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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-03-16 |
PLXNB1 and other signaling drives a pathologic astrocyte state contributing to cognitive decline in Alzheimer's Disease
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639868
PMID:40060644
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研究论文 | 本文通过单核转录组学数据分析,揭示了阿尔茨海默病中Ast10星形胶质细胞亚群在认知衰退中的关键作用及其信号驱动机制 | 首次通过大规模单核转录组学元分析(869个大脑样本)识别出Ast10星形胶质细胞亚群,并利用空间转录组学验证其与配体的共定位,结合遗传学实验证实PLXNB1等信号通路的调控作用 | 研究主要基于转录组数据,功能机制验证仍需进一步实验;样本虽多样但可能存在批次效应;动物模型与人类疾病的直接对应性有限 | 探究阿尔茨海默病中病理性星形胶质细胞状态的信号驱动机制及其对认知衰退的贡献 | 阿尔茨海默病患者及衰老相关的大脑组织样本(人类和小鼠模型),重点关注星形胶质细胞和小胶质细胞亚群 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核转录组测序(snRNAseq),空间转录组学,遗传学敲除实验 | NA | 转录组数据,空间基因表达数据 | 869个大脑样本(来自多样化捐赠者),涵盖人类和小鼠iPSC衍生细胞 | NA | 单核RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 182 | 2026-03-16 |
mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis
2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00189.2024
PMID:39745695
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研究论文 | 本研究探讨了mTOR和ATF4在TGF-β诱导的人肺成纤维细胞代谢重编程中的作用 | 首次系统揭示了mTOR和ATF4在调控肺成纤维细胞氨基酸稳态、糖酵解和TCA循环代谢途径中的关键作用,并通过单细胞RNA-seq数据验证了这些通路在IPF患者病理成纤维细胞中的激活 | 研究主要基于体外细胞模型,体内验证不足;代谢组学分析可能未覆盖所有相关代谢物 | 阐明mTOR信号通路在肺纤维化中调控成纤维细胞代谢重编程的分子机制 | 人肺成纤维细胞和IPF患者肺组织样本 | 分子生物学与代谢研究 | 肺纤维化 | RNA测序、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析 | NA | 转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA-seq数据 | 未明确样本数量,但使用了人肺成纤维细胞和公开的单细胞RNA-seq数据集 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 183 | 2026-03-15 |
Stress-Induced Disruption of Circadian and Neuroimmune Networks in Lacrimal Glands Drives Dry Eye Pathogenesis
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.15.53
PMID:41400313
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研究论文 | 本研究探讨了慢性心理压力如何通过破坏泪腺的昼夜节律和神经免疫网络,驱动干眼病的发病机制 | 首次揭示了慢性压力导致泪腺昼夜节律输出解耦,并明确了神经内分泌信号在干眼病发病中的关键作用 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未考虑性别差异;干预措施仅部分恢复功能,未完全逆转病理变化 | 研究慢性压力如何改变泪腺的昼夜节律调控及神经内分泌信号在压力诱导干眼病中的作用 | 雄性C57BL/6J小鼠的泪腺组织 | 生物医学研究 | 干眼病 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学、血浆激素检测 | JTK_CYCLE算法 | 转录组数据、单细胞数据、组织学图像 | 未明确具体样本数量,但涉及多个时间点采集的小鼠泪腺组织 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2026-03-15 |
Altered Epithelial-Mesenchymal Progenitor States Lead to Matrix Deposition, Tissue Inflammation, and Transitional Epithelial State in Congenital Diaphragmatic Hernia
2025 Nov-Dec, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2025.2585371
PMID:41246903
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了先天性膈疝(CDH)肺中上皮-间质祖细胞状态的改变,导致基质沉积、组织炎症和上皮细胞过渡状态,从而影响肺发育 | 首次在CDH模型中利用单细胞RNA测序技术系统分析了间质祖细胞的异常状态及其对上皮-间质转化动态和炎症信号通路的干扰 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的直接适用性有待验证;样本量相对有限 | 探究先天性膈疝肺发育异常的细胞和分子机制 | 正常和CDH胎鼠肺组织(E17、E19、E21时间点) | 数字病理学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色 | Seurat | 单细胞转录组数据、图像数据 | 正常和CDH胎鼠肺组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2026-03-15 |
Cerulenin partially corrects the disrupted developmental transcriptomic signature in Huntington's disease striatal medium spiny neurons
2025-Jul-21, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf029
PMID:40336225
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了亨廷顿病(HD)诱导多能干细胞分化的纹状体中型多棘神经元(MSNs)的发育轨迹,并发现HD MSNs中多个关键基因下调,导致发育异常 | 利用单细胞RNA测序技术模拟人类胎儿纹状体神经元发育轨迹,首次在HD MSNs发育模型中识别出DLX家族转录因子等关键基因的下调,并通过L1000数据集筛选出新型小分子Cerulenin,部分恢复HD MSNs的DARPP-32水平和电活动 | 研究基于体外诱导多能干细胞模型,可能无法完全模拟体内神经发育的复杂性;Cerulenin的恢复效果仅为部分,且其长期影响和机制需进一步验证 | 探究突变HTT蛋白对MSNs发育的影响,并寻找能纠正HD相关转录组异常的小分子化合物 | 亨廷顿病诱导多能干细胞(iPSCs)及其等基因对照分化的纹状体中型多棘神经元(MSNs) | 神经科学 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | HD iPSCs和等基因对照分化的神经元群体,包括早期、中间祖细胞和新生MSNs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 186 | 2026-03-15 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease
2025-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序数据和遗传关联分析,识别了与血管疾病相关的细胞状态 | 开发了新的计算方法整合GWAS数据与单核表达谱,揭示了VSMC和成纤维细胞在疾病中的表型连续体 | 样本量相对较小(正常n=7,动脉瘤n=9,动脉粥样硬化n=2),且仅针对人类升主动脉组织 | 识别血管疾病早期功能障碍相关的特定血管亚群和中间细胞状态 | 人类升主动脉组织(正常、动脉瘤性和动脉粥样硬化) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 18个样本(7个正常,9个动脉瘤,2个动脉粥样硬化) | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2026-03-15 |
An accelerated human in-vitro aging model mimicsin-vivo aging and facilitates dynamic testing of anti-aging compounds
2025-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6173768/v1
PMID:40195985
|
研究论文 | 本研究开发了一种加速的人类体外衰老模型,模拟体内衰老过程,并用于动态测试抗衰老化合物 | 通过长期有丝分裂后培养人类成纤维细胞,真实再现并加速了体内衰老特征,结合单细胞转录组学揭示了衰老异质性,并利用该平台评估了抗衰老化合物的疗效 | 模型基于成纤维细胞,可能无法完全代表所有细胞类型的衰老过程,且体外环境与体内存在差异 | 研究人类特异性衰老动力学,开发实验平台以预测抗衰老治疗效果 | 人类成纤维细胞及其衍生的神经元 | 生物医学研究 | 衰老相关疾病 | 转录组学、表观遗传学分析、单细胞转录组学 | 体外衰老模型 | 转录组数据、表观遗传数据 | 未明确指定样本数量,但涉及成纤维细胞的长期培养和单细胞分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 188 | 2026-03-15 |
DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Mar-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026085
PMID:39791601
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是B细胞急性淋巴细胞白血病对伊珠单抗奥佐米星耐药的主要驱动因素 | 首次揭示DNTT在调节伊珠单抗奥佐米星诱导的DNA损伤反应和白血病耐药中的关键作用,并利用单细胞RNA测序展示了白血病内异质性 | 研究主要基于体外和动物模型,临床验证样本有限,耐药机制可能涉及其他因素 | 探究B细胞急性淋巴细胞白血病对伊珠单抗奥佐米星耐药的遗传基础 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞 | NA | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组CRISPR筛选,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,RNA测序数据 | 儿童肿瘤学组试验AALL1621中的B-ALL患者样本及患者来源异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 189 | 2026-03-15 |
Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988
PMID:40421026
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱,识别出C1 CXCL12+ ECs作为关键增殖驱动亚群,并探讨其在疾病进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序全面绘制动脉粥样硬化内皮细胞图谱,识别出C1 CXCL12+ ECs这一关键增殖驱动亚群,并揭示FOXM1在其中的调控作用 | NA | 揭示动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的关键作用,为精准免疫治疗提供新靶点 | 动脉粥样硬化中的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 190 | 2026-03-15 |
Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596916
PMID:40936897
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和IRIS3平台分析头颈鳞状细胞癌,发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次发现组蛋白甲基转移酶PRDM6在头颈癌中通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖的新功能,并揭示HPV病毒癌蛋白通过上调PRDM6表达与HPV阳性头颈癌相关 | 未明确说明样本量大小,机制研究可能仍需进一步实验验证 | 探究头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因调控网络及其在肿瘤进展中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | IRIS3(细胞类型特异性调控网络推断工具) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2026-03-14 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09653-0
PMID:41125888
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段和蚊虫-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜,揭示了疟原虫与按蚊中肠祖细胞的优先相互作用,并识别了调控卵囊生长的关键过程 | NA | 研究疟原虫在按蚊中肠内的发育过渡和相互作用,以理解传播机制 | 恶性疟原虫和按蚊 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据,显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 192 | 2026-03-14 |
LECT2 promotes liver regeneration across developmental stages by activating the ADAM10-NOTCH signaling pathway
2025-Dec-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000842
PMID:41811354
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序鉴定出LECT2作为肝脏再生过程中的关键介质,并揭示其通过激活ADAM10-NOTCH信号通路促进跨发育阶段肝脏再生的机制 | 首次发现LECT2作为跨发育阶段保守的促肝脏再生调节因子,并阐明其通过ADAM10-NOTCH信号通路发挥作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;机制研究虽深入但尚未完全解析所有下游效应 | 鉴定跨发育阶段保守的肝脏促再生调节因子并阐明其机制作用 | 野生型小鼠(1月龄、4月龄、12月龄、20月龄)及Lect2敲除小鼠,部分肝切除患者样本 | 分子生物学 | 肝脏疾病 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫荧光,共免疫沉淀,实时定量PCR,小分子抑制 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,组织染色图像 | 四个年龄组小鼠(具体数量未明确),部分肝切除患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 193 | 2026-03-14 |
Inference of Tumor Progression Patterns in Colon Cancer Using Optimal Cell Order Analysis in Single Cell Resolution
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3592571
PMID:40811186
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研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞RNA-Seq数据的计算方法,用于推断结肠癌中细胞群体的进展模式 | 开发了一种基于排序的方法,利用最优重排序层次结构推断进展模式,并提供了先进的三维可视化工具和新评估指标 | 方法主要基于单细胞RNA-Seq数据,可能未考虑其他组学层面或更大样本量的验证 | 推断结肠癌中细胞群体的动态进展模式,如分化、信号传导或肿瘤进化轨迹 | 人类结肠样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA-Seq | 基于排序的算法,主曲线可视化 | 单细胞RNA-Seq数据 | 未明确指定,但涉及真实人类结肠样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2026-03-14 |
Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML
2025-10-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009
PMID:40781032
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研究论文 | 本文通过整合scATAC-seq和线粒体DNA突变分析,揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常 | 开发并应用了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)技术,结合单细胞RNA-seq,构建了单细胞造血参考图谱,并利用内部算法cisGRN分析了顺式调控元件动态,发现了WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调的关联,以及早期出现的CRE突变通过引入CEBPB结合基序促进AML增殖的新机制 | NA | 研究急性髓系白血病(AML)的进展机制并识别预后生物标志物,以改善治疗结果 | 急性髓系白血病(AML)细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq),单细胞RNA-seq,线粒体DNA追踪,机器学习建模 | 机器学习模型 | 单细胞染色质可及性数据,单细胞转录组数据,线粒体DNA突变数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 195 | 2026-03-14 |
Multi-step genomics on single cells and live cultures in sub-nanoliter capsules
2025-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642839
PMID:40166192
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研究论文 | 本文开发了一种名为CAGEs的胶囊技术,用于在单细胞水平上进行高通量多步基因组学分析,包括活细胞培养与全基因组读出的结合 | CAGEs胶囊技术首次实现了在单细胞水平上结合活细胞培养与高通量多步基因组学分析,突破了传统方法在活细胞分析中的限制 | 未明确提及技术局限性,但可能涉及胶囊制备的复杂性或特定应用场景的适应性 | 开发一种新型单细胞分析平台,以支持活细胞的高通量多步基因组学测量 | 单细胞和活细胞培养 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞测序、基因组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 数万个扩展克隆的转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CAGEs胶囊技术 |
| 196 | 2026-03-14 |
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-08-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025
PMID:40695599
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示胆碱能波对视网膜神经节细胞转录组的影响具有类型特异性且程度有限 | 研究仅关注出生后第一周,未涵盖其他发育阶段;样本量相对有限 | 探究胆碱能波对视网膜神经节细胞基因表达的调控机制 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视觉系统发育异常 | 单细胞RNA测序,原位杂交,全细胞记录 | β2KO小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,使用野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2026-03-14 |
Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014
PMID:40516530
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研究论文 | 本文介绍了一种通过同时激活内皮细胞和平滑肌细胞谱系的转录因子,从诱导多能干细胞快速生成功能性血管类器官的简化方法 | 通过正交激活转录因子ETV2和NKX3.1,实现了内皮细胞和平滑肌细胞的高效共分化,无需ECM包埋即可在5天内生成功能性3D血管类器官 | NA | 开发一种快速、多功能的血管类器官平台,用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗 | 诱导多能干细胞(iPSCs)、内皮细胞(iECs)、平滑肌细胞(iMCs)以及生成的血管类器官(VOs) | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、Dox诱导系统、modRNA系统 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2026-03-14 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激反应状态 | 应用TempO-LINC平台生成大规模单细胞转录组数据,通过文献来源的应激反应通路基因特征对单个细胞进行评分,揭示细胞应激状态的异质性动态变化 | 仅使用HepaRG细胞系,暴露时间固定为24小时,未涵盖更长时间点或其他细胞类型 | 解码细胞在毒理学相关化学物质暴露下的应激状态,理解细胞适应性与终末反应之间的转换机制 | HepaRG细胞(约40,000个) | 单细胞转录组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | 广义Jaccard度量聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC平台 | TempO-LINC单细胞转录组平台 |
| 199 | 2026-03-14 |
Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression
2025-Jul-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412
PMID:40199574
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研究论文 | 本研究探讨了肠道和肝内CD8+ T细胞在酒精相关肝病(ALD)中的相反调控作用及其对疾病进展的影响 | 首次揭示了ALD中肠道和肝内CD8+ T细胞的相反调控机制,并发现BCL2在其中的关键作用,为治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,机制细节仍需进一步验证,且样本量可能有限 | 阐明肠道和肝内CD8+ T细胞在ALD发病机制中的调控作用及其对疾病进展的贡献 | ALD患者和小鼠模型(包括野生型、CD8特异性Bcl2转基因和Cd8 -/-小鼠) | NA | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学分析、功能研究 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、功能实验数据 | ALD患者和小鼠模型(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2026-03-14 |
Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain
2025-06-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025
PMID:40368603
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研究论文 | 本研究通过功能测定、长读长测序和空间转录组学,揭示了阿尔茨海默病与正常衰老大脑中L1反转录转座子ORF2 mRNA的序列多样性及其编码的酶活性差异 | 首次在人类大脑中鉴定出超过550种编码蛋白的单顺反子ORF2 mRNA变体,其数量是参考基因组的两倍多,并证实了这些变体具有内源性反转录酶和核酸内切酶活性 | 样本量相对较小(31个大脑样本),且主要关注大脑皮层,未涵盖其他脑区 | 探究人类大脑中内源性反转录酶活性的来源、L1 mRNA的多样性及其在阿尔茨海默病与正常衰老大脑中的差异 | 31个阿尔茨海默病患者和非疾病(正常衰老)捐赠者的大脑皮层样本 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学 | NA | RNA序列数据、空间转录组数据、酶活性数据 | 31个人类大脑样本(阿尔茨海默病与非疾病,包含两性) | PacBio | 长读长测序, 空间转录组学 | PacBio HiFi | 靶向PacBio HiFi长读长测序 |