单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 3358 篇文献，本页显示第 2001 - 2020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2001 | 2025-03-04 |
Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637505
PMID:39990460
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研究论文 | 本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法 | 通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学 | 研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域 | 研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用 | 大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束 | 蛋白质组学 | 神经疾病 | 免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS） | NA | 蛋白质组数据 | 多个大脑区域和神经组织的单细胞样本 |
| 2002 | 2025-03-04 |
A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636499
PMID:39974925
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研究论文 | 本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果 | 首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势 | 研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性 | 评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集 |
| 2003 | 2025-03-04 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636969
PMID:39975005
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研究论文 | 本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法 | 开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法 | 研究主要集中在模拟数据和两个联合snRNA/snATAC数据集上，可能需要在更多实际数据上进行验证 | 评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性 | 单核多组学实验中的解复用方法 | 生物信息学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 模拟数据、联合snRNA/snATAC数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 |
| 2004 | 2025-03-04 |
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636355
PMID:39975076
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研究论文 | 本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制 | Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率 | NA | 开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能 | 肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体 | 空间组学 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 2005 | 2025-03-04 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性 | 未明确提及具体局限性 | 开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征 | 高分辨率空间组学数据 | 空间组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间组学数据 | 19,950个基因和181,367个点 |
| 2006 | 2025-03-04 |
The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03938-5
PMID:39891785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制 | 首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用 | 样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性 | 研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点 | 15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM） | NA | RNA测序数据、图像数据 | 15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 |
| 2007 | 2025-03-04 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学数据，系统性地描述了小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子在不同细胞类型和区域中的分布 | 首次系统性地描述了肝脏中不同细胞类型和区域内药物处理基因的mRNA富集情况，揭示了非实质细胞和区域1肝细胞在异生物质生物转化中的潜在作用 | 研究依赖于已发表的单细胞和核转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制 | 表征小鼠肝脏中药物处理基因的分布，以理解化学诱导肝损伤的机制 | 小鼠肝脏中的细胞类型和区域 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表的单细胞和核转录组数据集 |
| 2008 | 2025-03-04 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和联合图学习进行基因调控链接预测 | 结合大规模预训练模型和图学习方法，提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet，并在多个基准数据集上实现了最先进的性能 | 监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据通常实验成本高且数量有限 | 解决基因调控链接预测问题，通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据（如ChIP-seq） | 机器学习 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq | scFMs, 图学习 | 基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据 | 七个scRNA-seq基准数据集 |
| 2009 | 2025-03-04 |
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634747
PMID:39974899
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞，这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能，并与囊性纤维化疾病相关 | 首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞（CHE）亚群联系起来，并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用 | 研究主要基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究 | 探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用 | 人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞 | 生物医学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 大鼠肠道样本 |
| 2010 | 2025-03-04 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
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研究论文 | 本文通过多组学方法研究了在免疫检查点抑制剂pembrolizumab和去甲基化药物decitabine联合治疗下，难治性或复发性急性髓性白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞之间的时空相互作用 | 结合单细胞RNA测序数据和单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，实现了更准确的肿瘤微环境分析 | 研究样本量有限，可能影响结果的普遍性 | 研究免疫治疗对急性髓性白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本 |
| 2011 | 2025-03-04 |
SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634756
PMID:39975319
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来预测空间转录组学（ST）数据中未测量的基因表达，从而提高基因覆盖率和表达 | SpaIM通过将scRNA-seq和ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格，克服了数据稀疏性和基因覆盖率有限的问题，显著优于现有的12种方法 | NA | 利用scRNA-seq数据丰富空间转录组学（ST）数据，解决基因信号稀疏和基因检测能力有限的问题 | 空间转录组学（ST）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 风格迁移学习模型 | 基因表达数据 | 53个不同的ST数据集，涵盖多种组织类型 |
| 2012 | 2025-03-04 |
Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity
2025-Jan-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1
PMID:39975899
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研究论文 | 本研究通过质谱成像和稳定同位素标记技术，追踪了阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程 | 利用稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，并结合空间转录组学，揭示了斑块年龄与基因表达变化的关系 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本 | 阐明阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程 | 淀粉样斑块 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 10至18个月大的小鼠 |
| 2013 | 2025-03-03 |
Comprehensive profiling of cell type-specific expression and distribution of complement genes in mouse and human kidneys: insights into normal physiology and response to kidney transplantations
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2471568
PMID:40015727
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研究论文 | 本文通过分析小鼠和人类肾脏的单细胞RNA测序数据，全面描绘了补体基因在肾脏中的细胞类型特异性表达和分布，揭示了其在正常生理功能和肾脏移植反应中的重要作用 | 首次全面分析了补体基因在肾脏细胞演化背景下的表达情况，揭示了补体基因在肾脏损伤中的响应性 | 研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能无法完全捕捉到蛋白质水平的表达和功能 | 研究补体基因在肾脏中的表达和分布，以理解其在肾脏疾病发病机制中的作用 | 健康人类、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠的肾脏 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康人类、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠的肾脏样本 |
| 2014 | 2025-03-03 |
Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers
2025-May-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.117263
PMID:39978235
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研究论文 | 本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片——用于分离单个循环肿瘤细胞（CTCs），并建立了一个高效且自动化的单细胞测序工作流程 | 开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序的工作流程，能够准确检测基因突变、扩增和拷贝数变异 | 研究中未明确提及样本量的具体数量，且仅验证了NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs | 探索循环肿瘤细胞的单细胞测序技术，以研究肿瘤异质性、进展和耐药机制 | 循环肿瘤细胞（CTCs） | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因组数据 | NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs |
| 2015 | 2025-03-03 |
Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107396
PMID:39874886
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探索了瘢痕疙瘩的分子机制，识别了关键基因和免疫细胞的作用，并提出了潜在的治疗靶点 | 结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，揭示了DUSP1和HOXA5在瘢痕疙瘩中的关键作用，并提出了IL17信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于基因表达和免疫细胞分析，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明 | 识别瘢痕疙瘩的致病机制、关键基因和免疫细胞的作用，为靶向治疗提供新见解 | 瘢痕疙瘩组织 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2016 | 2025-03-03 |
Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107413
PMID:39923303
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中与免疫相关的生物标志物和巨噬细胞极化类型 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析瘢痕疙瘩中的免疫相关基因和巨噬细胞极化状态，并识别出BMP1和IL1R1作为新的生物标志物 | 研究依赖于公开的RNA-seq数据集，样本量可能有限，且未进行大规模临床验证 | 识别瘢痕疙瘩中的免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路 | 瘢痕疙瘩组织 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 蛋白质印迹, 免疫荧光 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | RNA-seq数据 | 多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051） |
| 2017 | 2025-03-03 |
Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells
2025-Mar-26, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114255
PMID:39952006
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研究论文 | 本研究通过RNA-seq分析识别了急性髓性白血病（AML）中的两种免疫相关亚型，并发现LSP1是AML患者的重要预后标志物，同时揭示了LSP1对AML细胞对索拉非尼的敏感性及CD8+ T细胞凋亡的影响 | 首次发现LSP1作为AML的免疫相关标志物，与患者预后、临床特征及生物学特性显著相关，并揭示了LSP1对索拉非尼敏感性及CD8+ T细胞功能的影响 | 未明确LSP1在AML免疫抑制中的具体分子机制，且样本量及临床验证仍需进一步扩大 | 揭示AML免疫抑制的机制并寻找新的免疫治疗靶点 | 急性髓性白血病（AML）患者及其肿瘤微环境（TME） | 肿瘤免疫学 | 急性髓性白血病 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本量，但涉及AML患者的RNA-seq和scRNA-seq数据 |
| 2018 | 2025-03-03 |
A multiplex single-cell RNA-Seq pharmacotranscriptomics pipeline for drug discovery
2025-Mar, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01761-8
PMID:39482470
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研究论文 | 本文介绍了一种能够通过活细胞条形码技术进行高通量药物转录组分析的流程，结合药物筛选和96-plex单细胞RNA测序，探索了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞在45种药物处理后的异质性转录景观 | 创新点在于结合了药物筛选和单细胞RNA测序技术，能够以单细胞分辨率分析药物反应，并揭示了PI3K-AKT-mTOR和EGFR靶向药物在HGSOC中的协同作用 | 研究局限于高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞，未涉及其他类型的癌症或更广泛的细胞类型 | 研究目标是开发一种能够以单细胞分辨率分析药物反应的流程，用于药物发现和个性化治疗 | 研究对象是高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 45种药物处理的HGSOC细胞 |
| 2019 | 2025-03-03 |
Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize
2025-Mar, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14537
PMID:39630144
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14 | 首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14 | 研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段 | 探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响 | 玉米顶端分生组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约12,700个细胞 |
| 2020 | 2025-03-03 |
Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management
2025-Mar, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70730
PMID:40018789
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综述 | 本文系统回顾了基于大数据的食管鳞状细胞癌（ESCC）分子分型现状，总结了具有不同治疗反应和预后结果的独特亚型 | 通过多组学整合技术识别ESCC的分子亚型，为个性化治疗策略提供新的生物标志物和治疗靶点 | 未提及具体的研究局限性 | 探讨基于多组学的分子分型在食管鳞状细胞癌管理中的潜力 | 食管鳞状细胞癌（ESCC） | 数字病理学 | 食管癌 | 多组学整合（包括体细胞基因组改变、遗传突变、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和单细胞测序） | NA | 多组学数据 | NA |