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当前共找到 10549 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-05-06 |
Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer
2025-01-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01432-w
PMID:39825401
|
研究论文 | 通过对小鼠和人类前列腺单细胞转录组进行荟萃分析，揭示组织退化、再生和癌症中广泛的上皮可塑性 | 利用随机矩阵理论去噪并建立参考细胞类型分类，通过最优传输比较跨物种上皮细胞群体的转录组相似性，以及结合拷贝数变异分析揭示前列腺癌进展中的转录程序 | 未提及具体限制 | 研究前列腺上皮细胞在组织稳态、退化、再生及癌症中的动态变化和可塑性 | 小鼠和人类前列腺组织中的上皮细胞群体 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机矩阵理论, 最优传输 | 单细胞转录组数据 | 新生成和已发表的多个小鼠和人类前列腺单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2026-05-06 |
SenPred: a single-cell RNA sequencing-based machine learning pipeline to classify deeply senescent dermal fibroblast cells for the detection of an in vivo senescent cell burden
2025-01-14, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01418-0
PMID:39810225
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序的机器学习管道SenPred，用于分类深层衰老的真皮成纤维细胞，以检测体内衰老细胞负荷 | 首次利用2D和3D培养的深层衰老成纤维细胞的单细胞转录组数据，构建机器学习模型预测衰老；发现3D模型比2D更准确检测体内衰老细胞 | 目前仅为概念验证，仅针对特定细胞类型（真皮成纤维细胞）和衰老触发条件，无法推广到其他组织（如肺成纤维细胞） | 开发一个基于单细胞RNA测序的机器学习管道，以精准检测体内衰老成纤维细胞，助力衰老相关疾病研究 | 人类真皮成纤维细胞（2D和3D培养的深层衰老细胞，以及体内皮肤组织） | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习管道（未指定具体模型类型，如CNN等，故输出NA） | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 183 | 2026-05-06 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma
2025-01-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae258
PMID:39587400
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示了海胆物种Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运决定的进化重构 | 首次通过跨物种单细胞转录组时间序列分析，识别出海洋无脊椎动物发育调控网络的进化变化，发现主要生命史转变中细胞命运决定的时空分离 | 主要基于表达相关性推断调控相互作用，缺乏直接的实验验证，且仅比较了两个物种的祖先和衍生状态 | 研究胚胎发育中细胞命运决定的进化变化及其与表型多样性的关联 | 两种海胆：Heliocidaris erythrogramma（衍生状态）和Lytechinus variegatus（祖先状态）的胚胎细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 两种海胆物种的多个发育时间点单细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 184 | 2026-05-05 |
Multi-omics analysis reveals shared diagnostic and therapeutic targets in endometriosis and recurrent implantation failure
2025-12-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28877-8
PMID:41462508
|
研究论文 | 利用多组学数据分析揭示子宫内膜异位症和复发性植入失败共享的分子机制与诊断治疗靶点 | 首次通过多组学分析鉴定出子宫内膜异位症与复发性植入失败共享的15个枢纽基因，并利用单细胞测序明确其在基底上皮细胞中的表达特征 | 研究仅依赖公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证；共享基因的生物学功能仍需进一步实验确认 | 阐明子宫内膜异位症与复发性植入失败中影响子宫内膜容受性的共享分子机制 | 子宫内膜异位症患者和复发性植入失败患者的子宫内膜组织样本相关基因表达数据 | 机器学习 | 妇科疾病 | 多组学分析、加权基因共表达网络分析、单细胞测序、免疫荧光 | 加权基因共表达网络分析模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NCBIGEO数据库中多个数据集，具体病例数未在摘要中详述 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2026-05-05 |
Identification of diagnostic and prognostic phospholipid biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis via machine learning and in vivo validation
2025-Dec-12, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00845-3
PMID:41388329
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研究论文 | 通过机器学习与体内验证，确定了特发性肺纤维化中诊断和预后相关的磷脂生物标志物 | 结合WGCNA、机器学习与单细胞测序，首次构建了基于磷脂相关基因的IPF诊断和预后模型，并在动物模型中验证 | 需要进一步的临床验证来评估其临床应用价值 | 识别IPF中与磷脂相关的诊断和预后生物标志物 | 特发性肺纤维化患者及小鼠模型的肺组织和血液样本 | 机器学习 | 肺纤维化 | 微阵列芯片，单细胞测序，动物模型 | 机器学习模型（诊断和预后模型） | 基因表达数据 | 八个数据集，含多个IPF患者样本；单细胞测序样本；小鼠模型样本 | NA | 微阵列芯片，单细胞测序 | NA | NA |
| 186 | 2026-05-05 |
CrebA regulation of secretory capacity: genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies
2025-12-10, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyaf214
PMID:41052780
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内DNA结合研究，探索果蝇CrebA转录因子对分泌能力的调控机制 | 将单细胞RNA测序与体内DNA结合研究结合，系统分析CrebA在胚胎组织中的转录调控网络，揭示其与靶基因结合位点与功能调控的关系 | 尚不清楚功能性结合与非功能性结合的区别，以及CrebA是否在所有胚胎组织中均为主要分泌途径基因表达驱动因子 | 研究CrebA转录因子在果蝇胚胎中调控分泌能力的作用机制及其保守性 | 果蝇胚胎唾液腺及CrebA空突变体胚胎 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、DNA结合分析、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | CrebA空突变体胚胎与野生型胚胎的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2026-05-05 |
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-11-28, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf202
PMID:41157959
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序和系统基因组学分析，研究深分支Telonemid的进化关系 | 首次从太平洋远洋水域分离出TEL2亚群的单细胞，填补了Telonemia类群稀疏采样空白，并揭示了其与SAR超类群及其他不稳定超类群的系统发育关系 | 贝叶斯分析未能收敛到同一拓扑结构，且结果在不同数据子集和参数设置下表现出不稳定性 | 探究Telonemia类群与Stramenopila-Alveolata-Rhizaria超类群及其他稀疏采样超类群的进化关系 | 太平洋远洋水域中分离的单个Telonemid细胞（TEL2亚群） | 系统基因组学 | NA | 单细胞转录组测序、系统基因组学分析 | 最大似然法 | 转录组序列 | 1个单细胞样本（太平洋远洋水域） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2026-05-05 |
Integrated single-cell whole genome sequencing and spatial transcriptomics reveal latent intra-tumoral heterogeneity in ovarian cancer
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.676897
PMID:41279090
|
研究论文 | 通过整合单细胞全基因组测序和空间转录组学揭示卵巢癌中潜在的肿瘤内异质性 | 首次结合单细胞全基因组测序与空间转录组学，在细胞、克隆和亚克隆水平系统解析卵巢癌的肿瘤内异质性，并发现功能相关的拷贝数改变及驱动突变的自发回复现象 | 样本量较小（仅5例卵巢癌样本），且未涉及纵向研究或治疗前后对比 | 阐明卵巢癌肿瘤内异质性的分子特征及其对复发和治疗失败的影响 | 5例上皮性卵巢癌组织的单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序，空间转录组学 | NA | 基因测序数据，空间基因表达数据 | 5例卵巢癌样本 | 10x Genomics | 单细胞测序，空间转录组学 | 10x Chromium，10x Visium | 单细胞全基因组测序和空间转录组学平台 |
| 189 | 2026-05-05 |
Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions
2025-06, Best practice & research. Clinical haematology
DOI:10.1016/j.beha.2025.101634
PMID:40701740
|
综述 | 综述异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗后免疫重建的动态过程、决定因素及未来方向 | 综合比较了异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗两种情境下免疫重建的动力学特征，并提出了基于先进免疫分析技术（如流式细胞术和单细胞RNA测序）的个性化监测策略 | 未涉及具体患者队列数据，可能缺乏对临床实践中复杂因素的深入量化分析 | 总结免疫重建的动力学知识，评估不同移植和CAR-T治疗方案的影响，探讨优化免疫监测和治疗的个性化策略 | 异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗后的患者 | 机器学习 | 血液系统疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 190 | 2026-05-05 |
Divergent Plastid Genomes in the Deepest-Branching Apicomplexan Parasites
2025-05-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf117
PMID:40476362
|
研究论文 | 利用单细胞测序技术解析了最深分支顶复门寄生虫中质体基因组的多样性与进化 | 首次获取了所有四个已知古簇虫谱系中未培养代表的质体基因组数据，填补了顶复门质体基因组进化中的关键空白 | 未提及光合作用相关基因，且样本来自未培养的物种，可能限制基因组完整性的评估 | 研究顶复门寄生虫中质体（apicoplast）基因组的起源与进化 | 古簇虫谱系（archigregarines）中未培养代表的质体基因组 | 生物信息学 | 疟疾等相关寄生虫疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组序列 | 所有4个已知古簇虫谱系中未培养的代表性样本 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2026-05-05 |
Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon
2025-04-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf076
PMID:40305003
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学解析大西洋鲑全基因组复制后保留的重复基因的细胞类型特异性表达 | 首次通过单细胞转录组学技术，在细胞类型水平上研究全基因组复制事件后重复基因的表达差异和进化后果，并揭示不同细胞类型对细菌感染的转录反应差异 | 研究仅针对肝脏组织，且统计能力因细胞类型异质性而有所降低 | 理解全基因组复制事件后重复基因的细胞特异性表达及其功能与进化意义 | 大西洋鲑肝脏组织中的主要细胞类型（如肝细胞和免疫细胞） | 数字病理学 | 细菌感染（由杀鲑气单胞菌引起） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大西洋鲑肝脏组织样本（具体数量未在摘要中提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 192 | 2026-05-05 |
Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646342
PMID:40236200
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研究论文 | 研究10x Genomics Xenium平台基因表达探针组中脱靶结合对空间转录组分析准确性的影响 | 开发了Off-target Probe Tracker（OPT）软件工具，通过探针序列比对识别脱靶结合，并利用正交的空间和单细胞转录组数据验证预测结果 | 未提及具体局限性，但研究仅针对乳腺癌组织样本和特定基因面板，可能限制推广性 | 评估基于探针的空间转录组技术中脱靶结合对基因表达谱准确性的影响，提高数据生物学可解释性 | 10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中的280个基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 使用已发表的乳腺癌数据集，同一肿瘤块采集的Xenium、Visium CytAssist和3'单细胞RNA-seq样本 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 10x Xenium, 10x Visium CytAssist | 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel, Visium CytAssist, 10x 3'单细胞RNA测序 |
| 193 | 2026-05-04 |
Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection
2025-02-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01507-24
PMID:39727412
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研究论文 | 该研究通过条件性敲除小鼠的分泌细胞（潘氏细胞、杯状细胞和肠内分泌细胞），发现黏蛋白2（MUC2）和MHC II分子的缺失导致小鼠对轮状病毒感染产生罕见的抵抗力 | 首次揭示杯状细胞产物MUC2与MHC II分子在轮状病毒易感性中的未知关联，并发现分泌细胞缺失可赋予小鼠罕见的抗感染能力 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全代表人类轮状病毒感染的机制；未明确MUC2和MHC II在抗病毒中的协同作用细节 | 探究肠道分泌细胞（尤其是杯状细胞）在轮状病毒感染发病机制中的作用 | Atoh1条件性敲除小鼠（缺乏潘氏细胞、杯状细胞和肠内分泌细胞）及MUC2或MHC II缺陷小鼠 | 分子生物学 | 轮状病毒感染 | 单细胞RNA测序、条件性基因敲除 | Atoh1条件性敲除小鼠模型、MUC2敲除小鼠模型、MHC II敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 多种基因修饰小鼠品系，具体样本数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2026-05-03 |
CausalGRN: deciphering causal gene regulatory networks from single-cell CRISPR screens
2025-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.30.692369
PMID:41509211
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研究论文 | 提出CausalGRN算法框架，从单细胞CRISPR筛选数据中推断因果基因调控网络并预测未知扰动效应 | 通过自适应阈值校正消除稀疏单细胞RNA-seq数据中的虚假偏相关，结合扰动观测结果对无向图进行有向定向，实现因果关系推断 | 在多个实验数据集和模拟中验证，但未提及对大规模数据集的计算效率或罕见扰动类型的适用性限制 | 开发一种从单细胞CRISPR筛选数据推断因果基因调控网络的计算方法 | 单细胞CRISPR筛选数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选 | 网络传播模型（自适应阈值校正及有向图定向） | 单细胞基因表达数据 | 在多种模拟和实验数据集上验证，具体样本数量未在摘要中提供 | 不适用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 不适用 | 不适用 |
| 195 | 2026-05-03 |
ABCA4-mutant human retinal organoids sequencing reveals organoids application in inherited retinal diseases
2025-Dec, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析ABCA4突变的人类视网膜类器官，验证其作为遗传性视网膜疾病模型的可行性 | 首次通过单细胞RNA测序在细胞和转录组水平验证人类视网膜类器官能够捕捉ABCA4突变导致的Stargardt病早期分子变异 | NA | 验证人类视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的能力 | 2名Stargardt病患者与健康对照的视网膜类器官 | 机器学习 | 遗传性视网膜疾病, 斯塔加特病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个患者样本和健康对照的视网膜类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 196 | 2026-05-03 |
Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs
2025-Nov-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14231866
PMID:41369355
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了产前唐氏综合征（T21）胎儿肺部的免疫细胞变化，发现B细胞显著减少，可能解释了对呼吸道感染的易感性增加 | 首次在产前阶段利用单细胞RNA测序技术系统描绘唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞图谱，并发现B细胞数量和成熟标志物的显著改变 | 样本量较小（T21组5例，对照组4例），且仅关注产前阶段，未探讨出生后免疫系统的变化 | 探究产前唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化，以解释其对呼吸道感染易感性增高的原因 | 产前唐氏综合征（T21）和非唐氏综合征（非T21）胎儿的肺部组织 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 免疫荧光染色, qRT-PCR | NA | 单细胞转录组数据, 组织切片图像 | 5例唐氏综合征胎肺和4例非唐氏综合征胎肺 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 197 | 2026-05-03 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-11-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
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研究论文 | 通过时间序列单细胞RNA测序和单核ATAC测序，研究小鼠皮层放射状胶质细胞谱系进程驱动的细胞多样化 | 首次结合时间序列scRNA-seq和snATAC-seq，系统揭示了放射状胶质细胞从早期到晚期转变过程中，通过限制广泛表达的转录因子到特定阶段和细胞类型，驱动皮层细胞多样化的染色质可及性机制 | 未提及 | 研究小鼠皮层放射状胶质细胞内在程序如何驱动皮层细胞多样化 | 纯化的小鼠皮层祖细胞（放射状胶质细胞、中间神经元祖细胞、中间胶质祖细胞） | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 多个胚胎和出生后阶段的小鼠皮层祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序 | NA | NA |
| 198 | 2026-05-03 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-data set cell type annotation with CAMUS
2025-Nov-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
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研究论文 | 提出了一种名为CAMUS的跨数据集细胞类型注释方法，通过通用参考数据和方法选择策略实现高准确率和高效率的注释 | 首次提出一种通用的参考数据和方法选择策略，用于跨数据集细胞类型注释，显著提升注释准确率 | 未明确提及局限性，但可能依赖于参考数据集的多样性和覆盖度 | 开发一种能够自动选择最佳参考数据和方法的高准确率细胞类型注释方法 | 跨物种单细胞RNA测序、单细胞空间转录组和单细胞ATAC测序数据集 | 机器学学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达矩阵 | 672对跨物种单细胞RNA测序数据集、80个单细胞空间转录组数据集和5个单细胞ATAC测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 199 | 2026-05-03 |
Single-cell RNA profiling of blood CD4+ T cells identifies distinct helper and dysfunctional regulatory clusters in children with SLE
2025-Nov, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02297-2
PMID:41120754
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童系统性红斑狼疮（SLE）患者血液中CD4+ T细胞的异质性，发现辅助性和功能失调的调节性T细胞亚群 | 首次在儿童SLE患者中通过单细胞RNA测序详细描绘CD4+ T细胞的复杂亚群，特别是发现功能失调的调节性T细胞亚群与狼疮肾炎相关，并揭示TLR5和FCRL3在SLE初始T细胞中的上调可能关联粘膜微生物失调 | 未提供具体局限性信息 | 阐明系统性红斑狼疮（SLE）中CD4+ T细胞的复杂性和亚群特征，以理解其对疾病活动性和免疫失调的影响 | 儿童SLE患者和健康供体的血液CD4+ T细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自儿科患者和健康供体的血液CD4+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用分选后的血液CD4+ T细胞进行单细胞RNA测序 |
| 200 | 2026-05-03 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113269
PMID:40894860
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示哺乳期乳腺细胞中母乳低聚糖的生物合成程序 | 首次通过单细胞转录组学与HMO浓度测量相结合的方法，鉴定出上皮细胞亚群中HMO合成基因的差异表达模式，并发现多个候选基因和可能调控HMO生物合成的转录因子 | 未明确说明局限性 | 探究哺乳期乳腺中母乳低聚糖的复杂生物合成通路 | 人类乳腺细胞（lactocytes）中的上皮细胞亚群 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |