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当前共找到 1942 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-12-04 |
CXCL6 Orchestrates Macrophage-Driven Inflammation in Diabetic Kidney Disease and Represents a Druggable Target
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000548806
PMID:41321788
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研究论文 | 本研究通过整合分析转录组数据，发现CXCL6是糖尿病肾病中驱动肾小管间质炎症的关键介质，并筛选出潜在抑制剂水溶性丹酚酸B | 首次将CXCL6确立为糖尿病肾病中连接肾小管损伤与巨噬细胞驱动炎症的核心枢纽基因，并通过虚拟筛选发现其新型抑制剂 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；虚拟筛选发现的抑制剂需更多实验确认其特异性 | 阐明糖尿病肾病肾小管间质损伤的分子机制并寻找治疗靶点 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织、HK-2和THP-1细胞系、糖尿病肾病小鼠模型 | 生物信息学与分子生物学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、虚拟筛选 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 三个糖尿病肾病转录组数据集、患者肾脏组织、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-12-04 |
CancerTrace: Multi-stage single-cell analysis of networked cancer evolution for driver and modulator gene identification
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.014
PMID:41322005
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CancerTrace的时间感知计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症驱动基因及其上游调控因子 | 该框架结合转移熵和稀疏条件结构于变分贝叶斯模型中，能够直接从scRNA-seq数据中恢复动态、患者特异性的调控机制，无需匹配DNA或外部扰动数据 | 研究仅基于三名肺腺癌患者的九个纵向scRNA-seq文库，样本量较小，可能限制结果的普遍性 | 识别患者特异性癌症驱动基因及其上游调控因子，以推进机制理解和精准肿瘤学 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 变分贝叶斯模型 | 单细胞RNA测序数据 | 三名肺腺癌患者的九个纵向scRNA-seq文库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-12-04 |
HeartMAP: A multi-chamber spatial framework for cardiac cell-cell communication
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.015
PMID:41322007
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研究论文 | 本研究提出了一个名为HeartMAP的计算框架，用于在心脏腔室分辨率下推断细胞间通讯网络 | 开发了首个能够整合单细胞RNA-seq共表达模式和配体-受体相互作用数据库，以解析心脏四个不同腔室特异性细胞通讯网络的计算平台 | 研究基于七名健康供体的数据，未包含疾病状态样本，且框架的性能依赖于现有配体-受体数据库的完整性 | 阐明心脏四个不同腔室内及腔室间的细胞通讯网络，为精准心脏病学提供分子基础 | 人类心脏细胞 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 计算框架（包含基础流程分析、高级通讯建模和多腔室图谱构建的三层分析方法） | 单细胞RNA-seq数据 | 来自7名健康人类心脏供体的287,269个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-12-04 |
NK cell-associated long non-coding RNAs reveal heterogeneity of colorectal cancer immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615942
PMID:41322425
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和TCGA-COAD/READ批量转录组数据，构建了一个基于NK细胞相关长链非编码RNA的预后模型，用于预测结直肠癌患者的预后 | 首次系统性地利用NK细胞相关lncRNAs构建结直肠癌预后模型，并揭示了AC010319.3通过抑制IFN-γ和颗粒酶B表达来减弱NK细胞毒性、促进结直肠癌细胞增殖和侵袭的新机制 | 研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证；样本量相对有限，特别是独立临床样本仅76例 | 开发基于NK细胞相关lncRNAs的预后模型，以预测结直肠癌患者的预后并探索其在肿瘤免疫微环境中的调控作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | Cox回归模型, LASSO回归 | RNA-seq数据 | TCGA-COAD/READ数据集及76例独立临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Smartseq2 | GSE146771_Smartseq2单细胞RNA-seq平台 |
| 105 | 2025-12-04 |
Single-cell atlas of the tumor immune microenvironment across syngeneic murine models
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1676581
PMID:41322421
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了十种同基因小鼠肿瘤模型中的肿瘤免疫微环境图谱，并深入分析了免疫细胞亚群及其在抗PD-1治疗中的功能相关性 | 首次在多种同基因小鼠肿瘤模型中系统性地绘制了肿瘤免疫微环境的单细胞图谱，并识别了与抗PD-1治疗响应相关的干扰素刺激基因高表达单核细胞亚群 | 研究仅基于小鼠模型，结果向人类肿瘤的转化需进一步验证；且样本数量有限，可能无法完全覆盖所有肿瘤类型的免疫微环境异质性 | 全面解析肿瘤免疫微环境的细胞组成和异质性，并探究其在免疫治疗响应中的作用 | 从十种同基因小鼠肿瘤模型中分离的CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 多种癌症类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 十种同基因小鼠肿瘤模型，代表七种不同癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-12-04 |
Integrated multi-omics analysis reveals key hub genes and mechanisms in calcific aortic stenosis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1640014
PMID:41322480
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了钙化性主动脉瓣狭窄的关键枢纽基因及其机制 | 结合转录组、蛋白质组和单细胞RNA测序数据，系统性地识别了16个枢纽基因，并验证了MMP9和PLAU在单核细胞和巨噬细胞促炎效应中的作用 | 样本量较小（仅16例患者），且未进行功能验证实验以确认基因的因果作用 | 识别钙化性主动脉瓣狭窄的致病基因，以提供心脏病理学和治疗的新见解 | 主动脉瓣（来自8名AS患者和8名非AS患者） | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 蛋白质组测序, 单细胞RNA测序 | edgeR, GO, KEGG, GSEA, 五种算法（未指定具体名称） | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | 16例患者（8例AS, 8例非AS） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-12-04 |
Investigating the molecular mechanisms of resveratrol in treating diabetic foot ulcers: a comprehensive analysis of network pharmacology and experiment validation
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1708426
PMID:41322696
|
研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、生物信息学分析和实验验证，探讨了白藜芦醇治疗糖尿病足溃疡的分子机制 | 首次通过生物信息学分析和机器学习算法联合鉴定出白藜芦醇/糖尿病足溃疡关键基因（RDGs），并揭示了其在免疫微环境和细胞异质性中的作用 | 研究主要基于公共数据库和计算预测，实验验证部分相对有限，需要进一步的功能性研究来确认机制 | 探究白藜芦醇治疗糖尿病足溃疡的分子机制，以改善临床管理 | 糖尿病足溃疡相关的基因表达数据和生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 网络药理学、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、免疫组织化学 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-12-04 |
Metabolic-stem cell crosstalk in PD: NK1 cells as key mediators from a bioinformatics perspective
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1681261
PMID:41323222
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析揭示了帕金森病中BMX和CA4作为关键枢纽基因，并建立了CA4-NK1-PD轴的新机制 | 首次从代谢和干细胞角度整合分析，识别出CA4在NK1细胞亚型中的特异性表达，并提出了CA4-NK1-PD轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，尚未在人类临床样本中进行广泛验证 | 阐明帕金森病的分子发病机制并识别新的候选生物标志物 | 帕金森病相关的基因表达数据、动物模型以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 生物信息学分析、qRT-PCR、Western blotting、单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | GEO数据集中的帕金森病队列数据及动物标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-12-04 |
Single-cell RNA sequencing data analysis of the inner ear in gentamicin-treated mice via intraperitoneal injection
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1242
PMID:41323644
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了腹腔注射庆大霉素对小鼠内耳细胞的影响机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析庆大霉素腹腔注射后小鼠内耳细胞的转录组变化，并探讨了地塞米松的保护作用 | 研究仅使用昆明小鼠，样本量较小，且未进行长期观察或机制验证实验 | 阐明庆大霉素腹腔注射引起耳毒性的细胞和分子机制 | 小鼠内耳细胞，包括外毛细胞、支持细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 耳毒性听力损失 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 昆明小鼠，分为正常对照组、庆大霉素组和庆大霉素+地塞米松组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-12-04 |
pyALRA: python implementation of low-rank zero-preserving approximation of single cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf279
PMID:41323649
|
研究论文 | 本文介绍了pyALRA，一个用于单细胞RNA-seq数据插补的Python实现，旨在提高工具的可访问性和计算效率 | 通过Python重新实现(r-)ALRA R包，实现了低秩零保留近似方法，并在速度和内存消耗上有所改进 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一个高效且易于访问的单细胞RNA-seq预处理和校正工具 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 低秩零保留近似模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2025-12-03 |
Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1
PMID:39801515
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续性感染中的宿主保护作用 | 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性机制被招募至肉芽肿，并在控制持续性细菌感染中发挥关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类感染中得到验证 | 探究嗜酸性粒细胞在宿主对抗持续性细菌感染中的作用机制 | 鼠伤寒沙门氏菌（Tm）感染的小鼠模型 | 感染免疫学 | 细菌感染 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 112 | 2025-12-02 |
Immune cell communication networks and memory CD8+ T cell signatures sustaining chronic inflammation in COVID-19 and Long COVID
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689507
PMID:41200182
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了COVID-19及长新冠患者的免疫细胞图谱，揭示了记忆CD8+ T细胞在慢性炎症中的核心作用及其分子特征 | 在单细胞分辨率下绘制了COVID-19及长新冠的免疫景观，首次系统性地揭示了记忆CD8+ T细胞在MHC-I介导的细胞通讯网络中的中心地位及其与慢性炎症的关联，并利用机器学习模型识别出预测慢性免疫失调的关键基因标志 | 研究样本量相对有限（73,110个PBMCs），且仅基于外周血单核细胞分析，未能涵盖组织特异性免疫反应；机器学习模型的验证仍需在独立队列中进行 | 探究COVID-19及长新冠中持续免疫失调和慢性炎症的分子机制，特别是记忆CD8+ T细胞的功能异常与炎症维持的关系 | 来自健康、暴露、感染及住院四个疾病状态个体的外周血单核细胞（PBMCs） | 生物信息学 | COVID-19及长新冠 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、机器学习模型训练、SHAP解释框架 | XGBoost等九种机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 73,110个外周血单核细胞（PBMCs），来自四个疾病状态（健康、暴露、感染、住院）的个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-12-01 |
Discovery of PAK2 as a Key Regulator of Cancer Stem Cell in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Using Multi-Omic Techniques
2025, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/sci/1325262
PMID:41311809
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研究论文 | 本研究通过多组学技术发现PAK2是头颈部鳞状细胞癌中调控癌症干细胞的关键基因 | 首次揭示PAK2通过调控程序性细胞死亡、肿瘤干细胞特性和免疫微环境在HNSC发病机制中的核心作用，并筛选出潜在靶向治疗药物 | NA | 系统筛选头颈部鳞状细胞癌的关键致病基因并探索其治疗靶点 | 头颈部鳞状细胞癌组织和细胞 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞测序,空间转录组学,机器学习,分子对接 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,临床数据 | GSE150321数据集,TCGA数据集和外部验证数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2025-12-01 |
Chaperonins in Hepatocellular Carcinoma: Unveiling Their Role in Tumor Proliferation and Immune Modulation Through Multiomics Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6152675
PMID:41312091
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示分子伴侣蛋白在肝细胞癌中的表达特征及其在肿瘤增殖和免疫调节中的作用机制 | 首次系统性地将分子伴侣蛋白表达谱与基因组异常关联，并通过单细胞RNA测序和空间转录组学验证CCT6B在细胞周期调控和M2巨噬细胞浸润中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证具体分子机制 | 探索分子伴侣蛋白在肝细胞癌进展中的分子机制和临床意义 | 肝细胞癌组织和分子伴侣蛋白家族成员 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 功能富集分析, 体外实验 | 差异表达分析, 生存分析, 单变量Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 公共数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 115 | 2025-12-01 |
Navigating tumour microenvironment in endometrial carcinoma: a comprehensive review integrating immunohistochemistry, single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomics
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1685565
PMID:41312167
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综述 | 整合免疫组织化学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面探讨子宫内膜癌肿瘤微环境的研究进展 | 这是首篇将scRNA-seq、ST和IHC三种技术整合应用于子宫内膜癌研究的综合性综述 | NA | 深入理解子宫内膜癌肿瘤微环境的动态变化和细胞间相互作用 | 子宫内膜癌肿瘤微环境 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2025-12-01 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cellular subpopulations associated with relapse in high-risk B-ALL following intensified chemotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1645546
PMID:41312364
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析识别与高危B-ALL强化化疗后复发相关的细胞亚群 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术分析高危B-ALL患者强化化疗后的细胞亚群，识别出与治疗抵抗相关的特定细胞亚群及其分子特征 | 样本量有限，仅针对儿科高危B-ALL患者，未涉及其他类型白血病或成人患者 | 探索高危B-ALL患者强化化疗后复发的分子机制 | 儿科高危B-ALL患者外周血单个核细胞及健康对照 | 单细胞多组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,生物信息学分析 | 谱聚类分析 | 单细胞转录组数据,染色质可及性数据 | 高危B-ALL患者和健康对照的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 117 | 2025-12-01 |
Multi-omics integration identifies ASPH and PTTG1 as potential causal drivers of lung adenocarcinoma progression and immune evasion
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689275
PMID:41312363
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析鉴定出ASPH和PTTG1作为肺腺癌进展和免疫逃逸的潜在因果驱动基因 | 首次结合单细胞转录组学、孟德尔随机化分析和功能实验验证，系统识别肺腺癌中上皮来源的因果驱动基因 | 研究样本量相对有限，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索肺腺癌血管生成和免疫逃逸的上皮源性调控机制及因果基因 | 肺腺癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 蛋白质印迹, 基因敲低, 细胞功能实验 | 预后风险模型 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 临床数据 | GEO和TCGA队列的临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2024-11-30 |
Dissecting the effect of genetic variants on atherosclerosis: integrating bulk and single-cell transcriptomics
2025-Jan-16, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehae489
PMID:39607792
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2025-11-30 |
Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制 | 首次识别出两个具有放疗抵抗特性的少突胶质细胞亚群ODC3和ODC4，并揭示它们通过不同分子通路获得放疗抵抗性 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制及关键影响因素 | 胶质母细胞瘤组织样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle2, AUCell, maftools | 单细胞RNA测序数据，基因突变数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-11-30 |
Integrated Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Identify Diagnostic Biomarkers for Postmenopausal Osteoporosis
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，筛选出绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物 | 首次结合单细胞转录组图谱和WGCNA分析骨质疏松症，识别出单核细胞亚型特异性表达的新型生物标志物 | 未提及样本量的具体数字和验证队列的详细信息 | 探索绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物，为早期诊断和治疗靶点提供依据 | 绝经后骨质疏松症患者样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 基因集富集分析 | 列线图诊断模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |