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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1201 | 2025-10-06 |
Unveiling fatty acid subtypes: immunometabolic interplay and therapeutic opportunities in gastric cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1570873
PMID:40492126
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于脂肪酸代谢基因的预测模型,用于评估胃癌患者的预后和治疗指导 | 首次通过整合脂肪酸代谢相关基因构建胃癌预后预测模型,并结合单细胞RNA测序和代谢组学验证基因表达特征 | 模型在不同验证数据集中的AUC值存在差异(0.508-0.86),需要进一步临床验证 | 开发基于脂肪酸代谢基因的预测特征来评估胃癌患者预后 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学,转录组学,随机森林模型,Cox回归分析 | 随机森林,Cox比例风险模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | 多个胃癌数据集的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,代谢组学,转录组学 | NA | NA |
| 1202 | 2025-10-06 |
Fibroblast Heterogeneity in Hepatocellular Carcinoma and Identification of Prognostic Markers Based on Single-cell Transcriptome Analysis
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝细胞癌中成纤维细胞的异质性及其预后标志物 | 首次在单细胞水平系统揭示HCC成纤维细胞的转录调控机制,发现染色体6p拷贝数缺失与CEBPD、FOSB转录因子的预后价值 | 样本来源单一数据库,功能验证实验有限 | 探索肝细胞癌中成纤维细胞的复杂作用及转录调控机制 | 肝细胞癌组织中的成纤维细胞及其他肿瘤微环境细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Transwell实验 | Seurat,inferCNV,CellChat,Monocle 2,SCENIC | 单细胞转录组数据 | GSE149614数据库中的非肿瘤肝组织和原发肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1203 | 2025-10-06 |
Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994
PMID:40469306
|
综述 | 本文系统阐述了铁死亡在特发性肺纤维化中的机制、影响及治疗机遇 | 首次整合单细胞RNA测序定义的细胞异质性与铁死亡机制,提出精准抗纤维化治疗新框架 | 铁死亡在IPF中的具体分子调控网络仍需进一步实验验证 | 探讨铁死亡在特发性肺纤维化发病机制中的作用及靶向治疗策略 | 肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞亚群 | 病理机制研究 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、分子谱分析 | NA | 文献数据、分子机制数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1204 | 2025-10-06 |
Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915
PMID:40469299
|
研究论文 | 本研究基于双硫死亡相关基因构建了肺腺癌预后模型,并探讨了KCNK1的致癌作用 | 首次结合单细胞测序和WGCNA分析双硫死亡相关基因在肺腺癌中的预后价值,并发现KCNK1作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, Cox回归, ssGSEA | 预后风险模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA肺腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1205 | 2025-10-06 |
Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374
PMID:40469842
|
综述 | 本研究通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究格局和新兴趋势 | 首次对2011-2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析,识别了单细胞和空间转录组学技术进步驱动的研究热潮 | 存在数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战 | 探索帕金森病转录组学领域的研究进展和未来方向 | 帕金森病转录组学研究文献 | 生物信息学 | 帕金森病 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 208篇研究文章 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1206 | 2025-10-06 |
Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1595847
PMID:40470298
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别了阿尔茨海默病中细胞衰老相关基因的表达模式和潜在调控机制 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析AD中细胞衰老相关基因的调控网络,并识别了关键细胞亚型和潜在治疗靶点 | 研究结果需要进一步实验验证,样本来源和数量未明确说明 | 阐明细胞衰老在阿尔茨海默病发病机制中的关键作用 | 阿尔茨海默病患者脑组织细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,基因富集分析 | UMAP聚类分析 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1207 | 2025-10-06 |
Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1562261
PMID:40474982
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA数据分析揭示了肺腺癌肿瘤微环境中前列腺素D2信号轴的作用机制及其临床意义 | 首次系统性地揭示了前列腺素D2在肺腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯机制,并发现其与免疫细胞浸润和患者预后的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能性实验证实信号轴的具体作用机制 | 探索肺腺癌肿瘤微环境中代谢物介导的细胞间通讯机制,特别关注前列腺素D2信号轴 | 肺腺癌肿瘤微环境中的各种细胞类型,包括成纤维细胞、浆细胞样树突状细胞、肥大细胞、NK/T细胞和内皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 荧光原位杂交, ESTIMATE算法, ssGSEA算法 | MEBOCOST, Seurat | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1208 | 2025-10-06 |
Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829
PMID:40475762
|
研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸 | 开发了基于AUCell算法的氨基酸代谢评分系统,首次系统揭示了肿瘤细胞氨基酸代谢与免疫检查点抑制剂耐药性的关联机制 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证;机制研究主要基于体外实验,缺乏体内验证 | 探究结直肠癌中肿瘤细胞代谢异质性对肿瘤免疫微环境的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的上皮细胞和肿瘤浸润免疫细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,体外共培养实验 | LASSO回归,Cox回归,机器学习风险评分模型 | 基因表达数据 | 17例接受PD-1阻断治疗的CRC患者的46,374个上皮细胞,另加23例CRC患者的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | NA | NA |
| 1209 | 2025-10-06 |
Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693
PMID:40475775
|
研究论文 | 通过RNA测序和单细胞RNA测序综合分析PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响 | 首次系统揭示PSMD14在肺腺癌中高表达并与JAMM家族成员正相关,发现其与免疫细胞浸润和免疫检查点分子的关联 | 未明确PSMD14影响免疫细胞浸润的具体分子机制 | 探索PSMD14在肺腺癌中的表达特征及其对肿瘤免疫和临床预后的影响 | 肺腺癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 肺腺癌患者组织样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1210 | 2025-10-06 |
Metabolic profiles in laryngeal cancer defined two distinct molecular subtypes with divergent prognoses
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1512502
PMID:40475768
|
研究论文 | 通过多组学分析定义了喉癌的两种代谢相关分子亚型,并开发了诊断和预后预测模型 | 首次基于代谢特征对喉癌进行分子分型,并整合转录组、突变、甲基化和单细胞RNA测序数据进行综合验证 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 识别喉癌的代谢相关分子亚型并开发诊断预后模型 | 喉癌患者 | 生物信息学 | 喉癌 | 转录组测序, 突变分析, 甲基化分析, 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归, 随机森林 | 基因表达数据, 突变数据, 甲基化数据, 单细胞数据 | TCGA数据集114例患者,外加三个独立批量RNA数据集和一个单细胞RNA测序数据集验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1211 | 2025-10-06 |
Tumor-infiltrating lymphocytes in cancer immunotherapy: from chemotactic recruitment to translational modeling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1601773
PMID:40475782
|
综述 | 本文系统探讨肿瘤浸润淋巴细胞在癌症免疫治疗中的作用机制、临床价值及转化前景 | 整合TIL表型功能多样性、临床转化挑战及新兴技术应用,提供个性化免疫治疗综合框架 | 未涉及具体临床试验数据,主要基于现有研究进行理论整合 | 阐明肿瘤浸润淋巴细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及免疫治疗应用策略 | 肿瘤浸润淋巴细胞(CD8+T细胞、CD4+T细胞、调节性T细胞、B细胞、NK细胞)及肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序、新抗原预测、生物材料平台 | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1212 | 2025-10-06 |
stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1566675
PMID:40476268
|
研究论文 | 提出stGuide方法,通过基于注意力的监督图表示学习改进空间转录组学中的标签转移 | 开发了基于注意力的监督图学习模型,利用参考注释指导监督表示,将查询切片映射到共享嵌入空间 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应、不平衡参考注释和组织异质性带来的对齐分析挑战 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 基于注意力的监督图学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1213 | 2025-10-06 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
|
研究论文 | 提出了一种名为STMSGAL的新型空间转录组数据分析框架,整合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类网络 | 首次将图注意力自编码器与多尺度深度子空间聚类相结合,构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN),能够更好地解析空间转录组数据中的复杂结构 | NA | 开发更准确的空间转录组数据分析方法,用于识别空间域、差异表达基因和细胞轨迹推断 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序 | 图注意力自编码器, 多尺度深度子空间聚类网络 | 空间基因表达数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集, 2个乳腺癌组织, 1个成年小鼠大脑(FFPE) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 1214 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557
PMID:40463365
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示动脉修复中的细胞动态及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制 | 首次在股动脉损伤模型中通过单细胞RNA测序识别出分泌CXCL2的炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2),并证实其通过促进平滑肌细胞增殖介导动脉重塑 | 研究主要基于动物模型,在人体中的适用性仍需进一步验证 | 探究PCI术后动脉修复的细胞机制及CXCL2在其中的作用 | 股动脉损伤模型中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 股动脉损伤动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1215 | 2025-10-06 |
Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446
PMID:40463370
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示琥珀酰化在代谢调控、免疫微环境和结直肠癌预后中的重要作用 | 首次系统性分析琥珀酰化在泛癌中的分子活动特征,构建基于琥珀酰化的预后模型并发现PCED1A的促癌功能 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证集中在结直肠癌,需要更多功能实验验证机制 | 探究琥珀酰化在癌症代谢适应、免疫景观和预后中的分子机制 | 泛癌数据集和结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组化、Western blotting | 预后风险模型 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌数据集和结直肠癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1216 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308
PMID:40463378
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤中两种成纤维细胞亚型和一种Trem2+巨噬细胞亚型作为特异性细胞靶点 | 首次在腹主动脉瘤中鉴定出特定的成纤维细胞亚型(Fib_Apoc1+/Fabp4+和inflam-Fib1)和巨噬细胞亚型(Mac_TREM2),并揭示它们在疾病发展中的协同作用 | 研究基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;抗炎疗法在临床应用中已被证明无效 | 探究腹主动脉瘤发病机制并识别新的治疗靶点 | 小鼠腹主动脉瘤模型中的细胞组成和功能表型 | 单细胞生物学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1217 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428
PMID:40463392
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学在结直肠癌中发现过表达PRSS22的细胞簇具有转移和免疫失调潜力 | 首次通过单细胞测序技术识别出与结直肠癌进展相关的PRSS22高表达上皮细胞亚群,并验证其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 样本量相对有限(25例癌组织和10例癌旁组织),需要在更大规模队列中验证 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的特性及其在肿瘤发生中的作用 | 结直肠癌患者组织样本中的细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Boruta特征选择算法 | 单细胞转录组数据 | 25例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1218 | 2025-10-06 |
Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519179
PMID:40463856
|
研究论文 | 本研究通过整合分析和实验验证揭示了黄芩素通过抑制PANoptosis延缓椎间盘退变的治疗潜力 | 首次发现PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用,并验证黄芩素通过调控PANoptosis相关基因发挥治疗作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制 | 椎间盘退变患者样本、体外NPC退变模型和大鼠IVDD模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个公共数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1219 | 2025-10-06 |
Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298
PMID:39620946
|
研究论文 | 本研究通过靶向清除表达脂肪基质细胞标志物的癌症相关成纤维细胞,增强胰腺癌免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次揭示不同CAF亚群对胰腺癌进展的差异性影响,并开发特异性清除ASC样CAFs的肽段D-CAN | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究癌症相关成纤维细胞亚群在胰腺癌进展和治疗抵抗中的作用 | 胰腺导管腺癌小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1220 | 2025-10-06 |
JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104135
PMID:39816691
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研究论文 | 本研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路,抑制前列腺癌骨转移的分子机制 | 首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达,并阐明其通过MAOA-RANKL信号轴影响破骨细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索前列腺癌骨转移的表观遗传调控机制 | 前列腺癌细胞和破骨细胞 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 染色质免疫沉淀, 免疫荧光, 蛋白质印迹, 单细胞测序, 骨培养系统 | NA | 分子生物学数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |