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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-22 |
Single-cell RNA sequencing unraveled immune-related expression heterogeneity and lymphoid cell development dysregulation in childhood asthma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606650
PMID:41550933
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童哮喘患者与健康对照的外周血单个核细胞,揭示了免疫相关表达异质性和淋巴细胞发育失调在儿童哮喘中的作用 | 首次在单细胞水平上系统揭示了儿童哮喘中免疫细胞发育轨迹的异常模式,并识别了JUN、SPI1等关键基因及S100A家族蛋白的普遍上调,为理解哮喘的分子机制提供了新视角 | 样本量较小(仅3例患者和4例对照),且未涉及组织特异性分析,可能限制结果的普适性 | 阐明免疫失调在儿童哮喘发病机制中的作用 | 儿童哮喘患者和健康对照的外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例儿童哮喘患者和4例年龄匹配的健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-01-22 |
Role of SUV39H2 in shaping the malignant phenotype of triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1679640
PMID:41551146
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研究论文 | 本研究探讨了SUV39H2在三阴性乳腺癌中的表达模式、临床相关性及功能作用 | 首次系统分析SUV39H2在多种癌症中的表达,并验证其在TNBC中的促癌功能 | 临床实用性需进一步验证,样本量有限 | 阐明SUV39H2在TNBC恶性表型中的作用 | 三阴性乳腺癌细胞系及患者样本 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、Western印迹、功能实验 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 5对TNBC患者样本,MDA-MB-231和Hs-578T细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2026-01-22 |
Research progress of stem cells in the treatment of atherosclerosis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1722416
PMID:41552013
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综述 | 本文系统综述了干细胞在治疗动脉粥样硬化中的研究进展,包括其作用机制、动物实验与临床试验证据、当前面临的挑战以及未来的优化策略与应用前景 | 聚焦于2023-2025年的最新研究证据,并提出了结合单细胞测序、类器官模型和精准递送系统等前沿技术来推动干细胞临床转化的具体实施路径 | 本文为综述性文章,未报告原始实验数据,其分析基于对现有文献的总结 | 总结干细胞治疗动脉粥样硬化的研究进展,分析核心挑战,并探讨促进其临床转化的未来方向 | 间充质干细胞、诱导多能干细胞、内皮祖细胞等用于治疗动脉粥样硬化的干细胞类型 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 104 | 2026-01-22 |
Bu-Yi-Xin-Shen formula targets monocytes through PI3K-Akt/NF-κB signaling in post-percutaneous coronary intervention angina
2025, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/CMPK4691
PMID:41552316
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,探讨了补益心肾方治疗经皮冠状动脉介入术后心绞痛的机制 | 结合生物信息学、分子对接、单细胞RNA测序和体内实验,首次系统揭示了补益心肾方通过靶向单核细胞中的PI3K-Akt/NF-κB信号通路发挥治疗作用 | 研究主要基于动物实验和生物信息学预测,缺乏临床样本的直接验证,且活性成分的具体体内药效学需进一步确认 | 探究补益心肾方治疗经皮冠状动脉介入术后心绞痛的作用机制 | 单核细胞及相关信号通路(PI3K-Akt、NF-κB) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子对接、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2026-01-22 |
Visualizing stability: a sensitivity analysis framework for t-SNE embeddings
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1719516
PMID:41552665
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研究论文 | 本文提出一个计算框架,用于扩展标准t-SNE图,通过可视化线索展示t-SNE嵌入的稳定性 | 结合隐函数定理与自动微分进行敏感性分析,计算嵌入对输入数据的敏感性,并通过雅可比矩阵热图可视化特征影响和结构不稳定区域 | 未明确讨论框架的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 开发一个框架来评估t-SNE嵌入的稳定性和可解释性,以增强生物信息学中的科学结论严谨性 | 高维生物数据,包括批量RNA-seq、蛋白质组学和单细胞转录组学数据集 | 机器学习 | NA | t-SNE, 敏感性分析, 自动微分 | t-SNE | 高维数据 | 三个不同的生物数据集 | NA | bulk RNA-seq, proteomics, single-cell transcriptomics | NA | NA |
| 106 | 2026-01-22 |
Emerging technologies and current challenges in intratumoral microbiota research
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1685862
PMID:41552720
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物组研究中的新兴技术、当前挑战以及未来的发展方向 | 系统性地总结了用于克服肿瘤内微生物低生物量检测挑战的新兴技术,包括改进的污染控制策略、高分辨率检测方法以及人工智能辅助的多组学整合分析,并指出了该领域从描述性研究向机制理解和临床转化发展的趋势 | NA | 探讨肿瘤内微生物组研究领域的技术挑战、最新进展及未来前景,以推动该领域向机制研究和临床转化发展 | 肿瘤内微生物组 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 厌氧培养优化, 基因组解析分析, 酶水平分析, 人工智能辅助分析 | NA | 微生物组数据, 临床数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 107 | 2026-01-22 |
Tumor-like characteristics of vascular smooth muscle cells in atherosclerosis
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1734123
PMID:41552822
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞表现出的类肿瘤特征,包括DNA损伤、基因组不稳定性、逃避衰老、过度增殖、迁移与侵袭激活、癌症干细胞样特性以及癌症相关信号通路激活 | 通过谱系追踪和单细胞转录组学技术,揭示了血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中表现出高度可塑性和类肿瘤特征,这一发现挑战了传统观点 | NA | 探讨动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞的类肿瘤特征,为针对血管平滑肌细胞的新治疗策略提供理论基础 | 血管平滑肌细胞及其衍生细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2026-01-21 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本研究探讨了危重病(包括脓毒症)患者中CD4 T细胞的代谢适应如何以亚群特异性方式重塑其功能 | 揭示了调节性T细胞(Tregs)在危重病中通过获得糖酵解能力来稳定其抑制性标志物,并与临床疾病严重程度相关,同时通过单细胞转录组学鉴定了犬尿氨酸代谢在Tregs中的差异作用 | 未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有危重病亚型,且机制研究可能仅限于体外验证 | 旨在阐明危重病(包括脓毒症)中CD4 T细胞的代谢与免疫功能障碍之间的机制联系 | 人类CD4 T细胞,特别是来自危重病(有或无脓毒症)患者和健康成年人的样本 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2026-01-21 |
Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635096
PMID:39974955
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研究论文 | 本研究探讨了香烟烟雾通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮细胞退行性异质性,并加速衰老的过程 | 首次结合snRNA-seq和snATAC-seq技术,揭示了香烟烟雾诱导的RPE细胞退行性异质性及其与衰老的差异,并在人类样本中验证了与早期年龄相关性黄斑变性的关联 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探究香烟烟雾如何通过表观遗传机制诱导视网膜色素上皮细胞的退行性异质性,并加速衰老过程 | 年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮/脉络膜组织,以及吸烟者、早期AMD患者和非吸烟者的人类视网膜样本 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | 年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织,以及来自吸烟者、早期AMD患者和非吸烟者的人类视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-01-19 |
p53 mutation biases squamocolumnar junction progenitor cells towards dysplasia rather than metaplasia in Barrett's oesophagus
2025-Jan-17, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332095
PMID:39353725
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研究论文 | 本研究探讨了p53突变在Barrett食管(BE)向食管腺癌(EAC)进展过程中,对贲门祖细胞命运和功能的影响,特别是在慢性损伤条件下 | 揭示了p53突变在慢性损伤环境中作为开关,促进祖细胞扩增并抑制其向化生分化,直接导致不典型增生,而非通过化生阶段进展 | 研究基于小鼠模型(L2-IL1β),可能无法完全模拟人类BE进展的复杂性;且聚焦于特定Trp53突变(R172H),其他p53突变的影响可能不同 | 探究p53突变在BE向EAC进展中对贲门祖细胞行为的影响 | 小鼠BE模型(L2-IL1β)中的Cck2r+贲门祖细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 谱系追踪、病理分析、类器官培养、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、计算分析、原位移植 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、病理图像、类器官培养数据 | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠模型、类器官培养和单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2026-01-17 |
Smooth muscle cell-specific CD47 deletion suppresses atherosclerosis
2025-Jan-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2024.123315
PMID:39675550
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研究论文 | 本研究探讨了平滑肌细胞特异性CD47缺失对动脉粥样硬化的抑制作用 | 首次揭示了TSP1-CD47信号在调节VSMC表型中的作用,并证明SMC特异性Cd47缺失能抑制动脉粥样硬化病变形成 | 未详细探讨CD47缺失对其他细胞类型或全身代谢的长期影响,且主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 研究血管平滑肌细胞TSP1-CD47信号在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用 | 人类和小鼠的血管平滑肌细胞、动脉粥样硬化组织、SMC特异性Cd47敲除小鼠 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、分子生物学技术、细胞特异性敲除小鼠模型 | NA | 基因表达数据、组织图像、细胞实验数据 | 人类动脉粥样硬化血管组织、小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2026-01-17 |
Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.571168
PMID:38168363
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研究论文 | 本文介绍了一种基于高度保守氨基酸域的方法,用于在批量及单细胞转录组学数据中高效、准确地检测病毒序列,并应用于识别恒河猴PBMC数据中的潜在新病毒 | 该方法不依赖参考基因组,能保留单细胞分辨率,通过细胞条形码追踪,覆盖超过10万种RNA病毒物种,实现病毒存在与宿主基因表达的并行分析 | 未明确提及具体样本量或实验验证细节,可能受限于数据质量和病毒保守域的覆盖范围 | 开发一种高效准确的病毒检测方法,以理解病毒感染对人类健康的影响并预测潜在流行病 | 病毒序列(特别是RNA病毒)及宿主基因表达,应用于恒河猴外周血单个核细胞数据 | 生物信息学 | 病毒感染 | 高通量测序,单细胞转录组学 | 基于保守氨基酸域的检测方法 | 转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-01-16 |
Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements
2025-Jan-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025
PMID:39731911
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞,揭示了其进化上的古老起源以及物种特异性和保守性元素 | 首次在人类儿科供体中高分辨率地描绘了胸腺模拟细胞的单细胞图谱,并进行了跨物种比较分析,突出了神经内分泌和肌肉亚型的多样化 | 研究主要基于儿科供体样本,可能无法完全代表成人或疾病状态下的胸腺模拟细胞特征 | 探究胸腺模拟细胞的进化起源、物种间保守性及适应性,以理解其在自身免疫中的潜在作用 | 人类儿科供体、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类儿科供体的纯化胸腺模拟细胞区室 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2026-01-16 |
Analysis of intracellular and intercellular crosstalk from omics data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334981
PMID:41124151
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研究论文 | 本文提出了一种名为“Ulisse”的分析方法,用于评估组学数据中细胞内和细胞间分子相互作用的改变 | 开发了Ulisse方法,补充了现有富集分析、通路串扰分析和细胞间通讯分析方法的不足,特别关注控制过程或细胞间相互作用的组分改变,并采用两种不同的零模型支持串扰量化 | 仅以三阴性乳腺癌单细胞RNA测序数据作为概念验证,未在其他疾病或数据类型中广泛验证 | 评估组学数据中细胞内和细胞间分子相互作用的可能改变 | 基因列表(通常来自组学或多组学研究) | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 网络分析、零模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-01-15 |
inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples
2025-Jan-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1312
PMID:39797728
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研究论文 | 本文介绍了inDrops-2,一种开源、灵活且成本效益高的液滴微流控单细胞RNA测序技术,适用于新鲜和保存的临床样本 | inDrops-2技术以6倍低于商业系统的成本,实现了与最先进商业系统相匹配的灵敏度,并支持指数和线性扩增两种协议 | NA | 开发一种高灵敏度、低成本、适用于大规模单细胞RNA测序的开源技术 | 人类肺癌样本中的新鲜和保存细胞 | 单细胞测序 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个人类肺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | inDrops-2 | 开源液滴微流控单细胞RNA测序平台,支持指数和线性扩增协议 |
| 116 | 2026-01-15 |
Phase 1 study of chidamide in combination with venetoclax, azacitidine, aclarubicin, cytarabine and G-CSF for refractory/relapsed acute myeloid leukemia: clinical safety, efficacy, and correlative analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1698710
PMID:41459484
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研究论文 | 本研究评估了西达本胺联合维奈托克、阿扎胞苷、阿柔比星、阿糖胞苷和G-CSF(CACAG-VEN方案)在复发/难治性急性髓系白血病(R/R-AML)患者中的疗效、安全性及相关生物学机制 | 首次在R/R-AML患者中评估CACAG-VEN联合方案的疗效和安全性,并利用单细胞RNA测序揭示了治疗后MCL1、HIF1A和ABCC1下调等分子机制 | 样本量较小(34例患者),为单臂I期研究,缺乏对照组,随访时间中位数为461天,可能不足以评估长期疗效和安全性 | 评估CACAG-VEN方案作为R/R-AML挽救诱导治疗的安全性和疗效,并探索其分子作用机制 | 复发或难治性急性髓系白血病(R/R-AML)患者 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞RNA测序数据 | 34例R/R-AML患者(难治性17例,复发17例),其中4例患者在治疗前后进行了骨髓样本的单细胞RNA测序(共8个样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-01-14 |
HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data
2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.19.629494
PMID:39763944
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研究论文 | 本文介绍了一个名为HapCNV的综合性统计框架,用于在单倍体或低输入DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测 | HapCNV通过构建新颖的基因组位置特异性伪参考,利用初步细胞聚类方法选择无偏参考,有效保留常见CNV,并在模拟和真实寄生虫数据集中显示出优于现有方法的性能,尤其对短CNV检测更准确 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个针对单倍体或低细胞数DNA测序数据的CNV检测框架,以克服现有方法在单倍体基因组和参考样本选择上的局限性 | 单倍体和二倍体生物的低输入DNA测序数据,包括单细胞或少数细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 低输入DNA测序,包括低细胞和单细胞测序 | 统计框架 | DNA测序数据 | 未在摘要中明确指定 | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2026-01-14 |
Molecular landscape of the mouse adrenal gland and adjacent adipose tissue by spatial transcriptomics
2025, Folia histochemica et cytobiologica
IF:1.7Q4
DOI:10.5603/fhc.108988
PMID:41311243
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,生成了成年雄性小鼠肾上腺及其邻近脂肪组织的高分辨率分子图谱 | 首次提供了成年雄性小鼠肾上腺的空间分辨转录组参考图谱,揭示了肾上腺分区、更新和区域间相互作用的细胞与分子框架 | 研究仅针对成年雄性CD1 IGS小鼠,未涉及雌性、其他品系或不同发育阶段,可能限制结果的普适性 | 旨在解析肾上腺分区和皮质更新的分子机制,以及肾上腺与周围组织的相互作用 | 成年CD1 IGS雄性小鼠的肾上腺及其邻近的棕色和白色脂肪组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 无监督聚类、差异基因表达分析、通路和基因本体富集、细胞类型反卷积、伪时间轨迹推断 | 空间转录组数据 | 成年CD1 IGS雄性小鼠的肾上腺样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium CytAssist | 10x Genomics Visium CytAssist平台 |
| 119 | 2026-01-13 |
Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics
2025-01, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180
PMID:39522760
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研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学技术,揭示了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后,肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构在初次感染、恢复期和再感染期间的动态变化,重点关注生发中心反应和免疫记忆形成 | 首次应用成像空间转录组学技术,在空间维度上解析COVID-19感染过程中肺引流淋巴结的细胞动态和转录组模式,揭示了生发中心形成与免疫细胞互作的新机制 | 研究基于非人灵长类动物模型,结果可能不完全适用于人类;样本规模未明确,可能限制统计效力 | 阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响,以优化疫苗策略和精准治疗干预 | 非人灵长类动物的肺引流淋巴结组织 | 空间转录组学 | COVID-19 | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2026-01-10 |
Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution
2025-Jan-08, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007
PMID:39788089
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在脑衰老与年轻化研究中的应用,探讨了细胞类型特异性变化、细胞间相互作用以及年轻化干预策略 | 利用单细胞组学技术提供了脑衰老的高维无偏视图,并强调了组合年轻化方法的潜力 | NA | 探讨脑衰老的细胞机制及年轻化干预策略 | 脑细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |