单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-03-16	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了一种名为lr-kallisto的工具，用于长读长测序数据的转录组定量分析	开发了lr-kallisto工具，将kallisto的RNA-seq定量方法适配到长读长测序技术，提高了长读长数据的定量准确性和速度	未提及具体的研究局限性	实现长读长测序数据的快速准确转录组定量	长读长测序数据	生物信息学	NA	ONT（Oxford Nanopore Technologies）	kallisto	RNA-seq数据	未提及具体样本数量
122	2025-03-16	Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology 2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317 PMID:39559817	研究论文	本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤疾病转录组空间分析的技术和用户体验概述	提供了制造商指南中未涵盖的RNA捕获优化方法和潜在陷阱，并通过具体实验示例展示了这些策略	NA	探讨数字空间分析在炎症性皮肤疾病中的应用，为其他皮肤生物学研究者提供框架	炎症性皮肤疾病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮	数字病理学	炎症性皮肤疾病	GeoMx数字空间分析	NA	转录组数据	NA
123	2024-12-15	Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01855-5 PMID:39672966	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
124	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤
125	2025-03-15	Identification of cold tumor induction-related markers in pancreatic cancer and the clinical implication of PCDH7 2025-Jan-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06095-z PMID:39856454	研究论文	本研究旨在识别与胰腺导管腺癌（PDAC）冷肿瘤免疫微环境（TIME）诱导相关的标记基因，并探讨PCDH7的临床意义	通过RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别了与PDAC冷TIME相关的六个基因，特别是PCDH7，并验证了其与CD8+ T细胞浸润的负相关性及其作为PDAC患者预后标志物的潜力	研究样本量较小，且主要基于小鼠模型，需要进一步在更大规模的人类样本中验证	识别与PDAC冷TIME诱导相关的标记基因，并探讨其临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化（IHC）	NA	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	10个来自KPC小鼠的原代PDAC培养物，人类PDAC样本
126	2025-03-15	Single-cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment characteristics between ocular adnexal mucosa-associated lymphoid lymphoma and IgG4-related ophthalmic disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508559 PMID:40078987	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了眼附属器黏膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT淋巴瘤）和IgG4相关眼病（IgG4-ROD）的细胞组成、转录异质性和免疫微环境特征	首次对眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD进行单细胞转录组测序比较分析，揭示了两种疾病的细胞组成、关键通路和免疫微环境差异	样本量较小，仅包括3例MALT淋巴瘤和3例IgG4-ROD患者	探讨MALT淋巴瘤和IgG4-ROD在细胞组成、转录异质性和免疫微环境方面的差异	眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD患者的眼眶泪腺区域组织样本	数字病理学	淋巴瘤, IgG4相关眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3例MALT淋巴瘤患者和3例IgG4-ROD患者的组织样本
127	2025-03-15	Development of a tertiary lymphoid structure-based prognostic model for breast cancer: integrating single-cell sequencing and machine learning to enhance patient outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534928 PMID:40078998	研究论文	本文开发了一种基于三级淋巴结构（TLS）的乳腺癌预后模型，结合单细胞测序和机器学习技术，以提高患者预后	通过整合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了关键的TLS相关基因，并开发了一个新的TLS预测模型，该模型在预测乳腺癌患者总体生存率方面优于传统模型	研究依赖于多个独立的乳腺癌队列数据，可能存在数据异质性问题，且样本量虽大，但未涵盖所有乳腺癌亚型	开发并验证一种基于TLS的乳腺癌预后模型，以改善患者预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自13个独立乳腺癌队列的9,551名患者
128	2025-03-15	The sentinels of coronary artery disease: heterogeneous monocytes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1428978 PMID:40079002	综述	本文探讨了冠状动脉疾病（CAD）中单核细胞的异质性，重点关注单核细胞亚群数量、比例及功能受体表达的变化及其与临床特征的相关性	提出了增强单核细胞异质性临床实用价值的策略，并概述了CAD领域未来的研究方向	NA	探讨单核细胞在冠状动脉疾病中的异质性及其临床意义	冠状动脉疾病患者中的单核细胞	NA	心血管疾病	高参数流式细胞术和单细胞测序技术	NA	NA	NA
129	2025-03-15	Analysis of single-cell and spatial transcriptomics in TNBC cell-cell interactions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521388 PMID:40079015	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在三阴性乳腺癌（TNBC）细胞间相互作用研究中的应用	强调了scRNA-seq和ST在探索TNBC异质性、细胞空间分布模式和细胞间相互作用中的应用	未提及具体的研究限制	增强对TNBC在细胞水平上的理解，以开发有效的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	NA
130	2025-03-14	Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and T-cell receptor γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes 2025-Jan-24, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae313 PMID:39133553	研究论文	本文通过单细胞RNA测序比较了CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的分子表型，揭示了不同亚型的特异性分子模式	首次使用单细胞RNA测序技术对CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤进行全面的分子特征比较	样本量较小，仅包含18个皮肤活检样本	比较CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的分子特征	CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的皮肤活检样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	18个皮肤活检样本
131	2025-03-14	Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.151 PMID:40070474	研究论文	本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利	Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析	未提及具体的技术限制或性能问题	为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	NA
132	2025-03-14	Cellular and molecular determinants mediating the dysregulated germinal center immune dynamics in systemic lupus erythematosus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530327 PMID:40070830	研究论文	本文通过空间转录组学和多路成像技术，研究了系统性红斑狼疮（SLE）患者淋巴结中的滤泡免疫景观和原位转录组特征	揭示了SLE滤泡中I型干扰素和浆细胞特征的显著增强，以及滤泡T细胞亚群受I型干扰素指纹影响的机制	研究主要依赖于空间转录组学和成像技术，可能忽略了其他潜在的分子机制	探讨SLE患者淋巴结中滤泡免疫动态的细胞和分子决定因素	系统性红斑狼疮（SLE）患者的淋巴结	免疫学	系统性红斑狼疮	空间转录组学，多路成像	NA	转录组数据，图像数据	SLE患者的淋巴结样本
133	2025-03-13	Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634791 PMID:39975330	研究论文	本文提出了一种结合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据的方法TUSV-int，用于去卷积和系统发育推断，以解析肿瘤克隆结构	TUSV-int方法通过整合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据，能够同时处理单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异，提高了克隆结构的解析能力	尽管TUSV-int在解析克隆结构方面表现出色，但单细胞DNA测序的高成本和技术挑战仍然限制了其在大规模队列中的常规使用	研究目的是开发一种能够整合多种基因组技术的方法，以更好地解析肿瘤克隆结构和突变历史	研究对象为肿瘤基因组数据，特别是单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异	基因组学	乳腺癌	批量DNA测序（DNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	整数线性规划（ILP）	DNA测序数据、RNA测序数据	NA
134	2025-03-13	Ribosome profiling and single-cell RNA sequencing identify the unfolded protein response as a key regulator of pigeon lactation 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.336 PMID:39846187	研究论文	本研究通过RNA测序、核糖体分析和单细胞转录组测序技术，揭示了未折叠蛋白反应在鸽子泌乳过程中的关键调控作用	首次结合RNA测序、核糖体分析和单细胞转录组测序技术，系统研究了鸽子泌乳过程中的基因表达变化和细胞类型，揭示了未折叠蛋白反应在泌乳中的关键作用	研究仅针对225天龄的雄性鸽子，未涉及其他年龄或雌性鸽子的泌乳过程	探究鸽子泌乳过程中的分子机制和细胞动态	225天龄未配对的非泌乳雄性鸽子（MN）和开始泌乳的雄性鸽子（ML）的嗉囊	分子生物学	NA	RNA测序, 核糖体分析, 单细胞转录组测序（scRNA-seq）, RNA荧光原位杂交（RNA FISH）	NA	RNA序列数据, 单细胞转录组数据	225天龄的雄性鸽子嗉囊样本
135	2025-03-13	Deciphering the toxic effects of polystyrene nanoparticles on erythropoiesis at single-cell resolution 2025-01-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.277 PMID:39846194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术全面评估了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的影响	首次在单细胞分辨率下揭示了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的毒性影响	研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他生物或成体	评估聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的毒性影响	斑马鱼胚胎	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，研究对象为斑马鱼胚胎
136	2025-03-13	Cross-species single-cell transcriptomics reveals neuronal similarities and heterogeneity in amniote pallium 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.102 PMID:39846196	研究论文	本研究利用单核RNA测序技术，对包括猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴在内的多种羊膜动物的脑皮层进行了跨物种比较，揭示了脑皮层神经元的转录组保守性和物种特异性差异	首次在跨物种水平上，通过单核RNA测序技术系统地比较了羊膜动物脑皮层的神经元转录组特征，揭示了抑制性神经元的保守性和兴奋性神经元的区域差异	研究涉及的物种数量有限，可能无法全面反映所有羊膜动物脑皮层的进化动态	探讨羊膜动物脑皮层的进化动态和神经元转录组特征	猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴的脑皮层神经元	生物信息学	NA	单核RNA测序	NA	RNA测序数据	超过130,000个细胞核
137	2025-03-13	Multi-omics analysis and experimental verification reveal testicular fatty acid metabolism disorder in non-obstructive azoospermia 2025-01-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.223 PMID:39846195	研究论文	本文通过多组学分析和实验验证，揭示了非梗阻性无精子症（NOA）中睾丸脂肪酸代谢紊乱的关键机制	首次通过多组学分析（包括微阵列分析、单细胞RNA测序和代谢组学）揭示了NOA中脂肪酸代谢紊乱的具体机制，并识别出PPARG作为关键转录因子	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证	探讨非梗阻性无精子症（NOA）中脂肪酸代谢紊乱的机制及其对疾病的影响	非梗阻性无精子症（NOA）患者的睾丸组织	代谢组学	男性不育症	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢组学	NA	基因表达数据、代谢物数据	公共数据库中的NOA患者数据
138	2025-03-13	Lung Endothelial Cell Heterogeneity in Health and Pulmonary Vascular Disease 2025-Jan-08, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00296.2024 PMID:39772753	综述	本文探讨了肺内皮细胞（ECs）在健康和肺血管疾病中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的视角	利用scRNA-seq技术揭示了肺内皮细胞的异质性，识别了新的细胞类型如aerocytes和一般毛细血管ECs，并发现了与肺动脉高压（PH）发病机制相关的新途径和机制	NA	探讨肺内皮细胞异质性在肺血管疾病中的作用，特别是肺动脉高压（PH）的发病机制	肺内皮细胞（ECs）	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
139	2025-03-13	The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oral health IF:3.0Q1 DOI:10.3389/froh.2025.1554739 PMID:40065838	研究论文	本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素	首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因	研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证	研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	机器学习	转录组数据	TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据
140	2025-03-13	Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2025.2472002 PMID:40066175	研究论文	本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用	开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性	虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性	通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性	单细胞转录组数据	网络医学	NA	单细胞转录组测序	scNET	单细胞基因表达数据	覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接