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当前共找到 2188 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-08-08 |
Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring
2025-01, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00322-3
PMID:39558136
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研究论文 | 本研究开发了一种整合空间转录组学和单细胞RNA测序的高分辨率空间多组学方法，揭示了整合素β样1在伤口瘢痕形成中的关键作用 | 开发了一种新型高分辨率空间多组学方法，整合空间转录组学与单细胞RNA测序，首次识别了修复过程中细胞间通讯和信号传导的新特征，并发现Itgbl1在炎症相关瘢痕形成中的关键作用 | 摘要中未提及明显的局限性 | 探究伤口修复过程中分子和空间组织的单细胞水平关系，并识别炎症相关瘢痕形成的关键基因 | PU.1小鼠、转基因小鼠、人类和小鼠原代成纤维细胞 | 空间转录组学 | 伤口瘢痕形成 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究中涉及小鼠和人类样本，具体数量未在摘要中提供 | 10x Genomics | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学 |
| 142 | 2026-08-06 |
Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2024_554
PMID:38976205
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研究论文 | 提出一种利用人诱导多能干细胞来源的皮层类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法 | 首次将小胶质细胞整合到皮层类器官中，实现长期存活和成熟，并提供两种整合方法及下游分析方案 | 未提供功能性验证或疾病模型应用示例 | 建立神经免疫组装体生成方案，以研究神经细胞与免疫细胞在神经系统疾病中的相互作用 | 人诱导多能干细胞来源的皮层类器官和小胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 类器官培养、单细胞RNA测序 | 类器官组装体 | 基因表达数据 | 未提供具体样本量信息 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 未提供具体平台配置 |
| 143 | 2026-08-06 |
Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes
2025, Cell signaling
DOI:10.46439/signaling.3.053
PMID:40401196
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评论 | 本文基于单细胞RNA测序和空间转录组数据，探讨了早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因，并提出了潜在的治疗靶点。 | 首次综合分析早期痤疮中多种皮肤细胞类型的相互作用，并识别出与炎症和角化过度相关的失调基因，探索FDA批准药物的潜在应用。 | 未提供明确的研究局限性信息。 | 阐明早期痤疮的发病机制，识别新标志物和治疗靶点。 | 痤疮患者的皮肤细胞，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞。 | 数字病理学 | 痤疮 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2026-08-04 |
Whole-exome sequencing association study reveals genetic effects on tumor microenvironment components in nasopharyngeal carcinoma
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182768
PMID:39744943
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研究论文 | 该文章通过全外显子组关联研究，揭示了鼻咽癌的遗传易感位点及其对肿瘤微环境组分的影响 | 首次进行大规模鼻咽癌全外显子组关联研究，发现三个新遗传变异，并引入精细复合多基因风险评分，结合多组学数据揭示遗传变异与EBV和内皮细胞等肿瘤微环境组分的相互作用 | 摘要未明确提及研究的局限性 | 探究鼻咽癌的遗传结构及其对肿瘤微环境的影响，以促进个性化风险评估、早期诊断和靶向治疗 | 鼻咽癌患者和健康对照的遗传样本，以及肿瘤转录组和单细胞数据 | 基因组学 | 鼻咽癌 | 全外显子测序，批量转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因变异数据，转录组数据，单细胞表达数据 | 6,969例鼻咽癌病例和7,100例对照，批量转录组数据356例，单细胞RNA测序数据56例 | NA | 全外显子测序，批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2026-08-04 |
Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study
2025-01, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004
PMID:39729926
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研究论文 | 通过生物信息学分析，探究幼年特发性关节炎与乳腺癌风险之间的潜在关联机制。 | 首次利用共识机器学习标记和单细胞RNA测序数据分析，揭示JIA与乳腺癌风险增加之间的潜在机制。 | 作为初步研究，缺乏实验验证，且样本来源有限，结论需进一步证实。 | 探究幼年特发性关节炎对癌症风险的影响机制。 | 幼年特发性关节炎相关基因及其在乳腺癌中的表达。 | 生物信息学 | 幼年特发性关节炎、乳腺癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析、共识机器学习 | 基因表达数据 | 未在标题和摘要中明确说明 | 未明确说明 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2026-08-01 |
Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02501-5
PMID:39562752
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Array-seq的方法，通过改造经典寡核苷酸微阵列用于空间转录组分析，实现了低成本、可扩展和高通量的空间转录组研究 | 首次将经典DNA微阵列重新利用于空间转录组分析，开发了简单的两步反应生成mRNA捕获探针，实现了大规模、低成本和高通量的空间转录组分析 | 未提及 | 开发一种易采用、低成本且样本数量和尺寸可扩展的空间转录组分析工具 | 小鼠组织和其他组织样品 | 空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 多种小鼠组织切片及多器官切片，包括三维序列切片和全人类器官样本 | Illumina | 空间转录组学 | 定制微阵列 | 定制微阵列，含常见序列和已知坐标的独特条形码，通过两步反应生成mRNA捕获探针 |
| 147 | 2026-08-01 |
CircMVP promotes METTL3 activation mediated CTNNB1 m6A modification in the inhibition of colorectal cancer in B7-H3 dependence antitumor immunity
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.105324
PMID:39744434
|
研究论文 | 本研究探讨了circMVP通过促进METTL3激活介导CTNNB1 m6A修饰，抑制结直肠癌中B7-H3依赖性抗肿瘤免疫的机制 | 首次揭示circMVP通过与METTL3相互作用稳定其核内表达并增强m6A修饰，进而调控CTNNB1表达和B7-H3信号通路，影响结直肠癌免疫逃逸的新机制 | 研究主要在体外和动物模型中进行，缺乏大规模临床样本验证，且circMVP作为治疗靶点的临床转化潜力需进一步评估 | 阐明circRNA与结直肠癌抗肿瘤免疫抑制之间的调控关系，并评估circMVP作为免疫治疗靶点的潜力 | 结直肠癌临床样本、细胞系及动物模型中的circMVP表达及其调控机制 | 生物信息学、分子生物学 | 结直肠癌 | qRT-PCR、RNA pull-down、单细胞RNA测序、EMSA、RNA免疫沉淀、染色质免疫沉淀、多聚体分析 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 临床样本及细胞系，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2026-08-01 |
TAGLN-RhoA/ROCK2-SLC2A3-mediated Mechano-metabolic Axis Promotes Skin Fibrosis
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.104484
PMID:39781462
|
研究论文 | 本研究揭示了皮肤纤维化中由TAGLN介导的机械-代谢轴（TAGLN-RhoA/ROC2-SLC2A3）的作用机制，并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 首次提出并验证皮肤纤维化中存在TAGLN-RhoA/ROCK2-SLC2A3机械-代谢轴，将细胞骨架蛋白TAGLN与代谢调控联系起来，并提供新的治疗靶点 | 主要基于体外细胞实验和小鼠模型，缺乏人体临床样本验证；机制细节如TAGLN调控的具体分子交互尚未完全阐明 | 探究TAGLN在皮肤纤维化发病机制中的作用，特别是其介导的机械-代谢轴对成纤维细胞功能的影响 | 皮肤纤维化组织中的成纤维细胞亚群，涉及TAGLN、RhoA/ROCK2和SLC2A3等分子 | 分子生物学 | 皮肤纤维化 | RNA-seq, 单细胞测序（此前）, 免疫荧光, Transwell, 胶原凝胶收缩实验, 划痕实验, 博来霉素诱导小鼠模型 | NA | 转录组数据, 图像（免疫荧光）, 细胞行为数据 | 体外实验使用多个成纤维细胞系或原代细胞，小鼠模型为若干只（具体数量未给出） | Illumina | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 用于RNA-seq分析，单细胞测序可能采用10x Genomics平台，但未明确说明 |
| 149 | 2026-08-01 |
Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease
2025, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012
PMID:40919531
|
研究论文 | 利用3xTg-AD小鼠模型和人类AD脑组织的RNA-seq及scRNA-seq数据，揭示细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1促进内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的分子机制 | 首次识别出AD中驱动EndoMT、细胞死亡和纤维化的细胞器应激和生物能量重编程的分子特征，并发现PERK、FOSB和MEOX1是潜在治疗靶点 | 主要基于小鼠模型和公开数据集，机制验证有限，尚未在人类样本中进行功能实验验证 | 阐明AD中与EndoMT、多种细胞死亡途径和纤维化相关的转录组变化及其分子机制 | 3xTg-AD小鼠模型和人类AD患者的脑组织 | 转录组学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 150 | 2026-07-28 |
Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2023_502
PMID:37930627
|
研究论文 | 描述了一种利用单细胞RNA测序研究角膜缘上皮干细胞及自噬作用的样本制备方案 | 首次将单细胞RNA测序技术用于分析自噬缺陷小鼠模型的角膜组织，并提供了详细的样本制备流程 | 未提及明显局限性 | 探究单细胞RNA测序在检查角膜缘上皮干细胞群体及自噬对其功能影响中的应用 | 角膜缘/角膜组织中的单细胞悬浮液，尤其是角膜缘上皮干细胞 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Beclin1杂合小鼠模型，具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2026-07-27 |
Covariate-moderated Empirical Bayes Matrix Factorization
2025, Advances in neural information processing systems
PMID:42433297
|
研究论文 | 提出了一种协变量调节的经验贝叶斯矩阵分解方法（cEBMF），用于在多元数据中利用侧信息提升潜在结构估计 | cEBMF 是一个模块化框架，可接受任何可由概率模型或神经网络处理的侧信息类型，并通过不同先验适应数据，突破现有方法在数据类型和参数模型上的限制 | 未明确提及具体局限性 | 利用侧信息改进多元数据中潜在结构的推断与估计 | 空间转录组数据和协同过滤数据等多变量数据集 | 机器学习 | NA | 矩阵分解 | 矩阵分解 | 图像、文本、图结构数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2025-12-13 |
Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae044
PMID:39500613
|
综述 | 本文综述了整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据的计算工具与机器学习方法，及其在神经退行性疾病中的应用 | 整合scRNA-seq和scATAC-seq数据以关联转录组与染色质可及性，揭示神经退行性疾病的致病机制 | 面临数据稀疏性和计算需求高的挑战 | 促进单细胞多组学技术在神经退行性疾病研究中的应用，以阐明病理机制并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3
PMID:40601269
|
研究论文 | 本章概述了空间转录组技术及其在精子发生研究中的应用 | 将空间转录组技术应用于精子发生研究，解决了传统转录组方法无法保留组织空间结构的问题 | 仅提供了基于小鼠睾丸的示例分析，方法适用范围有待进一步验证 | 开发空间转录组技术在精子发生研究中的应用方法 | 小鼠睾丸组织和精子发生过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，组织切片图像 | 小鼠睾丸组织样本 | Curio Biosciences | 空间转录组学 | Seeker (SlideSeq V2) | Curio Biosciences Seeker平台（基于SlideSeq V2技术） |
| 154 | 2026-07-25 |
Inhibiting BCL2L1 preferentially targets aneuploid cells in acute myeloid leukemia
2025-Jan-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2026083
PMID:42494299
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2025-10-07 |
Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf006
PMID:40251828
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应 | 结合机器学习与多组学数据预测药物反应，并采用相似性搜索方法从ChEMBL数据库识别潜在先导化合物 | 研究为计算机模拟分析，尚未进行实验验证 | 开发预测癌症细胞药物抑制反应的方法并识别新的治疗分子 | 癌细胞系和MDM2抑制剂 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-07 |
Enhancer RNA in cancer: identification, expression, resources, relationship with immunity, drugs, and prognosis
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf007
PMID:40285345
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综述 | 本综述系统阐述了增强子RNA在癌症中的鉴定方法、表达特征、功能机制及其与免疫治疗、药物反应和预后的关联 | 全面整合eRNA在肿瘤免疫微环境重编程中的作用，提出eRNA特征作为免疫治疗反应和化疗耐药性监测的预测生物标志物 | 属于综述性文章，未涉及原始实验数据验证 | 系统总结eRNA在癌症生物学中的调控功能及其临床转化潜力 | 增强子RNA及其在癌症中的调控机制 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 表观基因组整合分析 | NA | 基因组学数据, 转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 表观基因组学 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-05 |
A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf010
PMID:40795763
|
综述 | 本文系统综述了双聚类和聚类方法在不同类型单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能比较 | 首次系统评估5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的性能，并从六个维度量化数据集特性以推荐最适合的方法 | 仅评估了有限数量的方法（5种双聚类和21种聚类），且仅使用10个公开数据集，可能无法覆盖所有场景 | 评估当前无监督方法在单细胞RNA测序数据分析中的发展现状，总结各方法的优缺点和改进策略 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法, 聚类方法 | 基因表达数据 | 10个公开真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-11-27 |
VARGG: a deep learning framework advancing precise spatial domain identification and cellular heterogeneity analysis in spatial transcriptomics
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf018
PMID:41275376
|
研究论文 | 提出VARGG深度学习框架，通过结合视觉Transformer和图神经网络提升空间转录组学中空间域识别精度和细胞异质性分析能力 | 首次将预训练视觉Transformer与图神经网络自编码器结合，利用自注意力机制捕获全局上下文信息，并通过多层门控残差图神经网络和高斯噪声增强特征表示和模型泛化能力 | NA | 开发能够准确识别空间域并分析细胞异质性的深度学习框架 | 人类胶质母细胞瘤、小鼠胚胎、乳腺癌等组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤,乳腺癌 | 空间转录组学 | Vision Transformer,图神经网络自编码器 | 空间基因表达数据 | 多个不同规模数据集 | 10x Genomics,其他 | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seqV2, Stereo-seq, MERFISH | 10x Visium空间转录组平台 |
| 159 | 2025-10-06 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别伤口愈合过程中p21高表达衰老细胞的作用机制 | 首次发现p21高表达衰老细胞亚群在伤口愈合中的促炎特性及其清除对伤口闭合的加速作用 | 未明确p21高表达衰老细胞的具体来源及其与其他衰老细胞亚群的相互作用机制 | 探究p21高表达衰老细胞在皮肤伤口愈合过程中的功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的衰老细胞亚群 | 空间转录组学 | 皮肤创伤 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析平台 |
| 160 | 2026-07-10 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-01-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
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研究论文 | 结合1000倍体积膨胀和多重误差鲁棒荧光原位杂交技术，创建细菌MERFISH方法，实现单个细菌内数千个操纵子的高通量空间分辨分析 | 首次将MERFISH技术应用于细菌空间转录组学，通过1000倍体积膨胀克服细菌mRNA高密度难题 | 未明确提及局限性 | 开发细菌高多重空间转录组学方法并研究细菌在复杂环境中的单细胞行为 | 细菌（包括炭疽杆菌和肠道共生菌） | 数字病理学 | NA | MERFISH, 膨胀显微术 | NA | 图像 | 单个细菌水平 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 细菌MERFISH（结合1000倍体积膨胀和多重误差鲁棒荧光原位杂交） |