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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1861 | 2025-01-05 |
Unveiling the Prognostic Power and Immune Landscape of MyD88 in Breast Cancer: an Integrative Bioinformatics and IHC Approach
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103403
PMID:39744584
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研究论文 | 本研究结合生物信息学和免疫组织化学方法,探讨了MyD88在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和IHC技术,全面分析MyD88在乳腺癌中的表达及其与免疫景观的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证来确认MyD88的机制和治疗潜力 | 探索MyD88在乳腺癌中的预后价值和免疫学作用 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学(IHC) | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组织化学图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1862 | 2025-01-05 |
Integrated Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Critical Blood Biomarkers and Potential Mechanisms in Epilepsy
2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70172
PMID:39753851
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析,识别了与癫痫相关的关键血液生物标志物和潜在机制 | 结合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析,揭示了癫痫的遗传倾向和免疫环境动态,并开发了抗癫痫药物反应的预测模型 | 研究主要基于外周血样本和动物模型,可能无法完全反映人类大脑中的复杂情况 | 探索癫痫的遗传因素和免疫环境动态,识别关键基因和潜在机制 | 癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型 | 基因组学 | 癫痫 | 孟德尔随机化、单细胞转录组学分析、eQTLGen、全基因组关联研究、CIBERSORT | 预测模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1863 | 2025-01-04 |
Single-cell RNA sequencing: an emerging tool revealing dysregulated innate and adaptive immune response at single cell level in Kawasaki disease
2025-Jan, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2401105
PMID:39230194
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在揭示川崎病(KD)中失调的先天和适应性免疫反应中的关键作用 | 利用scRNA-seq技术,以比以往方法更高的分辨率揭示KD的病理生理学,特别是在免疫细胞转录组特征和信号/反应途径方面的应用 | 尽管scRNA-seq提供了高分辨率的细胞水平数据,但其在KD中的诊断、预后和治疗潜力仍需进一步研究验证 | 探讨scRNA-seq在KD中的诊断、预后和治疗潜力,并重新强调其在KD免疫细胞转录组特征和信号/反应途径中的关键作用 | 川崎病(KD)患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1864 | 2025-01-04 |
Decreased miR-486-5p is involved in lipopolysaccharide-induced HTR-8/SVneo cell dysfunction by promoting SMAD2 expression
2025-Jan-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0502
PMID:39475824
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研究论文 | 本研究揭示了miR-486-5p/Smad2通路在脂多糖(LPS)诱导的绒毛外滋养层细胞(EVT)功能障碍及早期妊娠丢失(EPL)发病机制中的作用 | 首次揭示了miR-486-5p通过调控SMAD2表达在LPS诱导的EVT功能障碍及EPL中的具体分子机制 | 研究主要基于细胞模型,缺乏体内实验验证 | 探讨miR-486-5p在早期妊娠丢失中的作用及其分子机制 | HTR-8/SVneo细胞系及人类蜕膜单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | 细胞模型 | RNA测序数据 | 人类蜕膜单细胞RNA测序数据集及GEO数据库中的转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1865 | 2025-01-03 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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综述 | 本文全面总结了单细胞组学技术的最新进展,特别是方法学部分 | 单细胞组学技术在生物医学领域具有突破性进展,提供了对复杂疾病(如癌症)的深刻理解 | NA | 指导研究人员选择适当的单细胞测序及相关数据分析方法 | 单细胞组学技术 | 生物医学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1866 | 2025-01-03 |
A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy
2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-04939-9
PMID:38462549
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,识别了人类扩张型心肌病(DCM)中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群,并探讨了其在炎症抑制中的作用 | 首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群(apFB),并揭示了其在炎症抑制中的关键作用 | 研究样本量较小,仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织 | 探讨扩张型心肌病(DCM)中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用 | 人类左心室组织,包括健康供体和DCM患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(ScRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 10个心脏组织(4个健康供体和6个DCM患者) | NA | NA | NA | NA |
| 1867 | 2025-01-03 |
The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus
2025-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13738
PMID:39189673
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研究论文 | 本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌(HCC)、门静脉癌栓(PVTT)和正常肝样本的代谢异质性 | 首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观,并确定了PVTT形成和发展的代谢特征 | NA | 研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性 | 肝细胞癌(HCC)、门静脉癌栓(PVTT)和正常肝样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1868 | 2025-01-03 |
Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2638-9
PMID:39470923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境 | 首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析,并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征 | 研究样本量相对较小,且未涉及长期随访数据 | 揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制,以改善诊断和治疗策略 | 卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 超过52,000个单细胞,来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1869 | 2025-01-03 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析,探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中,MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用 | 研究样本量有限,且仅针对右心室游离壁组织,可能无法全面反映心脏其他部位的情况 | 研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制 | 健康供体、在特征性凝血异常(CAC)高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 61,187个细胞,包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 1870 | 2025-01-03 |
Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1
PMID:39745633
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法,用于从推断的杂合性缺失(LOH)事件重建细胞谱系 | 使用单细胞RNA测序数据,结合贝叶斯方法重建细胞谱系,并标注细胞表型和发育时间点 | 该方法目前仅应用于特定小鼠模型,尚未广泛验证 | 研究细胞谱系重建方法,以了解细胞发育历史 | Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1871 | 2025-01-03 |
Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5
PMID:39745637
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研究论文 | 本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议 | iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记,与单细胞和空间转录组学兼容,用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态 | NA | 研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系 | 人类大脑类器官 | 生物医学工程 | NA | iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1872 | 2025-01-03 |
Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6
PMID:39745638
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法 | 与传统基于稀疏荧光标记的方法相比,使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量,并且使用的老鼠数量减少了10倍以上 | NA | 开发一种高吞吐量的克隆追踪方法,用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系 | 小鼠大脑中的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2周大的小鼠脑组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1873 | 2025-01-03 |
LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12
PMID:39745644
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略,用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析 | LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析,能够重建生物体范围内的单细胞谱系树 | NA | 理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源 | 单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1874 | 2025-01-03 |
Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11
PMID:39745643
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace,用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记,并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列 | ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析,能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记,并实现克隆追踪和谱系树重建 | 该方法目前仅应用于斑马鱼模型,尚未在其他生物体中进行验证 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | 遗传学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR | NA | DNA序列, 转录组数据 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1875 | 2025-01-03 |
GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19
PMID:39745651
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI,该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系 | GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系,无需依赖遗传标记或物理细胞分离,极大地简化并扩展了谱系注释 | NA | 开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1876 | 2024-12-30 |
Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes
2025-Jan, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13216
PMID:39625901
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研究论文 | 本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法,用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究 | 开发了一种新的两阶段酶解步骤,结合碎片去除和活细胞富集,从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液 | 该方法主要针对小鼠尾皮,可能不适用于其他类型的皮肤组织 | 研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析 | 小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞 | 单细胞测序 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1877 | 2024-12-29 |
CXC chemokine receptor 4 - mediated immune modulation and tumor microenvironment heterogeneity in gastric cancer: Utilizing multi-omics approaches to identify potential therapeutic targets
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2130
PMID:39431668
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性 | 首次全面揭示了CXCR4在胃癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其与T细胞耗竭的关系 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内实验验证 | 探索CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性,寻找潜在治疗靶点 | 胃癌细胞系AGS和SNU-1 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、ELISA、PCR、CCK8实验、细胞划痕实验、集落形成实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 两种胃癌细胞系(AGS和SNU-1) | NA | NA | NA | NA |
| 1878 | 2024-12-29 |
Construction of mitochondrial quality regulation genes-related prognostic model based on bulk-RNA-seq analysis in multiple myeloma
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2135
PMID:39446019
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研究论文 | 本文基于批量RNA测序分析,构建了与线粒体质量调控基因相关的多发性骨髓瘤预后模型 | 开发了一个与线粒体质量调控基因相关的预后模型,并利用多种生物信息学工具进行综合分析 | NA | 构建多发性骨髓瘤患者的线粒体质量调控基因相关预后模型 | 多发性骨髓瘤患者 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、突变分析、免疫浸润分析 | RiskScore模型 | RNA测序数据、突变数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1879 | 2024-12-29 |
Navigating the immune landscape with plasma cells: A pan-cancer signature for precision immunotherapy
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2142
PMID:39495620
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研究论文 | 本研究通过泛癌单细胞RNA测序分析,发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig,能够显著预测患者对免疫治疗的反应 | 发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig,并通过机器学习算法验证了其在预测免疫治疗反应中的优越性 | 未提及具体的研究局限性 | 提高对肿瘤微环境中内在和外在免疫景观的理解,并为更精确的生物标志物引导的免疫治疗方法铺平道路 | 癌症患者 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 多个队列的癌症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1880 | 2024-12-28 |
Histopathologic Analysis of Human Kidney Spatial Transcriptomics Data: Toward Precision Pathology
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.011
PMID:39097165
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学(ST)技术在人类肾脏样本中的应用,旨在通过形态学方法解释ST数据,提高对慢性肾脏病病变现象的理解 | 提出了基于形态学的ST数据分析方法,能够更准确地解释肾脏病变的细胞和分子机制 | 研究仅基于人类肾脏样本,未涉及其他组织或疾病模型 | 通过空间转录组学技术,提高对慢性肾脏病病变现象的理解,推动精准病理学的发展 | 人类肾脏样本 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学(ST) | NA | 空间转录组数据 | 人类肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |