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当前共找到 2177 篇文献，本页显示第 1061 - 1080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1061 | 2025-10-06 |
Leveraging multiple labeled datasets for the automated annotation of single-cell RNA and ATAC data
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.043
PMID:40687986
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研究论文 | 提出JIND-Multi框架，用于在多个标注数据集间转移细胞类型标签，实现单细胞RNA和ATAC数据的自动注释 | 首个能同时处理scRNA-Seq和scATAC-Seq数据的多数据集标签转移框架，无需配对RNA数据即可注释ATAC数据 | 需要同类型标注数据，对罕见细胞类型的适应性未充分验证 | 开发单细胞数据自动注释方法，解决细胞图谱构建中的批次效应和注释一致性问题 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | JIND-Multi框架 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1062 | 2025-10-06 |
dandelionR: Single-cell immune repertoire trajectory analysis in R
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.047
PMID:40687995
|
研究论文 | 开发了一个R包dandelionR，用于单细胞免疫组库轨迹分析 | 首个基于R语言的单细胞免疫组库轨迹分析工具，实现了VDJ特征空间构建和基于扩散映射与吸收马尔可夫链的轨迹分析 | 目前仅提供基础功能，可能缺乏Python版本中的一些高级特性 | 开发单细胞RNA测序和免疫组库测序整合分析的R语言工具 | 淋巴细胞发育研究 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫组库测序 | 扩散映射, 吸收马尔可夫链 | 基因表达数据, 免疫受体序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, scVDJ-seq | NA | NA |
| 1063 | 2025-10-06 |
Integrated multiomics analysis identifies PHLDA1+ fibroblasts as prognostic biomarkers and mediators of biological functions in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592416
PMID:40688078
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析开发了一个7基因风险模型，识别PHLDA1+成纤维细胞作为胰腺癌的预后生物标志物和生物学功能介质 | 首次构建了基于7个基因的mCAF相关风险模型，并发现PHLDA1在肿瘤-基质相互作用中的关键介导作用 | CAF亚型的预后和功能贡献仍需进一步深入理解 | 研究胰腺癌中癌症相关成纤维细胞亚型的预后价值和功能作用 | 胰腺癌患者和肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,共培养实验 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1064 | 2025-10-06 |
S100A8/A9 in herpes zoster neuralgia: molecular mechanisms and therapeutic perspectives
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615638
PMID:40688076
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综述 | 本文系统阐述了S100A8/A9蛋白复合物在带状疱疹神经痛发病机制中的关键作用及治疗前景 | 首次系统揭示S100A8/A9通过TLR4/TNF信号通路调控神经炎症过程，并作为慢性疼痛转化的关键分子标志物 | 当前治疗策略存在局限性，需要更多临床验证 | 探讨S100A8/A9在带状疱疹神经痛发病机制中的作用及治疗潜力 | 带状疱疹相关神经性疼痛的分子机制 | 神经科学 | 带状疱疹神经痛 | 单细胞测序，多组学分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序，多组学分析 | NA | NA |
| 1065 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics uncover ELK4-mediated mechanisms in NDUFAB1+ tumor cells driving gastric cancer progression, metabolic reprogramming, and immune evasion
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591123
PMID:40688093
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了ELK4介导的NDUFAB1+肿瘤细胞在胃癌进展、代谢重编程和免疫逃逸中的核心机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学识别出C1 NDUFAB1+胃癌细胞亚型，并发现其通过PARs信号通路与成纤维细胞和周细胞相互作用 | 研究主要基于体外实验验证，缺乏体内动物模型验证 | 探索胃癌肿瘤异质性及治疗抵抗机制，开发多靶点综合治疗策略 | 胃癌组织和细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 体外实验 | Seurat, Robust Cell Type Decomposition, CellChat, StLearn | 基因表达数据, 空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1066 | 2025-10-06 |
Key immune regulators in retinal ischemia-reperfusion injury via RNA sequencing
2025, International journal of ophthalmology
IF:1.9Q2
DOI:10.18240/ijo.2025.07.06
PMID:40688775
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研究论文 | 本研究通过RNA测序技术探索视网膜缺血再灌注损伤中的免疫细胞浸润和分子机制 | 结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，首次系统鉴定RIRI中的关键免疫调节基因及其在特定免疫细胞中的表达 | 研究主要关注急性期RIRI，未涉及慢性阶段的免疫调节机制 | 探索视网膜缺血再灌注损伤的免疫调控机制并识别潜在治疗靶点 | 视网膜缺血再灌注损伤模型 | 生物信息学 | 视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | 差异基因表达分析, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1067 | 2025-10-06 |
Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex
2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024
PMID:39741000
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析抗Aβ抗体注射后大脑皮层中免疫细胞的急性反应 | 首次揭示抗Aβ抗体暴露后24小时内小胶质细胞与非实质免疫细胞之间通过TGFβ信号通路的强烈通讯 | 仅观察急性时间点（24小时和3天），缺乏长期效应数据；样本量有限 | 探究抗Aβ抗体对大脑免疫反应的急性影响 | 14月龄APP转基因雄性和雌性小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | APP转基因小鼠皮层组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1068 | 2025-10-06 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
|
研究论文 | 提出一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控连接预测框架scRegNet | 首次将单细胞基础模型与联合图学习相结合用于基因调控网络推断 | 需要大量已知TF-DNA结合数据，实验获取成本较高且数量有限 | 解决基因调控连接预测问题，推断缺失的调控相互作用 | 基因调控网络和转录因子-DNA结合 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，ChIP-seq | 基础模型，图学习 | 基因表达数据，调控相互作用数据 | 七个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1069 | 2025-10-06 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634618
PMID:39896674
|
研究论文 | ARTEMIS整合变分自编码器和薛定谔桥模型，从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态 | 将变分自编码器与非平衡扩散薛定谔桥结合，能够重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化 | 基于单细胞测序数据的破坏性特性，只能获得离散时间点的细胞快照 | 解决单细胞测序数据中细胞轨迹重建和动态过程理解的挑战 | 胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌细胞上皮间质转化过程 | 单细胞数据分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE), 非平衡扩散薛定谔桥(uDSB), 前向-后向随机微分方程(SDEs) | 单细胞基因表达数据 | 三个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1070 | 2025-10-06 |
Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling
2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182125
PMID:39836478
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠骨髓微环境中通过性别特异性Kdm5c/Cxcl12信号调控造血植入的性二态性机制 | 首次发现雄性骨髓微环境通过Kdm5c介导的性二态性机制增强造血植入能力，并证明靶向Kdm5c可改善雌性骨髓微环境功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床中得到验证 | 探究骨髓微环境中的性二态性及其对造血植入的调控机制 | 小鼠骨髓微环境中的瘦素受体表达间充质基质细胞(LepR-MSCs) | 造血生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序，骨髓移植，共培养实验 | MSC特异性Kdm5c敲除小鼠模型 | 基因表达数据，细胞功能数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1071 | 2025-10-06 |
Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection
2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.13.632860
PMID:39868116
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研究论文 | 通过细菌单细胞RNA测序研究噬菌体感染过程中细菌异质性防御机制的表达分布 | 首次在单细胞水平揭示细菌通过多个相变基因位点的组合表达形成抗噬菌体表型景观 | 仅研究了一种人类病原共生菌和一种裂解性噬菌体的相互作用 | 探究细菌群体中抗噬菌体防御机制的异质性表达及其组合保护效应 | 人类病原共生菌及其感染的裂解性噬菌体 | 单细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约50,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1072 | 2025-10-06 |
Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment
2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.10.632174
PMID:39868269
|
研究论文 | 本研究通过开发谷氨酰胺代谢拮抗剂前药JHU083，揭示了其通过重塑巨噬细胞免疫微环境抑制肿瘤进展的双重机制 | 开发了在癌组织中特异性生物激活的GLNi前药JHU083，首次在免疫健全小鼠模型中系统评估谷氨酰胺代谢拮抗对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究仅限于妇科癌症小鼠模型，尚未进行人体临床试验 | 探究谷氨酰胺代谢拮抗剂对肿瘤免疫微环境的重塑作用及其抗肿瘤机制 | 免疫健全小鼠妇科肿瘤模型、肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是巨噬细胞） | 肿瘤免疫学 | 妇科癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外骨髓源性巨噬细胞培养 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 免疫健全小鼠肿瘤模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1073 | 2025-10-06 |
Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models
2025-Jan-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17020204
PMID:39857986
|
研究论文 | 本研究评估了化疗联合LIF和PD-L1双重阻断在胰腺导管腺癌模型中的抗肿瘤效果 | 首次提出化疗联合LIF和PD-L1双重阻断的序贯治疗方案，显著增强抗肿瘤免疫反应 | 仅在临床前模型中进行验证，尚未在人体临床试验中证实 | 探索提高胰腺导管腺癌免疫治疗效果的联合治疗方案 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的临床前模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 流式细胞术,单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫细胞清除实验 | NA | 基因表达数据,免疫细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1074 | 2025-10-06 |
Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder
2025-Jan-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832
PMID:39772771
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CD74信号轴在RUNX1-家族性血小板障碍中的关键作用，并证明靶向该通路可改善造血缺陷 | 首次揭示CD74信号轴在FPD发病机制中的核心作用，并验证靶向CD74及其下游通路可逆转造血分化缺陷 | 样本量相对有限（单细胞RNA测序n=10），需要更大规模研究验证 | 探索RUNX1-家族性血小板障碍的发病机制并开发干预策略 | FPD患者造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 单细胞基因组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞RNA测序10个样本，功能分析超过75个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1075 | 2025-10-06 |
CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data
2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering12010031
PMID:39851305
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研究论文 | 提出一种基于共识聚类的插补方法CCI，用于解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件 | 通过基因子集采样进行聚类并汇总结果来定义细胞相似性，利用相似细胞信息进行基因表达水平插补 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1076 | 2025-10-06 |
Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination
2025-01, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01854-1
PMID:39668212
|
研究论文 | 本研究通过活细胞成像和单细胞RNA测序揭示了荠菜果实形状决定机制 | 发现单个顺式调控元件的独立进化决定了果实形状转变 | 研究主要集中于十字花科植物，在其他植物中的普适性有待验证 | 探究器官形态建成的分子机制 | 荠菜果实发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 全器官活细胞成像,单细胞RNA测序 | NA | 图像,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1077 | 2025-10-06 |
Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer
2025-Jan, ESMO open
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109
PMID:39765189
|
研究论文 | 本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白基因特征与乳腺癌患者生存期的关系 | 首次发现14基因IGG特征与乳腺癌患者死亡风险降低41%-47%显著相关，并识别出其中7个关键基因与B细胞/T细胞克隆性密切相关 | 研究基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证 | 探究肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系 | 9638名乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 空间GeoMx分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，临床数据 | 9638名乳腺癌患者（来自三个数据集） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 1078 | 2025-10-06 |
Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity
2025, Journal of applied statistics
IF:1.2Q2
DOI:10.1080/02664763.2024.2369955
PMID:39926175
|
研究论文 | 提出一种基于相关熵的稀疏PCA结合超图和融合相似度的单细胞类型识别新方法CHLSPCA | 创新性地将相关熵与PCA结合处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并整合超图结构提取局部信息，同时引入高斯核函数和欧氏度量挖掘细胞间相似性信息 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的高维度和噪声问题，提高细胞聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, 稀疏PCA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1079 | 2025-10-06 |
Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer
2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00485-8
PMID:39794360
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的深度学习模型TraCSED，用于分析乳腺癌中克隆选择和基因表达动态，揭示耐药机制 | 开发了首个基于Transformer的动态深度学习方法来建模克隆选择过程，能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间动态 | 仅针对乳腺癌特定治疗药物进行研究，未验证在其他癌症类型或治疗方案的普适性 | 研究癌症细胞转录异质性及其对治疗反应的影响，识别耐药机制 | 乳腺癌细胞系，使用giredestrant（选择性ER拮抗剂和降解剂）或palbociclib（CDK4/6抑制剂）处理的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，克隆条形码技术 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1080 | 2025-10-06 |
CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data
2025-Jan-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739
PMID:39788105
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研究论文 | 开发了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于从大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序 | 提出首个基于GPU的无监督学习方法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中一致且可扩展地推断基因表达程序 | 未详细说明参数选择的具体方法，且仅在小鼠脑图谱和人类肿瘤数据集上验证 | 开发可扩展的无监督学习方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |