单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-02-01	Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-Jan-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了Ush2a基因敲除小鼠模型，并进行了听觉脑干反应测试、视网膜电图、HE染色和视网膜单细胞RNA测序，以探索Usher综合征中视网膜退化的机制	成功构建了Ush2a基因敲除小鼠模型，并首次通过单细胞RNA测序构建了视网膜细胞的初步调控图谱	在20个月大的Ush2a基因敲除小鼠中未发现明显的视网膜形态和电生理表型	探索Usher综合征中视网膜退化的分子机制	Ush2a基因敲除小鼠和野生型小鼠	遗传学	Usher综合征	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	Ush2a基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	Ush2a基因敲除小鼠和野生型小鼠
1062	2025-02-01	Integrating representation learning, permutation, and optimization to detect lineage-related gene expression patterns 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56388-7 PMID:39870610	研究论文	本文开发了一种名为PORCELAN的方法，用于识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，并应用于小鼠肺癌模型和胚胎发育的单细胞RNA测序数据	PORCELAN方法结合了表示学习、排列和优化技术，能够识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，为研究细胞状态记忆提供了新工具	方法主要应用于小鼠模型和C. elegans的胚胎发育数据，尚未在更广泛的生物系统中验证	研究细胞谱系相关的基因表达模式，特别是在肺癌进展和胚胎发育中的细胞状态记忆	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	表示学习、排列和优化	单细胞RNA测序数据	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育数据
1063	2025-02-01	Computational Identification of Migrating T cells in Spatial Transcriptomics Data 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619870 PMID:39484480	研究论文	本研究开发了一种名为ReMiTT的计算方法，利用空间转录组数据追踪T细胞在肿瘤组织中的迁移模式	ReMiTT方法首次利用空间转录组数据追踪T细胞迁移，揭示了迁移路径上的关键基因和通路	研究主要基于计算模型，缺乏实验验证	研究T细胞在肿瘤微环境中的迁移模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	T细胞	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	ReMiTT	空间转录组数据	多个肿瘤样本
1064	2025-02-01	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	本文介绍了EukPhylo v1.0，一个模块化、用户友好的工具包，用于通过系统发育信息的数据整理和分析多样化的真核生物谱系	EukPhylo v1.0提供了一个模块化的管道，能够通过系统发育信息进行污染去除、同源基因家族估计以及多序列比对和基因树的生成，解决了微真核生物特别是不可培养谱系在系统发育分析中的挑战	尽管EukPhylo v1.0在数据整理和分析方面表现出色，但其依赖于用户提供的基因家族数据集，可能限制了其在某些特定研究中的适用性	旨在通过开发EukPhylo v1.0工具包，改进真核生物系统发育分析的数据整理和分析方法	多样化的真核生物、细菌和古菌	生物信息学	NA	单细胞测序、系统发育分析	NA	基因序列数据	1,000种多样化的真核生物、细菌和古菌
1065	2025-02-01	The Role of Dectin-1-Akt-RNF146 Pathway in β-Glucan Induced Immune Trained State of Monocyte in Sepsis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482213 PMID:39881796	研究论文	本文探讨了Dectin-1-Akt-RNF146通路在β-葡聚糖诱导的单核细胞免疫训练状态中的作用，特别是在脓毒症中的应用	揭示了RNF146和Akt在脓毒症免疫抑制期的作用，并发现β-葡聚糖预处理可通过Dectin-1-Akt-mTOR通路逆转免疫抑制，促进免疫训练状态	研究主要基于小鼠模型和细胞系，尚未在人类患者中进行验证	研究脓毒症中免疫训练状态的分子机制及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞、脓毒症小鼠模型及小鼠单核/巨噬细胞系RAW264.7	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠双打击模型、RAW264.7细胞系	RNA测序数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血单核细胞、小鼠模型及RAW264.7细胞系
1066	2025-02-01	Therapeutic potential and mechanisms of umbilical cord mesenchymal stem cells differentiating into tendon cells and promotion of rotator cuff tendon-bone healing 2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering IF:6.7Q1 DOI:10.1177/20417314251315185 PMID:39882545	研究论文	本文探讨了脐带间充质干细胞（UCMSCs）分化为肌腱细胞的机制及其在促进肩袖肌腱-骨愈合中的潜力	通过单细胞测序分析分化过程中的关键细胞亚群和信号通路，并发现Hes1基因的过表达显著促进了UCMSCs向肌腱细胞的分化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	探索UCMSCs分化为肌腱细胞的机制及其在肩袖损伤修复中的应用	脐带间充质干细胞（UCMSCs）和肩袖肌腱损伤	细胞治疗	肩袖损伤	单细胞测序	动物模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1067	2025-01-31	mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective 2025-Jan-28, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00431-24 PMID:39660837	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用，特别是如何通过单细胞研究揭示细菌在生态系统层面的作用	介绍了两种新的单细胞RNA测序技术，这些技术为研究细菌单细胞在生态系统中的作用提供了新方法	NA	探讨单细胞RNA测序技术如何帮助理解细菌单细胞在生态系统中的作用	细菌单细胞	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1068	2025-01-31	Single-cell transcriptomics identify a novel macrophage population associated with bone invasion in pituitary neuroendocrine tumors 2025-Jan-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03296-9 PMID:39865310	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（BI PitNETs）相关的巨噬细胞亚群，并揭示了其在促进骨侵袭中的关键作用	识别了一种新型的TNF-α+ TAM巨噬细胞亚群，并阐明了其通过IL34/CSF1R轴促进骨侵袭的机制	样本量相对较小，仅包括10例骨侵袭性PitNETs和5例非骨侵袭性PitNETs	揭示骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤微环境变化及其促进骨侵袭的机制	骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（BI PitNETs）和非骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（Non-BI PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例（10例骨侵袭性PitNETs和5例非骨侵袭性PitNETs）
1069	2025-01-28	To describe the subsets of malignant epithelial cells in gastric cancer, their developmental trajectories and drug resistance characteristics 2025-Jan-27, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01715-5 PMID:39869282	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胃癌样本中的细胞亚群，揭示了恶性上皮细胞的发育轨迹和耐药特性	通过单细胞RNA测序技术，首次在胃癌中识别了32个不同的细胞簇和10种主要细胞类型，并构建了预后风险评分模型	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究胃癌的细胞和分子异质性，探索潜在的治疗靶点和生物标志物	胃癌样本中的262,532个细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）	预后风险评分模型	RNA测序数据	262,532个细胞
1070	2025-01-31	Combined PARP14 inhibition and PD-1 blockade promotes cytotoxic T cell quiescence and modulates macrophage polarization in relapsed melanoma 2025-Jan-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010683 PMID:39870492	研究论文	本文探讨了PARP14抑制与PD-1阻断联合治疗在复发性黑色素瘤中的应用，通过调节T细胞静止和巨噬细胞极化来增强治疗效果	首次结合PARP14抑制与PD-1阻断，揭示了其对T细胞静止和巨噬细胞极化的影响，并提出了一种新的治疗策略以克服免疫检查点抑制剂的耐药性	尽管增强了免疫反应，肿瘤细胞仍通过激活替代的免疫逃逸途径产生适应性耐药	研究PARP14抑制与PD-1阻断联合治疗在复发性黑色素瘤中的效果及其机制	复发性黑色素瘤患者及临床前模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1071	2025-01-31	STAIG: Spatial transcriptomics analysis via image-aided graph contrastive learning for domain exploration and alignment-free integration 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56276-0 PMID:39870633	研究论文	本文提出了一种名为STAIG的深度学习模型，用于整合基因表达、空间坐标和组织学图像，以精确研究空间域	STAIG模型通过图对比学习结合高性能特征提取，能够无需预对齐整合组织切片并去除批次效应，且适用于多种平台的数据	未明确提及具体局限性	研究空间转录组学，以探索细胞结构和相互作用	基因表达、空间坐标和组织学图像	数字病理学	肿瘤微环境	图对比学习	深度学习模型	基因表达数据、空间坐标数据、组织学图像	未明确提及样本数量
1072	2025-01-29	Monocytes serve as Shiga toxin carriers during the development of hemolytic uremic syndrome 2025-Jan-27, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00689-8 PMID:39871175	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1073	2025-01-31	Wnt signalling facilitates neuronal differentiation of cochlear Frizzled10-positive cells in mouse cochlea via glypican 6 modulation 2025-Jan-27, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02039-9 PMID:39871249	研究论文	本研究揭示了小鼠耳蜗中Frizzled10阳性细胞在Wnt信号通路和glypican 6调控下促进神经元分化的机制	首次识别出Frizzled10阳性细胞作为耳蜗胶质细胞的一个重要亚群，并揭示了其在神经元分化中的关键作用及Wnt信号通路的调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索耳蜗Frizzled10阳性细胞的神经元分化机制及其在听觉神经再生中的潜在应用	小鼠耳蜗中的Frizzled10阳性细胞	神经科学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠耳蜗组织
1074	2025-01-31	HMOX1 as a potential drug target for upper and lower airway diseases: insights from multi-omics analysis 2025-Jan-27, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03124-w PMID:39871287	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HMOX1作为上呼吸道和下呼吸道疾病潜在药物靶点的可能性	首次通过双向双样本孟德尔随机化分析揭示了HMOX1与上呼吸道和下呼吸道疾病之间的负向因果关系，并通过单细胞RNA测序确定了HMOX1在M2巨噬细胞中的定位	未进行临床试验验证，仅通过分子对接预测了潜在的治疗药物	探索HMOX1在上呼吸道和下呼吸道疾病中的作用及其作为药物靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）、过敏性鼻炎（AR）和哮喘（AS）	生物信息学	呼吸道疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析（GSEA）、随机森林算法、双向双样本孟德尔随机化分析（TwoSampleMR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	随机森林（RF）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确样本数量，使用了Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中的数据和单细胞RNA测序数据
1075	2025-01-31	Tumor-associated-fibrosis and active collagen-CD44 axis characterize a poor-prognosis subtype of gastric cancer and contribute to tumor immunosuppression 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06070-9 PMID:39871345	研究论文	本研究通过分析胃癌样本，发现了一种与纤维化相关且预后不良的胃癌亚型，揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的关键作用	首次识别出一种与纤维化相关的胃癌亚型，并揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的核心机制	研究主要基于TCGA和GEO数据库，缺乏实验验证，且样本量有限	探索胃癌中肿瘤相关纤维化的机制及其对免疫治疗的影响	胃癌样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间分析、CellChat分析、共定位分析	NA	RNA测序数据、GWAS数据	375个胃癌样本（TCGA）、15个胃癌样本（GEO）、19个免疫治疗队列、2个GWAS数据集
1076	2025-01-31	Fetal fibroblast heterogeneity defines dermal architecture during human embryonic skin development 2025-Jan-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.12.027 PMID:39880186	研究论文	本研究通过分析人类胎儿皮肤中的成纤维细胞异质性，揭示了不同发育阶段的成纤维细胞群体及其动态相互作用	首次通过单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术，揭示了人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在发育过程中的空间分布和动态变化	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	研究人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在皮肤发育过程中的作用	人类胎儿皮肤中的成纤维细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 单分子荧光原位杂交	NA	RNA测序数据, 空间分布数据	8和16孕周的人类胎儿皮肤样本
1077	2025-01-31	Intratumor heterogeneity of HPV integration in HPV-associated head and neck cancer 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56150-z PMID:39865078	研究论文	本文研究了HPV相关头颈癌中HPV整合的肿瘤内异质性	揭示了HPV整合的肿瘤内异质性，发现了四种HPV物理状态，并指出至少49%的肿瘤在没有整合的情况下进展	样本量相对较小，仅51个肿瘤	探讨HPV在头颈鳞状细胞癌中的整合机制及其对肿瘤发展的影响	HPV阳性头颈鳞状细胞癌（HPV HNSCC）	基因组学	头颈癌	全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序，免疫组织化学	NA	基因组数据，RNA数据	51个肿瘤样本
1078	2025-01-31	Statistical identification of cell type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56280-4 PMID:39865128	研究论文	本文介绍了一种名为Celina的统计方法，用于系统检测细胞类型特异性空间变异基因（ct-SVGs）	Celina方法利用空间变化系数模型，准确捕捉每个基因在组织位置上的空间表达模式，确保有效的I型错误控制和高功率	NA	识别空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	空间转录组学数据	生物信息学	肺癌, 肾癌, 阿尔茨海默病	空间转录组学	空间变化系数模型	空间转录组学数据	五个真实数据集
1079	2025-01-31	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages determines strain-specific synergistic responses to LPS epigenetically 2025-Jan-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56379-8 PMID:39863579	研究论文	本文研究了不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞（TRMs）对IL-4激活和LPS暴露的协同反应	揭示了C57BL/6和BALB/c小鼠TRMs在IL-4激活和LPS暴露下的表观遗传重编程差异及其对协同反应的遗传背景依赖性	研究仅限于雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs，未涉及其他组织或性别差异	探讨遗传背景如何影响组织驻留巨噬细胞对多种刺激的整合反应	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔组织驻留巨噬细胞（TRMs）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs
1080	2025-01-28	Reverse-engineering the FLT3-PI3K/AKT axis to enhance TILs function and improve prognosis in ovarian and cervical cancers 2025-Jan-25, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01592-8 PMID:39863894	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，探索了卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的关键调节作用	首次提供了FLT3在卵巢癌和宫颈癌中免疫调节作用的空间解析证据，将其定位为有前景的免疫治疗靶点	研究中涉及的样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探索卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的作用	卵巢癌和宫颈癌	数字病理学	卵巢癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	Seurat, Harmony	RNA测序数据, 空间数据	NA