单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2121	2025-03-01	Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253 PMID:39891910	研究论文	本文研究了急性应激诱导的焦虑样行为的神经和分子机制，发现S1Tr区域的GABA能生长抑素神经元在这一过程中起关键作用	揭示了急性应激通过AUD-S1Tr投射中的Pde4b调控的cAMP信号通路影响S1Tr神经元活动，从而调控焦虑行为的分子机制	研究主要聚焦于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索急性应激诱导焦虑行为的神经和分子机制	小鼠的S1Tr区域GABA能生长抑素神经元	神经科学	焦虑症	单细胞测序、空间转录组测序	NA	基因表达数据	NA
2122	2025-03-01	A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240 PMID:39893633	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱，并利用跨物种注释预测了保守的组织特异性标记基因和调控网络	利用跨物种注释方法解决了小麦等非模式植物中单细胞RNA测序数据的准确注释问题，并预测了进化上保守的组织特异性标记基因	研究主要依赖于跨物种注释，可能忽略了物种特异性基因的功能	构建小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱，并预测保守的组织特异性标记基因和调控网络	小麦根尖分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
2123	2025-03-01	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次揭示了MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自特发性肺纤维化患者，样本量和多样性有限	研究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的角色及其保护机制	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱分析、适应性转移	NA	RNA测序数据	小鼠模型和特发性肺纤维化患者的样本
2124	2025-03-01	Th1-poised naive CD4 T cell subpopulation reflects anti-tumor immunity and autoimmune disease 2025-Feb-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57237-3 PMID:40000667	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别了小鼠和人类幼稚CD4 T细胞中的不同亚群，特别关注了一个表达超高水平IL-7R的亚群，并探讨了其在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中的作用	揭示了幼稚CD4 T细胞的异质性，并识别了一个具有Th1倾向的亚群，该亚群在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中发挥重要作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的相关性分析，需要进一步的功能性实验验证	探讨幼稚CD4 T细胞的异质性及其在疾病中的作用	小鼠和人类的幼稚CD4 T细胞	免疫学	癌症, 多发性硬化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠和人类样本
2125	2025-03-01	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	本文介绍了Crescendo算法，用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	Crescendo算法能够在基因表达水平上校正批次效应，从而在多样本中准确可视化基因表达模式，并增强空间转录组分析以检测基因共定位和配体-受体相互作用	NA	校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术、单细胞RNA测序技术	Crescendo算法	单细胞空间转录组数据	三个数据集，涵盖170,000到700万个单细胞
2126	2025-03-01	Single-cell multi-omics analysis identifies SPP1+ macrophages as key drivers of ferroptosis-mediated fibrosis in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Feb-25, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00746-6 PMID:40001138	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了SPP1+巨噬细胞在铁死亡介导的黄韧带肥厚纤维化中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学整合分析，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴调控高铁死亡评分成纤维细胞的铁死亡，从而促进黄韧带肥厚纤维化的机制	研究主要基于单细胞测序和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探讨黄韧带肥厚纤维化的细胞和分子机制	人类黄韧带样本和小鼠模型	数字病理	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化（MR）	NA	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	人类黄韧带样本和小鼠模型
2127	2025-03-01	Revolutionizing the treatment of intervertebral disc degeneration: an approach based on molecular typing 2025-Feb-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06225-8 PMID:40001145	研究论文	本文提出了一种基于分子分型的椎间盘退变（IVDD）治疗方法，通过单细胞RNA测序和多组学数据分析，开发了精确的IVDD风险分层系统，并验证了分子分型在转化医学中的应用	首次开发了基于软骨细胞分化和预后的IVDD分子分型系统，并通过体外实验验证了特定抑制剂的有效性	研究主要基于体外实验，缺乏大规模临床试验验证	开发一种基于分子分型的椎间盘退变精准治疗方法	椎间盘退变（IVDD）患者	生物信息学	椎间盘退变	单细胞RNA测序，多组学数据分析	ConsensusClusterPlus分析	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了GEO数据库中的多组学数据
