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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1501 | 2025-10-07 |
Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10
PMID:39192121
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综述 | 本章介绍多种转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用、意义和实验流程 | 重点介绍了单细胞测序和空间转录组学等新兴技术在该领域的应用前景 | NA | 探讨转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用 | 抗病毒天然免疫相关的RNA分子 | 自然语言处理 | NA | 微阵列, RNA测序, 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | RNA分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1502 | 2025-10-07 |
Identification of Alzheimer's disease biomarkers and their immune function characterization
2025, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/188721
PMID:40190307
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研究论文 | 本研究通过多组学方法识别阿尔茨海默病生物标志物并分析其免疫功能特征 | 结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,首次发现RBM3、GOLGA8A和ALS2等生物标志物与AD中CD8 T细胞浸润的关联 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫机制 | 阿尔茨海默病患者样本和正常对照样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习算法 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE122063、GSE97760、GSM4996463、GSM4996462) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1503 | 2025-10-07 |
The single-cell transcriptional landscape of lung cells from PCV2d-infected mice
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1554961
PMID:40196036
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了PCV2d感染小鼠肺组织中10种细胞类型的转录组特征和免疫应答机制 | 首次系统绘制PCV2d感染小鼠肺组织的单细胞转录组图谱,鉴定出高病毒载量的单核巨噬细胞及其通过CD40-CD40L和CXCL14-CXCR4介导的细胞互作网络 | 研究仅使用BALB/c小鼠模型,未验证其他动物模型或临床样本 | 探究PCV2d亚型感染的生物学特性及其驱动的炎症性肺损伤机制 | PCV2d感染BALB/c小鼠的肺组织细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | PCV2d感染和未感染对照小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1504 | 2025-10-07 |
A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1509771
PMID:40182050
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研究论文 | 基于自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型并评估其对免疫治疗和个性化治疗的指导价值 | 首次联合分析自噬和衰老相关基因构建胃癌预后特征,并系统评估其与肿瘤微环境、免疫治疗疗效的关系 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发能够预测胃癌预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 胃癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序,基因表达谱分析,药物敏感性分析 | Cox回归,LASSO回归,共识聚类 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1505 | 2025-10-07 |
Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S509625
PMID:40177614
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研究论文 | 本研究整合了bulk和单细胞RNA测序数据,构建了基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型,并评估其在肝细胞癌中的预后价值 | 首次整合bulk和单细胞RNA测序数据构建HOXC9相关免疫基因风险评分模型,揭示了其在肝细胞癌预后评估和免疫治疗预测中的新作用 | 研究数据主要来自公共数据库TCGA和GEO,需要进一步实验验证 | 构建HOXC9相关免疫基因风险评分模型并评估其在肝细胞癌预后和免疫治疗中的价值 | 肝细胞癌患者样本和癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析, CIBERSORT, ESTIMATE算法, 细胞实验 | 风险评分模型, LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床信息 | TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1506 | 2025-10-07 |
A novel lactylation-related gene signature to predict prognosis and treatment response in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1549724
PMID:40161374
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于乳酸化相关基因的特征模型,用于预测肺腺癌患者的预后和治疗反应 | 首次在肺腺癌中系统研究乳酸化相关基因特征,构建了风险预后模型并验证其与免疫浸润和化疗敏感性的关联 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要更多前瞻性临床研究验证 | 探索乳酸化相关基因在肺腺癌预后预测和治疗反应评估中的价值 | 肺腺癌患者和肺腺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA测序,单细胞测序,LASSO回归分析 | 风险预后模型,列线图 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1507 | 2025-10-07 |
Early Detection of Malignant Cells in Gastric Lavage via Hexokinase 2 and Single-Cell Sequencing for Gastric Cancer Diagnosis
2025, Risk management and healthcare policy
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/RMHP.S510123
PMID:40161902
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过胃灌洗液中HK2标记和单细胞测序检测脱落肿瘤细胞的新方法,用于胃癌早期诊断 | 首次将代谢标记物HK2与单细胞测序技术结合应用于胃灌洗液检测,实现胃癌早期诊断 | 样本量相对有限(60例),对重度不典型增生的敏感性仅为57% | 开发一种非侵入性的胃癌早期诊断方法 | 胃灌洗液中的脱落肿瘤细胞 | 数字病理 | 胃癌 | 单细胞测序,基因组拷贝数变异分析 | NA | 单细胞基因组数据 | 60例(10例胃癌,26例癌前病变,15例良性胃病,9例健康对照) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1508 | 2025-10-07 |
Analysis and Validation of Mitophagy-Related Genes in Diabetic Foot Ulcers
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S504001
PMID:40162084
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,鉴定并验证了与糖尿病足溃疡相关的线粒体自噬关键基因 | 首次在糖尿病足溃疡中系统分析线粒体自噬相关基因,结合机器学习算法、免疫细胞浸润分析和单细胞RNA测序验证 | 样本量有限,需要更大队列研究;对炎症机制的机制性联系探索不够深入 | 鉴定糖尿病足溃疡发病机制中与线粒体自噬相关的关键基因 | 糖尿病足溃疡患者皮肤组织 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, RT-PCR, Western blot, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 使用GEO数据库中的多个数据集(GSE80178, GSE68183, GSE165816) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1509 | 2025-10-07 |
scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018
PMID:40165824
|
研究论文 | 提出一种基于迭代选择的半监督聚类模型scCCTR,用于单细胞RNA测序数据分析 | 通过迭代选择高置信度细胞和标签来指导深度学习模型,结合Transformer神经网络的多头注意力机制提升聚类精度 | NA | 开发更准确有效的单细胞RNA测序数据聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1510 | 2025-10-07 |
Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1564572
PMID:40165901
|
综述 | 本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及临床关联,重点关注癌症相关炎症对肿瘤进展和治疗反应的影响 | 整合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术,系统阐明慢性炎症与癌症的联系机制 | NA | 探讨炎症在癌症发生发展中的分子机制和临床后果 | 癌症相关炎症、肿瘤微环境、胃肠道癌症 | NA | 癌症、胃肠道癌症 | 单细胞RNA测序、空间分子成像分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1511 | 2025-10-07 |
Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1520400
PMID:40166070
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析,鉴定铜死亡在类风湿关节炎中的免疫特征生物标志物和治疗靶点 | 首次系统研究铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的表达特征和生物学功能,并探索其与免疫浸润和治疗药物的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 阐明铜死亡相关基因与类风湿关节炎的潜在关联,寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 类风湿关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1512 | 2025-10-07 |
A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy
2025-Jan, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011
PMID:40166108
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类妊娠期间外周免疫系统的动态转录变化 | 首次从免疫角度提出妊娠具有促衰老效应,并发现该效应在产后可能恢复 | 仅关注外周血单核细胞,未涉及局部组织免疫变化 | 阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化机制 | 妊娠期女性的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同妊娠阶段的孕妇外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1513 | 2025-10-07 |
A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0652
PMID:40171018
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研究论文 | 开发基于月经血的非侵入性子宫内膜异位症诊断平台,结合数字微滴酶联免疫吸附测定和单细胞RNA测序技术 | 首次将月经血作为诊断样本,开发了具有飞摩尔级灵敏度的ddELISA技术,并验证了月经血与子宫内膜异位症病变的关键生物学特性相似性 | 未提及样本规模和研究人群特征,需要进一步临床验证 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性体外诊断方法 | 子宫内膜异位症患者,重点关注月经血中的遗传和炎症标志物 | 数字病理 | 子宫内膜异位症 | 数字微滴酶联免疫吸附测定,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质检测数据,单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1514 | 2025-10-07 |
Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1549237
PMID:40171265
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研究论文 | 通过空间转录组学技术揭示结直肠癌中胆固醇代谢与免疫检查点抑制剂耐药性的关联 | 开发了增强型转录组捕获方案获得高质量空间数据,首次发现肿瘤细胞胆固醇代谢是免疫治疗耐药的关键因素 | 研究基于MC38同系肿瘤模型,需要在更多临床样本中验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗反应的早期特征 | 结直肠癌肿瘤模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学,bulk RNA测序 | MC38同系肿瘤模型 | 空间转录组数据,组织学图像,RNA测序数据 | 16个肿瘤,48,636个转录组位点 | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1515 | 2025-10-07 |
Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1570647
PMID:40171266
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据,揭示了NK细胞异质性在肝细胞癌预后中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据系统分析HCC中NK细胞的异质性及其预后价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究NK细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 肝细胞癌患者样本数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 加权基因共表达网络分析, Cox回归分析 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据 | GSE149614数据集和TCGA数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1516 | 2025-10-07 |
Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis
2025-01-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85799-1
PMID:39789158
|
研究论文 | 通过结合机器学习和单细胞测序技术识别脓毒症中的关键免疫基因 | 整合多种拓扑分析算法和机器学习方法识别关键基因,并首次通过单细胞测序验证这些基因在免疫细胞中的表达 | 样本量较小(脓毒症患者23例,健康对照10例) | 识别脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞测序,qPCR | 随机森林,LASSO回归,SVM,XGBoost,逻辑回归,AdaBoost,KNN | RNA测序数据,单细胞测序数据 | 脓毒症患者23例,健康对照10例 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1517 | 2025-10-07 |
Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study
2025-01-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85255-0
PMID:39789044
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研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次采用整合方法系统研究LIMCH1在乳腺癌中的双重作用,并开发了包含LIMCH1表达的可预测总生存率的列线图 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 探讨LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学作用机制 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析,免疫组化(IHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 列线图(nomogram) | 基因表达数据,临床病理数据,单细胞测序数据 | TCGA队列和临床IHC队列 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | NA |
| 1518 | 2025-10-07 |
Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis
2025-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85664-1
PMID:39779799
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示血浆代谢物与甲亢免疫细胞的遗传关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞eQTL分析,发现百里酚硫酸盐通过PTK2B遗传变异介导CD8+NKT细胞演化影响甲亢发病的新机制 | 研究基于欧洲人群数据,结果在其他种族的普适性需验证;部分关联的生物学机制仍需实验证实 | 探究免疫细胞表型、甲亢与血浆代谢物之间的因果关系及中介机制 | 免疫细胞表型、甲亢患者、血浆代谢物 | 生物信息学 | 甲亢 | 孟德尔随机化, GWAS, 单细胞eQTL分析, 共定位分析 | MR-Egger, MR-PRESSO, 逆方差加权 | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 免疫细胞表型: 18,622例; 甲亢: 3,731病例/480,867对照; 代谢物: 115,078例 | UK Biobank | 全基因组关联分析, 单细胞转录组 | NA | NA |
| 1519 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes
2025-01-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85169-x
PMID:39762337
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小耳畸形软骨细胞中的线粒体功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示小耳畸形软骨细胞中线粒体功能障碍及其相关关键基因 | 样本量有限,仅针对单侧非综合征型小耳畸形患者 | 探究小耳畸形软骨细胞中的线粒体功能障碍机制 | 小耳畸形患者和健康对照者的软骨细胞 | 单细胞测序 | 小耳畸形 | 单细胞RNA测序,ROS检测,膜电位测定,透射电子显微镜 | 轨迹分析,基因共表达网络分析 | 单细胞RNA测序数据 | 小耳畸形患者和健康对照者的软骨样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 1520 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users
2025-01-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-83775-9
PMID:39762272
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示DMPA使用者宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构改变 | 首次应用高分辨率空间转录组学技术揭示DMPA对宫颈黏膜的空间分子标记变化 | 样本来源仅限于肯尼亚性工作者群体,可能限制结果的普适性 | 探究DMPA对宫颈黏膜屏障的分子影响机制 | 使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈黏膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学,基因集富集分析,免疫染色 | 无监督聚类 | 空间转录组数据,基因表达数据,激素水平数据 | 肯尼亚性工作者群体样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |