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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1081 | 2025-10-06 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别伤口愈合过程中p21高表达衰老细胞的作用机制 | 首次发现p21高表达衰老细胞亚群在伤口愈合中的促炎特性及其清除对伤口闭合的加速作用 | 未明确p21高表达衰老细胞的具体来源及其与其他衰老细胞亚群的相互作用机制 | 探究p21高表达衰老细胞在皮肤伤口愈合过程中的功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的衰老细胞亚群 | 空间转录组学 | 皮肤创伤 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析平台 |
| 1082 | 2025-10-06 |
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S516125
PMID:40599557
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌发病率上升趋势、分子特征、治疗突破和诊断进展 | 整合了免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物等最新治疗突破,以及基于机器学习的影像学和空间转录组学等新兴诊断工具 | 作为综述文章,未包含原始研究数据,主要基于现有文献综合分析 | 探讨三阴性乳腺癌的流行病学特征、分子机制、治疗进展和诊断创新 | 三阴性乳腺癌患者群体,重点关注年轻女性和不同人口统计学差异 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 机器学习,空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1083 | 2025-10-06 |
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831
PMID:40599775
|
研究论文 | 本研究通过分析失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征,建立了预后风险评分模型并验证其临床价值 | 首次在肝细胞癌中基于失巢凋亡相关基因进行分子分型,并构建了包含TTC26和TPX2的两基因预后模型 | 研究主要基于公共数据集,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 阐明失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义和治疗相关性 | 肝细胞癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO Cox回归, 体外实验 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 公共数据集中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1084 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1576067
PMID:40599812
|
综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序技术对肺内皮细胞研究的新见解 | 通过单细胞RNA测序揭示了肺内皮细胞在表型多样性、分子特征和空间定位依赖的异质性方面的新认知 | NA | 探讨单细胞RNA测序在肺内皮细胞研究中的应用与前景 | 肺内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1085 | 2025-10-06 |
Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development
2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae218
PMID:38943682
|
研究论文 | 本研究探讨组蛋白甲基转移酶ASH1L功能缺失对小鼠结构出生缺陷和皮质发育的影响 | 首次系统揭示ASH1L在皮质神经元命运决定和分化轨迹中的关键作用,通过单细胞RNA测序发现突变神经元呈现异常聚类模式 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类组织中验证;样本量有限(如单细胞测序样本数未明确说明) | 探究ASH1L功能缺失对胚胎发育、颅面骨骼形成和大脑皮质发育的影响机制 | Ash1l基因敲除小鼠模型(cre诱导型外显子4缺失) | 发育神经生物学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, EdU标记, 假时序分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据, 组织图像数据 | 胚胎期e18.5: n=77, 出生时p0: n=41, 鼻骨测量: n=31, SATB2神经元计数: n=6/基因型, EdU标记: n=4/基因型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1086 | 2025-10-06 |
Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges
2025-Jan-07, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351956.124
PMID:39496456
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综述 | 探讨空间转录组学技术在解析正常干细胞和癌症干细胞微环境中的应用与挑战 | 系统评述空间转录组学技术如何揭示干细胞微环境的时空特征及细胞间相互作用 | 技术局限性对微环境特征解析造成阻碍,需要计算工具辅助解决 | 研究干细胞微环境的分子特征及其在肿瘤异质性和治疗抵抗中的作用 | 正常干细胞和癌症干细胞及其微环境 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 二代测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1087 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.117001
PMID:40585969
|
研究论文 | 本研究通过建立血管化人脑类器官模型,解析胎儿缺氧-复氧损伤中谱系特异性应激适应机制 | 开发了首个整合皮质和血管类器官的血管化人脑类器官模型,揭示了人类特异性神经血管病理机制和动物模型无法捕捉的细胞间通讯网络 | 模型虽能模拟中晚期妊娠神经发育,但仍无法完全复制体内复杂微环境 | 解析人类胎儿缺氧损伤中细胞类型特异性机制并寻找治疗靶点 | 血管化人皮质类器官中的神经祖细胞、神经元、小胶质细胞和功能血管系统 | 单细胞转录组学 | 胎儿缺氧性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | 血管化人脑类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1088 | 2025-10-06 |
Endothelium-specific sensing of mechanical signals drives epidermal aging through coordinating retinoid metabolism
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.112299
PMID:40585982
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞通过机械信号感知协调视黄醇代谢驱动皮肤衰老的机制 | 首次发现内皮细胞通过整合素介导的机械转导协调成纤维细胞-内皮-表皮三方轴调控视黄醇代谢的新机制 | 研究主要基于模型系统验证,人体直接证据仍需进一步确认 | 探究机械信号感知在内皮细胞介导皮肤衰老过程中的作用机制 | 人皮肤样本、衰老小鼠模型和皮肤类器官系统 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RT-qPCR,免疫荧光染色,HE染色 | NA | 基因表达数据,图像数据,机械性能数据 | 年轻、中年和老年人类皮肤样本,衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1089 | 2025-10-06 |
Epithelial cells with high TOP2A expression promote cervical cancer progression by regulating the transcription factor FOXM1
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1604960
PMID:40589640
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了宫颈癌中高表达TOP2A的上皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的关键作用 | 首次在单细胞水平识别了高表达TOP2A的上皮细胞亚群,并揭示其通过LAMC1-(ITGA3-ITGB1)信号通路调控肿瘤微环境的机制 | NA | 探索宫颈癌进展过程中上皮细胞的分子特征,为精准靶向治疗提供新靶点 | 宫颈癌患者的上皮细胞 | 单细胞测序分析 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | Slingshot, Cellchat, SCENIC | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1090 | 2025-10-06 |
ScRNA-seq combined with ATAC-seq analysis to explore the metabolic balance mechanism of CCl4-induced liver inflammatory injury
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1600685
PMID:40589742
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序联合分析探索CCl4诱导的肝脏炎症损伤的代谢平衡机制 | 首次结合scRNA-seq和ATAC-seq技术系统研究CCl4诱导的慢性肝损伤中代谢平衡恢复机制,发现Zhx2和Zbtb20在代谢平衡调节中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证;机制研究仍待深入 | 探索四氯化碳诱导的肝损伤后细胞代谢机制 | CCl4诱导的慢性肝损伤小鼠模型 | 生物信息学 | 药物性肝损伤 | scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq, 功能富集分析, 转录因子分析 | NA | 基因组学数据, 表观基因组学数据, 转录组学数据 | 小鼠肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1091 | 2025-10-06 |
Sphingosine-1-phosphate stimulates colorectal cancer tumor microenvironment angiogenesis and induces macrophage polarization via macrophage migration inhibitory factor
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1564213
PMID:40589755
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和体外实验,阐明鞘氨醇-1-磷酸在结直肠癌肿瘤微环境中通过巨噬细胞移动抑制因子促进血管生成和诱导巨噬细胞极化的机制 | 首次在单细胞转录组水平揭示S1P通过MIF通路调控肿瘤相关巨噬细胞极化和血管生成的作用机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 探究S1P在结直肠癌肿瘤微环境中的作用机制及其对血管生成和巨噬细胞极化的影响 | 结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 肿瘤微环境研究 | 结直肠癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化染色, 空间转录组学 | 细胞水平实验模型 | 转录组数据, 单细胞数据, 蛋白质表达数据 | 人类组织样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1092 | 2025-10-06 |
Therapeutic implications of cancer-associated fibroblast heterogeneity: insights from single-cell and multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1580315
PMID:40589759
|
研究论文 | 通过单细胞和多组学分析探索癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用 | 识别了四种CAF亚群并开发了基于预后基因的风险评分模型,首次系统揭示CAF异质性对免疫治疗敏感性的影响 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;实验验证仅针对HIP1R基因 | 探索癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的功能作用 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其亚群 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, siRNA干扰, qPCR, Western blotting | Cox回归, LASSO回归, 风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1093 | 2025-10-06 |
Cell types and neuronal genetic architecture in the rat CSF-contacting nucleus and the role of 5-HT in this nucleus in mediating morphine addiction through the brain-CSF circuit
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1603486
PMID:40589789
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术解析了大鼠脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征,并探讨了其在吗啡成瘾中的作用机制 | 首次系统描绘脑脊液接触核的单细胞转录组图谱,发现该核团通过调节5-HT释放参与吗啡成瘾的新机制 | 研究主要聚焦大鼠模型,人类相关性需要进一步验证;机制研究仍处于探索阶段 | 阐明脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征,探讨其在吗啡成瘾中的功能作用 | 大鼠脑脊液接触核 | 神经科学 | 药物成瘾 | 单细胞RNA测序, GO分析, KEGG通路分析, 条件性位置偏爱测试, 化学遗传学技术, ELISA, UPLC-MS | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据, 行为学数据, 生化检测数据 | 单细胞测序数据已存入中国国家生物信息中心(编号: CRR790158) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1094 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3
PMID:40601269
|
研究论文 | 本章概述了空间转录组技术及其在精子发生研究中的应用 | 将空间转录组技术应用于精子发生研究,解决了传统转录组方法无法保留组织空间结构的问题 | 仅提供了基于小鼠睾丸的示例分析,方法适用范围有待进一步验证 | 开发空间转录组技术在精子发生研究中的应用方法 | 小鼠睾丸组织和精子发生过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,组织切片图像 | 小鼠睾丸组织样本 | Curio Biosciences | 空间转录组学 | Seeker (SlideSeq V2) | Curio Biosciences Seeker平台(基于SlideSeq V2技术) |
| 1095 | 2025-10-06 |
Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta
2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2413191121
PMID:39793067
|
研究论文 | 本研究探讨温度和性腺性别对红耳龟生殖细胞分化和减数分裂进程的独立影响 | 首次在温度依赖性性别决定物种中证明温度对生殖细胞性分化的直接影响独立于性腺体细胞 | 研究仅针对单一TSD物种(红耳龟),结果可能不适用于其他物种 | 探究温度是否直接影响生殖细胞分化和性别认同的其他方面 | 红耳龟(Trachemys scripta)胚胎和生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 减数分裂铺片分析,单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据,细胞形态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1096 | 2025-10-06 |
Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1556739
PMID:40160460
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了桦褐孔菌(Chaga)改善叶酸诱导的小鼠肾纤维化的细胞和分子机制 | 首次应用单细胞RNA测序技术研究桦褐孔菌治疗肾纤维化的作用,揭示了近端肾小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用网络 | 需要进一步的实验验证以确定其临床应用价值 | 探究桦褐孔菌治疗肾纤维化的潜在机制 | 叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型 | 单细胞测序 | 肾纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, UPLC-MS, 组织学染色 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据, 组织学图像 | 82,496个肾脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1097 | 2025-10-06 |
Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1629322
PMID:40510421
|
correction | 本文是对先前发表文章的更正说明 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1098 | 2025-10-06 |
Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen
2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology
IF:1.8Q4
DOI:10.1139/cjm-2025-0036
PMID:40522159
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综述 | 回顾白色念珠菌研究的历史发展,从早期临床观察到现代高通量基因组技术 | 整合多组学方法推进精准真菌学时代,追踪真菌种群基因组学的进化适应 | NA | 理解白色念珠菌的分子生物学、致病性和耐药机制 | 机会性致病真菌白色念珠菌 | NA | 侵袭性念珠菌病 | 全基因组测序,功能基因组学,单细胞转录组学,CRISPR-Cas9基因组编辑,多组学方法 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1099 | 2025-10-06 |
Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475
PMID:39923846
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研究论文 | 本研究揭示了肝脏充血通过肝窦内皮细胞中CXCL9的反向分区化富集肝内巨噬细胞的机制 | 首次发现肝窦内皮细胞中CXCL9的反向分区化现象及其在充血性肝病中调控巨噬细胞募集的新机制 | 研究样本量有限,且动物模型可能无法完全模拟人类疾病的所有特征 | 探究充血性肝病中肝窦免疫细胞空间分布变化及其在肝纤维化和门脉高压中的作用 | 充血性肝病患者组织样本、Fontan相关肝病患者组织样本、小鼠pIVCL模型 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 成像质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,RNA原位杂交 | NA | 图像,单细胞转录组数据 | 人类患者组织样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1100 | 2025-10-06 |
Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024
PMID:39510135
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研究论文 | 本研究通过分析循环免疫细胞的转录和表型变化,揭示了COVID-19、COVID-19后间质性肺病和特发性肺纤维化之间的免疫异常异同 | 首次发现50基因特征在单核细胞和T细胞亚群中的基因组失衡模式,并揭示该模式在COVID-19幸存者和IPF患者中的反向表达特征 | 样本量相对有限(227例),且为观察性研究,无法确定因果关系 | 研究循环免疫细胞变化与COVID-19死亡率、COVID-19后ILD肺纤维化消退及IPF持续性的关联 | 227名COVID-19患者、COVID-19后间质性肺病患者、特发性肺纤维化患者和对照受试者 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,基因表达分析,生物标志物检测 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,蛋白质生物标志物数据 | 227名受试者 | Nanostring,10x Genomics,Luminex | 单细胞RNA测序,基因表达分析,多重蛋白检测 | nCounter,10x Chromium,Luminex | nCounter基因表达分析系统,10x Genomics单细胞RNA测序平台,Luminex多重检测平台 |