2128	2025-03-01	Targeting RECQL4 in hepatocellular carcinoma: from prognosis to therapeutic potential 2025-Feb-25, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02107-6 PMID:40001159	研究论文	本研究评估了RECQL4在肝细胞癌（HCC）中的临床效用，探讨其作为预后标志物的潜力及其与多种生物过程、血管生成相关因子、免疫细胞浸润、免疫检查点和药物敏感性的关联	首次系统评估RECQL4在HCC中的表达及其与预后、生物过程、免疫细胞浸润和药物敏感性的关系，并通过实验验证了其功能	研究主要基于TCGA数据库和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	评估RECQL4在HCC中的预后价值和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝癌	qPCR, Western blotting, CCK-8 assay, EdU assay, clonogenic assay, wound-healing assay, transwell assay, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据	TCGA数据库中的HCC样本及HCC细胞系Hep3B和Huh7
2129	2025-03-01	Molecular profiling of skin cells identifies distinct cellular signatures in radiation-induced skin injury across various stages in the murine dataset 2025-Feb-25, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00596-w PMID:40001256	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细分析了辐射诱导皮肤损伤（RISI）在不同阶段的分子特征，揭示了细胞亚群和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析辐射诱导皮肤损伤的细胞亚群和分子机制，揭示了循环角质形成细胞、分泌乳头状成纤维细胞和淋巴内皮细胞在RISI中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	增强对辐射诱导皮肤损伤的分子机制的理解，为治疗提供新的靶点	C57BL/6小鼠的皮肤细胞	数字病理学	皮肤损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、多重免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据	71,412个细胞，来自C57BL/6小鼠的皮肤样本
2130	2025-03-01	Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects 2025-Feb-24, American journal of hypertension IF:3.2Q2 DOI:10.1093/ajh/hpaf027 PMID:39989120	研究论文	本文探讨了内皮细胞在心血管生理和疾病中的表型可塑性机制及其治疗前景	利用单细胞RNA测序技术深入揭示了内皮细胞的分子多样性和转录异质性，并探讨了内皮细胞表型转换在心血管疾病中的作用	文章未明确提及具体的研究样本量或实验设计的局限性	研究内皮细胞的表型可塑性及其在心血管疾病中的机制，以开发靶向治疗策略	内皮细胞及其在不同血管床和发育阶段的表型转换	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
2131	2025-03-01	Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States 2025-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL26200 PMID:40018926	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在牙齿和牙周组织研究中的应用，揭示了这些组织的复杂细胞组成，并识别了新的细胞类型及其谱系	通过scRNA-seq技术揭示了牙齿和牙周组织在健康和病理状态下的细胞组成变化及细胞间通讯模式的改变	NA	探索牙齿和牙周组织的形成、稳态及再生机制，以及疾病状态下的细胞变化	牙齿和牙周组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
2132	2025-03-01	Advances and Challenges in Modeling Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease: A Focus on Kidney Organoids 2025-Feb-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020523 PMID:40002937	综述	本文综述了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）模型的最新进展，特别是肾脏类器官构建技术的创新，以及这些技术在疾病机制研究和药物发现中的应用	利用iPSC衍生的ADPKD类器官模型，结合微流体生物反应器培养系统和单细胞转录组学等新兴技术，提供了更直接的病理表型观察和疾病机制探索	当前技术存在血管化和成熟度不足的问题，限制了模型的准确性	总结ADPKD类器官构建的最新进展，探讨当前技术的局限性，并提出未来突破的关键问题	常染色体显性多囊肾病（ADPKD）	数字病理学	肾脏疾病	微流体生物反应器培养系统, 单细胞转录组学	iPSC衍生的ADPKD类器官模型	NA	NA
2133	2025-03-01	The Endothelial Cell-Related Genes EIF1 and HSPA1B Contribute to the Pathogenesis of Alzheimer's Disease by Modulating Peripheral Immunoinflammatory Responses 2025-Feb-16, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15020205 PMID:40002537	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的作用，特别是通过调节外周免疫炎症反应	首次识别出内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B与AD进展相关，并揭示了它们通过调节外周免疫炎症反应参与AD发病机制的潜在分子机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证这些基因在AD中的具体作用机制	探讨内皮细胞相关基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用	内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO回归和随机森林算法	RNA测序数据	单细胞RNA测序数据集GSE157827及队列外周血RNA测序数据
2134	2025-03-01	EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma Cell-Derived Exosomal miR-651-5p Induces CD8+ T Cell Apoptosis via Downregulating BCL2 Expression 2025-Feb-15, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020482 PMID:40002895	研究论文	本文研究了EGFR突变型肺腺癌细胞通过外泌体miR-651-5p诱导CD8+ T细胞凋亡的机制，并探讨了miR-651-5p拮抗剂在增强PD-1抑制剂疗效中的作用	揭示了EGFR突变型肺腺癌细胞通过外泌体miR-651-5p诱导CD8+ T细胞凋亡的新机制，并提出了miR-651-5p拮抗剂与PD-1抑制剂联合治疗的新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	探讨EGFR突变型非小细胞肺癌（NSCLC）患者对PD-1或PD-L1抑制剂疗效不佳的机制，并寻找新的治疗策略	EGFR突变型肺腺癌细胞、CD8+ T细胞、外泌体miR-651-5p	肿瘤免疫学	肺癌	小RNA测序、单细胞测序、流式细胞术、小鼠模型	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	临床标本、小鼠模型
2135	2025-03-01	Assessing the Causal Relationship Between Plasma Proteins and Pulmonary Fibrosis: A Systematic Analysis Based on Mendelian Randomization 2025-Feb-14, Biology DOI:10.3390/biology14020200 PMID:40001968	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法评估血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，并识别潜在药物靶点	首次系统性地通过孟德尔随机化方法分析血浆蛋白与肺纤维化的因果关系，并结合多种生物信息学方法评估靶点的生物学功能和药理潜力	研究依赖于已有的GWAS和pQTL数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，识别潜在药物靶点	血浆蛋白和肺纤维化	生物信息学	肺纤维化	孟德尔随机化、富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、药物预测、分子对接、单细胞测序	NA	基因组数据、蛋白质数据	血浆蛋白数据样本量35,559，肺纤维化相关GWAS数据样本量469,126
2136	2025-03-01	The Involvement of RIPK1 in Alopecia Areata 2025-Feb-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041565 PMID:40004031	研究论文	本文研究了受体相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶1（RIPK1）在斑秃（AA）中的作用	首次探讨了RIPK1在斑秃中的参与机制，并发现RIPK1抑制剂可以延缓斑秃的发生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RIPK1在斑秃发病机制中的作用	小鼠模型中的皮肤组织、树突状细胞（DCs）和CD8 T细胞	NA	斑秃	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA和蛋白质表达数据	小鼠模型
2137	2025-03-01	Towards the Prediction of Responses to Cancer Immunotherapy: A Multi-Omics Review 2025-Feb-12, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life15020283 PMID:40003691	综述	本文综述了利用多组学特征预测肿瘤免疫治疗反应的最新进展	强调了TMB、新抗原、MSI和突变特征在预测ICI反应中的重要性，整合了bulk和单细胞RNA测序以增强对肿瘤免疫微环境的理解	需要大规模和多样化的临床数据集，多组学数据的标准化，以及模型的可解释性	预测肿瘤免疫治疗反应	肿瘤患者	机器学习	癌症	高通量技术，如肿瘤突变负荷（TMB）、基因表达谱和DNA甲基化谱	传统机器学习和深度学习框架	多组学数据	NA
2138	2025-03-01	Single-Cell RNA Sequencing in Unraveling Acquired Resistance to EGFR-TKIs in Non-Small Cell Lung Cancer: New Perspectives 2025-Feb-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041483 PMID:40003951	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在非小细胞肺癌中对EGFR-TKIs获得性耐药机制研究中的关键作用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示EGFR-TKIs获得性耐药机制中的创新应用，特别是在肿瘤微环境和细胞异质性分析方面的潜力	现有对EGFR-TKI耐药机制的理解仍不完整，传统方法在整体细胞水平的均值分析中难以充分揭示耐药发展过程	探索非小细胞肺癌中EGFR-TKIs获得性耐药机制，推动精准医学的发展	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2139	2025-03-01	From Local to Systemic: The Journey of Tick Bite Biomarkers in Australian Patients 2025-Feb-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041520 PMID:40003986	研究论文	本文探讨了澳大利亚患者中蜱叮咬生物标志物从局部到全身的旅程，旨在通过血液样本检测反映局部组织过程的生物标志物	首次比较了蜱叮咬部位皮肤活检与同时获取的外周血样本的分子特征，揭示了蜱叮咬后皮肤中的分子事件可以在全身检测到	样本量有限	研究蜱叮咬后局部皮肤事件在血液中的系统性反映，以开发诊断或预后工具	澳大利亚患者的蜱叮咬部位皮肤活检和外周血样本	生物医学研究	蜱相关疾病	多组学数据分析（包括细胞和细胞外转录组学、蛋白质组学、代谢组学和DNA甲基化）	NA	分子数据（转录组、蛋白质组、代谢组、DNA甲基化）	有限样本量
2140	2025-03-01	Single-Cell Sequencing Reveals the Role of Radiation-Induced Stemness-Responsive Cancer Cells in the Development of Radioresistance 2025-Feb-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041433 PMID:40003899	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了放疗过程中癌症细胞干性增加对放疗抵抗性的影响	发现了放疗早期阶段癌症细胞干性显著上调的现象，并筛选出了一种称为‘辐射诱导的干性响应癌细胞’的亚群，揭示了其在放疗抵抗性发展中的关键作用	研究仅基于人类非小细胞肺癌A549细胞系，未涉及其他类型的癌症细胞或体内模型	研究放疗过程中癌症细胞干性变化及其对放疗抵抗性的影响	人类非小细胞肺癌A549细胞及其放疗抵抗性细胞（A549-RR）	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	人类非小细胞肺癌A549细胞及其放疗抵抗性细胞（A549-RR）