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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2025-10-06 |
A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18
PMID:40553287
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研究论文 | 本文提供了一个用于胶质母细胞瘤单核RNA测序表征的工具包 | 开发了针对临床GBM样本和患者来源细胞系的高质量单核制备优化流程 | NA | 建立胶质母细胞瘤单核RNA测序的标准化实验流程 | 胶质母细胞瘤临床标本和患者来源细胞系 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 1122 | 2025-10-06 |
A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6629479
PMID:40547199
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,揭示了胃癌中CD8+ T细胞的功能异质性,并开发了一个三基因预后标志物 | 首次在胃癌中系统解析CD8+ T细胞的功能亚群异质性,并鉴定出具有预后和治疗潜力的三基因标志物(SELL/CD79B/RAMP2) | 样本量相对有限(23例胃癌组织),需要在更大队列中进一步验证 | 探究胃癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞的功能异质性及其对临床预后的影响 | 胃癌组织和相关的CD8+ T细胞亚群 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 伪时间轨迹分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 无监督聚类, 伪时间分析, PPI网络分析 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 23例胃癌组织(scRNA-seq) + TCGA-STAD队列(批量转录组) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1123 | 2025-10-06 |
Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1554845
PMID:40548122
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据识别胶质瘤相关巨噬细胞的预后基因,构建预后模型并筛选出组蛋白去乙酰化酶抑制剂伏立诺他作为潜在治疗药物 | 首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析识别胶质瘤相关巨噬细胞特异性预后基因,并通过药物筛选验证伏立诺他的治疗潜力 | 研究基于生物信息学分析和体外共培养模型,需要进一步体内实验验证 | 探索胶质瘤相关巨噬细胞在胶质瘤进展中的分子机制并寻找潜在免疫治疗策略 | 胶质瘤相关巨噬细胞和胶质瘤微环境 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析, Cox回归分析, LASSO回归分析 | 预后模型, 共培养模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1124 | 2025-10-06 |
Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370
PMID:40552290
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习算法的树突状细胞特征标签,用于肺腺癌的预后分层 | 首次整合单细胞RNA测序数据构建树突状细胞相关特征标签,并通过多种机器学习算法验证其预后价值 | 需要更多前瞻性研究验证该特征标签的临床应用价值 | 开发肺腺癌预后分层工具并探索树突状细胞在肿瘤微环境中的作用 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析 | Lasso-Cox, RSF, CoxBoost, Stepwise-Cox | 基因表达数据 | 七个外部队列验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1125 | 2025-10-06 |
A Monocyte-Driven Prognostic Model for Multiple Myeloma: Multi-Omics and Machine Learning Insights
2025, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy
DOI:10.2147/BLCTT.S517354
PMID:40546417
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习算法开发了一个基于单核细胞的预后模型用于多发性骨髓瘤 | 首次整合孟德尔随机化分析、流式细胞术和单细胞RNA测序,建立了基于单核细胞相关基因的预后特征模型 | NA | 开发多发性骨髓瘤的预后预测模型并探索其治疗反应预测价值 | 多发性骨髓瘤患者和免疫细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 孟德尔随机化分析,流式细胞术,单细胞RNA测序,转录组测序 | 10种机器学习算法生成的101个预测模型 | 基因表达数据,临床数据 | 731种免疫细胞表型,1,447个差异表达基因,482个预后相关基因 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 1126 | 2025-10-06 |
nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf089
PMID:40438146
|
研究论文 | 开发了一个用于MARS-seq实验的系统性预处理流程,基于nf-core框架实现标准化分析 | 将原始MARS-seq2.0流程改进为nf-core框架实现,简化了流程执行并增加了RNA速度估计功能 | NA | 标准化MARS-seq分析并应用于RNA速度研究 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | MARS-seq2.0, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | MARS-seq2.0(大规模并行RNA单细胞测序) |
| 1127 | 2025-10-06 |
ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf091
PMID:40510374
|
研究论文 | 提出ReSort方法,通过整合区域信息增强空间转录组学中基于参考的细胞类型反卷积 | 利用空间转录组学的区域级数据减少对参考数据的依赖,缓解批次/平台差异问题 | NA | 提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性 | 小鼠乳腺癌模型中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 参考基于的反卷积方法 | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1128 | 2025-10-06 |
Zileuton protects against arachidonic acid/5-lipoxygenase/leukotriene axis-mediated neuroinflammation in experimental traumatic brain injury
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1516836
PMID:40538546
|
研究论文 | 本研究探讨了齐留通通过抑制花生四烯酸/5-脂氧合酶/白三烯轴减轻实验性创伤性脑损伤中的神经炎症 | 首次揭示5-脂氧合酶在TBI中的具体作用机制,并证明其抑制剂齐留通可通过调节AA/5-LOX/LT轴改善神经功能 | 研究仅使用小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究主要集中于体外微胶质细胞实验 | 探究5-脂氧合酶在创伤性脑损伤病理生理过程中的作用及潜在治疗价值 | 创伤性脑损伤小鼠模型及BV2微胶质细胞系 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | RNA-seq, RT-PCR, 免疫细胞化学, Western blotting, 单细胞测序, 液相色谱质谱联用, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 代谢物数据, 行为学数据 | 创伤性脑损伤小鼠模型及假手术对照组 | NA | 单细胞测序, RNA-seq | NA | NA |
| 1129 | 2025-10-06 |
EPHX2 overexpression deters the advancement of clear cell renal cell carcinoma via lipid metabolism reprogramming
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1541429
PMID:40538850
|
研究论文 | 本研究探讨EPHX2通过脂代谢重编程抑制透明细胞肾细胞癌进展的机制 | 首次整合机器学习方法与实验验证揭示EPHX2在ccRCC中的肿瘤抑制功能及脂代谢调控机制 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 阐明EPHX2在透明细胞肾细胞癌进展中的机制作用 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)细胞系786-O和ACHN | 机器学习 | 肾癌 | 转录组测序,慢病毒转染技术 | 机器学习集成方法 | 转录组数据,单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的ccRCC数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1130 | 2025-10-06 |
Single Cell and Transcriptomic Analysis of Regulatory Mechanisms of Key Genes in Systemic Lupus Erythematosus
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S522871
PMID:40539001
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和转录组数据,识别系统性红斑狼疮中记忆B细胞相关的六个关键基因及其调控机制 | 首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,系统性识别SLE中记忆B细胞特异性关键基因并揭示其动态表达模式 | 样本量较小(6例患者和6例对照),仅使用公共数据集GSE82221进行验证 | 阐明系统性红斑狼疮的细胞免疫调控机制和关键致病基因 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 差异表达分析, ssGSEA, 功能富集分析, 甲基化分析, PPI网络分析, 伪时序分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 6例SLE患者和6例健康对照的外周血样本,整合GSE82221公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1131 | 2025-10-06 |
High-expression of BCL10 inhibits cell-mediated immunity within the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616321
PMID:40539049
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨了BCL10在肿瘤免疫微环境中对免疫细胞的调控作用 | 首次系统揭示BCL10高表达通过激活NF-κB信号通路上调PD-1表达,导致CD8+T细胞耗竭的机制 | 研究主要聚焦于宫颈鳞状细胞癌,其他肿瘤类型的验证尚不充分 | 探究BCL10在肿瘤免疫微环境中对T细胞功能的调控机制 | 肿瘤免疫微环境中的免疫细胞,特别是CD8+T细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,小鼠模型实验 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库数据,GEO数据库单细胞数据,植入性CESC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1132 | 2025-10-06 |
Integrated machine learning and single-cell RNA sequencing reveal COL4A2 and CXCL6 as oxidative stress-associated biomarkers in periodontitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1598642
PMID:40539067
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研究论文 | 通过整合机器学习与单细胞RNA测序技术,鉴定COL4A2和CXCL6作为牙周炎氧化应激相关生物标志物 | 首次结合机器学习算法与单细胞RNA测序技术系统筛选牙周炎氧化应激相关关键基因,并明确其在细胞亚群中的特异性表达 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅限于大鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索氧化应激与牙周炎发病机制的关联,识别潜在诊断生物标志物和治疗靶点 | 牙周炎患者牙龈组织转录组数据及牙周炎大鼠模型 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, WGCNA, GSEA, GO/KEGG富集分析 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 牙周炎患者和对照者牙龈组织样本,牙周炎大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1133 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals dysregulated cell type perturbations and critical mediator communication remodelling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1557564
PMID:40539065
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示结直肠癌中细胞类型扰动和关键介质通讯重塑 | 识别了具有增殖和侵袭特征的上皮亚群及终末状态髓系细胞ActMono,发现半乳糖凝集素信号在免疫调控中的关键作用,建立了基于分泌性免疫细胞相关基因的预后模型 | 样本量相对有限(41个CRC样本),部分发现需进一步体内验证 | 研究结直肠癌的细胞异质性和免疫微环境,识别关键细胞亚群、功能通路和预后生物标志物 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | 预后模型(CRS) | 单细胞转录组数据 | 41个结直肠癌样本(来自四个数据集) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1134 | 2025-10-06 |
Cellular hierarchy framework based on single-cell and bulk RNA sequencing reveals fatty acid metabolic biomarker MYDGF as a therapeutic target for ccRCC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615601
PMID:40539074
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析发现MYDGF是透明细胞肾细胞癌中促进肿瘤进展的关键脂肪酸代谢生物标志物 | 首次从脂肪酸代谢重编程角度系统阐明ccRCC的细胞层级结构,并鉴定出MYDGF作为关键致癌生物标志物 | NA | 探索脂肪酸代谢重编程对ccRCC异质性和预后的影响,并寻找治疗靶点 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1135 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA seq data analysis reveals molecular markers and possible treatment targets for laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC): an in-silico approach
2025, In silico pharmacology
DOI:10.1007/s40203-025-00382-w
PMID:40539082
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据分析喉鳞状细胞癌的分子标志物和潜在治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析喉鳞状细胞癌的细胞异质性,识别出12个细胞簇和20个核心基因 | 基于生物信息学分析方法,缺乏实验验证 | 探索喉鳞状细胞癌的诊断生物标志物和治疗靶点 | 喉鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | 主成分分析,基因本体富集分析,KEGG通路分析 | 单细胞RNA测序数据 | GSE252490数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1136 | 2025-10-06 |
Copper Metabolism-Related Genes as Biomarkers in Colon Adenoma and Cancer
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S521512
PMID:40524750
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研究论文 | 通过生物信息学分析探讨铜代谢在结肠腺瘤进展为结直肠癌中的作用并识别潜在生物标志物 | 首次系统整合铜代谢相关基因与结肠腺瘤-癌进展过程的差异表达基因,结合多种机器学习算法识别生物标志物 | 需要进一步的临床验证 | 阐明铜代谢在结肠腺瘤向结直肠癌进展中的作用,识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 结肠腺瘤和结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,定量PCR | 五种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的结肠腺瘤数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1137 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals cellular differences and potential mechanisms in congenital pulmonary airway malformation
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1548177
PMID:40529122
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术分析先天性肺气道畸形(CPAM)与正常组织的细胞差异 | 首次应用单细胞测序技术系统揭示CPAM病变组织中的关键细胞类型差异和潜在分子机制 | 未明确说明样本数量和具体实验设计细节 | 探究先天性肺气道畸形的病理过程和细胞分子机制 | CPAM病变组织和正常肺组织 | 单细胞组学 | 先天性肺气道畸形 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1138 | 2025-10-06 |
Research advances in the study of traditional Chinese medicine formula granules on signaling pathway-mediated disease mechanisms
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1609211
PMID:40529488
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综述 | 系统综述中药配方颗粒通过信号通路调控疾病机制的研究进展与未来方向 | 整合多组学技术探索复方混合物的超分子协同效应,提出从单一成分分析向复杂系统研究的转变 | 当前研究存在单一成分分析、复方混合物协同机制不明确、转化应用临床证据不足等挑战 | 阐明中药配方颗粒通过信号通路介导的疾病调控机制,推动其在现代精准医疗中的应用 | 中药配方颗粒及其活性成分(如小檗碱、川芎嗪、姜黄素类似物等) | NA | 炎症、肿瘤、代谢紊乱、纤维化、骨关节炎、骨质疏松症、类风湿关节炎、急性肺损伤 | 代谢组学、空间转录组学、多组学技术 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1139 | 2025-10-06 |
Cancer-Derived Exosomal LINC01615 Induces M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages via RBMX-EZH2 Axis to Promote Colorectal Cancer Progression
2025, International journal of nanomedicine
IF:6.6Q1
DOI:10.2147/IJN.S499381
PMID:40529536
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌细胞通过外泌体传递LINC01615诱导肿瘤相关巨噬细胞M2极化的分子机制 | 首次发现外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴调控巨噬细胞极化,揭示了肿瘤微环境中细胞间通讯的新机制 | 未明确LINC01615在其他癌症类型中的普适性,临床转化潜力需进一步验证 | 探究癌症来源外泌体lncRNA在肿瘤相关巨噬细胞M2极化中的作用机制 | 结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、外泌体 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, RNA免疫沉淀, 染色质免疫沉淀, Western blot, qRT-PCR | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1140 | 2025-10-06 |
Integrated machine learning and single-cell analysis reveal the prognostic and therapeutic potential of SUMOylation-related genes in ovarian cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1577781
PMID:40534859
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习和单细胞分析,揭示了SUMOylation相关基因在卵巢癌中的预后和治疗潜力 | 首次将机器学习与单细胞RNA测序数据相结合,系统鉴定卵巢癌中SUMOylation相关基因的预后价值 | 研究样本量相对有限,需要在更大规模队列中验证 | 鉴定卵巢癌中SUMOylation相关基因作为预后生物标志物和治疗靶点 | 卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,多组学数据分析 | 集成机器学习框架 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 213名卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |