单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1323 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2025-01-03 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中，MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用 | 研究样本量有限，且仅针对右心室游离壁组织，可能无法全面反映心脏其他部位的情况 | 研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制 | 健康供体、在特征性凝血异常（CAC）高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 61,187个细胞，包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 |
| 1242 | 2025-01-03 |
Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1
PMID:39745633
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法，用于从推断的杂合性缺失（LOH）事件重建细胞谱系 | 使用单细胞RNA测序数据，结合贝叶斯方法重建细胞谱系，并标注细胞表型和发育时间点 | 该方法目前仅应用于特定小鼠模型，尚未广泛验证 | 研究细胞谱系重建方法，以了解细胞发育历史 | Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠 |
| 1243 | 2025-01-03 |
Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5
PMID:39745637
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研究论文 | 本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议 | iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记，与单细胞和空间转录组学兼容，用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态 | NA | 研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系 | 人类大脑类器官 | 生物医学工程 | NA | iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | NA |
| 1244 | 2025-01-03 |
Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6
PMID:39745638
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法 | 与传统基于稀疏荧光标记的方法相比，使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量，并且使用的老鼠数量减少了10倍以上 | NA | 开发一种高吞吐量的克隆追踪方法，用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系 | 小鼠大脑中的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2周大的小鼠脑组织 |
| 1245 | 2025-01-03 |
LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12
PMID:39745644
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析 | LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析，能够重建生物体范围内的单细胞谱系树 | NA | 理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源 | 单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数千个单细胞 |
| 1246 | 2025-01-03 |
Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11
PMID:39745643
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace，用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记，并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列 | ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析，能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记，并实现克隆追踪和谱系树重建 | 该方法目前仅应用于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中进行验证 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | 遗传学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR | NA | DNA序列, 转录组数据 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 |
| 1247 | 2025-01-03 |
Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15
PMID:39745647
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研究论文 | 本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪 | 结合了累积CRISPR-Cas9编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，实现了单细胞分辨率的谱系追踪 | 研究仅限于斑马鱼大脑发育，未涉及其他生物或组织 | 开发一种可扩展的细胞谱系追踪方法，以研究细胞关系 | 斑马鱼大脑发育过程中的细胞 | 单细胞测序 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 数千个斑马鱼大脑细胞 |
| 1248 | 2025-01-03 |
GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19
PMID:39745651
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系 | GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系，无需依赖遗传标记或物理细胞分离，极大地简化并扩展了谱系注释 | NA | 开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 1249 | 2024-12-30 |
Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes
2025-Jan, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13216
PMID:39625901
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研究论文 | 本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法，用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究 | 开发了一种新的两阶段酶解步骤，结合碎片去除和活细胞富集，从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液 | 该方法主要针对小鼠尾皮，可能不适用于其他类型的皮肤组织 | 研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析 | 小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞 | 单细胞测序 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 1250 | 2024-12-29 |
CXC chemokine receptor 4 - mediated immune modulation and tumor microenvironment heterogeneity in gastric cancer: Utilizing multi-omics approaches to identify potential therapeutic targets
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2130
PMID:39431668
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性 | 首次全面揭示了CXCR4在胃癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其与T细胞耗竭的关系 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性，寻找潜在治疗靶点 | 胃癌细胞系AGS和SNU-1 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、ELISA、PCR、CCK8实验、细胞划痕实验、集落形成实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 两种胃癌细胞系（AGS和SNU-1） |
| 1251 | 2024-12-29 |
Construction of mitochondrial quality regulation genes-related prognostic model based on bulk-RNA-seq analysis in multiple myeloma
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2135
PMID:39446019
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研究论文 | 本文基于批量RNA测序分析，构建了与线粒体质量调控基因相关的多发性骨髓瘤预后模型 | 开发了一个与线粒体质量调控基因相关的预后模型，并利用多种生物信息学工具进行综合分析 | NA | 构建多发性骨髓瘤患者的线粒体质量调控基因相关预后模型 | 多发性骨髓瘤患者 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、突变分析、免疫浸润分析 | RiskScore模型 | RNA测序数据、突变数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1252 | 2024-12-29 |
Navigating the immune landscape with plasma cells: A pan-cancer signature for precision immunotherapy
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2142
PMID:39495620
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研究论文 | 本研究通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig，能够显著预测患者对免疫治疗的反应 | 发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig，并通过机器学习算法验证了其在预测免疫治疗反应中的优越性 | 未提及具体的研究局限性 | 提高对肿瘤微环境中内在和外在免疫景观的理解，并为更精确的生物标志物引导的免疫治疗方法铺平道路 | 癌症患者 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 多个队列的癌症患者 |
| 1253 | 2024-12-28 |
YAP Overcomes Mechanical Barriers to Induce Mitotic Rounding and Adult Cardiomyocyte Division
2025-Jan-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了YAP5SA如何克服机械障碍，诱导成年心肌细胞的有丝分裂圆化和分裂 | 揭示了YAP5SA通过克服心肌微环境的机械约束，诱导心肌细胞有丝分裂圆化和分裂的新机制 | 研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨成年哺乳动物心肌细胞如何重新进入细胞周期 | 成年哺乳动物心肌细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、标记基因分析、功能研究 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1254 | 2024-12-28 |
Histopathologic Analysis of Human Kidney Spatial Transcriptomics Data: Toward Precision Pathology
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.011
PMID:39097165
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学（ST）技术在人类肾脏样本中的应用，旨在通过形态学方法解释ST数据，提高对慢性肾脏病病变现象的理解 | 提出了基于形态学的ST数据分析方法，能够更准确地解释肾脏病变的细胞和分子机制 | 研究仅基于人类肾脏样本，未涉及其他组织或疾病模型 | 通过空间转录组学技术，提高对慢性肾脏病病变现象的理解，推动精准病理学的发展 | 人类肾脏样本 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学（ST） | NA | 空间转录组数据 | 人类肾脏样本 |
| 1255 | 2024-12-28 |
The contribution of the novel CLTC-VMP1 fusion gene to autophagy regulation and energy metabolism in cisplatin-resistant osteosarcoma
2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00302.2024
PMID:39466176
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研究论文 | 本研究探讨了CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用及其通过调节自噬和凋亡平衡介导能量代谢重编程的分子机制 | 首次发现CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤细胞的异质性 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床样本中进行验证 | 探索CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用 | 骨肉瘤细胞系和小鼠模型 | 分子生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组分析、慢病毒载体 | NA | 转录组数据 | 人类骨肉瘤细胞系和小鼠模型 |
| 1256 | 2024-12-26 |
Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics
2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-024-00768-2
PMID:39169166
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学和空间转录组学在细胞身份和组织结构分析中的最新进展、挑战和前景 | 讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组数据分析中的应用，并展望了这些技术在生物研究和临床转化中的未来 | 未具体提及研究的局限性 | 探讨单细胞和空间转录组学在细胞状态和多细胞邻域识别与表征中的应用 | 健康与疾病组织中的细胞多样性和基因表达动态 | 生物信息学 | 肿瘤生物学 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 深度学习、基础模型 | 转录组数据 | 数百至数百万个细胞的靶向转录组和全转录组数据 |
| 1257 | 2024-12-26 |
Trem2/Tyrobp Signaling Protects Against Aortic Dissection and Rupture by Inhibiting Macrophage Activation in Mice
2025-Jan, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321429
PMID:39508103
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研究论文 | 本研究探讨了Trem2/Tyrobp信号通路在小鼠主动脉夹层（AD）发展中的作用，发现其通过抑制巨噬细胞激活来保护主动脉免受夹层和破裂 | 首次揭示了Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层中的保护作用，并提出了通过增强该信号通路来预防和治疗主动脉夹层的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步研究Trem2/Tyrobp在人类主动脉夹层中的作用 | 探讨Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层发展中的作用及其潜在机制 | 小鼠主动脉夹层模型 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | 转录组分析、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、定量实时聚合酶链反应 | Tyrobp敲除小鼠、Trem2敲除小鼠 | 基因表达数据、RNA测序数据 | 小鼠模型 |
| 1258 | 2024-12-25 |
The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing
2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-024-00770-8
PMID:39256623
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综述 | 本文综述了造血干细胞（HSC）及其前体细胞（HSPC）在发育和衰老过程中与骨髓微环境（niche）的相互作用 | 本文通过单细胞转录组学和显微镜技术，揭示了HSC在发育过程中与不同niche的相互作用，并探讨了这些相互作用在衰老过程中的变化及其对造血疾病的影响 | 本文主要为综述性质，未提供具体实验数据或模型 | 探讨HSC与niche在发育和衰老过程中的相互作用，为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础 | 造血干细胞（HSC）及其前体细胞（HSPC）与骨髓微环境（niche）的相互作用 | NA | NA | 单细胞转录组学、显微镜技术 | NA | NA | NA |
| 1259 | 2024-12-25 |
Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors
2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245
PMID:39717507
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研究论文 | 本文研究了肝细胞癌中胆碱能神经细胞的存在及其对肿瘤肝细胞中可靶向毒蕈碱受体的影响 | 首次在人类肝细胞癌中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+、TH-、CD31-、CD45-簇，并通过单细胞RNA测序数据独立验证 | 研究主要基于法国肝脏生物库的数据和TCGA等数据集，可能存在样本多样性不足的问题 | 探索肝细胞癌中胆碱能神经过程的作用，并评估现有神经药物在肝细胞癌研究中的应用潜力 | 肝细胞癌中的胆碱能神经细胞和肿瘤肝细胞中的毒蕈碱受体 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 包括来自法国肝脏生物库的肝肿瘤样本、TCGA数据集、其他数据集以及欧洲验证队列 |
| 1260 | 2024-12-24 |
Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing
2025-Jan, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159
PMID:39681052
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研究论文 | 本文比较了三种酶（Trypsin、TrypLE 和 Liberase）在分离小鼠新生表皮细胞以进行单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）中的效果 | 首次系统比较了不同酶在分离小鼠新生表皮细胞中的效果，并揭示了酶选择对细胞群体恢复的显著影响 | 本文仅比较了三种酶的效果，未探讨其他可能的分离方法 | 优化小鼠新生表皮细胞的单细胞 RNA 测序分离方法 | 小鼠新生表皮细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞 RNA 测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |