单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-03-19	Contact Cooling-Induced ELOVL4 Enhances Skin Wound Healing by Promoting the Inflammation-to-Proliferation Phase Transition 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.107871 PMID:40083712	研究论文	本文探讨了适宜温度通过诱导ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合的机制	揭示了接触冷却通过上调ELOVL4表达促进伤口愈合的新机制，并识别了DHA和EPA作为ELOVL4的关键产物在调控炎症反应中的作用	研究主要基于皮肤损伤和皮肤类器官模型，未涉及人体临床试验	研究适宜温度如何通过调控ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合	皮肤伤口愈合过程	生物医学	皮肤损伤	bulk-和单细胞RNA测序、空间转录组分析、功能扰动实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
102	2025-03-19	NSUN2-mediated m5C modification drives alternative splicing reprogramming and promotes multidrug resistance in anaplastic thyroid cancer through the NSUN2/SRSF6/UAP1 signaling axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104713 PMID:40083919	研究论文	本文探讨了NSUN2介导的m5C修饰在未分化甲状腺癌（ATC）中的多药耐药性（MDR）中的作用及其机制	揭示了NSUN2通过调控SRSF6 mRNA的m5C修饰，诱导选择性剪接重编程，进而影响UAP1基因的剪接形式，从而增强ABC转运蛋白的N-连接糖基化，防止其通过泛素化介导的降解，最终促进ATC的多药耐药性	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明NSUN2在ATC多药耐药性中的生物学机制，并探索新的治疗靶点	未分化甲状腺癌（ATC）	癌症生物学	甲状腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、MeRIP-seq、流式细胞术、IC实验、糖蛋白染色、去泛素化IP、核质分离、PCR	NSUN2敲除的ATC小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	ATC样本的批量RNA测序和单细胞RNA测序数据
103	2025-03-19	YBX1-driven TUBB6 upregulation facilitates ocular angiogenesis via WNT3A-FZD8 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104573 PMID:40083923	研究论文	本文研究了TUBB6在眼血管生成中的作用及其分子机制，揭示了YBX1-TUBB6-WNT3A/FZD8通路在血管生成中的关键作用	首次揭示了YBX1通过结合TUBB6的3'UTR维持其mRNA稳定性，进而调控WNT3A和FZD8的表达，影响眼血管生成的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨TUBB6在眼血管生成中的分子机制，为治疗眼微血管疾病提供新靶点	氧诱导视网膜病变（OIR）和激光诱导脉络膜新生血管（CNV）小鼠模型，以及糖尿病视网膜病变（PDR）和新生血管性年龄相关性黄斑变性（nAMD）患者的血管内皮细胞	分子生物学	眼血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序（bulk RNA-Seq）、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、管形成实验、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	RNA表达数据、细胞实验数据	OIR和CNV小鼠模型、PDR和nAMD患者的血管内皮细胞
104	2025-03-19	Spatial Metabolomics and Transcriptomics Reveal Metabolic Reprogramming and Cellular Interactions in Nasopharyngeal Carcinoma with High PD-1 Expression and Therapeutic Response 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102822 PMID:40083932	研究论文	本研究通过空间代谢组学和转录组学技术，探索了鼻咽癌患者中不同治疗反应和PD-1表达水平下的代谢和基因表达变化	首次结合空间代谢组学和转录组学技术，揭示了鼻咽癌中脂质代谢、支链氨基酸代谢和谷氨酰胺代谢的重编程及其与治疗反应和PD-1表达的关系	研究样本量未明确提及，且功能验证仅限于部分基因	探索鼻咽癌患者中代谢和基因表达变化对治疗反应和PD-1表达的影响	鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	空间代谢组学(SM)、空间转录组学(ST)	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
105	2025-03-19	The allogenic non-proteinogenic amino acid BMAA-based vaccine breaks up the immune tolerance against colorectal cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104722 PMID:40083927	研究论文	本文探讨了基于非蛋白质氨基酸BMAA的疫苗在打破结直肠癌免疫耐受中的作用	利用非蛋白质氨基酸BMAA作为丝氨酸类似物，通过错误掺入蛋白质生成新抗原，增强肿瘤细胞的抗原性和抗肿瘤免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	开发一种新型疫苗策略，以打破结直肠癌的免疫耐受并提高免疫治疗效果	结直肠癌小鼠模型	免疫疗法	结直肠癌	质谱分析（MS）、单细胞测序	小鼠模型	蛋白质数据、免疫反应数据	结直肠癌小鼠模型
106	2025-03-19	The TMBIM1-YBX1 axis orchestrates MDSC recruitment and immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111180 PMID:40083936	研究论文	本研究探讨了TMBIM1在胰腺导管腺癌（PDAC）中调节肿瘤免疫微环境（TIME）的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了TMBIM1/YBX1轴通过上调CCL2和PD-L1表达驱动PDAC免疫逃逸的新机制，并展示了TMBIM1敲低与抗PD-1抗体联合治疗的潜在疗效	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索TMBIM1在PDAC免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胰腺导管腺癌细胞系（PANC-1）和C57BL/6J小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫共沉淀、ELISA、实时定量PCR、流式细胞术、趋化实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据、免疫细胞动态数据	胰腺癌细胞系和C57BL/6J小鼠模型
107	2025-03-19	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	本文开发了一种基于图的三维空间基因邻域网络嵌入方法（3D-spaGNN-E），用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在三维空间中解析亚细胞基因邻近关系，并通过可解释性分析识别亚细胞通讯模式	三维数据的复杂性增加了分析难度，且需要新的分析方法来处理这些数据	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系及其模式	间充质干细胞（MSCs）、外周血单核细胞（PBMCs）、小鼠下丘脑和皮质的星形胶质细胞与神经元	数字病理学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮质组织
108	2025-03-19	Specific immune landscape of heatstroke distinguished from sepsis and aseptic inflammation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.108212 PMID:40084252	研究论文	本研究通过比较热射病与脓毒症和无菌性炎症的免疫特征，识别出热射病特有的免疫标志	首次详细描述了热射病的免疫景观，并与脓毒症和无菌性炎症进行了对比，揭示了热射病特有的TLR4单核细胞增多和T细胞耗竭等特征	样本量相对较小，仅包括40名热射病患者及其对照，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	识别热射病特有的免疫特征，为热射病的免疫治疗提供理论基础	热射病患者、脓毒症患者、心肺转流诱导的无菌性炎症患者及健康对照	免疫学	热射病	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、蛋白质芯片分析	NA	血液样本	40名热射病患者及相同数量的年龄和性别匹配的健康对照、脓毒症患者、无菌性炎症患者
109	2025-03-19	Multi-Omics Profiling Identifies a High-Risk Subgroup of Breast Cancer Stem Cells for Prognostic Stratification and Personalized Treatment 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.109589 PMID:40092692	研究论文	本研究通过多组学分析识别出乳腺癌干细胞中的一个高风险亚群，用于预后分层和个性化治疗	利用单细胞RNA测序数据集将乳腺癌干细胞分为两个亚群，并研究了它们的伪时间发育动态，揭示了BCSCs-2亚群的预后和治疗重要性	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA-BRCA的转录组数据，可能缺乏其他类型的数据验证	研究乳腺癌干细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态作用，以提供预后和治疗的生物标志物	乳腺癌干细胞（BCSCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	459个乳腺癌干细胞
110	2025-03-19	Multi-omics analysis reveals lysosome-associated molecular subtype characterization and prognostic modeling system in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105351 PMID:40092704	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肺腺癌中与溶酶体相关的分子亚型特征，并构建了一个预后模型系统	首次通过多组学整合分析开发了基于溶酶体相关基因（LRGs）评分的肺腺癌预后风险分层系统，并验证了关键预后靶点SLC2A1的功能	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏大规模临床样本的验证	探索溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用，并构建预后风险分层系统	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	多组学分析、单细胞测序、Western blotting、PCR、集落形成实验、Transwell实验	LASSO回归、单变量和多变量Cox分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
111	2025-03-19	Identification of M2 macrophage markers for predicting outcome and therapeutic response in osteosarcoma: Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104855 PMID:40092698	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，以预测患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，揭示了M2巨噬细胞在骨肉瘤发展中的作用及其与免疫治疗反应的关系	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且需要进一步实验验证	提高骨肉瘤患者免疫治疗的疗效，识别有效的生物标志物	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的M2巨噬细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	风险评分模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集
112	2025-03-19	T cell receptor usage and epitope specificity amongst CD8+ and CD4+ SARS-CoV-2-specific T cells 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1510436 PMID:40092978	研究论文	本研究探讨了COVID-19康复者中SARS-CoV-2特异性CD8+和CD4+ T细胞的表位特异性、T细胞受体（TCR）使用情况及表型变化	揭示了SARS-CoV-2特异性T细胞的长期动态变化，包括从记忆样状态向初始样状态的转变，以及共享的TCR库，为疫苗策略优化提供了新见解	样本量较小（28人），且仅针对未接种疫苗的个体进行研究	研究SARS-CoV-2特异性T细胞的长期免疫反应及其在长期保护中的作用	COVID-19康复者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	28名未接种疫苗的COVID-19康复者
113	2025-03-19	Metabolic pathway activation and immune microenvironment features in non-small cell lung cancer: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546764 PMID:40092988	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据深入探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）及其代谢特征，并利用机器学习算法构建了具有强预测能力的风险特征	利用单细胞RNA测序数据揭示了NSCLC中肿瘤微环境与代谢途径的关系，并构建了具有强预测能力的风险特征模型	未来研究需要进一步探索这些代谢途径的具体机制及其在临床应用中的潜力	理解NSCLC中肿瘤微环境与代谢途径的关系，以开发新的治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）的肿瘤微环境及其代谢特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习算法	RNA测序数据	29,053个细胞
114	2025-03-19	Unveiling the immunological landscape of disseminated tuberculosis: a single-cell transcriptome perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527592 PMID:40092995	研究论文	本文通过单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示了血行播散性结核病的免疫学特征	首次通过单细胞RNA转录组和TCR测序揭示了DTB患者的免疫细胞组成和T细胞功能耗竭的特征，并发现了独特的TCR签名	样本量较小，仅包括7名DTB患者，可能限制了结果的普适性	阐明血行播散性结核病的免疫学特征及其发病机制	血行播散性结核病（DTB）患者	免疫学	结核病	单细胞RNA转录组测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR测序数据	7名DTB患者，2名潜伏性结核感染患者，3名活动性结核患者，2名健康对照
115	2025-03-19	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq to reveal the association and potential molecular mechanisms of metabolic reprogramming regulated by lactylation and chemotherapy resistance in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1513806 PMID:40093000	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了乳酸化在卵巢癌化疗耐药中的关联及其潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与卵巢癌化疗耐药相关的乳酸化基因ALDH1A1和S100A4，并深入探讨了这些基因在肿瘤耐药中的作用和分子机制	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对蛋白质水平和功能实验的深入验证	阐明卵巢癌化疗耐药相关的乳酸化机制，为克服化疗耐药提供新的理论基础和治疗策略	卵巢癌组织和细胞	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	铂耐药和敏感卵巢癌患者的组织和细胞样本
116	2025-03-19	Identification of glycolysis-related gene signatures for prognosis and therapeutic targeting in idiopathic pulmonary fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1486357 PMID:40093327	研究论文	本研究通过分析特发性肺纤维化（IPF）中的糖酵解相关基因（GRGs），识别出与预后和治疗靶向相关的基因特征	首次系统地识别了IPF中的糖酵解相关基因，并构建了预后模型，揭示了这些基因在纤维化肺微环境中的免疫调节作用	研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型，未进行大规模临床验证	探索IPF中糖酵解相关基因的作用及其作为预后和治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	生物信息学	肺纤维化	基因表达分析、LASSO回归、SVM-RFE、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫浸润分析、GSEA、GSVA、RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	三个IPF基因表达数据集和一个小鼠模型
117	2025-03-19	Dehydrodiisoeugenol targets the PLK1-p53 axis to inhibit breast cancer cell cycle 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545498 PMID:40093330	研究论文	本研究探讨了中药高良姜中的脱氢二异丁香酚（DHIE）通过调控PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	首次筛选并验证了高良姜中的DHIE作为主要抗乳腺癌活性成分，并通过多组学分析揭示了其通过PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	DHIE在不同亚型乳腺癌细胞中对p53的调控机制及其与其他化疗药物联合使用的优势仍需进一步探索	探索高良姜中主要抗乳腺癌活性成分及其作用机制	乳腺癌细胞及小鼠模型	癌症研究	乳腺癌	LC-MS、WGCNA、网络药理学、分子对接、转录组测序分析、免疫浸润分析、单细胞测序、CCK-8、流式细胞术、Western blot	NA	分子数据、细胞数据、动物模型数据	NA
118	2025-03-19	Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1547974 PMID:40093602	综述	本文综述了植物细菌病原体诊断的现状和未来展望，从基于培养的策略发展到无培养检测	介绍了微拉曼光谱技术在单细胞水平上快速、无标记、非侵入性地鉴别存活但不可培养的病原体的创新应用	光谱学方法在检测先前未知的植物病原体方面仍显不足	探讨植物细菌病原体诊断技术的发展及其应用前景	植物细菌病原体	植物病理学	NA	微拉曼光谱技术、单细胞测序、合成生物学	NA	光谱数据	NA
119	2025-03-19	From Gene to Intervention: NLRC4 and WIPI1 Regulate Septic Acute Lung Injury Through Autophagy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S510691 PMID:40093959	研究论文	本研究探讨了NLRC4和WIPI1通过自噬调节脓毒症急性肺损伤（SALI）的分子机制	首次揭示了NLRC4和WIPI1在SALI中的关键作用，并通过自噬调节机制提供了新的治疗靶点	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索自噬在脓毒症急性肺损伤中的分子机制及其治疗潜力	脓毒症急性肺损伤（SALI）	分子生物学	脓毒症	流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western Blotting、siRNA	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两个微阵列数据集（GSE33118和GSE131761）和三个单细胞测序数据集（SCP43、SCP548和SCP2156）
120	2025-03-19	The aggrephagy-related gene TUBA1B influences clinical outcomes in glioma patients by regulating the cell cycle 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1531465 PMID:40094001	研究论文	本研究探讨了与聚集自噬相关的基因TUBA1B如何通过调控细胞周期影响胶质瘤患者的临床结果	首次将TUBA1B基因与胶质瘤的聚集自噬亚型联系起来，并验证了其作为独立预后标志物的潜力	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏多中心验证	阐明胶质瘤的潜在机制并识别新的生物标志物以改善治疗策略和预后模型	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、qRT-PCR、体外功能实验、小鼠异种移植模型	机器学习、多变量Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的胶质瘤数据集