单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1321	2025-01-31	The Progression of Mycosis Fungoides During Treatment with Mogamulizumab: A BIO-MUSE Case Study of the Tumor and Immune Response in Peripheral Blood and Tissue 2025-Jan-14, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010186 PMID:39857770	研究论文	本文通过BIO-MUSE试验的一个案例研究，探讨了在Mogamulizumab治疗期间蕈样肉芽肿（MF）的进展，并揭示了疾病进展相关的独特分子特征	结合组织和血液的多组学分析，揭示了疾病进展的分子机制，并提出了恶性克隆和免疫反应共同研究的策略	研究仅基于一个患者的案例，样本量有限，可能无法推广到所有MF患者	探索蕈样肉芽肿（MF）在治疗期间的进展机制，以改善患者预后和精准医学的发展	一名蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	蕈样肉芽肿	10×基因组学单细胞RNA测序、T细胞受体测序、GeoMx数字空间分析	NA	RNA测序数据、空间分析数据	一名患者的多个时间点的血液和组织样本
1322	2025-01-31	Debiasing Sinkhorn divergence in optimal transport of cellular dynamics 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632566 PMID:39868085	研究论文	本文通过最优传输算法分析单细胞RNA-seq数据，探讨细胞分化、谱系决定和重编程的发育机制，并利用Sinkhorn散度平衡算法偏差	提出使用Sinkhorn散度来平衡最优传输算法中的熵正则化偏差，从而改善细胞动态轨迹的预测	Sinkhorn散度的有效性依赖于时间点的稀疏性，对于某些特定细胞类型或时间点稀疏的情况，其优势不明显	研究单细胞RNA-seq数据中细胞动态的最优传输问题，并优化其预测准确性	小鼠胚胎成纤维细胞和表皮形态发生的单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq分析	最优传输算法	单细胞RNA-seq数据	涉及小鼠胚胎成纤维细胞和表皮形态发生的单细胞数据，具体样本规模未明确说明
1323	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Robust Glial Cell Transcriptional Changes in Methamphetamine-Administered Mice 2025-Jan-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020649 PMID:39859365	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了甲基苯丙胺对小鼠胶质细胞转录组的深远影响	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析甲基苯丙胺对小鼠皮质区域胶质细胞转录组的影响，揭示了多个关键通路和转录因子的显著失调	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未探讨这些转录变化对神经功能的直接影响	探讨甲基苯丙胺如何破坏胶质细胞功能，并参与神经发育和神经退行性过程	小鼠皮质区域的胶质细胞	生物信息学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4000个胶质细胞相关基因的转录组数据
1324	2025-01-28	Identifying MTHFD1 and LGALS4 as Potential Therapeutic Targets in Prostate Cancer Through Multi-Omics Mendelian Randomization Analysis 2025-Jan-13, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010185 PMID:39857769	研究论文	本研究通过多组学孟德尔随机化分析，识别出MTHFD1和LGALS4作为前列腺癌的潜在治疗靶点	首次通过整合eQTL和pQTL数据，结合多种MR分析方法，识别出MTHFD1和LGALS4作为前列腺癌的潜在治疗靶点，并在多组学水平上提供了证据	需要未来的实验来评估这些候选蛋白的实用性和有效性	改善前列腺癌的诊断和治疗前景，通过药物靶点筛选	前列腺癌	生物信息学	前列腺癌	eQTL分析, pQTL分析, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据	eQTLGen Consortium, UK Biobank Proteome Plasma Proteins (UKB-PPP), deCODE health datasets, TCGA, GSE176031数据集
1325	2025-01-28	Exploring RNA-Seq Data Analysis Through Visualization Techniques and Tools: A Systematic Review of Opportunities and Limitations for Clinical Applications 2025-Jan-12, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010056 PMID:39851330	综述	本文系统回顾了RNA测序数据分析中的可视化技术和工具，探讨了其在临床应用中的机会和限制	提供了RNA-seq数据可视化技术和工具的全面概述，特别是针对不同类型RNA-seq数据的可视化方法	仅包括2017年至2024年间发表的英文全文研究，可能遗漏了其他语言或更早期的重要研究	探讨RNA-seq数据可视化技术在临床推理中的应用及其潜力	RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	126项研究，其中33项符合纳入标准
1326	2025-01-28	Identification of Downregulated MECR Gene in Parkinson's Disease Through Integrated Transcriptomic Analysis and Validation 2025-Jan-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020550 PMID:39859268	研究论文	本研究通过整合转录组分析，识别了与帕金森病相关的脂质代谢基因，并验证了MECR基因的下调	首次整合微阵列和单细胞RNA测序数据，识别并验证了MECR基因在帕金森病中的下调，并探索了其潜在的治疗途径	研究结果需要进一步的实验验证和临床研究来确认其治疗潜力	识别与帕金森病相关的脂质代谢基因，并探索其治疗潜力	帕金森病患者和健康对照的转录组数据	生物信息学	帕金森病	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习算法	转录组数据	帕金森病患者和健康对照的样本
1327	2025-01-31	Ex Vivo Regional Gene Therapy Compared to Recombinant BMP-2 for the Treatment of Critical-Size Bone Defects: An In Vivo Single-Cell RNA-Sequencing Study 2025-Jan-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010029 PMID:39851303	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了区域基因治疗与重组BMP-2在治疗临界大小骨缺损中的效果	首次使用单细胞RNA测序技术分析了区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的细胞和转录机制差异	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	比较区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的效果及其机制	六只大鼠的临界大小股骨缺损	数字病理	骨缺损	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	六只大鼠，每组2393个过滤细胞
1328	2025-01-31	The Prognostic Significance of TRs in Hepatocellular Carcinoma: Insights from TCGA and GEO Databases 2025, Biomarker insights IF:3.4Q2 DOI:10.1177/11772719251315321 PMID:39866810	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验研究，探讨了甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	首次结合TCGA和GEO数据库，通过Kaplan-Meier分析、Cox回归和逻辑回归分析，发现THRB低表达与HCC患者总体生存率降低显著相关，并通过功能实验验证了THRB在抑制HCC细胞增殖和迁移中的作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且实验部分未详细说明样本来源和数量	探讨甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	Kaplan-Meier分析、Cox回归分析、逻辑回归分析、伤口愈合实验、CCK-8实验、Transwell迁移实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
1329	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Cellular Heterogeneity from Deep Fascia in Necrotizing Fasciitis Patients 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496650 PMID:39867946	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性	首次报道了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性，并发现了与抗感染相关的关键细胞亚群和蛋白质	样本量较小（NF组3例，对照组4例），可能需要更大规模的研究来验证结果	研究坏死性筋膜炎患者深筋膜中细胞的变化及其在抗感染中的作用	坏死性筋膜炎患者和健康志愿者的深筋膜样本	数字病理学	坏死性筋膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重染色、多光谱成像和免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	NF组3例，对照组4例
1330	2025-01-28	Single-cell transcriptomics identifies the common perturbations of monocyte/macrophage lineage cells in inflammaging of bone marrow 2025-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.09.013 PMID:39868348	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，识别了骨髓炎症衰老中单核/巨噬细胞系的共同扰动	首次在多种衰老和炎症小鼠模型中，通过scRNA-Seq技术揭示了单核/巨噬细胞系通过App-Cd74轴激活的共同病理途径	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探讨骨髓炎症衰老中是否存在共同的病理途径	骨髓中的单核/巨噬细胞系	生物信息学	老年病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	多种小鼠模型（TERCko/ko、5×FAD、Dmp1 Cre -DTA ki/wt、高脂饮食喂养小鼠、腰椎5神经压迫小鼠）
1331	2025-01-31	Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage 2025-Jan, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70041 PMID:39868438	研究论文	本研究探讨了骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）通过细胞外囊泡（EVs）增强小胶质细胞吞噬能力，促进脑出血后血肿清除的机制	揭示了BMDMs通过EVs传递ARG1增强小胶质细胞吞噬能力的新机制，为脑出血治疗提供了新的治疗靶点	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证	研究脑出血后小胶质细胞吞噬能力的调控机制	骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和小胶质细胞	生物医学	脑出血	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、RNA测序数据	NA
1332	2025-01-31	Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70377 PMID:39868675	研究论文	本文结合机器学习和单细胞RNA测序技术探索了胶质瘤肿瘤微环境，并通过全基因组关联研究和孟德尔随机化方法发现了影响癌症和心血管疾病结果的TME元素相关遗传变异	利用机器学习技术分析高维数据，获得新的分子亚型和生物标志物，揭示了TME中的潜在血管生成和免疫原性特征，为精准肿瘤学治疗提供信息	NA	探索胶质瘤肿瘤微环境，识别影响癌症和心血管疾病结果的遗传变异，并发现新的分子亚型和生物标志物	胶质瘤肿瘤微环境（TME）	机器学习	胶质瘤, 心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 全基因组关联研究（GWAS）, 孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	NA
1333	2025-01-31	Identifying Key Biomarkers Related to Immune Response in the Progression of Diabetic Kidney Disease: Mendelian Randomization Combined With Comprehensive Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482047 PMID:39871959	研究论文	本研究通过孟德尔随机化结合转录组学和单细胞测序分析，识别了与糖尿病肾病（DKD）进展相关的关键免疫反应生物标志物	结合孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序分析，识别了与DKD进展相关的关键基因，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需进一步在人类样本中验证	识别DKD发病和进展中的关键基因，并探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病肾病（DKD）患者和小鼠模型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化、转录组学分析、单细胞测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据、单细胞数据	DKD小鼠模型
1334	2025-01-31	Tumour heterogeneity and personalized treatment screening based on single-cell transcriptomics 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.12.020 PMID:39877290	研究论文	本文基于单细胞转录组学数据，研究了肿瘤异质性及其对个性化治疗的影响	通过整合多种生物信息学分析，构建了多种癌症的肿瘤细胞异质性蓝图，并识别了肿瘤细胞亚群特异性生物标志物和潜在治疗药物	研究仅基于五种癌症的单细胞转录组数据集，样本类型和数量有限	探索肿瘤细胞异质性在单细胞水平上的生物学差异，并为个性化治疗提供新的见解	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌和肝癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	五种癌症的单细胞转录组数据集
1335	2025-01-30	MAIT Cell-Mediated Immune Mechanisms of Dialysis-Induced Peritoneal Fibrosis and Therapeutic Targeting 2025-Jan-28, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000627 PMID:39874111	研究论文	本研究探讨了MAIT细胞在长期腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的免疫机制及治疗靶点	首次揭示了MAIT细胞通过MR1受体与间皮细胞相互作用，激活mTORC1信号通路，促进腹膜纤维化的机制，并提出了通过阻断MR1-MAIT相互作用来治疗纤维化的新策略	研究主要基于体外模型和Mr1基因敲除小鼠，尚未在人体临床试验中验证其治疗效果	探讨MAIT细胞在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	长期接受腹膜透析的患者及Mr1基因敲除小鼠	免疫学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	长期腹膜透析患者及Mr1基因敲除小鼠
1336	2025-01-28	COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632570 PMID:39868220	研究论文	本文介绍了COSIME，一种用于多组学数据集成和可解释性模型解释的新方法	COSIME通过可学习的最优传输（LOT）的反向传播和蒙特卡洛采样，实现了多视图数据的集成和特征关系的解释	NA	解决多组学数据集成和特征关系解释的瓶颈问题	单细胞转录组学、单细胞空间转录组学、表观基因组学和代谢组学数据	机器学习	阿尔茨海默病	可学习的最优传输（LOT）、蒙特卡洛采样	深度神经网络	多组学数据	模拟数据和真实世界数据集
1337	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
1338	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
1339	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
1340	2025-01-26	Epigenomics-guided precision oncology: Chromatin variants in prostate tumor evolution 2025-Jan-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35327 PMID:39853587	review	本文探讨了表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，特别是染色质变异如何促进肿瘤进化和治疗抵抗	提出了染色质变异作为表观基因组异质性的基本单位，并探讨了其在指导精准肿瘤学新时代中的潜力	主要基于现有研究的综述，缺乏新的实验数据支持	探索表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，以改善患者治疗效果	前列腺癌细胞中的染色质变异	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序和液体活检表观基因组分析	NA	表观基因组数据	NA