单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-08-08	Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.158 PMID:40761736	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul与其他scRNA-seq分析包的不同之处在于其易用性、分析全长RNA测序数据以获取外显子覆盖和转录本异构体推断的能力，以及对批次校正的支持	NA	开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
162	2025-08-08	Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352 PMID:40761786	review	本文综述了通过单细胞测序技术揭示自然杀伤细胞（NK细胞）异质性的研究进展及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	利用单细胞测序技术高分辨率地解析NK细胞的异质性，为肿瘤免疫治疗提供更精确的信息	NA	探究NK细胞异质性的形成机制及其在肿瘤微环境中的作用，以优化基于NK细胞的个性化治疗策略	自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
163	2025-08-08	Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227 PMID:40761790	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，识别了G蛋白偶联受体相关特征，用于软组织肉瘤的诊断和临床获益预测	结合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个包含12种机器学习算法及其127种组合的新型框架，构建了GPR相关特征的诊断和预后模型	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具	软组织肉瘤患者	机器学习	软组织肉瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	Stepglm+Enet, 多种机器学习算法组合	基因表达数据	基于TCGA和GEO数据库的数据集
164	2025-08-08	Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1592802 PMID:40761855	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组分析及机器学习，探讨了COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	结合了批量转录组和单细胞转录组分析，利用机器学习构建COPD风险预测模型，并筛选了潜在的中药单体成分	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探讨COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	COPD患者和正常个体的气道上皮组织	数字病理	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	转录组分析、Lasso回归、随机森林算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	Lasso回归、随机森林	转录组数据	未明确说明样本数量，数据来源于GEO数据库
165	2025-08-07	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和年轻化研究中的应用及发现	采用单细胞组学技术对脑衰老进行高维解析，并提出组合年轻化干预策略的新思路	主要基于现有单细胞组学研究进行综述，缺乏原创性实验数据	探讨脑衰老的细胞机制及年轻化干预策略	大脑细胞（特别是神经干细胞）及其相互作用	单细胞组学	阿尔茨海默病,帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
166	2025-08-07	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次在单细胞水平揭示了正常和炎症状态下结肠肌层巨噬细胞的异质性，并发现Lyve1+ MMφ亚群在结肠炎期间消失的现象	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明结肠炎期间结肠肌层免疫细胞群的动态变化	结肠肌层巨噬细胞(MMφ)	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型和人类溃疡性结肠炎患者样本
167	2025-08-07	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源	新增单细胞转录组学数据挖掘和分析资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	未明确提及具体限制	支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解	果蝇和其他节肢动物，包括传染病媒介	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	组学数据	NA
168	2025-08-07	Construction of a New Ferroptosis-related Prognosis Model for Survival Prediction in Colorectal Cancer 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673296767240116215814 PMID:38362684	研究论文	本研究构建了一个与铁死亡相关的基因特征模型，用于预测结直肠癌患者的预后	基于11个铁死亡相关基因构建的分子特征模型在评估结直肠癌预后方面表现良好，为结直肠癌管理提供了新方向	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	开发结直肠癌的铁死亡相关基因特征模型，探索其潜在分子功能	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, Lasso分析	基因特征模型	基因表达数据	来自GSE161277、GSE17537和TCGA-CRC数据库的数据
169	2025-08-07	Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration 2025-01-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202455 PMID:39162179	综述	本文综述了周细胞在阴茎血管生成和神经再生中的作用，特别是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的具体机制	聚焦于周细胞在勃起功能障碍中的具体作用，尤其是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的研究	对周细胞在勃起功能障碍中的具体机制理解仍不充分	分析周细胞在勃起功能障碍中的具体作用	周细胞及其在勃起功能障碍中的作用	血管生物学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
170	2025-08-07	Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer's disease brains using spatial transcriptomics 2025, Molecular neurodegeneration advances DOI:10.1186/s44477-025-00002-z PMID:40740481	研究论文	利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病大脑中的斑块-胶质细胞微环境	结合空间转录组学、单核RNA测序和人类多细胞模型，首次在人类AD大脑中绘制了斑块-胶质细胞微环境的细胞状态和分子事件	研究样本量相对较小（21名个体），且仅使用死后脑组织，可能无法完全反映活体动态过程	解析阿尔茨海默病中斑块-胶质细胞相互作用的分子机制	人类阿尔茨海默病死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、免疫组化(IHC)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	iPSC来源的多细胞培养模型	空间转录组数据、RNA测序数据、免疫组化图像数据	21名个体的78个死后脑切片（来自ROSMAP研究）
171	2025-08-07	Deciphering the role of SEMA4A/MAPK signaling in sepsis: insights from Mendelian randomization, transcriptomic, single-cell sequencing analyses, and vitro experiments 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1606509 PMID:40756031	研究论文	本研究通过多种分析方法揭示了SEMA4A/MAPK信号在脓毒症中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合孟德尔随机化、转录组学、单细胞测序分析和体外实验，首次系统性地鉴定了SEMA4A等核心脓毒症基因及其在单核细胞中的功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的验证	揭示脓毒症的新治疗靶点	脓毒症患者基因数据和THP-1人单核细胞系	生物医学	脓毒症	转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	THP-1细胞模型	基因表达数据	3个独立转录组数据集（来自GEO数据库）
172	2025-08-07	To explore the potential of LOXL2 as a biomarker in glioma and construct a genomic integrated clinical prognostic model 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1602475 PMID:40756111	研究论文	本研究通过生物信息学技术分析LOXL2在胶质瘤发生发展中的生物学功能，并系统评估该分子标志物与患者预后的潜在关联	首次系统评估LOXL2作为胶质瘤生物标志物的潜力，并构建基于临床数据和分子机制研究的预后模型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	为改善胶质瘤诊疗策略提供新的理论基础	胶质瘤患者和LOXL2基因	生物信息学	胶质瘤	生物信息学分析、scRNA-seq、COX回归分析	预后模型（KM生存分析、COX回归、nomogram、DCA）	基因组数据、临床数据	CCGA（探索性队列）和TCGA（验证性队列）数据集
173	2025-08-07	Single-cell RNA sequencing using split-pool barcoding reveals transcriptional heterogeneity in Porphyromonas gingivalis with implications for periodontal pathogenesis 2025, Journal of oral microbiology IF:3.7Q2 DOI:10.1080/20002297.2025.2540827 PMID:40756339	研究论文	本研究通过split-pool barcoding单细胞RNA测序技术，揭示了Porphyromonas gingivalis在单细胞水平的转录异质性及其与牙周病发病机制的关系	首次绘制了Porphyromonas gingivalis的单细胞转录组图谱，揭示了其转录异质性及与牙周病发病机制相关的罕见亚群	研究仅基于实验室培养的W83菌株，未考虑临床样本或不同菌株间的异质性	探索Porphyromonas gingivalis在单细胞水平的转录异质性及其在牙周病发病机制中的作用	Porphyromonas gingivalis W83菌株的1,942个单细胞	微生物组学	牙周病	split-pool barcoding单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	1,942个Porphyromonas gingivalis W83单细胞
174	2025-08-07	New insights into acute ischemic stroke from the perspective of spatial omics 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.113396 PMID:40756344	综述	本文从空间组学的角度总结了急性缺血性卒中后不同时间点和空间分布下小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群与浸润的外周免疫细胞的生物学功能及相互作用机制	首次从空间单细胞组学的角度总结了急性缺血性卒中后不同细胞亚群的空间分布和动态互作	NA	理解急性缺血性卒中后复杂的细胞间相互作用，为精准干预和靶向治疗奠定基础	小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群与浸润的外周免疫细胞	空间组学	急性缺血性卒中	空间转录组技术	NA	基因表达信息与组织空间结构	NA
175	2025-08-07	Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.116567 PMID:40756359	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究长期氟化物暴露对小鼠肠道免疫和细胞多样性的影响	首次使用单细胞RNA测序揭示氟化物暴露对肠道细胞异质性和细胞间通讯模式的影响，并发现新的风险基因	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究长期氟化物暴露对肠道细胞和免疫系统的影响及其机制	小鼠回肠细胞	生物医学	肠道疾病	单细胞RNA测序, 荧光杂交	NA	RNA测序数据, 荧光图像	小鼠经过56周50ppm氟化物暴露
176	2025-08-07	Analysis of histone modifications in key cellular subpopulations in the context of azoospermia using spermatogenic single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1626153 PMID:40756901	研究论文	通过单细胞RNA测序数据分析非梗阻性无精子症中关键细胞亚群的组蛋白修饰作用	揭示了特定睾丸细胞亚群中组蛋白修饰在非梗阻性无精子症中的关键作用，并发现了HDAC2等关键基因的上调	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探究非梗阻性无精子症的分子机制	非梗阻性无精子症患者的睾丸组织细胞亚群	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	AUCell, CellChat	RNA-seq数据	来自GEO数据库的GSE149512数据集
177	2025-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomic data reveals altered cellular composition and predictive cell types in ectopic endometriosis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1641982 PMID:40757199	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了异位子宫内膜异位症的细胞组成变化及预测性细胞类型	首次利用单细胞RNA测序图谱和CIBERSORTx算法对子宫内膜异位症进行细胞亚型比例估计，并构建随机森林模型进行诊断预测	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	研究子宫内膜异位症的诊断和治疗方法	子宫内膜异位症患者的细胞组成	数字病理学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, CIBERSORTx算法, 随机森林模型, 免疫组化验证	随机森林	转录组数据	GEO公共数据库中的样本（具体数量未提及）
178	2025-08-06	TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634392 PMID:39896591	研究论文	提出了一种基于copula的方法，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，克服了现有方法假设线性变化的限制	方法性能仅在模拟分析和一个小鼠垂体胚胎发育数据集上进行了验证	开发一种能捕捉单细胞转录组数据中基因共表达非线性动态变化的分析方法	单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	一个小鼠垂体胚胎发育数据集(突变型vs野生型)
179	2025-08-06	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出了一种新的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，通过矩阵分块和矩阵分解技术有效补全基因表达矩阵中的缺失值，并保留可能的生物零值	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或处理高维数据的能力	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能，促进细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	NA
180	2025-08-06	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病(AD)的潜在关联	整合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏在体实验验证	探索少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病的关联	阿尔茨海默病患者与健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	LASSO回归分析、随机森林算法、支持向量机(SVM)、单细胞转录组学、RT-qPCR、免疫荧光(IF)、Western blot(WB)	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共AD相关数据集（具体样本数量未明确说明）