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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1161 | 2025-10-06 |
The Low Tumorigenic Risk and Subtypes of Cardiomyocytes Derived from Human-induced Pluripotent Stem Cells
2025, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
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研究论文 | 本研究评估了人诱导多能干细胞来源心肌细胞的肿瘤形成风险和亚型组成 | 首次通过单细胞RNA测序和全外显子组测序系统评估hiPSC-CMs的肿瘤风险并解析其细胞亚型组成 | 研究仅在NOD-SCID小鼠模型中进行了3个月的肿瘤形成观察,缺乏更长期的随访数据 | 评估hiPSC-CMs的肿瘤形成风险并鉴定其细胞亚型组成 | 人诱导多能干细胞来源的心肌细胞 | 干细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序,流式细胞术,电生理学 | NA | 基因表达数据,基因组数据,细胞表型数据 | 分化第25天的hiPSC-CMs | NA | 单细胞RNA测序,全外显子组测序 | NA | NA |
| 1162 | 2025-10-06 |
A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102
PMID:40018029
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研究论文 | 基于凝血和巨噬细胞相关基因的交叉作用,开发了一种新的肺腺癌分类方法以指导个性化免疫治疗 | 首次整合凝血相关基因和巨噬细胞相关基因,定义了33个COMAR基因并建立了肺腺癌三种新亚型分类系统 | 需要外部数据队列和临床样本进一步验证模型的普适性 | 探索基于凝血和巨噬细胞的新型分类方法,以更好地指导肺腺癌患者的精准治疗 | 肺腺癌(LUAD)患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | WGCNA, scRNA-seq分析, 无监督聚类分析, 差异表达基因分析 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但使用了外部数据队列和临床样本进行验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1163 | 2025-10-06 |
Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277
PMID:40018035
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了黄连解毒汤通过调节双阴性T细胞亚型平衡减轻缺血性脑卒中神经炎症的机制 | 首次在缺血性脑卒中中发现双阴性T细胞存在活化细胞毒性和静息免疫抑制两种功能亚型,并揭示中药复方黄连解毒汤可通过调节这两种亚型平衡发挥神经保护作用 | 双阴性T细胞介导免疫反应的具体机制尚未完全阐明,黄连解毒汤在其他神经炎症疾病中的应用需要进一步研究 | 探讨黄连解毒汤对缺血性脑卒中急性期双阴性T细胞的调节作用及其神经保护机制 | 缺血性脑卒中模型中的双阴性T细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1164 | 2025-10-06 |
Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547
PMID:40018047
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,识别出IRF1和CASP1作为克罗恩病肠道上皮细胞焦亡相关的关键生物标志物 | 首次系统识别并验证IRF1和CASP1在克罗恩病肠道上皮细胞焦亡中的关键作用,并证明其在不同CD亚型中的诊断价值 | 研究主要聚焦于IRF1和CASP1,其他焦亡相关基因的作用仍需进一步探索 | 探索焦亡在克罗恩病肠道上皮细胞中的作用机制并识别关键生物标志物 | 克罗恩病患者肠道上皮细胞、TNBS诱导的结肠炎大鼠模型 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 差异表达分析、机器学习算法、单细胞测序分析、RT-PCR、蛋白质印迹 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GEO数据库数据集、临床样本、TNBS诱导的结肠炎大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1165 | 2025-05-12 |
Integration of bulk RNA-seq and scRNA-seq reveals transcriptomic signatures associated with deep vein thrombosis
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1551879
PMID:40342960
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,揭示了与深静脉血栓形成(DVT)相关的转录组特征,并识别了潜在的遗传标记 | 结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术,识别了DVT相关的8个高度特征性基因,并验证了CXCR4作为潜在遗传标记的作用 | 样本量相对较小(内部测试集11例患者+6例对照,外部测试集12例患者+6例对照),需要更大规模研究验证 | 识别和验证与深静脉血栓形成(DVT)相关的最具特征性的基因 | DVT患者和对照组的全血样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法, 免疫荧光 | WGCNA, 机器学习算法 | RNA-seq数据 | 内部测试集17例(11患者+6对照),外部测试集18例(12患者+6对照),scRNA-seq 6例(3患者+3对照) | NA | NA | NA | NA |
| 1166 | 2025-05-12 |
Decoding immune cell interactions during cardiac allograft vasculopathy: insights derived from bioinformatic strategies
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1568528
PMID:40342971
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review | 本文综述了单细胞和多组学方法在心脏同种异体移植血管病变(CAV)研究中的应用,总结了最新发现并讨论了其对理解CAV发病机制的意义 | 总结了单细胞RNA测序等先进技术在揭示CAV中免疫-内皮-基质相互作用方面的突破性发现 | 目前将这些技术应用于CAV的研究仍然较少,限制了这些发现向临床实践的转化 | 理解心脏移植后慢性同种异体移植血管病变(CAV)的发病机制 | 心脏移植受者的血管病变 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1167 | 2025-05-12 |
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410
PMID:40343206
|
research paper | 研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征,并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成 | 通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联,以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力 | 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床试验 | 改善牙髓再生中的血管生成问题 | 牙髓干细胞(DPSCs)和PDGF(+)间充质亚群 | digital pathology | dental disease | scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染 | NA | RNA-seq数据, 免疫组化图像 | 人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1168 | 2025-05-12 |
Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322864
PMID:40343915
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研究论文 | 本研究利用转录组范围关联研究(TWAS)探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病(ILI)中免疫细胞特异性基因表达的关系 | 首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据,通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联,并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路 | 研究样本量相对有限(1195例GWAS数据),且仅关注了严重ILI患者 | 探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展 | 上呼吸道菌群和免疫细胞(如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等) | 基因组学与免疫学 | 呼吸道疾病 | GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION | TWAS | 基因组数据和单细胞转录组数据 | 1195例严重ILI相关的GWAS数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1169 | 2025-05-12 |
scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322538
PMID:40343927
|
研究论文 | 通过scRNA-seq和scATAC-seq分析,研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用 | 结合scRNA-seq和scATAC-seq技术,揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用 | C57BL/6小鼠的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | COPD小鼠模型 | 单细胞测序数据 | 未明确说明数量的小鼠肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1170 | 2025-05-10 |
Single-cell sequencing elucidates the mechanism of NUSAP1 in glioma and its diagnostic and prognostic significance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1512867
PMID:39975552
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研究论文 | 通过单细胞测序技术探索NUSAP1在神经胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后意义 | 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据结合基础实验,揭示了NUSAP1作为神经胶质瘤终末亚群的关键标记物及其与不良预后的关联 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的RNA-seq和微阵列数据,可能需要更多独立样本验证 | 探索神经胶质瘤的个性化精准治疗策略 | 神经胶质瘤细胞亚群 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列 | NA | RNA-seq数据, 微阵列数据, scRNA-seq数据 | 来自TCGA和GEO数据库的神经胶质瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1171 | 2025-05-10 |
Advancing personalized, predictive, and preventive medicine in bladder cancer: a multi-omics and machine learning approach for novel prognostic modeling, immune profiling, and therapeutic target discovery
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1572034
PMID:40330458
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别并分析了膀胱癌中与免疫原性细胞死亡相关的多组学特征,构建了一个预后标志物ICDRS,并探讨了其临床和生物学意义 | 利用多组学数据和机器学习算法构建了膀胱癌的预后标志物ICDRS,揭示了其与免疫细胞浸润、肿瘤微环境及药物敏感性的关联 | 研究依赖于公开数据集,样本量有限,且未进行实验验证 | 推进膀胱癌的个性化、预测性和预防性医学研究 | 膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), WGCNA, ssGSEA | Lasso, Ridge, CoxBoost | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据9个样本,批量RNA测序数据TCGA-BLCA 403个样本,GSE13507 160个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1172 | 2025-05-10 |
METTL1-driven nucleotide metabolism reprograms the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach for prognostic biomarker discovery
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1582203
PMID:40330476
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research paper | 本研究揭示了METTL1通过驱动核苷酸代谢重编程在肝细胞癌(HCC)中调节肿瘤免疫微环境的新机制,并开发了一个基于多组学方法的预后生物标志物模型 | 首次揭示了METTL1驱动的核苷酸代谢重编程在HCC免疫微环境重塑中的关键作用,并构建了整合METTL1表达和免疫检查点特征的预后预测模型 | 研究主要基于计算分析和体外实验,需要更多体内实验和临床样本验证 | 探索HCC中代谢和免疫失调的分子机制,并开发预后预测模型 | 肝细胞癌(HCC)患者样本和细胞模型 | digital pathology | liver cancer | 多组学分析(包括单细胞RNA测序)、NMF聚类、WGCNA、机器学习算法 | 预后预测模型(基于多种机器学习算法) | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | 来自TCGA、GEO和ICGC数据库的HCC患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1173 | 2025-05-10 |
Comprehensive analysis of plasma cell heterogeneity and immune interactions in multiple myeloma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549742
PMID:40330467
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和转录组数据分析,深入探讨了多发性骨髓瘤中浆细胞的异质性及其免疫相互作用 | 首次通过单细胞测序鉴定出10种主要细胞类型,并构建了预后预测模型,揭示了风险组与免疫特征的关联 | 研究依赖于公共数据库的数据,可能受到样本来源和数量的限制 | 探索多发性骨髓瘤发展的潜在机制,为改进治疗方法和提高患者预后提供新方向 | 多发性骨髓瘤中的浆细胞及其异质性 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序,转录组分析,NMF,WGCNA,LASSO,multiCox回归分析 | 预后预测模型 | 转录组数据 | 多个公共数据库中的样本,具体数量未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 1174 | 2025-05-10 |
Multi-omics identification of a polyamine metabolism related signature for hepatocellular carcinoma and revealing tumor microenvironment characteristics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1570378
PMID:40330470
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研究论文 | 本研究通过多组学方法鉴定了一个与多胺代谢相关的肝细胞癌特征,并揭示了肿瘤微环境特征 | 使用101种机器学习算法构建了一个包含9个基因的多胺代谢相关特征(PMRS),并验证了其在肝细胞癌患者中的预后价值 | 研究结果需要进一步的临床实验验证 | 探索多胺代谢在肝细胞癌中的作用,并开发预后风险特征 | 肝细胞癌(HCC)患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 机器学习算法 | 机器学习算法(未指定具体模型) | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1175 | 2025-05-10 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Role of Macrophage-Mediated CD44-AKT-CCL2 Pathways in Renal Tubule Injury during Calcium Oxalate Crystal Formation
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0690
PMID:40330661
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了巨噬细胞介导的CD44-AKT-CCL2通路在草酸钙晶体形成过程中肾小管损伤的作用 | 发现了肾小管损伤和S1近端小管细胞通过SPP1-CD44对与巨噬细胞的主要通讯方式,以及CD44-AKT通路介导的CCL2分泌在草酸钙晶体形成中的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 深入了解草酸钙晶体形成过程中肾脏功能的改变及其分子机制 | 小鼠肾脏组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠草酸钙模型 | RNA测序数据 | 5个时间点的小鼠肾脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1176 | 2025-05-10 |
The first single-cell sequencing of Plasmodiophora brassicae reveals genetic diversity and clonal dynamics
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1581233
PMID:40330724
|
研究论文 | 首次对芸薹根肿菌进行单细胞测序,揭示其遗传多样性和克隆动态 | 首次对芸薹根肿菌进行单细胞测序,揭示了其遗传多样性和克隆动态,支持了平衡选择维持病原体种群内多基因型的假说 | 研究仅基于单个根的样本,可能无法完全代表田间种群的遗传多样性 | 研究芸薹根肿菌的遗传多样性和繁殖生物学 | 芸薹根肿菌 | 基因组学 | 植物病害 | 单细胞测序 | NA | DNA序列数据 | 4,000个原生质体(来自单个根),其中500个细胞进行了更详细的分析 | NA | NA | NA | NA |
| 1177 | 2025-05-10 |
Neuroinflammation and stress-induced pathophysiology in major depressive disorder: mechanisms and therapeutic implications
2025, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2025.1538026
PMID:40336842
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综述 | 本文综述了神经炎症与压力诱导的病理生理学在重度抑郁症中的作用机制及治疗意义 | 聚焦于压力诱导的神经炎症过程及其在抑郁症发病和进展中的作用,探讨了抗炎活性小分子在治疗中的潜在效果 | 未提及具体实验数据或样本量,主要基于现有研究的总结和分析 | 探讨神经炎症在重度抑郁症中的机制及治疗潜力 | 神经炎症过程,特别是小胶质细胞和星形胶质细胞的过度激活及促炎细胞因子水平升高 | 神经科学 | 重度抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1178 | 2025-05-10 |
Spatial visualization provides insight into immune modulation by an L-DBF vaccine formulation against Shigella
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1577040
PMID:40336950
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研究论文 | 本研究探讨了L-DBF疫苗配方在肺部免疫调节中的作用,通过空间转录组学方法分析了两剂L-DBF/ME疫苗对肺部免疫景观的影响 | 首次使用空间转录组学方法揭示L-DBF/ME疫苗如何重塑肺部免疫架构,包括B细胞、T细胞标记物表达的变化,以及成纤维细胞和心肌细胞的重新编程 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体临床试验中验证 | 评估L-DBF/ME疫苗配方对肺部免疫反应的调节作用 | L-DBF疫苗配方及其对肺部免疫系统的影响 | 免疫学 | 志贺菌病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1179 | 2025-05-07 |
Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development
2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67491
PMID:39895643
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research paper | 该研究开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型,用于研究神经炎症和神经感染性疾病 | 通过将iPSC分化的造血祖细胞(HPC)整合到iPSC衍生的胚胎体(EBs)中,成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官模型 | 当前方法在技术上具有挑战性,可能导致最终类器官中小胶质细胞的数量和质量存在不一致性 | 研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用,以及神经炎症和神经感染性疾病的模型建立 | 人类大脑类器官 | 神经科学 | 神经炎症和神经感染性疾病 | 免疫染色和单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)分析 | 3D类器官模型 | 基因表达数据和图像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1180 | 2025-05-07 |
Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells
2025-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149
PMID:39700762
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研究论文 | 本文通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞,使其获得白血病干细胞特性,并研究了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用 | 首次利用合成聚合物水凝胶培养系统快速生成白血病干细胞,并鉴定出AKR1B1和TSPYL5作为潜在的干细胞治疗靶点 | 研究仅针对K562白血病细胞系,未在其他白血病模型或体内实验中验证 | 开发快速生成白血病干细胞的方法并探索其治疗靶点 | K562白血病细胞 | 癌症研究 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | K562细胞系 | NA | NA | NA | NA |