单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2121	2025-07-22	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，构建了一个包含多种神经系统疾病的免疫细胞参考数据库	发现了一个新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅存在于脑脊液中且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的整合，可能存在数据异质性问题	阐明神经系统疾病的病理生理学机制	人类脑脊液和血液中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	139名受试者（包括135份脑脊液样本和58份血液样本）
2122	2025-07-22	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背缝核（DRN）基因表达的空间差异，并发现了与疾病相关的特定基因和亚区域	首次在阿尔茨海默病模型中应用Visium空间基因表达平台，揭示了DRN亚区域在疾病发展中的差异性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能与tau磷酸化调控相关	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况，且需要进一步验证Map2k3os的具体作用机制	探索5-HT神经元对阿尔茨海默病病理易感性或抵抗性的潜在遗传因素	人tau过表达小鼠（htau小鼠）的背缝核（DRN）	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组织化学评估	htau小鼠模型	空间转录组数据、图像数据	未明确说明，使用htau小鼠作为研究对象
2123	2025-07-22	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	研究论文	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，细化乳腺癌遗传风险和生物学	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并对其中50个信号将可信因果变异缩小到单一变异	NA	细化乳腺癌遗传风险和生物学	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照的基因组关联研究数据	基因组学	乳腺癌	基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、体外实验	NA	基因组数据	172,737名病例和242,009名对照
2124	2025-07-22	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸前后的肿瘤亚群及其基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序揭示轻链逃逸现象背后的转录组亚群，并发现LAMP5过表达与骨溶解性病变风险相关	研究仅基于一个患者的样本，结果需要更大规模的研究验证	理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的生物学基础及其临床意义	多发性骨髓瘤患者的骨髓活检样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外药物敏感性测试	NA	RNA测序数据	一个患者的多个时间点骨髓活检样本(诊断时、首次复发、复发/难治阶段)
2125	2025-07-22	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	开发了一种名为3D-spaGNN-E的方法，用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在3D空间中解析亚细胞基因邻近关系	NA	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系	间充质干细胞、外周血单核细胞、星形胶质细胞和神经元	空间转录组学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自动编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞水凝胶培养物、MSC-PBMC共培养系统、小鼠下丘脑和皮层组织
2126	2025-07-22	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发适用于多种组织和肿瘤类型的分子和蛋白质友好型脱钙协议，以及构建多癌种组织微阵列（TMA），实现了对空间蛋白质组学和转录组学数据的系统性质量评估	开发了一种分子和蛋白质友好型脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究，并构建了多癌种组织微阵列（TMA）	研究中未提及样本量的具体数据，且可能受限于特定技术平台（如PhenoCycler-Fusion和Xenium）的可用性	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的分析前挑战	多癌种组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	空间生物学	多癌种	PhenoCycler高多重免疫组化（IHC）、Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
2127	2025-07-22	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	本文通过RNA测序技术研究了哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序了哮喘诱导下肺神经免疫景观的变化，并揭示了基因在迷走神经节中的空间分布模式	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠迷走神经节和肺组织	生物医学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	使用naïve小鼠和经链格孢菌诱导哮喘的小鼠
2128	2025-07-21	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本研究探讨了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次揭示了CRABP2作为腹膜转移相关基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌细胞系、动物模型和临床样本	肿瘤生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及临床样本和实验模型
2129	2025-07-21	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过识别与乳酸化相关的枢纽基因，探索了其在胸主动脉夹层（TAD）中的治疗和诊断潜力	首次揭示了乳酸化在TAD中的关键作用，并鉴定了12个乳酸化相关枢纽基因（LRHGs），包括LDHA，作为潜在的治疗靶点和诊断标志物	研究主要基于小鼠模型和有限的人类主动脉组织样本，需要进一步在更大规模的人类队列中验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层（TAD）发病机制中的作用，并寻找新的治疗和诊断靶点	胸主动脉夹层（TAD）患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），WGCNA，ROC分析	β-氨基丙腈（BAPN）诱导的小鼠模型	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	小鼠模型和人类主动脉组织样本，具体数量未明确说明
2130	2025-07-21	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	探讨Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展和化疗耐药的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明癌症相关成纤维细胞(CAFs)外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、骨肉瘤细胞系、小鼠模型	肿瘤分子生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、CCK8、Edu实验	小鼠皮下骨肉瘤模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据、动物实验数据	骨肉瘤患者血清和组织样本(数量未明确)、体外细胞实验、小鼠模型
2131	2025-07-21	Amorphous calcium zinc phosphate promotes macrophage-driven alveolar bone regeneration via modulation of energy metabolism and mitochondrial homeostasis 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.06.053 PMID:40677756	研究论文	研究无定形钙锌磷酸盐（ACZP）纳米颗粒通过调节能量代谢和线粒体稳态促进巨噬细胞驱动的牙槽骨再生	开发了ACZP纳米颗粒作为免疫调节纳米材料，通过抑制内质网-线粒体耦联、减少病理性钙转移，并将巨噬细胞代谢从糖酵解转向氧化磷酸化（OXPHOS）来加速骨再生	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索钙磷酸盐基材料促进骨形成的机制，并开发新型免疫调节材料用于牙槽骨再生	新西兰白兔的牙槽骨缺损	组织工程与再生医学	牙槽骨缺损	单细胞RNA测序	NA	NA	新西兰白兔的牙槽骨缺损模型
2132	2025-07-21	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	本研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R信号通路诱导组蛋白H3赖氨酸18乳酸化（H3K18la）促进肿瘤干细胞样重编程的机制	首次揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴促进SACC干细胞样重编程的分子机制，并发现同时阻断TGF-βR1和IGF1R可最大程度抑制这一过程	未明确TA-SCs与其他肿瘤微环境成分的相互作用机制，且临床样本量有限	阐明TA-SCs在SACC进展和干细胞样重编程中的作用机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞	肿瘤微环境研究	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、三维成像数据	未明确说明具体样本数量（使用GEO数据库单细胞RNA测序数据）
2133	2025-07-21	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演变	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗过程中骨髓微环境的重塑动态，并提出了预测治疗反应的预后标志物及克服耐药性的临床策略	研究样本量有限，且耐药机制验证主要在细胞系模型中进行	阐明急性髓系白血病患者对venetoclax治疗的耐药机制及骨髓微环境动态变化	接受DAV方案（venetoclax/地西他滨/阿糖胞苷）治疗的AML患者骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	治疗前后配对的AML患者骨髓样本（具体数量未明确）
2134	2025-07-21	Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874 PMID:40516322	研究论文	本研究探讨了染色体不稳定性（CIN）在食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中的作用及其机制	揭示了CIN与脂质相关巨噬细胞（LA-TAMs）之间的新联系，以及CIN在ESCC淋巴结转移克隆进化中的关键作用	研究主要基于实验室数据和临床标本分析，需要更多临床验证	探究CIN在ESCC淋巴结转移中的功能影响和分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）的淋巴结转移	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、基因组测序、空间蛋白质分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	匹配的原发性ESCC样本、ESCC类器官和临床标本
2135	2025-07-21	The role of tumor microenvironment and immune cell crosstalk in triple-negative breast cancer (TNBC): Emerging therapeutic opportunities 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217865 PMID:40516902	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）与免疫细胞互作的研究现状，并探讨了新兴的治疗机会	整合了单细胞RNA测序、空间分析等多组学数据，揭示了TME中免疫细胞的异质性及关键调控因子，如TK1、MUC1-C和CXCL9，并提出了针对免疫检查点、Treg活性和细胞焦亡的新疗法	未来研究需结合多组学数据、空间转录组学和患者来源模型以优化治疗策略	探讨TNBC中TME与免疫细胞的互作机制，并开发个性化治疗方案	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤微环境及免疫细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观遗传学分析（如HDAC抑制）	NA	基因组数据、转录组数据、空间互作数据	NA（未提及具体样本量，但涉及患者种族差异的免疫浸润分析）
2136	2025-07-21	Targeting the cholinergic-astrocyte axis: A novel strategy for brain metastasis prevention in lung adenocarcinoma 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870 PMID:40516905	研究论文	本研究探讨了胆碱能代谢在肺腺癌脑转移中的作用，并提出了通过靶向胆碱能-星形胶质细胞轴预防脑转移的新策略	首次揭示了胆碱能代谢通过双重促转移机制（免疫抑制和血脑屏障破坏）促进脑转移，并发现AChE抑制剂多奈哌齐具有显著的预防效果	研究样本量相对有限（875例RNA测序数据和280例组织微阵列验证），且机制研究主要基于体外实验	探索肺腺癌脑转移的发病机制并开发预防策略	肺腺癌患者及其脑转移病灶	癌症研究	肺腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、组织样本	875例RNA测序病例和280例组织微阵列验证病例，以及26个脑转移灶和8个正常脑组织样本
2137	2025-07-21	Neoadjuvant PD-1 blockade induces the autophagy of immune cells: a new target for synergistic therapy of recurrent glioblastoma 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102119 PMID:40678806	研究论文	研究探讨了新辅助PD-1阻断如何通过调节免疫细胞自噬影响复发性胶质母细胞瘤的治疗效果	发现新辅助PD-1阻断显著增加淋巴样细胞的自噬比例，并鉴定出L + M细胞作为关键免疫组分以及核糖霉素作为潜在协同治疗药物	未完全阐明新辅助PD-1阻断影响的具体免疫细胞亚群及其调控机制	探索新辅助PD-1阻断对免疫细胞自噬的调控作用及其在复发性胶质母细胞瘤治疗中的潜在应用	复发性胶质母细胞瘤（GBM.rec）及接受新辅助PD-1阻断治疗的胶质母细胞瘤（GBM.PD1）组织样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及GBM.rec和GBM.PD1组织样本
2138	2025-07-21	Chemokine CCL12 in trigeminal ganglion contributes to CFA-induced mechanical allodynia in mice 2025-Aug-06, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.026 PMID:40517940	研究论文	本研究探讨了CCL12在三叉神经节中对CFA诱导的小鼠机械性痛觉过敏的作用	首次揭示CCL12通过促进巨噬细胞浸润及IL-6和TNF-α的产生，在CFA诱导的口面部痛觉过敏中发挥作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究CCL12在慢性炎症性疼痛中的作用机制	小鼠三叉神经节及脊髓三叉神经尾侧核	神经科学	慢性疼痛	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、腺相关病毒(AAV)干扰	小鼠CFA诱导的口面部疼痛模型	基因表达数据、行为学数据	未明确提及具体样本量，使用小鼠模型
2139	2025-07-21	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-Aug, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	通过单细胞测序技术揭示了TANs的广泛亚型，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群之间的区别与共性	目前缺乏全面的TANs分类系统	探讨TANs在癌症免疫治疗中的亚型及其功能	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
2140	2025-07-21	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-Aug, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	研究论文	探讨Piezo1在软骨生长和骨关节炎中对纤维软骨干细胞（FCSC）的调控作用	首次揭示Piezo1作为机械敏感离子通道在颞下颌关节（TMJ）软骨发育和骨关节炎中的关键作用，并证明其在病理条件下的保护性功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用有限，且未深入探讨Piezo1的具体分子机制	研究Piezo1在颞下颌关节软骨发育和骨关节炎中的作用及其潜在治疗价值	人类颞下颌关节样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组织化学分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件性敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）