单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2168 篇文献，本页显示第 1201 - 1220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1201 | 2025-10-06 |
scFocus: Detecting branching probabilities in single-cell data with SAC
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.036
PMID:40520594
|
研究论文 | 提出一种基于强化学习的单细胞数据分析算法scFocus，用于检测细胞分化轨迹中的分支概率 | 结合强化学习和无监督分支分析，在单细胞低维潜在空间中划分细胞亚群，能更有效地捕捉分化过程 | NA | 开发单细胞数据分析算法以精确检测细胞分化轨迹中的分支概率 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 强化学习 | 单细胞基因表达数据 | 十个单细胞数据集，包括小规模、常规规模和多批次数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1202 | 2025-10-06 |
The complex interplay of TROP2 and PD-L1 in immune regulation and drug resistance in lung cancer
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/NHFJ1535
PMID:40520853
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研究论文 | 本研究探讨了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用及其对免疫调节和耐药性的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示TROP2和PD-L1在肺腺癌中的复杂相互作用机制，并发现其与CD8 T细胞浸润和癌症相关成纤维细胞的关联 | 研究主要聚焦于PC9细胞系及其耐药变体，样本类型相对有限 | 阐明TROP2和PD-L1在肺腺癌免疫调节和耐药性中的分子机制 | 肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞，特别是PC9亲本和耐药变体 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织图像、单细胞测序数据 | 肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1203 | 2025-10-06 |
Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.106133
PMID:40520886
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响 | 首次在单细胞水平系统揭示结直肠癌中性别特异性的细胞组成、功能和细胞间相互作用差异，并验证雌激素信号通路与凋亡活性的关联 | 样本量相对有限(32例)，需要在更大队列中验证发现 | 探究结直肠癌中性别特异性预后差异的生物学机制 | 结直肠癌患者组织样本和细胞系 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化,Western blot,TUNEL检测 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质印迹数据,免疫组化图像 | 32例结直肠癌样本,共167,437个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1204 | 2025-10-06 |
PDGF-BB/EGR1 Axis Drives Fibroblast Activation Protein Expression to Promote Abdominal Aortic Aneurysm
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.114429
PMID:40520892
|
研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞活化蛋白在腹主动脉瘤发展过程中对血管平滑肌细胞的作用机制 | 首次揭示了PDGF-BB通过转录因子EGR1调控FAP表达的新机制，并证实靶向FAP可抑制动脉瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限 | 阐明FAP在腹主动脉瘤发病机制中的分子作用 | 血管平滑肌细胞、小鼠AAA模型、临床AAA患者 | 分子生物学 | 腹主动脉瘤 | RNA测序、PET/CT成像 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 动物模型及有限临床病例 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1205 | 2025-10-06 |
FOS as a biomarker for myocardial infarction treatment with Deng's Yangxin Decoction: a systems biology-based analysis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1488684
PMID:40520937
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研究论文 | 本研究通过系统生物学方法探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的潜在生物标志物FOS及其作用机制 | 首次将FOS鉴定为邓氏养心汤治疗心肌梗死的核心生物标志物，并通过分子对接和单细胞RNA测序验证其与免疫细胞浸润的关联 | 机制研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的生物标志物和作用机制 | 心肌梗死患者和对照组的基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 系统药理学分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、免疫浸润分析、单细胞RNA测序 | 蛋白-蛋白相互作用网络、分子对接模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 基于公开数据集的心肌梗死患者和对照组基因表达数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1206 | 2025-10-06 |
Extrachromosomal circular DNA drives dynamic genome plasticity: emerging roles in disease progression and clinical potential
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.111765
PMID:40521196
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综述 | 本文系统综述了染色体外环状DNA(eccDNA)在基因组动态可塑性中的关键作用及其在疾病进展和临床应用中的潜力 | 提出了应激选择理论，将eccDNA视为增强细胞适应环境压力的适应性储备库 | 在理解组织特异性作用、实现临床转化和方法学标准化方面仍面临挑战 | 系统总结eccDNA的分类、生物发生、检测方法、生物学功能和临床意义 | 染色体外环状DNA(eccDNA)及其亚型如microDNA、双微体和ecDNA | 基因组学 | 癌症、心血管疾病、神经系统疾病、自身免疫疾病、代谢疾病 | 长读长测序、单细胞测序、CRISPR合成、计算工具 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞测序、空间生物学、多组学 | NA | NA |
| 1207 | 2025-10-06 |
Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system
2025-Jan-24, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04432-y
PMID:39856121
|
研究论文 | 通过单细胞ATAC-seq技术构建大鼠神经系统染色质可及性图谱，揭示表观遗传调控的多样性 | 首次在大鼠16个脑区生成大规模单细胞染色质可及性图谱，整合scATAC-seq和snRNA-seq数据构建基因调控网络 | 研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育过程或其他物种 | 解析哺乳动物神经系统的分子结构和表观遗传调控机制 | 成年大鼠16个脑区的174,593个高质量细胞核 | 表观遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞ATAC-seq, 单核RNA-seq | 基因调控网络(GRN) | 表观基因组数据, 转录组数据 | 174,593个高质量细胞核来自16个成年大鼠脑区 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 1208 | 2025-10-06 |
Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3
PMID:40515898
|
综述 | 本章全面概述了病毒示踪技术在疼痛研究中的方法、方案和应用 | 整合病毒示踪与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序等新兴技术 | NA | 解析疼痛处理的神经回路机制 | 疼痛相关神经回路（如PAG-DR通路和杏仁核回路） | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 病毒示踪技术，单细胞RNA测序 | NA | 神经回路数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1209 | 2025-10-06 |
Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9
PMID:40515904
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用、优势及实验流程 | 利用单细胞分辨率揭示病毒感染过程中传统方法难以发现的细胞异质性和动态变化机制 | NA | 深入探究病毒与宿主细胞之间的相互作用机制 | 病毒感染过程中的宿主细胞和病毒转录本 | 单细胞组学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1210 | 2025-10-06 |
From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311458
PMID:40504785
|
研究论文 | 提出了一种基于均值漂移的空间转录组学细胞分割新方法BOMS，无需辅助图像即可实现准确的细胞分割 | 首次提出仅利用mRNA斑点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需依赖DAPI/Poly(A)等辅助染色图像 | 论文未明确说明方法在极端组织密度或复杂细胞排列情况下的性能表现 | 开发更准确高效的空间转录组学细胞分割方法 | 空间转录组学数据中的细胞分割 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，均值漂移算法 | 均值漂移聚类 | 空间基因表达数据，mRNA斑点图像 | 多个公开可用数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1211 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303
PMID:40510352
|
综述 | 本文系统综述了利用单细胞转录组学研究脑脊液免疫特征在神经系统疾病中的应用 | 整合了单细胞RNA测序、T细胞受体测序和B细胞受体测序技术，首次全面总结这些技术在神经系统疾病脑脊液免疫分析中的综合应用 | 主要基于已发表研究进行总结，缺乏原始实验数据验证 | 探讨单细胞转录组学在神经系统疾病脑脊液免疫分析中的应用价值 | 脑脊液中的免疫细胞 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1212 | 2025-10-06 |
Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/2582989
PMID:40510586
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研究论文 | 本研究通过整合加德纳菌感染和HPV16持续感染的转录组数据，揭示了RSAD2和IFIT1作为宫颈病变潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次整合GV感染和HPV16持续感染的转录组数据，识别共享致病机制，并通过单细胞转录组学揭示基因表达模式 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 阐明加德纳菌和HPV16持续感染的共享致病机制 | 加德纳菌和HPV16感染的分子机制 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 转录组分析，单细胞转录组学，孟德尔随机化分析 | 随机森林，ROC分析 | 基因表达数据 | GEO数据集GSE75132和体外GV感染实验数据 | NA | 单细胞RNA-seq，转录组测序 | NA | NA |
| 1213 | 2025-10-06 |
Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis
2025-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81110-w
PMID:39848950
|
研究论文 | 通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征的分子特征 | 整合多个数据集进行综合分析，发现PCOS中新的共表达模块和信号通路，并通过伪时间轨迹分析揭示疾病发展轨迹 | NA | 揭示多囊卵巢综合征的分子机制 | 多囊卵巢综合征患者基因表达数据 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自三个数据集(GSE138518, GSE155489, PRJNA600740) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1214 | 2025-10-06 |
Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks
2025-01-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78502-3
PMID:39843498
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序识别脓毒症预后生物标志物并构建ceRNA调控网络 | 首次结合RNA测序、单细胞RNA测序和meta分析筛选脓毒症预后相关核心基因，并构建了包含4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA的ceRNA调控网络 | 样本量较小（幸存组26例，非幸存组6例），需要在更大样本中验证 | 识别脓毒症预后生物标志物并构建ceRNA调控网络以深入理解脓毒症发病机制 | 脓毒症患者血液样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序，单细胞RNA测序，差异表达分析，GO分析，meta分析 | ceRNA调控网络 | RNA测序数据，单细胞RNA测序数据 | 32例脓毒症患者（幸存组26例，非幸存组6例） | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10×Single-cell RNA sequencing |
| 1215 | 2025-10-06 |
DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008
PMID:40502930
|
研究论文 | 介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库，整合了五种高通量测序数据 | 首个专门针对糖尿病的综合多组学数据库，整合了五种测序模态数据并提供了临床并发症注释 | 目前仅包含487个样本，样本规模相对有限 | 为糖尿病研究提供分子资源，促进对糖尿病病理机制的深入理解 | 1型和2型糖尿病患者的多种组织样本 | 生物信息学 | 糖尿病 | ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 多组学测序数据 | 487个样本，涵盖1型和2型糖尿病的多种组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 1216 | 2025-10-06 |
Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury
2025, International journal of nanomedicine
IF:6.6Q1
DOI:10.2147/IJN.S519393
PMID:40502982
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体通过BMPR2-BMPR1B复合物形成促进急性肺损伤中肺泡上皮细胞修复的分子机制 | 首次发现外泌体BMPR2通过与上皮细胞BMPR1B形成功能复合物激活SMAD1信号通路，促进AT2向AT1细胞转分化 | 研究主要聚焦于分子机制，临床转化潜力需进一步验证 | 探索急性肺损伤中肺泡修复的分子机制和治疗策略 | 巨噬细胞来源的外泌体和肺泡上皮细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 动态光散射,透射电镜,免疫印迹,蛋白质组学,分子对接,单细胞RNA测序,生化分析,共聚焦共定位,近红外成像,多重免疫荧光,伪时间轨迹分析 | NA | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1217 | 2025-10-06 |
Exploring the role of neutrophils in inflammatory pain hypersensitivity via single-cell transcriptome profiling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1552993
PMID:40503232
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索中性粒细胞在炎症性疼痛超敏反应中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析术后和CFA诱导炎症中CD11b+细胞的组成，并发现CXCR2抑制剂NAMO通过抑制中性粒细胞分化成熟缓解疼痛 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探索中性粒细胞在炎症性疼痛中的作用机制 | 小鼠术后和CFA诱导炎症模型中的CD11b+细胞 | 单细胞转录组学 | 炎症性疼痛 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 小鼠炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1218 | 2025-10-06 |
Identification of mitophagy-related biomarkers in severe acute pancreatitis: integration of WGCNA, machine learning algorithms and scRNA-seq
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1594085
PMID:40503237
|
研究论文 | 本研究通过整合多种生物信息学方法和实验验证，识别出MAPK14作为重症急性胰腺炎中关键的线粒体自噬相关生物标志物 | 首次将WGCNA、机器学习算法和单细胞RNA测序技术相结合，系统性地识别重症急性胰腺炎中的线粒体自噬相关基因，并发现MAPK14在胰腺巨噬细胞中的重要作用 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别重症急性胰腺炎中关键的线粒体自噬相关基因，为深入研究其发病机制提供理论基础 | 重症急性胰腺炎患者基因表达数据、SAP小鼠模型 | 生物信息学 | 重症急性胰腺炎 | WGCNA, 机器学习算法, 单细胞RNA测序, ssGSEA | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GSE194331和GSE279876数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 1219 | 2025-10-06 |
A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme
2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70161
PMID:39815665
|
研究论文 | 本研究基于铁死亡相关基因构建了一个风险模型，用于预测多形性胶质母细胞瘤的预后 | 首次基于铁死亡相关基因构建了包含OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2和FMOD五个基因的风险预后模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索铁死亡分类及其风险模型在GBM中的意义，评估其在预后评估中的潜力 | 多形性胶质母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 单变量Cox回归, LASSO回归 | 风险预测模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1220 | 2025-10-06 |
Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1535504
PMID:40196737
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研究论文 | 通过单细胞测序技术探索琥珀酸在卵巢癌肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 首次结合生物信息学和单细胞测序技术系统分析琥珀酸在卵巢癌治疗中的潜在靶点和作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探索琥珀酸在卵巢癌治疗中的潜在靶点和治疗机制 | 卵巢癌患者和正常个体的肿瘤免疫微环境细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞测序, 生物信息学分析 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |