单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1543 篇文献，本页显示第 1201 - 1220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1201 | 2025-02-23 |
Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.627873
PMID:39896473
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研究论文 | 本文开发了一种分子工具包ClonMapper Duo（CMDuo），用于在肿瘤细胞群体中追踪和分析单个细胞融合事件的起源和结果 | 开发了CMDuo平台，通过报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码相结合，识别经历细胞融合的细胞，并利用scRNA-seq对索引条形码进行测序，从而在整个细胞群体中映射每组亲本细胞和融合后代 | 未提及具体局限性 | 研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用 | 三阴性乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未提及具体样本数量 |
| 1202 | 2025-02-23 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633627
PMID:39896613
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研究论文 | 本文研究了HPV整合在头颈癌中的影响，特别是其与不良临床结果的关系 | 通过分析大量HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，揭示了HPV整合的致癌网络，并基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现部分患者具有更差的临床结果 | 主要关注RNA而非DNA，可能忽略了DNA层面的重要信息 | 探讨HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结果的关系 | 261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | 癌症研究 | 头颈癌 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括102个HPV阳性参与者的DNA HPV整合事件 |
| 1203 | 2025-02-23 |
Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes
2025-Jan-17, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf001
PMID:39862403
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研究论文 | 本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响 | 首次在人类双相体外卵母细胞成熟系统中研究了pro-cumulin对卵母细胞和卵丘细胞转录组的调节作用 | 未在蛋白质组水平上评估pro-cumulin的影响，也未评估其对胚胎学结果的影响 | 研究pro-cumulin在双相体外卵母细胞成熟系统中的作用，以提高卵母细胞的发育能力 | 人类卵母细胞和卵丘细胞 | 生殖医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及人类卵母细胞和卵丘细胞 |
| 1204 | 2025-02-23 |
Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.16.589816
PMID:38659838
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研究论文 | 本文介绍了一种高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞RNA测序数据中细胞周期状态的分类 | ccAFv2能够分类六种细胞周期状态和一个类似静止的G0状态，并在多种细胞类型中表现出色 | G0、G1和Late G1状态在非神经上皮细胞类型中的分类准确性较低 | 开发一种高精度的细胞周期分类器，以解析细胞异质性和细胞周期对细胞过程的影响 | 人类神经干细胞和其他细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | ccAFv2分类器 | 单细胞RNA测序数据 | 人类和小鼠的细胞、细胞核和空间转录组数据 |
| 1205 | 2025-02-23 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，采用了一种新的损失函数SmoothF1 loss，该函数近似F1分数以直接惩罚假阳性和假阴性 | 提出了SmoothF1损失函数，这是一种新的损失函数，能够近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练 | NA | 开发一种全自动的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，以提高RNA FISH成像数据的分析准确性和高通量处理能力 | 荧光显微镜图像中的斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA FISH | 深度学习 | 图像 | 358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像 |
| 1206 | 2025-02-23 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
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研究论文 | 本文探讨了实验和计算方法如何改进单核RNA测序（snRNA-seq）数据中的等位基因失衡分析 | 开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据，用于等位基因特异性表达（ASE）分析，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度、基因分型等）提高ASE方法的效力 | 未明确提及研究的局限性 | 改进单细胞水平上的等位基因失衡分析方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响 | 单核RNA测序（snRNA-seq）数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单核RNA测序（snRNA-seq），等位基因特异性表达（ASE）分析 | NA | RNA测序数据 | 94名帕金森病患者的队列 |
| 1207 | 2025-02-23 |
The landscape of cell regulatory and communication networks in the human dental follicle
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1535245
PMID:39974190
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类牙囊的细胞组成和调控网络，揭示了牙囊在发育和生物学功能中的复杂调控机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面解析了人类牙囊的细胞组成和基因调控网络，揭示了血管和免疫细胞在牙囊生物学活动中的相互作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析 | 揭示人类牙囊的细胞组成和调控机制，以理解其在牙周组织发育和生物学功能中的作用 | 人类牙囊 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1208 | 2025-02-23 |
Research hotspots and frontiers in the tumor microenvironment of colorectal cancer: a bibliometric study from 2014 to 2024
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1525280
PMID:39975599
|
研究论文 | 本文通过文献计量学方法分析了2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究现状、热点和未来趋势 | 首次对2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究进行文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和未来趋势 | 研究仅基于Web of Science核心合集数据库，可能未涵盖所有相关文献 | 提供结直肠癌肿瘤微环境领域的当前研究状态、热点和未来趋势的全面图景 | 结直肠癌肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 748篇出版物 |
| 1209 | 2025-02-21 |
FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635115
PMID:39975391
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研究论文 | 本文介绍了FastCCC，一种无需排列的框架，用于在单细胞转录组学研究中实现可扩展、稳健且基于参考的细胞间通讯分析 | FastCCC采用快速傅里叶变换卷积计算p值，无需排列，引入模块化代数操作框架捕捉广泛的细胞间通讯模式，并能利用大规模单细胞参考数据增强用户收集数据集的细胞间通讯分析 | NA | 开发一种新的方法来检测单细胞转录组学研究中的细胞间通讯，以理解多细胞生物的功能 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 快速傅里叶变换卷积 | 单细胞转录组数据 | 约1600万细胞，涵盖19种不同组织类型和450多种独特细胞类型 |
| 1210 | 2025-02-21 |
Competing endogenous RNA networks in ovarian cancer: from bench to bedside
2025, EXCLI journal
IF:3.8Q1
DOI:10.17179/excli2024-7827
PMID:39967908
|
综述 | 本文综述了竞争性内源RNA（ceRNA）网络在卵巢癌中的重要性，包括其在癌症发生、治疗、诊断和预后中的作用 | 提供了关于ceRNA网络在卵巢癌中作用的最新综述，并展望了单细胞RNA测序和个性化医疗时代的未来研究方向 | 主要基于已有文献的综述，缺乏新的实验数据支持 | 探讨ceRNA网络在卵巢癌中的作用及其在治疗、诊断和预后中的潜在应用 | 卵巢癌细胞中的miRNAs、circRNAs、lncRNAs和ceRNAs | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 1211 | 2025-02-20 |
A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain
2025-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01786-1
PMID:39695302
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研究论文 | 本文通过单细胞质谱流式技术绘制了发育中鼠脑的图谱，揭示了不同细胞谱系的分子变化 | 首次使用单细胞质谱流式技术对发育中鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行表征，填补了单细胞RNA测序在蛋白质水平上的空白 | 研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑发育的复杂性 | 研究哺乳动物大脑发育过程中不同细胞谱系的分子变化 | C57/BL6小鼠的胚胎期（E11.5-E12.5）和出生后（E13.5-P4）的脑组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞质谱流式技术（mass cytometry），单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（immunohistochemistry），RNAscope原位杂交（ISH） | NA | 单细胞蛋白质和RNA表达数据 | 24,290,787个细胞，每个样本2到4个生物学重复 |
| 1212 | 2025-02-20 |
Mendelian randomization and multiomics comprehensively reveal the causal relationship and potential mechanism between atrial fibrillation and gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1446661
PMID:39963672
|
研究论文 | 本研究利用双样本孟德尔随机化方法和多组学数据，全面揭示了心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制 | 通过构建包含136个AF相关SNPs的遗传工具，揭示了AF对胃癌风险的潜在因果效应，并识别了62个AF-GC共关联基因，构建了关键基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 研究依赖于遗传工具和现有数据，可能无法完全捕捉所有潜在的混杂因素 | 研究心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制 | 心房颤动（AF）和胃癌（GC） | 生物信息学 | 胃癌 | 双样本孟德尔随机化方法、高通量测序、单细胞测序 | NA | 遗传数据、高通量测序数据、单细胞测序数据 | 包含136个AF相关SNPs的遗传工具 |
| 1213 | 2025-02-20 |
Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1519677
PMID:39963673
|
研究论文 | 本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析，预测肺腺癌患者的免疫治疗反应 | 构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后 | 研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值，并构建预后特征以预测免疫治疗疗效 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）分析 | NA | 基因表达数据 | GSE26939和GSE19188芯片数据 |
| 1214 | 2025-02-20 |
Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S491298
PMID:39963682
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因 | 首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具，系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用 | 研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的分子机制研究 | 探索COPD中免疫浸润的关键基因，特别是NK细胞亚型的作用 | COPD患者的免疫细胞，特别是NK细胞亚型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病（COPD） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归 | RNA测序数据 | GSE57148作为训练集，GSE8581作为验证集 |
| 1215 | 2025-02-20 |
SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505237
PMID:39963684
|
研究论文 | 本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用 | 首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性，并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用 | 需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效 | 探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 胶质瘤及其他癌症类型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集 |
| 1216 | 2025-02-19 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a potential role of ATF3 in brain metastasis of lung adenocarcinoma
2025-Jan-24, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-784
PMID:39958219
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，并识别了ATF3作为潜在的治疗靶点 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞异质性和空间定位，并识别了ATF3在间充质-上皮转化程序中的关键作用 | 样本量较小，仅分析了3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，并使用了10个公开的单细胞RNA测序数据进行验证 | 解析肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，识别潜在的治疗靶点 | 肺腺癌脑转移肿瘤 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），Western blotting，定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR） | NA | RNA测序数据 | 3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，10个公开的单细胞RNA测序数据 |
| 1217 | 2025-02-19 |
Evaluation of Salivary Diagnostics: Applications, Benefits, Challenges, and Future Prospects in Dental and Systemic Disease Detection
2025-Jan, Cureus
DOI:10.7759/cureus.77520
PMID:39958008
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综述 | 本文综述了唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用、益处、挑战及未来前景 | 强调了唾液作为生物标志物在诊断和监测系统性疾病（如糖尿病和心血管疾病）中的潜力，并探讨了新技术如ELISA、唾液组学和单细胞测序在唾液诊断中的应用 | 需要进一步研究以解决唾液诊断中的变异性和标准化问题 | 探讨唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用及其潜力 | 人类唾液样本 | 生物医学 | 糖尿病、心血管疾病、胰腺癌、前列腺癌 | ELISA、唾液组学、单细胞测序、定量质谱（qMS）、拉曼光谱（RS） | NA | 唾液样本 | 涉及人类参与者的相关研究 |
| 1218 | 2025-02-19 |
Transcriptomic analysis of EGFR co-expression and activation in glioblastoma reveals associations with its ligands
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae229
PMID:39959305
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研究论文 | 本文通过RNA测序数据分析，探讨了EGFR在胶质母细胞瘤（GBM）中的共表达和激活机制，并与肺腺癌（LUAD）进行了比较 | 揭示了GBM中EGFR激活和调控的分子机制与LUAD的差异，特别是通过单细胞RNA测序数据确定了表达信号的细胞来源 | 研究主要依赖于RNA测序数据，可能未涵盖所有EGFR相关的分子机制 | 阐明GBM和LUAD中EGFR激活和调控的分子机制差异 | 胶质母细胞瘤（GBM）和肺腺癌（LUAD） | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA测序数据 | TCGA-GBM: 169例, Intellance-2: 166例 |
| 1219 | 2025-02-19 |
Dual Role of α-MSH in Colitis Progression: Mediating Neutrophil Differentiation via Bone Marrow
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503621
PMID:39959638
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研究论文 | 本研究探讨了炎症性肠病（IBD）发展过程中下丘脑-垂体轴（HPA）的变化及其潜在作用 | 揭示了α-MSH在结肠炎进展中的双重作用，通过骨髓介导中性粒细胞分化 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 研究HPA在IBD发病机制中的具体作用和机制 | 小鼠模型中的结肠炎 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 免疫荧光、RT-qPCR、ELISA、流式细胞术、腺相关病毒介导的基因沉默、联体共生、单细胞RNA测序 | DSS诱导的结肠炎模型 | 实验数据 | 小鼠模型 |
| 1220 | 2025-02-18 |
TIMD4hiMHCⅡhi Macrophages Preserve Heart Function Through Retnla
2025-Jan, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2024.08.009
PMID:39906591
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研究论文 | 本文通过遗传命运映射和单细胞RNA测序技术，确认了TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并发现其通过Retnla基因保护心脏功能 | 首次确认TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并揭示其通过Retnla基因保护心脏功能的机制 | 未详细探讨TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在其他疾病中的作用 | 研究TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在心脏功能保护中的作用 | TIMD4MHCⅡ巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |