本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1681 | 2025-10-07 |
Integrating Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data to Explore Sphingolipid Metabolism Molecular Signatures in Ovarian Cancer Prognosis: an Original Study
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.107391
PMID:40225866
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和bulk RNA测序数据,基于鞘脂代谢相关基因开发卵巢癌预后分子分型和预测标志物 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析鞘脂代谢在卵巢癌中的作用,构建了基于三个SRGs的预后模型并实验验证关键基因功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用并构建预测模型 | 卵巢癌患者样本和细胞系(HEYA8和SKOV3) | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,WGCNA,细胞功能实验 | COX回归,LASSO回归,预后风险模型 | RNA测序数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1682 | 2025-10-07 |
Cell-type specific epigenetic and transcriptional mechanisms in substance use disorder
2025, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2025.1552032
PMID:40226298
|
综述 | 本文综述了物质使用障碍中细胞类型特异性的表观遗传和转录调控机制 | 强调细胞类型特异性机制在物质使用障碍中的作用,并展望多组学技术整合用于个性化治疗策略 | NA | 探讨物质使用障碍的分子和细胞机制 | 神经元和非神经元细胞 | 表观遗传学 | 物质使用障碍 | 单细胞转录组学, 表观遗传学 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学技术 | NA | NA |
| 1683 | 2025-10-07 |
Construction and Validation of a T Cell Exhaustion-Related Prognostic Signature in Cholangiocarcinoma
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/8823837
PMID:40226355
|
研究论文 | 本研究构建并验证了基于T细胞耗竭相关基因的胆管癌预后预测模型 | 首次在胆管癌中系统识别T细胞耗竭相关基因模块并建立四基因预后特征 | 研究基于公共数据集,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 开发胆管癌预后预测的生物标志物 | 胆管癌患者样本和细胞 | 生物信息学 | 胆管癌 | WGCNA, LASSO Cox回归, ssGSEA, scRNA-seq, qRT-PCR, western blot | 预后特征模型 | 基因表达数据 | E-MTAB-6389数据集中的胆管癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1684 | 2025-10-07 |
A novel tumor-associated macrophage risk signature predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/SQUF6988
PMID:40226479
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,建立了一个基于肿瘤相关巨噬细胞的10基因风险特征,用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次系统鉴定肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞亚群并构建具有预后预测价值的10基因特征,该特征还能预测免疫检查点抑制剂治疗反应 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床试验进一步验证 | 建立肺腺癌预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, Cox回归分析, LASSO回归 | 风险特征模型, 诺模图 | 基因表达数据, 临床数据 | 多个独立队列验证(包括IMvigor210和GSE78220数据集) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1685 | 2025-10-07 |
Unveiling the power of Treg.Sig: a novel machine-learning derived signature for predicting ICI response in melanoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1508638
PMID:40226609
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的Treg.Sig特征,用于预测黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂治疗的响应 | 首次通过机器学习方法构建了Treg相关特征Treg.Sig,并在黑色素瘤中验证了其预测ICI疗效的能力,优于51个已有特征 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步临床验证 | 开发预测黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂治疗响应的生物标志物 | 黑色素瘤患者和黑色素瘤小鼠模型 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 训练数据集和外部测试数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1686 | 2025-10-07 |
Identification of a novel prognostic marker ADGRG6 in pancreatic adenocarcinoma: multi-omics analysis and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1530789
PMID:40226617
|
研究论文 | 通过多组学分析和实验验证发现ADGRG6是胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点 | 首次发现ADGRG6在胰腺腺癌中的预后价值及其通过突变p53调控肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于公共数据库和实验模型,需要进一步临床验证 | 探索胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点 | 胰腺腺癌患者数据和细胞/动物模型 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 多组学分析,单细胞测序,免疫浸润分析,细胞实验,动物实验 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据 | TCGA和GEO数据库中的多个胰腺腺癌队列 | NA | 单细胞测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1687 | 2025-10-07 |
Cohesin rad21 mutation dysregulates erythropoiesis and granulopoiesis output within the whole kidney marrow of adult zebrafish
2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00657.2024
PMID:39548947
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了cohesin亚基rad21突变对成年斑马鱼肾脏骨髓中红细胞生成和粒细胞生成的调控作用 | 首次在成年斑马鱼模型中系统研究cohesin亚基rad21杂合突变对造血过程的特异性影响 | 未观察到明显的造血细胞形态学异常,突变的具体分子机制仍需进一步研究 | 探究cohesin突变对造血过程的影响机制 | 携带rad21杂合突变的成年斑马鱼 | 单细胞测序分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 斑马鱼疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1688 | 2025-10-07 |
Dynamic regulation of Rgs16 and its correlation with Neuregulin1 expression in acute and chronic nerve injury
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1540453
PMID:40213396
|
研究论文 | 本研究探讨了Rgs16在急性和慢性神经损伤中的动态调控及其与Neuregulin1表达的相关性 | 首次揭示了Rgs16在周围神经系统损伤中的表达模式及其与Neuregulin1的潜在反馈调控机制 | RGS16的具体功能机制仍需进一步研究阐明 | 探究RGS蛋白在周围神经系统损伤中的作用机制 | 小鼠坐骨神经、大鼠正中神经、CMT1A疾病模型大鼠、原代雪旺细胞 | 神经科学 | 周围神经病变 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 细胞培养 | NA | 基因表达数据 | 多个时间点的神经组织样本和原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1689 | 2025-10-07 |
Pan-cancer analysis reveals MTTP as a prognostic and immunotherapeutic biomarker in human tumors
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549965
PMID:40213543
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示MTTP作为人类肿瘤预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 首次对MTTP进行系统性泛癌分析,发现其与肿瘤免疫微环境和铁死亡调控的关联 | 部分分析基于公共数据库,实验验证主要集中于胃癌 | 探索MTTP在多种癌症中的表达特征及其临床意义 | 人类多种肿瘤类型,重点关注胃癌细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞测序, RNA-seq, 基因集富集分析, 体外实验, 体内实验 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞数据 | 基于TCGA等公共数据库的多癌种样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1690 | 2025-10-07 |
An anti-FAP-scFv-functionalized exosome-carrying hydrogel delivers SKI mRNA to fibrotic nucleus pulposus cells to alleviate intervertebral disc degeneration by regulating FOXO3
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.107776
PMID:40213661
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向纤维化髓核细胞的功能化外泌体-水凝胶系统,用于递送SKI mRNA以缓解椎间盘退变 | 构建了抗FAP-scFv功能化的外泌体-水凝胶系统,实现pH响应性靶向递送SKI mRNA至纤维化髓核细胞 | 研究主要在大鼠模型中进行,尚未进行临床验证 | 探索TGF-β信号通路在髓核纤维化中的作用机制,并开发靶向治疗策略 | 纤维化髓核细胞、HEK-293T细胞、大鼠椎间盘退变模型 | 分子生物学与组织工程 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、分子对接、免疫共沉淀、重组质粒转染 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1691 | 2025-10-07 |
Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.109771
PMID:40213670
|
研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞来源的微纤维相关蛋白2通过调控细胞外基质和炎症反应预防肝纤维化的作用机制 | 首次发现MFAP-2在肝纤维化中的保护作用,并阐明其通过调节肝星状细胞与巨噬细胞相互作用影响纤维化进程的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MFAP-2在肝纤维化发生和消退过程中的作用及分子机制 | 人类组织芯片、小鼠肝纤维化模型(CCl4注射和胆管结扎) | 分子病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 组织学分析, 生化分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像 | 人类组织阵列和小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1692 | 2025-10-07 |
A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99526
PMID:40213656
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了足底黑色素瘤中雪旺细胞样分化亚群的演化轨迹及其与免疫抵抗和不良预后的关联 | 首次发现足底黑色素瘤中存在向雪旺细胞样分化的独特演化轨迹,并揭示该过程受特定转录因子调控 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 解析足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群演化及其对免疫环境和预后的影响 | 足底黑色素瘤患者肿瘤组织和正常组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组化,单细胞多组学分析 | NA | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据,染色质可及性数据,临床预后数据 | 20例足底黑色素瘤和6例正常样本的218,021个细胞,以及68例黑色素瘤患者的批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,单细胞多组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1693 | 2025-10-07 |
Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans
2025-Jan-08, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae167
PMID:39693264
|
综述 | 本文概述了线虫基因表达检测方法及其应用 | 系统整合了从原位检测到单细胞测序等多种基因表达技术在线虫研究中的应用 | NA | 为研究基因表达与细胞表型关联提供方法学指导 | 秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans) | NA | NA | 原位转录本检测、蛋白质检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1694 | 2025-10-07 |
Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027
PMID:40206344
|
研究论文 | 通过单细胞测序和临床数据整合探索牙源性角化囊肿恶性转化的分子机制 | 首次在单细胞水平揭示COKC特异性上皮亚群及其干细胞特性和侵袭潜力,发现成纤维细胞和巨噬细胞表型转化在癌变中的作用 | 样本量较小(仅3例COKC样本),恶性转化病例罕见导致研究受限 | 探索牙源性角化囊肿恶性转化的细胞异质性和分子机制 | 牙源性角化囊肿(OKC)和癌变牙源性角化囊肿(COKC)患者组织样本 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例COKC样本+公共OKC数据集,共22,509个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1695 | 2025-10-07 |
Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1565090
PMID:40206583
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了氨基酸及其衍生物代谢在结直肠癌中的关键作用 | 首次整合批量转录组和单细胞转录组数据,结合多种机器学习方法构建MAAD相关预后模型,并实验验证LSM8基因的功能 | 研究样本量有限,需要更大规模的数据验证模型的普适性 | 探索氨基酸及其衍生物代谢在结直肠癌进展中的作用,识别潜在治疗靶点 | 结直肠癌患者数据和结直肠癌细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | 转录组测序,单细胞转录组测序,基因敲低实验 | 机器学习预后模型 | 转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1696 | 2025-10-07 |
Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S505752
PMID:40206734
|
研究论文 | 本研究通过深度学习技术识别出FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌的新型生物标志物 | 首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选NASH相关HCC的特征基因,并发现FDFT1和PGRMC1在胆固醇代谢通路中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,尚未进行大规模临床样本验证 | 探索NASH相关肝细胞癌的新型生物标志物 | 非酒精性脂肪性肝病小鼠模型和NASH相关肝细胞癌的基因表达数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 深度学习,实时定量PCR,单细胞测序分析,WGCNA,蛋白质相互作用网络分析 | 神经网络 | 基因组数据,基因表达数据 | NAFLD小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1697 | 2025-10-07 |
Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503144
PMID:40206809
|
研究论文 | 通过分析类风湿关节炎患者滑膜组织中的中性粒细胞分布,探讨其与疾病活动度和炎症状态的关系 | 首次结合组织病理学和单细胞RNA测序技术,系统揭示滑膜中性粒细胞在特定RA亚型中的临床意义 | 回顾性研究设计,样本量有限(55例患者),缺乏外部验证队列 | 研究中性粒细胞在类风湿关节炎滑膜组织中的分布特征及其临床意义 | 55例类风湿关节炎患者的滑膜组织和临床数据 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | H&E染色, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 55例RA患者滑膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1698 | 2025-10-07 |
Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976
PMID:40207217
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于二硫化物死亡相关基因的胰腺癌预后特征,并评估其在免疫治疗预测中的潜力 | 首次在胰腺导管腺癌中系统研究二硫化物死亡的作用,构建了8基因预后特征,并揭示了其与肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证;样本量相对有限 | 阐明二硫化物死亡在胰腺导管腺癌中的临床意义和免疫治疗预测价值 | 胰腺导管腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组,微阵列分析 | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 20对PDAC样本和癌旁正常组织,多个外部PDAC队列 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1699 | 2025-10-07 |
CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231
PMID:40207219
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了川崎病血管炎早期免疫细胞通讯的动态变化,发现CD14+单核细胞在细胞间通讯中发挥核心作用 | 首次利用单细胞测序技术系统揭示川崎病病程中免疫细胞通讯网络,识别出CD14+单核细胞作为通讯枢纽的关键作用及SELPLG、ITK等重要信号基因 | 样本量较小(仅7例患儿),需要在更大队列中验证发现 | 研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并识别潜在生物标志物 | 川崎病患儿外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例川崎病患儿 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1700 | 2025-10-07 |
Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544
PMID:40207230
|
研究论文 | 本研究整合机器学习与多组学分析,揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢免疫基因及其功能验证 | 首次系统整合机器学习算法(LASSO回归、SVM-RFE、随机森林)与多组学数据(单细胞RNA测序、分子对接)来识别核苷酸代谢相关的免疫基因,并通过体内实验进行功能验证 | 研究依赖于公共数据库的基因表达数据,样本来源和数量可能存在限制;体内实验验证的规模有限 | 识别与缺血性卒中相关的核苷酸代谢基因,探索其在疾病机制中的作用,为诊断和治疗提供新策略 | 缺血性卒中患者基因表达数据和小鼠模型 | 机器学习 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序,分子对接,差异表达分析,加权基因共表达网络分析 | LASSO回归,SVM-RFE,随机森林 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的缺血性卒中基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |