单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10620 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-29 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2025-12-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scGBM的新方法，用于单细胞RNA测序数据的模型降维，通过泊松双线性模型改进标准降维方法 | 开发了scGBM方法，使用泊松双线性模型直接建模计数数据，引入快速估计算法以扩展到百万级细胞数据集，并量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确提及具体局限性，但可能涉及模型假设或计算效率的进一步验证 | 解决单细胞RNA测序数据降维中的问题，如虚假异质性和生物变异性掩盖 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松双线性模型 | 计数矩阵 | 数百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-29 |
Consensus Molecular Subtypes (CMS) Classification: a progress towards Subtype-Driven treatments in colorectal cancer
2025-Nov-24, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-04117-1
PMID:41276825
|
综述 | 本文综述了结直肠癌共识分子分型（CMS）的分类、预后预测作用、识别方法及其在指导个体化治疗中的应用与挑战 | 系统总结了基于基因表达谱、免疫组化（IHC）和基于深度学习的图像分类器（imCMS）等多种CMS识别方法，并探讨了利用单细胞RNA测序解决肿瘤内异质性（ITH）等新兴策略 | 肿瘤内异质性（ITH）和技术障碍阻碍了CMS分类在临床中的广泛采用 | 回顾CMS分类在结直肠癌中的预后和预测作用，评估其指导个体化治疗的潜力，并探讨临床应用的障碍与解决方案 | 结直肠癌（CRC）及其共识分子亚型（CMS1-4） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 基因表达谱分析，免疫组化（IHC），单细胞RNA测序，基于计算模型的图像分类（如深度学习） | 深度学习 | 基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-29 |
Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma
2025-11, Nature reviews. Urology
DOI:10.1038/s41585-024-00980-x
PMID:39789293
|
综述 | 本文总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用和发现 | 首次系统回顾了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌中的研究，揭示了肿瘤微环境的空间异性和相互作用 | 目前仅针对透明细胞肾细胞癌这一亚型，且技术应用尚处于早期阶段 | 探讨空间转录组学在肾细胞癌研究中的潜力和应用价值 | 透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-03-29 |
Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903
PMID:40570375
|
研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和染色质可及性图谱，揭示了年龄相关差异的基因调控程序 | 通过整合转录组和染色质可及性数据，结合CRISPR扰动与单细胞RNA测序，鉴定了调控T细胞发育年龄差异的保守转录因子Zbtb20 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且单细胞测序技术可能受限于细胞捕获效率和测序深度 | 探究T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析, CRISPR扰动 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-29 |
SwarmMAP: Swarm Learning for Decentralized Cell Type Annotation in Single Cell Sequencing Data
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.13.632775
PMID:39868099
|
研究论文 | 本文开发了一种名为SwarmMAP的基于群体学习（Swarm Learning）的机器学习方法，用于在单细胞测序数据中以去中心化的方式自动进行细胞类型注释 | 首次将群体学习应用于单细胞测序数据的细胞类型注释，实现了在无需交换原始数据的情况下进行去中心化模型训练，解决了数据隐私和可扩展性问题 | 摘要中未明确提及具体的研究局限性 | 开发一种标准化、自动化且保护隐私的跨数据集细胞类型注释方法 | 人类心脏、肺和乳腺组织的单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基于Swarm Learning的机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | 摘要中未提供具体样本数量，涉及多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-29 |
RARS1 inhibits ENO1 ubiquitination and degradation to protect against ferroptosis in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1686597
PMID:41451236
|
研究论文 | 本研究探讨了RARS1基因在肝细胞癌（LIHC）进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示了RARS1通过抑制ENO1的泛素化和降解来保护肝细胞癌免受铁死亡的影响，并基于AR-DEGs对LIHC进行了分子亚型分类 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且药物敏感性分析仅限于AH.6809一种化合物 | 研究RARS1在肝细胞癌进展中的作用及其治疗潜力 | 肝细胞癌（LIHC）患者和细胞系 | 生物信息学与分子生物学 | 肝细胞癌 | 差异表达分析、Cox回归分析、非负矩阵分解（NMF）、转录组学、单细胞测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-03-28 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式细胞术分析多种癌症中T细胞动态的方案 | 整合了单细胞多组学技术和基因调控网络分析，以识别与免疫检查点阻断反应相关的T细胞亚群和预测性生物标志物 | NA | 解码免疫治疗响应的免疫预测因子 | 多种癌症中的T细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备，支持稳态或炎症状态下的分析，并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法，以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议，通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞，以及增殖神经干细胞与祖细胞，解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据，可能受数据质量和测序深度限制，且仅针对小鼠海马神经干细胞，未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
|
研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME，用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器，以深度学习方式解析空间生态位，适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-03-28 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
|
研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝脏组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组片段分布 | 开发了一种单细胞RNA测序协议，能够同时定量HBV转录本丰度并绘制全基因组读取分布图，为病毒表达模式和HBV-宿主相互作用提供单细胞分辨率分析 | NA | 建立一种协议以详细分析HBV感染的肝脏组织中病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-28 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术来追踪单细胞来源克隆的实验方案 | 通过构建和验证慢病毒DNA条形码文库，结合单细胞RNA测序，实现了对克隆生长活动与转录组谱的关联分析，为永久性细胞标记和克隆动态追踪提供了新方法 | NA | 开发一种追踪单细胞来源克隆的实验方案，以研究克隆适应性和可塑性在肿瘤异质性中的作用 | 单细胞来源的克隆 | 数字病理学 | 肿瘤 | DNA条形码技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-03-28 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于研究人类肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验方案 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤，并提供了分析细胞间通讯的计算框架 | NA | 研究肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 人类肺癌组织中的成纤维网状细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，高分辨率显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-03-28 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶标调控级联的协议 | 该协议整合了细胞外信号和空间依赖性，克服了传统方法忽略空间约束的局限 | NA | 旨在系统性地绘制复杂组织（如发育胚胎和肿瘤）中的信号通路 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架（SpaGRN） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-03-28 |
Endothelial LRRC8A mitigates pressure overload-induced cardiac hypertrophy by promoting coronary angiogenesis
2025-Dec-07, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10021-9
PMID:41353685
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞LRRC8A通过促进冠状动脉血管生成来减轻压力超负荷诱导的心脏肥大的作用和机制 | 首次发现内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的关键作用，并阐明其通过调控VEGF-VEGFR2轴和VEGFR2内吞作用促进冠状动脉血管生成的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证；基因治疗的长效性和安全性尚未评估 | 探究内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的作用和分子机制 | 心脏肥大患者和小鼠的心脏组织、心脏内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、基因敲除、AAV9基因治疗 | NA | 基因表达数据、组织学图像、细胞功能数据 | 患者和小鼠心脏组织样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-03-28 |
Quantum annealing for enhanced feature selection in single-cell RNA sequencing data analysis
2025-Dec, Quantum machine intelligence
IF:4.1Q2
DOI:10.1007/s42484-025-00312-1
PMID:41884061
|
研究论文 | 本研究将量子退火赋能的二次无约束二进制优化（QUBO）方法应用于单细胞RNA测序数据的特征选择，以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的QUBO方法应用于scRNA-seq数据的特征选择，能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未明确说明量子退火硬件平台的具体配置及与传统方法的量化比较结果 | 开发增强单细胞RNA测序数据特征选择的新方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 量子退火赋能的QUBO模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-03-28 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Develops a Glutamine Metabolism-Based Prognostic Model and Identifies MSMO1 as a Therapeutic Target in Osteosarcoma
2025-11-28, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15121664
PMID:41463320
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量队列数据，开发了一个基于谷氨酰胺代谢的骨肉瘤预后模型，并鉴定出MSMO1作为潜在治疗靶点 | 首次在骨肉瘤中建立了基于谷氨酰胺代谢的患者分层框架，通过单细胞数据揭示了肿瘤内异质性，并采用多算法整合和机器学习方法构建了可外部验证的预后模型 | 模型在独立队列中的区分能力仅为中等水平，需要进一步的机制研究和体内实验验证 | 开发骨肉瘤的预后模型并识别治疗靶点 | 骨肉瘤患者样本和U2OS细胞系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，机器学习 | Step-Cox [forward] + Ridge回归 | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量，但包含多个独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-03-28 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2025-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64990-y
PMID:41266321
|
研究论文 | 本文系统性地对三种商业成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能进行了基准测试 | 首次在包含多种肿瘤和正常组织类型的TMA样本上，对10X Xenium、Vizgen MERSCOPE和Nanostring CosMx三种iST平台进行了全面的技术和生物学性能比较 | 研究仅基于TMA样本，可能无法完全代表完整组织切片的情况；未涵盖所有可用的iST平台 | 评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能，为研究者选择合适方法提供指导 | 包含17种肿瘤和16种正常组织类型的组织微阵列（TMA）连续切片 | 空间转录组学 | 多种肿瘤 | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 33种组织类型（17种肿瘤和16种正常组织）的TMA样本 | 10x Genomics, Vizgen, Nanostring | 成像空间转录组学 | 10X Xenium, Vizgen MERSCOPE, Nanostring CosMx | 三种商业成像空间转录组学平台应用于FFPE组织 |
| 19 | 2026-03-28 |
Rewriting the Fate of Cancer: Epigenetic and Epitranscriptomic Regulators in the Metastatic Cascade
2025-11-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15111573
PMID:41301491
|
综述 | 本文综述了表观遗传和表观转录组调控因子在癌症转移级联中的作用，重点关注甲基化修饰 | 整合了DNA甲基化、RNA修饰和非编码RNA在转移中的相互作用，提出了控制转移的连贯框架 | NA | 阐明表观遗传和表观转录组机制如何调控癌症转移过程 | 癌症转移过程中的恶性细胞 | NA | 癌症 | 多组学方法、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-03-28 |
Bi-specific T cell-engaging antibody triggers protective immune memory and glioma microenvironment remodeling in immune-competent preclinical models
2025-Oct-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011714
PMID:41151835
|
研究论文 | 本研究在免疫健全的临床前模型中评估了双特异性T细胞衔接抗体（BTE）对胶质母细胞瘤的治疗机制，揭示了其通过激活T细胞、诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境来延长生存期 | 在免疫健全的动物模型中首次系统评估BTE的作用机制，揭示了其在胶质母细胞瘤治疗中诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境的新功能 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 | 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤治疗中的作用机制 | 表达IL13RA2的胶质母细胞瘤细胞和免疫健全的小鼠模型 | 免疫肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光、多参数MRI | NA | 流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、影像数据 | 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |