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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1861 | 2025-10-07 |
Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer
2025, Cancer informatics
IF:2.4Q3
DOI:10.1177/11769351251319872
PMID:40008390
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研究论文 | 通过生物信息学分析发现硫氧还蛋白可作为前列腺癌干细胞标记物和预后预测因子 | 首次通过单细胞RNA测序数据识别硫氧还蛋白作为前列腺癌干细胞的潜在标记物,并揭示其与预后的关联 | 样本量有限,需要进一步的体外和体内实验验证TXN对前列腺癌干细胞的功能调控作用 | 识别调控前列腺癌干细胞特性并预测预后的新因子 | 前列腺癌组织和前列腺癌干细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析,轨迹分析 | Seurat,monocle 3 | 单细胞RNA测序数据 | 2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1862 | 2025-10-07 |
Gestational diabetes induces autistic-like behaviors in offspring by disrupting the GABAergic system
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1538115
PMID:40012680
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探讨妊娠期糖尿病如何通过破坏GABA能系统诱导子代出现自闭症样行为 | 首次结合单细胞转录组学和代谢组学揭示GDM通过GAD2启动子区DNA高甲基化减少GABA能神经元和GABA水平的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,结果需要进一步在人类研究中验证 | 阐明妊娠期糖尿病导致子代自闭症风险的神经生物学机制 | 妊娠期糖尿病小鼠模型的雄性子代 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学, 代谢组学, c-Fos染色, DNA甲基化分析 | 小鼠疾病模型 | 行为学数据, 基因表达数据, 代谢物数据, 免疫组织化学数据 | 妊娠期糖尿病小鼠模型的子代 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 1863 | 2025-10-07 |
Seurat function argument values in scRNA-seq data analysis: potential pitfalls and refinements for biological interpretation
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1519468
PMID:40013100
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研究论文 | 探讨单细胞RNA测序数据分析中Seurat函数参数设置的潜在问题及生物学解释优化方法 | 采用生物学与生物信息学相结合的集成方法,揭示数据处理过程中的生物学见解 | 未讨论这些数学方法在生物学中应用的理论依据 | 优化单细胞RNA测序数据分析中参数设置的生物学解释 | 单细胞RNA测序数据处理方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1864 | 2025-10-07 |
Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection
2025-Jan-30, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines13020146
PMID:40006693
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析鸡外周血单个核细胞在接种传染性支气管炎病毒疫苗后的动态免疫反应 | 首次在单细胞水平系统描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血免疫细胞的动态响应景观 | 研究仅使用H120疫苗株,样本数量相对有限(29,846个细胞) | 阐明鸡接种传染性支气管炎病毒疫苗后的免疫应答机制 | 无特定病原体鸡的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 禽传染性支气管炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 29,846个鸡外周血单个核细胞,4个单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1865 | 2025-10-07 |
Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma
2025-Jan-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020304
PMID:40002717
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研究论文 | 本研究探讨了磷脂酶C Beta 2通过PI3K/AKT信号通路调控肾细胞癌上皮-间质转化和肿瘤进展的机制 | 首次系统揭示PLCβ2在肾细胞癌中的表达模式及其通过PI3K/AKT信号通路调控EMT的具体分子机制 | 未明确说明样本规模及具体细胞系类型,机制研究主要基于体外实验 | 探究PLCβ2在肾细胞癌进展中的调控功能和分子机制 | 肾细胞癌样本和细胞系 | 癌症生物学 | 肾细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、转录组测序、RT-PCR、免疫荧光、挽救实验、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1866 | 2025-10-07 |
Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases
2025-Jan-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020305
PMID:40002718
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综述 | 整合炎症性肠病发病机制的最新研究进展,探索关键机制及个性化治疗途径 | 整合多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究,聚焦免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病的影响 | 深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性 | 阐明炎症性肠病的发病机制并探索预防和个性化治疗途径 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者 | NA | 炎症性肠病 | 多组学分析, 单细胞转录组学, 纵向队列研究 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1867 | 2025-10-07 |
Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases
2025-Jan-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16020135
PMID:40004464
|
综述 | 本文综述基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断与预后评估中的最新进展与应用前景 | 整合多种组学技术(包括单细胞RNA测序、空间转录组学和CRISPR筛选)系统阐述神经退行性疾病的分子机制和生物标志物发现 | 疾病异质性和神经退行性病理生理复杂性限制了基因组学发现向临床实践的转化 | 推进神经退行性疾病的早期诊断和个性化预后评估 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化等神经退行性疾病 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, 全基因组关联分析, 多基因风险评分, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全基因组测序 | NA | NA |
| 1868 | 2025-10-07 |
Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis
2025, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X25500107
PMID:39829230
|
研究论文 | 本研究揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的分子机制 | 首次发现小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路调控GATA4/p62复合物泛素化降解,从而抑制SASP相关炎症 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制 | ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞、腹腔巨噬细胞来源的泡沫细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除 | 动物模型、细胞模型 | 测序数据、蛋白质数据 | ApoE敲除小鼠模型、RAW264.7细胞系、原代巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq | Smart-seq单细胞RNA测序技术 |
| 1869 | 2025-10-07 |
Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0307048
PMID:39999090
|
研究论文 | 通过多组学计算分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面治疗靶点 | 首次通过多组学计算分析系统筛选并验证TM4SF4作为肝细胞癌特异性细胞表面靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证TM4SF4的生物学功能和治疗潜力 | 寻找肝细胞癌中高表达且正常组织中表达受限的细胞表面治疗靶点 | 肝细胞癌组织和正常组织 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析, scRNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质表达数据 | 791例HCC病例, 15,787个HCC细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1870 | 2025-10-07 |
Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19039
PMID:39989743
|
综述 | 本文综述了从经典到新型生物物理学方法研究巨噬细胞的技术进展 | 整合了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术和原子力光谱等前沿生物物理方法研究巨噬细胞 | NA | 探讨研究巨噬细胞的方法学进展 | 巨噬细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序, 单细胞质谱, 微流控技术, 扫描探针显微镜, 原子力光谱 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1871 | 2025-10-07 |
Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.105591
PMID:39990231
|
研究论文 | 本研究揭示钙连接蛋白通过MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 首次发现CANX通过激活MEK/ERK通路促进BNIP3介导的保护性线粒体自噬,阐明了GBM化疗耐药的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究CANX在胶质母细胞瘤进展和化疗耐药中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞系和颅内异种移植小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1872 | 2025-10-07 |
CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104650
PMID:39990233
|
研究论文 | 本研究揭示了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT通路促进移植动脉新生内膜病变的机制 | 首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群,并阐明其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT通路驱动新生内膜增生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体组织中验证 | 探究CD34干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型(BALB/c、C57BL/6J等)和细胞亚群 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 趋化因子抗体微阵列, ELISA, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 免疫组织化学图像 | 多种遗传修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1873 | 2025-10-07 |
Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/3547543
PMID:39990773
|
研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序分析建立了肝细胞癌的乳酸化相关基因特征 | 首次开发了肝细胞癌的乳酸化相关基因特征,结合单细胞RNA测序揭示了基因在不同细胞类型中的表达模式 | NA | 开发肝细胞癌的乳酸化相关基因特征并评估其预后预测价值 | 肝细胞癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归模型,风险评分模型,列线图 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1874 | 2025-10-07 |
Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341
PMID:39991151
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化中的诊断价值 | 首次系统分析铜死亡相关基因在IPF中的作用,并识别出具有诊断价值的免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据库的微阵列数据,需要进一步实验验证 | 探索铜死亡和免疫相关基因对特发性肺纤维化的诊断价值 | 特发性肺纤维化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 微阵列分析,单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | ROC曲线分析 | 基因表达数据 | 四个GEO微阵列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | NA | NA |
| 1875 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393
PMID:39991156
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者循环免疫细胞,发现TNFAIP3和NFKBIA翻译抑制可作为生物标志物 | 首次在单细胞水平揭示TNFAIP3和NFKBIA基因在银屑病关节炎不同T细胞亚群中的差异翻译调控机制 | 样本量较小(仅8个样本),需要更大规模研究验证 | 鉴定区分银屑病关节炎与单纯皮肤银屑病及健康对照的生物标志物 | 银屑病关节炎患者、单纯皮肤银屑病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 免疫印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 8个样本(3例PsA, 3例PsC, 2例HC) | NanoString | 单细胞RNA-seq | NanoString nCounter | NanoString nCounter平台用于验证单细胞RNA测序发现的差异表达基因 |
| 1876 | 2025-10-07 |
Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.105066
PMID:39991573
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了膀胱癌预后预测模型并识别了潜在治疗靶点 | 首次整合转录组学、蛋白质组学、蛋白乙酰化测序和单细胞RNA测序数据,采用一致性聚类和LASSO Cox回归建立膀胱癌预后模型 | 样本量相对较小(6对肿瘤与癌旁组织),需要更大规模验证 | 开发膀胱癌预后预测模型并识别治疗靶点 | 膀胱癌患者组织样本和公共数据库数据 | 机器学习 | 膀胱癌 | 转录组测序, 蛋白质组测序, 蛋白乙酰化测序, 单细胞RNA测序 | Cox回归, LASSO Cox回归, 一致性聚类 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据 | 6对膀胱癌肿瘤与癌旁组织,整合TCGA-BLCA和GSE13507数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序, 蛋白质组测序 | NA | NA |
| 1877 | 2025-10-07 |
Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103656
PMID:39991571
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制 | 首次在单细胞水平系统描绘PD-L1阳性与阴性样本的免疫细胞组成差异,并鉴定出11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因 | 样本量较小(仅8例患者),缺乏功能性验证实验 | 探究肺腺癌免疫逃逸的分子机制并开发预测和治疗靶点 | 8例肺腺癌患者的肿瘤组织样本 | 单细胞生物学 | 肺腺癌 | 单细胞测序, qPCR | UMAP降维分析 | 单细胞基因表达数据 | 8例患者肿瘤组织,共58,810个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1878 | 2025-10-07 |
Generation of super-resolution images from barcode-based spatial transcriptomics by deep image prior
2025-Jan-27, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100937
PMID:39729996
|
研究论文 | 提出一种基于深度图像先验的算法SuperST,能够从稀疏分布的条形码空间转录组数据重建高分辨率图像 | 首次将深度图像先验应用于空间转录组学数据,解决条形码方法分辨率低和零膨胀问题 | NA | 提高空间转录组学数据的图像重建分辨率 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 深度图像先验 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1879 | 2025-10-07 |
Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S497418
PMID:39959647
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用 | 首次发现SLC11A1在AD促炎小胶质细胞和外周血单核细胞中显著上调,并识别出一个同时表达外周血单核细胞特征标记的微胶质细胞亚群 | 铁死亡、免疫炎症与脑-外周血轴之间的具体分子联系仍需进一步验证 | 探索铁死亡与免疫炎症在阿尔茨海默病中的分子机制 | 阿尔茨海默病患者脑组织和外周血样本,实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 差异基因表达分析, WGCNA, RT-qPCR, 免疫荧光 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | AD患者脑组织和外周血样本,EAE小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1880 | 2025-02-23 |
EPB41L4A-AS1 regulates cervical cancer by proliferative cells: mendelian randomization and single-cell transcriptomics analyses
2025-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-949
PMID:39974380
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析,探讨了增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制 | 首次揭示了EPB41L4A-AS1通过调控增殖细胞在宫颈癌中的作用 | 研究主要基于单细胞转录组学和孟德尔随机化分析,未涉及临床试验验证 | 探讨增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制 | 宫颈癌组织中的增殖细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组学、孟德尔随机化、MTT、流式细胞术、GSEA、WGCNA | NA | 单细胞转录组数据 | 宫颈癌组织与健康组织的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |