单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10572 篇文献，本页显示第 2121 - 2140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2121 | 2026-04-17 |
Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes
2025-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419
PMID:40318561
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了干燥综合征患者外周血单个核细胞中B细胞和T细胞独特的基因表达模式和异常的激活状态 | 首次在干燥综合征患者中应用单细胞转录组学结合机器学习方法，系统揭示了B细胞和T细胞中独特的基因表达特征和激活状态改变 | 研究样本量未明确说明，且仅分析了外周血单个核细胞，未直接研究唾液腺等靶器官中的免疫细胞 | 探究干燥综合征的发病机制，识别参与疾病过程的细胞类型和功能变化 | 干燥综合征患者和症状性非干燥综合征对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2122 | 2026-04-17 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
|
研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型，结合多参数流式细胞术、群体转录组分析和单细胞RNA/TCR测序，揭示了肺和肝脏中浸润T细胞在转录程序和克隆扩增方面的器官特异性差异 | 首次在aGVHD模型中系统揭示组织微环境信号如何独立于抗原特异性驱动T细胞的器官特异性转录程序和克隆进化 | 研究基于非人灵长类动物模型，临床转化需进一步验证；单细胞测序样本量相对有限 | 探究组织特异性T细胞免疫应答在急性移植物抗宿主病中的机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 | 非人灵长类动物模型样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 2123 | 2026-04-15 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
|
研究论文 | 本研究通过斑马鱼模型和人类样本，揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤细胞表型可塑性转换的机制 | 首次证明机械限制通过HMGB2蛋白介导的染色质重塑驱动黑色素瘤细胞在增殖与侵袭状态间的可逆转换 | 研究主要基于斑马鱼模型，人类样本验证相对有限，且机械限制的具体物理参数尚未完全量化 | 探究黑色素瘤细胞表型可塑性转换的外部触发机制 | 黑色素瘤细胞（斑马鱼模型及人类样本） | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、单细胞转录组学、形态学分析、定量建模 | NA | 转录组数据、形态学图像 | 斑马鱼黑色素瘤模型及人类肿瘤样本（具体数量未明确） | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2124 | 2026-04-15 |
Amoeboid-Mesenchymal Transition and the Proteolytic Control of Cancer Invasion Plasticity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684403
PMID:41278919
|
研究论文 | 本文研究了癌症细胞在侵袭过程中通过阿米巴-间质转化和蛋白水解控制来调节侵袭可塑性的机制 | 意外发现阿米巴型和间质型侵袭程序均涉及通过ECM屏障的主动隧道形成和基质降解金属蛋白酶的表达，并强调MMP14在维持核完整性和支持侵袭活性中的关键作用 | 研究主要基于癌症球体-3D基质模型、单细胞RNA测序和人组织外植体，可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 探究控制间质与阿米巴侵袭的机制，特别是MMP14在癌症侵袭可塑性中的角色 | 癌症细胞，包括在3D基质模型和人乳腺癌组织外植体中的侵袭行为 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，免疫组织化学分析，CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据，组织图像 | 未明确指定样本数量，但涉及癌症球体模型和人组织外植体 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 2125 | 2026-04-15 |
RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.11.669542
PMID:40832184
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学数据中被现有分析方法遗漏的独特表达模式 | RESCUE能够捕获脆弱或代表性不足的细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等现有方法可能忽略的重要表达模式 | NA | 开发一种计算方法来改善空间转录组学数据分析的完整性和准确性 | 空间转录组学数据，特别是来自蜜蜂大脑的MERFISH数据及其他ST数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，MERFISH | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学，MERFISH | NA | NA |
| 2126 | 2026-04-14 |
Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted
2025-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08466-x
PMID:39843748
|
研究论文 | 本研究探讨了小肠中组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的空间和时间印记机制 | 利用空间转录组学、小鼠模型和新型光学编码基因扰动策略，揭示了肠道结构区域化信号支持两种不同T细胞状态，并开发了计算方法来可视化细胞类型和基因表达的空间时间分布 | NA | 研究组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源和机制 | 人类样本和小鼠模型中的病原体特异性CD8 T细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单转录本分辨率分析 | NA | 转录组数据, 空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2127 | 2026-04-14 |
Cell motility influences microfluidics capturing in scRNA-seq
2025, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.19781.2
PMID:41971304
|
研究论文 | 本研究探讨了微流体捕获方法在单细胞RNA测序中对运动性细胞（如鞭毛寄生虫）的适用性，并提出了一种快速冷却策略以提高封装效率 | 首次系统研究了微流体系统对运动性细胞的捕获偏差，并开发了一种通过快速冷却至0°C来降低细胞运动性、避免转录组变化的优化方法 | 研究仅针对鞭毛寄生虫在10x Genomics平台上的应用，未涵盖其他运动性细胞类型或微流体系统，且样本规模可能有限 | 优化微流体单细胞RNA测序协议，以更准确地捕获和分析运动性细胞，避免因细胞运动性导致的亚群丢失偏差 | 鞭毛寄生虫（具体物种未在摘要中明确说明） | 单细胞测序技术 | 寄生虫感染（未指定具体疾病） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium（推断，基于平台描述） | 10x Genomics微流体单细胞RNA测序平台（具体配置未详细说明） |
| 2128 | 2026-04-13 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09653-0
PMID:41125888
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段转换和宿主-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术，系统解析了疟原虫在按蚊中肠内的发育过程，并发现了PfSIP2转录因子在子孢子感染人肝细胞中的关键作用 | 研究主要基于实验室模型，尽管验证了野外来源的寄生虫，但实际自然环境中的复杂性可能未被完全覆盖 | 探究疟原虫在按蚊中肠内的发育机制和宿主-寄生虫相互作用，以寻找阻断传播的策略 | 恶性疟原虫和按蚊中肠细胞 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 多个发育阶段和代谢条件下的寄生虫和蚊子细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2129 | 2026-04-13 |
EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.660984
PMID:40666973
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理细胞外囊泡RNA测序数据，以提高RNA生物标志物和细胞间通信研究的准确性和鲁棒性 | EVscope采用优化的全基因组期望最大化算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读段分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析，这是现有工具所不具备的功能 | NA | 开发一个标准化的计算工作流程，以应对细胞外囊泡RNA测序数据分析中的挑战，包括低丰度、片段化及污染问题 | 细胞外囊泡RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 总RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2130 | 2026-04-12 |
Comparative analysis of human and mouse ovaries across age
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0659
PMID:41066539
|
研究论文 | 本研究通过三维成像、单细胞转录组学和功能实验，比较了人类和小鼠卵巢在衰老过程中的差异 | 首次构建了跨物种卵巢衰老的比较图谱，揭示了物种特异性和年龄相关的转录与信号差异，并发现了卵巢交感神经在卵泡生成中的作用 | 研究可能未涵盖所有卵巢细胞类型或衰老阶段，且功能验证主要在小鼠中进行 | 比较人类和小鼠卵巢的生物学特征，特别是衰老过程中的变化 | 人类和小鼠的卵巢组织 | 单细胞生物学 | 生殖衰老 | 三维成像、单细胞转录组学、功能研究 | NA | 图像数据、转录组数据 | 未明确说明样本数量，但涉及人类和小鼠卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2131 | 2026-04-12 |
Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry
2025-11-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68616
PMID:41325369
|
研究论文 | 本文介绍了一种整合多重mRNA检测与蛋白质成像质谱流式技术的双模态分子图谱方法，用于同时分析组织切片中的蛋白质和mRNA | 创新性地将蛋白质成像质谱流式技术与mRNA原位杂交结合，利用金属探针系统避免了荧光光谱溢出和组织自发荧光问题 | NA | 开发一种能够同时检测蛋白质和mRNA的空间解析技术，以更好地理解细胞在微环境中的通讯机制 | 组织切片中的蛋白质和mRNA分子 | 数字病理学 | NA | mRNA原位杂交，蛋白质成像质谱流式技术 | NA | 图像，分子表达数据 | NA | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | 基于金属探针的检测系统 |
| 2132 | 2026-04-12 |
Microfluidics-based High-throughput Circulating Tumor Cell Sorting and Single-cell Sequencing Technology
2025-11-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68708
PMID:41325384
|
研究论文 | 本文介绍了一种集成了微流控技术的高通量循环肿瘤细胞分选与单细胞测序平台 | 提出了一种集CTC富集、纯化和单细胞测序于一体的统一微流控工作流程，采用动态控制磁捕获、涡旋混合和基于流阻差异的高精度单细胞捕获芯片，克服了传统方法回收率低、工作流程繁琐和污染风险高的问题 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一种高效、高通量的循环肿瘤细胞分选与单细胞测序技术，以克服现有方法的不足 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2133 | 2026-04-12 |
Cell Subtype-specific Analysis of Neuronal Membrane Proteasome in Somatosensory Neurons
2025-10-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69061
PMID:41144432
|
研究论文 | 本文研究了神经元膜蛋白酶体（NMP）在体感神经元亚型中的特异性表达及其在机械、痒和痛觉感知中的关键作用 | 首次在体感神经元亚型中鉴定出神经元膜蛋白酶体（NMP），并揭示其作为感觉神经元间通讯的关键调节器，选择性抑制NMP可减少机械和痛觉敏感性而不引起神经病变 | 研究主要基于小鼠模型，体外研究结果需在体内进一步验证，且NMP的具体信号肽释放机制尚未完全阐明 | 探究神经元膜蛋白酶体（NMP）在体感神经元中的亚型特异性表达及其在感觉感知中的功能 | 小鼠外周体感神经元，特别是表达MrgprA3和Cysltr2的神经元亚型 | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、抗体喂养、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | RNA测序数据、细胞分选数据 | 小鼠体感神经元样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2134 | 2026-04-12 |
Flow Cytometry and Single-Cell Analysis for Characterizing Microglia Activation in Early Postnatal Mouse Brain Development
2025-10-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68427
PMID:41115126
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合流式细胞术和单细胞RNA测序的互补方法，用于研究小鼠小脑组织中小胶质细胞在早期出生后大脑发育中的激活状态 | 为早期出生后大脑组织优化了流式细胞术方案，并首次将相同的上游细胞分离步骤与10X Genomics单细胞RNA测序结合，提供了一个可重复且适应性强的框架来研究小胶质细胞的多样性 | 协议主要针对小鼠小脑组织，其通用性在其他脑区或物种中可能需要进一步验证；单细胞测序部分仅在区分性别样本时应用了随机森林分类器，功能分析可能有限 | 研究早期出生后大脑发育中小胶质细胞的激活特征和多样性 | 小鼠小脑组织中的小胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 随机森林 | 基因表达数据, 细胞表面标记物数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及早期出生后小鼠脑组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Genomics | 未指定具体产品型号，但遵循10X Genomics单细胞RNA测序流程 |
| 2135 | 2026-04-12 |
Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance
2025-Oct, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04217-5
PMID:40358685
|
综述 | 本文综述了癌症发生、进展和治疗抵抗中涉及的遗传、表观遗传及分子机制 | 整合了分子、遗传和表观遗传视角，并强调了CRISPR-Cas9表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术在理解癌症异质性中的作用 | 作为一篇综述，不包含原始实验数据或新的模型验证 | 阐明癌症发生、进展和治疗抵抗的复杂机制，为开发创新性靶向治疗提供理论基础 | 癌症（肿瘤） | NA | 癌症 | CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑，单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2136 | 2026-04-12 |
Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema
2025-Sep-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08698-1
PMID:40993192
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肺气肿中T细胞的免疫病理机制，特别是NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合临床数据，识别出肺气肿中特定的T细胞亚群（NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞），并揭示了它们与肺功能保留的关联，为肺气肿的免疫治疗提供了新靶点 | 研究基于两个独立的单细胞RNA测序数据集，样本量可能有限，且机制验证需要进一步的实验研究 | 探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病（COPD）肺气肿中的免疫病理作用 | 人类肺组织样本，包括肺气肿性COPD、非肺气肿性COPD和对照组的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺气肿 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个独立的人类肺组织单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2137 | 2026-04-12 |
Post-Liver Transplantation Management and Specimen Collection in Daurian Ground Squirrels for Single-Cell RNA Sequencing
2025-09-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68443
PMID:41052099
|
研究论文 | 本文详细介绍了针对达乌尔黄鼠肝移植后的动物护理、生理监测以及用于单细胞RNA测序的高质量肝移植物样本制备标准化流程 | 利用冷适应性达乌尔黄鼠作为新型肝移植模型，以研究低温诱导的移植物损伤机制，填补了传统啮齿动物模型的局限 | 协议主要针对达乌尔黄鼠这一特殊物种，可能在其他生物中的普适性有限，且未涉及大规模临床验证 | 开发并标准化肝移植后管理及样本收集方法，以促进对移植功能恢复和免疫兼容性机制的研究 | 达乌尔黄鼠的肝移植物样本 | 数字病理学 | 肝移植相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析、组织病理学检查 | NA | RNA序列数据、组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2138 | 2026-04-12 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-09-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
|
研究论文 | 本文介绍了DeepSpaceDB数据库，一个用于空间转录组学数据探索的综合动态数据库，并通过示例展示了其工作流程和应用 | 开发了DeepSpaceDB数据库，提供高级工具和交互功能，促进空间转录组学数据的访问和深入分析 | 空间转录组学仍是一种高度专业化的实验技术，存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的访问和分析，以探索组织结构和疾病生物学 | 小鼠脑样本和鼠肝中的结直肠癌转移区域与健康组织区域 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2139 | 2026-04-12 |
Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures
2025-08-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68957
PMID:40889269
|
研究论文 | 本文介绍了用于实验程序的耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用 | 系统描述了通过逐步增加药物浓度诱导耐药细胞系的方法，并强调这些模型可用于多种高通量分析和体内外实验 | 未提及具体癌症类型或药物种类，方法描述较为通用，缺乏特定实验数据支持 | 开发耐药细胞系以研究癌症治疗中的耐药机制并寻找克服治疗失败的策略 | 癌症细胞系（具体类型未指定） | NA | 癌症（未指定具体类型） | 细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序 | NA | 实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2140 | 2026-04-12 |
Using R, Seurat, and CellChat to Analyze a Single-Cell Transcriptomics Dataset of Mouse Skin Wound Healing
2025-08-01, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67266
PMID:40824857
|
方法学论文 | 本文提供了一个使用R、Seurat和CellChat分析小鼠皮肤伤口愈合单细胞转录组数据集的逐步可视化工作流程 | 为缺乏生物信息学背景的伤口愈合科学家提供了一个图形化编码环境下的详细、可视化单细胞分析协议，旨在降低技术门槛 | 主要是一个方法学指南，依赖于已发表的数据集，未提出新的生物学发现或算法 | 旨在使更多伤口愈合科学家能够在自己的实验室中直接使用生物信息学工具，以促进对其自身单细胞数据集的深入分析以及对已发表数据集的更广泛再分析 | 小鼠皮肤伤口愈合过程中的细胞 | 生物信息学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |