本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1481 | 2025-10-07 |
Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.109771
PMID:40213670
|
研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞来源的微纤维相关蛋白2通过调控细胞外基质和炎症反应预防肝纤维化的作用机制 | 首次发现MFAP-2在肝纤维化中的保护作用,并阐明其通过调节肝星状细胞与巨噬细胞相互作用影响纤维化进程的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MFAP-2在肝纤维化发生和消退过程中的作用及分子机制 | 人类组织芯片、小鼠肝纤维化模型(CCl4注射和胆管结扎) | 分子病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 组织学分析, 生化分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像 | 人类组织阵列和小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1482 | 2025-10-07 |
A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99526
PMID:40213656
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了足底黑色素瘤中雪旺细胞样分化亚群的演化轨迹及其与免疫抵抗和不良预后的关联 | 首次发现足底黑色素瘤中存在向雪旺细胞样分化的独特演化轨迹,并揭示该过程受特定转录因子调控 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 解析足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群演化及其对免疫环境和预后的影响 | 足底黑色素瘤患者肿瘤组织和正常组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组化,单细胞多组学分析 | NA | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据,染色质可及性数据,临床预后数据 | 20例足底黑色素瘤和6例正常样本的218,021个细胞,以及68例黑色素瘤患者的批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,单细胞多组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1483 | 2025-10-07 |
Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans
2025-Jan-08, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae167
PMID:39693264
|
综述 | 本文概述了线虫基因表达检测方法及其应用 | 系统整合了从原位检测到单细胞测序等多种基因表达技术在线虫研究中的应用 | NA | 为研究基因表达与细胞表型关联提供方法学指导 | 秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans) | NA | NA | 原位转录本检测、蛋白质检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1484 | 2025-10-07 |
Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027
PMID:40206344
|
研究论文 | 通过单细胞测序和临床数据整合探索牙源性角化囊肿恶性转化的分子机制 | 首次在单细胞水平揭示COKC特异性上皮亚群及其干细胞特性和侵袭潜力,发现成纤维细胞和巨噬细胞表型转化在癌变中的作用 | 样本量较小(仅3例COKC样本),恶性转化病例罕见导致研究受限 | 探索牙源性角化囊肿恶性转化的细胞异质性和分子机制 | 牙源性角化囊肿(OKC)和癌变牙源性角化囊肿(COKC)患者组织样本 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例COKC样本+公共OKC数据集,共22,509个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1485 | 2025-10-07 |
Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1565090
PMID:40206583
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了氨基酸及其衍生物代谢在结直肠癌中的关键作用 | 首次整合批量转录组和单细胞转录组数据,结合多种机器学习方法构建MAAD相关预后模型,并实验验证LSM8基因的功能 | 研究样本量有限,需要更大规模的数据验证模型的普适性 | 探索氨基酸及其衍生物代谢在结直肠癌进展中的作用,识别潜在治疗靶点 | 结直肠癌患者数据和结直肠癌细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | 转录组测序,单细胞转录组测序,基因敲低实验 | 机器学习预后模型 | 转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1486 | 2025-10-07 |
Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S505752
PMID:40206734
|
研究论文 | 本研究通过深度学习技术识别出FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌的新型生物标志物 | 首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选NASH相关HCC的特征基因,并发现FDFT1和PGRMC1在胆固醇代谢通路中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,尚未进行大规模临床样本验证 | 探索NASH相关肝细胞癌的新型生物标志物 | 非酒精性脂肪性肝病小鼠模型和NASH相关肝细胞癌的基因表达数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 深度学习,实时定量PCR,单细胞测序分析,WGCNA,蛋白质相互作用网络分析 | 神经网络 | 基因组数据,基因表达数据 | NAFLD小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1487 | 2025-10-07 |
Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503144
PMID:40206809
|
研究论文 | 通过分析类风湿关节炎患者滑膜组织中的中性粒细胞分布,探讨其与疾病活动度和炎症状态的关系 | 首次结合组织病理学和单细胞RNA测序技术,系统揭示滑膜中性粒细胞在特定RA亚型中的临床意义 | 回顾性研究设计,样本量有限(55例患者),缺乏外部验证队列 | 研究中性粒细胞在类风湿关节炎滑膜组织中的分布特征及其临床意义 | 55例类风湿关节炎患者的滑膜组织和临床数据 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | H&E染色, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 55例RA患者滑膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1488 | 2025-10-07 |
Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976
PMID:40207217
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于二硫化物死亡相关基因的胰腺癌预后特征,并评估其在免疫治疗预测中的潜力 | 首次在胰腺导管腺癌中系统研究二硫化物死亡的作用,构建了8基因预后特征,并揭示了其与肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证;样本量相对有限 | 阐明二硫化物死亡在胰腺导管腺癌中的临床意义和免疫治疗预测价值 | 胰腺导管腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组,微阵列分析 | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 20对PDAC样本和癌旁正常组织,多个外部PDAC队列 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1489 | 2025-10-07 |
CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231
PMID:40207219
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了川崎病血管炎早期免疫细胞通讯的动态变化,发现CD14+单核细胞在细胞间通讯中发挥核心作用 | 首次利用单细胞测序技术系统揭示川崎病病程中免疫细胞通讯网络,识别出CD14+单核细胞作为通讯枢纽的关键作用及SELPLG、ITK等重要信号基因 | 样本量较小(仅7例患儿),需要在更大队列中验证发现 | 研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并识别潜在生物标志物 | 川崎病患儿外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例川崎病患儿 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1490 | 2025-10-07 |
Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544
PMID:40207230
|
研究论文 | 本研究整合机器学习与多组学分析,揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢免疫基因及其功能验证 | 首次系统整合机器学习算法(LASSO回归、SVM-RFE、随机森林)与多组学数据(单细胞RNA测序、分子对接)来识别核苷酸代谢相关的免疫基因,并通过体内实验进行功能验证 | 研究依赖于公共数据库的基因表达数据,样本来源和数量可能存在限制;体内实验验证的规模有限 | 识别与缺血性卒中相关的核苷酸代谢基因,探索其在疾病机制中的作用,为诊断和治疗提供新策略 | 缺血性卒中患者基因表达数据和小鼠模型 | 机器学习 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序,分子对接,差异表达分析,加权基因共表达网络分析 | LASSO回归,SVM-RFE,随机森林 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的缺血性卒中基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1491 | 2025-10-07 |
Gene function revealed at the moment of stochastic gene silencing
2025-01-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07530-0
PMID:39828795
|
研究论文 | 提出一种利用单细胞随机基因沉默方法推断基因功能的新技术 | 开发了scSGS方法,利用单细胞基因表达的自然变异性来推断基因功能,避免了传统基因敲除研究中的存活偏差 | NA | 开发一种新的基因功能预测方法 | 基因功能与调控关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1492 | 2025-10-07 |
The Role of Zuo Jin Wan in Modulating the Tumor Microenvironment of Colorectal Cancer
2025, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 研究左金丸通过调节结直肠癌肿瘤微环境中多种细胞类型发挥免疫调节作用 | 首次在单细胞水平揭示左金丸对结直肠癌肿瘤微环境的全面调节作用,发现其可下调TIMP1和MTDH基因表达 | 研究主要基于数据库分析和体外验证,缺乏体内实验和临床数据支持 | 探索左金丸在结直肠癌免疫调节中的作用机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞和基质细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 通路富集分析 | NA | 基因表达数据 | 基于已发表研究的单细胞RNA测序数据(PMID: 32451460, 32103181, 32561858) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1493 | 2025-10-07 |
Novel insights into Cntnap4 in Alzheimer's disease: Intestinal flora interaction
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138508
PMID:39647729
|
研究论文 | 本研究探讨Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的作用及其与肠道菌群的相互作用 | 首次揭示Cntnap4缺陷通过影响肠道菌群组成加剧AD病理,并证明GABA补充可改善认知障碍 | 研究主要基于动物模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明Cntnap4基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用及其与肠道菌群的关联 | 阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,高通量转录组测序,16s rRNA测序,动物实验 | 动物模型 | 基因表达数据,微生物组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, 16s rRNA sequencing | NA | NA |
| 1494 | 2025-10-07 |
Glucocorticoid receptor inhibits Th2 immune responses by down-regulating Pparg and Gata3 in schistosomiasis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518586
PMID:40196108
|
研究论文 | 本研究探讨糖皮质激素受体通过下调Pparg和Gata3抑制血吸虫病中Th2免疫应答的机制 | 首次整合RNA测序和单细胞测序揭示GR激活通过下调关键转录因子Gata3和Pparg抑制Th2免疫应答 | 需要进一步研究靶向GR激活治疗血吸虫病的可行性和安全性 | 研究GR激活对血吸虫病中肝脏Th2免疫应答的影响 | 日本血吸虫感染小鼠和Th2细胞 | 免疫学 | 血吸虫病 | RNA测序,单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 血吸虫感染小鼠模型和体外Th2细胞 | NA | 单细胞测序,RNA测序 | NA | NA |
| 1495 | 2025-10-07 |
A tumor-infiltrating B lymphocytes -related index based on machine-learning predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1524120
PMID:40196113
|
研究论文 | 基于机器学习构建肿瘤浸润B淋巴细胞相关指数预测肺腺癌预后和免疫治疗反应 | 首次系统性地利用十种机器学习算法和101种算法组合构建TILB相关指数,全面分析其在肺腺癌中的作用 | 研究基于公共数据集,需要进一步实验验证 | 开发预测肺腺癌预后和免疫治疗反应的生物标志物 | 肺腺癌患者和肿瘤浸润B淋巴细胞 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习 | 多种机器学习算法组合 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA、GSE31210、GSE72094、GSE91061和GSE126044多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1496 | 2025-10-07 |
Immune cells differentiation in osteoarthritic cartilage damage: friends or foes?
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1545284
PMID:40201177
|
综述 | 本文综述了骨关节炎中免疫细胞分化的双重作用及其在疾病进展中的复杂网络 | 系统阐述骨关节炎中免疫细胞'亦敌亦友'的双重特性,并比较其与类风湿关节炎在免疫治疗方面的异同 | 主要基于现有文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 阐明骨关节炎中免疫细胞的分化特征及其在疾病进展中的作用机制 | 骨关节炎患者的免疫细胞及其与关节组织的相互作用 | 免疫学 | 骨关节炎 | 单细胞测序, 免疫组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1497 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing advances in revealing the development and progression of MASH: the identifications and interactions of non-parenchymal cells
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1513993
PMID:40201243
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示代谢相关脂肪性肝炎中非实质细胞发育和进展方面的应用 | 系统总结了单细胞转录组测序技术对MASH中非实质细胞异质性和细胞相互作用的最新发现 | 作为综述文章,主要基于已有研究进行总结,未提供原始实验数据 | 探讨单细胞RNA测序技术在MASH研究中的应用,理解非实质细胞在疾病中的作用机制 | 肝脏非实质细胞(包括Kupffer细胞、肝星状细胞和肝窦内皮细胞) | 数字病理学 | 代谢相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1498 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal the evolution of glucose metabolism in hepatocellular carcinoma and identify G6PD as a potential therapeutic target
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1553722
PMID:40201344
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学揭示肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演化特征,并验证G6PD作为潜在治疗靶点 | 首次从时空维度解析肝细胞癌葡萄糖代谢演化规律,发现G6PD通过谷胱甘肽代谢和ROS产生调控肿瘤进展 | 样本量有限(7例单细胞测序样本,4例空间转录组样本),需更大规模验证 | 探索肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演化特征并寻找治疗靶点 | 肝细胞癌组织及癌旁组织 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 高通量测序, 伤口愈合实验, CCK-8实验, transwell实验 | 伪时间分析, Cox回归分析 | 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 7例HCC及癌旁组织(单细胞测序),4例HCC组织(空间转录组) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1499 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals the role of aggrephagy-related patterns in tumor microenvironment, prognosis and immunotherapy in endometrial cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1560625
PMID:40201347
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术研究聚集性自噬相关模式在子宫内膜癌肿瘤微环境、预后和免疫治疗中的作用 | 首次在子宫内膜癌中系统分析聚集性自噬相关基因在肿瘤微环境中的作用,并发现TUBA1A+巨噬细胞亚型与良好预后的关联 | 样本量相对有限(5个肿瘤样本),需要更大规模研究验证 | 阐明聚集性自噬在子宫内膜癌肿瘤微环境中的功能及其对预后和免疫治疗的影响 | 子宫内膜癌患者肿瘤样本中的单细胞 | 单细胞测序分析 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | 非负矩阵分解算法,CellChat分析 | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 5个子宫内膜癌肿瘤样本中的36,227个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1500 | 2025-10-07 |
Comprehensive Analyses of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data From M2 Macrophages to Elucidate the Immune Prognostic Signature in Patients with Gastric Cancer Peritoneal Metastasis
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S506143
PMID:40201390
|
研究论文 | 基于单细胞和批量RNA测序数据构建M2巨噬细胞相关基因的预后风险模型,用于预测胃癌腹膜转移患者的预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析识别M2巨噬细胞相关基因,构建了针对胃癌腹膜转移的预后预测模型 | 模型验证主要依赖公共数据库数据,需要进一步的前瞻性临床验证 | 构建能够有效预测胃癌腹膜转移患者预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 胃癌腹膜转移患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, LASSO分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | TCGA、GSE62254和IMvigor210等多个队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |