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当前共找到 2188 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-08-29 |
Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.113737
PMID:40607252
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研究论文 | 本研究整合转录组和临床数据，构建了与三级淋巴结构相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4在透明细胞肾细胞癌中促进TLS不成熟和免疫功能障碍的机制 | 首次系统地结合转录组学、单细胞RNA测序和空间转录组学，阐明了IRF4通过招募未成熟B细胞导致TLS不成熟和肿瘤进展的新机制，并建立了基于TLS的预后风险评分模型 | 未明确提出局限性 | 探讨TLS在透明细胞肾细胞癌中的预后价值及其调控机制，特别是IRF4在TLS形成和成熟中的作用 | 928例透明细胞肾细胞癌患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P细胞系 | 机器学习和数字病理学 | 透明细胞肾细胞癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光、免疫组化 | 机器学习算法 | 转录组数据、临床数据、图像数据 | 928例患者样本和2种细胞系 | 未提供 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 122 | 2026-08-27 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了用于长读长测序转录本定量的工具lr-kallisto，并展示了其在ONT数据上的应用。 | 将kallisto的bulk和单细胞RNA-seq定量方法适配到长读长测序技术，实现了快速准确的异构体定量，并发现外显子捕获可改善定量效果。 | 文中未明确提及局限性。 | 实现长读长测序数据的快速准确转录本异构体定量。 | 长读长测序数据（ONT数据）用于转录本定量。 | 生物信息学 | NA | 长读长测序（ONT） | kallisto（基于k-mer的伪比对方法） | 长读长RNA测序数据 | 未明确提及样本数量。 | ONT（Oxford Nanopore Technologies） | 长读长RNA测序 | MinION或PromethION（推测） | 未提供具体配置。 |
| 123 | 2026-08-27 |
Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1633254
PMID:40831751
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示Lrp2高表达卵泡膜细胞中Inhba/Smad2/E2f4轴在雄激素诱导的PCOS小鼠中的增殖作用 | 首次通过空间转录组学在单细胞分辨率下识别出PCOS小鼠卵巢中Lrp2高表达的卵泡膜细胞亚群，并发现Inhba/Smad2/E2f4信号轴是促进该细胞增殖的关键调控网络 | 研究基于小鼠模型，结果可能在人类PCOS中有所不同；功能验证仅限于体外细胞实验，未进行体内验证 | 探究PCOS中卵泡膜细胞过度增殖的分子机制，特别是Lrp2高表达细胞亚群及其调控网络 | PCOS小鼠模型及培养的卵泡膜细胞 | 空间转录组学 | 多囊卵巢综合征 | 空间转录组学、siRNA敲低、EdU掺入、流式细胞术 | NA | 空间基因表达数据、细胞增殖和细胞周期数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 124 | 2026-08-26 |
Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6
PMID:39240518
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研究论文 | 本文描述了一种从胚胎斑马鱼眼睛中可重复制备高质量单细胞悬液的方法，用于单细胞RNA测序，并在验证实验中获得了高质量数据。 | 提供了一种标准化的流程，包括细胞产量、活力和关键质量控制指标的定量评估，为其他研究者设计斑马鱼眼睛或其他组织单细胞RNA测序实验提供了实用起点。 | 未明确提及局限性，但该方法可能主要适用于斑马鱼模型，对其他物种的适用性需进一步验证。 | 建立一种可靠的胚胎斑马鱼视网膜细胞分离和制备方法，以支持单细胞RNA测序研究。 | 胚胎斑马鱼眼睛的视网膜细胞。 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 未明确样本量，涉及胚胎斑马鱼眼睛。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics v3.1系统 |
| 125 | 2026-08-26 |
Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8
PMID:39240520
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研究论文 | 本文描述了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架，并提供了细胞制备和数据分析的见解。 | 提供了一个经过验证的小鼠视网膜细胞制备实验框架，用于scRNA-seq，包括实验设计和数据分析的见解，以增强对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解。 | 未明确说明，但可能受限于小鼠模型与人类再生的差异，以及scRNA-seq技术的固有局限性。 | 通过单细胞RNA测序技术，建立评估小鼠视网膜再生的实验框架，并探究Müller胶质细胞介导的再生机制。 | 小鼠视网膜细胞，特别是Müller胶质细胞。 | 单细胞转录组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2026-08-23 |
Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments
2025, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
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研究论文 | 基于生物信息学分析和体外实验，研究少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病的关系 | 结合生物信息学分析和体外实验，首次在少突胶质细胞中验证NLRP3的高表达及其与AD的关联，并构建基于五个关键基因的诊断模型 | 研究基于公共数据集和体外实验，缺乏体内验证和临床样本验证 | 探讨少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病的潜在关联，并构建诊断模型 | 少突胶质细胞中的NLRP3及相关基因 | 生物信息学、机器学习 | 阿尔茨海默病 | 基因表达谱分析、机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM）、单细胞转录组学、RT-qPCR、免疫荧光、Western blot | LASSO回归、随机森林、支持向量机 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、实验数据 | 未明确样本数量，涉及多个公共数据集 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 127 | 2026-08-22 |
Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10
PMID:39192121
|
综述 | 本章节综述了多种转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用、重要性和实验流程 | 系统性地概述了从传统转录组技术到单细胞测序和空间转录组学的最新进展在抗病毒天然免疫领域的应用 | 未提及具体研究中的技术局限性 | 总结转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的作用和应用 | 抗病毒天然免疫相关的RNA分子 | 转录组学 | 病毒感染 | RNA-seq、单细胞测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2026-08-22 |
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410
PMID:40343206
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序发现人牙髓中的PDGF阳性间充质亚群，并通过慢病毒载体过表达PDGF-BB增强牙髓干细胞的血管生成能力，促进牙髓再生中的血管形成 | 通过单细胞RNA测序鉴定出具有增强血管生成特征的PDGF阳性牙髓干细胞亚群，并利用PDGF-BB过表达策略增强干细胞的血管生成潜力，为牙髓再生提供了新的靶向细胞选择方法 | 研究主要基于体外和动物模型，临床应用的可行性和长期效果尚需进一步验证 | 探讨通过PDGF-BB过表达增强牙髓干细胞血管生成能力，以促进牙髓再生中的血管形成 | 人牙髓干细胞（DPSCs）及其PDGF阳性亚群 | 再生医学 | 牙髓损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化、慢病毒载体介导的基因过表达、CCK-8/Edu/细胞周期/transwell实验、HUVECs共培养、大鼠肾包膜移植 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据、细胞增殖和迁移数据 | 人牙髓样本、大鼠移植模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 129 | 2026-08-21 |
Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model
2025-01-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005
PMID:39500314
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研究论文 | 本研究通过嵌合体模型，利用小胶质细胞耗竭技术，探究了小胶质细胞在神经元APOE4相关阿尔茨海默病病理中的作用 | 首次在嵌合体模型中结合小胶质细胞耗竭与人类iPSC来源神经元移植，揭示了神经元APOE4和小胶质细胞在AD病理形成中的协同作用，并通过单细胞RNA测序鉴定了APOE4相关的小胶质细胞亚型 | 研究限于小鼠模型，可能不完全反映人类AD的复杂性；未详细探讨小胶质细胞耗竭对其他细胞类型或长期效应的影响 | 阐明小胶质细胞对神经元APOE4相关AD病理的影响及其分子机制 | 携带APOE4、APOE3或APOE敲除的人类iPSC来源神经元，以及人类APOE3或APOE4敲入小鼠的小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠嵌合体模型 | 基因表达数据（单细胞转录组） | 嵌合小鼠模型（具体数量未在摘要中提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2026-08-21 |
Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590
PMID:40701368
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Sox10Dom Hirschsprung小鼠模型，揭示了Hox基因在肠神经元轨迹分配中的作用。 | 首次将Hox基因（特别是Hoxa6）表达变化与肠神经元轨迹改变相关联。 | 未提供具体局限性信息。 | 探究Sox10缺陷如何改变早期肠神经系统发育中的神经元比例。 | Sox10+/+和Sox10Dom/+小鼠胚胎的肠神经嵴衍生祖细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞。 | 单细胞测序 | Hirschsprung病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、杂交链式反应（HCR） | NA | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2026-08-21 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
|
研究论文 | 本研究探讨了CREB在实验性酒精性慢性胰腺炎小鼠模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次揭示了CREB与致癌性KrasG12D/+在慢性炎症条件下协同促进胰腺癌进展的分子机制，并通过腺泡细胞特异性敲除CREB验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人类胰腺癌中的适用性需进一步验证 | 阐明慢性酒精性胰腺炎背景下CREB与KrasG12D/+在促进胰腺癌进展中的相互作用及机制 | 多种小鼠模型，包括Ptf1aCreERTM/+、KC（LSL-KrasG12D/+）和KCC-/-（Crebfl/fl）模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质印迹、磷酸激酶阵列、定量聚合酶链反应、谱系追踪 | 基因工程小鼠模型 | 测序数据、蛋白质表达数据、基因表达数据 | 涉及多种基因型小鼠，样本量未在摘要中明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析ACP诱导的KC小鼠 |
| 132 | 2026-08-20 |
A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging
2025-01-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adn3949
PMID:39607904
|
研究论文 | 构建PanSci单细胞转录组图谱，分析小鼠衰老过程中细胞群体动态变化 | 首次整合超过2000万个细胞的单细胞转录组数据，揭示衰老相关的细胞状态和群体动态 | 未提供具体限制信息 | 阐明衰老相关的细胞群体动态变化 | 小鼠组织中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 623个小鼠组织样本，超过2000万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2026-08-20 |
Cholesterol restriction primes antiviral innate immunity via SREBP1-driven noncanonical type I IFNs
2025-01, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00346-9
PMID:39668245
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研究论文 | 本研究通过化学筛选发现他汀类药物通过SREBP1驱动非经典I型干扰素表达，增强RIG-I依赖的抗病毒先天免疫反应 | 首次揭示胆固醇限制通过SREBP1转录因子诱导非经典I型干扰素（如IFN-ω）表达，从而增强RIG-I信号通路，连接胆固醇代谢与先天免疫 | 他汀类药物对I型干扰素反应具有多效性，研究仅聚焦于RIG-I信号通路；肥胖模型显示RIG-I反应减弱，但机制未完全阐明 | 探究胆固醇代谢调控先天免疫反应的机制，特别是通过RIG-I信号通路 | RIG-I活性、小分子化合物、他汀类药物、SREBP1转录因子、I型干扰素、肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 化学筛选、单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型（正常及肥胖） | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 134 | 2026-08-12 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
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研究论文 | 本文介绍Piscis，一种基于深度学习的新颖F1分数损失估计器，用于荧光显微镜图像中的精确点检测 | 提出了一种新颖的SmoothF1损失函数，该函数近似F1分数，直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练 | 未明确提及局限性 | 开发一种全自动的深度学习算法，用于RNA FISH图像中的点检测，无需手动参数调整 | RNA FISH图像中的衍射限制斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA FISH | 深度学习模型 | 图像 | 358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | RNA FISH | NA | NA |
| 135 | 2026-08-12 |
ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis
2025-01, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241282948
PMID:39586800
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研究论文 | 首次通过单细胞RNA测序分析慢性增生性念珠菌病舌部组织，揭示其微环境变化和免疫病因学 | 首次对慢性增生性念珠菌病进行单细胞RNA测序分析，揭示成纤维细胞、T/NK细胞及免疫检查点通路在疾病中的关键作用 | 未明确提及研究局限性 | 揭示慢性增生性念珠菌病的微环境变化和免疫病因学，为治疗策略提供见解 | 慢性增生性念珠菌病患者的舌部组织 | 单细胞转录组学 | 慢性增生性念珠菌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2026-08-11 |
Single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of APOE- cells yielding pathological lymph node metastasis in papillary thyroid cancer
2025-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70172
PMID:39810624
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别出甲状腺乳头状癌中与淋巴结转移相关的APOE阴性肿瘤细胞亚群，并探讨其分子机制 | 首次揭示APOE阴性肿瘤细胞亚群通过ABCA1-LXR轴调控肿瘤增殖和侵袭，并利用机器学习模型基于单细胞数据预测淋巴结转移 | 未明确提及研究的局限性 | 探索甲状腺乳头状癌的肿瘤内异质性和转移机制，识别与淋巴结转移相关的关键细胞亚群 | 甲状腺乳头状癌组织样本中的肿瘤细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2026-08-11 |
Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease
2025-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70198
PMID:39834100
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析酒精性肝病（ALD）患者和健康供体的肝脏组织，揭示了ALD不同阶段的细胞景观，并发现ALB+KRT7+上皮细胞具有干细胞特性和恶性转化潜力 | 首次描绘了人类ALD不同阶段的肝脏单细胞图谱，鉴定出表达肝细胞和胆管标志物的ALB+KRT7+上皮细胞群，并证明其通过激活Wnt/β-catenin信号促进肿瘤生长，提出靶向Wnt信号可预防晚期肝硬化恶变 | 摘要中未明确提及局限性 | 阐明酒精性肝病的分子机制，特别是细胞异质性和恶性转化风险 | 酒精性肝病患者的肝脏组织及健康供体的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 酒精性肝病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2026-08-11 |
Disturbed shear stress promotes atherosclerosis through TRIM21-regulated MAPK6 degradation and consequent endothelial inflammation
2025-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70168
PMID:39763069
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研究论文 | 本研究揭示了 disturbed shear stress 通过 TRIM21 介导的 MAPK6 降解促进动脉粥样硬化，并阐明了 MAPK6 通过 EGR1/CXCL12 轴调节内皮炎症的机制 | 首次揭示 MAPK6 在剪切应力和斑块形成中的未知作用，并阐明其通过 TRIM21 泛素化降解和 EGR1/CXCL12 轴的调控机制 | 未明确提及研究的局限性 | 阐明 MAPK6 在 disturbed shear stress 诱导的动脉粥样硬化中的作用及其上下游机制 | 内皮细胞、ApoE-/- 小鼠和 ApoE-/-MAPK6flox/floxTEKCre 小鼠 | 分子生物学 | 动脉粥样硬化 | RNA-seq、CO-IP、蛋白质组学分析、单细胞 RNA-seq | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | 未明确提及 | RNA-seq、单细胞 RNA-seq | 未明确提及 | 未明确提及 |
| 139 | 2026-08-08 |
Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium
2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634326
PMID:39896606
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研究论文 | 本研究揭示了WNT介导的肠道上皮转化过程中，基质Pdgfra表达细胞的动态重编程及其在促进肿瘤形成中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了WNT驱动肿瘤发生早期Pdgfra成纤维细胞的动态重编程，并发现TGFB信号在其中的关键作用 | 摘要中未提供明确的局限性信息 | 探究基质Pdgfra表达细胞在WNT介导的肠道上皮转化过程中的动态变化及其对肿瘤发生的促进作用 | 小鼠模型中的Pdgfra成纤维细胞和肠道上皮细胞 | 数字病理学 | 肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的间充质细胞群体 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 140 | 2026-08-08 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2025-01, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00298-9
PMID:39548236
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术研究健康与恶性黏膜上皮中APOBEC3A和APOBEC3B的表达，发现APOBEC3A主要在终末分化细胞中表达，并且受GRHL3调控，而在鳞状细胞癌中其表达扩展到增殖细胞，提示其在分化中的作用及在肿瘤中突变活性的获得机制 | 首次揭示APOBEC3A在正常鳞状上皮中主要于终末分化细胞表达，并受GRHL3调控，在鳞癌中表达扩展至增殖细胞，提出APOBEC3A突变活性获得的新机制 | 未明确说明，可能涉及样本量或实验验证范围的限制 | 解析APOBEC3A和APOBEC3B在正常及恶性鳞状上皮中的表达模式及其调控机制，以理解其在肿瘤突变中的作用 | 健康和恶性黏膜上皮组织，包括角质形成细胞和鳞状细胞癌细胞 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学、功能实验 | NA | 单细胞基因表达数据、空间转录组数据、组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |