单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
1162	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA
1163	2025-03-08	Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf053 PMID:40046334	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究（GWAS）和转录组学分析，揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点	利用总结数据为基础的孟德尔随机化（SMR）、共定位分析和孟德尔随机化方法，确定了四个关键治疗靶点，并通过分子对接识别了潜在调节剂	NA	揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点	脑膜瘤	精准肿瘤学	脑膜瘤	GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
1164	2025-03-06	A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data 2025-Jan-07, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf005 PMID:39887052	研究论文	本文提出了一种正则化的贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足，本文提出的方法仍需进一步验证和优化	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者水平临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
1165	2025-03-06	Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages 2025-Jan, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007 PMID:39615587	研究论文	本研究通过诱导多能干细胞（iPSCs）开发了人类角膜类器官（HCOs），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析比较了其与人类胎儿角膜的相似性	首次使用单细胞RNA测序技术比较人类角膜类器官与胎儿角膜的发育阶段相似性，并评估了其成熟度	研究结果基于两种iPSC系生成的HCOs，样本量有限，且HCOs的成熟度仍需进一步优化	评估人类角膜类器官（HCOs）的发育成熟度及其与胎儿角膜的相似性	人类角膜类器官（HCOs）和胎儿角膜	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织切片图像	两种iPSC系生成的HCOs（IMR90.4和NCRM-1）
1166	2025-03-06	Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142 PMID:40018519	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的新型线粒体标志物和少突胶质细胞通路	首次使用10种机器学习算法分析单细胞转录组数据，识别出跨疾病的线粒体相关细胞特异性标志物，并验证了这些标志物在多种细胞类型中的表达和甲基化数据	当前研究缺乏有效代表阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中线粒体动力学的细胞特异性标志物	揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的分子机制，特别是涉及线粒体功能障碍的机制	阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者	生物信息学	阿尔茨海默病, 胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq), DNA甲基化分析	机器学习算法	基因表达数据, 甲基化数据	来自ROSMAP、ADNI、TCGA和CGGA队列的阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者的单细胞和单核RNA测序数据
1167	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives 2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1177/23523735251322017 PMID:40034247	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在膀胱癌研究中的应用现状及未来展望	整合scRNA-seq和ST技术，深入分析膀胱癌的细胞异质性、基因表达及细胞间相互作用，揭示了肿瘤微环境的作用机制	技术限制和获取难度是未来临床应用需要解决的主要挑战	探讨scRNA-seq和ST在膀胱癌研究中的应用，以揭示肿瘤异质性和微环境的作用机制	膀胱癌	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
1168	2025-03-06	WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1553352 PMID:40034748	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的算法WCSGNet，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，利用加权细胞特异性网络来提高分类准确性	WCSGNet首次利用加权细胞特异性网络（WCSNs）来捕捉单个细胞内的独特基因相互作用模式，从而提高了细胞类型分类的准确性	尽管WCSGNet在多种数据集上表现出色，但其在处理不平衡数据集时的优势仍需进一步验证	开发一种新的算法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多种数据集
1169	2025-03-06	Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer 2025, Cancer management and research IF:2.5Q3 DOI:10.2147/CMAR.S500215 PMID:40040634	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，识别了与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型及其临床意义	识别了两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型，并揭示了三个新的关键基因（VIM、RBMS1和RGS2）与胃癌预后的高度相关性	研究依赖于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	提高胃癌患者的预后，通过更准确的分子分型系统	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机生存森林分析	RNA测序数据	NA
1170	2025-03-06	Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S509749 PMID:40040881	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，识别了与肝细胞癌（HCC）发展相关的浆细胞相关基因，并构建了一个预后模型	首次通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，识别出浆细胞作为HCC发展的关键细胞群，并构建了一个基于浆细胞相关基因的八基因预后模型	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	识别与HCC发展相关的关键细胞群及其机制，并构建预后模型以指导临床治疗	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	预后模型	RNA测序数据	正常组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，内部和外部数据集
1171	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer 2025, Burns & trauma IF:6.3Q1 DOI:10.1093/burnst/tkae065 PMID:40040959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	首次在单细胞水平上全面分析了DFU中表皮分化受损的潜在机制，并识别了两种可能在表皮稳态受损中起关键作用的角质形成细胞亚型	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探索糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微镜结合RNA测序（LCM-seq）、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、图像数据	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织样本
1172	2025-03-06	Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1476092 PMID:40041860	研究论文	本研究旨在鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与CAFs相关的差异表达基因，并建立了一个高精度的预后预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qRT-PCR	LASSO算法	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
1173	2025-03-05	Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis Explored Changes in Midnolin-Related Immune Microenvironment and Constructed Combined Prognostic Model for Pancreatic Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503326 PMID:40026303	研究论文	本文通过单细胞测序和转录组分析探索了与midnolin相关的免疫微环境变化，并构建了胰腺癌的联合预后模型	首次结合MIDN表达、10个midnolin相关基因的预后模型和M1细胞浸润构建联合预后模型，为胰腺癌的免疫治疗提供了新视角	未明确说明样本量及具体实验细节	探索midnolin相关基因及免疫浸润细胞在胰腺癌预后中的价值，并构建联合预后模型	胰腺癌	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序, CIBERSORT, Cox回归, LASSO	联合预后模型	单细胞数据, 转录组数据	NA
1174	2025-03-05	Integration of Single Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveals Key Genes and Immune Cell Infiltration to Construct a Predictive Model and Identify Drug Targets in Endometriosis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497643 PMID:40026309	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，并构建诊断和预测模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别关键基因和免疫细胞浸润，构建高精度的预测模型并预测潜在药物靶点	研究样本量有限，且仅针对增殖期子宫内膜，未涵盖其他疾病阶段	探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，构建诊断和预测模型	子宫内膜异位症患者的增殖期子宫内膜和健康对照	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归	基因表达数据	子宫内膜异位症患者和健康对照的基因表达数据
1175	2025-03-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peripheral Immune Cell Senescence and Inflammatory Phenotypes in Patients with Premature Ovarian Failure 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496130 PMID:40026314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早发性卵巢功能不全（POF）患者外周免疫细胞的衰老和炎症表型，并探讨了外周与卵巢局部免疫反应之间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了POF患者的外周免疫微环境，并识别了与疾病相关的关键基因和细胞类型	样本量较小，仅包括3名健康个体和4名POF患者，可能限制结果的普遍性	探讨POF患者外周免疫微环境的复杂性及其与卵巢局部免疫反应的相互作用	早发性卵巢功能不全（POF）患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3名健康个体和4名POF患者的外周血单核细胞
1176	2025-03-04	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634747 PMID:39974899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞，这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能，并与囊性纤维化疾病相关	首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞（CHE）亚群联系起来，并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用	人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞	生物医学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠肠道样本
1177	2025-03-02	Single-cell analysis of cerebrospinal fluid reveals common features of neuroinflammation 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101733 PMID:39708811	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者脑脊液中免疫细胞的功能特征	揭示了脑脊液在细胞组成和基因表达方面与外周血的区别，并发现不同神经炎症性疾病中脑脊液的细胞和转录景观具有显著的相似性	未明确提及样本量大小，可能限制了结果的广泛适用性	探索神经炎症中脑脊液免疫细胞的功能特征，以寻找多发性硬化症等疾病的新药物靶点	不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者的脑脊液	生物信息学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1178	2025-03-02	Single-cell and spatial analysis reveals the interaction between ITLN1+ foam cells and SPP1+ macrophages in atherosclerosis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1510082 PMID:40017519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的相互作用	首次揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的关键作用	需要进一步验证这些机制以开发有效的免疫治疗策略	研究动脉粥样硬化中不同细胞群体的调控功能及其相互作用	血管平滑肌细胞（VSMC）衍生的ITLN1+泡沫细胞和SPP1+ FABP5+巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学分析	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
1179	2025-03-02	Single-cell Analysis Highlights Anti-apoptotic Subpopulation Promoting Malignant Progression and Predicting Prognosis in Bladder Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251323569 PMID:40018511	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了膀胱癌中抗凋亡亚群在恶性进展和预后预测中的关键作用	识别了一个独特的抗凋亡肿瘤亚群，该亚群通过特定的信号通路与免疫和基质细胞相互作用，促进肿瘤进展，并开发了一个5基因风险模型来预测患者预后	NA	阐明膀胱癌肿瘤异质性对患者预后的影响，并探索抗凋亡亚群在肿瘤进展中的作用	膀胱癌肿瘤和类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
1180	2025-03-01	Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection 2025-Jan-30, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines13020146 PMID:40006693	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，全面分析了接种H120减毒活疫苗后鸡外周血单核细胞的体内动态变化，揭示了抗病毒适应性免疫反应启动阶段的特定免疫细胞群体及其分子网络	首次在单细胞水平上使用高通量单细胞转录组测序技术，详细描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血单核细胞的动态免疫反应景观	研究仅限于特定病原体自由鸡，且仅分析了接种后两周内的免疫反应动态	研究鸡接种IBV疫苗后的免疫反应动态，为未来疫苗的合理设计、现有疫苗效力的增强以及免疫程序的优化提供理论支持	特定病原体自由鸡的外周血单核细胞	生物信息学	禽传染性支气管炎	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	29,846个鸡外周血单核细胞