单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1329 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-06-21 |
Identifying a prognostic signature for clear cell renal cell carcinoma: the convergence of single-cell and bulk sequencing with machine learning
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1560095
PMID:40535574
|
研究论文 | 通过单细胞和批量测序与机器学习的结合，构建了一个预测透明细胞肾细胞癌预后的机器学习相关特征（MLRS） | 使用了一个新颖的计算框架构建MLRS，整合了10种机器学习方法，并在多个独立数据集中验证了其预测预后的能力 | 未提及具体的研究样本量限制或数据来源的局限性 | 预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后并筛选可能受益于免疫治疗的患者 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8检测 | 机器学习（整合10种方法） | 基因表达数据 | NA |
| 142 | 2025-06-21 |
Revealing Potential Therapeutic Targets in Gastric Cancer through Inflammation and Protein-Protein Interaction Hub Networks
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.112218
PMID:40535808
|
研究论文 | 通过炎症和蛋白质-蛋白质相互作用中心网络揭示胃癌的潜在治疗靶点 | 发现了18个可作为胃癌靶向治疗的生物标志物，特别是SPP1-CD44配体-受体轴的新炎症信号通路 | 研究基于公共数据库的数据，未进行实验验证 | 探索胃癌的潜在治疗靶点和生物标志物 | 胃癌相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集 |
| 143 | 2025-06-21 |
A Comprehensive Analysis of the Role of DSN1 in Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.111585
PMID:40535813
|
研究论文 | 本文通过公共数据库分析了DSN1在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 首次全面分析了DSN1在泛癌中的表达模式、预后价值及其与免疫治疗反应的相关性 | 研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证 | 探索DSN1在癌症发生、发展和免疫治疗中的作用 | 多种癌症类型（如COAD、LUAD、UCEC等） | 癌症基因组学 | 泛癌 | mRNA测序、蛋白质组学、单细胞测序、基因集富集分析 | 生存分析模型 | mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据 | 多种癌症类型的公共数据库样本 |
| 144 | 2025-06-20 |
Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation
2025-Jan-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf031
PMID:39878215
|
研究论文 | 该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态 | 揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段 | 未明确提及具体局限性 | 开发新工具以增强单细胞数据分析能力 | 单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | 基因组数据 | 多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱 |
| 145 | 2025-06-19 |
A Potential Contribution of S100A11 to Skin Fibrosis and Pulmonary Involvement in Systemic Sclerosis
2025-Jan, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70026
PMID:40525602
|
research paper | 本研究探讨了S100A11在系统性硬化症（SSc）皮肤纤维化和肺部受累中的潜在作用 | 首次发现S100A11在SSc皮肤成纤维细胞中高表达，并与细胞衰老相关基因共表达，同时发现血清S100A11水平与SSc皮肤厚度评分和间质性肺病参数显著相关 | 研究样本量未明确说明，功能机制尚未完全阐明 | 探究S100A11在系统性硬化症纤维化过程中的病理生理作用 | 系统性硬化症患者皮肤样本和血清 | 医学研究 | 系统性硬化症 | 免疫组织化学染色（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA） | NA | 组织样本、血清样本、基因表达数据 | 未明确说明患者和对照组的具体样本量 |
| 146 | 2025-06-18 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异（SNVs） | SpatialSNV方法首次利用空间转录组学平台在肿瘤切片中识别有效的SNVs，揭示了SNVs与肿瘤微环境动态的关系 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 探索SNVs在肿瘤微环境中的作用，并识别潜在的 therapeutic targets | 肿瘤微环境中的单核苷酸变异（SNVs） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 147 | 2025-06-18 |
Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004
PMID:40502298
|
研究论文 | 本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中 | 开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真度的空间转录组学数据 | 仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因 | 研究肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化 | 小鼠肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 148 | 2025-06-18 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl...
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
|
research paper | 提出了一种基于网络分析的空间转录组数据细胞间通讯方法 | 构建了一个全连接、有向且加权的网络模型来量化配体-受体相互作用的信号活性，并强调了使用低维基因数据嵌入构建网络模型的重要性 | 仅在三种相互作用上进行了验证，样本量有限 | 开发一种新的方法来表征空间转录组数据中的细胞信号传导 | 空间转录组数据中的配体-受体相互作用 | digital pathology | NA | Spatial Transcriptomics (ST) | network model | gene expression data | 一个真实ST数据集上的三种相互作用 |
| 149 | 2025-06-18 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
|
综述 | 本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究 | 通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体 | 关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题 | 探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用 | 成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 150 | 2025-06-18 |
Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1610694
PMID:40519262
|
研究论文 | 研究成年发病甲状腺功能减退对大鼠卵巢发育和基因表达的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究甲状腺功能减退对卵巢颗粒细胞和卵母细胞基因表达的影响，并发现甲状腺功能减退促进氧化应激 | 研究仅基于大鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和生育能力的影响 | 成年雌性大鼠 | 生殖医学 | 甲状腺功能减退 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量的大鼠模型 |
| 151 | 2025-06-18 |
Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627
PMID:40519935
|
research paper | 该研究通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达、预后价值及其与免疫特征的关系 | 首次全面探索TMED2在泛癌中的调控作用及其与免疫特征和信号通路的关联 | 研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证TMED2的具体作用机制 | 探究TMED2在癌症治疗中的潜在免疫特性和预后价值 | 多种癌症类型（包括CESC、MESO、LGG和UVM）及其相关细胞 | digital pathology | pan-cancer | 单细胞测序、通路富集分析、PPI网络分析 | NA | 基因表达数据、临床病理数据 | 多个公共数据库中的癌症和正常组织样本 |
| 152 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343
PMID:40519934
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了脑海绵状血管畸形（CCM）病变组织中的细胞亚群和免疫浸润动态 | 首次在CCM病变组织中进行了单细胞RNA测序，揭示了单核细胞、中性粒细胞和NK细胞的增加以及基因表达和信号通路的失调 | 样本来源仅限于散发性CCM患者，未涵盖家族性CCM病例 | 全面绘制散发性CCM患者病理组织中的细胞亚群和信号通路变化 | CCM患者的病变脑血管组织和对照组的正常脑血管组织 | digital pathology | cerebral cavernous malformation | 单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化 | NA | RNA-seq数据 | CCM患者的病变组织和对照组的正常组织（具体样本数量未明确说明） |
| 153 | 2025-06-18 |
Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558
PMID:40519938
|
研究论文 | 本研究通过转录组生物信息学分析，揭示了幽门螺杆菌(H. pylori)感染在胃癌(GC)中通过ACSM5和HSPB2基因表达影响肿瘤微环境(TME)和化疗耐药的机制 | 建立了幽门螺杆菌相关预后指数(HPI)，发现高HPI与不良预后相关，并揭示了HPI与肿瘤微环境细胞浸润增强和抗肿瘤药物耐药性的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了部分实验验证，但仍需更多体内外实验进一步证实 | 探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药的影响机制 | 胃癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组生物信息学分析、scRNA-seq、药物敏感性检测 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | TCGA和GSE62254数据集中的胃癌样本 |
| 154 | 2025-06-18 |
Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.112061
PMID:40520014
|
综述 | 本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控中的多样表型和功能可塑性，特别强调了多组学技术提供的新见解 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学等多组学技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用、功能机制和空间组织 | NA | 研究巨噬细胞在心血管疾病中的多样性和功能，为临床巨噬细胞靶向策略提供参考 | 巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA |
| 155 | 2025-06-18 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.108618
PMID:40520021
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用 | 首次整合大规模单细胞转录组学和空间转录组学数据，鉴定了8种不同的成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤进展 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且药物抑制实验仅部分逆转了恶性表型 | 解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 156 | 2025-06-18 |
ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.105550
PMID:40520022
|
research paper | 本研究探讨了肠道上皮细胞（IECs）的PANoptosis如何促进克罗恩病（CD）进展的机制 | 发现了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在驱动IEC PANoptosis中的作用，并提出了ITLN1靶向治疗作为CD治疗的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限 | 探究克罗恩病（CD）进展中肠道上皮细胞PANoptosis的机制 | 克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠模型 | 生物医学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫共沉淀（Co-IP）、质谱分析（MS）、RNA-seq | IL-10 KO小鼠模型 | RNA测序数据、蛋白质相互作用数据 | 克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠 |
| 157 | 2025-06-18 |
Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1588987
PMID:40520167
|
研究论文 | 本研究探讨了败血症存活小鼠对李斯特菌感染的增强抵抗力，揭示了脂质代谢和髓系细胞重编程的作用 | 发现败血症存活诱导的髓系细胞脂质代谢重编程增强了对细胞内病原体的免疫力 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 研究败血症存活后免疫系统如何增强对二次感染的抵抗力 | 败血症存活小鼠及其对李斯特菌感染的免疫反应 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组织化学、血清细胞因子检测、血浆脂质组学 | 小鼠盲肠结扎穿刺(CLP)模型 | 基因表达数据、脂质代谢数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体数量的小鼠样本 |
| 158 | 2025-06-18 |
Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1533817
PMID:40520235
|
综述 | 本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层次的研究进展 | 从单基因、批量测序到单细胞测序三个阶段探讨结直肠癌的发生发展机制，强调了肿瘤内细胞间异质性和肿瘤微环境相互作用的重要性 | 未提及具体临床应用案例或治疗效果数据 | 探讨结直肠癌的发生、发展和转移机制 | 结直肠癌 | 基因组学与转录组学 | 结直肠癌 | 批量测序技术、单细胞测序技术 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 159 | 2025-06-18 |
Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with dilated cardiomyopathy (DCM) by bioinformatics analysis and machine learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1562891
PMID:40520229
|
research paper | 通过生物信息学分析和机器学习识别慢性肾病（CKD）伴扩张型心肌病（DCM）的诊断生物标志物 | 鉴定了MNS1和HERC6作为生物标志物，并开发了新的诊断列线图，为CKD伴DCM的早期诊断提供了新方法 | 研究依赖于公开数据集，未进行独立实验验证 | 开发CKD伴DCM的早期诊断方法和潜在治疗策略 | 慢性肾病（CKD）和扩张型心肌病（DCM）患者 | 生物信息学 | 慢性肾病和心血管疾病 | 生物信息学分析、机器学习（LASSO、SVM-RFE、RF）、单细胞RNA测序 | LASSO、SVM-RFE、RF | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE57338、GSE29819、GSE104954、GSE145154） |
| 160 | 2025-06-18 |
Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1536198
PMID:40520228
|
研究论文 | 通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制 | 结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组水平生物标志物，并揭示了组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC中的关键作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证 | 鉴定PTC的可靠诊断生物标志物并阐明其发病机制 | 甲状腺乳头状癌(PTC) | 生物信息学 | 甲状腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析（差异基因表达分析、GO和KEGG富集分析、WGCNA、机器学习、ROC分析、列线图分析、GSEA） | 机器学习 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE3467、GSE3678、GSE33630、GSE65144、GSE82208和GSE191288） |