单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-02-06	Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616802 PMID:39868275	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的变化	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化中外膜成纤维细胞的动态变化，并发现SERPINH1基因在其中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用，寻找新的治疗靶点	小鼠主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性Ldlr -/-小鼠，每组3只，共两组
1022	2025-02-06	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626638 PMID:39677753	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态速度和分子机制	GraphVelo通过保留向量大小和方向信息在不同数据表示之间的转换，扩展了RNA速度到多模态数据，并揭示了基因、病毒与宿主细胞之间以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	研究目的是从高通量单细胞数据中提取时间分辨信息，并扩展RNA速度到多模态数据	单细胞数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验scRNA-seq数据集
1023	2025-02-06	HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data 2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629494 PMID:39763944	研究论文	本文介绍了一个名为HapCNV的综合统计框架，用于在单细胞或低细胞DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测	HapCNV框架通过构建新型基因组位置特异性伪参考，使用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留了常见的CNV，从而在CNV检测中表现出色，特别是在短CNV的检测上	虽然HapCNV在模拟和真实寄生虫数据集中表现出色，但其在更广泛的应用场景和不同生物样本中的普适性仍需进一步验证	开发一种适用于单细胞或低细胞DNA测序数据的CNV检测方法，以克服现有方法在单倍体基因组中的局限性	单细胞或低细胞DNA测序数据中的CNV	基因组学	NA	DNA测序	统计框架	DNA测序数据	模拟数据和真实寄生虫数据集
1024	2025-02-06	Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma 2025-Jan-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae258 PMID:39587400	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运规范的进化重构	利用单细胞转录组分析技术，比较了H. erythrogramma和Lytechinus variegatus的发育时间序列，揭示了胚胎模式中的多种进化变化	研究依赖于单细胞转录组数据，可能无法完全捕捉所有调控互作的变化	研究目的是识别发育机制中的进化变化，特别是在胚胎细胞命运规范方面	研究对象为海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个物种的胚胎细胞样本
1025	2025-02-06	GP73 reinforces cytotoxic T-cell function by regulating HIF-1α and increasing antitumor efficacy 2025-Jan-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009265 PMID:39762082	研究论文	本研究探讨了GP73在调节T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	揭示了GP73通过调节HIF-1α增强T细胞功能的新机制，为肿瘤免疫治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本量有限，需要进一步验证	研究GP73在T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	小鼠T细胞和临床肿瘤患者的T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序、RNA测序、实时定量PCR、Western blotting、流式细胞术、Seahorse分析、葡萄糖摄取和L-乳酸分泌测定	GP73敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞代谢数据	小鼠模型和临床肿瘤患者的血液样本
1026	2025-02-06	Galaxy as a gateway to bioinformatics: Multi-Interface Galaxy Hands-on Training Suite (MIGHTS) for scRNA-seq 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae107 PMID:39775842	研究论文	本文介绍了一个名为MIGHTS的多界面Galaxy实践培训套件，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，旨在降低生物信息学的学习门槛	MIGHTS提供了图形界面和代码并行的分析方法，促进了生物学家与程序员之间的跨学科交流，并通过实际数据分析促进批判性思维和最佳实践	NA	降低生物信息学的学习门槛，提供有效的单细胞RNA测序分析培训	生物学家和生物医学科学家	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1027	2025-02-06	Spatial and single-cell transcriptomics reveal cellular heterogeneity and a novel cancer-promoting Treg cell subset in human clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010183 PMID:39755578	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组学技术揭示了人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的细胞异质性，并发现了一种新的促进癌症的Treg细胞亚群	发现了具有终末效应Treg细胞分子特征但表达多种细胞因子的特殊Treg细胞亚群，并揭示了其与MRC1 + FOLR2 +肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的协同促癌作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞和空间转录组数据，并在15名患者的组织和血液样本中进行了验证	研究ccRCC中免疫抑制细胞的空间和功能异质性及其相互作用促进免疫抑制的机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	单细胞和空间转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	4名患者的单细胞和空间转录组数据，15名患者的组织和血液样本
1028	2025-02-06	Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1 PMID:39801515	研究论文	本文通过小鼠模型研究嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的作用	首次发现嗜酸性粒细胞在限制鼠伤寒沙门氏菌在肉芽肿巨噬细胞中的利用方面发挥关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的保护作用	小鼠模型中的鼠伤寒沙门氏菌感染	免疫学	感染性疾病	空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1029	2025-02-06	Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1 PMID:39801521	研究论文	本文提出了一种多尺度细胞间交互空间转录组学（MCIST）分析方法，结合多尺度拓扑表示和空间深度学习技术，用于空间转录组数据分析	首次提出多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法，填补了当前空间转录组分析中忽视多尺度细胞间交互的空白	未明确提及具体局限性	改进空间转录组数据分析方法，提升空间域检测、轨迹推断、差异表达基因检测和信号通路富集分析的性能	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	空间深度学习技术	空间转录组数据	37个基准空间转录组数据集
1030	2025-02-06	Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530774 PMID:39803528	研究论文	本文开发了一种结合统计和机制模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测细胞的电生理活动	结合统计和生物物理模型，将基因表达与细胞电生理特性联系起来，克服了数学模型与数据不匹配的挑战	NA	研究基因表达与细胞电生理特性之间的关系	皮质细胞类型	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Hodgkin-Huxley模型	多模态Patch-seq数据	多种皮质细胞类型
1031	2025-02-06	Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network 2025-Jan, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae301 PMID:39758128	研究论文	本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络	结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN）	未明确提及具体限制	追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络	脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用	机器学习	脑部疾病	scRNA-seq	SNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1032	2025-02-06	Single-Cell RNA-Sequencing of Zebrafish Olfactory Epithelium Identifies Odor-Responsive Candidate Olfactory Receptors 2025-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms IF:1.3Q4 DOI:10.1111/gtc.13191 PMID:39789807	研究论文	本文采用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼嗅觉感觉神经元，以识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	通过优化单细胞分离程序和使用冷活性蛋白酶，最小化神经元激活的假象，成功分类了不同细胞类型，并验证了嗅觉受体在不同嗅觉感觉神经元簇中的非重叠表达	NA	分析斑马鱼嗅觉感觉神经元的基因表达谱，识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	斑马鱼嗅觉感觉神经元	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1033	2025-02-06	Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer 2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.31.630523 PMID:39803458	研究论文	本文通过单细胞技术构建了高分辨率的肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的细胞组成、功能状态、发育轨迹和多细胞交互网络图谱	首次构建了肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的高分辨率单细胞图谱，揭示了免疫抑制细胞表型的演变及其在疾病进展中的作用	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全反映体内复杂的微环境变化	揭示肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的早期疾病发生和进展的决定因素	肺癌前侵袭和侵袭性腺癌的微解剖非固体（前侵袭）和固体（侵袭）部分	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 多重成像质谱流式细胞术, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间数据	个体部分固体结节的微解剖样本
1034	2025-02-02	MetaQ: fast, scalable and accurate metacell inference via single-cell quantization 2025-Jan-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56424-6 PMID:39885131	研究论文	本文介绍了一种名为MetaQ的元细胞算法，旨在解决大规模单细胞测序数据分析中的计算障碍	MetaQ通过将细胞量化为离散码本，实现了线性运行时间和恒定内存使用，显著降低了计算复杂度，同时保持或超越了现有元细胞算法的性能	未明确提及具体限制	开发一种能够高效、准确地推断元细胞的算法，以支持大规模单细胞测序数据的分析	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	数百万个细胞的数据集
1035	2025-02-05	Role of hepatocyte RIPK1 in maintaining liver homeostasis during metabolic challenges 2025-Jan-31, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96798 PMID:39886919	研究论文	本研究揭示了肝细胞中RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的关键作用	首次发现肝细胞特异性RIPK1缺失会加剧短期禁食引起的肝损伤和炎症反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的机制	肝细胞特异性RIPK1缺失的小鼠	代谢研究	肝病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	雄性及雌性小鼠
1036	2025-02-05	Assessment of XCI skewing and demonstration of XCI escape region based on single-cell RNA sequencing: comparison between female Grave's disease and control 2025-Jan-31, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-025-00533-z PMID:39891056	研究论文	本文通过单细胞RNA测序评估了X染色体失活（XCI）偏斜和逃逸现象，并比较了女性Grave's病患者与正常女性的差异	首次基于单细胞RNA测序技术，系统评估了XCI偏斜和逃逸在女性Grave's病中的表现，揭示了与XCI相关的基因	样本量较小，仅包括一名Grave's病患者和一名正常女性，可能影响结果的普适性	研究X染色体失活偏斜和逃逸现象对自身免疫性疾病性别差异的影响	女性Grave's病患者和正常女性	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	一名Grave's病患者和一名正常女性
1037	2025-02-05	Flexible analysis of spatial transcriptomics data (FAST): a deconvolution approach 2025-Jan-31, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06054-y PMID:39891065	研究论文	本文提出了一种名为FAST的新型无参考解卷积方法，用于分析空间转录组数据，结合基因表达数据、空间信息和组织学信息	FAST方法基于正则化非负矩阵分解（NMF），能够有效整合基因表达数据、空间信息和组织学信息，减少分布假设，利用组织空间结构信息，并鼓励可解释的分解结果	现有无参考方法依赖于分布假设、标记基因或缺乏利用组织学和空间信息的能力，FAST方法虽然解决了这些问题，但仍需进一步验证其在不同数据集上的适用性	开发一种高度灵活、稳健且用户友好的无参考解卷积方法，用于分析空间转录组数据，以揭示组织中的复杂细胞类型组成	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	正则化非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据、空间信息、组织学信息	NA
1038	2025-02-05	Multi-omics analysis reveals that neutrophil extracellular traps related gene TIMP1 promotes CRC progression and influences ferroptosis 2025-Jan-31, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03643-y PMID:39891145	研究论文	本文通过多组学分析揭示了与中性粒细胞胞外陷阱（NETs）相关的基因TIMP1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其对铁死亡的影响	首次通过机器学习筛选出与NETs相关的核心基因TIMP1，并验证了其在CRC增殖、侵袭和迁移中的作用	研究中未涉及TIMP1在其他类型癌症中的作用，且样本来源和数量可能限制了结果的普适性	探索基于NETs的新标志物以辅助CRC治疗	结直肠癌（CRC）患者及癌细胞	生物信息学	结直肠癌	RNA转录组分析、单细胞转录组分析、小干扰RNA敲低实验、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验、细胞克隆形成实验	机器学习	RNA转录组数据、单细胞转录组数据	大样本RNA转录组数据和单细胞转录组数据
1039	2025-02-05	Exploratory analysis of a Novel RACK1 mutation and its potential role in epileptic seizures via Microglia activation 2025-Jan-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03350-5 PMID:39891152	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和全外显子组测序技术，发现RACK1基因及其新突变RACK1-p.L206P与癫痫发作相关，并揭示了该突变通过增强小胶质细胞的增殖、迁移、吞噬能力和炎症激活，影响神经元兴奋性和突触功能，最终导致癫痫症状	首次发现RACK1-p.L206P突变与癫痫发作的关联，并揭示了其通过小胶质细胞激活影响神经元功能的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索RACK1基因突变在癫痫发作中的分子机制	RACK1基因及其突变RACK1-p.L206P，小胶质细胞，神经元	神经科学	癫痫	单细胞转录组测序（scRNA-seq），全外显子组测序（WES），CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	基因序列数据，细胞功能数据	NA
1040	2025-02-05	Ionizing radiation-induced disruption of Rela-Bclaf1-spliceosome regulatory axis in primary spermatocytes causing spermatogenesis dysfunction 2025-Jan-31, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02067-5 PMID:39891142	研究论文	本研究揭示了电离辐射通过破坏Rela-Bclaf1-剪接体调控轴导致初级精母细胞功能障碍的机制，并提出了NF-κB激动剂作为潜在的治疗策略	首次揭示了电离辐射通过抑制NF-κB/Rela和Bclaf1活性，破坏剪接体通路，导致初级精母细胞分化能力受损的机制，并提出了Rela作为潜在药物靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究电离辐射诱导的精子发生障碍的分子机制，并开发有效的放射防护剂	Balb/c小鼠的睾丸模型	生殖生物学	男性不育	Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 蛋白质印迹 (WB), 逆转录定量PCR (RT-qPCR)	NA	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	Balb/c小鼠睾丸模型