单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2025-02-17	Long Non-Coding RNAs in Ovarian Cancer: Mechanistic Insights and Clinical Applications 2025-Jan-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030472 PMID:39941838	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）在卵巢癌中的多面角色及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	强调了lncRNA在卵巢癌中的双重作用，既可作为致癌基因也可作为肿瘤抑制基因，并探讨了其在诊断和治疗中的潜力	综述性文章，缺乏原始实验数据支持	探讨lncRNA在卵巢癌发病机制中的作用及其在诊断和治疗中的应用潜力	卵巢癌中的长链非编码RNA（lncRNA）	癌症生物学	卵巢癌	单细胞测序、生物信息学、组学方法	NA	文献数据、组学数据	NA
1222	2025-02-17	Stem cell expression of CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ 2025-Jan-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263451 PMID:39639824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光染色和谱系追踪技术，揭示了CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并探讨了其在犁鼻器组织组成中的作用	首次发现CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并揭示了其在神经元成熟和非神经元细胞类型中的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探讨CXCR4在犁鼻器组织组成和细胞分化中的作用	小鼠的犁鼻器组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠模型
1223	2025-02-16	Heterogeneity in Cancer 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030441 PMID:39941808	综述	本文讨论了癌症异质性在诊断、预后和治疗中的临床意义，强调了需要个性化方法来克服癌症多样性的挑战	强调了新兴分子诊断和分析技术在理解癌症异质性多维复杂性中的作用，并探讨了异质性在治疗抵抗和转移性病变复发中的作用	NA	探讨癌症异质性对诊断、预后和治疗的影响，并探索克服这些挑战的个性化方法	癌症患者及其转移性病变	肿瘤学	癌症	下一代测序（NGS）、单细胞转录组学、液体活检技术、人工智能	NA	分子数据	NA
1224	2025-02-16	Deciphering the Role of Cancer Stem Cells: Drivers of Tumor Evolution, Therapeutic Resistance, and Precision Medicine Strategies 2025-Jan-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030382 PMID:39941751	综述	本文全面分析了癌症干细胞（CSCs）在肿瘤进展、复发和传统治疗抵抗中的核心作用，并探讨了其在精准医学中的潜力	详细讨论了Wnt、Notch和Hedgehog等关键信号通路作为治疗靶点的潜力，并探索了CRISPR/Cas9和单细胞测序等新兴技术在解析CSCs异质性和指导治疗策略中的变革性潜力	讨论了CSCs驱动的肿瘤异质性和休眠带来的挑战，以及如何通过新型治疗和靶向方法缓解这些障碍	旨在通过多学科方法结合创新技术、先进治疗和协作研究，解决CSCs的复杂性，推动个性化医学的发展	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境（TME）的动态相互作用	肿瘤学	癌症	CRISPR/Cas9, 单细胞测序	NA	NA	NA
1225	2025-02-14	The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy 2025-Jan-31, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00812-24 PMID:39641620	研究论文	本文研究了在慢性持续性HIV/SIV感染中，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产生的影响	首次揭示了在cART治疗或自然控制者中，SIV-Gag特异性fCD8 T细胞频率与Tfh细胞中SIV RNA量的负相关关系，并通过scRNA-seq分析了不同条件下SIV-Gag特异性fCD8 T细胞的基因表达模式	研究样本量较小，仅涉及15只猕猴，且未探讨fCD8 T细胞功能改善的具体机制	探讨SIV特异性fCD8 T细胞在慢性HIV/SIV感染中对潜伏感染细胞的影响	15只感染SIVmac239的猕猴	免疫学	HIV/SIV感染	scRNA-seq, 组织切片分析	NA	单细胞RNA测序数据, 组织切片数据	15只猕猴（8只进展者，7只自然控制者）
1226	2025-02-14	Single-cell profiling of SLC family transporters: uncovering the role of SLC7A1 in osteosarcoma 2025-Jan-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06086-1 PMID:39844299	研究论文	本文通过单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了SLC7A1在骨肉瘤中的关键作用，并构建了SLC相关的预后模型	首次在单细胞水平上揭示了SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式，并发现SLC7A1在骨肉瘤细胞中的关键作用及其与免疫微环境的相互作用	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	骨肉瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序, RNA-seq, LASSO回归分析, 虚拟对接	LASSO回归模型	单细胞测序数据, RNA-seq数据	GSE152048, GSE162454, TARGET和GSE21257队列的数据
1227	2025-02-14	Integrative multi-omics analysis for identifying novel therapeutic targets and predicting immunotherapy efficacy in lung adenocarcinoma 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2024.91 PMID:39935429	研究论文	本研究通过整合多组学分析，识别了肺腺癌的新型治疗靶点并预测了免疫治疗的疗效	采用单细胞RNA测序、批量转录组分析和全基因组关联研究数据，结合贝叶斯反卷积和机器学习算法，全面表征了肺腺癌的肿瘤微环境，并开发了稳健的预后模型	研究依赖于多个患者队列的数据整合，可能存在样本异质性问题	识别肺腺癌的新型细胞亚群和分子亚型，探索潜在治疗靶点以提高治疗效果和患者预后	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、全基因组关联研究（GWAS）	贝叶斯反卷积、机器学习算法	RNA测序数据、基因组数据	多个肺腺癌患者队列
1228	2025-02-14	Exploring Core Genes Associated with Sepsis and Systemic Inflammatory Response Syndrome Using Single-Cell Sequencing Technology 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S448900 PMID:39935525	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析脓毒症死亡和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的单细胞转录组数据，以识别免疫反应中的独特标志物和模式	通过UMAP细胞聚类揭示了血液样本中四种主要细胞类型的十二个细胞簇的状态，以及死亡患者和SIRS患者之间主要细胞群体的差异，为早期诊断和治疗提供了新的理论框架	研究中未提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	探索与脓毒症和全身炎症反应综合征相关的核心基因，以改善疾病的早期检测和识别	脓毒症死亡患者和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的血液样本	数字病理	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
1229	2025-02-14	Single-cell sequencing reveals cell heterogeneity and aberrantly activated pathways associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1449624 PMID:39944086	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，深入分析了肝细胞癌（HCC）中微血管侵犯（MVI）相关的细胞异质性和异常激活的信号通路	首次在单细胞水平上揭示了MVI阳性恶性细胞的分子特征和功能异质性，并识别了与MVI相关的特定恶性细胞亚型和关键基因MARCKSL1	样本量较小，仅涉及5名患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，未来研究需要进一步验证MARCKSL1在MVI进展中的作用	探索肝细胞癌中微血管侵犯的细胞异质性、相关生物标志物及细胞间信号相互作用	肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	5名肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，其中3名患者表现出微血管侵犯
1230	2025-02-13	A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.628714 PMID:39763755	研究论文	本文研究了一种双特异性T细胞接合抗体（BTE）在实验性同源和基因工程胶质母细胞瘤（GBM）模型中的活性、特异性及肿瘤微环境重塑效果	在具有完整免疫系统的原位和基因工程小鼠模型中评估BTE的功能，填补了以往研究主要在免疫缺陷动物模型中进行的空白	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨BTE在胶质母细胞瘤中的治疗机制和效果	胶质母细胞瘤（GBM）	生物医学	胶质母细胞瘤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、多重免疫荧光、多参数磁共振成像（MRI）	NA	实验数据	多个GBM临床前模型中的小鼠
1231	2025-02-13	TGFBR2 High mesenchymal glioma stem cells phenocopy regulatory T cells to suppress CD4+ and CD8+ T cell function 2025-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.07.631757 PMID:39829747	研究论文	本研究通过多方面的分析方法，揭示了TGFBR2高表达的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）来抑制CD4+和CD8+ T细胞功能的机制	首次发现并描述了TGFBR2驱动的免疫抑制性GSC状态，并确定了其与TGF-β II型受体的特异性关联	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞，尚未在体内模型中验证这些发现	探索胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤微环境的免疫抑制机制，特别是GSCs在其中的作用	胶质母细胞瘤中的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，生物信息学分析，分子和药理学操作	NA	临床和实验数据集，单细胞测序数据	患者来源的GBM神经球和临床GBM标本
1232	2025-02-13	Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma 2025-Jan, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00298-9 PMID:39548236	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达，并通过免疫组织化学、空间转录组学和功能实验验证了关键观察结果	研究发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞，并需要grainyhead-like转录因子3（GRHL3），而在鳞状细胞癌中，GRHL3的表达和活性扩展到一部分进行DNA复制的细胞，同时APOBEC3A的表达也扩展到增殖细胞	研究未涉及APOBEC3A和APOBEC3B在其他类型癌症中的表达和作用	研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在肿瘤发展中的作用	健康和恶性黏膜上皮细胞	分子生物学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、空间转录组数据	NA
1233	2025-02-13	Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes 2025-Jan-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.050883 PMID:39878507	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞之间基因调控机制的差异	首次揭示了AP-1因子与肝细胞特异性转录因子（如HNF4A）在调控区域共定位的潜在合作机制，并发现ELF3在肝类器官来源的肝细胞中独特表达且与肝标志基因表达负相关	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内肝细胞的复杂调控网络	研究肝细胞发育和疾病的基因调控机制	原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞	基因组学	肝病	单细胞转录组分析，染色质可及性分析	NA	单细胞RNA-seq数据，染色质可及性数据	NA
1234	2025-02-12	Tgfβ signaling stimulates glycolysis to promote the genesis of synovial joint interzone in developing mouse embryonic limbs 2025-Jan-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq4991 PMID:39772668	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠胚胎膝关节原基，发现糖酵解基因在发育中的滑膜关节间区细胞中高度表达，并揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向间区细胞的转化	首次揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向滑膜关节间区细胞的转化	研究主要基于小鼠胚胎模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	研究滑膜关节间区细胞形成的分子机制	小鼠胚胎膝关节原基	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎膝关节原基
1235	2025-02-12	TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells 2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03921-0 PMID:39751882	研究论文	本研究探讨了TDO2在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）相关成纤维细胞中的表达及其在免疫逃逸中的作用	首次报道了TDO2在cSCC相关成纤维细胞中的高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润介导免疫逃逸的机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索cSCC的发病机制及TDO2在其中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）及其相关成纤维细胞	癌症研究	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型
1236	2025-02-12	Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S499396 PMID:39925925	研究论文	本研究通过机器学习和免疫分析，识别出EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的关键诊断生物标志物	首次结合机器学习方法和免疫分析技术，识别出EGR1作为MASLD的关键基因，并验证其在疾病发病机制中的重要作用	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别MASLD的有效诊断生物标志物，以帮助理解其发病机制	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	LASSO、SVM、随机森林（RF）	基因表达数据	六个GEO数据集，包括训练集和验证集
1237	2025-02-12	Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S487126 PMID:39926372	研究论文	本文通过整合多组学分析，探讨了SPINK4表达与患者死亡率、免疫治疗和转移在泛癌中的相互作用	揭示了SPINK4在泛癌过程中的关键作用，特别是在肿瘤微环境、干细胞评分和化疗敏感性中的关联	研究主要基于TCGA数据集，可能缺乏对其他独立数据集的验证	探讨SPINK4在不同癌症类型中的具体功能和影响	泛癌患者和结肠腺癌细胞	生物信息学	癌症	多组学分析、单细胞测序、伤口愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的泛癌患者样本和结肠腺癌细胞系（HCT116和RKO）
1238	2025-02-10	Single-cell Sequencing Traces Mitochondrial Transfers 2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae092 PMID:39724171	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1239	2025-02-09	MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633094 PMID:39868215	研究论文	本文介绍了MetaLigand，一个基于R语言和网络访问的工具，用于预测非肽配体介导的细胞间通讯	MetaLigand通过整合自动管道和手动整理的数据，提高了预测非肽配体丰度的准确性，并支持单细胞RNA测序和空间转录组数据	NA	研究非肽配体在细胞间通讯中的作用，并开发工具预测其生产和受体相互作用	非肽配体（NPLs）及其受体	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	233种非肽配体
1240	2025-02-08	SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1203 PMID:39673807	研究论文	本文通过开发代谢RNA标记方法和结合超短代谢标记与瞬时转录组测序（TT-seq），研究了非洲锥虫中基因表达的控制，特别是RNA加工和降解对总mRNA水平的独立贡献	开发了高效的代谢RNA标记方法SLAM-seq，首次在非洲锥虫中全局量化RNA加工速率和半衰期，揭示了RNA加工和稳定性对总mRNA水平的独立影响	研究主要集中于非洲锥虫，结果可能不直接适用于其他生物体	探讨非洲锥虫中基因表达的控制机制，特别是RNA加工和降解的作用	非洲锥虫（Trypanosoma brucei）	分子生物学	NA	SLAM-seq, TT-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA