本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1721 | 2025-10-07 |
Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis
2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280
PMID:39637472
|
研究论文 | 本研究探讨清肺饮通过促进完全自噬抑制坏死性凋亡缓解肺炎链球菌肺炎的作用机制 | 首次结合单细胞转录组学揭示清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬进而抑制坏死性凋亡的新机制 | 研究主要聚焦肺上皮细胞,其他细胞类型的作用尚未深入探讨 | 探究清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的分子机制 | 肺炎链球菌感染的小鼠模型和TC-1小鼠肺上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 吖啶橙染色, 碘化丙啶染色 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 113,353个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1722 | 2025-10-07 |
Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402
PMID:39643184
|
研究论文 | 本研究结合机器学习和多组学技术探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1基因的作用 | 开发了肿瘤进化特征预测指标TECPI,在预后预测和疗效指导方面优于传统临床预测因子和81个已发表模型 | NA | 探索前列腺癌肿瘤进化特征及其在精准医疗中的应用 | 前列腺癌肿瘤细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 多组学整合分析 | 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1723 | 2025-10-07 |
PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510
PMID:39647740
|
研究论文 | 本研究探讨PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 首次结合CyTOF和单细胞RNA测序技术揭示PPARα激动剂通过调节巨噬细胞发育轨迹和极化状态改善胆汁淤积性肝损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明PPARα激动剂改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 胆汁淤积小鼠模型中的肝脏巨噬细胞和免疫细胞 | 免疫学 | 胆汁淤积性肝病 | CyTOF, scRNA-seq | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 胆汁淤积小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 1724 | 2025-10-07 |
Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645
PMID:39667460
|
研究论文 | 通过转录组分析鉴定与幽门螺杆菌感染相关胃癌诊断的核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1 | 首次整合差异表达基因分析、WGCNA和随机森林模型识别出CTSK、C3和IFITM1作为幽门螺杆菌相关胃癌的关键诊断标志物 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别幽门螺杆菌感染导致胃癌的诊断基因和相关机制 | 幽门螺杆菌感染相关胃癌患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 随机森林模型 | 随机森林 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1725 | 2025-10-07 |
Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer
2025-Jan-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042
PMID:39566495
|
研究论文 | 本研究揭示了肺腺癌中表达CCL19的成纤维网状细胞通过形成相互连接的T细胞环境调控抗肿瘤免疫应答的机制 | 首次发现成纤维网状细胞在肿瘤微环境中形成专门的T细胞生态位,并阐明其起源于壁层和外膜祖细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究肿瘤微环境中成纤维网状细胞对T细胞免疫应答的调控机制 | 非小细胞肺癌患者样本和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序,细胞命运图谱分析 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 人类非小细胞肺癌样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1726 | 2025-10-07 |
MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets
2025-Jan-13, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d4mo00111g
PMID:39513632
|
研究论文 | 开发了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP | 开发了兼容现有测序平台的单细胞ChIP-seq文库构建方法,无需定制引物即可实现稳健的核小体扩增和灵活测序 | NA | 开发单细胞表观遗传分析工具以阐明表观遗传异质性 | 外周血单个核细胞(PBMCs)和不同组织或物种的样本 | 表观遗传学 | NA | 单细胞ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | 基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法 |
| 1727 | 2025-10-07 |
Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function
2025-Jan, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400470
PMID:39499224
|
研究论文 | 本研究探讨增强的BMP信号通路在炎症诱导的人类β细胞功能衰竭和身份丧失中的作用 | 首次发现炎症因子通过激活BMP信号通路损害β细胞功能,并提出BMP信号可作为糖尿病治疗新靶点 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探索炎症环境下β细胞功能衰竭的分子机制 | 人类胰岛β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | 原代人类胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1728 | 2025-10-07 |
Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02511-3
PMID:39543284
|
研究论文 | 开发基于单细胞RNA测序的深度学习模型,用于识别小鼠和人类胚胎发育过程中的细胞类型、谱系和状态 | 利用深度学习工具整合和分类多个单细胞转录组数据集,建立能够无偏倚识别细胞类型并同时确定模型所用基因集的分类模型 | 研究材料难以获取和处理,主要依赖公开可用数据 | 定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态,为早期胚胎发生提供动态参考 | 小鼠和人类早期胚胎发育及多能干细胞模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | 公开可用的小鼠和人类胚胎发育阶段数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1729 | 2025-10-07 |
Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets
2025-Jan, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02894-2
PMID:39548315
|
研究论文 | 通过整合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析,揭示了卵巢癌分子亚型相关的细胞景观和免疫治疗靶点 | 首次结合蛋白质组学和单细胞RNA测序对卵巢癌进行综合分析,识别了四种具有临床意义的蛋白质组亚型,并发现CD40作为C2亚型的特异性预后因子 | 样本量相对有限,特别是单细胞RNA测序仅包含8个肿瘤样本 | 探索卵巢癌分子亚型与治疗意义之间的联系 | 154例上皮性卵巢癌肿瘤样本、29例正常输卵管样本和8例额外卵巢癌肿瘤 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 154个肿瘤样本 + 29个正常样本 + 8个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1730 | 2025-10-07 |
The role of FOXK2-FBXO32 in breast cancer tumorigenesis: Insights into ribosome-associated pathways
2025-Jan, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15482
PMID:39552461
|
研究论文 | 本研究探讨FOXK2-FBXO32轴在乳腺癌肿瘤发生中的作用及其在核糖体相关通路中的机制 | 首次通过单细胞测序分析FOXK2基因在泛癌中的表达模式,并发现其下游基因FBXO32与癌症免疫应答的关联 | 需要进一步研究FOXK2和FBXO32在癌症中的具体作用机制,以及靶向FOXK2治疗癌症的潜在益处 | 寻找能够预测肿瘤免疫治疗效果和预后的新生物标志物 | 多种癌症类型(前列腺癌、子宫内膜癌、膀胱癌、结直肠癌、胰腺癌、胃癌、肺癌、甲状腺癌)的肿瘤和癌旁组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA-seq, ChIP-seq, 免疫浸润分析算法 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | TCGA数据库中的泛癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1731 | 2025-10-07 |
Cryptotanshinone alleviates immunosuppression in endometriosis by targeting MDSCs through JAK2/STAT3 pathway
2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156227
PMID:39580997
|
研究论文 | 本研究探讨了隐丹参酮通过JAK2/STAT3通路调控髓源性抑制细胞,从而缓解子宫内膜异位症免疫抑制的机制 | 首次证明隐丹参酮通过靶向JAK2/STAT3通路调节MDSCs,是治疗子宫内膜异位症的潜在天然化合物 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化价值需进一步验证 | 研究隐丹参酮通过JAK2/STAT3信号通路调节MDSCs的治疗潜力及其对EMS免疫微环境和病灶生长的影响 | 子宫内膜异位症患者组织样本、C57BL/6J小鼠模型、骨髓源性MDSCs | 生物医学研究 | 子宫内膜异位症 | 转录组测序、单细胞RNA测序、网络药理学分析、表面等离子共振、细胞热位移分析、流式细胞术、免疫荧光、Western blot | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | 使用公共数据库GSE141549和GSE213216数据,建立小鼠模型进行体内外验证 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1732 | 2025-10-07 |
Comprehensive single-cell aging atlas of healthy mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00751-8
PMID:39587369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率构建健康乳腺组织衰老图谱,揭示衰老与癌症共享的表观基因组和转录组特征 | 首次在单细胞分辨率系统揭示乳腺组织衰老过程中的转录组和表观基因组重编程,并发现衰老特征与人类乳腺癌的潜在联系 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究衰老如何影响乳腺组织细胞和分子程序,及其与癌症发生的关联 | 小鼠乳腺组织中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1733 | 2025-10-07 |
A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02493-2
PMID:39543283
|
研究论文 | 开发了一个基于单细胞RNA测序数据的综合人类胚胎参考工具,用于评估人类胚胎模型 | 整合了六个已发表的人类胚胎数据集,构建了首个从受精卵到原肠胚发育阶段的通用参考工具 | 依赖于已发表数据集,可能受原始数据质量和注释准确性的限制 | 建立人类胚胎发育的标准化参考工具,用于胚胎模型的验证和评估 | 人类胚胎发育过程(从受精卵到原肠胚阶段) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) | 单细胞转录组数据 | 整合六个已发表人类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1734 | 2025-10-07 |
Identification of novel metabolism-related biomarkers of Kawasaki disease by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1541939
PMID:40276515
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别川崎病的新型代谢相关生物标志物 | 首次在单细胞水平系统分析川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢相关特征基因,并利用机器学习算法鉴定出VIM、CLIC1和ITGB2作为新型诊断标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证这些基因在川崎病发病机制中的具体功能 | 识别川崎病中与胆汁酸代谢和脂肪酸代谢相关的特征细胞和基因,探索其在疾病发病机制中的作用 | 川崎病患者免疫细胞(单核细胞和自然杀伤细胞) | 生物信息学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, 实时定量PCR, ROC曲线分析 | hdWGCNA, 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 公共数据集GSE1687323和GSE68004,验证数据集GSE73461 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1735 | 2025-10-07 |
Pan-cancer analysis identified CD248 as a potential target for multiple tumor types
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1554632
PMID:40276611
|
研究论文 | 通过泛癌分析鉴定CD248作为多种肿瘤类型的潜在治疗靶点 | 首次通过多数据库整合分析和实验验证,系统性地揭示了CD248在泛癌中的表达特征、预后价值及功能机制 | 研究主要基于数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接证据 | 探索CD248在多种肿瘤类型中的表达模式、临床意义和生物学功能 | 多种肿瘤类型(重点关注头颈鳞状细胞癌)及相应细胞系 | 生物信息学 | 泛癌分析 | qRT-PCR, Western blot, transwell assay, scratch wound healing assay, EdU assay, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床预后数据, 单细胞测序数据 | 多种肿瘤数据库数据及HNSC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1736 | 2025-10-07 |
Development of the TP53 mutation associated hypopharyngeal squamous cell carcinoma prognostic model through bulk multi-omics sequencing and single-cell sequencing
2025 Jan-Feb, Brazilian journal of otorhinolaryngology
IF:1.7Q2
DOI:10.1016/j.bjorl.2024.101499
PMID:39341197
|
研究论文 | 本研究基于TP53突变构建了下咽鳞状细胞癌预后模型,并通过单细胞测序验证了模型相关基因的表达特征 | 首次结合bulk多组学测序和单细胞测序技术,构建基于TP53突变的下咽鳞状细胞癌预后风险评分模型 | 研究主要依赖公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性验证队列 | 构建基于TP53突变的下咽鳞状细胞癌预后预测模型 | 下咽鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 下咽鳞状细胞癌 | bulk多组学测序, 单细胞测序, GSEA, Cox分析, LASSO分析 | 预后风险评分模型 | 基因组突变数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和6个GEO数据集的下咽鳞状细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1737 | 2025-10-07 |
Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization
2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16785
PMID:39477889
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和孟德尔随机化方法识别肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 首次整合血浆蛋白质组数据与HCC数据,应用MR方法系统识别10个与HCC风险相关的蛋白质生物标志物 | 研究依赖于公开数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别肝细胞癌的潜在治疗靶点和蛋白标志物 | 肝细胞癌患者和蛋白质生物标志物 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学, 孟德尔随机化, 单细胞测序, KEGG通路分析, PPI分析 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质组数据, 基因组数据 | 多个GWAS研究队列(7个已发表GWAS), DeCODE队列, FinnGen队列, UK Biobank | NA | 蛋白质组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 1738 | 2025-10-07 |
RAC2 as a Tumor-Suppressive Biomarker Associated with T Cell Infiltration in Breast Cancer
2025-Jan, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2024.0142
PMID:39479793
|
研究论文 | 本研究探讨RAC2在乳腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 首次系统揭示RAC2作为抑癌生物标志物与T细胞浸润的关联,并验证其诊断和预后价值 | 研究主要基于公共数据库分析,需要进一步实验验证 | 探索RAC2在乳腺癌中的作用机制及其临床价值 | 乳腺癌组织和正常组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化分析, 基因集富集分析 | ROC曲线分析 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1739 | 2025-10-07 |
S100A8/A9 high-expression macrophages mediate renal tubular epithelial cell damage in acute kidney injury following acute type A aortic dissection surgery
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1530741
PMID:40270593
|
研究论文 | 本研究探讨S100A8/A9高表达巨噬细胞在A型主动脉夹层术后急性肾损伤中对肾小管上皮细胞的损伤机制 | 首次揭示S100A8/A9通过促进巨噬细胞向M1表型转化并激活TNF信号通路导致急性肾损伤的机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床样本中验证 | 阐明S100A8/A9在A型主动脉夹层术后急性肾损伤中的分子机制 | 肾小管上皮细胞(TCMK-1)、巨噬细胞(RAW264.7)、AKI小鼠模型 | 分子生物学 | 急性肾损伤、心血管疾病 | 转录组测序、单细胞测序、分子生物学实验 | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | 细胞系和小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq、RNA-seq | NA | NA |
| 1740 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: tumor heterogeneity, microenvironment, resistance, and prognostic markers
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1583250
PMID:40270607
|
综述 | 本文总结了单细胞RNA测序在弥漫大B细胞淋巴瘤研究中的关键发现,包括肿瘤异质性、微环境相互作用、耐药机制和预后生物标志物 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学和单细胞多组学技术,为DLBCL的精准治疗策略开发提供新见解 | NA | 总结单细胞RNA测序在弥漫大B细胞淋巴瘤研究中的应用和发现 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |