单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-27	Multi-omics analysis untangles the crosstalk between intratumor microbiome, lactic acid metabolism and immune status in lung squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1603822 PMID:40568577	研究论文	通过多组学分析探讨肺鳞状细胞癌中肿瘤内微生物组、乳酸代谢与免疫状态之间的相互作用	发现了两种基于乳酸代谢的亚型，具有不同的临床结果和生物学特性，并开发了基于组织病理学图像的深度学习模型来预测这些亚型	研究结果需要进一步验证，特别是在其他癌症类型中的适用性	探讨乳酸代谢模式与肺鳞状细胞癌肿瘤生物学的关系及其潜在的临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	多组学分析（转录组、基因组、微生物组、数字病理学）	深度学习模型、机器学习算法	转录组数据、基因组数据、微生物组数据、组织病理学图像	多个数据集（具体样本数量未提及）
102	2025-06-27	Dual function of Gasdermin E: pyroptosis-mediated pan-cancer suppression versus HCC-specific oncogenic activity 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626311 PMID:40568597	research paper	该研究探讨了Gasdermin E（GSDME）在肿瘤发生中的双重作用，既作为肿瘤抑制因子又作为肿瘤促进因子	揭示了GSDME在肝细胞癌（HCC）中的异常过表达模式及其通过非焦亡机制促进免疫抑制和抗PD-1治疗抵抗的作用	当前研究面临三大挑战：阐明HCC中GSDME过表达的机制、澄清非焦亡促肿瘤途径的分子枢纽以及开发控制GSDME功能转换的精准策略	研究GSDME在肿瘤发生中的双重作用及其在HCC中的特异性致癌活性	Gasdermin E（GSDME）及其在多种癌症（包括胃癌、结直肠癌、乳腺癌和肝细胞癌）中的作用	肿瘤学	肝细胞癌（HCC）	单细胞多组学和空间转录组学	NA	NA	NA
103	2025-06-26	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	research paper	该研究通过空间转录组学分析，揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染在小鼠模型中的早期转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在人类化小鼠模型中，使用空间转录组学技术研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期免疫细胞浸润和转录模式	研究仅关注了感染后三周的早期阶段，未探讨长期感染效应	理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期的表型和功能变化	人类化小鼠模型的肺组织	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	humanized mouse model	spatial transcriptomic data	多组人类化小鼠（单感染HIV、单感染结核分枝杆菌、共感染组）
104	2025-06-26	A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18 PMID:40553287	研究论文	本文介绍了一个用于胶质母细胞瘤单核表征的工具包，包括核分离、计数和质量控制的详细协议	提供了一个优化的单核制备流程，适用于冷冻样本和难以解离的组织，如脑或脑肿瘤组织	未提及该工具包在不同实验室条件下的可重复性和适用性	开发一个高效的单核RNA测序（snRNA-seq）工具包，用于胶质母细胞瘤的表征	胶质母细胞瘤（GBM）的临床标本和患者来源的GBM细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
105	2025-06-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了二氧化硅暴露下小鼠肺部上皮细胞动态变化及其在免疫激活中的作用	发现了一种新型应激诱导的上皮细胞亚群C0，该亚群具有混合表型，能够通过特定信号通路驱动免疫细胞的招募和激活	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫反应的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理	肺损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	二氧化硅暴露的小鼠肺部组织样本
106	2025-06-26	A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6629479 PMID:40547199	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次系统解析了胃癌微环境中CD8+ T细胞的功能亚群，并鉴定了一个由SELL、CD79B和RAMP2组成的三基因预后标志物	样本量相对较小（23例胃癌组织），且需要进一步的前瞻性临床验证	探究胃癌微环境中CD8+ T细胞异质性及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	胃癌组织中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	无监督聚类、伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据、批量转录组数据	23例胃癌组织（来自GEO数据库）和TCGA-STAD数据集
107	2025-06-26	Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1554845 PMID:40548122	研究论文	该研究通过分析胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）的基因特征，构建了一个预后模型，并筛选出Vorinostat作为潜在的治疗药物	结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别了14个与GAMs相关的预后基因，并验证了Vorinostat在胶质瘤微环境中的抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了胶质瘤细胞-巨噬细胞共培养模型，未进行体内实验	探索胶质瘤相关巨噬细胞的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和药物	胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析, LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	NA
