单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-22	Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models 2025-Jan, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06301-6 PMID:39508880	研究论文	本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	揭示了非β细胞在2型糖尿病发展中的转录异质性，并发现这种异质性与胰岛内细胞间相互作用及β细胞功能障碍有关	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性	理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据
2	2024-12-22	Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics 2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014 PMID:39537019	综述	本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展	本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学、表观转录组学和线粒体基因组学等新技术的应用	本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究	总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展	骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学	基因组学	骨关节炎	全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学	NA	基因组数据	涉及多种骨关节炎相关组织的人类样本
3	2024-12-22	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的缺失值填补	GraCEImpute模型通过图聚类自编码器的方法，显著提高了scRNA-seq数据中缺失值填补的准确性，并增强了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高缺失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图聚类自编码器（GCAE）	单细胞RNA测序数据	NA
4	2024-12-22	ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis 2025-Jan, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282948 PMID:39586800	研究论文	本研究首次对慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了CHC的微环境变化和免疫病因	首次使用scRNA-seq技术分析CHC受影响的舌组织，揭示了纤维细胞和T/NK细胞在CHC中的显著变化及其在细胞间相互作用中的核心作用	NA	揭示慢性增生性念珠菌病（CHC）的微环境变化和免疫病因	慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织	数字病理学	口腔念珠菌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5	2024-12-22	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学分析和实验验证，识别系统性红斑狼疮（SLE）的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在SLE患者外周血单核细胞中显著上调，并验证其作为SLE诊断标志物的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别SLE的新型诊断生物标志物并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞和健康对照	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹法, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名SLE患者和31名健康对照
6	2024-12-22	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	研究探讨了糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响，特别是Müller胶质细胞通过Zfp36基因的保护作用	首次揭示了Müller胶质细胞在糖尿病诱导的视网膜损伤中通过Zfp36基因的保护作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响及其分子机制	视网膜细胞类型，特别是Müller胶质细胞	NA	糖尿病性视网膜病变	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大鼠模型中的不同视网膜细胞类型
7	2024-12-22	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN野生型和缺失型胶质母细胞瘤患者的单细胞转录组数据，揭示了PTEN状态对不同胶质细胞类型的影响及其独特的预后标志物	首次在单细胞和bulk转录组数据中系统分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤中不同胶质细胞类型的影响，并识别出与肿瘤生长相关的独特基因和通路	研究仅基于公开的单细胞和bulk转录组数据，未进行体内或体外实验验证	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤中不同胶质细胞类型的分子机制及其预后标志物	PTEN野生型和缺失型胶质母细胞瘤患者的单细胞和bulk转录组数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	转录组数据	公开的单细胞和bulk转录组数据
8	2024-12-22	Integrative multi-omics analysis of Crohn's disease and metabolic syndrome: Unveiling the underlying molecular mechanisms of comorbidity 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109365 PMID:39541897	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了克罗恩病与代谢综合征之间的潜在分子机制	首次通过多组学分析揭示了克罗恩病与代谢综合征之间的共享基因及其在免疫和代谢调节中的作用	研究依赖于公共数据库的微阵列数据，可能存在数据质量和样本偏倚的问题	探讨克罗恩病与代谢综合征之间的分子机制及其潜在关联	克罗恩病和代谢综合征的共享基因及其在免疫和代谢调节中的作用	数字病理学	消化系统疾病	微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建、随机森林、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、极端梯度提升（XGBoost）算法、CIBERSORT、基因集变异分析（GSVA）、孟德尔随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端梯度提升（XGBoost）	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的微阵列数据，具体样本数量未明确提及
9	2024-12-21	A diagnostic signatures for intervertebral disc degeneration using TNFAIP6 and COL6A2 based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analyses 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2443568 PMID:39704340	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路	首次通过单细胞和批量RNA测序结合的方法，识别出TNFAIP6和COL6A2作为椎间盘退变的诊断标志物，并验证了ZEB2作为转录因子在调控这些关键基因中的潜在作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路，以辅助诊断和预测疾病活动	椎间盘退变病例的生物标志物和信号通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序、RT-qPCR、免疫组化（IHC）	NA	RNA	多个数据集（GSE70362、GSE124272）和组织样本
10	2024-12-21	Genomic and cell-specific regulation of benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis in opium poppy 2025-Jan-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae317 PMID:39046316	综述	本文综述了罂粟中苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成的基因组和细胞特异性调控机制	本文强调了基因组测序、单细胞和空间转录组学的最新进展，并探讨了这些技术如何帮助我们更好地理解BIA生物合成的调控机制	本文主要为综述性质，未提供新的实验数据或研究结果	探讨罂粟中BIA生物合成的基因组和细胞特异性调控机制，为罂粟的遗传改良和代谢工程提供理论基础	罂粟中的苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成	NA	NA	基因组测序、单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
11	2024-12-21	Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00768-2 PMID:39169166	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在细胞身份和组织结构研究中的最新进展	讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用	未具体讨论技术或方法的具体局限性	探讨单细胞和空间转录组学技术在识别和表征细胞状态及多细胞邻域中的进展、挑战和前景	单细胞和空间转录组学数据，以及其在干细胞生物学、免疫学和肿瘤生物学中的应用	单细胞组学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	深度学习模型（包括基础模型）	转录组数据	NA
12	2024-12-21	Aberrant neurodevelopment in human iPS cell-derived models of Alexander disease 2025-Jan, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24618 PMID:39308436	研究论文	本研究探讨了Alexander疾病患者来源的诱导多能干细胞（iPS细胞）在神经发育中的异常表现	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，首次在AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经类器官和共培养体系中观察到神经元和星形胶质细胞的分化异常，并揭示了突变GFAP对细胞分化和基因表达的影响	研究主要集中在GFAP突变对神经元和星形胶质细胞的影响，未深入探讨其他细胞类型的变化	探讨GFAP突变对Alexander疾病患者神经发育的影响	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞共培养体系及神经类器官
13	2024-12-21	The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00770-8 PMID:39256623	综述	本文综述了造血干细胞（HSC）及其微环境（niche）在发育和衰老过程中的作用	本文介绍了单细胞转录组学和显微镜技术在研究HSC与其niche相互作用中的新发现，并探讨了这些niche在衰老过程中的变化及其在造血疾病中的作用	本文主要为综述性质，未提供具体实验数据或模型	探讨HSC及其niche在发育和衰老过程中的相互作用，为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础	造血干细胞（HSC）及其微环境（niche）在发育和衰老过程中的相互作用	NA	NA	单细胞转录组学和显微镜技术	NA	NA	NA
14	2024-12-21	Multidimensional analysis of matched primary and recurrent glioblastoma identifies contributors to tumor recurrence influencing time to relapse 2025-Jan-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlae108 PMID:39423857	研究论文	本研究通过多维分析匹配的原发性和复发性胶质母细胞瘤，识别影响肿瘤复发和复发时间的因素	首次通过空间转录组学分析揭示了复发性胶质母细胞瘤中寡突胶质细胞的富集，并发现激活的微胶质细胞/巨噬细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用	研究样本量较小，且仅限于IDHwt WHO 4级胶质母细胞瘤，结果的普适性有待进一步验证	旨在通过纵向肿瘤变化分析，寻找可能的干预靶点以预防胶质母细胞瘤复发	原发性（pGBM）和复发性（rGBM）胶质母细胞瘤的RNA和蛋白质	数字病理学	脑肿瘤	转录组学和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质	来自匹配患者的原发性和复发性胶质母细胞瘤样本
15	2024-12-21	Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of the evolutionary trajectory features of adipose-derived stem cells induced into astrocytes 2025-Jan, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.16269 PMID:39700048	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，对脂肪来源干细胞（ADSCs）诱导成星形胶质细胞过程中的细胞进行联合测序，并通过生物信息学方法分析其分化轨迹	首次结合单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了ADSCs诱导成星形胶质细胞的分化轨迹和染色质可及性变化，并鉴定了关键的转录因子	研究仅限于体外实验，未涉及体内验证	探讨ADSCs诱导成星形胶质细胞的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）及其诱导成星形胶质细胞过程中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个时间点的ADSCs细胞
16	2024-12-20	Characterisation of the tumour microenvironment and PD-L1 granularity reveals the prognostic value of cancer-associated myofibroblasts in non-invasive bladder cancer 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2024.2438291 PMID:39698899	研究论文	研究分析了非肌肉浸润性膀胱癌（NMIBC）的肿瘤微环境（TME）组成和PD-L1表达，并探讨了癌症相关肌成纤维细胞（myoCAF）的预后价值	首次系统分析了NMIBC的肿瘤微环境组成，并揭示了myoCAF在预测疾病进展和复发中的潜在预后价值	研究样本量有限，且仅限于NMIBC患者，结果的普适性有待进一步验证	探讨NMIBC的肿瘤微环境特征及其在治疗预后中的作用	NMIBC患者的肿瘤和非肿瘤组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析、组织微阵列	NA	组织	73名NMIBC患者及888名独立队列患者
17	2024-12-20	VNN2 regulates hepatic steroid synthesis in response to dietary changes 2025-Feb-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149128 PMID:39613052	研究论文	研究探讨了VNN2在鸡肝脏中对脂质代谢和类固醇合成的调控作用	首次揭示了VNN2通过上调MSMO1和FDPS促进类固醇合成的机制	研究仅在鸡肝脏中进行，未涉及其他物种或组织	研究VNN2在肝脏脂质代谢和类固醇合成中的具体功能	鸡肝脏中的VNN2表达及其对脂质代谢和类固醇合成的影响	NA	NA	RNA测序、qPCR、甘油三酯和总胆固醇检测	NA	RNA测序数据	使用了多个数据集，包括GSM5764402、GSM5764403、GSE128340、GSE129840和PRJEB44038
18	2024-12-20	Neuropilin-1 is a novel host factor modulating the entry of hepatitis B virus 2025-Jan, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.06.032 PMID:38960374	研究论文	本研究探讨了神经纤毛蛋白-1（NRP1）作为乙型肝炎病毒（HBV）感染的新型宿主因子，通过与HBV preS1和NTCP相互作用调节HBV进入肝细胞的过程	首次发现NRP1作为HBV感染的新型宿主因子，通过与preS1和NTCP形成复合物调节HBV进入肝细胞	研究主要基于细胞模型和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨其他宿主因子是否调节HBV感染过程	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠	NA	乙型肝炎	单细胞测序	NA	细胞	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠
19	2024-12-20	Clinical Implications of Basic Research: Exploring the Transformative Potential of Spatial 'Omics in Uro-oncology 2025-Jan, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.08.025 PMID:39227262	研究论文	本文探讨了空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的临床应用潜力	本文介绍了新的空间分子技术，通过绘制肿瘤的空间分子结构，揭示了肿瘤内部和周围的复杂异质性，为疾病的发展、进展、诊断和治疗提供了新的见解	当前的挑战包括试剂成本高、协议标准化和计算需求大	探索空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的转化潜力，推动个性化癌症治疗的未来	泌尿系统肿瘤	数字病理学	泌尿系统肿瘤	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	基因组，转录组，蛋白质组	NA
20	2024-12-20	Intrahepatic Exhausted Antiviral Immunity in an Immunocompetent Mouse Model of Chronic Hepatitis B 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101412 PMID:39349249	研究论文	本文开发了一种免疫功能正常的慢性乙型肝炎（CHB）小鼠模型，用于研究肝内免疫动力学	本文首次开发了一种免疫功能正常的CHB小鼠模型，能够模拟患者肝内耗竭的抗病毒免疫反应，并展示了通过肝靶向TLR7激动剂恢复耗竭免疫细胞功能的可能性	本文仅在动物模型中进行了研究，尚未在人类患者中验证其结果	开发一种能够模拟慢性乙型肝炎患者肝内免疫动力学的小鼠模型，并探索潜在的治疗策略	慢性乙型肝炎小鼠模型的肝内免疫反应	NA	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6J同源FAH敲除小鼠