单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-23	Integrating scRNA-seq and Visium HD for the analysis of the tumor microenvironment in the progression of colorectal cancer 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113752 PMID:39642568	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组技术，分析了结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	本文首次结合高分辨率空间转录组学技术，深入研究了结直肠癌肿瘤微环境的动态变化，并发现了NOTUM+上皮细胞和IGHG1/3+浆细胞在正常组织与腺瘤交界处的聚集现象	本文主要基于数据分析，缺乏实验验证，且样本量未明确说明	研究结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，Visium HD空间转录组	NA	转录组数据	NA
2	2024-12-23	The prognostic significance and potential mechanism of PFDN4 in hepatocellular carcinoma 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113761 PMID:39644788	研究论文	本研究探讨了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	首次系统研究了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响，并揭示了其通过MAPK/ERK信号通路调控肝细胞癌行为的机制	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏更大规模的临床样本验证	探讨PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响	NA	肝细胞癌	CCK-8, EdU, 伤口愈合, Transwell, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多个数据库和临床样本, 稳定敲低和过表达PFDN4的肝细胞癌细胞系
3	2024-12-23	An Integrative analysis of single-cell RNA-seq, transcriptome and Mendelian randomization for the Identification and validation of NAD+ Metabolism-Related biomarkers in ulcerative colitis 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113765 PMID:39647286	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、转录组数据和孟德尔随机化分析，识别和验证了与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）代谢相关的生物标志物在溃疡性结肠炎中的作用	首次通过多组学数据整合和孟德尔随机化分析，识别并验证了NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的生物标志物作用	研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和外部验证不足的问题	探索NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的潜在作用，并验证其作为生物标志物的可行性	NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的表达模式及其作为生物标志物的潜力	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、孟德尔随机化分析、实时定量聚合酶链反应	机器学习	基因表达数据	使用了GSE87466、GSE75214和GSE224758等多个数据集，样本数量未明确提及
4	2024-12-23	MSR1 in lung squamous cell carcinoma: Prognostic and immunological values in pan-cancer and single-cell analyses and a cohort study 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113811 PMID:39667048	研究论文	研究探讨了巨噬细胞清道夫受体1（MSR1）在肺鳞状细胞癌（LUSC）中的预后和免疫学价值	首次系统分析了MSR1在泛癌和单细胞水平上的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了其在LUSC中的预后和诊断潜力	研究主要基于数据库分析和队列研究，缺乏体内实验验证	探讨MSR1在LUSC中的预后和免疫学价值，并评估其作为诊断和预后标志物的潜力	MSR1在肺鳞状细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	49,566名UK Biobank参与者
5	2024-12-23	Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis 2025-Jan, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032 PMID:39236896	研究论文	本文研究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞，并探讨了其与胃癌风险的关系	首次揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中表达ANPEP/CD13的癌相关化生细胞亚型，表明这两种疾病具有致癌潜力	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探讨幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞及其与胃癌风险的关系	幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	组织样本	小鼠模型和人类患者活检样本
6	2024-12-23	Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models 2025-Jan, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06301-6 PMID:39508880	研究论文	本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	揭示了非β细胞在不同糖尿病易感性小鼠模型中的转录异质性，并发现这种异质性与人类2型糖尿病的发展相关	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性	理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据
7	2024-12-23	Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics 2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014 PMID:39537019	综述	本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展	本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学和两种新的组学技术（表观转录组学和线粒体基因组学）的应用	本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究	总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展	骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学研究	基因组学	骨关节炎	全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学	NA	基因组数据	涉及多种骨关节炎相关组织的人类材料
8	2024-12-23	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失数据插补	GraCEImpute模型在插补单细胞RNA测序数据中的缺失值方面优于现有方法，并显著提高了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高丢失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图聚类自编码器（GCAE）	RNA测序数据	NA
9	2024-12-23	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学和实验验证，识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在系统性红斑狼疮患者中的表达显著上调，并具有诊断价值和与疾病活动相关的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别系统性红斑狼疮的新型诊断生物标志物，并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名系统性红斑狼疮患者和31名健康对照
10	2024-12-23	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的影响，通过单细胞转录组和批量RNA表达谱数据，识别了与PTEN状态相关的独特分子通路和预后标志物	首次在胶质细胞类型水平上分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制，并识别了与PTEN状态相关的独特预后标志物	研究依赖于公开的单细胞和批量RNA表达数据，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤患者的情况	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制及其在不同胶质细胞类型中的预后标志物	PTEN野生型和缺失型的胶质母细胞瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析，批量RNA表达谱分析	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA表达数据	公开的单细胞转录组和批量RNA表达数据
11	2024-12-23	Integrative multi-omics analysis of Crohn's disease and metabolic syndrome: Unveiling the underlying molecular mechanisms of comorbidity 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109365 PMID:39541897	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	本研究首次通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的共享基因及其在免疫反应和代谢调节中的作用	本研究主要依赖于公共数据库中的微阵列数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	揭示克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	克罗恩病和代谢综合征的共享基因及其功能	生物信息学	消化系统疾病	微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建、随机森林、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、极端梯度提升（XGBoost）算法、CIBERSORT、基因集变异分析（GSVA）、孟德尔随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端梯度提升（XGBoost）	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的微阵列数据
12	2024-12-22	ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis 2025-Jan, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282948 PMID:39586800	研究论文	本研究首次对慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了CHC的微环境变化和免疫病因	首次使用scRNA-seq技术分析CHC受影响的舌组织，揭示了纤维细胞和T/NK细胞在CHC中的显著变化及其在细胞间相互作用中的核心作用	NA	揭示慢性增生性念珠菌病（CHC）的微环境变化和免疫病因	慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织	数字病理学	口腔念珠菌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
13	2024-12-22	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	研究探讨了糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响，特别是Müller胶质细胞通过Zfp36基因的保护作用	首次揭示了Müller胶质细胞在糖尿病诱导的视网膜损伤中通过Zfp36基因的保护作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响及其分子机制	视网膜细胞类型，特别是Müller胶质细胞	NA	糖尿病性视网膜病变	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大鼠模型中的不同视网膜细胞类型
14	2024-12-21	A diagnostic signatures for intervertebral disc degeneration using TNFAIP6 and COL6A2 based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analyses 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2443568 PMID:39704340	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路	首次通过单细胞和批量RNA测序结合的方法，识别出TNFAIP6和COL6A2作为椎间盘退变的诊断标志物，并验证了ZEB2作为转录因子在调控这些关键基因中的潜在作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路，以辅助诊断和预测疾病活动	椎间盘退变病例的生物标志物和信号通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序、RT-qPCR、免疫组化（IHC）	NA	RNA	多个数据集（GSE70362、GSE124272）和组织样本
15	2024-12-21	Genomic and cell-specific regulation of benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis in opium poppy 2025-Jan-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae317 PMID:39046316	综述	本文综述了罂粟中苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成的基因组和细胞特异性调控机制	本文强调了基因组测序、单细胞和空间转录组学的最新进展，并探讨了这些技术如何帮助我们更好地理解BIA生物合成的调控机制	本文主要为综述性质，未提供新的实验数据或研究结果	探讨罂粟中BIA生物合成的基因组和细胞特异性调控机制，为罂粟的遗传改良和代谢工程提供理论基础	罂粟中的苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成	NA	NA	基因组测序、单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
16	2024-12-21	Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00768-2 PMID:39169166	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在细胞身份和组织结构研究中的最新进展	讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用	未具体讨论技术或方法的具体局限性	探讨单细胞和空间转录组学技术在识别和表征细胞状态及多细胞邻域中的进展、挑战和前景	单细胞和空间转录组学数据，以及其在干细胞生物学、免疫学和肿瘤生物学中的应用	单细胞组学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	深度学习模型（包括基础模型）	转录组数据	NA
17	2024-12-21	Aberrant neurodevelopment in human iPS cell-derived models of Alexander disease 2025-Jan, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24618 PMID:39308436	研究论文	本研究探讨了Alexander疾病患者来源的诱导多能干细胞（iPS细胞）在神经发育中的异常表现	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，首次在AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经类器官和共培养体系中观察到神经元和星形胶质细胞的分化异常，并揭示了突变GFAP对细胞分化和基因表达的影响	研究主要集中在GFAP突变对神经元和星形胶质细胞的影响，未深入探讨其他细胞类型的变化	探讨GFAP突变对Alexander疾病患者神经发育的影响	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞共培养体系及神经类器官
18	2024-12-21	The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00770-8 PMID:39256623	综述	本文综述了造血干细胞（HSC）及其微环境（niche）在发育和衰老过程中的作用	本文介绍了单细胞转录组学和显微镜技术在研究HSC与其niche相互作用中的新发现，并探讨了这些niche在衰老过程中的变化及其在造血疾病中的作用	本文主要为综述性质，未提供具体实验数据或模型	探讨HSC及其niche在发育和衰老过程中的相互作用，为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础	造血干细胞（HSC）及其微环境（niche）在发育和衰老过程中的相互作用	NA	NA	单细胞转录组学和显微镜技术	NA	NA	NA
19	2024-12-21	Multidimensional analysis of matched primary and recurrent glioblastoma identifies contributors to tumor recurrence influencing time to relapse 2025-Jan-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlae108 PMID:39423857	研究论文	本研究通过多维分析匹配的原发性和复发性胶质母细胞瘤，识别影响肿瘤复发和复发时间的因素	首次通过空间转录组学分析揭示了复发性胶质母细胞瘤中寡突胶质细胞的富集，并发现激活的微胶质细胞/巨噬细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用	研究样本量较小，且仅限于IDHwt WHO 4级胶质母细胞瘤，结果的普适性有待进一步验证	旨在通过纵向肿瘤变化分析，寻找可能的干预靶点以预防胶质母细胞瘤复发	原发性（pGBM）和复发性（rGBM）胶质母细胞瘤的RNA和蛋白质	数字病理学	脑肿瘤	转录组学和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质	来自匹配患者的原发性和复发性胶质母细胞瘤样本
20	2024-12-21	Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of the evolutionary trajectory features of adipose-derived stem cells induced into astrocytes 2025-Jan, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.16269 PMID:39700048	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，对脂肪来源干细胞（ADSCs）诱导成星形胶质细胞过程中的细胞进行联合测序，并通过生物信息学方法分析其分化轨迹	首次结合单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了ADSCs诱导成星形胶质细胞的分化轨迹和染色质可及性变化，并鉴定了关键的转录因子	研究仅限于体外实验，未涉及体内验证	探讨ADSCs诱导成星形胶质细胞的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）及其诱导成星形胶质细胞过程中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个时间点的ADSCs细胞