单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-01-23	Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410081 PMID:39605202	研究论文	本文介绍了一种名为stDCL的双图对比学习方法，用于在空间转录组数据中识别空间域并解释基因调控	stDCL通过图嵌入自编码器自适应地结合基因表达数据和空间信息，提出双图对比学习来训练模型，确保潜在嵌入表示与实际空间分布紧密相似并展现聚类相似性	当前方法在区域识别时往往无法同时表征空间结构和基因调控，限制了空间解剖和基因解释的能力	开发一种能够准确捕捉外部空间异质性并解释内部基因调控的方法，以理解组织微环境中的潜在生物学机制	空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学	双图对比学习	基因表达数据和空间信息	复杂皮层数据集
1142	2025-01-23	PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510 PMID:39647740	研究论文	本研究探讨了PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态来改善胆汁淤积性肝损伤的机制	揭示了PPARα激动剂通过抑制炎症反应、减少中性粒细胞浸润和促进M2样巨噬细胞极化来缓解胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨PPARα激动剂在胆汁淤积性肝损伤中的免疫调节机制	小鼠模型中的肝脏巨噬细胞	NA	肝病	CyTOF分析、scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠模型
1143	2025-01-23	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文介绍了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过抑制这些因子实现结直肠癌细胞向正常样肠上皮细胞的重编程	提出了BENEIN计算框架，首次识别出MYB、HDAC2和FOXA2作为主调控因子，并通过实验验证了它们同时抑制能够诱导结直肠癌细胞向正常细胞分化	研究主要基于人类大肠单细胞转录组数据，未涉及其他类型癌症或组织	研究细胞分化轨迹中的主调控因子，并探索其在癌症逆转中的应用	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	计算生物学	结直肠癌	单细胞转录组测序	布尔网络推断与控制（BENEIN）	单细胞转录组数据	NA
1144	2025-01-23	Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645 PMID:39667460	研究论文	本文通过转录组分析识别了与幽门螺杆菌感染相关的胃癌诊断核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1	利用随机森林模型评估免疫相关诊断基因，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞浸润分析验证这些基因在幽门螺杆菌相关胃癌中的关键作用	研究主要依赖于公开的基因表达数据，缺乏大规模临床样本验证	识别幽门螺杆菌感染与胃癌之间的诊断基因和机制	幽门螺杆菌感染相关的胃癌	生物信息学	胃癌	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、随机森林模型、单细胞RNA测序	随机森林模型	基因表达数据	75个基因，15个免疫相关基因
1145	2025-01-23	Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis 2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.15494 PMID:39592394	研究论文	本研究利用10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组技术，识别了酒精性肝炎（AH）中的肝细胞群体及其相关的转录组和蛋白质组变化	首次使用空间转录组和蛋白质组技术全面分析酒精性肝炎中的细胞群体和分子变化，揭示了疾病相关的细胞可塑性和分子特征	样本量较小（AH患者n=2，非ALD对照组n=2），可能影响结果的普遍性	识别酒精性肝炎中的肝细胞群体及其分子变化，以发现新的治疗靶点	酒精性肝炎患者和非酒精性肝病对照者的肝组织	数字病理学	酒精性肝炎	10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组分析	NA	空间转录组和蛋白质组数据	4个样本（2个AH患者，2个非ALD对照）
1146	2025-01-22	Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms 2025-Jan-21, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453922 PMID:39836385	研究论文	本研究通过机器学习算法识别了与克罗恩病相关的昼夜节律生物标志物，并开发了诊断模型	首次将昼夜节律相关基因作为克罗恩病的诊断生物标志物，并利用机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受限于数据的质量和多样性	识别克罗恩病的昼夜节律相关生物标志物并开发诊断模型	克罗恩病患者和对照组的基因表达数据	机器学习	克罗恩病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
1147	2025-01-22	Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures 2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631928 PMID:39829741	研究论文	本文利用空间转录组学（ST）技术，定义了类风湿性关节炎（RA）滑膜中的稳定微环境，并开发了一种基于Dirichlet变分自编码器架构的无参考解卷积方法DeepTopics，用于识别疾病相关的细胞群落	开发了DeepTopics方法，首次在RA滑膜中识别出22个由特定细胞类型、激活状态和/或生物过程定义的细胞群落，并发现了在组织学相似的RA滑膜样本中存在不同的细胞结构	研究样本量较小，仅包括8个滑膜组织样本和6名RA患者，可能限制了结果的普适性	研究RA滑膜中细胞类型的相互作用以及滑膜微环境如何影响细胞状态	类风湿性关节炎（RA）滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	空间转录组学（ST）	Dirichlet变分自编码器	空间转录组数据	8个滑膜组织样本，来自6名RA患者
1148	2025-01-22	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	本研究结合单细胞测序和空间转录组学技术，构建了甲状腺癌进展的综合图谱，识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群	首次整合单细胞测序和空间转录组学技术，系统描绘了甲状腺癌进展中的基质细胞亚群及其与肿瘤细胞的相互作用	研究主要基于测序数据，缺乏对功能机制的深入验证	揭示甲状腺癌进展过程中基质细胞亚群的特征及其在疾病进展中的作用	甲状腺癌组织样本	数字病理学	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组学, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1149	2025-01-21	Smooth muscle cell-specific CD47 deletion suppresses atherosclerosis 2025-Jan-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123315 PMID:39675550	研究论文	本研究探讨了平滑肌细胞（SMC）中CD47的激活通过TSP1在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用	研究发现Cd47在动脉粥样硬化动脉中的表型调节SMCs中上调，并且SMC特异性Cd47缺失可减轻动脉粥样硬化	研究中未观察到SMC限制性Cd47缺陷小鼠在体重增加、肝脏和脂肪组织质量、血浆总胆固醇和空腹血糖方面的显著差异	研究SMC CD47激活在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用	平滑肌细胞（SMC）和动脉粥样硬化	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子生物学技术、免疫组织学方法	细胞特异性敲除小鼠	基因表达数据、组织样本	人类动脉粥样硬化血管组织和VSMCs、小鼠模型
1150	2025-01-20	Analysis of the effect of ALA-PDT on macrophages in footpad model of mice infected with Fonsecaea monophora based on single-cell sequencing 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2024-1132 PMID:39822988	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	首次使用单细胞测序技术研究ALA-PDT对巨噬细胞免疫反应的影响，揭示了治疗后巨噬细胞抗原识别相关基因表达上调的机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中的巨噬细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠足垫模型
1151	2025-01-19	Targeting MXD1 sensitises pancreatic cancer to trametinib 2025-Jan-16, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333408 PMID:39819860	研究论文	本研究揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）对trametinib耐药的分子机制，并确定了MXD1作为可药物靶点	发现了trametinib耐药PDAC中病毒模拟反应过度激活的癌细胞亚群，并证明MXD1作为组蛋白甲基转移酶的辅助因子，通过增加转座元件（TE）位点的H3K4三甲基化来增强染色质可及性，从而激活病毒模拟反应	研究主要基于患者来源的异种移植模型和原代细胞系，临床验证仍需进一步研究	阐明PDAC对trametinib耐药的机制，并识别与耐药相关的可药物靶点，以提高trametinib耐药PDAC的治疗效果	胰腺导管腺癌（PDAC）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、靶向切割和标记测序	患者来源的异种移植模型（PDX）	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的异种移植模型和原代细胞系
1152	2025-01-19	Elucidating stearoyl metabolism and NCOA4-mediated ferroptosis in gastric cancer liver metastasis through multi-omics single-cell integrative mendelian analysis: advancing personalized immunotherapy strategies 2025-Jan-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01769-z PMID:39812999	研究论文	本研究通过多组学单细胞整合孟德尔分析，探讨了硬脂酰代谢和NCOA4介导的铁死亡在胃癌肝转移中的作用，推进了个性化免疫治疗策略	揭示了硬脂酰代谢在胃癌肝转移中的关键作用，并首次将NCOA4基因与铁死亡机制联系起来，为理解肿瘤微环境异质性提供了新视角	研究主要基于单细胞测序和空间转录组学数据，仍需进一步实验验证其生物学机制	探讨硬脂酰代谢和铁死亡在胃癌肝转移中的作用机制，为开发个性化免疫治疗策略提供依据	胃癌肝转移患者的肿瘤微环境	肿瘤生物学	胃癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、孟德尔随机化分析	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	NA
1153	2025-01-19	Encompassing view of spatial and single-cell RNA sequencing renews the role of the microvasculature in human atherosclerosis 2025-Jan, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00582-1 PMID:39715784	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，生成了人类动脉粥样硬化斑块的高分辨率图谱，揭示了细胞类型特异性和动脉粥样硬化特异性表达变化及空间受限的细胞间通讯改变	结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，首次生成了人类动脉粥样硬化斑块的高分辨率图谱，揭示了细胞类型特异性和动脉粥样硬化特异性表达变化及空间受限的细胞间通讯改变	样本量较小，仅包含12个人类标本	研究人类动脉粥样硬化的细胞类型特异性和空间受限的细胞间通讯变化	人类动脉粥样硬化斑块	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	12个人类标本
1154	2025-01-16	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	通过多组学方法揭示了CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞的差异表达基因，并构建了基于14个预后基因的风险评分模型	研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	阐明胃癌的分子机制，探索新的生物标志物和治疗策略	胃癌患者的CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞	生物信息学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
1155	2025-01-16	c-JUN interacts with HDAC1 as a potential combinatorial therapeutic target in acute myeloid leukemia 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113927 PMID:39721452	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HDAC1在急性髓性白血病（AML）中的致癌作用，并验证了c-JUN与HDAC1的潜在调控关系	首次在单细胞水平上识别了AML中HSC-Prog的特定基因特征，并通过实验验证了c-JUN与HDAC1的相互作用及其在AML治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	探索AML的潜在治疗靶点和有效治疗策略	急性髓性白血病（AML）患者和小鼠模型	生物医学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）、流式细胞术、活体成像（IVIS、iSMAART）	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	AML患者样本和小鼠模型
1156	2025-01-16	Elucidating cardiomyocyte heterogeneity and maturation dynamics through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111596 PMID:39811652	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术分析了新生小鼠心脏细胞，绘制了详细的心肌细胞亚群转录图谱，揭示了心肌细胞成熟状态的连续性和空间分布	通过单细胞和空间转录组学技术，首次详细描绘了心肌细胞的异质性和成熟动态，识别了关键的过渡性心肌细胞亚群，为心脏再生治疗提供了新的靶点	研究仅限于新生小鼠心脏，未涉及成年或其他物种的心脏细胞	阐明心肌细胞的异质性和成熟动态，以促进心脏再生医学研究	新生小鼠心脏的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	新生小鼠心脏细胞
1157	2025-01-16	Predictive value of dendritic cell-related genes for prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025-Jan-14, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03642-z PMID:39810206	研究论文	本研究通过筛选树突状细胞相关基因，构建了一个预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的预后标志物	创新性地建立了基于深度学习的预测模型DCRGS，用于预测肺腺癌患者的预后，并展示了其在临床管理中的潜在应用	研究依赖于特定数据集，可能需要在更广泛的患者群体中进行验证	预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、实时定量PCR（q-PCR）	深度学习模型	RNA测序数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量
1158	2025-01-16	Prospects of neutrophilic implications against pathobiology of chronic obstructive pulmonary disease: Pharmacological insights and technological advances 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113634 PMID:39577220	review	本文探讨了中性粒细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的关键作用，强调了针对中性粒细胞的新型治疗方法的紧迫性，并探讨了利用单细胞RNA测序技术进一步研究中性粒细胞及相关风险基因作为COPD治疗潜在生物标志物的可能性	强调了针对中性粒细胞的新型治疗方法的紧迫性，并探讨了利用单细胞RNA测序技术研究中性粒细胞及相关风险基因作为COPD治疗潜在生物标志物的可能性	NA	探讨中性粒细胞在COPD中的作用，并探索新的治疗方法	中性粒细胞及其在COPD中的生物学活动	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
1159	2025-01-16	Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280 PMID:39637472	研究论文	本研究探讨了清肺饮（QFY）通过促进完全自噬来抑制坏死性凋亡，从而缓解肺炎链球菌引起的肺炎的机制	首次揭示了清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬，进而缓解肺炎链球菌诱导的肺上皮细胞坏死性凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的机制	肺炎链球菌引起的肺炎	生物医学	肺炎	单细胞转录组学、HE染色、免疫荧光、AO染色、PI染色、Western blot分析	小鼠肺炎模型、TC-1细胞模型	基因表达数据、细胞图像数据	113,353个细胞
1160	2025-01-14	Major cell types in the coronary thrombosis of acute myocardial infarction patients revealed by scRNA-seq 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70181 PMID:39804415	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA