单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2176 篇文献，本页显示第 1661 - 1680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1661 | 2025-10-07 |
Identification and Experimental Validation of PANoptosis-Related Genes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis by Bioinformatics Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505229
PMID:40291456
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别并实验验证特发性肺纤维化中与PANoptosis相关的基因 | 首次在IPF中建立包含IGF1、GPX3、GADD45β、SMAD7和TIMP3的五基因PANoptosis相关特征 | 需要进一步研究阐明这些基因在IPF发病机制中的生物学功能和机制 | 识别特发性肺纤维化中与PANoptosis相关的差异表达基因并解释其免疫景观和细胞分布特征 | 特发性肺纤维化患者和博来霉素诱导的肺纤维化模型 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 生物信息学分析，机器学习算法，单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集和博来霉素诱导的肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1662 | 2025-10-07 |
Dynamic changes in lactate-related genes in microglia and their role in immune cell interactions after ischemic stroke
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1178
PMID:40292254
|
研究论文 | 本研究揭示了缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的相互作用 | 首次系统识别了缺血性卒中后小胶质细胞中关键的乳酸相关基因，并阐明了它们在疾病不同阶段的动态调控作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 阐明缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的关联 | 小鼠缺血性卒中模型中的小胶质细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, t-SNE, CIBERSORT | NA | 基因表达数据 | 三个公共数据集(GSE30655, GSE35338, GSE174574, GSE225948) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1663 | 2025-10-07 |
Mechanistic study of the regulation of mitochondrial function by the GPNMB/Nrf2/NF-κB signaling pathway mediated by Quzhi Tang to alleviate chondrocyte senescence
2025-Jan-31, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2024.119165
PMID:39617085
|
研究论文 | 本研究探讨祛痹汤通过调控GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路修复线粒体损伤并缓解软骨细胞衰老的机制 | 首次结合单细胞转录组分析识别衰老关键靶点GPNMB，并阐明祛痹汤通过该靶点调控线粒体功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床样本中验证 | 探究祛痹汤治疗膝骨关节炎的药理机制 | 小鼠软骨细胞及软骨组织 | 分子生物学 | 骨关节炎 | 单细胞转录组分析，siRNA干扰，慢病毒转染，分子生物学方法 | NA | 转录组数据，组织病理学数据 | 小鼠软骨组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1664 | 2025-10-07 |
mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective
2025-Jan-28, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00431-24
PMID:39660837
|
评论 | 本文讨论了细菌单细胞RNA测序技术如何帮助理解单个细胞对微生物生态系统过程的贡献 | 重点介绍了两种新兴的细菌单细胞RNA测序方法及其在微生物生态学研究中的应用价值 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何促进对微生物生态系统中单个细胞作用的理解 | 人类微生物组中的细菌单细胞 | 微生物生态学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 组合索引法和分池条形码法两种细菌单细胞RNA测序技术 |
| 1665 | 2025-10-07 |
The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers
2025-Jan-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835
PMID:39700955
|
研究论文 | 本研究探讨CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次系统分析CD101-Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+Tim3+ CD8+ T细胞的差异表达基因，并构建基于14个预后基因的风险评分模型 | 未明确说明样本来源和样本量，缺乏外部验证队列 | 阐明胃癌的分子机制，发现新的生物标志物和治疗策略 | 胃癌患者及其免疫微环境中的CD8+ T细胞亚群 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 细胞通讯分析, 富集分析, 药物敏感性分析 | 风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1666 | 2025-10-07 |
SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes
2025-Jan-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1203
PMID:39673807
|
研究论文 | 本研究通过开发代谢RNA标记方法，揭示了RNA加工和稳定性对非洲锥虫基因表达的独立贡献 | 开发了高效的代谢RNA标记方法，结合超短代谢标记和TT-seq技术，首次在非洲锥虫中全局量化RNA加工速率和半衰期 | 研究聚焦于单一寄生虫物种，结果在其他生物中的普适性需要进一步验证 | 探究RNA加工和降解等转录后过程对基因表达的调控作用 | 布氏锥虫（Trypanosoma brucei）——一种被认为缺乏转录调控的单细胞寄生虫 | 分子生物学 | 寄生虫感染 | SLAM-seq, TT-seq, 单细胞RNA测序, 代谢RNA标记 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢测序 | NA | NA |
| 1667 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis of cerebrospinal fluid reveals common features of neuroinflammation
2025-Jan-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101733
PMID:39708811
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脑脊液免疫细胞，揭示不同神经系统疾病中神经炎症的共同特征 | 首次系统比较不同神经疾病中脑脊液免疫细胞的转录组特征，发现跨疾病的共同神经炎症特征 | 样本来源和数量可能限制结论的普适性，需要更大规模验证 | 探索脑脊液免疫细胞在不同神经系统疾病中的功能特征和转录组变化 | 患有炎症性、感染性和非炎症性神经系统疾病患者的脑脊液样本 | 单细胞 genomics | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种神经系统疾病患者的脑脊液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1668 | 2025-10-07 |
Evaluation of T Cell Receptor Construction Methods from scRNA-Seq Data
2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae086
PMID:39666949
|
研究论文 | 评估从单细胞RNA测序数据构建T细胞受体的不同方法性能 | 开发了新型模拟器YASIM-scTCR，并首次对多种TCR构建方法进行了系统性基准测试 | 研究主要基于模拟和实验数据集，未涉及所有可能的真实临床场景 | 评估不同TCR构建方法的性能并指导方法选择 | T细胞受体构建方法和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1669 | 2025-10-07 |
Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution
2025-01-14, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c11505
PMID:39704725
|
综述 | 探讨纳米技术在空间组学中的应用及其对生物结构和功能纳米级分辨率研究的推动作用 | 系统阐述纳米技术如何突破传统空间组学的分辨率限制，实现纳米级精度的生物分子空间分布分析 | 作为综述文章，未涉及具体实验数据验证，主要基于现有文献总结 | 综述纳米技术在空间组学各领域的应用进展与发展前景 | 空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学和多组学方法 | 空间组学 | NA | 超分辨率显微镜、质谱成像、DNA纳米结构、微流控芯片、DNA条形码 | NA | 空间分子分布数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 空间表观基因组学, 空间多组学 | NA | NA |
| 1670 | 2025-10-07 |
Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409990
PMID:39605181
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的基因调控网络推断框架GRNPT，整合大型语言模型和时序卷积网络自编码器 | 首次将大型语言模型嵌入与scRNA-seq轨迹数据结合，能够预测未见细胞类型和调控因子的调控关系 | NA | 开发更准确和通用的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 大型语言模型, 时序卷积网络自编码器 | 基因表达数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1671 | 2025-10-07 |
Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410081
PMID:39605202
|
研究论文 | 开发了一种名为stDCL的双图对比学习方法，用于空间转录组数据的空间域识别和基因调控解释 | 提出双图对比学习框架，同时捕捉空间结构和基因调控信息，实现高精度的空间异质性解析 | NA | 准确解析空间转录组数据的空间异质性并解释基因调控机制 | 空间转录组数据，包括复杂皮层数据集和阿尔茨海默病相关星形胶质细胞亚型 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 图对比学习，图嵌入自编码器 | 双图对比学习，图嵌入自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1672 | 2025-10-07 |
Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis
2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280
PMID:39637472
|
研究论文 | 本研究探讨清肺饮通过促进完全自噬抑制坏死性凋亡缓解肺炎链球菌肺炎的作用机制 | 首次结合单细胞转录组学揭示清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬进而抑制坏死性凋亡的新机制 | 研究主要聚焦肺上皮细胞，其他细胞类型的作用尚未深入探讨 | 探究清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的分子机制 | 肺炎链球菌感染的小鼠模型和TC-1小鼠肺上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 吖啶橙染色, 碘化丙啶染色 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 113,353个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1673 | 2025-10-07 |
Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402
PMID:39643184
|
研究论文 | 本研究结合机器学习和多组学技术探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1基因的作用 | 开发了肿瘤进化特征预测指标TECPI，在预后预测和疗效指导方面优于传统临床预测因子和81个已发表模型 | NA | 探索前列腺癌肿瘤进化特征及其在精准医疗中的应用 | 前列腺癌肿瘤细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 多组学整合分析 | 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1674 | 2025-10-07 |
PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510
PMID:39647740
|
研究论文 | 本研究探讨PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 首次结合CyTOF和单细胞RNA测序技术揭示PPARα激动剂通过调节巨噬细胞发育轨迹和极化状态改善胆汁淤积性肝损伤 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明PPARα激动剂改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 胆汁淤积小鼠模型中的肝脏巨噬细胞和免疫细胞 | 免疫学 | 胆汁淤积性肝病 | CyTOF, scRNA-seq | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 胆汁淤积小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 1675 | 2025-10-07 |
Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645
PMID:39667460
|
研究论文 | 通过转录组分析鉴定与幽门螺杆菌感染相关胃癌诊断的核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1 | 首次整合差异表达基因分析、WGCNA和随机森林模型识别出CTSK、C3和IFITM1作为幽门螺杆菌相关胃癌的关键诊断标志物 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 识别幽门螺杆菌感染导致胃癌的诊断基因和相关机制 | 幽门螺杆菌感染相关胃癌患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 随机森林模型 | 随机森林 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1676 | 2025-10-07 |
Cholesterol restriction primes antiviral innate immunity via SREBP1-driven noncanonical type I IFNs
2025-Jan, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00346-9
PMID:39668245
|
研究论文 | 本研究揭示了胆固醇限制通过SREBP1驱动的非经典I型干扰素增强抗病毒天然免疫的机制 | 首次发现胆固醇合成限制通过SREBP1转录因子诱导非经典I型干扰素（如IFN-ω）表达，从而增强RIG-I介导的抗病毒信号通路 | 研究主要关注特定细胞类型，在人类临床应用的转化价值需要进一步验证 | 探究胆固醇代谢与天然免疫应答之间的分子机制联系 | 细胞系、小鼠模型、肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 化学筛选、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和特定细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1677 | 2025-10-07 |
Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer
2025-Jan-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042
PMID:39566495
|
研究论文 | 本研究揭示了肺腺癌中表达CCL19的成纤维网状细胞通过形成相互连接的T细胞环境调控抗肿瘤免疫应答的机制 | 首次发现成纤维网状细胞在肿瘤微环境中形成专门的T细胞生态位，并阐明其起源于壁层和外膜祖细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究肿瘤微环境中成纤维网状细胞对T细胞免疫应答的调控机制 | 非小细胞肺癌患者样本和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序，细胞命运图谱分析 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 人类非小细胞肺癌样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1678 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity
2025-Jan-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1509
PMID:39514370
|
研究论文 | 本研究通过空间和单细胞分析揭示DNAM-1受体-配体相互作用的异质性如何指导肿瘤内γδT细胞活性 | 首次系统揭示CD112/CD155表达比例通过调控DNAM-1受体表达影响γδT细胞功能分化的机制 | 研究主要聚焦神经母细胞瘤，在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证 | 探究肿瘤细胞配体CD112和CD155如何通过DNAM-1受体调控γδT细胞活化 | 神经母细胞瘤肿瘤微环境中的γδT细胞和肿瘤细胞 | 单细胞生物学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组测序, 单细胞RNA测序, 空间代谢组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 代谢组数据 | 神经母细胞瘤患者样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1679 | 2025-10-07 |
MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets
2025-Jan-13, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d4mo00111g
PMID:39513632
|
研究论文 | 开发了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP | 开发了兼容现有测序平台的单细胞ChIP-seq文库构建方法，无需定制引物即可实现稳健的核小体扩增和灵活测序 | NA | 开发单细胞表观遗传分析工具以阐明表观遗传异质性 | 外周血单个核细胞(PBMCs)和不同组织或物种的样本 | 表观遗传学 | NA | 单细胞ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | 基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法 |
| 1680 | 2025-10-07 |
Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function
2025-Jan, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400470
PMID:39499224
|
研究论文 | 本研究探讨增强的BMP信号通路在炎症诱导的人类β细胞功能衰竭和身份丧失中的作用 | 首次发现炎症因子通过激活BMP信号通路损害β细胞功能，并提出BMP信号可作为糖尿病治疗新靶点 | 研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证 | 探索炎症环境下β细胞功能衰竭的分子机制 | 人类胰岛β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | 原代人类胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |