单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-09-03	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	探讨灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达变化及其功能扩展	聚焦灵长类特异性星形胶质细胞基因表达与调控的演化机制，关联细胞形态表型变化	NA	解析星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的功能扩展及其与神经疾病的关联	灵长类（包括人类）星形胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病）	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞技术	NA	基因表达数据	NA
122	2025-09-03	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨HBP1在急性胰腺炎和胰腺癌前病变中的双重作用机制	首次揭示HBP1在胰腺炎中具有保护作用但在KRAS突变背景下促进肿瘤进展的双重功能	主要基于小鼠模型研究，人类样本验证仍需扩展	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能作用	人类胰腺炎样本、小鼠模型和人类胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	组织样本、细胞实验数据	人类胰腺炎样本、基因工程小鼠模型和诱导过表达人类细胞
123	2025-08-31	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	提出lr-kallisto方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析	将kallisto方法适配到长读长测序技术，实现快速准确的转录本异构体定量	NA	开发适用于长读长测序数据的转录本定量工具	RNA转录本	生物信息学	NA	ONT长读长测序、外显子组捕获	kallisto算法适配	长读长测序数据	NA
124	2025-08-30	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	通过CRISPR筛选和单细胞转录组学揭示MED12作为动态调控枢纽，控制T细胞静息与激活状态转换的基因回路	首次在多个人类CD4 T细胞背景下进行CRISPR筛选，发现90%的IL-2Rα调控因子具有条件依赖性效应，并鉴定MED12作为通过组蛋白甲基化动态协调T细胞状态转换的关键因子	研究主要聚焦于IL-2Rα调控网络，可能未覆盖T细胞状态转换的全部调控机制；基于体外实验，体内验证尚需进一步研究	解析T细胞在不同状态下的动态基因调控网络，揭示细胞身份维持和环境应答的分子机制	人类原代CD4 T细胞，包括促炎效应T细胞和抗炎调节T细胞	分子生物学	免疫相关疾病	CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析	NA	基因组数据，转录组数据，蛋白质互作数据	多个人类原代CD4 T细胞背景下的CRISPR筛选样本
125	2025-08-29	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析β2KO小鼠视网膜神经节细胞的转录组变化，探讨胆碱能波对发育的影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定类型RGC转录组的细微调控，而非先前认为的广泛影响	研究仅关注出生后第一周，可能未完全捕捉长期效应；样本限于小鼠模型	探究β2尼古丁乙酰胆碱受体缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	RNA序列数据	野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞
126	2025-08-29	Toll-like receptor agonists promote the formation of tertiary lymphoid structure and improve anti-glioma immunity 2025-Jan-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae167 PMID:39188155	研究论文	本研究探讨了通过Toll样受体激动剂在胶质瘤微环境中诱导三级淋巴结构形成以增强抗肿瘤免疫的策略	首次发现TLR激动剂联合胶质瘤抗原颅内给药可成功诱导GME中TLS形成，并揭示了巨噬细胞/小胶质细胞与Th17细胞通过LTα/β-LTβR相互作用的新型诱导机制	临床研究仅为初步转化性研究，样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索将胶质瘤微环境从免疫抵抗状态转化为激活状态的治疗策略	胶质瘤小鼠模型和初步临床研究受试者	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-Seq, BCR/TCR测序, 染色分析, 抗体中和	NA	基因组测序数据, 免疫组化数据, 临床数据	胶质瘤荷瘤小鼠模型和初步临床研究样本
127	2025-08-29	Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-09, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-024-00980-x PMID:39789293	综述	本文总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用与发现	揭示了肿瘤微环境中空间依赖的细胞互作、代谢异质性分布以及三级淋巴结构的作用机制	目前仅针对透明细胞肾癌亚型进行研究，缺乏其他亚型数据	探讨空间转录组技术在肾细胞癌生物标志物开发中的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA（基于现有研究综述，未明确样本数量）
128	2025-08-11	Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170 PMID:40777001	研究论文	本研究探讨了放射性肺炎（RP）对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制，发现免疫治疗在RP背景下增强了肺癌的肝转移，并揭示了RP与免疫治疗协同加剧脂质代谢失调和氧化应激的机制	揭示了RP不仅是毒性反应，而且是肿瘤-免疫-代谢景观的主动调节者，通过解析RP-ICB-代谢轴，阐明了免疫治疗耐药的新机制	研究主要基于小鼠模型和单中心临床数据，需要在更广泛的人群中进行验证	探讨放射性肺炎对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制	小鼠RP模型和原位肺癌模型，以及多中心肺腺癌队列的临床数据	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据和临床数据	多中心肺腺癌队列的临床数据和单细胞RNA测序数据
129	2025-08-11	Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178 PMID:40777021	研究论文	本研究揭示了Themis在慢性病毒感染期间对T滤泡辅助细胞（TFH）分化的双阶段调控作用	发现Themis在慢性病毒感染早期促进TFH细胞分化，而在后期抑制其分化，揭示了其功能具有时间和上下文依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类系统中验证	阐明Themis在慢性抗原刺激下对外周CD4⁺ T细胞分化的调控机制	野生型和Themis条件性敲除小鼠中的CD4⁺ T细胞	免疫学	慢性病毒感染	流式细胞术、组织学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染模型	细胞表型数据、基因表达数据	野生型和Themis条件性敲除小鼠
130	2025-08-11	Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174 PMID:40777026	研究论文	本研究利用多组学和单细胞测序技术探索宫颈癌的免疫景观、细胞异质性和药物敏感性，重点关注肿瘤亚型及其与免疫细胞的相互作用，以理解治疗反应	通过单细胞测序鉴定出宫颈癌中不同的肿瘤上皮细胞亚型，并探索其在肿瘤进展、免疫逃逸和治疗反应中的作用，强调了肿瘤上皮细胞作为预后生物标志物和个性化治疗靶点的潜力	NA	理解宫颈癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞异质性，以优化治疗策略	宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	多组学和单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
131	2025-08-11	Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080 PMID:40777034	研究论文	探讨在全身麻醉下采集的血液样本是否可作为健康儿童免疫检测的非疾病对照	首次评估吸入麻醉诱导对儿童免疫系统组成和转录谱的即时影响，并提出此类样本作为研究健康儿童免疫反应的可行来源	研究仅针对特定麻醉组合（一氧化二氮和七氟烷）的影响，未评估其他麻醉方案或长期免疫效应	解决健康儿童年龄匹配对照样本获取的伦理和实践难题	接受择期牙科手术的麻醉儿童血液样本	免疫学研究	NA	多参数流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（10x Genomics平台）	NA	血液免疫细胞组成数据、转录组数据	未明确提及具体样本量，研究对象为择期牙科手术儿童群体
132	2025-08-11	Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1629102 PMID:40777122	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习技术，探索胶质瘤异质性并识别与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物	首次结合单细胞测序和机器学习方法构建基于分化相关基因的预后模型，并发现泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用	研究样本量有限，且仅基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索胶质瘤异质性并识别关键生物标志物和治疗靶点	胶质瘤组织和细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，RNA-seq	LASSO，SVM-RFE	转录组数据	来自GEO（GSE159416、GSE159605和GSE186057）和TCGA数据库的数据
133	2025-08-11	Dual Roles of SIRT7 Inhibition by Oroxylin A Reprogram HSCs Fate: PRMT5 Succinylation-Driven Senescence and Ecto-Calreticulin-Dependent NK Cell Immune Clearance in Liver Fibrosis 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0808 PMID:40777599	research paper	该研究揭示了Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，重编程肝星状细胞命运，从而在肝纤维化中发挥治疗作用	发现Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，触发PRMT5的琥珀酰化依赖性降解和ecto-CRT依赖的NK细胞免疫清除机制	研究中使用的酶失活突变体SIRT7 (H187Y) 仍能抑制OA促进的ecto-CRT表达，表明该机制不依赖于其去琥珀酰化活性	探究肝纤维化中肝星状细胞活化的分子机制及潜在治疗策略	肝星状细胞(HSCs)、自然杀伤细胞(NK cells)	分子生物学	肝纤维化	单细胞转录组测序、生物信息学分析、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	分子生物学实验数据、单细胞转录组数据	人类样本、动物模型和原代培养细胞
134	2025-08-11	PCLDA: An interpretable cell annotation tool for single-cell RNA-sequencing data based on simple statistical methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.019 PMID:40778314	research paper	提出了一种基于简单统计方法的可解释单细胞RNA测序数据注释工具PCLDA	PCLDA通过三个模块（基于t检验的基因筛选、PCA和LDA）结合简单统计方法，提高了注释的准确性和鲁棒性，并在跨数据集和跨平台条件下表现优异	模型保留了原始假设，可能在某些复杂情况下表现不如更复杂的机器学习方法	开发一种准确、可靠且可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PCA, LDA	基因表达数据	22个公共scRNA-seq数据集和35个不同的评估场景
135	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2025-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55611-1 PMID:39755698	研究论文	通过整合全基因组关联研究的基因组见解与成人人类大脑的单细胞转录组图谱，优先考虑了与精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症以及智力、教育和神经质显著相关的特定神经元集群	将单细胞转录组学与功能MRI连接性相结合，揭示了精神分裂症遗传风险的全脑影响，并确认了中央和外侧杏仁核、海马体和前额叶皮层在区分精神分裂症病例与对照中的重要性	NA	识别精神疾病和大脑特征的关键细胞类型和脑区，以促进有针对性的神经生物学研究	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症以及智力、教育和神经质	神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能MRI	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA
136	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2025-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55725-6 PMID:39755735	研究论文	研究发现胰岛素信号通过调控R2反转录转座子表达来维持跨世代的rDNA拷贝数	首次揭示胰岛素受体(InR)作为R2表达的主要抑制因子，并阐明其通过饮食调控影响rDNA拷贝数扩展的机制	研究主要基于果蝇模型，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	果蝇(Drosophila melanogaster)雄性生殖干细胞(GSCs)	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
137	2025-08-10	Comprehensive analysis of pyroptosis-related genes in psoriasis and targeted gene editing of CASP1 and CASP5 using lipid nanoparticles to alleviate skin inflammation 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1639869 PMID:40771724	研究论文	本文通过系统分析银屑病中与细胞焦亡相关基因的表达，构建了基于机器学习算法的风险评分模型，并利用CRISPR-Cas9技术通过脂质纳米颗粒靶向编辑CASP1和CASP5基因，以减轻皮肤炎症	首次系统研究了细胞焦亡在银屑病中的作用，并提出了基于CRISPR-Cas9基因编辑的新型治疗策略	研究主要基于公开数据集和动物模型，尚未进行临床验证	探究细胞焦亡相关基因在银屑病中的作用并开发新型治疗策略	银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病小鼠模型	数字病理学	银屑病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析	机器学习算法	基因表达数据	公开数据集和IMQ诱导的银屑病小鼠模型
138	2025-08-10	WISP1 drives esophageal squamous cell carcinoma progression via modulation of cancer-associated fibroblasts and immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586790 PMID:40771797	研究论文	本研究探讨了WISP1在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及其对肿瘤微环境、免疫抑制和耐药性的影响	首次深入研究了WISP1在ESCC中的作用机制，特别是在癌症相关成纤维细胞(CAFs)中的功能及其对肿瘤微环境的影响	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明WISP1在ESCC发病机制中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析、体外实验	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的ESCC样本数据
139	2025-08-10	Autonomic nervous system development-related signature as a novel predictive biomarker for immunotherapy in pan-cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1611890 PMID:40771813	研究论文	该研究开发了一种基于自主神经系统发育相关特征的预测模型，用于预测泛癌免疫治疗的疗效	首次提出自主神经系统发育相关特征(ANSDR.Sig)作为免疫治疗的新型预测生物标志物，并构建了基于随机森林算法的预测模型	研究结果需要在大规模临床试验中进一步验证	开发新的预测和预后生物标志物，提高免疫治疗的准确性和适用范围	泛癌患者	生物信息学	泛癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、批量RNA测序、RT-PCR、免疫组化(IHC)	随机森林(五种机器学习方法比较)	RNA测序数据	34个scRNA-Seq数据集和8个批量RNA-Seq数据集
140	2025-08-10	Machine learning analysis of ARVC informed by sodium channel protein-based interactome networks 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1611342 PMID:40771922	研究论文	本研究通过机器学习模型分析ARVC大鼠的scRNA-seq数据及其蛋白质相互作用网络，预测并验证了Kaempferol作为治疗ARVC的潜在化合物	整合机器学习建模与类器官验证，发现Kaempferol作为治疗ARVC的潜在先导化合物	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	识别治疗致心律失常性右室心肌病(ARVC)的新型化合物	ARVC大鼠模型及其蛋白质相互作用网络	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质相互作用网络分析, Western blotting, ELISA, MEA, Masson染色	机器学习模型	scRNA-seq数据, 蛋白质相互作用数据	ARVC大鼠模型