单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis 2025-Apr-12, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945 PMID:40228638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了AP-1在自身免疫性葡萄膜炎（EAU）发病机制中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了EAU小鼠脾脏和颈部引流淋巴结的细胞组成和转录调控变化，并发现AP-1在EAU发病机制中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证AP-1抑制剂的治疗效果	探索自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的发病机制并寻找潜在的治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠的脾脏和颈部引流淋巴结（CDLNs）	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠EAU模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和EAU小鼠的脾脏和CDLNs
182	2025-04-16	Unveiling hypoxia-related prognostic and immunotherapeutic biomarkers in lung adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA sequencing: Including insights into PGF 2025-Apr-12, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143056 PMID:40228772	research paper	通过单细胞和批量RNA测序揭示肺腺癌中与缺氧相关的预后和免疫治疗生物标志物，包括对PGF的见解	识别了与晚期肺腺癌相关的新亚型，并开发了基于缺氧相关分子簇的新型预后特征	样本量较小（15名患者），可能限制结果的普遍性	探究缺氧微环境与免疫抵抗之间的相互作用机制	肺腺癌（LUAD）患者的肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing, spatial transcriptomic analysis	NA	RNA sequencing data	15名肺腺癌患者
183	2025-04-16	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的基因表达时空调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要聚焦于小鼠模型，结果在人类大脑发育中的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后的小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开的小鼠数据集
184	2025-04-16	Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization Using RNAscope to Study Hematopoietic and Vascular Interactions in the Zebrafish Embryo and Larva 2025-Apr-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5269 PMID:40224667	研究论文	本文介绍了一种优化的RNAscope技术协议，用于在斑马鱼胚胎和幼虫阶段通过单分子荧光原位杂交研究造血和血管相互作用	优化的RNAscope技术协议提高了mRNA检测的灵敏度和空间分辨率，特别是在深层组织中的检测能力	研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物	理解造血干细胞前体如何从血管中产生并定植于发育和成体中的特定生态位	斑马鱼胚胎和幼虫阶段的造血干细胞前体及其生态位	发育生物学	NA	RNAscope技术，荧光共聚焦显微镜	NA	mRNA原位杂交图像	斑马鱼胚胎和幼虫
185	2025-04-16	TET3 is expressed in prostate cancer tumor-associated macrophages and is associated with anti-androgen resistance 2025-Apr, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03708-w PMID:39240303	研究论文	本研究探讨了TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	首次发现TET3在前列腺癌相关巨噬细胞（TAMs）中的表达与ADT疗效相关，并可能成为协调ADT的潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、CIBERSORT算法、伪时间分析	NA	基因表达数据	1965例前列腺癌病例和493例正常前列腺组织，以及497例前列腺癌的肿瘤浸润免疫细胞分析，21,292个单细胞RNA测序数据
186	2025-04-16	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-Apr, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	通过珠磨均质化在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核的方法，相较于酶解方法有显著改进	未提及方法在不同实验条件下的普适性或重复性问题	开发一种高效的方法用于斑马鱼胚胎单核RNA测序	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA序列数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎
187	2025-04-16	ApoE ε4-dependent Alteration of CXCR3 + CD127+ CD4+ T cells associates with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2025-Apr, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251320123 PMID:40112322	research paper	该研究通过单细胞质谱流式技术分析了阿尔茨海默病（AD）患者外周血中适应性免疫细胞的组成，并探讨了其与神经炎症的关系	揭示了外周血中促炎性CXCR3+CD127+ Th1细胞与神经丝轻链蛋白水平的负相关性，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探究AD患者外周血适应性免疫细胞组成特征及其与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和脑脊液（CSF）样本	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
188	2025-04-16	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	research paper	该研究探讨了CD40激动剂抗体如何通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞来重塑心脏免疫环境，从而促进心肌炎症	揭示了CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞和CD8 T细胞之间的正反馈环路促进心肌炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD40激动剂对心肌炎症的影响及其潜在机制	小鼠模型中的心脏免疫细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
189	2025-04-16	Large Peritoneal Macrophages Play No Role in the Pathogenesis of Postoperative Ileus Induced by Intestinal Manipulation 2025-Apr, Neurogastroenterology and motility IF:3.5Q2 DOI:10.1111/nmo.14997 PMID:39777769	research paper	该研究探讨了大腹膜巨噬细胞（LPMs）在术后肠梗阻（POI）发病机制中的作用	通过单细胞RNA测序和LPMs耗竭实验，首次证明LPMs不参与POI的发病过程	研究仅关注了POI的早期阶段，未涉及长期影响	阐明POI的发病机制，特别是LPMs在其中的作用	大腹膜巨噬细胞（LPMs）和术后肠梗阻（POI）	免疫学	术后肠梗阻	scRNA-seq, 流式细胞术, qPCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 细胞图像	实验动物模型
190	2025-04-16	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道与大脑之间的感觉传递作用，挑战了传统观点，揭示了其在饮食行为、代谢和认知中的复杂角色	挑战了迷走神经仅作为饱腹感信号被动传递的传统观点，揭示了其主动编码多种餐食相关信息的能力，包括机械拉伸、营养成分、代谢状态和微生物代谢产物	NA	探讨迷走神经在肠道与大脑之间的感觉传递作用及其在饮食行为、代谢和认知中的角色	迷走神经传入神经元（VANs）及其下游脑回路	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
191	2025-04-16	Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation 2025-Mar-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-1697 PMID:40223964	研究论文	本研究通过多组学数据探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发了一个基于哮喘相关基因的肺癌预后模型	首次使用多组学方法研究哮喘与肺癌的关联，并构建了一个基于哮喘相关基因的预后模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发肺癌预后模型	哮喘和肺癌患者	多组学分析	肺癌	全基因组关联研究(GWAS)、批量RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	基因组数据、转录组数据	1990年至2019年的全球疾病负担数据及公共数据库中的RNA测序数据
192	2025-04-16	An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses 2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67753 PMID:40228013	research paper	本文描述了一种高效的方法，用于从新鲜输卵管中提取上皮细胞，用于单细胞分析	提出了一种快速且高效的方法，能够在4-6小时内从输卵管中分离出上皮细胞，且污染较少	未提及该方法在临床样本中的适用性或大规模应用的可行性	开发一种高效的方法用于输卵管上皮细胞的分离，以支持进一步的单细胞分析	人类输卵管上皮细胞	单细胞分析	生殖系统疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞悬浮液	未明确提及样本数量
193	2025-04-16	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	research paper	本文介绍了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，包括疾病	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率映射与复杂性状相关的细胞，并揭示了精神分裂症和抑郁症相关谷氨酸能神经元的不同空间分布和基因表达特征	研究仅使用了胚胎空间转录组数据集和脑空间转录组数据，可能无法完全代表成年或疾病状态下的细胞分布	开发一种方法，用于空间分辨率映射与人类复杂性状相关的细胞，并理解疾病病理学	人类复杂性状相关的细胞，特别是精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究(GWAS)	gsMap	空间转录组数据, GWAS摘要统计数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集和脑空间转录组数据
194	2025-04-16	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫布鲁氏锥虫，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示病原体抗原变异中表达层次性的分子机制	布鲁氏锥虫及其抗原基因	基因组学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
195	2025-04-16	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.10.579748 PMID:38405728	research paper	研究探讨了特定气味如何选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味经验可以选择性‘放大’特定的嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的嗅觉感觉神经元神经发生部分具有适应性功能	研究仅在小鼠中进行，尚未验证是否适用于其他哺乳动物	探索嗅觉刺激如何影响嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率	小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs）	神经科学	NA	scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记	NA	基因表达数据	小鼠样本
196	2025-02-18	Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease 2025-Mar-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf008 PMID:39957282	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在滑膜关节中的应用，揭示了关节发育和疾病中的新祖细胞和靶点	利用单细胞转录组测序技术，揭示了滑膜关节中不同细胞类型的异质性和相互作用，为关节发育和疾病研究提供了新的视角和策略	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究滑膜关节的发育过程和疾病机制	滑膜关节，包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节	生物信息学	关节炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
197	2025-04-16	Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis 2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-024-01555-x PMID:39373772	研究论文	该研究探讨了双硫仑（DSF）对卵巢切除小鼠骨质疏松的改善作用及其对破骨细胞生成的抑制作用	首次在体内证实DSF通过抑制破骨细胞生成改善骨质疏松，并发现其作用机制与抑制Tnfrsf11a表达相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证效果	探究DSF对骨质疏松的治疗潜力及其作用机制	卵巢切除诱导骨质疏松的小鼠模型	骨代谢研究	骨质疏松症	microCT分析、骨形态计量分析、scRNA-seq分析、流式细胞术	小鼠骨质疏松模型	影像数据、基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体样本量（使用卵巢切除小鼠）
198	2025-04-16	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	研究论文	研究增强子在单个细胞类型中的单向转录特征及其与双向转录的差异	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统的双向转录特征	未明确说明样本的具体数量或实验设计的局限性	探讨增强子转录方向性与细胞类型的关系及其对增强子检测的影响	增强子及其转录方向性	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组数据、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
199	2025-04-16	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	提出了一种基于扰动真实数据集信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	开发了一种名为GOF的单变量分布导向特征选择方法，并通过精心设计的实验验证其有效性	缺乏真实基准数据集来评估新方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GOF	RNA-seq数据	NA
200	2025-04-16	Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease 2025-Mar, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002 PMID:40225386	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者尿液中处于适应性状态的肾小管上皮细胞，探讨其在疾病进展中的临床意义	首次在糖尿病肾病患者的尿液中鉴定出适应性状态的肾小管上皮细胞，并发现其不同状态的比例具有诊断价值	研究样本量未明确说明，且仅针对糖尿病肾病患者，未涵盖其他肾脏疾病	探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义	糖尿病肾病患者的尿液样本中的肾小管上皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA