本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1501 | 2025-10-07 |
scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018
PMID:40165824
|
研究论文 | 提出一种基于迭代选择的半监督聚类模型scCCTR,用于单细胞RNA测序数据分析 | 通过迭代选择高置信度细胞和标签来指导深度学习模型,结合Transformer神经网络的多头注意力机制提升聚类精度 | NA | 开发更准确有效的单细胞RNA测序数据聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1502 | 2025-10-07 |
Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1564572
PMID:40165901
|
综述 | 本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及临床关联,重点关注癌症相关炎症对肿瘤进展和治疗反应的影响 | 整合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术,系统阐明慢性炎症与癌症的联系机制 | NA | 探讨炎症在癌症发生发展中的分子机制和临床后果 | 癌症相关炎症、肿瘤微环境、胃肠道癌症 | NA | 癌症、胃肠道癌症 | 单细胞RNA测序、空间分子成像分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1503 | 2025-10-07 |
Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1520400
PMID:40166070
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析,鉴定铜死亡在类风湿关节炎中的免疫特征生物标志物和治疗靶点 | 首次系统研究铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的表达特征和生物学功能,并探索其与免疫浸润和治疗药物的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 阐明铜死亡相关基因与类风湿关节炎的潜在关联,寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 类风湿关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1504 | 2025-10-07 |
A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy
2025-Jan, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011
PMID:40166108
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类妊娠期间外周免疫系统的动态转录变化 | 首次从免疫角度提出妊娠具有促衰老效应,并发现该效应在产后可能恢复 | 仅关注外周血单核细胞,未涉及局部组织免疫变化 | 阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化机制 | 妊娠期女性的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同妊娠阶段的孕妇外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1505 | 2025-10-07 |
A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0652
PMID:40171018
|
研究论文 | 开发基于月经血的非侵入性子宫内膜异位症诊断平台,结合数字微滴酶联免疫吸附测定和单细胞RNA测序技术 | 首次将月经血作为诊断样本,开发了具有飞摩尔级灵敏度的ddELISA技术,并验证了月经血与子宫内膜异位症病变的关键生物学特性相似性 | 未提及样本规模和研究人群特征,需要进一步临床验证 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性体外诊断方法 | 子宫内膜异位症患者,重点关注月经血中的遗传和炎症标志物 | 数字病理 | 子宫内膜异位症 | 数字微滴酶联免疫吸附测定,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质检测数据,单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1506 | 2025-10-07 |
Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1549237
PMID:40171265
|
研究论文 | 通过空间转录组学技术揭示结直肠癌中胆固醇代谢与免疫检查点抑制剂耐药性的关联 | 开发了增强型转录组捕获方案获得高质量空间数据,首次发现肿瘤细胞胆固醇代谢是免疫治疗耐药的关键因素 | 研究基于MC38同系肿瘤模型,需要在更多临床样本中验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗反应的早期特征 | 结直肠癌肿瘤模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学,bulk RNA测序 | MC38同系肿瘤模型 | 空间转录组数据,组织学图像,RNA测序数据 | 16个肿瘤,48,636个转录组位点 | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1507 | 2025-10-07 |
Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1570647
PMID:40171266
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据,揭示了NK细胞异质性在肝细胞癌预后中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据系统分析HCC中NK细胞的异质性及其预后价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究NK细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 肝细胞癌患者样本数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 加权基因共表达网络分析, Cox回归分析 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据 | GSE149614数据集和TCGA数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1508 | 2025-10-07 |
Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis
2025-01-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85799-1
PMID:39789158
|
研究论文 | 通过结合机器学习和单细胞测序技术识别脓毒症中的关键免疫基因 | 整合多种拓扑分析算法和机器学习方法识别关键基因,并首次通过单细胞测序验证这些基因在免疫细胞中的表达 | 样本量较小(脓毒症患者23例,健康对照10例) | 识别脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞测序,qPCR | 随机森林,LASSO回归,SVM,XGBoost,逻辑回归,AdaBoost,KNN | RNA测序数据,单细胞测序数据 | 脓毒症患者23例,健康对照10例 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1509 | 2025-10-07 |
Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study
2025-01-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85255-0
PMID:39789044
|
研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次采用整合方法系统研究LIMCH1在乳腺癌中的双重作用,并开发了包含LIMCH1表达的可预测总生存率的列线图 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 探讨LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学作用机制 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析,免疫组化(IHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 列线图(nomogram) | 基因表达数据,临床病理数据,单细胞测序数据 | TCGA队列和临床IHC队列 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | NA |
| 1510 | 2025-10-07 |
Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis
2025-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85664-1
PMID:39779799
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示血浆代谢物与甲亢免疫细胞的遗传关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞eQTL分析,发现百里酚硫酸盐通过PTK2B遗传变异介导CD8+NKT细胞演化影响甲亢发病的新机制 | 研究基于欧洲人群数据,结果在其他种族的普适性需验证;部分关联的生物学机制仍需实验证实 | 探究免疫细胞表型、甲亢与血浆代谢物之间的因果关系及中介机制 | 免疫细胞表型、甲亢患者、血浆代谢物 | 生物信息学 | 甲亢 | 孟德尔随机化, GWAS, 单细胞eQTL分析, 共定位分析 | MR-Egger, MR-PRESSO, 逆方差加权 | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 免疫细胞表型: 18,622例; 甲亢: 3,731病例/480,867对照; 代谢物: 115,078例 | UK Biobank | 全基因组关联分析, 单细胞转录组 | NA | NA |
| 1511 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes
2025-01-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85169-x
PMID:39762337
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小耳畸形软骨细胞中的线粒体功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示小耳畸形软骨细胞中线粒体功能障碍及其相关关键基因 | 样本量有限,仅针对单侧非综合征型小耳畸形患者 | 探究小耳畸形软骨细胞中的线粒体功能障碍机制 | 小耳畸形患者和健康对照者的软骨细胞 | 单细胞测序 | 小耳畸形 | 单细胞RNA测序,ROS检测,膜电位测定,透射电子显微镜 | 轨迹分析,基因共表达网络分析 | 单细胞RNA测序数据 | 小耳畸形患者和健康对照者的软骨样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 1512 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users
2025-01-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-83775-9
PMID:39762272
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示DMPA使用者宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构改变 | 首次应用高分辨率空间转录组学技术揭示DMPA对宫颈黏膜的空间分子标记变化 | 样本来源仅限于肯尼亚性工作者群体,可能限制结果的普适性 | 探究DMPA对宫颈黏膜屏障的分子影响机制 | 使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈黏膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学,基因集富集分析,免疫染色 | 无监督聚类 | 空间转录组数据,基因表达数据,激素水平数据 | 肯尼亚性工作者群体样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1513 | 2025-10-07 |
Integrated analysis and single-cell sequencing of mitochondrial metabolism related gene molecular subtype and diagnostic model in ulcerative colitis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0320010
PMID:40153427
|
研究论文 | 通过整合分析和单细胞测序技术研究溃疡性结肠炎中线粒体代谢相关基因的分子亚型及诊断模型 | 首次系统鉴定UC中线粒体代谢相关基因的分子亚型,并构建基于机器学习的诊断模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索溃疡性结肠炎的发病机制和潜在生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者样本和线粒体代谢相关基因 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序, qRT-PCR, western blot | 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1514 | 2025-10-07 |
RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas
2025-01-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84719-z
PMID:39757245
|
研究论文 | 本研究探讨RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次系统揭示RBM47在胶质瘤免疫调节中的关键作用,并证实其在CD163+巨噬细胞中的富集特征 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 阐明RBM47在胶质瘤免疫景观塑造和肿瘤免疫应答中的功能 | 胶质瘤患者和正常组织样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 基因表达分析、免疫组织化学、免疫荧光、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、多组学数据 | TCGA训练组和CGGA验证组患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1515 | 2025-10-07 |
Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214
PMID:40151618
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析猪空肠组织,揭示不同驯化阶段猪品种间免疫细胞分化的特异性差异 | 首次构建猪空肠单细胞图谱,开发免疫细胞评估系统,发现驯化相关的品种特异性基因表达模式 | 样本数量有限,仅包含三个代表性猪品种 | 探究猪驯化过程中肠道免疫功能的进化变化 | 野猪、金华猪(中国地方品种)和杜洛克猪(集约化品种)的空肠组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),标记基因分析,细胞通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 26,246个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1516 | 2025-10-07 |
Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6915258
PMID:40151638
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索骨肉瘤中的PANoptosis景观并构建预后模型 | 首次在骨肉瘤中系统研究PANoptosis(包含焦亡、凋亡和坏死性凋亡的细胞死亡机制)景观,并采用101种机器学习算法构建预后模型 | 需要在临床环境中进一步验证模型的实用性 | 探索骨肉瘤中PANoptosis的作用机制并开发预后预测模型 | 骨肉瘤患者样本 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | CoxBoost, 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 来自GEO数据库(GSE162454)和TARGET数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1517 | 2025-10-07 |
Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2025-Jan-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06149-3
PMID:39871369
|
研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示乳头状颅咽管瘤中细胞间的信号通讯 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术系统分析PCP肿瘤微环境中细胞间信号通讯网络 | 样本量有限(5例单细胞测序,11例批量测序),需要更大规模验证 | 阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号通讯机制 | 乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 颅咽管瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | CellChat分析 | RNA测序数据 | 5例单细胞测序样本,11例肿瘤样本和5例正常对照的批量测序样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1518 | 2025-10-07 |
Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC
2025-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84553-3
PMID:39753728
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和体外实验系统研究SMAD3在泛癌中的多组学特征、免疫学功能和预后潜力 | 首次对SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值进行全面系统分析,并在肝细胞癌中进行实验验证 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证仅限于肝细胞癌 | 评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 多种癌症类型和肝细胞癌细胞系 | 生物信息学 | 泛癌和肝细胞癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,DNA甲基化分析,体外实验 | NA | 基因组数据,表达数据,甲基化数据,单细胞测序数据 | 来自TCGA、GTEx等多个数据库的多种癌症样本 | NA | 单细胞测序,DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 1519 | 2025-10-07 |
Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning
2025-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84820-3
PMID:39753882
|
研究论文 | 通过WGCNA和机器学习方法鉴定特发性肺纤维化和系统性硬化的共同生物标志物CCL2 | 首次结合WGCNA和机器学习方法系统分析IPF和SSc的共同特征基因,并通过单细胞RNA测序验证CCL2在不同细胞类型中的表达差异 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索特发性肺纤维化和系统性硬化的共同发病机制和生物标志物 | 特发性肺纤维化和系统性硬化患者 | 生物信息学 | 肺纤维化, 系统性硬化 | WGCNA, 蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 1520 | 2025-10-07 |
Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843
PMID:40144021
|
研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习方法,开发了基于组蛋白修饰模式的CMLHMS评分系统,用于前列腺癌亚型分类和治疗策略制定 | 开发了综合机器学习组蛋白修饰评分(CMLHMS),首次将前列腺癌基于组蛋白修饰模式分为两个具有不同生物学特征的亚型 | NA | 探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用,并开发基于组蛋白修饰模式的疾病分类系统 | 前列腺癌组织和细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 药物敏感性分析 | 机器学习模型 | 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |