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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-11-25 |
Multi-omics analysis indicates an association between TAPBP and prostate cancer
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336438
PMID:41270069
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定与前列腺癌相关的关键基因TAPBP | 首次整合蛋白质组、转录组、单细胞测序和多种统计方法系统筛选前列腺癌相关基因 | 研究结果需要进一步实验验证,样本来源和数量未明确说明 | 识别导致前列腺癌发生的关键基因并寻找潜在药物靶点 | 前列腺癌相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 前列腺癌 | PWAS, TWAS, 单细胞测序, 孟德尔随机化, 贝叶斯共定位分析 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 162 | 2025-11-24 |
Mitophagy-associated biomarkers and macrophage involvement in pulmonary arterial hypertension: identification and functional implications
2025, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2025.1673181
PMID:41267791
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析、单细胞RNA测序和机器学习方法,识别了与肺动脉高压中线粒体自噬相关的生物标志物及其在巨噬细胞中的功能意义 | 首次系统性地识别了五个与肺动脉高压中线粒体自噬相关的巨噬细胞生物标志物,并通过多组学方法验证了其在巨噬细胞分化过程中的表达轨迹 | 研究主要基于动物模型和公共数据库,需要在人类患者中进行进一步验证 | 探索肺动脉高压中线粒体自噬的分子机制并识别相关生物标志物 | 肺动脉高压患者数据、单细胞RNA测序数据、单核rotaline诱导的肺动脉高压大鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 微阵列分析、单细胞RNA测序、机器学习、定量PCR、Western blotting、免疫荧光 | 机器学习模型(五种不同算法) | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、实验验证数据 | 训练队列和验证队列的人类数据集,以及大鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列分析 | NA | NA |
| 163 | 2025-11-24 |
Novel Strategies to Profile SARS-CoV-2 and Human Lung Proteome: Inflammatory Pathways in the Spotlight
2025, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/bmri/5571277
PMID:41267794
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综述 | 本文综述了用于分析SARS-CoV-2和人类肺部蛋白质组的新兴技术,重点关注炎症通路 | 强调噬菌体展示、酵母双杂交和侧流免疫分析等创新技术,以及单细胞RNA测序和质谱等组学技术在肺部蛋白质组研究中的应用 | NA | 比较传统诊断检测与创新方法在肺部蛋白质组研究中的独特贡献 | SARS-CoV-2病毒和人类肺部蛋白质组 | 蛋白质组学 | COVID-19 | 噬菌体展示, 酵母双杂交, 侧流免疫分析, 单细胞RNA测序, 微阵列, 质谱 | NA | 蛋白质组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 164 | 2025-11-24 |
Transcriptomic analysis reveals TME-mediated macrophage IFIT1 upregulation and CX3CR1 suppression drive osteosarcoma progression
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1686854
PMID:41267985
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示骨肉瘤微环境通过上调巨噬细胞IFIT1和抑制CX3CR1表达驱动肿瘤进展的机制 | 首次发现骨肉瘤微环境通过调控巨噬细胞IFIT1上调和CX3CR1抑制来促进肿瘤进展的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步体内实验验证 | 探索骨肉瘤微环境对巨噬细胞基因表达的影响及其在肿瘤进展中的作用 | 骨髓来源巨噬细胞和K7M2骨肉瘤细胞系 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | RNA测序,单细胞测序,PCR,流式细胞术,克隆形成,伤口愈合,Transwell实验 | NA | 转录组数据,单细胞数据,基因表达数据 | NA | NA | RNA测序,单细胞测序 | NA | NA |
| 165 | 2025-11-24 |
HOXC10 Protects from Skin Aging by Targeting the FZD6/Wnt/β-Catenin Signaling Pathway
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0976
PMID:41268215
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研究论文 | 本研究揭示了HOXC10通过调控FZD6/Wnt/β-catenin信号通路延缓皮肤衰老的机制 | 首次发现HOXC10是皮肤衰老转录因子调控网络的核心元件,并鉴定出辛伐他汀作为HOXC10的功能模拟物具有抗衰老能力 | NA | 探索皮肤衰老的分子机制及潜在治疗策略 | 皮肤组织、衰老成纤维细胞 | 生物医学 | 皮肤衰老 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2025-11-24 |
scExplorer: a comprehensive web server for single-cell RNA sequencing data analysis
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf273
PMID:41268477
|
研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据分析的综合性网络服务器平台 | 通过四种先进算法进行全面的批次校正、基于SLURM的作业调度以及自动生成可重复性报告 | 主要面向非计算背景的研究人员,可能不适合需要高度定制化分析的高级用户 | 降低单细胞RNA测序数据分析的技术门槛 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | ComBat, Scanorama, BBKNN, Harmony | 单细胞RNA测序数据 | 数千至数十万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-11-24 |
Chronic Inflammation in Primary Myelofibrosis: In-Depth Insights Into Pathogenesis and Promising Anti-Inflammatory Therapeutic Strategies
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/9967975
PMID:41268532
|
综述 | 本文系统探讨原发性骨髓纤维化的慢性炎症发病机制及抗炎治疗策略 | 整合单细胞RNA测序等最新研究成果,深入解析炎症介质过量产生、氧化应激和免疫系统失调的调控机制 | NA | 阐明PMF的发病机制并探索靶向免疫细胞和细胞因子的治疗策略 | 造血干细胞和祖细胞、骨髓基质细胞、免疫细胞及炎症介质 | NA | 骨髓增殖性肿瘤/原发性骨髓纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2025-11-24 |
Machine learning-based tumor associated macrophages polarity signature predicts prognosis and treatment response in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1663519
PMID:41268553
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研究论文 | 本研究开发了一个基于肿瘤相关巨噬细胞极性相关基因的机器学习特征,用于预测肝细胞癌患者的预后和治疗反应 | 首次基于CXCL9:SPP1特征构建了包含17个基因的TAM极性相关特征,并使用XGBoost机器学习模型进行预后预测 | 研究基于TCGA-LIHC数据集,需要在更多独立队列中进一步验证 | 开发能够预测肝细胞癌患者预后和治疗反应的生物标志物特征 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,机器学习 | XGBoost | 基因表达数据,临床数据 | TCGA-LIHC数据集和两个外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-11-24 |
Identification and validation of paraptosis-related biomarkers in recurrent miscarriage
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1656650
PMID:41268559
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别并验证了与副凋亡相关的复发性流产生物标志物PCNPP3和ELOA | 首次将副凋亡相关基因与复发性流产联系起来,并通过多组学分析揭示了其分子机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证 | 探索副凋亡相关基因在复发性流产中的作用机制 | 复发性流产患者的转录组数据 | 生物信息学 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序,转录组分析,机器学习 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2025-11-24 |
Decoding immune low-response states in sepsis: single-cell and 3D spatial transcriptomic insights into immunoparalysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1696914
PMID:41268561
|
综述 | 本文综述了脓毒症免疫低反应状态(免疫麻痹)的单细胞和3D空间转录组学研究进展 | 整合单细胞RNA/ATAC测序、免疫组库分析和3D空间转录组学技术,解析脓毒症免疫麻痹的细胞程序 | 检测标准化不足、单核细胞HLA-DR阈值缺乏统一标准、临床兼容空间平台有限 | 探讨脓毒症免疫低反应状态的分子机制和精准医疗策略 | 脓毒症患者的免疫细胞(单核细胞、树突状细胞、淋巴细胞、NK细胞) | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫组库分析, 3D空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | FFPE-ready空间检测 |
| 171 | 2025-11-24 |
A single-cell transcriptomic atlas elucidates the hair cycle and apoptosis mechanisms in goat hair follicles
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1693637
PMID:41268577
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序构建了山羊毛囊凋亡的高分辨率细胞图谱,揭示了毛周期中毛囊细胞凋亡的分子机制 | 首次在山羊毛囊中鉴定出九种细胞类型,发现基质细胞富集Wnt信号通路和凋亡相关基因,并揭示了决定基质细胞命运的关键动态基因和调控因子 | NA | 探索山羊毛周期中毛囊凋亡的分子机制 | 山羊毛囊细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 8,214个毛囊细胞(来自生长期、退行期和休止期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 172 | 2025-11-23 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术揭示了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 整合单细胞RNA测序与单细胞分辨率空间转录组数据,通过深度学习细胞分割模型实现精确的转录本定位和细胞间距离分析 | 存在测序深度限制,需要通过数据整合来克服 | 研究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响 | 难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习图像分析 | 细胞分割模型, 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 173 | 2025-11-23 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
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研究论文 | 本研究使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较了三种成像型单细胞分辨率空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台的性能,并引入像素级手动评估方法进行病理学意义比较 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本,样本类型相对有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学,RNA测序,多重免疫荧光,HE染色 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤组织芯片样本 | Nanostring, Vizgen, 10x Genomics | 单细胞空间转录组学,空间多组学 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | CosMx空间分子成像平台,MERFISH多重误差鲁棒荧光原位杂交,Xenium单细胞/多模态空间分析平台 |
| 174 | 2025-11-23 |
Deciphering oligomeric proanthocyanidins' dual osteoprotective mechanisms at single-cell resolution: NR4A1-mediated PTGS2 suppression and β-catenin-Runx2 activation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679987
PMID:41262236
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示寡聚原花青素治疗骨质疏松的双重机制 | 首次在单细胞分辨率下发现C2 NR4A1+ MSCs亚型,并阐明OPC通过NR4A1介导的PTGS2抑制和β-catenin-Runx2激活的双重机制治疗骨质疏松 | NA | 阐明寡聚原花青素治疗骨质疏松的多靶点作用机制 | 骨质疏松小鼠模型中的间充质干细胞亚型 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,网络药理学,细胞实验,动物模型 | Seurat,Monocle,Slingshot,CellChat | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-11-23 |
Athero-oncology perspective: identifying hub genes for atherosclerosis diagnosis using machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616096
PMID:41262249
|
研究论文 | 本研究通过整合癌症基因集和机器学习方法识别与动脉粥样硬化相关的关键枢纽基因,并构建诊断模型 | 首次从动脉粥样硬化-肿瘤学角度整合癌症基因集识别动脉粥样硬化关键基因,并构建基于IRF7、FHOD1和TNF的诊断列线图 | 分子机制仍需进一步深入研究 | 识别动脉粥样硬化诊断相关的关键枢纽基因并探索其免疫分子机制 | 平滑肌细胞、人类和小鼠模型的动脉粥样硬化样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序 | SVM-RFE、LASSO回归、随机森林 | 基因表达数据 | GEO数据库数据集、人类颈动脉斑块和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 176 | 2025-11-23 |
Cellf-deception: human microglia clone 3 (HMC3) cells exhibit more astrocyte-like than microglia-like gene expression
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1681811
PMID:41262332
|
研究论文 | 本研究通过基因表达分析发现HMC3细胞系更类似星形胶质细胞而非小胶质细胞 | 首次使用基因对比例方法揭示HMC3细胞系的真实细胞类型特征 | 研究基于基因表达数据,未进行功能验证实验 | 评估HMC3细胞系作为人类小胶质细胞模型的可靠性 | 人类小胶质细胞克隆3(HMC3)细胞系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | 预测模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2025-11-23 |
Neutrophil-Fibroblast Crosstalk Drives Immunofibrosis in Sequelae of Pelvic Inflammatory Disease Through Neutrophil Extracellular Traps
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/3113542
PMID:41262541
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研究论文 | 本研究探讨中性粒细胞与子宫成纤维细胞通过中性粒细胞胞外诱捕网在盆腔炎性疾病后遗症免疫纤维化中的相互作用机制 | 首次揭示自噬促进NETs生成并通过NETs-成纤维细胞相互作用驱动盆腔组织纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,临床样本验证不足 | 阐明盆腔炎性疾病后遗症组织纤维化的发病机制 | SPID大鼠模型、HL-60来源的中性粒细胞样细胞、子宫成纤维细胞 | 单细胞测序 | 盆腔炎性疾病 | 单细胞RNA测序、细胞共培养、动物模型构建 | 大鼠疾病模型、dHL-60细胞模型 | 单细胞测序数据、体外实验数据 | 公共数据库GSE223639单细胞数据、实验动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2025-11-23 |
Single-Cell Transcriptomics Uncover EEF1A1-Driven Ubiquitination Dysregulation in T Cell Exhaustion and SLE Pathogenesis via STAT1-Mediated Th1/Th2 Imbalance
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/3708640
PMID:41262540
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了EEF1A1通过STAT1介导的Th1/Th2失衡在T细胞耗竭和系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | 首次发现EEF1A1作为泛素化相关枢纽基因通过STAT1磷酸化调控T细胞功能失调和Th1/Th2失衡 | 研究主要基于GSE135779数据集和MRL/lpr小鼠模型,需要更多临床样本验证 | 探究EEF1A1在系统性红斑狼疮发病机制中的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者T细胞和MRL/lpr小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, hdWGCNA, LASSO回归, 功能验证实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | GSE135779数据集中的SLE样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2025-11-23 |
BCL6, DUSP3, and IL6R Are Identified as Shared Druggable Immune-Regulatory Axis in Atrial Fibrillation and Atherosclerosis Through Integrative In Silico and In Vitro Analysis
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7388320
PMID:41262879
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研究论文 | 通过整合计算分析和体外实验鉴定BCL6、DUSP3和IL6R作为心房颤动和动脉粥样硬化共有的免疫调节枢纽基因 | 首次通过多平台转录组学分析识别出AF和ATH共有的免疫调节枢纽基因,并通过体外实验验证其致病机制 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞模型,缺乏体内实验验证 | 探索心房颤动和动脉粥样硬化的共同免疫炎症分子机制 | 心房颤动和动脉粥样硬化患者转录组数据、小鼠心脏成纤维细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列转录组分析、单细胞RNA测序、siRNA基因敲降、RT-qPCR、蛋白质印迹 | LASSO回归、转录调控网络建模、细胞通讯分析 | 转录组数据、基因表达数据 | 来自公共数据库的多个微阵列数据集 | Thermo Fisher | 单细胞RNA-seq | NA | Thermo Fisher验证的试剂盒和试剂 |
| 180 | 2025-11-22 |
Prognostic and Immunological Implications of Telomere Maintenance-Related Genes in Breast Cancer: A Mechanistic Exploration
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S545745
PMID:41255412
|
研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌中端粒维持相关基因构建风险模型,用于预后预测和治疗评估 | 首次系统构建基于端粒维持相关基因的乳腺癌风险预测模型,并结合单细胞RNA测序验证关键基因表达 | 研究基于回顾性数据集,需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探讨端粒维持相关基因在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 乳腺癌患者及其基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, Cox回归分析, LASSO回归, 孟德尔随机化分析 | 风险预测模型 | 基因表达数据 | 多个乳腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |