本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-11-28 |
Elevated ITGAV Expression in Seropositive Rheumatoid Arthritis: Diagnostic Potential and Immunopathological Insights
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S540469
PMID:41287769
|
研究论文 | 本研究探讨整合素αV(ITGAV)在血清阳性类风湿关节炎中的表达及其作为诊断生物标志物的潜力 | 首次系统评估ITGAV在类风湿关节炎中的诊断价值,并通过单细胞转录组分析揭示其在炎症免疫细胞亚群中的特异性表达 | 需要未来纵向和功能研究验证其在个性化疾病管理中的作用 | 研究ITGAV作为类风湿关节炎潜在诊断生物标志物的价值 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者和健康对照者的外周血样本 | 生物医学研究 | 类风湿关节炎 | ELISA, 单细胞RNA测序, 转录组分析, ROC曲线分析 | NA | 血液样本, 转录组数据, 临床参数 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-11-27 |
VARGG: a deep learning framework advancing precise spatial domain identification and cellular heterogeneity analysis in spatial transcriptomics
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf018
PMID:41275376
|
研究论文 | 提出VARGG深度学习框架,通过结合视觉Transformer和图神经网络提升空间转录组学中空间域识别精度和细胞异质性分析能力 | 首次将预训练视觉Transformer与图神经网络自编码器结合,利用自注意力机制捕获全局上下文信息,并通过多层门控残差图神经网络和高斯噪声增强特征表示和模型泛化能力 | NA | 开发能够准确识别空间域并分析细胞异质性的深度学习框架 | 人类胶质母细胞瘤、小鼠胚胎、乳腺癌等组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤,乳腺癌 | 空间转录组学 | Vision Transformer,图神经网络自编码器 | 空间基因表达数据 | 多个不同规模数据集 | 10x Genomics,其他 | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seqV2, Stereo-seq, MERFISH | 10x Visium空间转录组平台 |
| 143 | 2025-11-27 |
Characterization of Ferroptosis-Related Genes in Aplastic Anaemia: An Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025, Acta haematologica
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000543656
PMID:39938486
|
研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,研究铁死亡相关基因在再生障碍性贫血中的作用 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据系统分析AA中铁死亡相关基因,并在单细胞水平揭示关键基因DDIT4和NCF2的作用 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用机制 | 再生障碍性贫血患者样本和对照样本 | 生物信息学 | 再生障碍性贫血 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-11-27 |
Dermal fibroblast cultures recapitulate differences between deermice and mice in their responses to a Toll-like receptor agonist
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1666789
PMID:41262241
|
研究论文 | 本研究通过体外培养真皮成纤维细胞,比较了白足鼠与小鼠对TLR2激动剂的免疫反应差异 | 首次在真皮成纤维细胞培养模型中揭示白足鼠与小鼠在TLR激动剂反应、内源性逆转录病毒激活和细胞自主免疫方面的种属差异 | 研究仅关注真皮成纤维细胞,未涉及其他免疫细胞类型;体外培养环境可能与体内实际情况存在差异 | 评估哺乳动物免疫反应的种属差异,建立适用于实验室和野外研究的体外模型 | 白足鼠(Peromyscus leucopus)和小鼠(Mus musculus)的原代真皮成纤维细胞 | 单细胞组学 | 传染病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种啮齿类动物的原代真皮成纤维细胞培养物 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2025-11-27 |
CDK1 may promote breast cancer progression through AKT activation and immune modulation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1591706
PMID:41278293
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和实验分析全面评估CDK1在乳腺癌中的表达、预后价值及生物学功能 | 首次系统揭示CDK1通过AKT激活和免疫调节促进乳腺癌进展的多重致癌机制 | 研究主要基于TCGA数据库和单一细胞系验证,需要更多临床样本和体内实验进一步证实 | 评估CDK1在乳腺癌中的临床意义和分子机制 | 乳腺癌组织和MDA-MB-231细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,shRNA敲低,Western blotting,CCK-8检测 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据,临床数据 | TCGA乳腺癌数据集和TISCH2单细胞数据库 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-11-27 |
T cell-driven sustained inflammation and immune dysregulation mimicking immunosenescence for up to three years post-COVID-19
2025, Immunity & inflammation
DOI:10.1007/s44466-025-00012-2
PMID:41278460
|
研究论文 | 通过三年纵向研究揭示COVID-19康复者长期免疫失调特征,发现Th17细胞是慢性炎症的关键驱动因素 | 首次通过三年纵向追踪发现免疫衰老样特征持续存在,并鉴定出两种功能相反的Th17细胞亚群 | 样本量较小(47例患者),缺乏健康对照组比较 | 阐明COVID-19康复者长期免疫恢复轨迹及其与持续症状的关系 | 47名COVID-19康复患者 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,多重细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据 | 47名COVID-19患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-11-27 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Therapeutic Effects of Electroacupuncture at BL23 on Hyperuricemia-Induced Nephritis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/2494933
PMID:41278550
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示电针刺激BL23穴对高尿酸血症诱导的肾炎的治疗效果 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统阐明电针BL23穴通过抑制NLRP3炎症小体和IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥肾脏保护作用的分子机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究电针BL23穴对高尿酸血症及其诱导的肾脏炎症和功能障碍的治疗作用 | 高尿酸血症诱导的肾炎小鼠模型 | 单细胞测序 | 高尿酸血症肾病 | 单细胞RNA测序, Western blot | 动物模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质印迹数据 | 未明确样本数量的小鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-11-27 |
Microglial TREM2 and cognitive impairment: insights from Alzheimer's disease with implications for spinal cord injury and AI-assisted therapeutics
2025, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2025.1705069
PMID:41280332
|
综述 | 探讨小胶质细胞TREM2在阿尔茨海默病和脊髓损伤认知障碍中的作用及人工智能辅助治疗的潜力 | 首次系统提出TREM2可能连接脊髓损伤引起的神经炎症与认知缺陷,并引入人工智能方法加速相关研究 | TREM2在脊髓损伤中与高级认知功能的关系尚未经过系统实验验证 | 研究TREM2在神经退行性疾病和创伤性中枢神经系统疾病认知障碍中的作用机制 | 阿尔茨海默病和脊髓损伤患者的小胶质细胞及TREM2受体 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、神经影像学、人工智能分析 | NA | 临床数据、转录组数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2025-11-27 |
Transcriptome analysis of classical blood cells reveals downregulation of pro-inflammatory genes in the classical monocytes of long COVID patients
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1710783
PMID:41280901
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析长新冠患者经典单核细胞的转录组特征 | 首次在长新冠患者经典单核细胞中发现促炎基因下调及单核细胞分化受损现象 | 样本量有限(88例),需更大规模研究验证 | 探索长新冠的免疫学发病机制 | 长新冠患者和康复对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 长新冠 | 单细胞RNA测序,Luminex细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据 | 88例(44例长新冠患者,44例匹配康复者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-11-27 |
Neutrophil gene expression in COVID-19 patients with acute respiratory distress syndrome
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1620745
PMID:41280914
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序分析探讨了COVID-19相关ARDS患者中性粒细胞基因表达与临床病程的关系 | 首次结合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析COVID-19相关ARDS患者的中性粒细胞转录组特征 | 样本量较小(28例患者和16例对照),单细胞测序仅包含5例患者 | 探索COVID-19相关ARDS患者中性粒细胞基因表达与临床病程的关联 | COVID-19相关ARDS患者和健康对照者的外周血样本 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA测序,单细胞RNA测序,聚类分析 | 聚类分析 | 基因表达数据 | 28例COVID-19相关ARDS患者,16例健康对照,5例患者进行单细胞测序 | NA | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-11-27 |
Integrated Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning Reveals a T Cell-Specific PANoptosis Signature Predicting Prognosis and Immunotherapy in Prostate Cancer
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8889021
PMID:41281377
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法,建立了一个T细胞特异性PAN凋亡特征来预测前列腺癌的预后和免疫治疗效果 | 首次结合单细胞RNA测序和10种机器学习算法构建T细胞特异性PAN凋亡特征,用于前列腺癌预后预测和免疫治疗反应评估 | 研究基于公开数据集GSE185344,需要进一步实验验证和更大样本量的临床验证 | 建立前列腺癌预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 前列腺癌患者和癌细胞系 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习算法 | 集成学习模型(10种算法) | 基因表达数据 | GSE185344数据集,4个独立免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-11-27 |
GDF10 attenuates MASH progression by restoring quiescent hepatic stellate cells via competitive inhibition of TGF-β/SMAD2 signaling
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.123784
PMID:41281741
|
研究论文 | 本研究揭示了GDF10通过竞争性抑制TGF-β/SMAD2信号通路恢复肝星状细胞静止状态,从而减缓MASH进展的机制 | 首次发现GDF10作为肝星状细胞静止的主调控因子,并开发了靶向递送GDF10 mRNA的肝靶向脂质纳米颗粒治疗策略 | NA | 探索肝纤维化的治疗新靶点和策略 | 肝星状细胞、小鼠MASH模型、CCl4诱导纤维化模型、人类肝硬化肝脏 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2025-11-27 |
Targeting FTL regulates ferroptosis and remodels lymph node metastasis microenvironment in esophageal squamous cell carcinoma
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.112017
PMID:41281761
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现铁死亡在食管鳞癌淋巴结转移中的重要作用,并确定FTL为关键靶基因 | 首次揭示FTL通过NRF2通路促进食管鳞癌发展和转移,并通过NCOA4蛋白抑制铁死亡的新机制 | NA | 探究FTL在食管鳞癌淋巴结转移中的作用机制 | 食管鳞癌患者组织样本和癌细胞 | 单细胞测序分析 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-11-27 |
Prognostic value and immune infiltration of anoikis-related genes in osteosarcoma
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1669470
PMID:41282023
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序和失巢凋亡相关基因构建骨肉瘤预后预测模型并分析免疫浸润特征 | 首次结合单细胞RNA测序和失巢凋亡相关基因构建骨肉瘤预后模型,并验证模型在免疫治疗预测中的价值 | NA | 开发骨肉瘤预后预测模型并探索其与免疫治疗的关系 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组化 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TARGET数据库数据集和两个验证集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-11-27 |
KSRV: a Kernel PCA-Based framework for inferring spatial RNA velocity at single-cell resolution
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1695803
PMID:41282470
|
研究论文 | 提出了一种基于核主成分分析的空间RNA速度推断计算框架KSRV | 首次将核主成分分析用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,实现单细胞分辨率的空间RNA速度推断 | 未提及方法在更复杂组织或疾病模型中的验证 | 开发计算框架以推断空间分辨组织中的RNA速度 | 小鼠大脑和小鼠器官发生过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 核主成分分析(Kernel PCA) | 基因表达数据,空间位置数据 | 未明确说明具体样本数量 | 10x Genomics,Vizgen | 空间转录组学,单分子荧光原位杂交 | 10x Visium,MERFISH | 10x Visium空间转录组平台,MERFISH单分子成像技术 |
| 156 | 2025-11-27 |
Deciphering the role of Hat1 in spermatogenesis: Chromatin organization and beyond
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.20240
PMID:41282984
|
研究论文 | 本研究通过多学科方法揭示了组蛋白乙酰转移酶Hat1在小鼠精子发生过程中的动态表达模式及其在染色质组织中的阶段特异性功能 | 首次系统阐明了Hat1在精子发生不同阶段的特异性表达定位及其在染色质组织中的动态功能转换 | 需要进一步的功能验证实验来确认Hat1的具体作用机制 | 探究Hat1在小鼠睾丸中的时空表达模式及其在精子发生过程中染色质组织的具体作用 | 小鼠睾丸组织及雄性生殖细胞 | 表观遗传学 | 男性不育 | RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光定位, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 3周龄和8周龄小鼠睾丸组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于单细胞测序数据集GSE214315 |
| 157 | 2025-11-26 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633627
PMID:39896613
|
研究论文 | 研究HPV整合在头颈癌中对下游剪接事件和基因表达比例的影响及其与不良预后的关联 | 首次基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类,发现特定HPV-人类融合转录本和HPV基因转录比例与较差临床结局相关 | 主要基于RNA分析而非DNA分析,样本量相对有限 | 探索HPV整合在头颈鳞状细胞癌中的致癌机制及其与临床预后的关系 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 261个HPV相关HNSCC样本(包括bulk和单细胞RNA-seq),其中102名HPV阳性患者的DNA整合事件 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-11-26 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
|
研究论文 | 提出了一种名为Piscis的深度学习算法,通过新颖的SmoothF1损失函数实现荧光显微镜图像中RNA转录本斑点的自动检测 | 开发了SmoothF1损失函数,可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性,同时保持可微性以用于深度学习训练 | NA | 开发无需手动参数调优的自动斑点检测算法,用于空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学, 单分子RNA荧光原位杂交 | NA | NA |
| 159 | 2025-11-26 |
Correction: Unveiling the NEFH+ malignant cell subtype: insights from single-cell RNA sequencing in prostate cancer progression and tumor microenvironment interactions
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1718125
PMID:41280907
|
correction | 对前列腺癌研究中关于NEFH+恶性细胞亚型的文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | prostate cancer | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2025-11-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the role of immunoinflammatory cells in the progression of renal tubulointerstitial fibrosis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0337092
PMID:41269996
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫炎症细胞在肾小管间质纤维化进展中的作用机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统描绘了UUO模型中免疫炎症细胞的动态变化及其与成纤维细胞的相互作用网络 | 研究仅基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 阐明免疫炎症细胞在肾小管间质纤维化进展中的具体作用机制 | 单侧输尿管梗阻模型小鼠的肾脏组织 | 单细胞测序分析 | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同时间点(3天、7天、14天)的UUO模型小鼠和假手术组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |