单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-01-26	The role of MRO as an M2 macrophage-associated gene in non-small cell lung cancer: insights into immune infiltration, prognostic significance, and therapeutic implications 2025-Jan-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01817-8 PMID:39838218	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞相关基因MRO在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用，重点关注免疫浸润、预后意义和治疗潜力	首次系统性地研究了MRO基因在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞的关联，并评估了其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA数据库的样本，缺乏外部验证队列，且未进行实验验证	探讨MRO基因在非小细胞肺癌中的免疫浸润、预后意义和治疗潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）样本，包括肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	CIBERSORT算法、单细胞RNA测序、ESTIMATE算法、TIDE和Submap分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的NSCLC样本
1342	2025-01-26	Novel Integration of Spatial and Single-Cell Omics Data Sets Enables Deeper Insights into IPF Pathogenesis 2025-Jan-13, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13010003 PMID:39846634	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，深入研究了特发性肺纤维化（IPF）的发病机制，并识别了与疾病相关的细胞类型和潜在治疗靶点	创新性地整合了空间转录组学、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，提供了对IPF发病机制的更深入理解，并验证了方法的通用性	研究主要基于已发表的数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	研究目标是识别与IPF发病机制相关的细胞类型和潜在治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微切割质谱	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	基于已发表的数据集，具体样本数量未明确
1343	2025-01-26	A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1186 PMID:39675380	研究论文	本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）试剂盒，并引入了一个新的度量标准——读取利用率，以区分不同试剂盒的性能	引入了读取利用率这一新度量标准，用于评估scRNA-seq试剂盒将测序读取转化为可用计数的效率	研究仅使用了来自单一供体的外周血单核细胞（PBMCs），可能限制了结果的普适性	评估和比较商业化的单细胞RNA测序技术，以促进单细胞研究的有效实施	九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	169,262个细胞
1344	2025-01-25	Novel photocrosslinking chemical probes utilized for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Jan-20, RSC chemical biology IF:4.2Q2 DOI:10.1039/d4cb00262h PMID:39845105	研究论文	本文介绍了一种名为CrossSeq的新技术，利用光交联荧光探针和共聚焦显微镜激活，在固定细胞上标记用户定义的感兴趣区域，用于多重空间转录组分析	开发了CrossSeq技术，结合光交联荧光探针和共聚焦显微镜，提高了空间转录组分析的分辨率和多重性	目前的技术在标记的空间分辨率、可测序的RNA数量以及在同一组织景观中分离空间上不同的细胞方面仍存在限制	解决现有空间转录组分析技术在空间分辨率和多重性方面的限制	固定细胞和MDA-MB-231-LM2转移性癌症迁移模型	空间转录组学	癌症	光交联荧光探针、共聚焦显微镜、流式细胞术	NA	RNA表达数据	NA
1345	2025-01-25	Bulk and single-cell transcriptome revealed the metabolic heterogeneity in human glioma 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41241 PMID:39844970	研究论文	本文通过整合分析多个数据集，揭示了人类胶质瘤中的代谢异质性，并开发了一种基于四种关键代谢途径的分类系统	开发了一种新的胶质瘤分类系统，揭示了代谢异质性，并提供了单细胞转录组数据的新见解	未明确说明样本的具体数量及来源	揭示胶质瘤的代谢异质性，开发基于代谢途径的分类系统	人类胶质瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组分析、空间转录组分析	ConsensusClusterPlus、CellChat、stLearn	转录组数据	未明确说明
1346	2025-01-25	Clinical and immunological outcomes after randomized trial of baked milk oral immunotherapy for milk allergy 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184301 PMID:39782691	研究论文	本研究评估了烘焙牛奶口服免疫疗法（BMOIT）在牛奶过敏儿童中的安全性和有效性，并探讨了其免疫学相关变化	首次通过随机试验评估BMOIT在减少不良反应的同时诱导脱敏的效果，并识别了成功的BMOIT的免疫学相关性	样本量较小（30名儿童），且研究仅针对3-18岁的牛奶过敏儿童	确定BMOIT是否能减少不良反应并诱导脱敏，并识别成功的BMOIT的免疫学相关性	3-18岁的牛奶过敏儿童	免疫学	牛奶过敏	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	免疫学数据、临床数据	30名3-18岁的牛奶过敏儿童
1347	2025-01-25	Targeting the NLRP3 inflammasome abrogates cardiotoxicity of immune checkpoint blockers 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010127 PMID:39773567	研究论文	本研究探讨了通过抑制NLRP3炎性小体来减轻免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心脏毒性，并保持或增强其抗肿瘤免疫效果	首次提出通过抑制NLRP3炎性小体来同时减轻心脏毒性和增强抗肿瘤免疫效果，为临床治疗提供了新策略	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	寻找有效减轻心脏毒性并保持或增强抗肿瘤免疫效果的方法	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠	免疫治疗	心血管疾病	MCC950抑制NLRP3炎性小体活性，超声心动图，免疫荧光，流式细胞术，逆转录定量PCR，RNA测序	NA	RNA测序数据，免疫细胞数据，炎症因子数据	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠
1348	2025-01-25	Altered Atlas of Exercise-Responsive MicroRNAs Revealing miR-29a-3p Attacks Armored and Cold Tumors and Boosts Anti-B7-H3 Therapy 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0590 PMID:39845707	研究论文	本研究揭示了运动响应性microRNA miR-29a-3p在乳腺癌及多种癌症中的肿瘤抑制作用，并开发了基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	首次发现miR-29a-3p作为运动响应性microRNA，通过抑制B7-H3表达攻击装甲和冷肿瘤，并开发了基于miR-29a-3p的脂质体疗法	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索运动响应性microRNA在癌症中的作用机制，并开发基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	乳腺癌及多种癌症类型	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	RNA测序数据、细胞实验数据	多个独立公共和内部队列、体外实验涉及多种细胞类型、小鼠模型
1349	2025-01-24	Inhibition of programmed cell death by melanoma cell subpopulations reveals mechanisms of melanoma metastasis and potential therapeutic targets 2025-Jan-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01789-9 PMID:39832036	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了黑色素瘤转移的特定机制，并探讨了程序性细胞死亡在黑色素瘤发展中的作用	通过单细胞测序技术细分黑色素瘤细胞亚群，揭示了C0 SOD3+黑色素瘤细胞亚群与氧化途径在转移性肿瘤组织中的密切关系，并构建了与黑色素瘤预后相关的预测模型	研究中未提及样本量，可能影响结果的普遍性	探讨黑色素瘤转移的机制及潜在治疗靶点	黑色素瘤细胞亚群	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	预测模型	基因表达数据	NA
1350	2025-01-24	Revolutionizing ESCC prognosis: the efficiency of tumor-infiltrating immune cells (TIIC) signature score 2025-Jan-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01709-3 PMID:39833504	研究论文	本文开发了一种基于肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）特征评分的模型，用于预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后	首次开发了TIIC特征评分模型，为ESCC的预后和免疫治疗提供了新的策略和指导	NA	评估TIIC特征评分在ESCC预后中的有效性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	转录组数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	转录组数据、单细胞RNA测序数据	从GEO和TCGA数据库中提取的ESCC样本
1351	2025-01-24	Integrative single-cell and multi-omics analyses reveal ferroptosis-associated gene expression and immune microenvironment heterogeneity in gastric cancer 2025-Jan-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01798-8 PMID:39831925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了胃癌中铁死亡相关基因表达和免疫微环境异质性	首次在胃癌中系统性地研究了铁死亡相关基因的表达及其与免疫微环境的关联，并利用机器学习算法构建了高预测准确性的模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胃癌中铁死亡相关基因的表达及其在肿瘤微环境中的作用	胃癌细胞及其微环境中的免疫细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、ssGSEA分析、机器学习算法	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及样本数量
1352	2025-01-24	Differential impact of TIM-3 ligands on NK cell function 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010618 PMID:39773563	研究论文	本研究探讨了TIM-3配体对自然杀伤（NK）细胞功能的不同影响，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中的应用	揭示了TIM-3配体对NK细胞功能的复杂影响，特别是galectin-9在TIM-3和CD44信号传导中的作用，并提出了针对TIM-3的免疫治疗策略的局限性	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，未涉及大规模临床试验验证	评估TIM-3+ NK细胞在HNSCC患者中的普遍性和功能，确定四种TIM-3配体对TIM-3+ NK细胞功能的不同影响，并评估靶向配体介导的TIM-3信号传导是否能增强NK细胞的效应功能	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中的TIM-3+ NK细胞	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外杀伤实验、增殖实验、细胞因子产生实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	HNSCC患者的肿瘤和血液样本
1353	2025-01-24	Chemotherapy-induced cellular senescence promotes stemness of aggressive B-cell non-Hodgkin's lymphoma via CCR7/ARHGAP18/IKBα signaling activation 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009356 PMID:39773566	研究论文	本研究探讨了化疗诱导的细胞衰老如何通过CCR7/ARHGAP18/IKBα信号通路促进侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤的干细胞特性	首次发现CCR7在化疗诱导的衰老B细胞非霍奇金淋巴瘤中的关键作用，并揭示了其通过ARHGAP18/IKBα信号通路促进干细胞特性的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨化疗诱导的细胞衰老如何影响B细胞非霍奇金淋巴瘤的干细胞特性和耐药性	侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤细胞	癌症研究	B细胞非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、免疫荧光、Western blot、共免疫沉淀、细胞增殖检测、衰老相关β-半乳糖苷酶染色、集落和球体形成实验、Transwell实验	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
1354	2025-01-24	Disruption of tumor-intrinsic PGAM5 increases anti-PD-1 efficacy through the CCL2 signaling pathway 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009993 PMID:39773565	研究论文	本研究探讨了肿瘤内源性PGAM5通过CCL2信号通路对免疫治疗效果的调控作用	揭示了肿瘤内源性PGAM5通过调控线粒体动力学影响肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的极化，进而影响免疫治疗效果的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索肿瘤内源性PGAM5对肿瘤微环境中免疫细胞的影响，并评估其作为肝细胞癌（HCC）免疫治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫共沉淀、ELISA、质谱分析	小鼠皮下和原位HCC模型	基因表达数据、蛋白质组学数据	基于GEO和TCGA-LIHC数据集的分析，以及两个独立队列的肿瘤组织阵列
1355	2025-01-24	Comprehensive Analysis of Programmed Cell Death-Related Genes in Diagnosis and Synovitis During Osteoarthritis Development: Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491203 PMID:39839184	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎（OA）发展和滑膜炎中的诊断作用	首次系统探讨了程序性细胞死亡（PCD）相关基因与OA滑膜炎的关系，并构建了基于Hub PCD-DEGs的诊断模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	探讨PCD相关基因在OA滑膜炎中的作用及其作为诊断标志物或治疗靶点的潜力	OA患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	RNA测序，qRT-PCR	机器学习算法，诊断模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的OA滑膜样本
1356	2025-01-24	Analysis and Validation of Autophagy-Related Gene Biomarkers and Immune Cell Infiltration Characteristic in Bronchopulmonary Dysplasia by Integrating Bioinformatics and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S495132 PMID:39839185	研究论文	本文通过整合生物信息学和机器学习方法，分析和验证了支气管肺发育不良（BPD）中自噬相关基因（ARGs）的生物标志物及免疫细胞浸润特征	首次结合生物信息学和机器学习算法筛选并验证了BPD中的关键基因，并建立了预测BPD风险的列线图模型	研究主要依赖于公开的基因表达数据，实验验证仅限于高氧大鼠模型，未涉及人类样本	筛选和验证BPD中的特征基因，探索其作为治疗靶点的潜力	支气管肺发育不良（BPD）	生物信息学	肺发育不良	基因表达分析、单细胞测序、免疫组化	Lasso、MCC、Degree、MCODE	基因表达数据	GSE8586数据集中的样本及高氧大鼠模型
1357	2025-01-23	Mechanistic study of the regulation of mitochondrial function by the GPNMB/Nrf2/NF-κB signaling pathway mediated by Quzhi Tang to alleviate chondrocyte senescence 2025-Jan-31, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2024.119165 PMID:39617085	研究论文	本研究探讨了祛脂汤（QZT）通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路来修复线粒体损伤和改善软骨细胞衰老的机制	首次结合单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学和免疫学方法，揭示了GPNMB在软骨细胞衰老中的关键作用，并阐明了QZT通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨祛脂汤（QZT）在治疗膝骨关节炎（KOA）中的潜在药物机制，特别是其对软骨细胞衰老的调节作用	小鼠软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学、免疫学方法	NA	转录组数据、组织病理学数据	小鼠软骨组织
1358	2025-01-23	The Expression of the LDLR, LDLRAP1, and PCSK9 Genes has Prognostic Significance in Triple-negative Breast Cancer 2025-Jan-20, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291217241219055416 PMID:39838687	研究论文	本研究探讨了胆固醇摄取基因在预测乳腺癌患者生存率中的预后意义	首次系统评估了胆固醇摄取基因在不同乳腺癌亚型中的表达差异及其预后意义	未对HER2阳性亚型的预后预测基因进行深入分析	确定胆固醇摄取基因在乳腺癌患者总体生存率中的预后意义，并评估这种意义在不同乳腺癌亚型中的差异	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	mRNA测序	DESeq2, Fisher's test	mRNA测序数据	来自癌症基因组图谱（TCGA）门户的肿瘤样本
1359	2025-01-23	TLR7/8/9 agonists and low-dose cisplatin synergistically promotes tertiary lymphatic structure formation and antitumor immunity 2025-Jan-19, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-024-01055-z PMID:39827246	研究论文	本文探讨了一种新型组合疗法，通过低剂量局部顺铂与TLR7/8/9激动剂（CR108）联合使用，促进三级淋巴结构形成并增强抗肿瘤免疫反应	创新点在于结合低剂量顺铂和CR108，显著增强抗肿瘤反应，促进三级淋巴结构形成，并揭示其作为功能性抗肿瘤效应T细胞库的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究目的是开发一种新型组合疗法，以增强原位疫苗接种的抗肿瘤效果	研究对象为小鼠模型中的4T1和B16肿瘤	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序分析	NA	NA	小鼠模型中的4T1和B16肿瘤
1360	2025-01-23	Analysis of cellular NO-GC expression in the murine heart and lineage determination in angiotensin II-induced fibrosis 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111615 PMID:39829679	研究论文	本文研究了NO敏感鸟苷酸环化酶（NO-GC）在健康和纤维化小鼠心肌中的细胞表达，并探讨了其在心脏纤维化中的作用	首次描述了NO-GC在健康和纤维化心肌中的细胞表达模式，并揭示了其在心脏纤维化中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中进行验证	探讨NO-GC在不同心脏细胞类型中的表达及其在心脏纤维化中的作用	小鼠心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠心肌组织样本