108	2025-06-26	Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370 PMID:40552290	研究论文	开发了一种基于机器学习的树突状细胞特征，用于肺腺癌的预后分层	首次构建了树突状细胞相关特征（DCRS），并验证其在多个外部队列中的预后性能，同时揭示了PLEK2在肺腺癌中的功能作用	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索树突状细胞在肺腺癌中的转录多样性和预后价值	肺腺癌（LUAD）患者和正常组织的树突状细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、伪时间分析	Lasso-Cox、RSF、CoxBoost、Stepwise-Cox	RNA测序数据	七个外部队列的临床样本和肺腺癌细胞系
109	2025-06-24	A Monocyte-Driven Prognostic Model for Multiple Myeloma: Multi-Omics and Machine Learning Insights 2025, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy DOI:10.2147/BLCTT.S517354 PMID:40546417	research paper	该研究通过多组学分析和机器学习算法，建立了一个与单核细胞相关的多发性骨髓瘤预后模型	结合孟德尔随机化分析、流式细胞术和单细胞RNA测序，开发了一个新的单核细胞相关基因预后特征（MGPS）模型，并验证其在预测多发性骨髓瘤患者预后和治疗反应中的价值	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证MGPS模型的临床适用性	探索多发性骨髓瘤的免疫微环境，开发预后模型以优化治疗策略	多发性骨髓瘤患者及其骨髓微环境中的单核细胞	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry, Mendelian Randomization	machine learning (10种算法生成的101个预测模型)	genomic data, transcriptome data	731种免疫细胞表型分析，多组转录组测序数据集
110	2025-06-23	Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012 PMID:39097166	综述	本文综述了当前可用的主要空间转录组学技术及其在肾脏疾病研究中的应用	整合形态学和分子生物学，提供对组织生物学和疾病的新理解	讨论了这些新兴技术的挑战和前景，但未提及具体的技术限制	提高对组织生物学和疾病的理解，并提供潜在的临床见解	肾脏疾病	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学(ST)	NA	分子和形态学数据	NA
111	2024-12-28	Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010 PMID:39722281	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
112	2025-06-22	nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf089 PMID:40438146	research paper	介绍了一个用于MARS-seq实验的系统预处理管道nf-core/marsseq，旨在标准化MARS-seq分析并提高其适用性	基于nf-core框架改进了MARS-seq2.0管道，简化了执行流程，增加了透明度和可扩展性，并实现了RNA速度估计的自定义工作流程	未明确提及具体限制，但暗示了数据格式可能限制了分析的广度	标准化MARS-seq分析并提高其适用性，特别是对RNA速度的研究	MARS-seq实验数据	生物信息学	NA	MARS-seq2.0, RNA速度估计	NA	scRNA-seq数据	NA
113	2025-06-22	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	本文提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积分析	ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	NA	提高空间转录组数据中细胞类型分布的解析精度	空间转录组数据和参考数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组技术	ReSort	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型
114	2025-06-22	Zileuton protects against arachidonic acid/5-lipoxygenase/leukotriene axis-mediated neuroinflammation in experimental traumatic brain injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516836 PMID:40538546	research paper	该研究探讨了5-脂氧合酶（5-LOX）在创伤性脑损伤（TBI）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了5-LOX在TBI中的具体作用机制，并验证了zileuton通过抑制5-LOX减轻神经炎症和脑损伤的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究5-LOX在TBI病理生理学中的作用及其治疗潜力	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	RNA-seq分析、RT-PCR、免疫细胞化学、Western blotting、单细胞测序、液相色谱质谱/质谱、酶联免疫吸附试验	小鼠TBI模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量，但使用了假手术组和TBI组的小鼠脑组织样本
115	2025-06-22	EPHX2 overexpression deters the advancement of clear cell renal cell carcinoma via lipid metabolism reprogramming 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1541429 PMID:40538850	研究论文	本研究探讨了EPHX2在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)进展中的机制作用及其通过脂质代谢重编程抑制肿瘤生长的潜力	首次整合机器学习方法分析EPHX2在ccRCC中的作用，并通过实验验证其过表达对肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力的抑制作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证	阐明EPHX2在ccRCC进展中的机制作用	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)细胞系786-O和ACHN	肿瘤学	肾癌	转录组分析、慢病毒转染技术	机器学习模型	转录组数据	TCGA和GEO数据库中的ccRCC样本数据，以及786-O和ACHN细胞系
116	2025-06-22	Single Cell and Transcriptomic Analysis of Regulatory Mechanisms of Key Genes in Systemic Lupus Erythematosus 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S522871 PMID:40539001	研究论文	该研究通过整合单细胞和转录组数据，识别出系统性红斑狼疮（SLE）发病机制中的六个关键基因，并强调了记忆B细胞的核心作用	整合单细胞和转录组数据识别关键基因，揭示了记忆B细胞在SLE中的核心作用	样本量较小（6名SLE患者和6名对照）	理解系统性红斑狼疮的发病机制	系统性红斑狼疮患者和对照组的血液样本	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 转录组分析, ssGSEA, 甲基化分析, PPI网络构建	NA	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	6名SLE患者和6名对照
117	2025-06-22	High-expression of BCL10 inhibits cell-mediated immunity within the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616321 PMID:40539049	研究论文	本研究探讨了BCL10在肿瘤免疫微环境中对免疫细胞的影响及其与免疫抑制的关系	首次系统研究了BCL10在肿瘤免疫微环境中的作用，揭示了其通过NF-κB信号通路和PD-1上调导致CD8+T细胞耗竭的机制	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步人类临床试验验证	探究BCL10在肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫细胞功能的影响	BCL10蛋白、肿瘤免疫微环境中的免疫细胞(CD8+T细胞、CD4+Th1细胞、NK T细胞等)	肿瘤免疫学	宫颈鳞状细胞癌(CESC)	生物信息学分析(xCELL, CIBERSORT, QUANTISEQ, MCPcounter)、单细胞RNA测序、小鼠模型	植入性CESC小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的肿瘤样本、GEO数据库中的单细胞RNA测序数据、小鼠模型
118	2025-06-22	Integrated machine learning and single-cell RNA sequencing reveal COL4A2 and CXCL6 as oxidative stress-associated biomarkers in periodontitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1598642 PMID:40539067	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞RNA测序技术，揭示了COL4A2和CXCL6作为牙周炎氧化应激相关生物标志物的潜在作用	首次结合机器学习和单细胞RNA测序技术鉴定牙周炎氧化应激相关生物标志物，并验证其在特定细胞亚群中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，尚未进行临床样本的大规模验证	探索氧化应激与牙周炎发病机制的关联，并寻找潜在的诊断生物标志物和治疗靶点	牙周炎患者的牙龈组织转录组数据及大鼠牙周炎模型	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 基因集富集分析(GSEA)	机器学习算法(未指定具体模型)	RNA测序数据	未明确说明人类样本数量，包含大鼠模型数据
119	2025-06-22	Single-cell sequencing reveals dysregulated cell type perturbations and critical mediator communication remodelling in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557564 PMID:40539065	研究论文	通过单细胞测序技术揭示结直肠癌中细胞类型扰动和关键介质通讯重塑的失调	识别了具有增殖和侵袭特征的上皮亚群，以及髓系细胞的终末状态ActMono，并揭示了galectin信号在免疫调节中的关键作用	样本量相对较小（41例CRC样本），且仅基于转录组数据进行分析	研究结直肠癌的细胞异质性和免疫微环境，识别关键亚群、功能通路和预后生物标志物	结直肠癌（CRC）患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序	预后模型（CRS）	转录组数据	41例CRC样本
120	2025-06-22	Cellular hierarchy framework based on single-cell and bulk RNA sequencing reveals fatty acid metabolic biomarker MYDGF as a therapeutic target for ccRCC 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615601 PMID:40539074	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示脂肪酸代谢生物标志物MYDGF作为ccRCC治疗靶点的细胞层次框架	结合单细胞测序和空间转录组学，重新定义了与ccRCC中脂肪酸代谢增加相关的基因集，并发现MYDGF等四个候选基因与ccRCC进展相关	未明确说明样本量是否足够大以覆盖ccRCC的异质性	探索脂肪酸代谢重编程对ccRCC异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和恶性上皮细胞	数字病理学	肾癌	单细胞测序, 空间转录组学, RNA-seq	机器学习算法	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量