本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2061 | 2025-12-06 |
Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury
2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01745-5
PMID:40504273
|
研究论文 | 本研究通过转录组数据分析,探索了乳酸化相关基因在脓毒症相关急性肾损伤中的表达模式、功能角色及其与免疫调控的关联 | 首次在脓毒症相关急性肾损伤中系统研究了乳酸化相关基因的作用,并利用机器学习方法鉴定出PECR和TP53I3两个关键基因,揭示了它们在特定肾细胞类型中的表达及与乳酸化通路的关联 | 研究主要基于公共数据集GSE232404的转录组数据,缺乏实验验证;样本量未明确说明;结论需要进一步的体内外实验证实 | 探究乳酸化相关基因在脓毒症相关急性肾损伤中的表达模式、功能角色及分子机制 | 脓毒症相关急性肾损伤患者样本 | 生物信息学 | 急性肾损伤 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | Lasso回归,随机森林 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2062 | 2025-12-06 |
Olaparib and Radiotherapy Induce Type I Interferon- and CD8+ T Cell-Dependent Sensitization to Immunotherapy in Pancreatic Cancer
2025-Jun-04, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0210
PMID:39688341
|
研究论文 | 本研究探讨了PARP抑制剂奥拉帕尼联合放疗如何通过增强I型干扰素介导的免疫信号和适应性免疫反应,使胰腺癌对αPD-L1免疫疗法敏感 | 首次揭示了奥拉帕尼与放疗联合治疗能增强I型干扰素产生,重塑肿瘤微环境,并促进CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫反应,从而克服胰腺癌对免疫疗法的耐药性 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;单细胞RNA测序样本量有限,可能未能完全捕捉肿瘤微环境的异质性 | 探究奥拉帕尼联合放疗是否能增强胰腺癌对免疫疗法的敏感性,并阐明其免疫调节机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫组织化学图像,流式细胞术数据 | 未明确指定样本数量,但使用了免疫活性小鼠模型进行实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2063 | 2025-12-06 |
Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome
2025-Jun-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743
PMID:40131028
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了胶质母细胞瘤中微血管增殖(MVP)相关的间充质干细胞和成纤维细胞的作用,及其与免疫抑制和不良预后的关联 | 首次在胶质瘤中通过单细胞RNA测序识别出与MVP相关的间充质干细胞和癌症相关成纤维细胞等血管/血管周围基质细胞,并发现PDGFRB作为驱动基因引导细胞成熟,同时揭示了这些细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用 | 研究样本量相对较小(16例),且主要基于转录组数据,功能验证和机制探索有待进一步实验证实 | 探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其生物学后果,特别是血管/血管周围基质细胞和免疫细胞的作用 | 16例原发性胶质瘤患者的CD45-CD105+血管/血管周围基质细胞和CD45+CD105±免疫细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,RNA速度分析,信号网络分析,数字空间分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 16例原发性胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2064 | 2025-12-06 |
Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation
2025-May-17, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01690-3
PMID:40382513
|
研究论文 | 本研究通过机器学习与单细胞分析,揭示了CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特作用,并进行了实验验证 | 首次结合四种机器学习算法与单细胞测序数据,系统鉴定CD300LG作为TNBC独特的预后生物标志物,并阐明其与免疫浸润、细胞周期及肿瘤侵袭的关联 | 未明确说明样本的具体来源与数量细节,机器学习模型的泛化能力需进一步验证 | 探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的关键功能及其作为治疗靶点的潜力 | 三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及肿瘤组织样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,转录组分析 | 多种机器学习算法(包括CIBERSORT, ssGSEA, TIDE, TCGA算法) | 转录组数据,单细胞测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2065 | 2025-12-06 |
DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01653-8
PMID:40272582
|
研究论文 | 本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的预后价值,揭示了其与血管生成和免疫反应的关联 | 首次将DOCK9基因与ESCC的血管生成和免疫调节功能联系起来,并开发了一个包含DOCK9的21基因预后风险模型 | 研究主要基于RNA微阵列和单细胞RNA测序数据,需要进一步实验验证DOCK9的具体作用机制 | 识别ESCC的预后生物标志物,以改善患者预后和治疗策略 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)组织和人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA微阵列,单细胞RNA测序,蛋白表达分析 | 预后风险模型 | RNA序列数据,蛋白表达数据 | 未明确指定样本数量,涉及ESCC组织和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2066 | 2025-12-06 |
Integrative Multi-Omics and Functional Characterization Reveal MCM4 as a Key Oncogenic Regulator in Hepatocellular Carcinoma
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S543405
PMID:41333157
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和功能验证,揭示了MCM4作为肝细胞癌中关键致癌调控因子的作用 | 首次在肝细胞癌中系统整合多组学数据、单细胞及空间转录组学分析,全面验证MCM4的致癌功能及其作为预后生物标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据集和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接功能验证 | 识别肝细胞癌的稳健预后生物标志物和治疗靶点 | 肝细胞癌(HCC) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 整合生物信息学分析、单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA敲低、质粒过表达 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用网络、单细胞数据、空间转录组数据 | 三个公共HCC数据集(GSE14520、GSE56545、GSE84402)及HCCDB数据库 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2067 | 2025-12-06 |
Scaling transformers to high-dimensional sparse data: a Reformer-BERT approach for large-scale classification
2025, Frontiers in artificial intelligence
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/frai.2025.1661318
PMID:41333338
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为scReformer-BERT的新方法,用于基于单细胞RNA测序数据的大规模细胞类型自动分类 | 结合Reformer编码器与BERT架构,提出了一种针对高维稀疏数据的Transformer扩展方法,用于大规模预训练模型在细胞类型分类中的应用 | 本研究仅关注主要细胞类别的一级分类任务,未涉及更细粒度的细胞亚型或复杂细胞相互作用 | 开发并评估一个鲁棒的大规模预训练模型,用于自动化细胞类型分类,以提高高通量基因组研究中细胞识别的效率和精度 | 人类细胞类型及其基于单细胞RNA测序数据的分类 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | BERT, Transformer, Reformer | 高维分子特征数据 | 大量单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2068 | 2025-12-06 |
SPHK1-mediated M2 macrophage polarization drives TGF-β1-dependent thrombus fibrosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681485
PMID:41333463
|
研究论文 | 本研究探讨了SPHK1通过调节M2巨噬细胞极化促进血栓纤维化的机制 | 首次揭示了SPHK1在M2巨噬细胞极化中的关键作用及其通过TGF-β1依赖性机制驱动血栓纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,临床样本量有限,且未涉及其他潜在信号通路 | 探究SPHK1是否通过调节M2巨噬细胞极化促进血栓纤维化 | 患者血栓组织、大鼠血栓模型、骨髓源性巨噬细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、组织学染色、免疫荧光、共培养实验 | NA | 图像、文本 | 患者血栓组织(急性血栓和CTEPH)、大鼠血栓模型、骨髓源性巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2069 | 2025-12-06 |
Comprehensive analysis of metabolism-related genes in sepsis reveals metabolic-immune heterogeneity and highlights GYG1 as a potential therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1682846
PMID:41333476
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,系统分析了脓毒症中代谢相关基因,揭示了代谢-免疫异质性,并识别出GYG1作为潜在治疗靶点 | 首次基于代谢相关基因对脓毒症患者进行分层,构建了代谢风险评分系统,并通过单细胞RNA-seq和体内实验验证了GYG1在调控先天免疫过度激活中的关键作用 | 研究主要依赖于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;体内实验仅使用LPS诱导的小鼠模型,可能无法完全模拟人类脓毒症的复杂性 | 探究脓毒症中代谢相关基因对免疫功能障碍的驱动作用,并识别潜在治疗靶点 | 脓毒症患者的转录组数据、LPS诱导的脓毒症小鼠模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习, 细胞间通讯分析 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 未明确指定患者数量,但包括外部队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2070 | 2025-12-06 |
Role of Dendritic Cells in Mediating the Effect of Growth Differentiation Factor 15 on Nonalcoholic Fatty Liver Disease: Insights From Causal Inference and Single-Cell Profiling
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/1153091
PMID:41333917
|
研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序,揭示了生长分化因子15通过树突状细胞介导非酒精性脂肪肝病风险的因果机制 | 首次结合大规模GWAS数据、孟德尔随机化因果推断和单细胞测序技术,系统阐明了GDF-15通过特定树突状细胞亚群介导NAFLD发病的因果通路 | 研究主要基于欧洲人群的GWAS汇总数据,可能限制结论在其他人群中的普适性;单细胞分析样本量相对有限 | 探究循环GDF-15水平与NAFLD之间的因果关系,并鉴定免疫细胞在其中的介导作用 | 人类循环GDF-15水平、NAFLD疾病状态、731种免疫细胞表型 | 生物信息学与计算生物学 | 非酒精性脂肪肝病 | 全基因组关联研究(GWAS)、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 孟德尔随机化模型、中介分析模型 | 基因组汇总数据、单细胞转录组数据 | 大规模GWAS汇总数据(来源包括FinnGen数据库等),具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2071 | 2025-12-06 |
BMDB: An integrated database and web platform for single-cell transcriptomic profiling of bone marrow microenvironment
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.028
PMID:41334179
|
研究论文 | 本研究介绍了一个名为BMDB的集成数据库和网络平台,用于整合和分析骨髓微环境的单细胞转录组数据 | 首次构建了一个整合健康和疾病状态下、跨物种(人和小鼠)及发育阶段的骨髓微环境单细胞转录组参考图谱数据库,并提供了交互式网络分析平台 | 未明确说明数据覆盖的疾病类型范围是否全面,以及平台对新上传数据的质量控制标准 | 构建一个统一的资源平台,以系统探索骨髓微环境的细胞和分子复杂性 | 骨髓微环境中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 435,682个单细胞,来自142个健康样本和82个病理样本(涵盖人和小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2072 | 2025-12-06 |
CPRCSdb: A comprehensive phenotype-associated single-cell transcriptomic database for human cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.033
PMID:41334181
|
研究论文 | 本文介绍了CPRCSdb,一个将临床表型与单细胞转录组异质性整合的综合性数据库 | 开发了首个系统性地将单细胞数据与临床相关表型(如患者生存、肿瘤大小、淋巴结受累、转移和抗癌治疗反应)关联的综合性数据库 | 数据库依赖于手动整理的数据,可能受限于样本的可用性和质量控制的一致性 | 构建一个整合临床表型与单细胞转录组异质性的数据库,以研究肿瘤发生和癌症进展的机制 | 人类癌症的单细胞转录组数据和临床表型数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据 | 超过405万个细胞,来自1053个手动整理的单细胞样本和101个整合数据集,以及11,032个批量RNA-seq样本,涵盖29种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2073 | 2025-12-06 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular dynamics and transcriptional changes in diabetic wound tissues following ESWT treatment
2025, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2025.1693937
PMID:41334557
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,构建了体外冲击波疗法(ESWT)治疗糖尿病伤口组织的细胞图谱,揭示了ESWT促进组织修复的细胞机制 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了ESWT治疗糖尿病伤口后引发的广泛转录重编程和细胞间通讯网络变化 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证,且样本量相对有限 | 探究体外冲击波疗法促进糖尿病伤口愈合的细胞和分子机制 | 糖尿病伤口组织 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约39,475个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2074 | 2025-12-06 |
Linking Cellular Senescence to Vascular Pathology: The Diagnostic Potential of Superoxide Dismutase 2 in Aortic Dissection
2025, Vascular health and risk management
IF:2.6Q2
DOI:10.2147/VHRM.S553609
PMID:41334574
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和单细胞转录组分析,探讨了血管衰老在主动脉夹层(AD)发病机制中的分子和细胞机制,并确定了超氧化物歧化酶2(SOD2)作为潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 整合生物信息学和单细胞RNA测序技术,首次将SOD2与主动脉夹层的免疫调节和氧化应激联系起来,并提出了基因-药物相互作用网络用于靶向治疗 | 研究主要基于公开数据集和单细胞测序数据,需要进一步实验验证SOD2的功能机制和临床适用性 | 研究血管衰老的分子和细胞机制及其在主动脉夹层发病中的作用 | 主动脉夹层组织、血清样本以及相关的基因表达数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 基于公开数据集GSE52093和GSE153434,涉及主动脉夹层组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2075 | 2025-12-05 |
Spatial Myeloid Landscape of Large Artery Atherosclerotic and Cardioembolic Thrombi Retrieved by Mechanical Thrombectomy
2025-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501658RR
PMID:41329022
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和免疫组化分析,比较了大动脉粥样硬化性和心源性栓塞性血栓的免疫细胞组成和分子特征 | 首次在急性缺血性卒中的两种主要亚型中,结合空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示了巨噬细胞和中性粒细胞在血栓形成中的特异性免疫血栓模式 | 样本量相对较小(空间转录组学分析仅8例,免疫组化分析35例),且未包括其他卒中病因亚型 | 探究大动脉粥样硬化性和心源性栓塞性卒中血栓中髓系细胞的分子特征和免疫血栓机制 | 接受血管内血栓切除术的急性缺血性卒中患者的血栓样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 免疫组化, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 免疫组化图像, 单细胞RNA测序数据 | 42例急性缺血性卒中患者(其中8例LAA,27例CE),空间转录组学分析8例(4例LAA,4例CE),免疫组化分析35例(8例LAA,27例CE) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2076 | 2025-12-05 |
Endothelial ADAR1 Deficit Induces the NOCT-IRF7 Axis in Pulmonary Hypertension
2025-Dec-04, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326277
PMID:41342206
|
研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的ADAR1缺乏通过上调NOCT表达,激活肺内皮细胞干扰素信号通路,导致细胞凋亡并促进肺动脉高压的发病机制 | 首次发现ADAR1通过RNA编辑调控NOCT基因表达,并建立了ADAR1-NOCT轴在肺动脉高压中的关键作用机制 | 研究主要基于体外细胞和动物模型,人类样本验证相对有限,且具体RNA编辑位点的功能机制需进一步阐明 | 阐明ADAR1依赖性RNA编辑在调控肺内皮细胞病理表型和肺动脉高压发病中的功能和靶点 | 肺内皮细胞、人类和小鼠肺动脉高压模型 | 分子生物学 | 肺动脉高压 | RNA测序、单细胞RNA测序、腺相关病毒表达 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | 人类肺动脉高压肺组织、缺氧PH小鼠模型、多种啮齿动物疾病模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2077 | 2025-12-05 |
Identification of CD7 as a novel biomarker of embryonal hepatoblastoma
2025-Dec-04, Pediatric surgery international
IF:1.5Q3
DOI:10.1007/s00383-025-06255-9
PMID:41343061
|
研究论文 | 本研究通过多种生物信息学分析和免疫组化染色,探讨了CD7在肝母细胞瘤中的表达及其作为新型生物标志物的潜力 | 首次将CD7鉴定为胚胎型肝母细胞瘤的新型生物标志物,并揭示其与肿瘤进展和不良临床结局的关联 | 研究主要基于回顾性分析,需要进一步的前瞻性验证和功能实验来确认CD7的生物学作用 | 研究CD7在肝母细胞瘤中的表达及其作为生物标志物的潜力 | 人类肝母细胞瘤样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学分析, 免疫组化染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2078 | 2025-12-05 |
ScisTree2 enables large-scale inference of cell lineage trees and genotype calling using efficient local search
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280542.125
PMID:40903391
|
研究论文 | 本文介绍了ScisTree2,一种基于无限位点模型、用于大规模细胞谱系树推断和基因型调用的快速准确方法 | ScisTree2是首个能够处理数万或更多细胞数据集的基于模型的细胞谱系树推断和基因型调用方法,并采用高效局部搜索优化树结构 | NA | 开发一种能够从大规模单细胞数据中准确推断细胞谱系树并进行基因型调用的计算方法 | 单细胞测序数据中的细胞谱系树和基因型 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 无限位点模型 | 单细胞测序数据 | 数万或更多细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2079 | 2025-12-05 |
Label-free selection of marker genes in single-cell and spatial transcriptomics with geneCover
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280539.125
PMID:41224531
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为geneCover的无标签组合方法,用于在单细胞RNA测序和空间转录组学数据中选择最优的标记基因面板 | 提出了一种基于基因-基因相关性的无标签组合方法,能有效识别稀有细胞类型或微妙空间模式的标记基因,并具有出色的可扩展性 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一种无标签的标记基因选择方法,以捕获单细胞和空间转录组学数据中的细胞和空间异质性 | 单细胞RNA测序和空间转录组学数据中的标记基因面板 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 组合方法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2080 | 2025-12-05 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms with LLOKI
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280803.125
PMID:41233159
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LLOKI的新型框架,用于整合不同平台的空间转录组学数据,无需共享基因面板 | LLOKI通过最优传输引导的特征传播和基于图的插补技术,解决了跨平台ST数据整合中基因面板差异、数据稀疏性和技术变异性的挑战,并利用scGPT等单细胞基础模型生成统一特征 | 未在摘要中明确说明 | 开发一个能够整合不同平台空间转录组学数据的统一框架,以促进对组织结构和细胞相互作用的深入理解 | 小鼠脑组织样本和卵巢癌数据集 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | scGPT(单细胞基础模型),基于图的插补模型 | 空间转录组学数据,单细胞RNA测序数据 | 来自五种不同技术的小鼠脑样本,以及五个卵巢癌数据集 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |