单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2148 篇文献，本页显示第 1881 - 1900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1881 | 2025-10-07 |
Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing
2025, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24
PMID:39930187
|
研究论文 | 比较两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法在评估视网膜小胶质细胞方面的效果 | 首次系统比较胶原酶消化+FACS富集与木瓜蛋白酶全视网膜消化两种方法，以及CCA、RPCA和Harmony三种整合算法在视网膜小胶质细胞研究中的表现 | 仅针对健康视网膜进行研究，未涉及病变状态下的验证 | 评估不同细胞制备方法和数据分析算法在视网膜小胶质细胞研究中的适用性 | 视网膜小胶质细胞 | 单细胞分析 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | CCA, RPCA, Harmony | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1882 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0318501
PMID:39919065
|
研究论文 | 本研究通过整合分析揭示了SEPN1在胶质瘤中的预后价值、功能作用及潜在治疗干预 | 首次系统阐明SEPN1在胶质瘤中的致癌作用，开发了SEPN1相关风险评分(SRS)，并基于此识别潜在抗胶质瘤药物 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证SEPN1的具体分子机制 | 探究SEPN1在泛癌中的表达特征和预后意义，特别聚焦于胶质瘤 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 富集分析, 药物敏感性分析 | 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA、CGGA、GEO和ZN-GC多个队列的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1883 | 2025-02-10 |
Single-cell Sequencing Traces Mitochondrial Transfers
2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae092
PMID:39724171
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1884 | 2025-10-07 |
Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053
PMID:39917297
|
研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序分析哮喘急性加重期的上皮细胞和免疫细胞特征，并鉴定关键调控基因 | 首次系统性地整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示哮喘急性加重期上皮细胞和免疫细胞的异质性及关键调控基因 | 研究样本量未明确说明，需要进一步实验验证关键基因的功能机制 | 探索哮喘急性加重的上皮细胞和免疫细胞转录组特征及调控机制 | 哮喘患者的上皮细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1885 | 2025-10-07 |
RGS10 Deficiency Alleviated Intestinal Mucosal Inflammation Through Suppression of Th1/Th17 Cell Immune Responses in Ulcerative Colitis
2025-01, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13869
PMID:39428350
|
研究论文 | 本研究揭示了RGS10通过调控Th1/Th17细胞分化在溃疡性结肠炎肠道黏膜炎症中的作用机制 | 首次发现RGS10在UC患者CD4 T细胞中高表达，并阐明其通过结合PTPN2调控STAT1/STAT3磷酸化影响Th1/Th17细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究RGS10在溃疡性结肠炎发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者样本和RGS10基因敲除小鼠 | 免疫学 | 溃疡性结肠炎 | qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 免疫荧光, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 酶联免疫吸附试验, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | UC患者和健康对照样本，RGS10敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1886 | 2025-10-07 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13
PMID:39900764
|
研究论文 | 介绍SciDAP平台如何简化单细胞测序数据分析流程 | 开发了基于通用工作流语言的便携可重复分析流程，为非计算背景的生物学家提供用户友好的单细胞数据分析方案 | 未提及平台性能的具体量化评估数据 | 解决单细胞测序数据分析的复杂性和可重复性问题 | 单细胞测序数据分析流程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | SciDAP | 基于通用工作流语言的计算分析平台 |
| 1887 | 2025-10-07 |
Improving doublet cell removal efficiency through multiple algorithm runs
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.009
PMID:39911841
|
研究论文 | 提出一种多轮双细胞去除策略，通过多次运行算法提高单细胞RNA测序数据中双细胞的去除效率 | 首次提出多轮双细胞去除策略，通过循环运行算法减少随机性，显著提升双细胞检测效果 | 未明确说明计算成本增加程度，且策略效果依赖于基础算法的性能 | 提高单细胞RNA测序数据分析中双细胞去除的效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | DoubletFinder, cxds, bcds, hybrid | 单细胞RNA测序数据 | 14个真实数据集、29个条形码标记数据集和106个合成数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1888 | 2025-10-07 |
GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells
2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626638
PMID:39677753
|
研究论文 | 提出基于图机器学习的方法GraphVelo，用于从单细胞数据中准确推断多模态速度和分子机制 | 通过图机器学习方法将RNA速度扩展到多模态数据，保留向量大小和方向信息，揭示基因、病毒与宿主细胞之间的定量非线性调控关系 | 需要依赖现有方法推断的RNA速度作为输入，对复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因可能仍有局限 | 开发能够从高通量单细胞快照数据中提取时间分辨信息的方法 | 单细胞数据，包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多组学分析 | 图机器学习 | 单细胞RNA测序数据，多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，多组学 | NA | NA |
| 1889 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma
2025-Jan-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae258
PMID:39587400
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较两种海胆胚胎发育过程，揭示进化过程中细胞命运决定机制的重构 | 首次在进化发育生物学中应用比较单细胞转录组时间序列分析，发现细胞命运决定与主要信号中心在进化过程中发生时空分离 | 研究主要基于转录组数据，需要后续实验验证调控相互作用的改变 | 探究海胆进化过程中胚胎发育机制的演化改变 | Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus两种海胆的胚胎细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种海胆物种的胚胎发育时间序列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1890 | 2025-02-06 |
Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network
2025-Jan, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwae301
PMID:39758128
|
研究论文 | 本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络 | 结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN） | 未明确提及具体限制 | 追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络 | 脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用 | 机器学习 | 脑部疾病 | scRNA-seq | SNN | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1891 | 2025-02-05 |
Bioinformatics combining machine learning and single-cell sequencing analysis to identify common mechanisms and biomarkers of rheumatoid arthritis and ischemic heart failure
2025-Jan-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e41641
PMID:39897930
|
研究论文 | 本研究结合机器学习和单细胞测序分析，旨在识别类风湿性关节炎（RA）和缺血性心力衰竭（IHF）的共同机制和生物标志物 | 通过整合多个RA和IHF数据集的RNA测序数据，识别出177个共同差异表达基因，并通过PPI网络分析和机器学习确定了五个枢纽基因，揭示了炎症免疫反应在RA患者IHF进展中的关键作用 | 研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制 | 识别RA和IHF的共同机制和生物标志物，为早期诊断、个性化治疗和预防策略提供方向 | 类风湿性关节炎（RA）和缺血性心力衰竭（IHF）患者 | 生物信息学 | 类风湿性关节炎, 缺血性心力衰竭 | RNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | RNA测序数据 | 五个RA和IHF数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1892 | 2025-02-05 |
Multi-omics analysis of core E3 ubiquitin ligase identifies prognostic biomarkers associated with immune infiltration and drug sensitivity in lung adenocarcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.104837
PMID:39895786
|
研究论文 | 本文通过多组学分析核心E3泛素连接酶，识别了与肺腺癌免疫浸润和药物敏感性相关的预后生物标志物 | 首次系统研究了E3泛素连接酶在肺腺癌中的表达、预后、免疫浸润、药物敏感性及潜在分子机制，并发现其与不良预后和特定免疫细胞浸润相关 | 研究主要基于数据库分析和计算机模拟，缺乏实验验证 | 研究E3泛素连接酶在肺腺癌中的调控作用及其作为预后和药物敏感性标志物的潜力 | 肺腺癌（LUAD）患者及肿瘤细胞系 | 生物信息学 | 肺癌 | 多组学分析、免疫荧光分析、免疫组化、单细胞分析、空间转录组学、分子对接 | NA | 基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1893 | 2025-02-05 |
Integrating of Radiomics and Single-cell Transcriptomics Uncovers the Crucial Role of γδ T Cells in Lung Adenocarcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.105586
PMID:39895781
|
研究论文 | 本研究通过整合放射组学和单细胞转录组学，揭示了γδ T细胞在肺腺癌中的关键作用 | 首次结合多组学数据研究γδ T细胞在肺腺癌中的功能，并建立了基于放射组学的预测模型 | γδ T细胞在肿瘤中的双重作用及其对肺腺癌的影响仍存在争议 | 探讨γδ T细胞在肺腺癌中的功能及其对免疫治疗的影响 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 放射组学、单细胞转录组学 | 预测模型 | CT图像、单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1894 | 2025-02-05 |
Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptomes to Identify a Poor Prognostic Tumor Subgroup to Predict the Prognosis of Patients with Early-stage Lung Adenocarcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.105926
PMID:39895784
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，识别了早期肺腺癌的不良预后肿瘤亚群，并构建了预后模型 | 首次利用单细胞RNA测序技术研究早期肺腺癌的肿瘤微环境特征，并开发了一个基于KRT8和PERP的新型预后模型 | 研究主要依赖于已发表的文献和数据库中的细胞标记物，可能限制了新细胞类型的发现 | 研究早期肺腺癌的肿瘤微环境特征并开发预后模型 | 早期肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR），蛋白质印迹（western blot） | 预后模型 | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1895 | 2025-02-05 |
Integrated Multi-omics Data Analysis and In Vitro Validation Reveal the Crucial Role of Glycogen Metabolism in Gastric Cancer
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.104424
PMID:39895799
|
研究论文 | 本研究旨在探讨胃癌中的糖原代谢，并开发基于糖原的风险评分模型以预测胃癌预后 | 首次整合多组学数据分析和体外验证，揭示了糖原代谢在胃癌中的关键作用，并开发了一个新的糖原风险评分模型 | 研究中使用的数据集主要来自公开数据库，可能缺乏某些特定人群的代表性 | 研究胃癌中的糖原代谢及其对预后的影响 | 胃癌患者及其相关数据 | 生物信息学 | 胃癌 | ssGSEA方法、共识聚类分析、单细胞测序 | 糖原风险评分模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 33种肿瘤类型的患者表达谱、4个胃癌批量测序数据集、1个单细胞测序数据集、IMvigor210免疫治疗队列 | NA | NA | NA | NA |
| 1896 | 2025-02-05 |
Crotonylation-Related Prognostic Model of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S493800
PMID:39895826
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法探讨了crotonylation相关基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用，并构建了预后模型 | 首次在ESCC中研究了crotonylation相关基因的作用，并利用单细胞测序分析评估了细胞通讯和伪时间动态 | 研究依赖于公开数据集，未进行实验验证 | 探讨crotonylation相关基因在ESCC中的作用及其预后价值 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）患者 | 生物信息学 | 食管癌 | 转录组分析、单细胞测序分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 三个ESCC数据集，包含24个crotonylation相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 1897 | 2025-02-05 |
Sonic hedgehog medulloblastoma cells in co-culture with cerebellar organoids converge towards in vivo malignant cell states
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae218
PMID:39896075
|
研究论文 | 本研究通过将Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞与小脑类器官共培养，探讨了非恶性肿瘤微环境对SHH-MB细胞表型特性的影响 | 开发了一种新型的体外SHH-MB模型，揭示了微环境对肿瘤细胞状态的非细胞自主性诱导作用 | 研究仅基于两种SHH-MB细胞系，可能无法完全代表所有SHH-MB亚型的特性 | 识别由非恶性肿瘤微环境驱动的SHH-MB细胞表型特性 | Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 两种SHH-MB细胞系与小脑类器官共培养 | NA | NA | NA | NA |
| 1898 | 2025-02-05 |
Single-cell analysis reveals islet autoantigen's immune activation in type 1 diabetes patients
2025-Jan, Journal of clinical biochemistry and nutrition
IF:2.0Q3
DOI:10.3164/jcbn.24-86
PMID:39896168
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术，全面检测了1型糖尿病患者外周血单核细胞在GAD、IA-2和胰岛素抗原重叠肽刺激下的基因表达和T细胞受体库 | 首次在单细胞水平上揭示了1型糖尿病患者胰岛自身抗原的免疫激活机制，并发现了T细胞受体β链在特定配对中的单克隆增加 | 样本量较小，仅包括20名男性患者，且仅对其中4名进行了BD Rhapsody系统分析 | 研究1型糖尿病的发病机制，寻找潜在的治疗靶点 | 1型糖尿病患者的外周血单核细胞 | 单细胞测序 | 1型糖尿病 | 单细胞测序，T细胞受体库分析 | NA | 单细胞基因表达数据，T细胞受体序列数据 | 20名男性1型糖尿病患者，其中4名进行了BD Rhapsody系统分析 | NA | NA | NA | NA |
| 1899 | 2025-02-05 |
CLEC11A-Driven Molecular Mechanisms in Intervertebral Disc Degeneration: A Comprehensive Multi-Omics Study
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505296
PMID:39897524
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了CLEC11A在椎间盘退变（IVDD）中的分子机制 | 结合MR、转录组测序和单细胞转录组学，首次揭示了CLEC11A通过调控炎症介质ARTN和血清代谢物在IVDD中的关键作用 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证 | 揭示IVDD的遗传发病机制和关键驱动因素 | 椎间盘退变（IVDD） | 生物信息学 | 椎间盘退变 | MR、转录组测序、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1900 | 2025-10-07 |
MetaQ: fast, scalable and accurate metacell inference via single-cell quantization
2025-Jan-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56424-6
PMID:39885131
|
研究论文 | 提出MetaQ算法，通过单细胞量化实现快速、可扩展且准确的元细胞推断 | 将元细胞概念化为生物学相似细胞的集体祖先，通过离散码本量化细胞，将计算复杂度从指数级降低到线性级 | NA | 克服大规模单细胞测序数据分析的计算障碍 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 量化算法 | 单细胞测序数据 | 数百万细胞规模的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |