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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-24
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Dec, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了ENO1通过刺激代谢重编程促进骨肉瘤转移的机制 首次通过单细胞RNA测序分析骨肉瘤肺转移,鉴定ENO1为关键候选基因,并揭示其通过调控糖酵解促进转移 样本量较小,仅10例儿童骨肉瘤样本,需进一步扩大样本验证 揭示骨肉瘤转移的潜在机制 儿童骨肉瘤样本 单细胞转录组学 骨肉瘤 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 NA 基因表达数据 10例儿童骨肉瘤样本 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
2 2026-09-24
Characterizing stroke-related cellular changes in the surviving neurons of mouse ischemic stroke
2025-12, Neurochemistry international IF:4.4Q1
研究论文 本研究利用单核和单细胞RNA测序技术,表征了小鼠远端大脑中动脉闭塞(dMCAO)缺血性卒中急性期和亚急性期存活神经元的细胞和分子变化 结合snRNA-seq和scRNA-seq技术,系统刻画了卒中后不同时间点(3天和14天)存活神经元的细胞状态变化,揭示了谷氨酸能神经元中Syngap1、Ikbkb和Rock1表达升高与缺血损伤易感性的关系,并发现自噬和cAMP信号通路在缺血半暗带中作为潜在治疗靶点 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类卒中样本中验证;样本时间点仅限于3天和14天,缺乏更长期恢复阶段的动态数据 表征小鼠缺血性卒中后存活神经元的细胞和分子改变,揭示卒中诱导的分子机制并识别潜在治疗靶点 C57BL/6小鼠(对照组、假手术组、dMCAO 3天组和dMCAO 14天组)的脑组织神经元及其他细胞类型 机器学习 心血管疾病 单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学 NA 文本 C57BL/6小鼠分为对照组、假手术组、dMCAO 3天组和dMCAO 14天组,具体样本数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序、单核RNA测序 NA NA
3 2026-09-24
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:42326616
研究论文 提出JADE框架,通过联合优化空间对齐和深度嵌入实现多切片空间转录组数据的整合分析 首次在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习,采用往返框架交替进行对齐和嵌入细化,利用注意力机制动态评估嵌入维度的重要性以关注对齐相关特征并抑制噪声 摘要中未明确提及 解决多切片空间转录组数据分析中的空间对应关系解析和共享转录组特征捕获问题,实现跨切片联合分析以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 10x Visium人类背外侧前额叶皮层数据集和Stereo-seq蝾螈脑数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学 注意力机制 空间转录组数据 NA 10x Genomics, 华大智造 空间转录组学 10x Visium, Stereo-seq NA
4 2026-09-24
Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes
2025-Nov-17, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本文研究了小鼠气道上皮中E-钙黏蛋白失活对细胞命运和哮喘样表型的影响 首次证明E-钙黏蛋白失活可导致气道重塑和哮喘样表型,并揭示了上皮内在机制和上皮-免疫串扰的作用 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;机制细节可能不完全适用于人类哮喘 探讨E-钙黏蛋白在气道细胞命运控制中的作用及其与哮喘样表型的关系 小鼠气道上皮祖细胞(club细胞)和终末分化纤毛细胞 单细胞转录组学 哮喘 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5 2026-09-24
Metastasis-Initiating Osteosarcoma Subpopulations Establish Paracrine Interactions with Lung and Tumor Cells to Create a Metastatic Niche
2025-11-14, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 该研究通过体外器官型转移模型、单细胞RNA测序、人源异种移植模型和鼠源免疫 competent 骨肉瘤模型,揭示了骨肉瘤中低增殖亚群通过响应肺上皮细胞来源的IL1α,持续产生IL6和CXCL8等促转移细胞因子,从而启动肺转移的机制 发现了具有低增殖特征的骨肉瘤转移起始细胞亚群,并揭示了其通过IL1α-IL1信号轴与肺上皮细胞和肿瘤细胞建立旁分泌互作以构建转移微环境的新机制 摘要中未明确提及研究的具体局限性 识别骨肉瘤循环肿瘤细胞向肺部转移定植的细胞和分子机制,以开发针对转移的生物学靶向治疗 骨肉瘤细胞、肺上皮细胞、人源异种移植模型和鼠源免疫 competent 骨肉瘤模型 单细胞组学、肿瘤生物学 骨肉瘤、肺癌转移 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、体内外模型数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
6 2026-09-24
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-11, Physiological reports IF:2.2Q3
研究论文 该研究通过回顾性分析公开的大鼠和小鼠RNA-seq数据集,探究体积性肌肉损失(VML)损伤后线粒体和代谢转录组的时间性变化 利用MitoCarta3.0数据库系统性地分析VML损伤后线粒体相关基因和代谢通路的时间动态变化,揭示了多种细胞类型中代谢转录景观从上调到下调的转换现象 该研究为回顾性分析,依赖公开数据集,可能受原始实验条件差异的限制,且仅涵盖至42天的转录组数据 利用现有RNA-seq数据集研究VML损伤后线粒体和代谢转录组的变化 大鼠(Rattus norvegicus)骨骼肌和小鼠(Mus musculus)骨骼肌 机器学习 肌肉损伤 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA 文本 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
7 2026-09-24
Exploring therapeutic targets for hepatocellular carcinoma through druggable genes
2025-Sep-26, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 该研究通过孟德尔随机化等方法探索肝细胞癌的可成药基因治疗靶点 整合了双样本孟德尔随机化、基于汇总数据的孟德尔随机化、贝叶斯共定位和蛋白质-蛋白质相互作用网络,并结合可成药性评估和单细胞RNA测序验证,系统性地识别肝细胞癌治疗靶点 摘要中未明确提及研究局限性 识别与肝细胞癌风险相关的潜在治疗靶点,为肝细胞癌治疗药物的开发提供新见解 肝细胞癌风险相关的可成药基因 机器学习 肝癌 孟德尔随机化,基于汇总数据的孟德尔随机化,贝叶斯共定位,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,单细胞RNA测序 NA 基因表达数据,文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
8 2026-09-24
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,表征了卵巢高级别浆液性癌(HGSC)分子亚型内部和肿瘤间的异质性,揭示了不同亚型在空间基因表达模式、细胞状态和细胞间通讯方面的差异 结合单细胞RNA测序和空间转录组学,在二维空间上探索HGSC的肿瘤内和肿瘤间异质性,发现了与免疫通路和血管发育相关的不同空间基因表达模式,并进行了空间感知的细胞间通讯分析,揭示了分子亚型特异性的信号活性差异 研究样本量有限,可能无法全面代表HGSC的异质性;需要为每位患者生成多个组织切片才能全面表征空间转录组,这在临床实践中可能具有挑战性 探索HGSC中基于批量转录组定义的分子亚型与空间结构域之间的联系,以及这些特征在患者间的变异性 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤组织 空间转录组学 卵巢癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
9 2026-09-24
From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本文提出了一种基于均值漂移的新方法 BOMS,利用mRNA空间位置和基因标签实现空间转录组学中的细胞分割,无需辅助图像 BOMS 无需任何辅助 DAPI/Poly(A) 染色图像,仅基于mRNA spot的空间位置和基因标签进行细胞分割,实现简单且执行速度显著更快 摘要中未明确提及研究局限性 解决基于成像的空间转录组学中细胞分割不准确导致mRNA错误分配的问题 公开可用的空间转录组学数据集中的mRNA spot 数字病理学 NA 空间转录组学 均值漂移 图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
10 2026-09-24
Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 该研究通过整合GEO数据库的转录组数据,利用机器学习、单细胞分析、分子对接及qPCR等技术,系统探究了铜死亡相关基因及外周免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用 首次综合运用多种机器学习模型筛选出FDX1、GLS、PDK1、MAP2K1和SOD1五个铜死亡相关特征基因,并结合单细胞分析揭示其在外周血免疫细胞中的表达变化及MIF通路的潜在作用,同时通过分子对接预测了靶向药物 研究主要基于公共数据库的转录组数据,样本量有限,缺乏大规模独立队列验证;分子对接和药物预测结果尚未经过体内外实验验证;外周血基因表达变化与中枢神经系统病理之间的关联机制尚不明确 探究铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与外周免疫浸润的关系,寻找新的诊断标志物和治疗靶点 阿尔茨海默病患者的外周血细胞及基因表达数据 机器学习, 数字病理学, 生物信息学 阿尔茨海默病 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 实时定量PCR(qPCR), 分子对接 机器学习模型(四种), 无监督聚类 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 图像(分子对接结构) NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
11 2026-09-24
Comprehensive multi-omics analysis reveals the prognostic and immune regulatory characteristics of the PTPN family in osteosarcoma
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本研究通过综合多组学分析揭示了PTPN家族在骨肉瘤中的预后和免疫调控特征 首次系统性地利用转录组数据和单细胞RNA测序数据,结合共识聚类和随机森林模型,全面解析PTPN家族在骨肉瘤预后评估和免疫调控中的作用,并筛选出PTPN23进行实验验证 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证,且实验验证仅针对PTPN23,未涵盖整个PTPN家族 探究PTPN家族在骨肉瘤中的致癌和免疫调控作用,提升预后评估水平并为个体化治疗奠定基础 骨肉瘤患者及其转录组数据和单细胞RNA测序数据 机器学习 骨肉瘤 单细胞RNA测序, 转录组测序 随机森林 文本, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
12 2026-09-23
Sparse Semiparametric Discriminant Analysis for High-dimensional Zero-inflated Data
2025, Journal of machine learning research : JMLR IF:4.3Q2
PMID:42325817
研究论文 提出一种基于截断隐高斯Copula模型的稀疏半参数判别分析方法,用于处理高维零膨胀数据的分类问题 提出基于截断隐高斯Copula模型的半参数判别分析框架,能够同时处理偏态和零膨胀问题,且估计过程对数据变换具有鲁棒性;引入稀疏正则化保证模型可解释性,并在高维设置下证明了分类方向的一致性 摘要中未明确提及研究局限性 解决高维零膨胀数据在线性分类方法中因分布假设违反导致的分类规则和解释无效的问题 人类肠道微生物组数据、乳腺癌microRNA数据、单细胞RNA测序数据 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序、microRNA测序、微生物组测序 截断隐高斯Copula模型、稀疏半参数判别分析 高维组学数据 NA NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, microRNA测序 NA NA
13 2026-09-23
Bioinformatics-based Investigation to Unveiling The miRNA-Immunity Axis in The Tumor Microenvironment of Pancreatic Cancer
2025, F1000Research
研究论文 本研究通过生物信息学方法揭示了胰腺癌肿瘤微环境中记忆CD4+ T细胞的miRNA-免疫调控轴 首次综合单细胞RNA测序和多种miRNA预测数据库,构建了胰腺癌中记忆CD4+ T细胞的miRNA-mRNA相互作用网络,并识别出hsa-miR-1207-5p、hsa-miR-6805-5p和hsa-miR-149-3p及其靶基因CLPS、NR4A2和SOCS3在免疫逃逸中的核心作用 摘要中未提及具体的实验验证和样本量限制 探究胰腺导管腺癌肿瘤微环境中记忆CD4+ T细胞的细胞类型变异,特别是miRNA失调通路对免疫反应的影响 胰腺导管腺癌(PDAC)和非肿瘤胰腺样本中的记忆CD4+ T细胞 生物信息学 胰腺癌 scRNA-seq, miRNA预测数据库分析, Affymetrix Multispecies miRNA-4 Array NA 单细胞RNA测序数据, miRNA表达数据 PDAC和非肿瘤胰腺样本(具体数量未提及) Affymetrix scRNA-seq, miRNA微阵列 Affymetrix Multispecies miRNA-4 Array NA
14 2026-09-21
FGF7 promotes load-bearing tendon regeneration and suppresses fibrosis
2025-Dec-27, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究探讨了成纤维细胞生长因子7(FGF7)在抑制承重肌腱纤维化和促进再生中的作用 揭示了FGF7驱动腱生成和抑制纤维化的双重作用,并开发了负载重组FGF7的水凝胶用于体内功能性肌腱再生 摘要中未提及具体研究限制 研究FGF7在缓解纤维化和促进承重肌腱再生中的作用 Fgf7敲除小鼠、人类肌腱病样本、肌腱干细胞/祖细胞 机器学习、数字病理学 肌腱病、纤维化 单细胞RNA测序 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-09-21
Intraperitoneal programming of tailored CAR macrophages via mRNA lipid nanoparticle to boost cancer immunotherapy
2025-Dec-24, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究开发了一种靶向巨噬细胞的mRNA脂质纳米颗粒系统,用于在腹腔内编程定制型CAR巨噬细胞,以增强实体瘤的免疫治疗 开发了靶向巨噬细胞的mRNA-LNP系统,系统评估了36种CAR结构在CAR-Ms中的效果,发现含有CD3ζ和TLR4胞内结构域的定制型CAR-Ms能引发强烈的适应性免疫激活并与PD-1/L1治疗协同作用 尚未明确该CAR-M疗法在人体中的安全性和有效性,需要进一步的临床试验验证 探索腹腔内编程定制型CAR巨噬细胞以增强实体瘤免疫治疗的新策略 CAR巨噬细胞、腹腔转移实体瘤、肿瘤微环境 免疫治疗、数字病理 实体瘤、腹腔转移瘤 单细胞RNA测序、mRNA脂质纳米颗粒技术 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
16 2026-09-21
Single-Cell Targeted Transcriptomics Reveals Subset-Specific Immune Signatures Differentiating Asymptomatic and Cardiac Patients With Chronic Chagas Disease
2025-Dec-20, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 该研究采用免疫基因靶向的单细胞RNA测序技术,分析无症状(IND)与心脏型(CCC)慢性恰加斯病患者外周血单个核细胞的免疫图谱,揭示不同临床分型下的细胞亚群特异性免疫特征 首次采用免疫基因靶向的单细胞RNA测序技术,在精心表征的慢性恰加斯病两极临床分组(IND与CCC)中系统解析免疫细胞亚群的基因表达差异,揭示了与疾病临床分型相关的免疫特征 样本量有限,仅针对外周血单个核细胞进行分析,未涉及心脏组织等靶器官的免疫微环境,且靶向基因 panel 可能遗漏部分重要免疫相关基因 揭示无症状与心脏型慢性恰加斯病患者不同免疫细胞亚群的功能特征,阐明疾病进展与病理机制,并识别潜在的疾病标志物 慢性恰加斯病患者的外周血单个核细胞(PBMC),包括无症状(IND)和心脏型(CCC)两组 单细胞组学 恰加斯病 靶向单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
17 2026-09-21
Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration
2025-Dec-09, Immunity IF:25.5Q1
研究论文 该研究揭示了在TDP-43相关神经退行性变中,杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用来减弱皮质兴奋性 首次发现并鉴定了一种特定的小胶质细胞亚群——杆状小胶质细胞,其具有独特形态并直接响应皮质过度活跃,通过与神经元树突相互作用重塑兴奋性突触输入以减弱运动皮质过度活跃,且TREM2缺陷会导致杆状小胶质细胞显著减少 研究主要基于小鼠模型(rNLS8),尚未在人类患者中验证;杆状小胶质细胞的具体分子机制及其在疾病不同阶段的动态变化尚需进一步研究 探究小胶质细胞在TDP-43相关神经退行性变中对疾病相关皮质兴奋性的具体作用 TDP-43神经退行性变小鼠模型(rNLS8,调节性核定位序列缺失的人TDP-43转基因小鼠模型)中的小胶质细胞和神经元 神经科学 神经退行性疾病 多通道探针记录、纵向体内钙成像、空间转录组测序、单细胞RNA测序 NA 图像、文本 NA 10x Genomics 空间转录组学、单细胞RNA-seq 10x Visium NA
18 2026-09-21
YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity
2025-Dec-05, Circulation research IF:16.5Q1
研究论文 该研究揭示了心脏成纤维细胞中YAP通过诱导糖酵解驱动纤维炎症并破坏成纤维细胞谱系保真性的机制,且右心房成纤维细胞比其他心腔成纤维细胞更具糖酵解活性 首次发现右心房心脏成纤维细胞比其他心腔更具糖酵解活性和更高的YAP活性,揭示了YAP通过激活糖酵解和CSF1分泌促进巨噬细胞扩增,进而通过IGF1信号反馈促进成纤维细胞增殖和纤维化的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类心脏成纤维细胞中的机制验证可能有限 探究YAP在心脏成纤维细胞中如何调控代谢微环境以及在稳态和纤维炎症中的作用机制 人类单核RNA测序数据、小鼠心脏成纤维细胞、小鼠心房组织 单细胞组学 心血管疾病 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据, 图像 未明确说明具体样本量,涉及人类单核RNA测序数据和小鼠心脏组织样本 10x Genomics single-nucleus RNA-seq, single-nucleus ATAC-seq, spatial transcriptomics 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium Spatial Gene Expression
19 2026-09-21
Single-Cell Multiomic Profiling Uncovers Radiation Dosage-Sensitive, Cluster-Specific Regulatory Dynamics in Glioblastoma
2025-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序,在胶质母细胞瘤干细胞样培养物中揭示了辐射剂量敏感、簇特异性的转录和染色质重塑动态 首次在单细胞多组学水平上揭示了胶质母细胞瘤在临床相关辐射剂量下3小时内的即时转录和染色质重塑程序,发现了剂量依赖性和簇特异性的调控动态 研究仅在体外胶质母细胞瘤干细胞样培养物中进行,未在体内模型或患者样本中验证;仅观察了辐射后3小时的早期响应,缺乏长期追踪 探究辐射如何诱导胶质母细胞瘤亚群特异性改变以存活和适应辐射应激 胶质母细胞瘤干细胞样培养物 单细胞多组学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
20 2026-09-21
Specialized gas-exchange endothelium of the zebrafish gill
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对成年斑马鱼鳃进行单细胞RNA测序,结合多种成像技术,鉴定并表征了与哺乳动物肺气交换内皮细胞相似的斑马鱼鳃气交换内皮细胞 首次在斑马鱼鳃中鉴定出与哺乳动物肺Aerocyte内皮细胞高度相似的细胞群,并利用多种高分辨率成像技术对其进行了详细的形态和超微结构表征,建立了研究气交换血管系统的新型比较脊椎动物模型 摘要中未明确提及研究局限性 表征斑马鱼鳃中的细胞群体,特别是内皮细胞类型,以建立研究气交换器官发育和功能的比较脊椎动物模型 成年斑马鱼鳃 单细胞生物学、发育生物学、比较生物学 NA 单细胞RNA测序、共聚焦成像、超分辨率成像、杂交链式反应、阵列断层扫描、聚焦离子束扫描电镜 NA 单细胞转录组数据、图像数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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