单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1981	2025-03-04	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据，系统性地描述了小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子在不同细胞类型和区域中的分布	首次系统性地描述了肝脏中不同细胞类型和区域内药物处理基因的mRNA富集情况，揭示了非实质细胞和区域1肝细胞在异生物质生物转化中的潜在作用	研究依赖于已发表的单细胞和核转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	表征小鼠肝脏中药物处理基因的分布，以理解化学诱导肝损伤的机制	小鼠肝脏中的细胞类型和区域	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	已发表的单细胞和核转录组数据集
1982	2025-03-04	Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628715 PMID:39975293	研究论文	本文提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和联合图学习进行基因调控链接预测	结合大规模预训练模型和图学习方法，提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet，并在多个基准数据集上实现了最先进的性能	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据通常实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据（如ChIP-seq）	机器学习	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据	七个scRNA-seq基准数据集
1983	2025-03-04	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634747 PMID:39974899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞，这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能，并与囊性纤维化疾病相关	首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞（CHE）亚群联系起来，并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用	人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞	生物医学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠肠道样本
1984	2025-03-04	Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634753 PMID:39975227	研究论文	本文通过多组学方法研究了在免疫检查点抑制剂pembrolizumab和去甲基化药物decitabine联合治疗下，难治性或复发性急性髓性白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞之间的时空相互作用	结合单细胞RNA测序数据和单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，实现了更准确的肿瘤微环境分析	研究样本量有限，可能影响结果的普遍性	研究免疫治疗对急性髓性白血病患者骨髓微环境的重塑作用	难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本
1985	2025-03-04	SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634756 PMID:39975319	研究论文	本文提出了一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来预测空间转录组学（ST）数据中未测量的基因表达，从而提高基因覆盖率和表达	SpaIM通过将scRNA-seq和ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格，克服了数据稀疏性和基因覆盖率有限的问题，显著优于现有的12种方法	NA	利用scRNA-seq数据丰富空间转录组学（ST）数据，解决基因信号稀疏和基因检测能力有限的问题	空间转录组学（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风格迁移学习模型	基因表达数据	53个不同的ST数据集，涵盖多种组织类型
1986	2025-03-04	Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity 2025-Jan-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1 PMID:39975899	研究论文	本研究通过质谱成像和稳定同位素标记技术，追踪了阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程	利用稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，并结合空间转录组学，揭示了斑块年龄与基因表达变化的关系	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	阐明阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程	淀粉样斑块	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	10至18个月大的小鼠
1987	2025-03-03	Comprehensive profiling of cell type-specific expression and distribution of complement genes in mouse and human kidneys: insights into normal physiology and response to kidney transplantations 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2471568 PMID:40015727	研究论文	本文通过分析小鼠和人类肾脏的单细胞RNA测序数据，全面描绘了补体基因在肾脏中的细胞类型特异性表达和分布，揭示了其在正常生理功能和肾脏移植反应中的重要作用	首次全面分析了补体基因在肾脏细胞演化背景下的表达情况，揭示了补体基因在肾脏损伤中的响应性	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能无法完全捕捉到蛋白质水平的表达和功能	研究补体基因在肾脏中的表达和分布，以理解其在肾脏疾病发病机制中的作用	健康人类、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠的肾脏	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康人类、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠的肾脏样本
1988	2025-03-03	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片——用于分离单个循环肿瘤细胞（CTCs），并建立了一个高效且自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序的工作流程，能够准确检测基因突变、扩增和拷贝数变异	研究中未明确提及样本量的具体数量，且仅验证了NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs	探索循环肿瘤细胞的单细胞测序技术，以研究肿瘤异质性、进展和耐药机制	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	癌症	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
1989	2025-03-03	Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107396 PMID:39874886	研究论文	本研究通过多组学分析探索了瘢痕疙瘩的分子机制，识别了关键基因和免疫细胞的作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，揭示了DUSP1和HOXA5在瘢痕疙瘩中的关键作用，并提出了IL17信号通路作为潜在治疗靶点	研究主要基于基因表达和免疫细胞分析，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明	识别瘢痕疙瘩的致病机制、关键基因和免疫细胞的作用，为靶向治疗提供新见解	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	皮肤疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	NA
1990	2025-03-03	Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107413 PMID:39923303	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中与免疫相关的生物标志物和巨噬细胞极化类型	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析瘢痕疙瘩中的免疫相关基因和巨噬细胞极化状态，并识别出BMP1和IL1R1作为新的生物标志物	研究依赖于公开的RNA-seq数据集，样本量可能有限，且未进行大规模临床验证	识别瘢痕疙瘩中的免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	瘢痕疙瘩	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 蛋白质印迹, 免疫荧光	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051）
1991	2025-03-03	Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells 2025-Mar-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114255 PMID:39952006	研究论文	本研究通过RNA-seq分析识别了急性髓性白血病（AML）中的两种免疫相关亚型，并发现LSP1是AML患者的重要预后标志物，同时揭示了LSP1对AML细胞对索拉非尼的敏感性及CD8+ T细胞凋亡的影响	首次发现LSP1作为AML的免疫相关标志物，与患者预后、临床特征及生物学特性显著相关，并揭示了LSP1对索拉非尼敏感性及CD8+ T细胞功能的影响	未明确LSP1在AML免疫抑制中的具体分子机制，且样本量及临床验证仍需进一步扩大	揭示AML免疫抑制的机制并寻找新的免疫治疗靶点	急性髓性白血病（AML）患者及其肿瘤微环境（TME）	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确具体样本量，但涉及AML患者的RNA-seq和scRNA-seq数据
1992	2025-03-03	A multiplex single-cell RNA-Seq pharmacotranscriptomics pipeline for drug discovery 2025-Mar, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01761-8 PMID:39482470	研究论文	本文介绍了一种能够通过活细胞条形码技术进行高通量药物转录组分析的流程，结合药物筛选和96-plex单细胞RNA测序，探索了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞在45种药物处理后的异质性转录景观	创新点在于结合了药物筛选和单细胞RNA测序技术，能够以单细胞分辨率分析药物反应，并揭示了PI3K-AKT-mTOR和EGFR靶向药物在HGSOC中的协同作用	研究局限于高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞，未涉及其他类型的癌症或更广泛的细胞类型	研究目标是开发一种能够以单细胞分辨率分析药物反应的流程，用于药物发现和个性化治疗	研究对象是高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	45种药物处理的HGSOC细胞
1993	2025-03-03	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2025-Mar, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14	研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段	探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,700个细胞
1994	2025-03-03	Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70730 PMID:40018789	综述	本文系统回顾了基于大数据的食管鳞状细胞癌（ESCC）分子分型现状，总结了具有不同治疗反应和预后结果的独特亚型	通过多组学整合技术识别ESCC的分子亚型，为个性化治疗策略提供新的生物标志物和治疗靶点	未提及具体的研究局限性	探讨基于多组学的分子分型在食管鳞状细胞癌管理中的潜力	食管鳞状细胞癌（ESCC）	数字病理学	食管癌	多组学整合（包括体细胞基因组改变、遗传突变、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和单细胞测序）	NA	多组学数据	NA
1995	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
1996	2025-03-03	Emerging clinical applications of single-cell RNA sequencing in oncology 2025-Feb-28, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-025-01003-3 PMID:40021788	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤学中的新兴临床应用	总结了scRNA-seq在癌症患者样本研究中的可用数据，特别关注具有潜在临床相关性的发现	描述了scRNA-seq的局限性以及未来可能进一步推进临床适用性的方法	探讨scRNA-seq在肿瘤学中的临床应用	癌症患者样本	digital pathology	cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	数百项研究中的癌症患者样本
1997	2025-03-03	LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91036-6 PMID:40016474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了LOX+ iCAFs在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的预后和免疫治疗反应预测潜力	首次通过单细胞RNA测序数据集识别并验证了LOX+ iCAF亚型在HNSCC中的预后和免疫治疗反应预测能力，并揭示了LOX基因作为治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证LOX基因在HNSCC治疗中的具体机制	探索CAFs在HNSCC中的功能角色及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	102名HNSCC患者
1998	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本
1999	2025-03-03	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次系统地识别了PE和PD共有的关键交叉基因，并通过单细胞RNA测序验证了这些基因的生物学相关性	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示PE和PD共有的病理机制，为疾病的诊断和治疗提供新的策略	先兆子痫和牙周炎患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	XG-Boost算法	转录组数据	NA
2000	2025-03-03	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	研究论文	本文介绍了一种新型的体外嵌合模型，用于研究人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞在视网膜环境中的功能	通过移植人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞到小鼠视网膜外植体中，创建了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型	模型的长期稳定性和功能维持需要进一步验证	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的功能和整合情况	人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和小鼠视网膜	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量