架，结合了10种机器学习算法及其101种组合，构建了SEMAs相关评分（SRS），并进行了多组学分析，包括单细胞RNA测序和空间转录组分析	未明确提及研究的局限性	探讨semaphorins家族基因在结肠癌中的预后价值和免疫治疗潜力	结肠癌患者及其相关基因	机器学习	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST）	机器学习算法组合	基因表达数据，单细胞数据，空间转录组数据	未明确提及样本数量
2144	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of shoot apex reveals the mechanism of cyclin regulating cell division via auxin signaling pathway in Populus alba 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1555388 PMID:40104035	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了白杨顶端分生组织的细胞分裂和分化过程，揭示了细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控细胞分裂的机制	首次在单细胞水平上揭示了白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制，特别是生长素信号通路在叶片组织发育中的作用	研究仅基于两个生物学重复，样本量较小，可能影响结果的普适性	研究白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制	白杨顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29,011个细胞，来自两个生物学重复
2145	2025-03-21	Multi-omics approach reveals the impact of prognosis model-related genes on the tumor microenvironment in medulloblastoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1477617 PMID:40104502	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了预后模型相关基因对髓母细胞瘤肿瘤微环境的影响	开发了一个与肿瘤微环境相关的风险评分模型（TMErisk），并利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间RNA分析验证了结果	NA	预测髓母细胞瘤患者的预后并阐明生物学机制	髓母细胞瘤患者	数字病理学	髓母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、空间RNA分析	LASSO-COX模型、COX回归模型	RNA测序数据	322个天坛样本和763个GSE85217样本
2146	2025-03-21	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究旨在通过优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的前分析挑战，包括开发一种适用于FFPE骨髓核心样本的去钙化协议，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究	开发了一种分子和蛋白质友好的去钙化协议，支持下游空间生物学研究，并展示了PhenoCycler-Fusion高plex空间蛋白质组学和Xenium空间转录组学平台在各种肿瘤类型上的良好应用	缺乏系统的方法来确保组织质量、标记完整性和数据可重复性	优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的前分析挑战	多癌组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	数字病理学	多种癌症类型	PhenoCycler高plex免疫组织化学（IHC），Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	多癌组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本
2147	2025-03-20	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a tumor-associated macrophage subpopulation that mediates prostate cancer progression and metastasis 2025-Mar-19, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0791 PMID:40105746	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的动态变化及其在癌症进展和转移中的作用	发现了SPP1+/TREM2+ TAMs亚群在前列腺癌转移中的重要作用，并提出了针对该亚群的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要进一步的大规模临床验证	研究前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其在癌症进展和转移中的作用	前列腺癌患者样本和小鼠模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、图像数据	人类患者样本和小鼠模型
2148	2025-03-20	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据的信息学分析，探索了人类脂肪组织中平滑肌细胞和周细胞的分子定义及其成脂潜力	揭示了人类脂肪组织中周细胞的独特基因表达特征及其在不同脂肪库中的存在，并证明了人类大脑周细胞和主动脉血管平滑肌细胞在体外分化为脂肪细胞的潜力	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境下的验证	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群并测试人类周细胞的成脂潜力	人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类脂肪组织样本
2149	2025-03-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells Accelerates Resolution of Lung Fibrosis in a Humanized Mouse Model 2025-Mar-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本文研究了CTLA4表达的T细胞在肺纤维化消退中的作用，通过人类化小鼠模型验证了ipilimumab治疗的效果	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞上的上调与肺纤维化区域相邻，并验证了ipilimumab治疗加速肺上皮再生和减少纤维化的效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用有限	探讨CTLA4表达的T细胞在肺纤维化消退中的作用	人类特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学和蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	基因表达数据和蛋白质数据	人类IPF样本和小鼠模型
2150	2025-03-20	Targeting the histone reader ZMYND8 inhibits antiandrogen-induced neuroendocrine tumor transdifferentiation of prostate cancer 2025-Mar-18, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00928-z PMID:40102673	研究论文	本文通过CRISPR‒Cas9筛选与单细胞RNA测序追踪肿瘤转变，揭示了抗雄激素治疗诱导的ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用	揭示了ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用，并开发了iZMYND8-34小分子抑制剂以阻断这一过程	NA	研究抗雄激素治疗诱导的前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化的分子机制	前列腺癌神经内分泌肿瘤	表观遗传学	前列腺癌	CRISPR‒Cas9筛选, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2151	2025-03-20	Pan-cancer analysis and experimental verification of cytochrome B561 as a prognostic and therapeutic biomarker in breast cancer 2025-Mar-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02094-1 PMID:40091073	研究论文	本研究探讨了细胞色素B561（CYB561）在泛癌中的表达、其与免疫侵袭的关系及其在乳腺癌（BRCA）患者中的预后价值	首次在泛癌范围内分析CYB561的表达，并验证其在乳腺癌中的预后和治疗生物标志物作用	研究主要依赖于TCGA数据库，缺乏外部验证数据集	探讨CYB561在癌症中的表达模式及其作为乳腺癌预后和治疗生物标志物的潜力	乳腺癌患者及癌细胞系	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序，基因敲除	逻辑回归，Cox回归分析	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本及实验验证的癌细胞系
2152	2025-03-20	Single-cell RNA sequencing revealed cell landscape of tongue dorsal mucosa in rats with gastric intestinal metaplasia 2025-Mar-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02386-z PMID:40090940	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术揭示胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观，并发现与炎症反应和组织屏障完整性受损相关的基因表达变化	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探讨胃肠化生对舌背黏膜细胞景观的影响	胃肠化生大鼠的舌背黏膜	数字病理	胃肠化生	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胃肠化生大鼠模型
2153	2025-03-20	Genetic insights into idiopathic pulmonary fibrosis: a multi-omics approach to identify potential therapeutic targets 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06368-8 PMID:40091050	研究论文	本文通过多组学方法识别特发性肺纤维化（IPF）的潜在治疗靶点，并评估其安全性	结合基因组和转录组数据，使用转录组范围关联研究（TWAS）和孟德尔随机化（MR）方法，识别出6个关键基因作为IPF的潜在药物靶点	研究依赖于现有的GWAS和转录组数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别特发性肺纤维化的潜在治疗靶点并评估其安全性	特发性肺纤维化（IPF）患者	基因组学	特发性肺纤维化	转录组范围关联研究（TWAS）、孟德尔随机化（MR）、RNA-seq、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据	发现数据集中的696个基因和复制数据集中的986个基因，其中126个基因重叠
2154	2025-03-20	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic changes in the liver microenvironment during colorectal cancer metastatic progression 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06351-3 PMID:40091048	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌转移过程中肝脏微环境的动态变化	首次在结直肠癌转移过程中识别出具有高Prok2表达的中性粒细胞亚群，并揭示了其在免疫抑制中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	研究结直肠癌转移过程中肝脏微环境的变化及其对预后的影响	结直肠癌转移过程中的肝脏微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	转录组数据	使用原位小鼠模型进行实验
2155	2025-03-20	BRAF mutation cancer, colorectal cancer, tumor associated lymph node structure and immune microenvironment study: MAPK protein kinase molecular action and SIRPG-CD47 protein signaling pathway 2025-Mar-16, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142191 PMID:40101830	研究论文	本研究系统评估了BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响，特别是对TLS成熟和功能的影响	通过单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析和空间转录组分析，探索了细胞间通讯和功能富集分析，揭示了BRAF突变对T细胞亚群和B细胞亚群的影响	研究主要基于临床样本，缺乏大规模队列验证	评估BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响	结直肠癌患者的临床样本	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、空间转录组分析、免疫组化、多重荧光染色技术	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	结直肠癌患者的临床样本
2156	2025-03-20	Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies 2025-Mar-14, Oncology research and treatment IF:2.0Q3 DOI:10.1159/000543806 PMID:40090318	综述	本文探讨了CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的应用现状，强调了正在进行的临床试验，并讨论了未来多靶点策略的发展以改善患者预后	提出了多靶点策略（如逻辑门CARs、适配器CARs或联合疗法）以克服肿瘤细胞的免疫逃逸，增加治疗的持久性	需要更大规模的临床试验来验证多靶点策略的有效性	提高CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的疗效，减少免疫逃逸	淋巴和髓系恶性肿瘤患者	NA	淋巴瘤、多发性骨髓瘤	下一代测序（NGS）、直接随机光学重建显微镜（dSTORM）、多参数流式细胞术、CRISPR筛选、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2157	2025-03-20	Interrogating mediators of single-cell transcriptional changes in the acute damaged cerebral cortex: Insights into endothelial-astrocyte interactions 2025-Mar-14, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2025.104003 PMID:40090391	研究论文	本文研究了内皮细胞EphA4在调节受损大脑皮层细胞特异性转录组变化中的作用，特别是在星形胶质细胞和内皮细胞之间的相互作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了EphA4特异性敲除对星形胶质细胞基因表达和亚群分布的显著影响，并发现了一个新的Sox9+星形胶质细胞亚群	研究主要基于实验性创伤性脑损伤模型，可能无法完全反映人类创伤性脑损伤的复杂性	探讨创伤性脑损伤后内皮细胞和星形胶质细胞之间的相互作用及其对转录组变化的影响	受损大脑皮层中的内皮细胞和星形胶质细胞	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
2158	2025-03-20	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据，并开发了工具alevin-fry-atac	提出了基于虚拟颜色的伪对齐方案，显著提高了单细胞ATAC-seq数据的处理速度和内存效率	未明确提及具体局限性	开发一种快速且内存高效的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组数据	NA
2159	2025-03-20	A comprehensive analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq unveils B cell immune suppression in the AAV-loaded brain 2025-03-05, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09609-6 PMID:40044925	研究论文	本研究利用转录组和单细胞RNA测序数据，结合孟德尔随机化分析，揭示了XBP1蛋白通过MDK-NCL配体-受体对及相关基因在脑中介导B细胞免疫抑制的潜在作用	首次结合scRNA-Seq和RNA-Seq数据，揭示了AAV载体在脑中诱导的B细胞免疫抑制机制，特别是XBP1蛋白的作用	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索AAV载体在脑中诱导的免疫抑制机制及其在免疫治疗中的潜在应用	AAV载体在脑中诱导的免疫反应，特别是B细胞的免疫抑制	生物信息学	NA	scRNA-Seq, RNA-Seq, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
2160	2025-03-20	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据分析中的107个成功应用案例，并探讨了未来研究方向	当前研究存在潜在不足，未来需要进一步探索	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用	单细胞组学数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	图神经网络（GNNs）及其六种变体	单细胞组学数据	77个公开可用的单细胞数据集