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当前共找到 2148 篇文献，本页显示第 1581 - 1600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2025-10-07 |
Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409990
PMID:39605181
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的基因调控网络推断框架GRNPT，整合大型语言模型和时序卷积网络自编码器 | 首次将大型语言模型嵌入与scRNA-seq轨迹数据结合，能够预测未见细胞类型和调控因子的调控关系 | NA | 开发更准确和通用的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 大型语言模型, 时序卷积网络自编码器 | 基因表达数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1582 | 2025-10-07 |
Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410081
PMID:39605202
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研究论文 | 开发了一种名为stDCL的双图对比学习方法，用于空间转录组数据的空间域识别和基因调控解释 | 提出双图对比学习框架，同时捕捉空间结构和基因调控信息，实现高精度的空间异质性解析 | NA | 准确解析空间转录组数据的空间异质性并解释基因调控机制 | 空间转录组数据，包括复杂皮层数据集和阿尔茨海默病相关星形胶质细胞亚型 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 图对比学习，图嵌入自编码器 | 双图对比学习，图嵌入自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1583 | 2025-10-07 |
Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis
2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280
PMID:39637472
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研究论文 | 本研究探讨清肺饮通过促进完全自噬抑制坏死性凋亡缓解肺炎链球菌肺炎的作用机制 | 首次结合单细胞转录组学揭示清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬进而抑制坏死性凋亡的新机制 | 研究主要聚焦肺上皮细胞，其他细胞类型的作用尚未深入探讨 | 探究清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的分子机制 | 肺炎链球菌感染的小鼠模型和TC-1小鼠肺上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 吖啶橙染色, 碘化丙啶染色 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 113,353个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1584 | 2025-10-07 |
Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402
PMID:39643184
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研究论文 | 本研究结合机器学习和多组学技术探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1基因的作用 | 开发了肿瘤进化特征预测指标TECPI，在预后预测和疗效指导方面优于传统临床预测因子和81个已发表模型 | NA | 探索前列腺癌肿瘤进化特征及其在精准医疗中的应用 | 前列腺癌肿瘤细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 多组学整合分析 | 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1585 | 2025-10-07 |
PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510
PMID:39647740
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研究论文 | 本研究探讨PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 首次结合CyTOF和单细胞RNA测序技术揭示PPARα激动剂通过调节巨噬细胞发育轨迹和极化状态改善胆汁淤积性肝损伤 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明PPARα激动剂改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 胆汁淤积小鼠模型中的肝脏巨噬细胞和免疫细胞 | 免疫学 | 胆汁淤积性肝病 | CyTOF, scRNA-seq | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 胆汁淤积小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 1586 | 2025-10-07 |
Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976
PMID:39657893
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研究论文 | 通过多组学证据揭示阿尔茨海默病患者外周血中细胞毒性CD4+T细胞的扩增现象及其机制 | 首次在阿尔茨海默病患者外周血中发现CD4细胞毒性T细胞的显著扩增，并鉴定出关键转录因子TBX21和MYBL1以及风险基因SRGN和ITGB1 | 研究主要聚焦于外周血单核细胞，未深入探讨中枢神经系统的免疫反应 | 探究阿尔茨海默病中适应性免疫反应的作用机制 | 阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 阿尔茨海默病患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1587 | 2025-10-07 |
Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402132
PMID:39661721
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研究论文 | 提出单细胞布尔网络推断与控制计算框架，识别分化轨迹主调控因子并实现结直肠癌细胞向正常肠上皮细胞逆转 | 开发BENEIN计算框架首次系统识别分化轨迹主调控因子，并通过联合抑制实现癌细胞表型逆转 | 仅针对人类大肠单细胞转录组数据验证，未涉及其他癌症类型或组织 | 识别细胞分化轨迹关键调控因子并探索癌细胞表型逆转策略 | 人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | 布尔网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1588 | 2025-10-07 |
Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645
PMID:39667460
|
研究论文 | 通过转录组分析鉴定与幽门螺杆菌感染相关胃癌诊断的核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1 | 首次整合差异表达基因分析、WGCNA和随机森林模型识别出CTSK、C3和IFITM1作为幽门螺杆菌相关胃癌的关键诊断标志物 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 识别幽门螺杆菌感染导致胃癌的诊断基因和相关机制 | 幽门螺杆菌感染相关胃癌患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 随机森林模型 | 随机森林 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1589 | 2025-10-07 |
Cholesterol restriction primes antiviral innate immunity via SREBP1-driven noncanonical type I IFNs
2025-Jan, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00346-9
PMID:39668245
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研究论文 | 本研究揭示了胆固醇限制通过SREBP1驱动的非经典I型干扰素增强抗病毒天然免疫的机制 | 首次发现胆固醇合成限制通过SREBP1转录因子诱导非经典I型干扰素（如IFN-ω）表达，从而增强RIG-I介导的抗病毒信号通路 | 研究主要关注特定细胞类型，在人类临床应用的转化价值需要进一步验证 | 探究胆固醇代谢与天然免疫应答之间的分子机制联系 | 细胞系、小鼠模型、肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 化学筛选、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和特定细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1590 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974
PMID:39694081
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱 | 首次在驴中构建了精子发生和成熟过程的单细胞转录图谱，鉴定了特定生殖细胞和附睾主细胞的标志基因 | 未在摘要中明确提及研究局限性 | 提供驴精子发生和成熟的全面单细胞景观分析 | 驴睾丸和附睾组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1591 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982
PMID:39706310
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示伤口修复中肌成纤维细胞的异质性 | 首次在皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常疤痕中系统鉴定出13个细胞簇和11个肌成纤维细胞亚群，发现溃疡中特异性富集的亚群1具有独特的分子特征 | 样本来源仅限于皮肤伤口，未涉及其他组织类型的伤口修复研究 | 探究不同伤口愈合场景下肌成纤维细胞的多样性特征 | 皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常疤痕组织 | 单细胞组学 | 皮肤伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 89,148个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1592 | 2025-10-07 |
Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer
2025-Jan-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042
PMID:39566495
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研究论文 | 本研究揭示了肺腺癌中表达CCL19的成纤维网状细胞通过形成相互连接的T细胞环境调控抗肿瘤免疫应答的机制 | 首次发现成纤维网状细胞在肿瘤微环境中形成专门的T细胞生态位，并阐明其起源于壁层和外膜祖细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究肿瘤微环境中成纤维网状细胞对T细胞免疫应答的调控机制 | 非小细胞肺癌患者样本和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序，细胞命运图谱分析 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 人类非小细胞肺癌样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1593 | 2025-10-07 |
A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark data set for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples
2025-Jan-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278822.123
PMID:39586714
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研究论文 | 开发了一种使用单细胞测序和小型基准数据集的解卷积框架DeMixSC，用于准确分析复杂组织样本中的细胞类型比例 | 提出基于加权非负最小二乘的新型解卷积框架，能够识别和调整高技术差异基因，并将基准数据与大型患者队列对齐 | 需要依赖良好匹配的基准数据集才能实现准确解卷积 | 解决跨测序平台技术差异对细胞类型比例分析准确性的限制 | 健康视网膜组织、卵巢癌组织、年龄相关性黄斑变性患者队列、卵巢癌患者队列 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性,卵巢癌 | 单细胞RNA测序,单细胞核RNA测序 | 加权非负最小二乘框架 | 单细胞测序数据,批量测序数据 | 两个基准数据集+453名年龄相关性黄斑变性患者+30名卵巢癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞核RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1594 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity
2025-Jan-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1509
PMID:39514370
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞分析揭示DNAM-1受体-配体相互作用的异质性如何指导肿瘤内γδT细胞活性 | 首次系统揭示CD112/CD155表达比例通过调控DNAM-1受体表达影响γδT细胞功能分化的机制 | 研究主要聚焦神经母细胞瘤，在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证 | 探究肿瘤细胞配体CD112和CD155如何通过DNAM-1受体调控γδT细胞活化 | 神经母细胞瘤肿瘤微环境中的γδT细胞和肿瘤细胞 | 单细胞生物学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组测序, 单细胞RNA测序, 空间代谢组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 代谢组数据 | 神经母细胞瘤患者样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1595 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals common interactions between follicle immune cells and granulosa cells in premature ovarian insufficiency patients†
2025-Jan-14, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae157
PMID:39513542
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示早发性卵巢功能不全患者卵泡免疫细胞与颗粒细胞之间的相互作用 | 首次在POI患者中揭示单核细胞与颗粒细胞间VEGFA-FLT1相互作用的缺失及其与内质网和核糖体通路富集的关联 | 样本量较小（仅9名参与者），且仅分析不含卵丘细胞的首次穿刺卵泡 | 研究POI、正常卵巢储备和高龄产妇卵泡微环境特征，寻找潜在治疗靶点 | 接受体外受精或卵胞浆内单精子注射的POI、正常卵巢储备和高龄产妇患者的卵泡细胞 | 单细胞测序分析 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9名女性（3名POI、3名正常、3名AMA），共87,323个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1596 | 2025-10-07 |
MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets
2025-Jan-13, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d4mo00111g
PMID:39513632
|
研究论文 | 开发了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP | 开发了兼容现有测序平台的单细胞ChIP-seq文库构建方法，无需定制引物即可实现稳健的核小体扩增和灵活测序 | NA | 开发单细胞表观遗传分析工具以阐明表观遗传异质性 | 外周血单个核细胞(PBMCs)和不同组织或物种的样本 | 表观遗传学 | NA | 单细胞ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | 基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法 |
| 1597 | 2025-10-07 |
Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409913
PMID:39498880
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研究论文 | 开发了一种通过纳米颗粒负载全肿瘤抗原检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞的方法，用于预测免疫治疗效果 | 首次使用纳米颗粒负载全细胞肿瘤抗原来激活和检测血液中的泛克隆ETASTs，将ETASTs与其他T细胞的差异转化为激活状态差异 | NA | 开发预测免疫治疗疗效的高精度生物标志物 | 肺癌患者、健康个体和良性肺结节患者的血液样本 | 生物医学工程 | 肺癌 | 纳米颗粒技术、单细胞测序 | NA | 血液样本、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1598 | 2025-10-07 |
Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function
2025-Jan, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400470
PMID:39499224
|
研究论文 | 本研究探讨增强的BMP信号通路在炎症诱导的人类β细胞功能衰竭和身份丧失中的作用 | 首次发现炎症因子通过激活BMP信号通路损害β细胞功能，并提出BMP信号可作为糖尿病治疗新靶点 | 研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证 | 探索炎症环境下β细胞功能衰竭的分子机制 | 人类胰岛β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | 原代人类胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1599 | 2025-10-07 |
Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02511-3
PMID:39543284
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研究论文 | 开发基于单细胞RNA测序的深度学习模型，用于识别小鼠和人类胚胎发育过程中的细胞类型、谱系和状态 | 利用深度学习工具整合和分类多个单细胞转录组数据集，建立能够无偏倚识别细胞类型并同时确定模型所用基因集的分类模型 | 研究材料难以获取和处理，主要依赖公开可用数据 | 定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态，为早期胚胎发生提供动态参考 | 小鼠和人类早期胚胎发育及多能干细胞模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | 公开可用的小鼠和人类胚胎发育阶段数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1600 | 2025-10-07 |
Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets
2025-Jan, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02894-2
PMID:39548315
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研究论文 | 通过整合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，揭示了卵巢癌分子亚型相关的细胞景观和免疫治疗靶点 | 首次结合蛋白质组学和单细胞RNA测序对卵巢癌进行综合分析，识别了四种具有临床意义的蛋白质组亚型，并发现CD40作为C2亚型的特异性预后因子 | 样本量相对有限，特别是单细胞RNA测序仅包含8个肿瘤样本 | 探索卵巢癌分子亚型与治疗意义之间的联系 | 154例上皮性卵巢癌肿瘤样本、29例正常输卵管样本和8例额外卵巢癌肿瘤 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 154个肿瘤样本 + 29个正常样本 + 8个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |