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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-01-03 |
The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006
PMID:39332674
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综述 | 本文综述了肾脏精准医学项目单细胞RNA测序图谱中定义的近端小管细胞状态,并比较了不同研究中的命名和分类方法 | 整合肾脏精准医学项目与其他重要研究的单细胞数据,统一近端小管细胞状态的转录组标记和分类标准 | 主要基于现有文献综述,缺乏新的实验数据验证 | 理解近端小管在健康和疾病状态下的细胞亚型及其在损伤和再生过程中的转录组变化 | 近端小管细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2026-01-03 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,在早期阿尔茨海默病模型中探索了背侧中缝核(DRN)内基因表达的空间差异,并识别出与疾病病理相关的关键基因 | 首次在阿尔茨海默病模型中应用Visium空间基因表达平台,揭示了DRN内不同亚区域对tau病理的敏感性差异,并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau磷酸化调控 | 研究依赖于小鼠模型,可能无法完全模拟人类阿尔茨海默病的复杂性,且空间转录组学技术需要结合其他验证方法以克服其局限性 | 识别与阿尔茨海默病病理中5-羟色胺神经元易感性或抗性相关的遗传成分 | 过表达人类tau蛋白的转基因小鼠(htau小鼠)的背侧中缝核 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,RNAscope,免疫组织化学 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 163 | 2026-01-03 |
ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis
2025-Jan, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241282948
PMID:39586800
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研究论文 | 本研究首次对慢性增生性念珠菌病(CHC)影响的舌组织进行了单细胞RNA测序分析,揭示了其微环境变化和免疫学病因 | 首次对CHC舌组织进行单细胞RNA测序分析,构建了全面的细胞图谱和免疫景观,揭示了成纤维细胞在细胞间相互作用中的核心作用,并识别了与炎症和癌变相关的配体-受体对 | NA | 揭示慢性增生性念珠菌病的微环境变化、免疫学病因和潜在恶性转化机制 | 慢性增生性念珠菌病(CHC)影响的舌组织 | 数字病理学 | 口腔念珠菌病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 164 | 2026-01-03 |
Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages
2025-Jan, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007
PMID:39615587
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析,比较了人角膜类器官与胎儿角膜的糖胺聚糖和蛋白聚糖表达模式,评估其成熟度 | 首次利用单细胞RNA测序技术详细比较人角膜类器官与不同发育阶段胎儿角膜的相似性,并评估糖胺聚糖沉积作为成熟度指标 | 类器官的糖胺聚糖沉积模式仍显示为未成熟组织特征,且不同iPSC系间存在差异,需进一步优化以获得更成熟的基质细胞 | 评估人角膜类器官的发育成熟度,并比较其与胎儿角膜的相似性 | 人角膜类器官(来自iPSC系IMR90.4和NCRM-1)和不同发育阶段的人胎儿角膜 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 两个iPSC系(IMR90.4和NCRM-1)生成的角膜类器官,以及不同发育阶段的人胎儿角膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2026-01-03 |
Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage
2025-Jan-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0199
PMID:39446557
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析糖尿病大鼠视网膜中不同细胞类型的转录变化,揭示了糖尿病敏感细胞类型及Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用的机制 | 首次利用单细胞转录组学系统描绘糖尿病进展中视网膜细胞类型特异性响应,并鉴定出Zfp36作为Müller胶质细胞保护性通路的关键基因 | 研究仅基于大鼠模型,人类视网膜的响应机制可能不同;单细胞转录组学未能完全揭示蛋白质水平变化 | 阐明糖尿病诱导视网膜病变的细胞类型特异性分子机制,并探索保护性干预靶点 | 糖尿病大鼠模型的视网膜细胞 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 166 | 2024-12-28 |
Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010
PMID:39722281
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2026-01-03 |
Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis
2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.15494
PMID:39592394
|
研究论文 | 本研究利用Visium空间转录组学和蛋白质组学技术,识别了酒精性肝炎中的新型肝细胞群及其转录组和蛋白质组变化 | 首次结合空间转录组学和蛋白质组学分析人类酒精性肝炎,揭示了细胞类型、转录组和蛋白质组的全局性改变,并识别了疾病相关肝细胞的基因和蛋白质特征 | 样本量较小(仅2例AH患者和2例非ALD对照),可能限制结果的普遍性和统计效力 | 研究酒精性肝炎的细胞群和分子变化,以识别新型治疗靶点 | 人类酒精性肝炎患者的肝组织样本 | 数字病理学 | 酒精性肝炎 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质组数据 | 4例样本(2例AH患者,2例非ALD对照) | 10x Genomics | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE(用于福尔马林固定石蜡包埋组织) |
| 168 | 2026-01-03 |
Inhibition of A2AR alleviates adenosine-mediated suppression of plasma cell differentiation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1702402
PMID:41472728
|
研究论文 | 本研究探讨了A2AR在腺苷介导的B细胞向抗体分泌细胞分化抑制中的作用,并评估了A2AR拮抗剂inupadenant的逆转效果 | 首次通过空间转录组学分析揭示inupadenant治疗患者肿瘤活检中抗体分泌细胞在三级淋巴结构中特异性增加 | 样本量较小(10个肿瘤样本用于质谱成像,5名患者用于体内评估),且主要基于体外和临床前模型 | 研究A2AR对人类B细胞在肿瘤微环境中分化的影响 | 人类B细胞、浆细胞、肿瘤浸润免疫细胞、扁桃体和肿瘤相关B细胞 | 免疫学 | 癌症 | 定量质谱成像、GeoMx分析、免疫组化、多重免疫荧光、scRNA-seq、流式细胞术、LegendPLEX、Visium空间转录组学 | NA | 图像、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 10个肿瘤样本用于质谱成像,5名癌症患者肿瘤活检用于体内评估 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台用于肿瘤活检分析 |
| 169 | 2026-01-03 |
EGR3 as a dual tumor-immune regulator: a machine learning-driven prognostic target for cold breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1627133
PMID:41472745
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法和机器学习,识别并验证了EGR3作为乳腺癌预后标志物和免疫调节靶点 | 利用机器学习优化的3基因预后模型,并首次验证EGR3在肿瘤抑制和免疫调节中的双重功能 | 研究基于多个公共数据集,可能受数据异质性影响,且需进一步临床验证 | 识别乳腺癌的关键分子驱动因子并验证其临床相关性 | 乳腺癌患者的多组学数据及临床样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序 | StepCox-Random Survival Forest | 基因表达数据、临床数据 | TCGA、GEO(GSE42568、GSE9893、GSE7390)和METABRIC数据集中的多个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2026-01-03 |
The Neuroimmune Axis in Atopic Dermatitis: From Pathogenic Mechanisms to Targeted Neuroimmunotherapy
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S578036
PMID:41473600
|
综述 | 本文综述了神经免疫轴在特应性皮炎发病机制中的核心作用,并探讨了基于该机制的靶向神经免疫疗法 | 将神经免疫轴置于AD发病机制的核心位置,系统整合了从分子机制到多组学、系统生物学方法的最新发现,并强调了生物标志物指导下的精准治疗策略 | 文中提到的生物标志物和新型疗法的临床验证、长期安全性、可及性以及在多样化患者群体中的实施仍面临挑战 | 阐明特应性皮炎的神经免疫发病机制,并探索基于该机制的精准诊断和靶向治疗策略 | 特应性皮炎 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞转录组学、空间转录组学、神经影像学、微生物组分析 | NA | 多组学数据、神经影像数据、微生物组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 171 | 2026-01-03 |
DIAPH3 is upregulated in high-grade gliomas and linked to chromosomal instability
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf233
PMID:41473744
|
研究论文 | 本研究探讨了DIAPH3在胶质瘤中的表达及其与染色体不稳定性的关联 | 首次在临床胶质瘤样本中确认DIAPH3在高级别胶质瘤中特异性上调,并验证其与染色体不稳定性及不良预后的关联 | DIAPH3的预后价值未超越WHO CNS5胶质瘤分类,且研究主要依赖公开数据集和细胞系实验 | 研究DIAPH3在胶质瘤中的表达模式及其对染色体稳定性的影响 | 胶质瘤样本(包括低级别和高级别)及胶质母细胞瘤细胞系 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自公开数据集的胶质瘤样本及胶质母细胞瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 172 | 2026-01-02 |
Integrative MultiOmics and Machine Learning Reveal Peroxiredoxin 4 as a Critical Hub Governing Mitochondrial Dysfunction and B Cell Differentiation in Periodontitis
2025, Clinical, cosmetic and investigational dentistry
DOI:10.2147/CCIDE.S560013
PMID:41467033
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和机器学习,揭示了过氧化物酶4(PRDX4)作为调控线粒体功能障碍和B细胞分化的关键枢纽在牙周炎中的作用 | 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,结合十种机器学习算法,识别出PRDX4作为牙周炎中线粒体稳态的关键调控基因,并发现其在B细胞分化中的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析和实验验证,但具体分子机制和PRDX4在牙周炎中的详细作用通路仍需进一步探索 | 探究牙周炎中线粒体功能障碍相关的免疫细胞变化及其调控机制 | 牙周炎患者样本和小鼠模型 | 机器学习 | 牙周炎 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, qPCR, 免疫荧光 | 非负矩阵分解(NMF), 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 转录组数据 | 未明确指定样本数量,但包括患者样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2026-01-02 |
Integrated Transcriptomic Analysis Leveraging Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data to Uncover Pyroptosis-Related Prognostic Signatures in HCC
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S557035
PMID:41467099
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,构建了一个基于焦亡相关基因的肝细胞癌预后特征模型 | 独特地整合单细胞和批量转录组数据,系统性地识别焦亡相关预后生物标志物,并精确定位其在肿瘤微环境中的细胞来源 | NA | 开发基于焦亡相关基因的肝细胞癌预后特征 | 肝细胞癌 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO回归, Cox回归 | RNA测序数据, 临床信息 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 174 | 2026-01-01 |
Targeting PDCD4 in cancer and atrial fibrillation: mechanistic insights from integrated multi-omics and single-cell analysis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1593815
PMID:40766329
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞分析,揭示了PDCD4在房颤和癌症中的调控机制,并识别了关键基因和潜在治疗靶点 | 首次整合多组学、单细胞RNA测序和分子对接分析,系统阐明PDCD4在房颤中的调控网络,并发现其与癌症(如ACC)的交叉调控机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内实验和更大规模的临床队列验证 | 探究PDCD4在房颤中的分子机制,识别关键调控基因和潜在治疗靶点 | 房颤患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、单细胞RNA测序数据、癌症数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、qRT-PCR、分子对接 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络、miRNA-mRNA调控网络、转录因子分析 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | 房颤患者和健康对照的外周血单个核细胞样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2026-01-01 |
Identifying and validating hypoxia- and metabolism-related hub genes and cell communication in atherosclerosis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1680482
PMID:41458991
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和生物信息学分析,识别并验证了与动脉粥样硬化相关的缺氧和代谢枢纽基因及其细胞通讯机制 | 整合单细胞测序数据、缺氧相关基因和代谢相关基因,首次系统性地识别了动脉粥样硬化中的DE-MH-RGs,并通过多种分析方法验证了枢纽基因的诊断潜力和治疗靶点 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,缺乏实验验证,且样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 揭示动脉粥样硬化中缺氧和代谢相关基因的调控机制,识别潜在的诊断标志物和治疗靶点 | 动脉粥样硬化患者和正常对照的基因表达数据,包括单细胞测序数据和AS相关数据集 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序,基因表达分析,功能富集分析,蛋白互作网络分析 | LASSO逻辑回归,GSEA,GSVA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 基于公共数据集GSE100927和GSE159677,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 176 | 2026-01-01 |
Celline: a flexible tool for one-step retrieval and integrative analysis of public single-cell RNA sequencing data
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1684227
PMID:41458999
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研究论文 | 本文介绍了Celline,一个用于一站式检索和整合分析公共单细胞RNA测序数据的灵活工具 | 开发了一个端到端的Python包,通过单行命令自动从多个公共存储库检索原始scRNA-seq数据,并利用大语言模型提取元数据,整合了多种现有工具进行质量控制、细胞类型注释、批次校正和轨迹推断 | NA | 为研究人员提供一个无缝检索、预处理、整合和分析公共单细胞RNA测序数据的解决方案 | 公共单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 2个小鼠大脑皮层数据集(胚胎期14.5天和18天) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2026-01-01 |
Characteristics of CD103+CD8+ T cells in the spleen of Plasmodium yoelii NSM-infected mice
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1668438
PMID:41459157
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研究论文 | 本研究通过构建疟原虫感染小鼠模型,利用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了脾脏中CD103+CD8+ T细胞的特性及其在感染过程中的变化 | 首次在疟原虫感染模型中系统描述了脾脏CD103+CD8+ T细胞的表型和功能特征,并发现转录因子LEF1可能通过结合Itgae启动子序列调控CD103表达 | 研究仅在小鼠模型中进行,未在人类样本中验证;机制研究主要基于生物信息学预测和报告基因实验,缺乏体内功能验证 | 探究疟原虫感染过程中脾脏CD103+CD8+ T细胞的特性及其功能意义 | C57BL/6小鼠脾脏中的CD45+细胞,特别是CD103+CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、qPCR、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、基因表达数据 | 未明确样本数量,使用C57BL/6小鼠构建感染模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2026-01-01 |
Clustering Analysis of Multiple Omics Data Types Identifies Cancer Patients With Consistent Survival Outcomes
2025, Cancer informatics
IF:2.4Q3
DOI:10.1177/11769351251394107
PMID:41459353
|
研究论文 | 本研究通过聚类分析多种组学数据类型,识别出具有一致生存结果的癌症患者 | 比较不同组学数据层聚类结果在捕获生存相关患者群组方面的一致性,并识别出跨组学数据一致聚类的患者群组及其与生存结果的关联 | 研究基于TCGA数据,可能受样本量和数据质量的限制,且未验证聚类结果在独立队列中的可重复性 | 评估不同组学数据类型聚类分析在癌症分层中的一致性及其与患者生存结果的关系 | TCGA中20种癌症类型的患者 | 机器学习 | 癌症 | miRNA表达分析、基因表达分析、DNA甲基化分析 | 聚类分析 | miRNA表达数据、基因表达数据、DNA甲基化数据 | TCGA中20种癌症类型的患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2026-01-01 |
Integrated analysis of the relationship between metabolic pathways and immune infiltration in rheumatoid arthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679356
PMID:41459480
|
研究论文 | 本研究通过整合分析RNA-Seq数据和临床信息,探讨了类风湿关节炎中代谢通路与免疫浸润之间的关系,并构建了诊断模型 | 首次系统性地整合了代谢通路活性、免疫细胞浸润和共表达网络分析,识别出连接代谢重编程与免疫失调的关键枢纽基因,并利用LASSO模型构建了具有诊断潜力的工具 | 研究主要基于公开数据库的回顾性数据,部分发现(如COX7C的作用)仍需更多实验验证,且样本来源和异质性可能影响结果的普适性 | 阐明类风湿关节炎中代谢通路与免疫浸润之间的相互作用关系,并开发基于关键基因的诊断模型 | 类风湿关节炎患者与健康对照的RNA-Seq数据、临床信息以及单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-Seq, scRNA-seq, WGCNA, LASSO逻辑回归 | LASSO逻辑回归模型 | 基因表达数据(RNA-Seq, scRNA-seq)、临床数据 | 来自GEO数据库的多个独立数据集(具体样本数量未在摘要中明确说明) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 180 | 2026-01-01 |
Tertiary lymphoid structure drives allograft rejection via IFN-γ-JAK-STAT-dependent atypical memory B cell differentiation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728290
PMID:41459486
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研究论文 | 本研究通过深度学习病理组学模型和单细胞RNA测序分析,揭示了三级淋巴结构通过IFN-γ-JAK-STAT通路驱动非典型记忆B细胞分化,从而介导移植物排斥的免疫机制 | 首次发现三级淋巴结构通过IFN-γ-JAK-STAT依赖的非典型记忆B细胞分化途径驱动移植物排斥,并开发了预测排斥反应的深度学习病理组学模型 | 研究主要基于回顾性队列和动物模型,需要前瞻性临床研究验证治疗靶点的有效性 | 探究三级淋巴结构在肝移植排斥反应中的病理作用、功能和形成机制 | 儿童活体肝移植后的肝活检组织、小鼠原位肝移植模型 | 数字病理学 | 肝移植排斥 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 深度学习, 生物信息学分析 | 深度学习病理组学模型 | 组织图像, 基因表达谱, 单细胞转录组数据 | 590例肝活检样本(来自三个转录组数据库)和11例单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |