单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-07	An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760 PMID:40861433	研究论文	介绍一种名为nimble的补充性RNA-seq分析工具，专注于提升免疫相关基因数据的捕获和分析能力	开发了可定制化基因空间和评分标准的伪比对工具，能够恢复标准分析中遗漏的等位基因特异性调控和复杂多基因家族数据	NA	改善单细胞RNA-seq分析中对免疫相关基因（如MHC和KIR）的检测准确性和完整性	免疫基因家族（主要组织相容性复合体和杀伤细胞免疫球蛋白样受体）及组织驻留记忆T细胞	生物信息学	传染病（结核分枝杆菌感染）	RNA-seq（包括bulk和单细胞），伪比对技术	NA	基因表达数据	NA
102	2025-09-06	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	结合单细胞和空间转录组学揭示二氧化硅损伤肺中应激诱导的EMT样上皮亚群驱动免疫激活	发现了一个新型的应激诱导上皮亚群C0，具有混合表型，通过特定信号通路驱动免疫细胞招募和激活	研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫应答的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间定位数据	二氧化硅暴露56天的小鼠肺部样本
103	2025-09-06	Supervised Gromov-Wasserstein Optimal Transport with Metric-Preserving Constraints 2025, SIAM journal on mathematics of data science IF:1.9Q1 DOI:10.1137/24m1630499 PMID:40893388	研究论文	提出一种带度量保持约束的监督Gromov-Wasserstein最优传输方法，扩展了传统GW框架并应用于单细胞RNA测序数据对齐	在Gromov-Wasserstein最优传输中引入无穷大成本张量条目，通过求解最小顶点覆盖问题实现高阶约束到耦合矩阵约束的转换	NA	开发一种能够控制距离保持程度的监督最优传输方法，用于部分重叠数据集的对齐	合成数据集和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督Gromov-Wasserstein最优传输，mirror-C下降迭代	数值数据，基因表达数据	NA
104	2025-09-06	Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S532644 PMID:40894303	研究论文	通过机器学习开发neddylation相关基因标签，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	首次结合单细胞RNA测序和十种机器学习算法构建neddylation相关基因标签，并系统分析其与免疫微环境和治疗反应的关系	需要进一步验证	探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自TISCH、TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本
105	2025-09-06	Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574 PMID:40894480	研究论文	通过单细胞分析和机器学习探究心房颤动中心肌细胞相互作用和离子通道特征	首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统揭示AF结构重塑中的细胞亚型分化轨迹及离子通道标志物ANO1/GRIK2	研究样本量有限，未进行实验验证预测的药物靶向效果	阐明心房颤动结构重塑和电重塑的细胞分子机制	心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 机器学习(LASSO/SVM), GO/KEGG/GSEA富集分析	LASSO, SVM	单细胞转录组数据，微阵列数据	未明确样本数量（AF患者与SR对照组心房成纤维细胞）
106	2025-09-06	eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722 PMID:40895540	研究论文	通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物	首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的新功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅局限于肝癌细胞系	系统识别跨癌种生物标志物并评估其临床应用潜力	多癌种患者数据（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝癌细胞系	生物信息学	多癌种（泛癌）	孟德尔随机化、多组学整合分析、单细胞转录组测序、体外实验	NA	基因组、转录组、单细胞数据	多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，具体样本量未明确说明
107	2025-09-06	A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538 PMID:40895568	研究论文	本文发现SARS-CoV-2的一种新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA）通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效率	首次鉴定出同时编码ORF3a和E蛋白的融合型亚基因组RNA，并揭示其通过促进核糖体蛋白RPS3表达增强病毒翻译能力的机制	NA	探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制	SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系	病毒学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA测序数据	SARS-CoV-2感染的细胞系（未注明具体样本数量）
108	2025-09-06	The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858 PMID:40895569	研究论文	本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢重编程相关的关键预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的核心调控枢纽，并揭示其在连接免疫应答与代谢重编程中的双重功能	研究主要基于回顾性数据分析，实验验证仅限于体外模型，缺乏体内功能验证和临床前瞻性研究	识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物，并探讨PLEK在肿瘤微环境中的调控作用	骨肉瘤组织样本、肿瘤浸润免疫细胞（特别是巨噬细胞）、TCGA/GTEx数据库转录组数据	肿瘤免疫学	骨肉瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、siRNA敲低、细胞共培养	蛋白相互作用网络分析、GO/KEGG富集分析、CytoHubba算法	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集（含TCGA/GTEx数据）和单细胞RNA-seq数据集（GSE162454），实验验证使用临床OS样本
109	2025-09-06	Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243 PMID:40895573	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，识别关键基因和潜在治疗靶点	整合scRNA-seq与机器学习方法，首次系统鉴定巨噬细胞与离子稳态相关基因（ABRGs）在T2D中的交叉作用网络，并揭示STAT3和特定miRNA的核心调控作用	样本量有限（44例患者），且仅为观察性研究，需进一步实验验证机制	识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点	2型糖尿病患者的胰岛细胞（27例非糖尿病患者和17例T2D患者）	生物信息学	2型糖尿病	scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析（IREA）	GBM（梯度提升机）	单细胞RNA测序数据	44例人类胰岛样本（27 ND + 17 T2D）
110	2025-09-06	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚	探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
111	2025-09-06	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律	NA	揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
112	2025-09-06	Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10524 PMID:40893145	研究论文	通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群	发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱	样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析	探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用	单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本
113	2025-09-06	Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446 PMID:40895534	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制	首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略	小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系	分子病理学	急性肾损伤	scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据	小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明）
114	2025-09-06	Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523019 PMID:40896540	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物	首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型	CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库	阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物	脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest）	集成学习模型	基因表达数据	380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本
115	2025-09-06	Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133 PMID:40909286	correction	对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
116	2025-09-05	WITHDRAWN: Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-01-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	撤回论文	该论文因出版流程错误已被编辑要求撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
117	2025-09-05	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	研究论文	本研究通过3D培养中过表达proneural转录因子刺激人类视网膜Müller胶质细胞再生神经元	首次在成人视网膜中证明Müller胶质细胞可通过转录因子重组生成新神经元，并采用3D培养系统提升再生效率	2D培养中神经发生效果有限且新生儿神经元分析不足	改善视网膜退行性疾病中神经元再生的治疗策略	人类胎儿视网膜组织和成人尸检视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体转染、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电生理记录	NA	基因表达数据、电生理数据、组织成像数据	人类胎儿和成人视网膜样本（具体数量未明确说明）
118	2025-09-05	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	通过整合单细胞测序和空间转录组数据，构建甲状腺癌进展的图谱并识别与预后相关的成纤维细胞亚群	首次结合单细胞测序、空间转录组和bulk RNA测序技术，系统性定义甲状腺癌中基质细胞亚群及肿瘤-基质互作，并发现仅存在于恶性样本中的myCAF亚群与肿瘤侵袭和进展相关	NA	解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组和肿瘤-基质互作机制	甲状腺癌组织样本（涵盖不同组织学类型和突变谱系）	数字病理	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组, bulk RNA测序	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	NA
119	2025-09-05	SEMA3C regulates tumor-associated macrophage phenotype and influences lung cancer cell migration and invasion through VNN1 2025 Jan-Dec, Human & experimental toxicology IF:2.7Q3 DOI:10.1177/09603271251376577 PMID:40901786	研究论文	本文探讨了SEMA3C通过VNN1调控肿瘤相关巨噬细胞表型并影响肺癌细胞迁移和侵袭的机制	首次揭示SEMA3C通过VNN1介导的癌症相关成纤维细胞与巨噬细胞互作调控TAM极化的新机制	研究主要基于体外实验和单细胞数据分析，缺乏体内实验验证	研究肿瘤相关巨噬细胞在肺腺癌细胞侵袭迁移中的作用机制	肺腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境	肺癌	单细胞测序、Western blot、Transwell实验、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、实验数据	基于GSE131907数据集和体外实验样本
120	2025-09-03	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	首次对宫颈小细胞神经内分泌癌进行单细胞转录组测序，揭示其分子特征和肿瘤微环境，筛选关键预后基因	首次应用scRNA-Seq技术研究SCNECC，发现两种恶性细胞群及肿瘤进展路径，识别ERBB4/NRG1-mTOR等关键信号通路上调	样本量较小（仅1例患者肿瘤组织），依赖公共数据库健康对照数据	探究SCNECC的分子特征、细胞起源和发病机制	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）患者肿瘤组织及健康宫颈组织	单细胞组学	宫颈癌	scRNA-Seq（单细胞转录组测序）	NA	单细胞转录组数据	1例SCNECC患者肿瘤样本 + 公共数据库健康宫颈组织数据