本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2025-10-06 |
Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data
2025, Cytogenetic and genome research
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000545275
PMID:40101697
|
研究论文 | 基于scRNA-seq数据通过生物信息学方法研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因 | 首次结合单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示ATRX、DOT1L和RUVBL2作为精原干细胞DNA损伤修复的关键诊断基因 | 研究结果为预测性机制,需要进一步实验验证预测的机制、通路和治疗靶点 | 探索DNA损伤与男性不育的机制关系 | 特发性非梗阻性无精子症患者和正常人的睾丸组织 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | WGCNA, LASSO回归, MNC计算算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1222 | 2025-10-06 |
Bulk and single-cell RNA-sequencing analyses revealed potential key genes and the role of CCL19/CCL21-CCR7 axis in hidradenitis suppurativa
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322565
PMID:40455785
|
研究论文 | 通过批量与单细胞RNA测序分析揭示化脓性汗腺炎中潜在关键基因及CCL19/CCL21-CCR7轴的作用机制 | 整合三种机器学习方法识别出AKR1B10等五个枢纽基因,首次系统阐明CCL19/CCL21-CCR7轴在招募免疫细胞中的关键作用 | 未明确说明样本规模及独立验证数据集的具体特征 | 解析化脓性汗腺炎的分子免疫机制并探索治疗靶点 | 化脓性汗腺炎病变组织及外周血样本 | 生物信息学 | 皮肤炎症性疾病 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 集成机器学习方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1223 | 2025-10-06 |
Targeting myeloid cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: from primary tumors to liver metastasis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1555036
PMID:40458409
|
综述 | 探讨胰腺导管腺癌中髓系细胞在不同疾病阶段的作用及靶向治疗策略 | 系统比较原发肿瘤与转移灶(特别是肝转移)中免疫微环境的差异,聚焦髓系细胞的免疫抑制机制 | NA | 分析PDAC中髓系细胞的免疫抑制作用及靶向治疗前景 | 胰腺导管腺癌的原发肿瘤、转移前微环境和转移灶 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1224 | 2025-10-06 |
CD151 Promotes Cancer Progression in Triple-Negative Breast Cancer by Inducing EMT through the MAPK Signaling Pathway
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S518760
PMID:40458675
|
研究论文 | 本研究探讨CD151通过MAPK信号通路诱导上皮间质转化促进三阴性乳腺癌进展的机制 | 首次揭示CD151与整合素α3β1形成复合物通过MAPK信号通路诱导EMT促进三阴性乳腺癌进展的新机制 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本量有限 | 研究CD151在三阴性乳腺癌中的促肿瘤作用及其分子机制 | 三阴性乳腺癌临床样本和细胞系 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 免疫组织化学, Western blotting, RNA干扰, 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀 | NA | 蛋白质表达数据, 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 三阴性乳腺癌临床样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1225 | 2025-10-06 |
Cellular Heterogeneity and IL-17 Pathway Dynamics Reveal Insights into the Transition from Ulcerative Colitis to Colorectal Cancer Through scRNA-Seq Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505313
PMID:40458692
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示溃疡性结肠炎向结直肠癌转变过程中的细胞异质性和IL-17通路动态 | 首次在共存UC和CACRC病变的患者组织样本中通过scRNA-seq揭示疾病进展过程中的细胞异质性和IL-17信号通路动态 | 仅分析单个患者样本,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 研究溃疡性结肠炎向结直肠癌转变的分子和细胞机制 | UC和CACRC共存患者的正常结肠组织、UC病变组织和CACRC组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq, 细胞聚类分析, 差异基因表达分析, KEGG通路富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例患者(包含正常结肠、UC病变和CACRC三种组织类型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1226 | 2025-10-06 |
[Donor T cell exhaustion and immune tolerance after allogeneic hematopoietic cell transplantation]
2025, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.66.339
PMID:40467463
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示钙调磷酸酶抑制剂在异基因造血细胞移植后对供体T细胞耗竭状态的影响机制 | 首次发现钙调磷酸酶抑制剂通过抑制供体T细胞耗竭同时诱导效应样耗竭T细胞,从而影响慢性移植物抗宿主病的发生 | 目前主要基于小鼠模型,人类患者样本验证仍在进行中 | 探究异基因造血细胞移植后慢性移植物抗宿主病的发生机制 | 供体T细胞 | 单细胞测序分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠移植模型,正在积累患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1227 | 2025-10-06 |
Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS
2025-01-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86134-4
PMID:39824912
|
研究论文 | 通过整合遗传学和多组学分析揭示白癜风发病机制及治疗靶点,重点关注JAK/STAT通路对CTSS的调控作用 | 首次通过整合GWAS荟萃分析、蛋白质数量性状位点(pQTL)和表达数量性状位点(eQTL)关联分析,结合微阵列和单细胞RNA-seq数据,系统揭示JAK/STAT通路调控CTSS在白癜风中的作用机制 | 需要进一步研究验证结果并评估CTSS及相关基因的治疗潜力 | 阐明白癜风发病的遗传和分子机制,识别潜在治疗靶点 | 白癜风患者 | 多组学分析 | 白癜风 | GWAS荟萃分析, SMR分析, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | NA | 遗传数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1228 | 2025-10-06 |
Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.103851
PMID:39744231
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和大数据分析探讨了内皮细胞MerTK在人类升主动脉瘤和夹层中的作用机制 | 首次发现内皮细胞MerTK表达在AAAD中显著抑制,并证实其缺陷通过内皮功能障碍和SMC表型改变促进AAAD发展 | NA | 研究内皮细胞MerTK在升主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | 人类AAAD样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 约600,000次交叉分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1229 | 2025-10-06 |
PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.102597
PMID:39744686
|
研究论文 | 本研究揭示了PIM1通过促进内皮-间质转化加重动脉粥样硬化的分子机制 | 首次发现PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化进展中的关键作用,并验证小分子抑制剂Max-40279的治疗潜力 | 机制研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人类临床样本中充分验证 | 探究PIM1在动脉粥样硬化中调控内皮-间质转化的分子机制 | 小鼠动脉粥样硬化模型、人内皮细胞、小鼠内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qPCR, western blotting, 免疫组化, 免疫共沉淀, 组织染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像数据 | 小鼠动脉粥样硬化模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1230 | 2025-10-06 |
Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104697
PMID:39898252
|
综述 | 通过科学计量学和可视化分析方法,系统回顾了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究领域的发展趋势 | 首次对肌肉骨骼疾病领域单细胞RNA测序研究进行全面科学计量分析,识别关键研究方向和未来展望 | 仅基于Web of Science核心合集数据,可能存在文献收录不全的局限性 | 分析单细胞RNA测序在肌肉骨骼疾病研究中的发展趋势和现状 | 肌肉骨骼疾病相关的单细胞RNA测序研究文献 | 生物信息学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | 2009年1月1日至2024年9月6日期间Web of Science核心合集收录的相关文献 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1231 | 2025-10-06 |
Omics based technology application in poultry meat research
2025-Jan, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2024.104643
PMID:39662255
|
综述 | 本文综述了组学技术在禽肉研究中的应用,包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学等方法 | 系统整合多种组学技术研究禽肉品质问题,特别关注空间转录组学和代谢组学在木质胸病研究中的应用 | NA | 探讨组学技术如何增进对禽肉品质问题和复杂性状的理解 | 家禽肉类品质,特别是鸡肉品质和肌肉病变 | 生物信息学 | 禽类肌肉疾病 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、空间转录组学、空间代谢组学、多组学分析 | NA | 组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 1232 | 2025-10-06 |
A novel Tc17 population recruited by tumor cells promotes tumor progression in gastric cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1592328
PMID:40452847
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术揭示了胃癌微环境中Tc17细胞的免疫抑制功能及其促进肿瘤进展的机制 | 首次系统性地揭示了Tc17细胞在胃癌微环境中的免疫抑制功能,发现肿瘤细胞通过CXCL16-CXCR6轴招募Tc17细胞,而Tc17细胞通过分泌IL-17A和IL-26促进肿瘤进展 | 研究主要基于体外实验验证,缺乏体内动物模型验证;样本量相对有限 | 探究Tc17细胞在胃癌肿瘤微环境中的功能和作用机制 | 胃癌患者组织样本和细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多色免疫组化染色, SCENIC分析, 伪时间分析, 细胞-细胞相互作用分析 | NA | 单细胞测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 65例胃癌样本的单细胞测序数据(296,879个细胞), 10例胃癌样本的空间转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1233 | 2025-10-06 |
Metabolic reprogramming signature predicts prognosis and immune landscape in small cell lung cancer: MOCS2 validation and implications for personalized therapy
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1592888
PMID:40452920
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析建立了小细胞肺癌的代谢重编程预后模型,并验证了关键基因MOCS2的功能 | 首次系统识别小细胞肺癌代谢重编程特征并构建基于梯度提升机的预后模型,通过实验验证MOCS2基因功能 | 使用公共数据集,样本来源有限;功能验证仅限于体外实验 | 开发小细胞肺癌预后预测模型并探索代谢重编程的临床意义 | 小细胞肺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, siRNA敲低, WGCNA分析 | 梯度提升机(GBM) | 基因表达数据 | 来自GSE60052和cBioportal队列的公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1234 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis Reveals Aspirin Restores Intervertebral Disc Integrity via Ferroptosis Regulation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519218
PMID:40453974
|
研究论文 | 通过单细胞分析发现阿司匹林通过调控铁死亡恢复椎间盘完整性 | 首次在椎间盘退变中鉴定出CDKN1A⁺aNPC亚型作为早期预警标志,并揭示阿司匹林通过靶向GPX4抑制铁死亡的新机制 | 研究样本量有限,机制验证仍需进一步深入 | 探究椎间盘退变的细胞异质性及阿司匹林的治疗机制 | 椎间盘髓核细胞亚群 | 单细胞分析 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,分子对接,体外实验,体内实验 | Harmony算法 | 单细胞RNA测序数据 | 四个独立单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1235 | 2025-10-06 |
To Explore the Key Subgroup and Their Immune Microenvironment During the Formation of Coronary Plaque With scRNA-seq
2025, Cardiology research and practice
IF:1.8Q3
DOI:10.1155/crp/3221767
PMID:40454289
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术探索冠状动脉斑块形成过程中的关键NK细胞亚群及其免疫微环境 | 首次发现C1 RACK1+ NK细胞亚群在冠状动脉斑块形成中的关键作用,并系统分析其在伪时间轨迹、细胞相互作用和转录因子调控中的表达特征 | 样本量较小(15例),需要更大规模研究验证发现 | 探索冠状动脉斑块形成过程中的关键细胞亚群及其免疫微环境机制 | 冠状动脉斑块组织中的NK细胞亚群 | 单细胞组学 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序, CytoTRACE, monocle, slingshot, CellChat, SCENIC | NA | 单细胞转录组数据 | 15例个体标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1236 | 2025-10-06 |
Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning
2025-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535
PMID:39374811
|
研究论文 | 本研究通过整合多种转录组数据揭示了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响,并构建了机器学习预测模型 | 首次整合bulk、单细胞和空间转录组数据系统研究术前化疗对结直肠癌微环境的影响,并构建了优于89个已发表模型的预测模型 | 研究样本量相对有限(22个独立队列),需要进一步实验验证 | 探究术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞生物学功能的影响 | 结直肠癌患者样本中的成纤维细胞和上皮细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 22个独立结直肠癌队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 1237 | 2025-10-06 |
A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141
PMID:40443528
|
研究论文 | 本研究构建了基于谷氨酰胺代谢基因的GLMscore评分系统,用于结直肠癌预后预测和免疫治疗反应评估 | 首次整合多组学数据构建谷氨酰胺代谢相关基因评分系统,并系统评估其在肿瘤微环境、免疫治疗反应和微生物组方面的预测价值 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究进一步验证GLMscore的临床实用性 | 开发结直肠癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 16S rRNA基因测序, 组织成像分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据, 微生物组数据, 病理图像数据 | 多个队列的结直肠癌患者样本(包括训练队列和验证队列) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组测序 | NA | NA |
| 1238 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296
PMID:40443657
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示黄韧带肥厚中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控改变 | 首次在黄韧带肥厚中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群,并发现间充质成纤维细胞亚群在肥厚黄韧带中显著增加 | 未明确说明样本数量和研究人群特征,功能验证可能不足 | 建立黄韧带的单细胞图谱,识别腰椎管狭窄症药物治疗的高优先级靶点 | 黄韧带组织中的成纤维细胞和内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 腰椎管狭窄症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1239 | 2025-10-06 |
TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879
PMID:40443671
|
研究论文 | 本研究揭示了TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫串扰协调胰腺癌转移生态位组装的关键机制 | 首次发现TSPAN4+成纤维细胞作为胰腺癌转移的关键调节因子,通过迁移体介导的代谢重编程和基质-免疫细胞相互作用促进转移生态位形成 | 研究主要基于胰腺癌组织分析,需要进一步验证其他癌症类型中的普适性 | 探索迁移体相关成纤维细胞在胰腺癌转移中的作用机制,为靶向肿瘤微环境的治疗策略提供新思路 | 胰腺癌组织和肿瘤微环境中的细胞成分 | 单细胞生物学, 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, siRNA转染, qRT-PCR | Seurat, Monocle, CellCall, CellChat, RCTD, MISTy | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 功能实验数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胰腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1240 | 2025-10-06 |
Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1590889
PMID:40443736
|
研究论文 | 本文优化了造血干细胞单细胞RNA测序流程,比较了CD34+和CD133+造血干/祖细胞的转录组差异 | 开发了针对有限细胞数量的造血干细胞单细胞RNA测序优化流程,并首次对CD34+和CD133+造血干/祖细胞进行系统转录组比较 | 研究使用的细胞数量有限,仅来源于人类脐带血 | 优化单细胞RNA测序流程并比较不同造血干/祖细胞亚群的转录组特征 | 人类脐带血来源的CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+造血干/祖细胞 | 单细胞测序 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), FACS细胞分选 | UMAP降维分析 | 单细胞转录组数据 | 人类脐带血来源的有限数量造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |