单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-15	Leveraging diverse liquid-liquid phase separation patterns to predict the prognosis and immunotherapy of pediatric acute myeloid leukemia 2025-Aug-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14718-4 PMID:40826052	研究论文	本研究通过多组学分析开发了一个基于液-液相分离（LLPS）相关基因的预后风险模型，用于预测儿童急性髓系白血病（P-AML）的预后、免疫治疗反应及靶向治疗敏感性	首次在P-AML中系统研究LLPS的作用，并构建了结合多组学数据和临床特征的独立预后模型及诺莫图	研究基于回顾性队列数据，需前瞻性验证；模型在外部队列中的泛化能力仍需进一步评估	预测P-AML患者的预后、免疫细胞浸润模式、免疫治疗反应及靶向治疗敏感性	儿童急性髓系白血病（P-AML）患者	数字病理	白血病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、多组学分析	LASSO回归、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析	RNA测序数据、临床数据	TARGET-AML队列及外部验证队列（具体样本数未明确说明）
182	2025-09-15	Unveiling migraine subtype heterogeneity and risk loci: integrated genome-wide association study and single-cell transcriptomics discovery 2025-Aug-18, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02128-7 PMID:40826382	研究论文	本研究通过整合GWAS和单细胞空间转录组学数据，揭示偏头痛亚型的遗传异质性和空间分子机制	开发了gsMap算法整合sc-ST和GWAS数据，首次在单细胞分辨率下绘制偏头痛亚型相关的空间细胞结构	研究主要基于欧洲人群数据，可能存在人群特异性限制	解析偏头痛亚型的遗传基础和空间分子机制差异	偏头痛伴先兆(MA)和不伴先兆(MO)患者	生物信息学	偏头痛	GWAS, sc-ST, LDSC, HDL, SMR, FUSION, MAGMA, JTI-PrediXcan, PoPS	多组学整合分析框架	基因组、转录组、表观基因组和空间转录组数据	FinnGen R11和国际队列的GWAS数据
183	2025-09-15	FPR3 orchestrates macrophage polarization in breast cancer: multi-omics dissection of prognostic relevance and therapeutic targeting 2025-Aug-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03942-4 PMID:40826412	研究论文	通过多组学分析揭示FPR3在乳腺癌中调控巨噬细胞极化的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次整合bulk RNA-seq、甲基化组、单细胞转录组和空间转录组数据，系统解析FPR3在乳腺癌中的表达特征及其与巨噬细胞极化的关联，并通过分子对接筛选出靶向FPR3的潜在抑制剂	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证和临床前模型数据	探究FPR3在乳腺癌中的表达特征、预后价值及其调控巨噬细胞极化的机制	乳腺癌患者组织样本和巨噬细胞	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 甲基化测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	未明确说明样本数量，但包含多组学数据集和乳腺癌亚型分析
184	2025-09-15	Single-cell transcriptomics uncovers key immune drivers of vaccine efficacy in cattle 2025-Aug-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11915-0 PMID:40826444	研究论文	通过单细胞转录组学揭示牛疫苗效力的关键免疫驱动因素	首次在安格斯牛中利用单细胞RNA测序构建高分辨率PBMC图谱，并关联细胞免疫反应表型与免疫细胞功能	研究仅针对安格斯牛品种，结果可能不适用于其他牛种；样本量相对有限	解析牛免疫细胞组成与功能表型的关联，提升疫苗效力与疾病抵抗力	安格斯牛的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	兽医学/传染病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类，CellChat细胞间通信分析	单细胞转录组数据	超过29,000个外周血单核细胞（PBMCs）
185	2025-09-15	COL10A1+ fibroblasts promote colorectal cancer metastasis and M2 macrophage polarization with pan-cancer relevance 2025-Aug-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03510-8 PMID:40826474	研究论文	本研究通过多组学分析鉴定了一个COL10A1阳性成纤维细胞亚群（COL10A1+Fib），该亚群通过促进结直肠癌转移和M2巨噬细胞极化驱动肿瘤进展	首次发现COL10A1+Fib通过COL10A1/CD18/JAK1/STAT3信号轴诱导M2巨噬细胞极化，并与TGF-β/RUNX2通路形成促肿瘤反馈环路	研究主要基于多组学数据分析和体外验证，临床转化潜力需进一步验证	揭示癌症相关成纤维细胞（CAFs）的功能异质性及其在结直肠癌转移中的作用机制	结直肠癌患者样本（10,164例）及体外模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组、空间转录组、蛋白质组学、多组学整合分析	NA	多组学数据（转录组、蛋白质组）、体外实验数据	10,164个样本（包含单细胞、bulk、空间转录组和蛋白质组数据）
186	2025-09-15	Unraveling the causal role of TGF-βRII in osteoporosis and the potential of its associated differential genes as novel targets 2025-Aug-18, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02971-z PMID:40826484	研究论文	本研究探讨TGF-βRII在骨质疏松症中的因果作用及其相关差异基因作为治疗靶点的潜力	首次通过孟德尔随机化证实TGFBRII与骨质疏松症的因果关联，并发现ID2、ID4、LRRC32、EMP3等基因通过TGF-β通路影响骨髓间充质干细胞分化的新机制	研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏体内实验和临床干预数据	阐明TGF-β信号通路在骨质疏松症发病中的作用并探索新的治疗靶点	骨质疏松症患者和健康对照的骨髓间充质干细胞(MSCs)	生物医学研究	骨质疏松症	基因表达数据分析、孟德尔随机化、单细胞RNA-seq、RT-qPCR、ceRNA网络分析、免疫浸润分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	GEO数据库中的骨质疏松症患者和健康对照样本（具体数量未明确说明）
187	2025-09-15	Temporal Clonal Tracing and Functional Perturbation Reveal Niche-Adaptive and Tumor-Intrinsic IFNγ Dependencies Driving Ovarian Cancer Metastasis 2025-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.669778 PMID:40832237	研究论文	本研究通过单细胞条形码和转录组分析揭示卵巢癌转移中早期播散克隆的富集及其对IFNγ信号的内在依赖性	开发了MetTag单细胞追踪技术，首次发现腹水微环境中IFNγ驱动的转录轨迹是卵巢癌转移的关键适应性机制	研究主要聚焦于卵巢癌腹膜转移模型，其他转移器官的机制可能未完全涵盖	解析卵巢癌转移过程中肿瘤细胞与转移微环境的时空动态互作机制	卵巢癌播散肿瘤细胞(DTCs)和转移微环境中的免疫细胞	癌症生物学	卵巢癌	单细胞条形码追踪(MetTag)、scRNA-seq、CRISPR/Cas9筛选、速度分析	NA	单细胞转录组数据、基因表达数据	卵巢癌转移模型中的播散肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞
188	2025-09-15	PTK6 mediated immune signatures revealed by single cell transcriptomic and multi omics big data analysis in cervical cancer 2025-Aug-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03365-7 PMID:40818002	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学大数据分析，揭示了PTK6在宫颈癌中的免疫特征及其作为预后生物标志物的作用	结合单细胞RNA测序和15种机器学习算法构建预后模型，首次系统阐明PTK6在宫颈癌免疫微环境中的关键作用	研究主要基于公共数据库（TCGA和GEO）数据，实验验证仅局限于H8和HeLa细胞系	开发宫颈癌预后工具并探索PTK6作为免疫浸润相关生物标志物的价值	宫颈癌患者样本和细胞系（H8、HeLa）	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、siRNA敲低、多组学数据分析	多种机器学习算法	转录组数据、单细胞数据	TCGA和GEO数据库中的宫颈癌样本，以及H8和HeLa细胞系
189	2025-09-15	RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669542 PMID:40832184	研究论文	提出一种名为RESCUE的计算方法，用于恢复空间转录组学中被现有分析方法遗漏的特殊表达模式	能够捕获脆弱细胞类型、亚细胞结构（如神经突）和细胞外表达等传统方法易忽略的空间表达模式	NA	提升空间转录组数据分析的鲁棒性和完整性，避免有偏分析和错误生物学解释	空间转录组数据，特别是蜜蜂大脑MERFISH数据及多种ST数据集	生物信息学	NA	空间转录组学（ST），MERFISH	计算方法（未指定具体模型）	基因表达空间数据	多个ST数据集（未明确样本数量）
190	2025-09-15	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火增强的QUBO方法进行单细胞RNA测序数据的特征选择，以识别与细胞分化和抗癌药物耐药性相关的关键基因	首次将量子退火赋能的QUBO方法应用于scRNA-seq数据特征选择，能够发现传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式	NA	改进单细胞RNA测序数据分析中的特征选择方法	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	QUBO（二次无约束二进制优化）	基因表达数据	NA
191	2025-09-15	Neoadjuvant immunotherapy promotes the formation of mature tertiary lymphoid structures in a remodeled pancreatic tumor microenvironment 2025-Aug-15, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387 PMID:40815230	研究论文	本研究通过空间多组学分析揭示了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成及肿瘤微环境重塑的机制	首次构建了免疫治疗下PDAC的空间多组学图谱，并利用机器学习方法鉴定了TLS特异性空间基因表达特征与生存改善的关联	研究样本来源于特定治疗方案患者，结论普适性需进一步验证	探究三级淋巴结构在胰腺癌免疫治疗中的作用及空间特征	胰腺导管腺癌患者肿瘤组织及肿瘤邻近淋巴结	数字病理	胰腺癌	成像质谱流式技术、空间转录组学、机器学习图像分类	无监督学习模型	组织图像、空间转录组数据	接受联合新辅助免疫治疗的PDAC患者样本
192	2025-09-15	Transcriptomic HEPN1 signatures predict treatment response in low grade glioma 2025-Aug-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03395-1 PMID:40815398	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法探索HEPN1作为胶质瘤铁死亡治疗反应的关键生物标志物	首次在单细胞分辨率下系统解析HEPN1等铁死亡相关基因的表达模式及其在胶质瘤微环境细胞异质性中的作用	研究主要基于公共数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	确立HEPN1作为指导胶质瘤铁死亡靶向治疗的关键生物标志物	胶质瘤患者基因表达数据及GL261、BV2细胞系	生物信息学	胶质瘤	单细胞RNA测序, WGCNA, 差异表达分析	基因共表达网络	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的胶质瘤数据集及GL261/BV2细胞系实验
193	2025-09-15	Preventive role of CD163-positive macrophages in postoperative peritoneal adhesions 2025-Aug-15, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00392-3 PMID:40817081	研究论文	本研究探讨CD163阳性巨噬细胞在预防术后腹膜粘连中的保护作用及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序鉴定出CD163阳性巨噬细胞亚群，并揭示其通过调节纤溶系统减少粘连形成的新机制	NA	识别参与粘连形成的巨噬细胞功能亚型并开发术后腹膜粘连防治新策略	人类阑尾炎术后腹膜粘连模型、小鼠盲肠结扎穿孔模型、原代巨噬细胞和间皮细胞系	NA	术后并发症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类术后腹膜粘连样本及小鼠模型
194	2025-09-15	Illuminating photoreceptors: TGFβ signaling modulates the severeness of retinal degeneration 2025-Aug-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02685-5 PMID:40817252	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和伪时间分析探索TGFβ信号在光诱导视网膜变性中的作用	结合光诱导视网膜变性小鼠模型与单细胞RNA测序，首次揭示TGFβ信号和RISC在光损伤感光细胞中的关键调控作用	研究基于小鼠模型，人类视网膜变性的分子机制可能存在差异	阐明导致感光细胞死亡的精确分子机制	小鼠视网膜感光细胞	生物医学研究	视网膜变性疾病（如AMD和RP）	单细胞RNA测序，伪时间分析	NA	基因表达数据	光损伤和对照组小鼠感光细胞集群
195	2025-09-15	Immature monocytic cells within tumors differentiate into immunosuppressive cells in resistant tumors to immunotherapy 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113141 PMID:40822347	研究论文	本文探讨了未成熟单核细胞在免疫治疗耐药肿瘤中分化为免疫抑制细胞的作用及其机制	发现MDP-cMOPs群体在耐药肿瘤中通过CXCR4和IL6R途径促进免疫抑制，并验证联合靶向治疗可改善ICI响应	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，人类样本验证仍需进一步开展	解析骨髓细胞在免疫检查点抑制剂耐药性中的作用机制	4T1乳腺癌克隆模型及公共数据库中的乳腺癌、肺癌和结直肠癌患者数据	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	突变处理的ICI敏感和耐药4T1克隆及公共人类癌症数据集
196	2025-09-15	Identification and mechanistic insights of ubiquitin-proteasome system and pyroptosis-related biomarkers in type 2 diabetes mellitus 2025-Aug-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v16.i8.104879 PMID:40837339	研究论文	通过生物信息学分析识别2型糖尿病中与泛素-蛋白酶体系统和细胞焦亡相关的生物标志物	首次整合泛素化与细胞焦亡过程，发现四个新型生物标志物（ABCC8、RBP4、RASGRF1、SLC34A2）并揭示其与免疫细胞及药物靶点的关联	依赖公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证机制	探究2型糖尿病中泛素-蛋白酶体系统和细胞焦亡相关基因的作用机制	人类基因表达数据与2型糖尿病样本	生物信息学	2型糖尿病	RNA-seq, qPCR, western blot, 单细胞测序	生物信息学分析（差异表达分析、GSEA、ssGSEA、ceRNA网络）	基因表达数据	三个数据集（GSE76894、GSE41762、GSE86469），包含多个人类样本
197	2025-09-15	Autoimmune origin for immune checkpoint inhibitor-diabetes revealed by deep immune phenotyping of the pancreas 2025-Aug-14, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011818 PMID:40813111	研究论文	通过胰腺深度免疫表型分析揭示免疫检查点抑制剂相关糖尿病（CPI-D）的自身免疫起源	首次利用胰腺手术切除样本进行单细胞RNA测序和免疫表型分析，证实CPI-D为自身免疫而非自身炎症机制起源	研究仅基于单一病例，样本量有限	探究免疫检查点抑制剂相关糖尿病（CPI-D）的发病机制	一名接受CPI治疗转移性黑色素瘤后发生CPI-D并后续发展为胰腺癌的患者	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫表型分析	NA	RNA测序数据，免疫表型数据	1例患者（胰腺手术切除样本）
198	2025-09-15	Decoding the Effects of Bexarotene treatment on brain of AD-like model mice: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis 2025-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7201032/v1 PMID:40831503	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，探索Bexarotene治疗对AD模型小鼠大脑中RXR介导的调控机制	首次结合snATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq技术，揭示RXR激活通过现有TF网络调控而非破坏神经元基本调控支架的多层转录级联	研究局限于APP/PS1ΔE9小鼠模型，未涉及人类样本或其他AD模型验证	探究RXR激活对染色质结构和基因表达的影响，为神经退行性疾病提供治疗策略	Bexarotene处理的APP/PS1ΔE9转基因AD模型小鼠	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snATAC-seq, ChIP-seq, TF足迹分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据、ChIP-seq数据	NA
199	2025-09-15	Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome 2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669722 PMID:40832253	研究论文	利用深度学习结合空间转录组学等技术，揭示结直肠癌组织架构与细胞状态间的协同进化关系及其对疾病结局的影响	开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，首次发现组织架构与细胞状态间的反馈循环驱动肿瘤异质性演化	研究主要聚焦结直肠癌，尚未验证该范式在其他癌种中的普适性	探究肿瘤异质性与组织架构的协同进化关系及其对临床结局的预测价值	结直肠癌患者组织样本及类器官模型	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官培养	深度学习	组织图像、转录组数据、蛋白质表达数据	未明确样本数量（结直肠癌患者组织及类器官）
200	2025-09-15	Multi-Ancestry Transcriptome-wide Association Studies Uncover New Insights into Breast Cancer Genetics and Biology 2025-Aug-13, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.12.25333509 PMID:40832405	研究论文	通过多祖先转录组范围关联研究（TWAS）发现乳腺癌易感基因并探索其生物学机制	开发了祖先特异性遗传模型，首次系统整合基因表达、选择性剪接和3' UTR多聚腺苷化预测，并发现103个TWAS未报告新基因及46个远离已知风险变异的基因	研究基于正常乳腺组织样本，样本量相对有限（n=652），且功能验证仍需进一步实验支持	识别乳腺癌遗传易感基因并解析其生物学通路	欧洲、非洲和亚洲 ancestry 的178,534例乳腺癌患者和248,300例对照	遗传学	乳腺癌	TWAS, GWAS, 单细胞RNA测序	祖先特异性遗传预测模型	基因组数据、转录组数据	训练集652名女性（正常乳腺组织），验证集426,834人（病例与对照）